1L61A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPNLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l61A00
1P2RA 3CDQA 3G3VA 2OU8A 4I7OA 1LW9A 2NTGA 3DN0A 3OE8A 1C65A 1C6AA 1QS5A 3DN3A 3HTDA 1CV3A 1L67A 1CTWA 1PQOA 214LA 127LA 1L46A 1CX6A 152LA 1LYJA 1L70A 1C69A 1D3NA 1OVKA 1L33A 1JTMA 215LA 1SSWA 158LA 2RH1A 217LA 2CUUA 239LA 3HUQA 3DN6A 2RBRA 3FADA 3GULA 4I7JA 4W58A 255LA 1L50A 1L07A 1G1WA 1L14A 1L89A 2NTHA 2RB1X 2LCBA 151LA 161LA 1L09A 1L43A 242LA 220LA 3GUIA 126LA 1P36A 257LA 191LA 1CU2A 1P56A 1C67A 1B6IA 1ZURA 1L05A 1L72A 3NYAA 2RAZX 1G0QA 4EKSA 256LA 1QTZA 1L04A 2B6XA 3DNAA 176LA 240LA 123LA 1OWYA 2B6YA 1L82A 3GUOA 3EMLA 2B73A 232LA 4YXCA 4EPFA 114LA 1L65A 1JQUA 3C82A 140LA 1G0JA 1L20A 234LA 1KY1A 1L31A 1L68A 222LA 233LA 125LA 2B6ZA 2HULA 1PQDA 139LA 1XEPA 4ARJA 1L87A 1L24A 241LA 1L42A 1L34A 115LA 3PBLA 2L78A 1LI2A 1L11A 2O7AA 1L94A 1CV0A 178LA 3HH5A 1LI3A 253LA 3GUNA 1L55A 4LDEA 212LA 1G0LA 2Q9DA 4AQNA 1DYAA 3OE6A 196LA 1L16A 1D2WA 3FA0A 1L27A 1OWZA 1L95A 2ANXA 190LA 1OV7A 3SN6R 1P37A 225LA 1L58A 3FI5A 3HTFA 236LA 1T6HA 144LA 3SB6A 1G0PA 3HU9A 1JTNA 1L13A 4I7QA 1L90A 111LA 1QTCA 142LA 1D2YA 1DYEA 205LA 1DYBA 1L08A 2O4WA 3C7YA 1OVHA 254LA 2RBQA 1G06A 206LA 2F32A 1L32A 4W52A 1LYDA 131LA 3F8VA 224LA 2OU9A 3C83A 4I7NA 237LA 2HUKA 1D3JA 4E97A 1QTBA 3UONA 1CUQA 1CV5A 2RBNA 223LA 211LA 3LZMA 1C6DA 4OO9A 2LC9A 2F47A 260LA 4I7LA 1OVJA 148LE 1L36A 1QTHA 1L74A 1L85A 1L45A 1PQIA 4EJ4A 1D3FA 1QT5A 157LA 1L41A 1L06A 3G3XA 3SB5A 3DMVA 1L88A 189LA 1C6KA 1L48A 195LA 1C6LA 3C80A 1LYIA 1SWZA 130LA 4W59A 1L0JA 238LA 103LA 109LA 1QT4A 2RAYX 3DN4A 1L47A 1CX7A 1C68A 1QSBA 3HUAA 1C6CA 2QB0B 1ZWNA 4GRVA 2O79A 1L10A 4DAJA 3HWLA 3CDVA 1L56A 1L99A 5LZMA 1KW7A 1L30A 3HDFA 3PDSA 213LA 2Q9EA 3CDTA 186LA 1L40A 4ARMA 3HH3A 200LA 164LA 198LA 1CU6A 2A4TA 1DYCA 1K28A 1KS3A 3HDEA 1L61A 104LA 145LA 3CDRA 3DKEX 1L57A 4EKRA 149LA 181LA 219LA 185LA 1D9WA 258LA 174LA 1G0GA 1L17A 1CU3A 2RBOA 199LA 4I7RA 4PK0A 1C6GA 1L19A 1TLAA 3JR6A 1C63A 160LA 1L00A 1C6TA 2HUMA 1L91A 172LA 150LA 1L51A 1QT3A 4ARQA 1C6JA 1C64A 3QAKA 138LA 4DJHA 1G0KA 1PQKA 1CU0A 246LA 252LA 187LA 4I7MA 4K5YA 184LA 159LA 201LA 2B6TA 2OU0X 3HUKA 1P7SA 3OE0A 170LA 137LA 1T97A 3HH4A 1CVKA 1P2LA 1P5CA 1C6QA 1L52A 1SX2A 3GUKA 1OYUA 3HTGA 4W54A 7LZMA 1QUHA 1L62A 3ODUA 1C60A 4PJZA 1I6SA 3HTBA 4YXAC 1L84A 147LA 247LA 165LA 1L96A 4LDLA 3DN1A 4IAPA 1L49A 2ANVA 1LGXA 262LA 188LA 122LA 3C8SA 4W51A 1L66A 1KNIA 2OEAX 2RB2X 1LWKA 1C6NA 251LA 4W53A 1L53A 197LA 1L29A 3GUMA 1LWGA 3GUJA 230LA 1QUDA 168LA 1L73A 3D4SA 1XJTA 259LA 2B72A 3V2YA 3HT8A 3K2RA 1L01A 4YX7C 1P46A 156LA 1L83A 3NY9A 216LA 1XJUA 231LA 3HH6A 1QUOA 4EPIA 108LA 1L18A 1LYGA 1L60A 3DN8A 129LA 2RB0X 209LA 3C8QA 1DYGA 243LA 1C6BA 249LA 119LA 4W55A 1LGWA 167LA 1L38A 1L92A 228LA 3NY8A 4I7TA 1CV1A 4W57A 1LI6A 3HU8A 3SBAA 1L59A 1PQMA 120LA 245LA 146LA 244LA 3SB7A 3HT7A 2OE7X 1QT7A 141LA 1L86A 2B7XA 2Z6BA 4GBRB 1SX7A 110LA 3C81A 2LZMA 163LA 1T8GA 4I7KA 166LA 1EPYA 1CUPA 1C62A 1L28A 162LA 1L37A 2B70A 4EXMA 1QT6A 1T8AA 182LA 1L63A 1QTVA 1G0MA 3DMZA 102LA 3RUNA 183LA 4EKQA 4S0WA 3L64A 1LYFA 175LA 1QUGA 5I14A 3SB8A 221LA 1L80A 3HT9A 1OV5A 2B75A 1D3MA 3DMXA 2B6WA 171LA 1L23A 3F9LA 3RZEA 1C66A 1KW5A 261LA 3G3WA 227LA 1C6FA 1KY0A 1L76A 1WTHA 177LA 1NHBA 2OTYX 2RBPA 4W56A 1L71A 1G1VA 4LDOA 1L26A 1C6IA 1L97A 1ZYTA 2OTZX 2F2QA 1L81A 1T8FA 4EKPA 1L12A 1L39A 1L77A 218LA 1L02A 1L25A 4ARMB 1L98A 1P64A 4I7PA 1QT8A 226LA 2QARC 1CV6A 2B74A 3DN2A 2OE4X 1CU5A 1LLHA 250LA 1L0KA 3GUPA 1L79A 2IGCA 3V2WA 1PQJA 1L44A 192LA 6LZMA 1L64A 1QSQA 1L03A 248LA 1L35A 1QS9A 128LA 1L15A 1L54A 2OE9X 3C8RA 173LA 1DYFA 4LZMA 1C61A 169LA 1L21A 143LA 1CV4A 4ZPUA 210LA 1QTDA 235LA 3VW7A 1LYHA 3CDOA 3SB9A 1LGUA 1SWYA 4ARQB 107LA 1L93A 1P6YA 1G07A 3L2XA 1DYDA 180LA 1P3NA 1SSYA 229LA 1L69A 1LPYA 118LA 2RBSA 112LA 3HT6A 4I7SA 1C6EA 1L75A 1LYEA 113LA 3OE9A 4DKLA 1L22A 1C6HA 3SBBC 3C7WA 3C7ZA 1C6MA 1C6PA 155LA 4ARPA 4ARLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3VA 4MR1A 1GD6A 1C65A 1IR7A 3OE8A 3HFMY 5IDDA 2BQLA 3TMVA 1LZSA 2LZ2A 4O34A 3WW5A 4B1AA 5B06A 7LYZA 5E4PA 2DQEY 1JTMA 4HV1A 2HUBA 3LYOA 239LA 1LJEA 4LYTA 4H90A 2F4GA 2NTHA 3RT5X 2LCBA 2DQFC 1REMA 4H94A 1GF8A 154LA 1L43A 1YILA 220LA 1P36A 1T3PA 2Z38A 1C67A 4Z3MA 1YQVY 3BKHA 1LZNA 1G0QA 4EKSA 1WQPA 1FBIX 1QTZA 3DNAA 4ET8A 4LZTA 3GUOA 1L82A 3EMLA 4EPFA 1JSEA 1G7IC 114LA 1L65A 1FN5A 1JQUA 2DQDY 4NHPA 4N1CC 233LA 139LA 5FHWA 1XEPA 4ARJA 3N9AA 4RW2A 1L42A 3PBLA 4OOTA 1UIFA 5C6IA 3HBEX 1J1PY 1LMQA 1NWGA 1REXA 4BAFA 4LDEA 1G0LA 4OW1A 4WM3A 2HTXA 2A7FA 2IFFY 4II8A 5HMJA 1C7PA 2G4NA 3WVYA 1P37A 3HTFA 4G4CA 3HU9A 1LZEA 1L13A 4UWVA 1LZRA 4NGZA 2Z18A 3TXFA 3WVXA 3WUAA 2O4WA 3C7YA 1G06A 3A92A 206LA 1L32A 3C83A 237LA 1QUTA 1IWTA 4CHXA 1XGPC 5KXPA 2RBNA 4H91A 223LA 211LA 4C3WA 3HBHA 1C6DA 4OO9A 1XSFA 5DN4A 4I7LA 1NF5A 148LE 5DM9A 1QTHA 5F81A 1D3FA 5D5FA 5LA5A 1RFPA 3SB5A 4NGYA 2W1MA 1L88A 1GFJA 1L48A 1C6LA 1JTTL 4QEQA 4ETAA 238LA 3K3TA 2RAYX 1HEWA 3W6DA 1L47A 1CX7A 1NHEA 1C6CA 2QB0B 3AGGG 3QE8A 194LA 1WQOA 1RI8B 2BLYA 2O79A 1UUZC 1DXJA 5LZMA 1KW7A 2Q9EA 4XN6A 4DYGA 1GE1A 3HH3A 5II3A 4IATA 1FLUA 2A4TA 1K28A 1SQ2L 4AXTA 3TXBA 4HJZA 1YAOA 3CDRA 1CJ8A 4J1AA 1L57A 1GFRA 181LA 4PHIA 1DKKA 1HEOA 1G0GA 1L17A 1CU3A 1REYA 4RDSA 3WL2A 1TLAA 2BQNA 1JPOA 1GPQC 1D0KA 4XJGA 3P64A 3M18B 1DI4A 1G0KA 1XGTC 1IC7Y 1LSMA 1TBYA 3HUKA 1P7SA 3OE0A 5C6JA 4B49A 1CVKA 4NGVA 1P5CA 1L52A 4TSBA 1I56A 4G9SA 5IHGA 4RLMA 1OYUA 1W6ZA 3TXHA 1C60A 4PJZA 1I6SA 1LPIA 4YXAC 4YOPA 147LA 1LSZA 165LA 1CJ6A 1IOSA 2DQAA 2I26L 4H9HA 2ANVA 1UBZA 188LA 4H9AA 2Z12A 1LWKA 1C6NA 3WU7A 1GB9A 2D4KA 1L53A 1GEZA 1LCNA 197LA 2H9JA 3ZEKA 1L29A 1LWGA 3GUJA 1GB6A 2YBLA 2LHMA 4WG7A 3D4SA 1UA6Y 2XJWA 1HELA 4H92A 4YX7C 1UIAA 2I6ZA 3M3UA 156LA 1L83A 3G3BB 2N5ZA 108LA 5L3HA 1L18A 4LT1A 209LA 3C8QA 249LA 1LGWA 3NY8A 4I7TA 1CV1A 1JEFA 1LI6A 1CJ9A 4GCEA 5LVIA 4M6DA 2DQHY 245LA 146LA 1O23A 4ZEEA 1DI5A 1WQNA 2B7XA 4CFPA 2Z6BA 2LZMA 163LA 4DWXA 166LA 1EPYA 5I54A 4NWEA 162LA 3W3EA 1L37A 1AT5A 3CSZA 4EXMA 1JTOL 1QT6A 1T8AA 5APEA 3DMZA 183LA 4EKQA 1GXXA 1QUGA 1IWXA 1GF3A 2BQJA 4NGIA 1GE4A 2B75A 3DMXA 1EQEA 3RZEA 1KW5A 1NBYC 1PZYA 261LA 1HFXA 1C10A 1L76A 1WTHA 177LA 4NGKA 4NHQA 2G4PA 4GLVA 3CT1A 2BQMA 1GBXA 1VFBC 218LA 1L39A 1L77A 5FEKA 1C43A 226LA 5ILCA 1CV6A 1LLHA 2IGCA 1PQJA 2Z39A 192LA 2XQOA 4BADA 1QSQA 4H93A 1L03A 3W6AA 1QS9A 128LA 4NIJA 1L54A 1C61A 169LA 2ZQ3A 210LA 134LA 2MEBA 1LSBA 1LYHA 4H9EA 3SB9A 2XTHA 1VEDA 107LA 1P6YA 1BVXA 1GF0A 1AM7A 1DYDA 5APCA 2F2NA 1L69A 1LPYA 4NY5A 4WO9A 112LA 2C8OA 1V7TA 4I7SA 1L75A 113LA 1LZ9A 4DKLA 1LYYA 2ZIKA 3C7WA 5I4WA 4TX7A 1J1XY 4TTDA 5APDA 1LYZA 1P2CC 4GN4A 1P2RA 3CDQA 1VAUA 1LW9A 1OUEA 1IY4A 2Z2FA 2A7DA 1QS5A 1XEIA 3KAMA 4U3XB 4LGKA 1LZTA 1JJ3A 1LHHA 1CTWA 4N8ZA 1D3NA 1OVKA 1L33A 215LA 1SSWA 158LA 3EXDA 5KXTA 2CUUA 1GBZA 1UIHA 5LYMA 1OUIA 1LZGA 1VDPA 4NWHA 2MECA 4WL7A 1HEMA 1TCYA 2RB1X 5KXOA 3GXRA 1L09A 4WLDA 1HEPA 1CU2A 4NSIA 2G4QA 1ZURA 2BAAA 2F4AA 2IHLA 3N9CA 2RSCA 4OOOA 123LA 1OWYA 2B6YA 3WPLA 1JKBA 2B73A 232LA 2Y8PA 1FKVA 5LVKA 2ZNWY 3P65A 1B5ZA 140LA 4TWSA 1IC4Y 2W1LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G3V A;  4MR1 A;  1GD6 A;  1C65 A;  1IR7 A;  3OE8 A;  3HFM Y;  5IDD A;  2BQL A;  3TMV A;  1LZS A;  2LZ2 A;  4O34 A;  3WW5 A;  4B1A A;  5B06 A;  7LYZ A;  5E4P A;  2DQE Y;  1JTM A;  4HV1 A;  2HUB A;  3LYO A;  239L A;  1LJE A;  4LYT A;  4H90 A;  2F4G A;  2NTH A;  3RT5 X;  2LCB A;  2DQF C;  1REM A;  4H94 A;  1GF8 A;  154L A;  1L43 A;  1YIL A;  220L A;  1P36 A;  1T3P A;  2Z38 A;  1C67 A;  4Z3M A;  1YQV Y;  3BKH A;  1LZN A;  1G0Q A;  4EKS A;  1WQP A;  1FBI X;  1QTZ A;  3DNA A;  4ET8 A;  4LZT A;  3GUO A;  1L82 A;  3EML A;  4EPF A;  1JSE A;  1G7I C;  114L A;  1L65 A;  1FN5 A;  1JQU A;  2DQD Y;  4NHP A;  4N1C C;  233L A;  139L A;  5FHW A;  1XEP A;  4ARJ A;  3N9A A;  4RW2 A;  1L42 A;  3PBL A;  4OOT A;  1UIF A;  5C6I A;  3HBE X;  1J1P Y;  1LMQ A;  1NWG A;  1REX A;  4BAF A;  4LDE A;  1G0L A;  4OW1 A;  4WM3 A;  2HTX A;  2A7F A;  2IFF Y;  4II8 A;  5HMJ A;  1C7P A;  2G4N A;  3WVY A;  1P37 A;  3HTF A;  4G4C A;  3HU9 A;  1LZE A;  1L13 A;  4UWV A;  1LZR A;  4NGZ A;  2Z18 A;  3TXF A;  3WVX A;  3WUA A;  2O4W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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