1L55A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLNAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l55A00
1L77A 1C6KA 1G0MA 1C6NA 4ARJA 2RAYX 3G3VA 1L29A 1DYAA 3SBAA 239LA 1L47A 1NHBA 3OE6A 3FADA 1CV1A 1C6BA 3NY9A 3HTDA 1QT5A 2RBOA 1L18A 1SWZA 258LA 1L04A 2OU0X 2NTGA 3C82A 3HH6A 1G0LA 120LA 1B6IA 114LA 3SB6A 4DKLA 1C6EA 139LA 1C64A 1PQIA 178LA 1QT7A 1QS5A 130LA 195LA 2RB1X 214LA 1C60A 205LA 1CX7A 1L97A 164LA 187LA 151LA 225LA 1LYGA 3V2WA 174LA 2B6XA 104LA 1L27A 2A4TA 3RZEA 147LA 2HUKA 215LA 2OEAX 4I7NA 3FA0A 3DN3A 4LDLA 2RBRA 218LA 216LA 4W52A 1JTMA 237LA 1ZURA 2F32A 3RUNA 233LA 1P36A 3C81A 1JQUA 1QUOA 4IAPA 1D9WA 229LA 1P2LA 1C6HA 142LA 1L28A 1PQJA 1OWZA 4EKQA 3HUAA 165LA 3K2RA 3GUPA 1P5CA 2RH1A 3HUKA 3GUIA 4ARQB 1CV5A 1L61A 1DYDA 1D3MA 183LA 1WTHA 1L19A 209LA 1QUHA 1CU3A 1L70A 4EPFA 1L74A 4EKRA 1OVKA 2B6TA 4EKSA 146LA 1L59A 1P6YA 206LA 2Q9DA 2B7XA 1DYCA 1C6PA 245LA 1L35A 1L01A 1LYEA 2OTZX 3HU8A 1L25A 4LDEA 1G06A 2B6WA 2LC9A 1KY1A 3C8RA 2RBPA 3HUQA 1D3JA 149LA 1P64A 1L54A 4I7RA 1D3NA 1G0JA 1L91A 184LA 4LDOA 2LZMA 4ZPUA 4I7TA 247LA 1L14A 2B73A 1L66A 152LA 3F8VA 1SX7A 212LA 1L93A 1ZYTA 3C8SA 1KW5A 4I7LA 3CDOA 141LA 1L05A 4W56A 201LA 156LA 1L87A 235LA 1OVHA 109LA 1DYFA 1L41A 126LA 1L42A 111LA 1G0GA 4W51A 1KS3A 2Z6BA 248LA 3OE0A 1L82A 220LA 4W57A 172LA 177LA 1CU2A 1K28A 254LA 4W53A 3HTGA 2F2QA 162LA 119LA 1C6LA 131LA 1LYFA 1L38A 2OE4X 3GUMA 129LA 3SB7A 1T8AA 1CV6A 3HT8A 3EMLA 108LA 3CDTA 243LA 1DYEA 1CU5A 2O4WA 167LA 1L89A 2B6YA 2OE9X 1L79A 1LI3A 4I7OA 1P7SA 2B70A 188LA 1L65A 255LA 1L90A 2OTYX 1LPYA 1SSYA 1D3FA 244LA 5LZMA 169LA 4K5YA 3PBLA 159LA 3C80A 2ANVA 1ZWNA 4I7JA 1LYIA 227LA 1L80A 3DNAA 1CV4A 148LE 2Q9EA 180LA 157LA 238LA 1L09A 2RAZX 1L03A 1QSQA 3G3WA 2OE7X 1C61A 127LA 1G0PA 3FI5A 191LA 1G0QA 2F47A 1OWYA 144LA 1L69A 1L76A 1SX2A 1L95A 140LA 253LA 1G0KA 181LA 211LA 3V2YA 4E97A 221LA 4ARMA 223LA 2HULA 1LWKA 1CVKA 1L86A 4EJ4A 115LA 1LGWA 219LA 161LA 236LA 1L34A 4AQNA 3HDEA 1L07A 228LA 1EPYA 3NY8A 171LA 256LA 3DMZA 1L16A 1C6DA 1L62A 1OV5A 1DYGA 2B75A 3L64A 249LA 1L23A 4ARLA 3DN0A 1CU0A 1P46A 170LA 1L02A 1C6AA 168LA 1L83A 145LA 3QAKA 1L72A 1CV3A 1L60A 1KNIA 1C6GA 4OO9A 2L78A 1C6JA 1CUQA 3GUNA 1L21A 1PQOA 4LZMA 103LA 2B74A 1L44A 3DN4A 1QTDA 251LA 3HWLA 3L2XA 196LA 1QTVA 250LA 173LA 1L67A 3OE9A 5I14A 1D2YA 1L24A 252LA 113LA 226LA 4EPIA 241LA 1LI2A 4W55A 4S0WA 137LA 1XJUA 3UONA 1L64A 1L68A 112LA 1G07A 3HU9A 176LA 1L32A 1G1WA 1L98A 2RBSA 242LA 163LA 1CUPA 1P56A 1LYHA 4GRVA 3GUKA 4EXMA 1LW9A 1C67A 3SN6R 1PQDA 166LA 1PQMA 3CDVA 1C62A 1L10A 1L50A 3SB8A 4W59A 1LYJA 158LA 2OU9A 1L51A 3SB9A 122LA 1L33A 3OE8A 4ARMB 2ANXA 175LA 1KY0A 1L17A 1P3NA 3C83A 3DN2A 4I7MA 1SWYA 2O7AA 198LA 3GULA 182LA 1L39A 1LWGA 259LA 4I7QA 150LA 1L63A 210LA 2RB2X 1OV7A 1L11A 3DN1A 3C7WA 261LA 1T6HA 1L85A 155LA 3GUOA 1L56A 2B6ZA 1QT8A 230LA 260LA 7LZMA 1C6TA 2RBQA 1L00A 3PDSA 3SB5A 1CU6A 1T8FA 1L43A 1LGXA 1L73A 217LA 2RBNA 1L15A 1L22A 1L88A 3C8QA 3C7ZA 1L55A 1C65A 1D2WA 1C6CA 1L49A 1LGUA 200LA 1LI6A 3SBBC 213LA 190LA 1L36A 3C7YA 1L99A 1L92A 1LYDA 3HDFA 1L58A 3CDQA 3ODUA 1L71A 2QB0B 1L81A 138LA 1QUDA 3HT7A 2QARC 4I7KA 2NTHA 185LA 2B72A 3F9LA 240LA 1QUGA 1T8GA 3DMVA 224LA 1QTBA 1CTWA 3LZMA 1L53A 1L40A 1TLAA 2LCBA 3HTBA 4W58A 1QTCA 1C66A 231LA 262LA 3HH3A 3D4SA 232LA 1L45A 3HH4A 1QTHA 2O79A 3NYAA 1L96A 2OU8A 1C68A 257LA 1C6IA 4DJHA 1LLHA 3DMXA 6LZMA 1L57A 1G1VA 1QS9A 189LA 4ARPA 4DAJA 199LA 1CV0A 4GBRB 2CUUA 3JR6A 1L06A 125LA 1L30A 1SSWA 1I6SA 1L37A 3DKEX 1L08A 1C63A 3G3XA 1L13A 1XEPA 128LA 1L31A 1QSBA 1L0KA 110LA 1L26A 1L84A 3GUJA 1QT6A 4I7SA 1P2RA 1DYBA 1P37A 246LA 1T97A 1C6QA 1L48A 197LA 1QTZA 4W54A 123LA 1XJTA 3HH5A 4YX7C 1OYUA 2IGCA 3DN6A 1L52A 1L0JA 1KW7A 222LA 3HT6A 1CX6A 118LA 1L20A 2HUMA 1L12A 1PQKA 3VW7A 1OVJA 107LA 1JTNA 4EKPA 1C6FA 3DN8A 1QT4A 4ARQA 2RB0X 160LA 1L46A 192LA 1QT3A 143LA 3HTFA 4PK0A 1C6MA 102LA 234LA 3HT9A 4YXAC 4I7PA 3CDRA 186LA 4PJZA 4YXCA 1L75A 1L94A 1C69A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B0KA 1LHHA 1LJGA 3SBAA 1J1XY 4Z3MA 1L47A 1NHBA 1QQYA 1RJCB 2FYDA 1HEMA 5I5QA 1L04A 3AGGG 193LA 1VDSA 5E9RA 114LA 139LA 1C64A 1BB3A 1KIRC 2MEEA 1QT7A 9LYZA 2RB1X 4HPIA 1C60A 1BB6A 4MSTA 2MEIA 187LA 1LYGA 4NSIA 1HC0A 2B6XA 2HU1A 1L27A 3G3AB 2A4TA 3TMWA 1ZVHL 4I7NA 3FA0A 3DN3A 4AXTA 1FLUA 4LYBA 1G7HC 4CFPA 237LA 1LYZA 2F32A 2ZIJA 4HJZA 4YENA 5B59A 2F4GA 1DZBX 3C81A 1QUOA 1LJNA 3A91A 4IAPA 1C6HA 1L28A 1PQJA 1OWZA 4UWNA 5F9XA 3P65A 4N9RA 3F6ZA 3K2RA 3ZEKA 2D4KA 2MECA 2RH1A 4H8ZA 5B07A 1CV5A 1DYDA 4QY9A 1VDTA 183LA 1WTHA 5F14A 5LYMA 3CSQA 3WMKA 4Z46A 4EPFA 5APEA 1JEFA 1P6YA 1VDQA 4LYOA 5EBHA 1IWWA 4NHPA 3A3QA 3SP3A 2B7XA 1NF5A 2D6BA 4LZTA 1C6PA 245LA 3D3DA 5T3FA 1LYEA 3HU8A 1LTMA 1GF7A 4ETBA 194LA 5LINA 2RBPA 1LZSA 1BWHA 1B7LA 2D4IA 1D3NA 3EXDA 132LA 1FLYA 1I56A 4R6CA 4LYZA 4ZPUA 1L14A 152LA 1CKHA 1ALCA 2HUBA 5I4XA 5LAGA 1CKFA 1XEIA 2FBDA 4W56A 1IWUA 3GXKA 126LA 4XJBA 1G0GA 4C5FA 1KS3A 1JWRA 248LA 3OE0A 1L82A 3HBHA 4W57A 1CU2A 254LA 3T6UA 162LA 119LA 5KXRA 1UIAA 3SB7A 1T8AA 2BQKA 3HT8A 4H9FA 1BB5A 243LA 1DYEA 2B6YA 4ANRA 4XJGA 1LI3A 1YROA 4G4BA 4WM5A 188LA 1L65A 1GF6A 5A3ZA 4OW1A 1ZWNA 4WMGA 4I7JA 1L80A 1LJKA 1LJFA 1LZCA 238LA 1L09A 5KXLA 1L03A 1IC5Y 2OE7X 1TBYA 1G0PA 191LA 1G0QA 1LHLA 3M3UA 1L76A 1SX2A 1LMCA 1YAPA 4WLTA 1L95A 3AW7A 1XGPC 1B5ZA 5LAFA 4E97A 4ARMA 223LA 4WG7A 5FCPA 4RLMA 1GB2A 219LA 236LA 1LMAA 1L34A 1BQLY 5HMJA 1RCMA 2XBSA 1YKZX 3NY8A 4NGYA 2MEHA 4ET9A 4UWVA 4ARLA 4HTNA 3DN0A 5FHWA 1CU0A 1IP4A 170LA 4DD0A 1JJ0A 1L83A 5L3IA 3QAKA 4KXIA 5J7CA 1C6GA 2Y8PA 1WVVA 2BQHA 1SQ2L 4TTDA 2G4QA 4Z41A 4LT2A 4KPMA 103LA 1O23A 3CSZA 134LA 2VB1A 5C6IA 251LA 4NGKA 1QTVA 1QUSA 1IEEA 4H90A 1D0MA 2DQEY 5B1FA 4HPEA 1L24A 4CFOA 4QGZA 1YKYX 252LA 1LZRA 4NIJA 241LA 1XJUA 1L64A 1IR9A 1GE4A 1JSFA 4NGVA 1G07A 176LA 1L98A 3WH1A 242LA 163LA 4NGWA 4GRVA 1JJ3A 4EXMA 5LVHA 5KXPA 3WW5A 1L50A 8LYZA 2C8PA 2EQLA 3SB9A 1JIYA 3N9CA 1LZEA 4TSBA 1L17A 3C83A 4I7MA 4P2EA 1SWYA 2O7AA 198LA 3GULA 4DDAA 5LVIA 2HU3A 2XJWA 2RB2X 1GBWA 1L85A 1HSXA 2B6ZA 1BHZA 260LA 7LZMA 1C6TA 2RBQA 1GF0A 3PDSA 1T8FA 4B0DA 1L43A 4NHSA 1CKDA 1L73A 4YM8A 5F9UA 1IWZA 1GFRA 5HMVA 3WVXA 4WOAA 3SBBC 1L36A 1LYDA 5K7OA 1UACY 4OOOA 2NTHA 1GDXA 3F9LA 3WPJA 1TLAA 4NSHA 3GXRA 4W58A 4AGAA 1UIFA 1CKCA 4QDNA 1C66A 2G4PA 1GEVA 2OU8A 257LA 3AGIA 1C6IA 1NWGA 1GBOA 2CJLA 2Q0MX 3DMXA 2N5ZA 2Z2EA 1QS9A 1IX0A 1LJHA 3JR6A 4NG8A 5KXKA 1L30A 1SSWA 4HTKA 1LZGA 1L37A 3DKEX 1NBZC 1C63A 4B1AA 1B7MA 3GUJA 1LJIA 1DYBA 1P37A 4OWAA 1HNLA 1C6QA 1G7IC 123LA 4YX7C 1LZ8A 4L41A 1RE2A 3M18B 1LSGA 1IWXA 2BLXA 2ZYPA 5ILCA 3OJPA 1GF4A 3HT6A 3TMXA 1PQKA 107LA 2HEBA 2F2NA 4XJFA 1HMLA 1JTNA 3WU9A 1C6FA 3AZ6A 4GLAA 2DQJY 1LHIA 143LA 4XJIA 1QDRA 4WM6A 1C6MA 3CDRA 4E3UA 4PJZA 3IJVA 3D9AC 1B0DA 3WXTA 1C6NA 5B05A 4ARJA 3G3VA 1L29A 3FADA 1CV1A 1C6BA 1LHJA 1WQQA 4UWUA 2NTGA 4H9IA 1WQRA 4H9CA 3W6AA 4LYMA 4DKLA 1D0LA 1PQIA 3WVYA 4DD2A 1OUFA 195LA 214LA 205LA 1L97A 3LHMA 5APCA 164LA 4LT0A 3BKHA 225LA 215LA 1B7NA 4HP0A 4LDLA 1OP9B 1V7SA 3W6BA 1P2CC 1YILA 1B7OA 1LAAA 4KT3A 3OK0A 5L3HA 4BAFA 5E4PA 4RLNA 4EKQA 1W6ZA 3EBAB 1J1PY 1LCNA 5LYZA 3HUAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B0K A;  1LHH A;  1LJG A;  3SBA A;  1J1X Y;  4Z3M A;  1L47 A;  1NHB A;  1QQY A;  1RJC B;  2FYD A;  1HEM A;  5I5Q A;  1L04 A;  3AGG G;  193L A;  1VDS A;  5E9R A;  114L A;  139L A;  1C64 A;  1BB3 A;  1KIR C;  2MEE A;  1QT7 A;  9LYZ A;  2RB1 X;  4HPI A;  1C60 A;  1BB6 A;  4MST A;  2MEI A;  187L A;  1LYG A;  4NSI A;  1HC0 A;  2B6X A;  2HU1 A;  1L27 A;  3G3A B;  2A4T A;  3TMW A;  1ZVH L;  4I7N A;  3FA0 A;  3DN3 A;  4AXT A;  1FLU A;  4LYB A;  1G7H C;  4CFP A;  237L A;  1LYZ A;  2F32 A;  2ZIJ A;  4HJZ A;  4YEN A;  5B59 A;  2F4G A;  1DZB X;  3C81 A;  1QUO A;  1LJN A;  3A91 A;  4IAP A;  1C6H A;  1L28 A;  1PQJ A;  1OWZ A;  4UWN A;  5F9X A;  3P65 A;  4N9R A;  3F6Z A;  3K2R A;  3ZEK A;  2D4K A;  2MEC A;  2RH1 A;  4H8Z A;  5B07 A;  1CV5 A;  1DYD A;  4QY9 A;  1VDT A;  183L A;  1WTH A;  5F14 A;  5LYM A;  3CSQ A;  3WMK A;  4Z46 A;  4EPF A;  5APE A;  1JEF A;  1P6Y A;  1VDQ A;  4LYO A;  5EBH A;  1IWW A;  4NHP A;  3A3Q A;  3SP3 A;  2B7X A;  1NF5 A;  2D6B A;  4LZT A;  1C6P A;  245L A;  3D3D A;  5T3F A;  1LYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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