1L53A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRCITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l53A00
140LA 188LA 241LA 1C61A 1G0GA 1L57A 1L71A 1C6MA 1CVKA 2ANVA 2B6XA 243LA 1OYUA 2L78A 1C6LA 2RB1X 3C8QA 1KW7A 3HH5A 184LA 1L56A 1CV5A 3C83A 150LA 1L95A 1C6JA 4ARMA 224LA 4DAJA 2HUKA 151LA 260LA 3HT9A 4W52A 3RUNA 1L40A 1L99A 1L83A 1L62A 247LA 1CV1A 1ZURA 1L72A 1OVJA 4I7TA 122LA 108LA 1LYGA 115LA 235LA 149LA 1PQJA 112LA 1L32A 1L55A 4ARQB 1L50A 1P46A 111LA 1L21A 1QTCA 191LA 2NTGA 3DN4A 3GUOA 1G0MA 1ZWNA 1L38A 118LA 1OV5A 246LA 3DN8A 1KS3A 1L26A 1L75A 143LA 2OEAX 129LA 2RBPA 2RBOA 228LA 3HDFA 242LA 257LA 3HH4A 110LA 1L05A 1QUDA 1L86A 178LA 3HTGA 251LA 1QT7A 1L00A 3HTFA 2B6YA 1D2WA 182LA 3K2RA 1L81A 1L37A 2OTYX 3HUKA 198LA 4YXAC 227LA 119LA 5I14A 2LC9A 4W56A 258LA 3GUMA 2F2QA 253LA 4I7KA 1L65A 4EJ4A 1C6NA 4LDEA 163LA 1LPYA 1L69A 1L45A 1L31A 3DMZA 1G1VA 146LA 2B6ZA 3OE6A 4W59A 2OU8A 1L02A 2Q9DA 1C6IA 1NHBA 3V2YA 3EMLA 1L61A 1XJUA 157LA 1JTMA 160LA 1G0JA 1L13A 2OE9X 229LA 3SBBC 2OU0X 1DYGA 3HT7A 3VW7A 1L27A 1C6TA 3HH6A 3C81A 148LE 1L25A 3V2WA 1OVKA 4I7QA 3SN6R 1SX7A 3HT8A 1LW9A 5LZMA 4OO9A 165LA 216LA 4EKRA 2CUUA 1L53A 3G3WA 197LA 1L88A 1I6SA 3FADA 109LA 2RAZX 4LDLA 4W53A 1DYAA 1C6AA 1KY1A 1L77A 3SB5A 3HTDA 1CUQA 211LA 137LA 4W51A 205LA 217LA 226LA 144LA 1LYJA 1ZYTA 1L47A 3C80A 4I7MA 170LA 1DYCA 4I7RA 220LA 3NYAA 1L48A 176LA 1L10A 1L19A 1L98A 3HU9A 1CV3A 2OU9A 3CDRA 4I7PA 1L74A 195LA 1P64A 1QT8A 4I7SA 1L17A 156LA 1P3NA 1G06A 219LA 3FI5A 1C6QA 7LZMA 4EKQA 4W54A 3GUNA 218LA 3OE8A 185LA 1L29A 1L64A 4W57A 1C6BA 1L97A 1QTZA 175LA 2OE7X 1C6KA 225LA 1L63A 1L79A 233LA 1L94A 4ARMB 1XJTA 4EXMA 1G1WA 1L42A 147LA 1L58A 1EPYA 181LA 1CU0A 261LA 1L68A 1QS5A 215LA 2OE4X 186LA 1G0LA 1OVHA 3GUKA 173LA 1SWYA 256LA 3DN6A 262LA 1TLAA 3CDVA 127LA 1LYEA 113LA 3QAKA 1QTHA 1D2YA 1QUHA 3HTBA 161LA 2RBRA 1L84A 1L30A 206LA 1L0KA 1LYDA 189LA 4EKPA 2RBNA 3PBLA 1L09A 2B74A 2F47A 1LYFA 1QSQA 4LDOA 1LYHA 2QARC 1C6PA 2LCBA 252LA 1L23A 212LA 107LA 1SSWA 1K28A 1LGUA 3HT6A 1P5CA 1P7SA 180LA 1QSBA 2O7AA 1QTVA 231LA 1T8AA 130LA 4YX7C 1SWZA 1L18A 3SB7A 1DYEA 3DN0A 1P56A 1C62A 1L39A 3LZMA 1QUOA 168LA 1SSYA 3HWLA 3HUAA 3DNAA 3DN1A 1T8FA 3OE0A 2RBSA 4EPIA 239LA 254LA 1L16A 3GUPA 4PK0A 249LA 222LA 1L52A 1KY0A 1P6YA 1KNIA 1P2LA 1D9WA 2O4WA 1QT3A 236LA 3DN3A 1QS9A 114LA 1C64A 1L41A 1C6EA 1PQDA 2B72A 1L36A 2IGCA 141LA 190LA 2OTZX 3C7WA 4EKSA 2B7XA 1OWZA 1QT4A 1QTDA 3CDOA 2B75A 1CV0A 1T97A 1G07A 1PQKA 2RAYX 142LA 1LI6A 1L03A 1L96A 3HDEA 4EPFA 1L35A 1G0QA 3DKEX 1L51A 2B6TA 1L54A 1LLHA 3CDTA 4LZMA 3SBAA 1L46A 3RZEA 4DKLA 4AQNA 1LI3A 1D3FA 214LA 145LA 4PJZA 1L11A 4S0WA 125LA 210LA 126LA 2NTHA 2LZMA 3NY9A 3SB6A 213LA 200LA 1OV7A 3ODUA 2HULA 1L59A 3GUJA 1PQMA 255LA 244LA 4ARJA 4K5YA 1C63A 3JR6A 3GULA 4I7JA 2RB0X 1P36A 1PQIA 172LA 4ARQA 1L92A 1L33A 139LA 4ZPUA 1QUGA 2Z6BA 1WTHA 201LA 174LA 1L80A 1L60A 2RB2X 2RBQA 3DMXA 1LWKA 1D3NA 1L49A 237LA 159LA 1CU5A 1CV4A 209LA 3SB9A 152LA 1CU2A 1LWGA 3F8VA 131LA 1L04A 177LA 1L20A 3NY8A 167LA 162LA 1LI2A 3C8SA 1DYBA 2QB0B 232LA 1T6HA 3DN2A 3GUIA 221LA 169LA 238LA 1DYDA 1CU6A 187LA 1P37A 1L76A 3D4SA 4ARPA 2ANXA 1L44A 1OWYA 1C66A 1L70A 1L08A 1L43A 4I7LA 1QT6A 1JQUA 3FA0A 1DYFA 3C8RA 2B70A 2O79A 1L73A 1D3JA 230LA 1L89A 1L06A 1L22A 1B6IA 1L67A 1C6FA 240LA 192LA 223LA 1L34A 1CUPA 2B6WA 3PDSA 1CX6A 1L12A 1L82A 2HUMA 3OE9A 4I7NA 1L15A 3DMVA 1C6HA 1L66A 4GBRB 1CU3A 4W55A 199LA 1CX7A 3UONA 155LA 164LA 1C6DA 1SX2A 1L0JA 1XEPA 1C67A 3C82A 1D3MA 3CDQA 3HH3A 1LGWA 1P2RA 1JTNA 248LA 6LZMA 1G0PA 1L24A 1L90A 259LA 128LA 158LA 1C6GA 1L28A 102LA 166LA 1LGXA 4E97A 250LA 3C7YA 4GRVA 4IAPA 1C68A 234LA 2B73A 1C6CA 3F9LA 4ARLA 1LYIA 138LA 3L64A 120LA 1L14A 3G3VA 1KW5A 103LA 123LA 1L07A 1CTWA 1L93A 196LA 3HUQA 4W58A 1L01A 1L85A 3C7ZA 3G3XA 1G0KA 2Q9EA 1C65A 4DJHA 3L2XA 3HU8A 4I7OA 1C69A 1L91A 1PQOA 1L87A 2F32A 2RH1A 171LA 1CV6A 4YXCA 2A4TA 1QT5A 1T8GA 1C60A 245LA 183LA 3SB8A 104LA 1QTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OW1A 4TX7A 1G0GA 2ZILA 4NGKA 1BQLY 243LA 4DD9A 1B7OA 3C8QA 3CQLA 4OWHA 2BQMA 1JSEA 135LA 5DL9A 150LA 3WMKA 2YDGA 4ETAA 2HUKA 2YBJA 1L40A 1L83A 1L72A 1RFPA 1LPIA 1LYGA 1L32A 2MEHA 4LYCA 4BADA 5LVIA 1OUEA 4RLMA 1QTCA 2BQDA 3CB7A 3GUOA 1IP6A 1WTMA 2AUBA 118LA 4N1CC 1XGRC 2YVBA 4NGIA 1KS3A 1WQMA 5DN4A 1EQ5A 2OEAX 2Q0MX 1ZVYB 5LXWA 3HDFA 1GAZA 2IHLA 3HH4A 1GXXA 1L05A 1QUDA 2G4PA 2BPUA 5LVKA 1NBZC 2N5ZA 1G7LC 1D2WA 4ZFPA 1YROA 2LZ2A 3CSZA 1CJ6A 1L81A 4H9FA 5F81A 1BVKC 1D6QA 1L37A 2OTYX 1SLYA 198LA 4YXAC 2LC9A 4LT3A 4TTDA 2F2QA 1VDQA 3EBAB 1DKKA 1DPXA 2H9JA 4ET9A 4NSGA 3SP3A 4LDEA 163LA 1LPYA 1L69A 1L45A 3DMZA 1G1VA 3OE6A 1NHBA 1A2YC 1GFKA 1LZ8A 229LA 3SBBC 4XJHA 1C6TA 4KPMA 3C81A 1VFBC 1OVKA 1LZCA 1SX7A 1LW9A 1D0LA 5B06A 4HSFA 1UCOA 4H9EA 2LHMA 2CUUA 5L3HA 5K7OA 1GE0A 1LYYA 1I6SA 3FADA 1CKGA 3HTDA 137LA 4W51A 205LA 1IORA 217LA 144LA 3C80A 1DYCA 1FLUA 4I7RA 4PRQA 3A6BY 4ANRA 4Z98A 2OU9A 1JTTL 4NGJA 3RNXA 1L17A 1LJFA 1INUA 2D6BA 2F4AA 1UA6Y 4W54A 3OE8A 4NHIA 2YSSC 2D4JA 1C6KA 225LA 2HEDA 1LMOA 5E9RA 1JKDA 5KY1A 4GCFA 3WXTA 4UWUA 1HFXA 5C6JA 173LA 1SWYA 3DN6A 7LYZA 4M6DA 3CDVA 3TXBA 127LA 4IJ4A 4LZTA 3WPLA 1D2YA 4ML7A 1F6SA 2EIZC 1L84A 4DC4A 4EKPA 2RBNA 1L09A 5HQ1A 1JSFA 2ZQ3A 1GFEA 2QARC 1UUZC 1E8LA 1L23A 1K28A 4GN4A 1P5CA 1QSBA 4XENA 193LA 1GF9A 1T8AA 1JJ1A 4YX7C 1WQRA 1L18A 1JUGA 3TXIA 4G4HA 3SB7A 1DYEA 5LA8A 5F14A 2YBIA 2BQLA 1Z55A 1B7PA 3HBDA 1GF4A 1QUOA 1J1OY 1SSYA 3HUAA 2I6ZA 4Z41A 2RBSA 4EPIA 4PK0A 1KXYA 1IR9A 2ZIKA 1GB8A 1KY0A 1P6YA 4H8ZA 4II8A 5APCA 2Z18A 1P2LA 2O4WA 1TDYA 236LA 1AKIA 3GXRA 1C64A 2Z12A 1LJKA 1OWZA 1QTDA 2B75A 2HECA 1MLCE 2FYCA 5D5CA 1OUIA 2RAYX 1LI6A 3LN2A 1L96A 5LYTA 1G7HC 3HDEA 1H6MA 1G7MC 2X0AA 1G0QA 1IWYA 1LLHA 4HJZA 3A34A 4NGLA 4AQNA 1LI3A 1D3FA 3CT1A 1IWZA 4PJZA 4WM2A 126LA 2NTHA 4WG1A 1V7TA 3WVYA 1WQQA 1PS5A 1QTKA 3P68A 255LA 1LSEA 1LJHA 2RB0X 5KXMA 2DQEY 4LYZA 1L33A 4ZPUA 201LA 2RBQA 2Z2FA 2CDSA 1GF6A 237LA 159LA 152LA 1DKJA 2NWDX 3NY8A 167LA 2EQLA 3C8SA 1DYBA 1I20A 1LHKA 1GE3A 5LVJA 1CU6A 4DQ5A 1LCNA 3LYTA 1TEWA 3D4SA 4H9IA 2ANXA 3M3UA 1OWYA 1L43A 2ZWBA 4LYTA 3FA0A 1DYFA 2O79A 3LYMA 1L22A 4G4CA 4TSBA 1HFZA 4J1AA 223LA 192LA 1GFRA 3EXDA 1LZ5A 1CX6A 1YAMA 3OE9A 4DDBA 2BQFA 3DMVA 3A90A 3CSRA 1SQ2L 1LJEA 1EQEA 4YEOA 1IWVA 3UONA 4H90A 1UBZA 1XEPA 3CDQA 1LGWA 1GB5A 128LA 1C6GA 1LGXA 3A3RX 2F30A 4FJRA 4J0LA 4UWVA 3QNGA 1J1XY 4PHIA 3L64A 1GPQC 2W1MA 2XTHA 2BQJA 3AGIA 5LIOA 4GCBA 4MCKA 3G3XA 1C65A 5DLAA 1NBYC 4HTNA 1CV6A 1YKYX 1QT5A 1T8GA 245LA 3MGWA 1QTBA 1LMCA 1BGIA 140LA 1C61A 4L41A 4LYMA 2FBBA 2F2NA 5AMYA 5L3IA 2ANVA 4DDAA 1D9UA 2FYDA 1C6LA 4J1BA 2IFFY 2BQIA 3HH5A 1IIZA 1CV5A 4CHXA 1L95A 4WM6A 224LA 4DAJA 3A92A 5FDJA 4W52A 1L99A 3AYQA 1L62A 1CV1A 5APDA 122LA 1LSCA 1FBIX 5DN5A 4QY9A 1NWGA 4G9SA 149LA 1PQJA 1L50A 1LMPA 2A7DA 1XGPC 1G0MA 1L38A 1IO5A 1IC4Y 1FKVA 246LA 4DWXA 3DN8A 4NEBA 3HBHA 3A8ZA 5HMVA 1B0DA 129LA 1JKCA 4U3XB 4HTQA 2FBDA 242LA 4XN6A 4QGZA 1GF5A 4BS7A 1UIEA 1L86A 178LA 5I4WA 1BVXA 251LA 2DQHY 3HTFA 1JIYA 3WUAA 1IWWA 4PGJB 3AGHA 4RLNA 5I14A 4W56A 3AZ4A 3GUMA 4I7KA 2LYOA 3WH1A 4OOTA 4EJ4A 153LA 4M4OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OW1 A;  4TX7 A;  1G0G A;  2ZIL A;  4NGK A;  1BQL Y;  243L A;  4DD9 A;  1B7O A;  3C8Q A;  3CQL A;  4OWH A;  2BQM A;  1JSE A;  135L A;  5DL9 A;  150L A;  3WMK A;  2YDG A;  4ETA A;  2HUK A;  2YBJ A;  1L40 A;  1L83 A;  1L72 A;  1RFP A;  1LPI A;  1LYG A;  1L32 A;  2MEH A;  4LYC A;  4BAD A;  5LVI A;  1OUE A;  4RLM A;  1QTC A;  2BQD A;  3CB7 A;  3GUO A;  1IP6 A;  1WTM A;  2AUB A;  118L A;  4N1C C;  1XGR C;  2YVB A;  4NGI A;  1KS3 A;  1WQM A;  5DN4 A;  1EQ5 A;  2OEA X;  2Q0M X;  1ZVY B;  5LXW A;  3HDF A;  1GAZ A;  2IHL A;  3HH4 A;  1GXX A;  1L05 A;  1QUD A;  2G4P A;  2BPU A;  5LVK A;  1NBZ C;  2N5Z A;  1G7L C;  1D2W A;  4ZFP A;  1YRO A;  2LZ2 A;  3CSZ A;  1CJ6 A;  1L81 A;  4H9F A;  5F81 A;  1BVK C;  1D6Q A;  1L37 A;  2OTY X;  1SLY A;  198L A;  4YXA C;  2LC9 A;  4LT3 A;  4TTD A;  2F2Q A;  1VDQ A;  3EBA B;  1DKK A;  1DPX A;  2H9J A;  4ET9 A;  4NSG A;  3SP3 A;  4LDE A;  163L A;  1LPY A;  1L69 A;  1L45 A;  3DMZ A;  1G1V A;  3OE6 A;  1NHB A;  1A2Y C;  1GFK A;  1LZ8 A;  229L A;  3SBB C;  4XJH A;  1C6T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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