1L59A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGENGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l59A00
1QSBA 1D9WA 1L02A 213LA 3L2XA 4EPIA 4I7RA 219LA 3FI5A 236LA 1CV3A 1P2LA 211LA 1ZYTA 1OV5A 1CV0A 2A4TA 6LZMA 4S0WA 3OE6A 3DKEX 1C6PA 1L52A 4YXAC 176LA 1CUPA 221LA 1L28A 144LA 102LA 1C61A 107LA 1L14A 4AQNA 3C8SA 138LA 1LWGA 1P46A 1D3MA 3HU9A 1PQOA 118LA 1L30A 1L54A 1D2YA 2RAYX 4LDEA 257LA 3C7ZA 3DNAA 1L46A 225LA 146LA 5LZMA 2NTGA 1LYDA 1QTCA 1DYBA 3JR6A 1LYFA 103LA 1L27A 217LA 2O4WA 3C83A 1L50A 1NHBA 251LA 1L05A 178LA 1L86A 4W56A 127LA 1L03A 1L69A 1DYAA 1L20A 1C6BA 259LA 3ODUA 1C6JA 4E97A 1EPYA 1L60A 3CDTA 3D4SA 114LA 261LA 239LA 149LA 1L44A 210LA 2RB1X 4EKPA 2F47A 3DN3A 175LA 169LA 1L31A 1P56A 2RB0X 3C7YA 1L79A 119LA 3HTGA 1L23A 4I7KA 244LA 3HH3A 168LA 104LA 171LA 1I6SA 1C6KA 1L65A 163LA 1L89A 3K2RA 215LA 189LA 2RBOA 1L07A 1L48A 226LA 3GUJA 1C6CA 1P64A 186LA 1L36A 141LA 4W59A 3HH4A 3SB6A 191LA 1CV1A 1DYGA 3V2WA 162LA 1LI3A 190LA 2B72A 2B73A 3QAKA 1C6HA 2B6TA 4DKLA 151LA 1L04A 1PQJA 2ANXA 3C8RA 1SWZA 224LA 1PQMA 1L73A 3NYAA 4I7LA 3GUMA 170LA 4EKSA 1LLHA 2O79A 195LA 1C67A 152LA 1G0GA 3DN4A 192LA 3C7WA 1C6LA 1LPYA 2QARC 1JQUA 1QT3A 3DN1A 3HH6A 1CVKA 1L58A 262LA 1L39A 4DAJA 1G1VA 3HT7A 3HU8A 109LA 158LA 108LA 1C6AA 2F2QA 1KW7A 201LA 1L99A 1KNIA 1L74A 1SSWA 1QUGA 1CV6A 1L53A 3L64A 1KS3A 1L82A 3FA0A 3VW7A 1C6NA 248LA 4LZMA 3SB7A 1L0JA 1G0MA 167LA 1L13A 4ARPA 1CU2A 1G1WA 3G3WA 148LE 1SX2A 4EPFA 1C6FA 142LA 240LA 212LA 3GUNA 1T8GA 2OE9X 3CDOA 1L55A 161LA 137LA 4I7NA 1L57A 250LA 223LA 1L25A 3LZMA 2L78A 205LA 131LA 3GUOA 1L32A 166LA 4I7JA 1G0PA 222LA 2OE7X 3HDFA 1QUHA 1L12A 2HUKA 1L29A 1LGWA 4GBRB 173LA 123LA 1SWYA 4W55A 1C63A 2F32A 229LA 2OU8A 3HTBA 1P5CA 249LA 1L49A 256LA 196LA 1L91A 1CX6A 1C69A 4ZPUA 260LA 1OWYA 2OEAX 1QTVA 2RBSA 1D3FA 1L92A 1L90A 3RZEA 1D2WA 2B74A 2Z6BA 1P7SA 1T8FA 3SBAA 4EJ4A 3RUNA 1OV7A 1L95A 2RAZX 1L43A 253LA 3SBBC 1L00A 1L21A 3PBLA 1T97A 4PJZA 1SSYA 188LA 130LA 1L70A 1LGXA 4YXCA 181LA 140LA 216LA 3F9LA 3CDQA 1C66A 3DN8A 1L35A 1LYHA 122LA 214LA 4I7TA 113LA 1DYDA 1LI6A 1L11A 126LA 183LA 1L63A 4EXMA 1XJTA 1L40A 1PQKA 1L83A 1C6IA 255LA 3F8VA 199LA 3G3VA 1PQDA 3SN6R 1QS9A 1XJUA 1P6YA 112LA 1L66A 111LA 3DMVA 1QT7A 1L96A 1L19A 254LA 5I14A 3GUIA 4ARLA 3NY8A 1L51A 184LA 125LA 1T8AA 4I7SA 1L06A 2OU9A 4ARJA 1P2RA 1QTDA 1L41A 110LA 1XEPA 1L09A 3DN0A 3HT6A 4YX7C 1L98A 1ZWNA 2ANVA 2LC9A 2QB0B 7LZMA 3HTDA 2CUUA 3HT9A 3OE9A 1L77A 1L47A 1CUQA 1LI2A 1C6QA 1LYGA 1LYJA 1D3NA 1L0KA 1L56A 4LDLA 3HUQA 1OWZA 232LA 3UONA 1CTWA 245LA 1QTZA 2RBPA 1OVHA 2HUMA 3NY9A 4I7QA 4W54A 155LA 1D3JA 1L37A 128LA 1OVJA 3C8QA 174LA 1QSQA 247LA 1C68A 4PK0A 4DJHA 242LA 129LA 230LA 1L80A 1KY1A 1L45A 1ZURA 1CU6A 2Q9EA 1K28A 3GULA 2OTZX 185LA 234LA 200LA 115LA 3OE8A 1KW5A 2NTHA 3DN6A 2B6XA 1PQIA 1L97A 4GRVA 139LA 1C6TA 1OVKA 1L26A 3FADA 4EKQA 1C60A 2B75A 3SB9A 1L87A 1L22A 3C80A 177LA 1OYUA 1C65A 1L68A 4W52A 235LA 1QT6A 1C6EA 165LA 1QTBA 3CDVA 4IAPA 1L76A 4ARMA 2RBRA 120LA 4I7OA 4W58A 2OU0X 4W57A 2LZMA 2IGCA 1B6IA 1CX7A 3HUKA 1L85A 4W53A 3GUKA 145LA 150LA 1L62A 159LA 4K5YA 227LA 1L71A 2RH1A 2B6YA 4W51A 258LA 1JTMA 1L42A 187LA 4ARQA 3SB5A 1L01A 3GUPA 1L94A 1L34A 4I7PA 1G0JA 1P37A 3G3XA 4LDOA 1C6MA 1QT4A 2OE4X 3SB8A 1L16A 218LA 1LWKA 1L08A 1SX7A 1QT8A 1L81A 1L84A 1LYEA 3CDRA 1CU0A 2LCBA 1LYIA 3HT8A 1DYEA 2O7AA 241LA 1L59A 4I7MA 1C62A 3V2YA 164LA 1CV4A 4EKRA 243LA 1G0LA 1L24A 3PDSA 2RB2X 3DMZA 3HTFA 1L88A 1JTNA 3HWLA 1QTHA 1KY0A 156LA 4ARMB 1QUOA 238LA 3EMLA 1LGUA 180LA 1C6GA 1C6DA 231LA 2OTYX 3C81A 1G07A 2HULA 2B6ZA 1G06A 1QS5A 2B70A 182LA 220LA 1L33A 1L75A 1G0KA 157LA 233LA 2B6WA 228LA 1L61A 1P3NA 1CV5A 1DYFA 1QT5A 1WTHA 237LA 206LA 2Q9DA 2RBNA 3HDEA 3HUAA 1CU3A 198LA 160LA 1L10A 1L38A 2B7XA 4ARQB 197LA 1L15A 1T6HA 1G0QA 1L64A 252LA 3C82A 4OO9A 1C64A 1L17A 1L67A 1L18A 143LA 1DYCA 209LA 246LA 3HH5A 2RBQA 147LA 1L93A 3DMXA 3DN2A 172LA 1P36A 1CU5A 1QUDA 3OE0A 1LW9A 1L72A 1TLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L02A 4I7RA 4HJZA 219LA 1BB7A 1GB2A 1P2LA 1GF5A 3A3QA 1LYOA 1DPXA 4TTDA 4YXAC 1V7TA 176LA 4NFVA 1L28A 1GF8A 1L30A 1IWUA 1JWRA 2G4PA 1B7QA 2NTGA 1NBYC 1CJ7A 1LYFA 2ZIJA 1OP9B 2ZILA 4BS7A 1L27A 1XGTC 1NHBA 1QDRA 4W56A 1DKKA 4B4EA 2ZQ4A 3B0IA 3B6LA 4P2EA 1VDPA 1WTMA 5KXNA 3ODUA 5HMVA 2BQMA 4I8SA 239LA 175LA 1L31A 2YBLA 4EOFA 1L79A 1L23A 4XENA 3N9AA 4I7KA 3HH3A 5C6LA 1C7PA 1OUHA 4NSGA 4H9IA 1C6KA 1LZ9A 163LA 4WO6A 1L89A 1LSFA 2H9JA 3K2RA 5KKIA 189LA 1GB9A 3HBEX 4WM3A 2YBNA 3GUJA 2NWDX 1HFYA 1L36A 2RSCA 4W59A 1CKGA 4DD0A 4NGVA 1GDWA 1QUSA 1CV1A 1DYGA 4DDCA 1IWXA 4NHPA 3D9AC 190LA 2B72A 2D6BA 2B73A 3QAKA 4DKLA 1UACY 3A91A 3C8RA 1L73A 4OOOA 3W6EA 195LA 2DQCY 2DQJY 3DN4A 192LA 4WM1A 153LA 1JQUA 3DN1A 3HH6A 1JUGA 2BQJA 262LA 1YL1X 3F6ZA 109LA 1GE1A 4ZIXA 158LA 1KW7A 1NDMC 1GXV2 4FDYA 1B9OA 1KNIA 1LYYA 1LZ1A 4DD7A 1QUGA 1FLYA 1IEEA 2CJLA 1LSCA 3L64A 2DQGY 4L41A 2BQGA 1L0JA 4ETDA 3P66A 1GBSA 4J1AA 1SX2A 5DL9A 4WM4A 1GFEA 1BVXA 2OE9X 3CDOA 4N8ZA 1LZRA 161LA 137LA 223LA 1LZ4A 2BLYA 3LZMA 2L78A 5E4PA 4PGJB 1JISA 4PRUA 1JKCA 4I7JA 222LA 4TWSA 3HDFA 1QUHA 1LJEA 1HEOA 1IWTA 2D4IA 5I4XA 1L29A 1LGWA 4GBRB 1C63A 5KXWA 4BAFA 4C5FA 4G4CA 5IELA 3TMVA 249LA 2ZQ3A 1AM7A 1LJ3A 1C69A 4G49A 4Z46A 4KT3A 1GDXA 1GB5A 1UICA 2Z6BA 1T8FA 1C43A 1L95A 1UIEA 2BLXA 3SBBC 1L00A 2Y8PA 4GCDA 4NHQA 4PHIA 4PJZA 188LA 3IJVA 4PPOA 1G7HC 140LA 3F9LA 122LA 214LA 3AGHA 4H8YA 4N9RA 5KXKA 1HFZA 1XJTA 5I5QA 1NWGA 4ETBA 3G3VA 1GBZA 1QS9A 1XJUA 4WO9A 1P6YA 4HP0A 111LA 208LA 3GXKA 1C08C 1QT7A 1L96A 1L19A 1XGRC 3WUAA 3NY8A 1LZEA 1L51A 184LA 5LXWA 1WQRA 2PC2A 1LZ6A 1GPQC 1MLCE 1JTPL 2CGIA 1QTDA 1IR8A 1XEPA 1L09A 2MECA 2MEBA 1HF4A 2QB0B 1EQ5A 1IP2A 3HT9A 3EBAB 1L77A 1HHLA 2HEEA 5A3ZA 4HPIA 1C6QA 1IC7Y 3TMXA 5DN4A 1CTWA 2ZNWY 245LA 2FYDA 4IJ4A 2HUMA 1XGPC 1L37A 3C8QA 1QSQA 1FLUA 242LA 1KY1A 1LSNA 2Q9EA 1K28A 1WTNA 2OTZX 1DXJA 185LA 2YSSC 115LA 5FEKA 1KW5A 1GE3A 1RI8B 1PQIA 5KJ9A 2YBIA 139LA 3AGIA 1L26A 4EKQA 207LA 3QE8A 3SB9A 3WW6A 4W52A 3W6FA 2BQLA 1REZA 165LA 3WPLA 1NMMA 3WPJA 1IO5A 4I7OA 1IWVA 1J1OY 1G7MC 1LMPA 4W57A 2LZMA 2HEBA 1GBXA 1BB3A 1UBZA 4QEQA 1GD6A 150LA 1L62A 1UA6Y 159LA 2BAAA 227LA 1IP4A 2B6YA 1IOSA 4TX7A 258LA 4NY5A 5LVGA 4B4IA 1L42A 9LYZA 4ARQA 3SB5A 1L01A 2FBDA 4NGYA 4I0CA 5L3HA 1G0JA 3A6CY 3G3XA 4LDOA 218LA 1JJ3A 1GBWA 2YBMA 3HBHA 1L84A 3CDRA 1GFHA 4DD3A 1LTMA 241LA 1LZYA 4H91A 1D6QA 1L59A 4I7MA 1VAUA 5APCA 3AYQA 3V2YA 5LVKA 1HEWA 2DQDY 3G3BB 1QIOA 2XTHA 1GEZA 1JTNA 1KY0A 1QUOA 1LHHA 4KPMA 1CJ6A 2OTYX 4NHTA 4B4JA 1G07A 1BB5A 4XJBA 1VATA 2Z12A 1FDLY 2B70A 4N1CC 4H9BA 2F4GA 4ET8A 233LA 3T6UA 1CKHA 228LA 1CJ8A 3HFMY 2RBNA 3HUAA 160LA 1L10A 1L38A 2B7XA 4ARQB 197LA 1RCMA 3LHMA 5KXPA 1OUEA 1L18A 1GFKA 1GAYA 147LA 3DN2A 1JHLA 3MGWA 3OE0A 4ZEEA 1B7NA 2AUBA 4LYMA 1VDSA 4NG8A 3FI5A 236LA 4RLNA 1QUTA 5LIOA 1NDGC 1ZYTA 211LA 4H93A 1I20A 1CV0A 2A4TA 4M6DA 3A95A 221LA 4NG1A 1C61A 1XGUC 3C8SA 138LA 1LSGA 3HU9A 1IWWA 1GB3A 1XGQC 3ZVQA 4OWEA 4O34A 1B7PA 1L46A 225LA 4LYZA 1HSXA 3FI7A 2ZWBA 4WG1A 1LYDA 4GN4A 1QTCA 5KKJA 1DYBA 103LA 1JIYA 1JJ1A 4HV2A 2O4WA 1JTOL 251LA 178LA 1FN5A 1HEQA 1YKXX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L02 A;  4I7R A;  4HJZ A;  219L A;  1BB7 A;  1GB2 A;  1P2L A;  1GF5 A;  3A3Q A;  1LYO A;  1DPX A;  4TTD A;  4YXA C;  1V7T A;  176L A;  4NFV A;  1L28 A;  1GF8 A;  1L30 A;  1IWU A;  1JWR A;  2G4P A;  1B7Q A;  2NTG A;  1NBY C;  1CJ7 A;  1LYF A;  2ZIJ A;  1OP9 B;  2ZIL A;  4BS7 A;  1L27 A;  1XGT C;  1NHB A;  1QDR A;  4W56 A;  1DKK A;  4B4E A;  2ZQ4 A;  3B0I A;  3B6L A;  4P2E A;  1VDP A;  1WTM A;  5KXN A;  3ODU A;  5HMV A;  2BQM A;  4I8S A;  239L A;  175L A;  1L31 A;  2YBL A;  4EOF A;  1L79 A;  1L23 A;  4XEN A;  3N9A A;  4I7K A;  3HH3 A;  5C6L A;  1C7P A;  1OUH A;  4NSG A;  4H9I A;  1C6K A;  1LZ9 A;  163L A;  4WO6 A;  1L89 A;  1LSF A;  2H9J A;  3K2R A;  5KKI A;  189L A;  1GB9 A;  3HBE X;  4WM3 A;  2YBN A;  3GUJ A;  2NWD X;  1HFY A;  1L36 A;  2RSC A;  4W59 A;  1CKG A;  4DD0 A;  4NGV A;  1GDW A;  1QUS A;  1CV1 A;  1DYG A;  4DDC A;  1IWX A;  4NHP A;  3D9A C;  190L A;  2B72 A;  2D6B A;  2B73 A;  3QAK A;  4DKL A;  1UAC Y;  3A91 A;  3C8R A;  1L73 A;  4OOO A;  3W6E A;  195L A;  2DQC Y;  2DQJ Y;  3DN4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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