1L62A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGEDGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l62A00
3C81A 4DKLA 199LA 1L54A 1L20A 170LA 4YX7C 188LA 1L55A 157LA 119LA 4PK0A 1LGUA 1L06A 1L44A 1QTZA 225LA 1L40A 3DN6A 253LA 1L77A 2RAYX 141LA 3FA0A 1QS9A 246LA 1G0QA 2B6TA 3HTBA 1C6KA 181LA 224LA 4GBRB 1OV7A 3NYAA 176LA 1L24A 2RB1X 1D3FA 3HU8A 146LA 258LA 4E97A 1L05A 2F2QA 1JTNA 1G0GA 230LA 4W53A 1LGXA 1L0JA 150LA 1L46A 137LA 4LDOA 4ARJA 1QSBA 2RBSA 1L50A 1L99A 2B6WA 125LA 1LYGA 1OVHA 3V2WA 148LE 236LA 1T97A 3DNAA 4W59A 3GUOA 4EJ4A 1DYCA 1L81A 1L04A 3OE9A 3HUKA 1L34A 2O7AA 1CU0A 1PQIA 1OWYA 3G3XA 4I7PA 2B75A 1CV0A 3CDQA 2OEAX 1SSYA 4W51A 183LA 2CUUA 3GUNA 1L13A 1G0PA 102LA 1L86A 198LA 2NTHA 3HT6A 2LCBA 4LZMA 2RBRA 221LA 1OVJA 3OE8A 2B73A 1QUHA 1P2RA 3HH5A 1DYFA 220LA 2RH1A 1L73A 159LA 3PBLA 2B7XA 3K2RA 210LA 1DYAA 3DMZA 4ARQB 249LA 2RAZX 4EXMA 111LA 1CUQA 1L71A 1TLAA 4W58A 1CU5A 1L27A 1L33A 4I7QA 1L61A 215LA 4ARQA 3L2XA 1C62A 1QTDA 1DYGA 1L09A 1D3NA 1LYHA 1C66A 178LA 172LA 3SBBC 3SB6A 1L16A 2B6ZA 2RBPA 228LA 3HUQA 244LA 1C60A 4LDEA 3FADA 3OE0A 2B74A 147LA 1QTBA 2NTGA 1QT3A 3HH6A 1C6JA 241LA 1L72A 1L25A 1C69A 2B6XA 1L23A 256LA 1L48A 1C6QA 1XEPA 1L02A 1QTCA 2B70A 3CDOA 4EKPA 109LA 3RUNA 251LA 1XJTA 1CX7A 1L07A 1CV4A 2O79A 1L43A 4DJHA 261LA 248LA 171LA 3C7YA 1LLHA 4PJZA 1SWZA 152LA 3SB8A 3C8QA 238LA 115LA 1T8GA 1SX2A 2RBQA 3G3WA 1OYUA 2ANXA 4EKSA 4I7SA 1SWYA 209LA 1XJUA 1L10A 1I6SA 1L12A 144LA 3SB9A 3LZMA 165LA 3GUIA 1L45A 195LA 1JQUA 1P3NA 1LI6A 110LA 1K28A 1LI3A 1L53A 1QUDA 216LA 239LA 243LA 1C6IA 1ZYTA 3F8VA 2O4WA 175LA 3C80A 2OE7X 4IAPA 1KY1A 166LA 185LA 2HUKA 214LA 2OE9X 5LZMA 3SB7A 1G0MA 4I7JA 1OV5A 2B6YA 1L28A 173LA 4I7RA 156LA 229LA 162LA 3QAKA 235LA 160LA 2RB0X 6LZMA 1CU6A 3L64A 231LA 247LA 219LA 1L70A 1LYFA 4I7TA 3HWLA 1QSQA 1PQMA 3SBAA 142LA 211LA 1QUOA 1CU3A 1CVKA 4LDLA 1P6YA 1L75A 1L47A 205LA 1KY0A 1CU2A 1D9WA 1L68A 4ZPUA 1NHBA 3C82A 4EPFA 1L26A 1QT6A 1L74A 1L14A 1P7SA 1L79A 1G1WA 2OU9A 2IGCA 3HDFA 4I7KA 3HDEA 187LA 163LA 1B6IA 2QARC 1LYJA 1L01A 3GUJA 4W54A 1QTHA 3HTGA 1CV3A 242LA 3PDSA 1C6PA 2L78A 233LA 1C6DA 3DN1A 1JTMA 206LA 2LZMA 2OU8A 189LA 3C7WA 3EMLA 3G3VA 1L52A 2F47A 149LA 1G1VA 1L90A 197LA 192LA 1OVKA 1L88A 1QT8A 1P37A 1P56A 112LA 1G07A 218LA 2Q9EA 1PQKA 2HUMA 1KNIA 3DMVA 1L91A 2ANVA 143LA 1L00A 3OE6A 1C6LA 1G0KA 4YXCA 1T8FA 4GRVA 196LA 1C6CA 1L57A 1PQOA 1QUGA 3DN4A 3RZEA 234LA 1L15A 1L18A 5I14A 1CX6A 168LA 1CUPA 1L82A 128LA 232LA 130LA 257LA 1L65A 4EKRA 1P46A 1L66A 3DN8A 4ARMB 177LA 3HTFA 1L58A 1QTVA 186LA 1L64A 1L93A 4I7NA 1L30A 223LA 3HU9A 1SSWA 4ARMA 217LA 1L35A 1L69A 1C64A 4K5YA 259LA 1C6FA 3DN3A 3UONA 3C83A 2RBOA 138LA 1L67A 2OTYX 1L85A 1C6AA 237LA 3ODUA 1L08A 2B72A 2LC9A 3GULA 1SX7A 1CV1A 1WTHA 161LA 1L84A 3NY9A 1LWGA 3FI5A 1C6BA 3HTDA 1T8AA 3SN6R 3CDVA 1CV5A 1L49A 103LA 155LA 1G0JA 1L11A 1C61A 3HT7A 1C6MA 1L37A 3CDTA 131LA 1L96A 1C6HA 190LA 2OE4X 1G06A 1PQJA 1L32A 120LA 262LA 1C6GA 1P36A 1L22A 4I7OA 2HULA 3CDRA 107LA 1LYEA 1DYEA 126LA 3SB5A 1QS5A 3D4SA 3VW7A 1DYDA 2Q9DA 108LA 1ZURA 4DAJA 1L56A 169LA 3DKEX 226LA 1L21A 123LA 1D2YA 4W56A 4YXAC 4W52A 1L62A 1L94A 1L98A 1L95A 1LI2A 1L76A 1D3JA 1L89A 252LA 1L36A 240LA 227LA 213LA 3V2YA 222LA 3JR6A 4EKQA 118LA 1LYIA 158LA 200LA 191LA 1QT7A 2F32A 1C65A 1KW7A 122LA 1L42A 3GUMA 3HUAA 7LZMA 1PQDA 1L80A 104LA 1P5CA 1C6NA 1L19A 250LA 4I7LA 3GUPA 127LA 245LA 4S0WA 1OWZA 1C6TA 1ZWNA 1T6HA 3C8RA 4OO9A 114LA 1C68A 3DN0A 2Z6BA 1C6EA 1CTWA 1C67A 1LWKA 1P2LA 3F9LA 1L31A 1KW5A 3HH4A 182LA 1L03A 1L41A 2A4TA 151LA 4ARLA 145LA 3C8SA 139LA 3DN2A 1DYBA 1LW9A 167LA 184LA 2RBNA 3DMXA 1LYDA 164LA 1D3MA 1C63A 2OTZX 2QB0B 1P64A 140LA 3NY8A 129LA 1G0LA 1L60A 254LA 2RB2X 4W57A 1L59A 3C7ZA 180LA 1L63A 1L92A 1L17A 2OU0X 3GUKA 1KS3A 1L38A 255LA 1L51A 4W55A 4EPIA 3HH3A 174LA 1D2WA 1QT5A 1L39A 1L87A 3HT9A 1L0KA 260LA 1CV6A 1L29A 1L83A 201LA 4AQNA 212LA 3HT8A 4I7MA 4ARPA 1EPYA 1LPYA 1LGWA 1QT4A 113LA 1L97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C81A 199LA 1P2CC 1L20A 4WO6A 4AGAA 4YX7C 157LA 1HMLA 119LA 2Y8PA 3DN6A 141LA 3ULRA 1QS9A 1HFZA 2B6TA 2BQAA 2EQLA 4I0CA 4GBRB 1OV7A 5LYZA 4H91A 2DQFC 1D3FA 4R6CA 3HU8A 1BB3A 2D91A 1HENA 230LA 5F9XA 1WTMA 2MEGA 1L46A 1GFVA 2B6WA 3EO5A 1NKHA 1LYGA 4W59A 1DYCA 1L81A 1D0MA 4HTKA 1L34A 4NGOA 1OWYA 3CDQA 2OEAX 1JKBA 4GCBA 4IJ4A 183LA 1YAMA 3GUNA 1G0PA 3EMSA 1B5YA 1IX0A 2LCBA 5LVGA 2YBJA 1P2RA 4H8ZA 220LA 2Q0MX 2B7XA 1HEWA 4ETAA 3KAMA 1C10A 2BQBA 1JKAA 4Z46A 1L71A 1B9OA 4ZFPA 3J4GA 1C62A 4LYCA 1L09A 178LA 172LA 3SB6A 1L16A 4KPMA 3HUQA 1C60A 3OK0A 3B0KA 3OE0A 2D4JA 1DPWA 2G4QA 1QTBA 2NTGA 1QT3A 4LYTA 1C6JA 2H9JA 2B6XA 2Z19A 2YBNA 3A6BY 1C6QA 1LZGA 1L02A 1QTCA 2MECA 1B7PA 1HSWA 5HMJA 3RUNA 4EKPA 1L07A 1BVKC 4J1AA 5C6JA 5EBHA 4H9AA 3GXKA 1GB3A 1LLHA 1GF0A 1CJ8A 3C8QA 1B7RA 1LZYA 4I7SA 209LA 5I54A 1I6SA 1B0DA 3LZMA 1LMAA 1DI4A 1LI6A 1LI3A 4H9CA 239LA 2I26L 1FDLY 1JTOL 1PS5A 2BLYA 2OE7X 1G7IC 166LA 2HUKA 3AW7A 3SB7A 3AZ7A 1BWIA 1GBOA 1QSAA 2B6YA 2A7DA 173LA 229LA 1LZ4A 1RE2A 162LA 4IATA 1GBWA 3A3QA 9LYZA 1L70A 1T6VL 1XSFA 3WVXA 4MSTA 1TDYA 211LA 3WULA 1QUOA 1GB0A 1CVKA 3B6LA 1L47A 205LA 1DXJA 1CU2A 5F81A 1GB9A 2N5ZA 4ZPUA 3C82A 1L26A 4WLXA 1OUAA 1LHIA 1FLQA 3WL2A 1G1WA 3HDEA 5I4YA 163LA 3LZTA 3GUJA 1LHJA 3HTGA 1CV3A 4LT2A 1RFPA 8LYZA 4XENA 4H9FA 1JTMA 3MGWA 4B4JA 1G1VA 1DPXA 3TXGA 4LYZA 1PQKA 2HUMA 1KNIA 5KXOA 3DMVA 2BQEA 1L00A 5APDA 1LJ4A 4L41A 4DD2A 1QUGA 4W94A 3RZEA 1MLCE 234LA 1L18A 1FN5A 4LT3A 3DN8A 4ARMB 1HNLA 3HTFA 4RW1A 1WQQA 4YM8A 1L93A 1L30A 3HU9A 217LA 4NSGA 4X3BA 1HEPA 4K5YA 2Z18A 1GF3A 1IWWA 3CT1A 2ZYCA 1L67A 1WTNA 2CGIA 1JKDA 1FLYA 1C6AA 4TX7A 1LKSA 3A6CY 5D5CA 1VAUA 3A90A 3EXDA 1CV1A 3AB6A 1IP3A 1LWGA 4YEOA 1C6BA 3HTDA 154LA 1T8AA 1UIGA 3SN6R 1F6SA 1GE3A 4BADA 4N8ZA 1G0JA 1C61A 1L37A 5I4WA 2W1LA 4ANRA 1BGIA 1GBSA 5I53A 1L22A 2XTHA 2YBLA 1GFGA 2BPUA 2HULA 4NGZA 4DC4A 1YAPA 1GE1A 1FKQA 4G4HA 4GCFA 1GE0A 1L21A 5ILCA 2CDSA 4W56A 4W52A 4DQ5A 2LYZA 4H90A 1L89A 4H92A 1LMTA 1LZCA 1IORA 213LA 4YF2A 3V2YA 1C45A 2HECA 3LHMA 1LYIA 2F32A 1OUEA 1D0KA 122LA 4H8XA 4WG1A 1L42A 2I6ZA 1QIOA 1JJ1A 5KXZA 3TXEA 1CNSA 3LYZA 3E3DA 1PQDA 1L80A 4NHIA 1NF5A 4I7LA 2HEAA 3GUPA 1B7QA 1GWDA 245LA 2C8OA 4S0WA 5LYMA 1OWZA 1T6HA 2RSCA 2YBMA 1LWKA 1UA6Y 1UC0A 3WPJA 5KXXA 151LA 3WW5A 145LA 1RJCB 3DN2A 4B4EA 1BVXA 1IWVA 4QGZA 4N1CC 4PHIA 4WM1A 1IWTA 1P64A 1WQMA 5L9JA 3W6CA 2RB2X 3C7ZA 3EBAB 5ILFA 1EQ4A 1L17A 2OU0X 3GUKA 1KS3A 3RT5X 1KXXA 2YDGA 4NHPA 4EPIA 3WU9A 4NHSA 2YBIA 3HT9A 4N1EI 1F6RA 3HBHA 1L29A 201LA 1OUCA 3HT8A 3ATOA 1VFBC 1H6MA 1LPYA 1LGWA 1L54A 1REYA 1L55A 1NBYC 1BB4A 1LGUA 1L06A 4GCEA 5LINA 1L44A 1QTZA 225LA 1L40A 3FA0A 3TMXA 1IP5A 4H8YA 1EL1A 4NGLA 1EQ5A 224LA 1UIHA 176LA 1LZNA 1L24A 1GDWA 4HP0A 2RB1X 5F14A 3TXKA 258LA 2F2QA 3N9EA 1JTNA 1D9UA 1NWGA 1N4FA 3FI7A 5B1GA 1NDGC 2LYOA 150LA 1GAZA 4LDOA 137LA 1GFUA 4ARJA 3W6AA 1QSBA 2RBSA 1L50A 2HU3A 1L99A 125LA 2F2NA 193LA 1IP1A 1T97A 3TMVA 3DNAA 4EJ4A 3HUKA 1GF5A 4I7PA 2G4PA 1SSYA 4W51A 4DDCA 2CUUA 5LA5A 4NSJA 1L86A 1YAQA 5KXTA 221LA 4RLNA 1QUHA 3ZEKA 1KIQC 1LJJA 4N0JA 159LA 2HEEA 1D6QA 4W58A 2BLXA 1L33A 4I7QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C81 A;  199L A;  1P2C C;  1L20 A;  4WO6 A;  4AGA A;  4YX7 C;  157L A;  1HML A;  119L A;  2Y8P A;  3DN6 A;  141L A;  3ULR A;  1QS9 A;  1HFZ A;  2B6T A;  2BQA A;  2EQL A;  4I0C A;  4GBR B;  1OV7 A;  5LYZ A;  4H91 A;  2DQF C;  1D3F A;  4R6C A;  3HU8 A;  1BB3 A;  2D91 A;  1HEN A;  230L A;  5F9X A;  1WTM A;  2MEG A;  1L46 A;  1GFV A;  2B6W A;  3EO5 A;  1NKH A;  1LYG A;  4W59 A;  1DYC A;  1L81 A;  1D0M A;  4HTK A;  1L34 A;  4NGO A;  1OWY A;  3CDQ A;  2OEA X;  1JKB A;  4GCB A;  4IJ4 A;  183L A;  1YAM A;  3GUN A;  1G0P A;  3EMS A;  1B5Y A;  1IX0 A;  2LCB A;  5LVG A;  2YBJ A;  1P2R A;  4H8Z A;  220L A;  2Q0M X;  2B7X A;  1HEW A;  4ETA A;  3KAM A;  1C10 A;  2BQB A;  1JKA A;  4Z46 A;  1L71 A;  1B9O A;  4ZFP A;  3J4G A;  1C62 A;  4LYC A;  1L09 A;  178L A;  172L A;  3SB6 A;  1L16 A;  4KPM A;  3HUQ A;  1C60 A;  3OK0 A;  3B0K A;  3OE0 A;  2D4J A;  1DPW A;  2G4Q A;  1QTB A;  2NTG A;  1QT3 A;  4LYT A;  1C6J A;  2H9J A;  2B6X A;  2Z19 A;  2YBN A;  3A6B Y;  1C6Q A;  1LZG A;  1L02 A;  1QTC A;  2MEC A;  1B7P A; 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