1L58A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTANRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Analysis of the Interaction between Charged Side Chains and the Alpha-Helix Dipole Using Designed Thermostable Mutants of Phage T4 Lysozyme
rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l58A00
225LA 1L92A 1L80A 2F47A 1L96A 228LA 1L35A 143LA 1LWGA 1C65A 3PBLA 1OWZA 1L98A 1SWYA 1QSQA 1I6SA 1L32A 4I7LA 3GUJA 1PQJA 3HU8A 3C8SA 3SBAA 1L36A 2RAYX 129LA 4YX7C 210LA 1L05A 251LA 209LA 229LA 1L20A 2B6XA 1L01A 1P64A 126LA 1L65A 190LA 1QTDA 141LA 1L48A 169LA 1T6HA 185LA 3ODUA 1L24A 4E97A 4EJ4A 1QUGA 1L22A 145LA 176LA 2OEAX 3G3VA 1L85A 255LA 1PQMA 1P37A 262LA 2B7XA 1L29A 159LA 3QAKA 3FADA 3FI5A 2RBOA 218LA 230LA 1C6IA 4ARLA 1L51A 1DYAA 1C6KA 103LA 5LZMA 168LA 1LI6A 182LA 4I7QA 1WTHA 1OV7A 227LA 1L52A 3C81A 234LA 1KS3A 1T8FA 214LA 3C7YA 1L08A 175LA 1DYGA 4AQNA 5I14A 1L93A 1C60A 1QT4A 249LA 115LA 3HT7A 1SWZA 184LA 1L00A 1SX2A 3DN4A 1L19A 1L44A 1KNIA 1L13A 259LA 3EMLA 4I7NA 1L90A 180LA 1P56A 1CVKA 1C6AA 1LWKA 232LA 1QTHA 3UONA 6LZMA 2HUKA 1CU3A 261LA 3CDTA 256LA 2Z6BA 1L84A 1L45A 2L78A 1LGXA 1L74A 110LA 2ANVA 4GBRB 1ZWNA 238LA 1C6BA 1OVJA 4LDOA 188LA 4YXAC 1G0QA 1L27A 1L47A 1QS9A 2B74A 245LA 4I7SA 1D3MA 1L09A 1T97A 244LA 3F9LA 3DMZA 1C6GA 155LA 114LA 1QTVA 123LA 1T8GA 3HUQA 4W59A 1CV0A 1C69A 1C67A 1G06A 3CDVA 1L61A 1L15A 178LA 1SSWA 161LA 240LA 1L83A 1KY1A 1NHBA 3CDOA 2RBNA 1QUHA 3F8VA 3RZEA 2OE7X 1L49A 4K5YA 160LA 1L37A 1L07A 1D9WA 3HH3A 3LZMA 1L03A 1OVHA 1DYEA 3L64A 222LA 3GUNA 1QT7A 3V2YA 1L23A 3C83A 4I7KA 1L67A 1LGUA 1XJTA 1L91A 3DKEX 2QARC 2Q9DA 1L53A 3HT6A 1L55A 4W58A 3DN1A 3FA0A 122LA 1D2WA 3HT8A 1G0KA 1G0PA 4W52A 144LA 3NYAA 3G3WA 3C82A 1P6YA 1QT8A 1C6PA 1L18A 211LA 248LA 233LA 1LYEA 1LYHA 1LYIA 191LA 1JTNA 1P36A 252LA 205LA 1L0KA 1L68A 1L70A 157LA 167LA 1QT5A 243LA 3VW7A 1SX7A 3HTDA 198LA 3DN2A 1L42A 1P3NA 1L30A 217LA 260LA 3HTBA 2A4TA 4I7PA 3HDFA 1CX6A 1L54A 216LA 150LA 3D4SA 3GUOA 4DKLA 1L72A 1C61A 242LA 189LA 1L73A 1L40A 1L06A 1L28A 1C62A 1P46A 2RH1A 1C6TA 1C6FA 112LA 2B6WA 3SBBC 1L02A 147LA 2HUMA 142LA 1K28A 1CUPA 3HWLA 1L87A 1L79A 1G1WA 3C8QA 1L31A 158LA 1L34A 213LA 4EXMA 4DAJA 3K2RA 1CU2A 1L14A 2O4WA 4DJHA 137LA 4EPFA 224LA 1OYUA 3C7ZA 2B75A 1L99A 3V2WA 1CV6A 4EKPA 3GULA 3GUMA 4EPIA 4ZPUA 1LW9A 200LA 236LA 3GUIA 1QT6A 3DN6A 174LA 192LA 1P5CA 223LA 254LA 1L88A 3OE6A 1QUOA 2OU0X 1L76A 2RBRA 1L21A 1LYGA 2LCBA 1L25A 1L71A 1L59A 131LA 4W55A 3GUKA 226LA 156LA 4EKSA 102LA 1JQUA 164LA 1L12A 1C6LA 149LA 3SB7A 1L75A 3NY9A 3OE0A 1L41A 4LZMA 1B6IA 1T8AA 195LA 1CV5A 1L11A 4I7RA 3RUNA 4GRVA 1ZYTA 109LA 1PQKA 3HUAA 4PK0A 3SB8A 258LA 1JTMA 2O7AA 166LA 1QTZA 221LA 3HTFA 2B73A 3CDQA 3SN6R 4W56A 140LA 2OU9A 183LA 1L77A 212LA 170LA 1QTCA 3L2XA 1LPYA 201LA 1L26A 2OTZX 1C6DA 1QTBA 1L50A 1LLHA 3SB6A 3HU9A 1SSYA 1CV1A 196LA 3HTGA 1QS5A 4LDLA 1G07A 120LA 247LA 3C7WA 1QSBA 220LA 1DYCA 151LA 1OV5A 107LA 2CUUA 1L94A 1KY0A 3DN3A 2RBSA 1LI2A 2O79A 3DMXA 1L17A 1C64A 1L43A 257LA 4W57A 2RB0X 181LA 2OE4X 1L89A 3HDEA 241LA 1EPYA 1CV4A 4I7OA 1CU5A 1L58A 1QT3A 1CU0A 3JR6A 1LYDA 1C66A 4W51A 1DYBA 4YXCA 1QUDA 127LA 1LYFA 1L56A 3HH4A 1L38A 4EKQA 2NTHA 1L66A 4I7JA 165LA 2LC9A 1G0JA 2RAZX 1DYFA 148LE 1TLAA 1ZURA 3SB9A 206LA 2RB1X 3HH6A 4W54A 4W53A 1C6NA 1C6CA 1L0JA 1CU6A 1LYJA 4ARJA 1L82A 1KW5A 1L33A 1KW7A 187LA 3PDSA 231LA 2F2QA 173LA 235LA 2B6TA 172LA 2QB0B 3HH5A 246LA 3HT9A 1L60A 2B70A 128LA 1CTWA 2B6ZA 1P2RA 2HULA 4PJZA 4S0WA 152LA 2OTYX 2OU8A 177LA 1C6MA 2RB2X 1L62A 1C6EA 1G0LA 3SB5A 1DYDA 1L39A 2ANXA 1D3NA 7LZMA 2B72A 1D3FA 3OE8A 4ARMB 146LA 1D2YA 1L46A 4ARMA 2RBPA 1L63A 1C6HA 3CDRA 4OO9A 118LA 2Q9EA 4EKRA 1L97A 125LA 219LA 250LA 2IGCA 104LA 2RBQA 1CUQA 4ARQB 3HUKA 4LDEA 1XEPA 113LA 3DN0A 2NTGA 119LA 4I7TA 1CV3A 130LA 1L86A 4ARQA 3G3XA 1L69A 1LI3A 2B6YA 1L57A 162LA 171LA 163LA 1PQDA 239LA 1PQIA 138LA 199LA 1OVKA 2LZMA 1L81A 186LA 2F32A 1XJUA 1D3JA 108LA 1G0GA 4IAPA 3C8RA 1P7SA 1G1VA 139LA 2OE9X 1L10A 215LA 1PQOA 253LA 197LA 111LA 1L64A 1L95A 1L16A 1OWYA 237LA 1LGWA 3C80A 1C68A 3NY8A 4ARPA 1C63A 1C6JA 1L04A 3DNAA 1P2LA 1C6QA 1CX7A 3DMVA 3DN8A 3GUPA 3OE9A 4I7MA 1G0MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLXA 1L80A 2YBLA 1L96A 1C65A 1LTMA 4YENA 1GB9A 4OWCA 4I7LA 3GUJA 3ZVQA 1L36A 2RAYX 5KXNA 129LA 210LA 1LSBA 2YBJA 190LA 1IO5A 1LYYA 169LA 1L24A 4GCDA 5I4YA 5AMYA 4B1AA 1JIYA 1P37A 4XJHA 4QGZA 4ANRA 1G7MC 2Z18A 3QAKA 1LZDA 1LMPA 3FADA 2RBOA 230LA 1C6IA 4ARLA 1LZAA 1OV7A 4N0JA 2ZYCA 3C7YA 1B7MA 175LA 1L08A 5I14A 1UIGA 1IEEA 249LA 3HT7A 4DQ5A 1L19A 3AZ6A 1L44A 4ZFPA 1IWVA 1KNIA 1L13A 1FLQA 259LA 1E8LA 5FELA 2HUKA 256LA 1I20A 110LA 3W6BA 4CHXA 4YXAC 1LSNA 1L47A 1B5ZA 1D3MA 4I7SA 4YOPA 1RE2A 5F9XA 2FBBA 1JKAA 1LHIA 2GV0A 1G06A 3RW8A 1L61A 1IWUA 5B06A 1IR9A 2I26L 1L83A 3F8VA 4NSIA 1B5YA 2OE7X 3CT1A 1LZRA 1D6PA 1L07A 3L64A 3GUNA 3V2YA 3C83A 1IOTA 1LGUA 1LHMA 1BB6A 1WQMA 4OWEA 1UIHA 4W58A 4WLDA 3FA0A 1D2WA 3TXIA 1G0KA 2HECA 144LA 134LA 3NYAA 3WXUA 1GFEA 3C82A 1P6YA 1WQOA 1LHKA 208LA 3B6LA 3TXBA 1IOCA 2YDGA 1P36A 1L0KA 2EPEA 1L70A 5DL9A 167LA 1QT5A 3QE8A 2DQDY 3W6AA 2Z2FA 3DN2A 1IP5A 4GN5C 260LA 4I7PA 2A4TA 2HUBA 3W6FA 242LA 189LA 4IJ4A 5B1GA 4PRQA 1GDWA 1L06A 1C62A 2RH1A 1GE1A 2ZNWY 1GPQC 4H1PA 3RZ4A 5KXLA 142LA 1K28A 1OUEA 1VATA 4GN3A 1L79A 6LYZA 4G4HA 1LMCA 1UBZA 1LSMA 3CB7A 1ZVYB 4D9ZA 1IWXA 1GB5A 154LA 4DAJA 3K2RA 2O4WA 1L14A 1WQNA 2FYDA 4ML7A 4I0CA 1OYUA 2B75A 1GFUA 4H91A 2DBTA 1HEMA 1CV6A 1LJKA 4EKPA 5LVIA 3GUMA 3CT0A 5APFA 4M6DA 4EPIA 3A34A 1LZNA 1LW9A 4MSTA 192LA 4XYYA 1QUOA 1L76A 1L21A 1LJ4A 4LT0A 3AGIA 1L71A 131LA 3GUKA 1D9UA 164LA 5F16A 3SB7A 1LJ3A 5EBHA 4I7RA 2VB1A 3SB8A 2LYMA 2HU3A 1BVXA 1IC4Y 2O7AA 4HJVA 3A8ZA 1QTZA 3SN6R 4W56A 1L77A 3SP3A 1QTCA 1LPYA 1GF4A 4ETDA 1L26A 2OTZX 1UIDA 4H9EA 3WU7A 1AT6A 1HHLA 3SB6A 1WQRA 4H9AA 1UA6Y 2MEEA 1W6ZA 1B5VA 196LA 1QS5A 5LAFA 4WMGA 1YQVY 247LA 151LA 2Z37A 4LT2A 5J7CA 1RJCB 2LYZA 1OV5A 2CUUA 3CT5A 1DKKA 1LMNA 5KXRA 1L17A 3B0IA 4W57A 181LA 5APDA 1QT3A 1CU0A 3A6CY 3JR6A 4H93A 1HFZA 3TXKA 1DYBA 1IWTA 3AB6A 1IP2A 4EKQA 3MGWA 3OJPA 4I7JA 4NGLA 5B07A 1ZURA 5FCPA 4NGZA 3WW5A 3HH6A 4W54A 3W6EA 1C6CA 1IOQA 4NWHA 1LKRA 2EIZC 1L82A 1L33A 2A7FA 4N8ZA 5FDJA 3PDSA 4H8ZA 172LA 2QB0B 3HT9A 2B70A 4NGVA 1P2RA 4NHTA 1LPIA 2OTYX 2MEAA 4RLMA 1LSCA 1RFPA 4QEQA 1DYDA 4NSJA 1GB3A 2B72A 4LYBA 5LA5A 3OE8A 3W6CA 1IR8A 1RI8B 5LVHA 1C7PA 3T36A 1C6HA 2DQIY 4NHIA 2BLYA 4OO9A 118LA 125LA 1SQ2L 2RBQA 4OWAA 4ARQB 1GHLA 4LDEA 113LA 4I7TA 1CV3A 1INUA 162LA 239LA 1P2CC 2BQIA 138LA 4DC4A 3ULRA 2DQCY 1FKVA 1D3JA 5B05A 3P66A 4LYZA 5LYZA 1PQOA 3A96A 253LA 197LA 5I4XA 5HLLA 1RCMA 5ILCA 4TUNA 1IP1A 1G7JC 1C63A 1P2LA 1PZYA 3DMVA 3AGGG 2MECA 1L92A 3A3QA 1B0DA 1LWGA 1G7HC 3PBLA 1OWZA 4LT3A 1L98A 1I6SA 1L32A 1XGPC 3C8SA 1G7LC 1Z55A 4C3WA 5E9RA 1P64A 1QTDA 141LA 1FDLY 5DLAA 4LFPA 4WM5A 185LA 1LSEA 3ODUA 1A4VA 1QUGA 5KXPA 3HBEX 145LA 5I4WA 2MEGA 1L85A 1B7OA 4YEOA 1B7RA 5KXXA 1L29A 1YROA 3B0OA 4H9HA 1KXYA 1L51A 1DYAA 103LA 5LZMA 1LI6A 1B5UA 4NGJA 1JTOL 1NDGC 4HPIA 3WH1A 3WUNA 1WTHA 1FN5A 2N5ZA 1LZYA 3AGHA 6LYTA 4NGYA 3C81A 234LA 4UWVA 1T8FA 214LA 3WVYA 4AQNA 1B7SA 1NBYC 3WUAA 1C60A 1QT4A 5E4PA 1SWZA 1NF5A 4HTQA 3B72A 4QDNA 5D5FA 2BQDA 1P56A 2B5ZA 1QTHA 3UONA 6LZMA 1UCOA 2Z6BA 1L84A 1L45A 1ZMYL 4HP0A 1WQQA 2ANVA 2DQEY 238LA 4WG1A 188LA 1L27A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WLX A;  1L80 A;  2YBL A;  1L96 A;  1C65 A;  1LTM A;  4YEN A;  1GB9 A;  4OWC A;  4I7L A;  3GUJ A;  3ZVQ A;  1L36 A;  2RAY X;  5KXN A;  129L A;  210L A;  1LSB A;  2YBJ A;  190L A;  1IO5 A;  1LYY A;  169L A;  1L24 A;  4GCD A;  5I4Y A;  5AMY A;  4B1A A;  1JIY A;  1P37 A;  4XJH A;  4QGZ A;  4ANR A;  1G7M C;  2Z18 A;  3QAK A;  1LZD A;  1LMP A;  3FAD A;  2RBO A;  230L A;  1C6I A;  4ARL A;  1LZA A;  1OV7 A;  4N0J A;  2ZYC A;  3C7Y A;  1B7M A;  175L A;  1L08 A;  5I14 A;  1UIG A;  1IEE A;  249L A;  3HT7 A;  4DQ5 A;  1L19 A;  3AZ6 A;  1L44 A;  4ZFP A;  1IWV A;  1KNI A;  1L13 A;  1FLQ A;  259L A;  1E8L A;  5FEL A;  2HUK A;  256L A;  1I20 A;  110L A;  3W6B A;  4CHX A;  4YXA C;  1LSN A;  1L47 A;  1B5Z A;  1D3M A;  4I7S A;  4YOP A;  1RE2 A;  5F9X A;  2FBB A;  1JKA A;  1LHI A;  2GV0 A;  1G06 A;  3RW8 A;  1L61 A;  1IWU A;  5B06 A;  1IR9 A;  2I26 L;  1L83 A;  3F8V A;  4NSI A;  1B5Y A;  2OE7 X;  3CT1 A;  1LZR A;  1D6P A;  1L07 A;  3L64 A;  3GUN A;  3V2Y A;  3C83 A;  1IOT A;  1LGU A;  1LHM A;  1BB6 A;  1WQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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