1L59A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGENGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l59A00
4YXCA 4ARJA 1LYIA 3C80A 2B6XA 142LA 3HT7A 1L97A 3CDQA 1L63A 1KY1A 1CVKA 3CDTA 1C6BA 1SWZA 1D3NA 1L88A 4ZPUA 1L96A 4W56A 109LA 3G3VA 161LA 1L0JA 1L17A 3HDEA 4AQNA 1L64A 1LLHA 166LA 1L59A 4I7RA 1SX7A 113LA 1LYHA 1L35A 1P5CA 1C66A 1L00A 4W58A 2O7AA 1PQDA 191LA 3V2WA 159LA 126LA 3OE8A 1L38A 2RBRA 1CV3A 4I7LA 2B70A 3C82A 195LA 1L06A 3HUQA 1L99A 4S0WA 3DN4A 238LA 3D4SA 1L51A 2OU9A 240LA 229LA 3HUAA 1L91A 223LA 1KNIA 4I7SA 181LA 2Q9DA 3FADA 1L90A 1C65A 2B72A 176LA 1CUQA 256LA 1L53A 1LYEA 4ARMA 3NYAA 4K5YA 1OVKA 1CUPA 2RAYX 3HH6A 102LA 1G0GA 3GUJA 1P7SA 1G07A 2B6YA 3GUNA 1QUDA 213LA 2QARC 4E97A 114LA 3HU8A 1P3NA 2HUMA 137LA 1I6SA 3C8QA 4ARQB 1CU5A 4EJ4A 1SSWA 2RH1A 2Z6BA 1LI3A 211LA 252LA 171LA 111LA 227LA 1OWYA 3C7ZA 1LI2A 245LA 1QS5A 219LA 1L16A 243LA 1DYAA 167LA 3DN6A 2RB1X 1C6CA 1L13A 3HUKA 3EMLA 1L49A 1L01A 1CV4A 226LA 3DN1A 215LA 214LA 1G1VA 3VW7A 1L39A 1L03A 1L84A 1LWGA 247LA 236LA 1L67A 183LA 2ANXA 2QB0B 3SN6R 128LA 1L42A 164LA 3OE0A 1SSYA 3OE9A 120LA 1CU2A 4W57A 3GUIA 145LA 1L79A 1SWYA 2OEAX 249LA 1CX6A 1C6JA 1ZURA 1CU3A 2RAZX 205LA 224LA 1L32A 230LA 1T97A 188LA 1OVJA 2NTHA 147LA 2B73A 1P6YA 1L31A 2NTGA 1L05A 4ARLA 1LGWA 1C6FA 1XEPA 7LZMA 3SBAA 4EKSA 1DYCA 4LZMA 2F47A 3CDOA 4EKRA 192LA 1L23A 212LA 1OV7A 233LA 162LA 1L24A 3F9LA 1CU0A 221LA 4EKPA 1G0LA 1L76A 1L77A 1L50A 1DYEA 3C8SA 1D3FA 1LGXA 1C6KA 241LA 1L19A 1CV6A 1L22A 4EKQA 2B75A 3DN0A 198LA 149LA 1ZWNA 141LA 112LA 1TLAA 2B74A 1OYUA 1PQJA 244LA 2O4WA 1L83A 206LA 3QAKA 1L18A 158LA 259LA 119LA 156LA 1L10A 1C6QA 6LZMA 187LA 1PQIA 196LA 3DN8A 1L26A 4IAPA 3DN2A 3PBLA 2F32A 1L09A 3HH5A 3C7WA 1QTZA 1L08A 175LA 1C6NA 150LA 1L25A 2LC9A 3HTFA 4EPIA 1T6HA 3HT9A 2ANVA 2LCBA 3HT8A 258LA 3CDRA 1QTBA 1QTCA 1L75A 2CUUA 1OV5A 3GUPA 4W52A 1L37A 1L29A 3DKEX 3HTDA 1LYGA 115LA 146LA 1G1WA 1L89A 2RBOA 1P64A 131LA 110LA 1L15A 3FI5A 140LA 1L27A 3HWLA 3SB8A 1P46A 4LDLA 1C69A 3SB9A 1CU6A 1QSQA 2OU0X 184LA 1C6DA 4I7PA 125LA 1L74A 2HUKA 170LA 1L86A 2IGCA 260LA 3DN3A 1C6PA 255LA 1L80A 3DNAA 1ZYTA 3PDSA 3CDVA 1G0PA 108LA 3C7YA 1D3JA 2Q9EA 3DMZA 3HT6A 189LA 1L73A 1G0KA 1L44A 1P56A 2A4TA 1PQMA 1XJUA 152LA 1LYFA 1L82A 1L47A 1L58A 3DMXA 4I7KA 1C6HA 231LA 3FA0A 2B6TA 185LA 197LA 4EXMA 254LA 1L62A 4I7OA 182LA 123LA 234LA 2OE7X 253LA 2RBPA 4I7MA 1L71A 1L95A 3GUOA 1D2WA 3SB6A 4LDOA 1C62A 1QT7A 5LZMA 1G0MA 177LA 1QTHA 225LA 160LA 1XJTA 4GRVA 1C61A 4OO9A 1L57A 1DYDA 3HTGA 1L66A 1T8AA 2RBQA 174LA 1L20A 1LYJA 2B6WA 1QTDA 1CTWA 1QT6A 3LZMA 4W54A 1L33A 4GBRB 1L69A 1DYFA 4DJHA 1DYBA 1L60A 4ARMB 3RUNA 1DYGA 1QUOA 1L55A 2OE4X 3F8VA 4ARQA 173LA 1LPYA 138LA 1LW9A 3V2YA 2O79A 1C6EA 151LA 3OE6A 4W59A 3RZEA 1QS9A 1L68A 4DKLA 1L85A 107LA 1L34A 3UONA 1D3MA 1PQKA 1KS3A 1T8FA 216LA 2OE9X 3SBBC 2F2QA 3SB5A 1OWZA 165LA 180LA 228LA 1L52A 1L72A 129LA 3DMVA 3L2XA 4PJZA 1LYDA 144LA 248LA 1L65A 1L87A 3ODUA 4EPFA 157LA 1C6IA 127LA 4W51A 232LA 2HULA 1C68A 1PQOA 5I14A 4DAJA 103LA 1P2RA 3HTBA 2B6ZA 1P2LA 1G0QA 1L36A 239LA 2OU8A 139LA 1B6IA 1D9WA 4I7NA 3C81A 257LA 1JTMA 201LA 2RBNA 1L61A 218LA 1L30A 4W55A 3HH4A 2OTZX 104LA 1L14A 143LA 2LZMA 1EPYA 3K2RA 1KY0A 1T8GA 200LA 1C6LA 4I7JA 172LA 4LDEA 3C8RA 1C64A 1L40A 1L41A 1QSBA 1P37A 2RB2X 237LA 1CV1A 1P36A 1L02A 1G0JA 1L45A 1C6GA 1LI6A 4ARPA 1L43A 1JQUA 1QTVA 1L21A 1L0KA 168LA 3NY8A 3G3WA 118LA 210LA 1NHBA 1K28A 1QT4A 148LE 2RBSA 1L98A 4I7TA 261LA 1L07A 3G3XA 2B7XA 4PK0A 250LA 1L28A 4YXAC 199LA 1C63A 3SB7A 190LA 262LA 242LA 1L04A 2RB0X 155LA 130LA 1JTNA 1KW7A 1G06A 246LA 251LA 1CX7A 1QT5A 209LA 3C83A 3L64A 4W53A 217LA 1L93A 1D2YA 1L92A 1L94A 222LA 3GUMA 2L78A 3HU9A 122LA 2OTYX 3JR6A 235LA 1L12A 3HDFA 1LGUA 4YX7C 1C6MA 1QT8A 1OVHA 1L48A 1WTHA 163LA 1L54A 3HH3A 4I7QA 1L81A 1SX2A 186LA 1QT3A 3GULA 1C6TA 178LA 1CV0A 3NY9A 3GUKA 220LA 1C67A 1L56A 1QUHA 1C60A 1KW5A 169LA 1CV5A 1L70A 1L46A 1LWKA 1L11A 1C6AA 1QUGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYIA 2AUBA 3D9AC 2ZIJA 4HV1A 1C6BA 1L96A 161LA 3HDEA 5C6LA 4AQNA 1L64A 1IWTA 2H9JA 166LA 1VDTA 1RFPA 4I7RA 1P5CA 1L00A 3HFMY 1D0MA 159LA 1GF7A 126LA 2DQEY 5DM9A 1L38A 5ILFA 1GHLA 4XJDA 3AYQA 208LA 3DN4A 4DQJA 1UC0A 153LA 2OU9A 1HSXA 1BB7A 229LA 1D9UA 1LZNA 1LSCA 3LYMA 2Q9DA 2HEBA 1L90A 4C5FA 2MEIA 5B1GA 1GE3A 1KIQC 2MEGA 2RAYX 3HH6A 1BVKC 2BQCA 1GBZA 2QARC 114LA 1GFEA 4Z98A 3J6KA 1P3NA 1UACY 137LA 3C8QA 4EJ4A 1CU5A 3IWRA 4GCEA 4I8SA 2Z6BA 171LA 1LJ3A 111LA 2YBLA 4H1PA 1RI8B 3DN6A 1LJFA 1IIZA 1DPXA 1YKYX 1L01A 1L03A 1JWRA 236LA 2LYOA 5C6JA 4DYGA 3SN6R 4WM3A 1SLYA 1LKSA 1GFUA 3A96A 120LA 5HQ1A 1CU2A 4W57A 2D6BA 4NGYA 1GF4A 2GV0A 1IR7A 1UIFA 1L79A 1DZBX 3LN2A 1CX6A 1C6JA 1HFZA 1YIKA 1LZRA 1BB3A 5B07A 1B7MA 4BAFA 6LYZA 147LA 1KIRC 1XEPA 7LZMA 5B06A 2HUBA 1CKDA 5HMJA 1GE1A 3CT1A 4EKRA 2CJLA 2ZQ4A 162LA 4N1CC 1IP5A 2MEAA 4NGOA 1IC4Y 3C8SA 1QSWA 3W6BA 4NGIA 4NFVA 2XBSA 241LA 1L22A 1TEWA 198LA 3DN0A 5F9XA 4B4EA 112LA 3WW6A 4LT1A 1OYUA 4TSCA 1PQJA 4OWBA 4DQ7A 1LZEA 1LSGA 3E3DA 1L10A 1HELA 2I25L 1PQIA 3CB7A 1L26A 4IAPA 3DN2A 4YEMA 2F32A 1FBIX 1L09A 1L08A 4QGZA 5HNCA 4W96A 2LC9A 1T6HA 2HU3A 3ATOA 2MEFA 4W52A 1WQQA 2MEEA 115LA 1L89A 4WG7A 2RBOA 4TTDA 4WMGA 3HWLA 1C69A 1QSQA 4CJ2A 3RU5A 1GXV2 4I7PA 3LYOA 4QEQA 4M4OA 1GFJA 3TXHA 1YQVY 3HT6A 1L44A 1XJUA 5LIOA 1B7QA 1IP6A 1L58A 5KXRA 5APDA 2BQJA 1L62A 234LA 2OE7X 4ET9A 1L95A 1FN5A 3GUOA 3TMWA 3SB6A 1OUJA 1C62A 3WL2A 4OO9A 3HTGA 1IY3A 4O34A 4MSTA 1L20A 1EL1A 2W1YA 4G4HA 1QTEA 4ARMB 5LAGA 1LMAA 1L55A 3F8VA 1YAQA 5LVHA 1HEPA 1HHLA 4WLYA 1IOTA 5A3ZA 1ZV5L 2O79A 151LA 2HEFA 5LINA 1UIHA 1XGQC 1IO5A 2OE9X 4GLAA 1OWZA 1N4FA 1E8LA 3DMVA 1P2CC 1UA6Y 1WQPA 3W6EA 248LA 1DI4A 5IHGA 1L65A 5HLLA 4YF2A 2HULA 4PGJB 5LXWA 1P2RA 2Z2FA 3B0KA 3C81A 1LYOA 104LA 3K2RA 3KAMA 2X0AA 4YEOA 5F16A 1LSNA 1YILA 1QIOA 1C64A 1L40A 4ANRA 4LT0A 1REXA 5II3A 1P37A 2XQOA 3AGHA 1L02A 4XJFA 2Z39A 4ARPA 1LHJA 2HEAA 4CFPA 1QTVA 3ATNA 1IEEA 1NKHA 4NEBA 3G3WA 118LA 148LE 1XGRC 2BQFA 1L98A 1VDQA 4H92A 1CKFA 250LA 1L28A 4YXAC 1C63A 1LCNA 1XSFA 242LA 4DQ5A 4B1AA 3TXEA 1DXJA 4CGEA 3WMKA 1LMOA 251LA 1W6ZA 4H8XA 4W53A 1L93A 1L92A 4LYCA 222LA 3ZVQB 2YBMA 2OTYX 3JR6A 1C45A 3HDFA 1LGUA 1JUGA 4WM6A 1OVHA 1L48A 4GLVA 1L54A 1LZ6A 3HH3A 186LA 1QT3A 1C6TA 178LA 3QNGA 1GBXA 1L56A 1XGPC 4H91A 1QUTA 5T3FA 1C6AA 4J1AA 4YXCA 3HT7A 1IC7Y 1CKHA 1L63A 2Z19A 1LZGA 5LYMA 4W56A 3G3VA 5IELA 1LLHA 1KIPC 2BQKA 1L59A 1BB5A 4W58A 5FDJA 1C10A 5HMVA 2O7AA 1PQDA 191LA 1QDTA 4LYOA 3OE8A 4QDNA 5KXWA 4I7LA 195LA 1L99A 1LJKA 1L51A 1IWYA 1L91A 3A6BY 3WULA 181LA 3FADA 4ETAA 2WARA 1CKCA 1CUQA 256LA 3W3EA 1LZ8A 3NYAA 1VATA 4H8ZA 3IJUA 4EOFA 1BQLY 1G0GA 1B7PA 1GBWA 4J7VA 1QUDA 213LA 1QTKA 5DN5A 4DDBA 2HUMA 1I6SA 1BWHA 5KJ9A 1YROA 5DLAA 1HNLA 1GB6A 4IASA 252LA 1OWYA 3C7ZA 3QE8A 245LA 243LA 4DD2A 4BS7A 1DYAA 1B5ZA 1AT5A 167LA 4WM1A 2A7DA 226LA 3DN1A 1G1VA 1HMKA 1LMCA 3EBAB 1L39A 3VW7A 1LWGA 4OWCA 1MLCE 247LA 2W1LA 1LHIA 4NGJA 1L67A 183LA 2ANXA 2QB0B 3HBDA 128LA 1OUGA 2BQNA 1LSAA 2CGIA 3OE0A 5B05A 1SSYA 5I54A 1WQMA 4LT3A 2XBRA 3GUIA 4UWNA 145LA 3W6DA 1AKIA 1PZYA 2MEHA 5I4XA 2OEAX 4PPOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LYI A;  2AUB A;  3D9A C;  2ZIJ A;  4HV1 A;  1C6B A;  1L96 A;  161L A;  3HDE A;  5C6L A;  4AQN A;  1L64 A;  1IWT A;  2H9J A;  166L A;  1VDT A;  1RFP A;  4I7R A;  1P5C A;  1L00 A;  3HFM Y;  1D0M A;  159L A;  1GF7 A;  126L A;  2DQE Y;  5DM9 A;  1L38 A;  5ILF A;  1GHL A;  4XJD A;  3AYQ A;  208L A;  3DN4 A;  4DQJ A;  1UC0 A;  153L A;  2OU9 A;  1HSX A;  1BB7 A;  229L A;  1D9U A;  1LZN A;  1LSC A;  3LYM A;  2Q9D A;  2HEB A;  1L90 A;  4C5F A;  2MEI A;  5B1G A;  1GE3 A;  1KIQ C;  2MEG A;  2RAY X;  3HH6 A;  1BVK C;  2BQC A;  1GBZ A;  2QAR C;  114L A;  1GFE A;  4Z98 A;  3J6K A;  1P3N A;  1UAC Y;  137L A;  3C8Q A;  4EJ4 A;  1CU5 A;  3IWR A;  4GCE A;  4I8S A;  2Z6B A;  171L A;  1LJ3 A;  111L A;  2YBL A;  4H1P A;  1RI8 B;  3DN6 A;  1LJF A;  1IIZ A;  1DPX A;  1YKY X;  1L01 A;  1L03 A;  1JWR A;  236L A;  2LYO A;  5C6J A;  4DYG A;  3SN6 R;  4WM3 A;  1SLY A;  1LKS A;  1GFU A;  3A96 A;  120L A;  5HQ1 A;  1CU2 A;  4W57 A;  2D6B A;  4NGY A;  1GF4 A;  2GV0 A;  1IR7 A;  1UIF A;  1L79 A;  1DZB X;  3LN2 A;  1CX6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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