1L62A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGEDGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l62A00
3SB6A 190LA 1L22A 3OE0A 3SB8A 2RBRA 3DN6A 1L52A 1L93A 150LA 3V2WA 1L17A 2B70A 1QT4A 3CDTA 4I7MA 183LA 3GUKA 4I7QA 4EJ4A 1P7SA 245LA 1L47A 1LI6A 3V2YA 4LDEA 1JTNA 1L66A 4LDOA 1L24A 1L25A 1P6YA 148LE 1XJUA 138LA 2RBPA 3F9LA 131LA 4W55A 3CDRA 1C63A 1L32A 1OYUA 3GUNA 2OU8A 3JR6A 1TLAA 215LA 4I7SA 1D2WA 4EPFA 1QT3A 4ARPA 3HU9A 3C81A 211LA 2L78A 1C64A 3GULA 1L73A 1L31A 1P2RA 4W54A 248LA 4LDLA 1SX7A 1G1VA 210LA 1QT5A 3UONA 1L03A 1DYFA 1L75A 1QTHA 2RAYX 1CU0A 189LA 1LGXA 233LA 3DN8A 3HTGA 3RUNA 198LA 187LA 247LA 4EKRA 171LA 1LPYA 4PJZA 3FI5A 2OEAX 1C61A 3HDFA 4YXAC 1DYBA 2O79A 217LA 125LA 1L70A 1T6HA 3QAKA 1CX6A 1C6DA 3GUIA 3HH3A 1L68A 3GUPA 1LYFA 1L00A 3C80A 1C6KA 3FA0A 221LA 1QT7A 1L18A 103LA 1CV3A 130LA 209LA 2HUKA 1C6PA 122LA 175LA 1L79A 1L06A 238LA 1L59A 260LA 184LA 1L0KA 4YX7C 4ARQA 112LA 1CUPA 160LA 1K28A 1LWGA 1QSQA 147LA 1B6IA 1C6QA 1QTBA 1D3MA 1PQKA 1D9WA 2RB0X 4I7OA 2OU0X 2HUMA 1L62A 1L21A 229LA 254LA 236LA 4DAJA 3L64A 195LA 143LA 1KW7A 1L96A 205LA 1CVKA 1LYIA 1D3FA 169LA 2HULA 2B75A 152LA 102LA 1KW5A 3HTDA 1QTVA 206LA 3DMZA 3K2RA 1CV5A 1CU3A 1OVJA 2F2QA 2OE9X 3HT7A 3PDSA 197LA 2B72A 2O7AA 170LA 115LA 2RBOA 1PQOA 2A4TA 1G07A 3L2XA 3OE9A 250LA 166LA 2LCBA 3LZMA 178LA 1L01A 228LA 4I7RA 1L38A 158LA 137LA 168LA 141LA 162LA 1DYDA 1L76A 1LYGA 216LA 2RB1X 4YXCA 1DYCA 220LA 2IGCA 1L45A 1L35A 119LA 163LA 1L94A 3HT6A 1L27A 1SWYA 1L0JA 2B74A 1P46A 1L39A 1L19A 4GRVA 1L23A 1P5CA 1L56A 1OV5A 3D4SA 2QARC 3FADA 109LA 1L99A 5LZMA 139LA 1KY0A 1G0GA 2OE4X 2F32A 3HT8A 255LA 1L57A 1QS9A 1OVHA 1QUHA 3HDEA 1C6AA 1L81A 177LA 3SB9A 1QSBA 4ARQB 7LZMA 1C62A 1L77A 1L42A 1C6TA 3HH5A 4K5YA 1L46A 2ANXA 1C6IA 188LA 1L04A 3HUQA 1SX2A 1D3NA 1CTWA 3VW7A 2B73A 2B7XA 259LA 165LA 1P56A 1L98A 3HH6A 1L28A 223LA 1P2LA 174LA 155LA 1L58A 4W52A 3HU8A 1PQDA 1LGUA 3DN2A 1L02A 1P36A 1L20A 3DMVA 182LA 5I14A 1L26A 1C60A 1L37A 4I7TA 140LA 1OV7A 2OTZX 3G3XA 1LYJA 2OE7X 3HT9A 1L51A 142LA 1LI2A 4W59A 3CDQA 161LA 261LA 1L29A 1L67A 1D2YA 1QTZA 127LA 1C6JA 1C6GA 240LA 2OU9A 1ZWNA 1L61A 149LA 1SWZA 2B6WA 111LA 1QUDA 2RBNA 3C7WA 4I7NA 123LA 4I7KA 1LGWA 1L34A 1OVKA 1L86A 1LW9A 225LA 4ARJA 1L13A 1LLHA 242LA 1L72A 1CU5A 3GUMA 1P37A 4EKQA 1OWZA 1L08A 3CDOA 1LYEA 1L43A 3RZEA 120LA 227LA 1PQIA 128LA 1CU6A 2RH1A 1L74A 185LA 4EKSA 1C67A 1G06A 3SBBC 4ARMA 110LA 1L64A 181LA 1L85A 108LA 1DYGA 1ZURA 200LA 1C6HA 2B6TA 3HTBA 232LA 199LA 3ODUA 3DN3A 1JQUA 1WTHA 4PK0A 3CDVA 180LA 1L10A 3NYAA 2RAZX 2Q9DA 126LA 234LA 213LA 3C83A 1G0LA 1C6FA 1C6NA 4S0WA 4I7JA 1T8FA 1QS5A 3SB7A 1P64A 4OO9A 157LA 3GUJA 1L69A 2Z6BA 231LA 244LA 2B6ZA 1KY1A 113LA 1NHBA 159LA 1L14A 1L87A 2LZMA 1L63A 1D3JA 4W58A 1CUQA 1L53A 192LA 1CV4A 3C8SA 1G0KA 249LA 2Q9EA 230LA 4EKPA 1CX7A 3C7ZA 2B6YA 222LA 1SSYA 1PQMA 3DMXA 1DYAA 6LZMA 4W53A 2LC9A 4EXMA 1LWKA 1L49A 3DN1A 145LA 214LA 172LA 3G3WA 2CUUA 1L55A 191LA 1CV6A 1OWYA 3DN0A 1CV0A 226LA 3C8QA 1L09A 1L89A 1G0JA 118LA 173LA 2RBSA 1L54A 3NY8A 258LA 1CV1A 2NTHA 4ARMB 1C68A 262LA 4ZPUA 1C6BA 1L88A 3NY9A 196LA 1XJTA 4DKLA 1L12A 1C6LA 2B6XA 1P3NA 1T97A 1L97A 2ANVA 251LA 218LA 1C69A 1XEPA 3HUAA 4ARLA 241LA 1L83A 4W51A 3HH4A 1L71A 156LA 2QB0B 1LYHA 201LA 4W57A 104LA 1L33A 1L95A 1PQJA 3HUKA 1QUOA 3HTFA 1L36A 4AQNA 4E97A 2OTYX 1L50A 176LA 164LA 1L65A 1L90A 1G0QA 1L15A 1LYDA 3G3VA 3GUOA 1T8GA 257LA 3EMLA 114LA 1JTMA 1KS3A 3HWLA 1C6EA 237LA 224LA 246LA 1L30A 1L48A 1L07A 243LA 3OE8A 1L60A 4I7PA 1I6SA 1DYEA 144LA 4GBRB 146LA 1L40A 4W56A 151LA 4DJHA 3SB5A 167LA 3SN6R 2NTGA 1L92A 186LA 1G0PA 1QT6A 1L80A 1C6MA 4IAPA 1QTCA 1QTDA 1L11A 3SBAA 1L91A 212LA 1C6CA 3DNAA 2O4WA 2RB2X 4I7LA 4LZMA 1QT8A 239LA 3DKEX 1KNIA 1L44A 1G1WA 1EPYA 1L05A 235LA 1C66A 1L82A 3C82A 1LI3A 1ZYTA 2F47A 3OE6A 1SSWA 219LA 1L16A 3F8VA 1T8AA 252LA 2RBQA 253LA 1CU2A 3C8RA 3PBLA 1L84A 129LA 256LA 3DN4A 1C65A 4EPIA 1L41A 3C7YA 107LA 1QUGA 1G0MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHJA 2YBJA 3SB8A 1LSMA 1LSNA 1J1OY 1QT4A 4I7QA 1EQ4A 1LI6A 2BQJA 3V2YA 1JTNA 1LMAA 3CB7A 1L24A 1LZRA 1L25A 4DD2A 148LE 1J1XY 2RBPA 4W55A 1L32A 3ATNA 5L3IA 1WTNA 2OU8A 3GUNA 4N0JA 5LIOA 2I25L 1QT3A 5LINA 2DQAA 3HU9A 4Z46A 211LA 2HTXA 2Z12A 3OK0A 1D0KA 4GCFA 5FCPA 2BQFA 1P2RA 1IIZA 4LDLA 1GE1A 3UONA 2DQEY 1QTHA 1GDWA 4B4JA 189LA 1LZ5A 187LA 1C46A 247LA 2Z18A 2H5ZA 4NWEA 5F14A 3FI5A 2OEAX 1HFYA 4N1EI 1L70A 3QAKA 1CX6A 1C6DA 2G4PA 1LSCA 1D6PA 1LYFA 1GB3A 4NGIA 4WM4A 130LA 1LHKA 1JKAA 184LA 5ILFA 2X0AA 4DDAA 1XGQC 160LA 1GFJA 1K28A 3WUAA 1LPIA 1C6QA 1B5VA 2OU0X 1YL0X 5C6LA 4E3UA 1REZA 4YOPA 4II8A 1BHZA 1KW7A 205LA 1D3FA 1LKRA 2D4IA 1DZBX 1QTVA 3DMZA 1CV5A 3A92A 2F2QA 3HT7A 2OE9X 3PDSA 4HP0A 1DKJA 4DQ5A 2O7AA 3P68A 170LA 1LAAA 4GN4A 3OE9A 2BQMA 3LZMA 3RZ4A 178LA 1L01A 3W6FA 137LA 2HU3A 1JJ0A 168LA 1L76A 216LA 4YXCA 1DYCA 5KXOA 1L94A 3HT6A 1YKYX 1L0JA 1LHLA 4OWHA 4LT1A 1LSGA 4WLXA 4GRVA 1LMCA 1L56A 4GCBA 1GD6A 1D9UA 255LA 1L57A 4J1BA 1WQPA 1BQLY 1V7TA 5LAFA 1GB6A 1C6TA 3HH5A 5APEA 1BGIA 188LA 1L04A 1HEWA 1SX2A 1GXXA 4NWHA 2B73A 5KXMA 5B1GA 1NF5A 2ZIKA 4XJDA 1L58A 4W52A 3IJUA 1PQDA 1LGUA 1L02A 1XEJA 1VDTA 2G4QA 1BVKC 5I14A 3A8ZA 1OUCA 1L51A 2ZQ3A 4W59A 3TMWA 134LA 1IC5Y 3LYZA 1UIGA 1JEFA 4NGWA 240LA 149LA 4DD7A 3C7WA 123LA 1G7HC 1LZCA 1LGWA 4LYOA 1L34A 1OVKA 4PPOA 1D6QA 1LW9A 4ARJA 5LYMA 2H9KA 133LA 3WMKA 1L72A 3AGHA 3GUMA 4N9RA 2LZ2A 4UWNA 3CDOA 1LYEA 1L43A 185LA 1C67A 3SBBC 5IHGA 110LA 1O23A 108LA 1DYGA 1B7LA 4ZFPA 3HTBA 2GV0A 199LA 2BQDA 2IHLA 1JHLA 4YENA 4PHIA 1NMMA 1C7PA 5DLAA 4R0FA 2Q9DA 4ML7A 4WL6A 1GEZA 1LYSA 5K7OA 213LA 1JKCA 1T8FA 4XJBA 3T36A 4YM8A 3GUJA 1L69A 1NHBA 159LA 4BADA 1GFRA 1D3JA 2Q9EA 1GFVA 2W1XA 2B6YA 3DMXA 4RLNA 3B0KA 2LC9A 1DI5A 5DN4A 4H9FA 1LZGA 5J7CA 1LSBA 226LA 4DC4A 118LA 3W6EA 5KJ9A 1UICA 1P2CC 1LMPA 1LMNA 1CV1A 2Z2FA 3CQLA 4DWXA 2ZYCA 1C68A 3W6BA 4ZPUA 3LYOA 1L88A 1XJTA 2MEDA 4FJRA 4CJ2A 251LA 218LA 4WOAA 4ARLA 241LA 1XGPC 2FYCA 1IVMA 4W51A 1L71A 1OUBA 201LA 2I6ZA 4W57A 4HJYA 1T6VL 1L95A 3HUKA 4OW1A 1B5ZA 3VWOA 1XFPL 176LA 164LA 5IDDA 1HHLA 1AZFA 1G0QA 4QY9A 3WVYA 1KS3A 3HWLA 3B6LA 237LA 1LJFA 224LA 3HBHA 1L48A 4WM5A 3OE8A 3AZ5A 5KXPA 1SQ2L 1I6SA 1CKHA 4GCCA 1TCYA 4B1AA 146LA 1L40A 4W56A 151LA 1BB3A 4DJHA 3SB5A 1GFHA 4KT3A 4WM2A 4GCDA 186LA 1OUIA 1QT6A 1RI8B 6LYZA 4G49A 1LSPA 212LA 4GN3A 3A3RX 1H87A 1NBZC 2HU1A 3DKEX 2FBDA 5DL9A 1L44A 235LA 1KXYA 1B7PA 4HJVA 1UUZC 2F47A 3G3AB 3WPKA 2RSCA 3AJNA 1L84A 129LA 4EPIA 5I53A 3WUNA 1T3PA 4XADA 1OUAA 3N9AA 1NHEA 3OE0A 3IWRA 3DN6A 1GBZA 1L52A 1LHHA 4I7MA 183LA 3GUKA 4EJ4A 4H9BA 3ULRA 245LA 4WMGA 3HBDA 4TSBA 2MEFA 1P6YA 2XBRA 1GF7A 3F9LA 131LA 3CDRA 1C63A 4IATA 2YBMA 4G4HA 1TLAA 215LA 5KXNA 4I7SA 4EPFA 1FLQA 1LJJA 1NDMC 3RNXA 1GF4A 5B1FA 3EMSA 4QEQA 1E8LA 5ILCA 1L73A 3CSZA 2YVBA 4ETDA 248LA 1SX7A 1G1VA 210LA 1QT5A 1B9OA 2MEIA 1YROA 4H94A 3TMVA 4B4EA 1CU0A 233LA 3DN8A 1BWJA 3RUNA 198LA 1GF9A 1FLWA 1C61A 1DYBA 1LSZA 217LA 3MGWA 125LA 1PZYA 1L68A 1L00A 1WQRA 1C6KA 1YKZX 3TXDA 1QT7A 3SP3A 103LA 1CV3A 1GE2A 2HUKA 3CSQA 1L79A 5FELA 4RDSA 1L06A 5KXXA 1B7QA 260LA 1L0KA 1YQVY 2N5ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHJ A;  2YBJ A;  3SB8 A;  1LSM A;  1LSN A;  1J1O Y;  1QT4 A;  4I7Q A;  1EQ4 A;  1LI6 A;  2BQJ A;  3V2Y A;  1JTN A;  1LMA A;  3CB7 A;  1L24 A;  1LZR A;  1L25 A;  4DD2 A;  148L E;  1J1X Y;  2RBP A;  4W55 A;  1L32 A;  3ATN A;  5L3I A;  1WTN A;  2OU8 A;  3GUN A;  4N0J A;  5LIO A;  2I25 L;  1QT3 A;  5LIN A;  2DQA A;  3HU9 A;  4Z46 A;  211L A;  2HTX A;  2Z12 A;  3OK0 A;  1D0K A;  4GCF A;  5FCP A;  2BQF A;  1P2R A;  1IIZ A;  4LDL A;  1GE1 A;  3UON A;  2DQE Y;  1QTH A;  1GDW A;  4B4J A;  189L A;  1LZ5 A;  187L A;  1C46 A;  247L A;  2Z18 A;  2H5Z A;  4NWE A;  5F14 A;  3FI5 A;  2OEA X;  1HFY A;  4N1E I;  1L70 A;  3QAK A;  1CX6 A;  1C6D A;  2G4P A;  1LSC A;  1D6P A;  1LYF A;  1GB3 A;  4NGI A;  4WM4 A;  130L A;  1LHK A;  1JKA A;  184L A;  5ILF A;  2X0A A;  4DDA A;  1XGQ C;  160L A;  1GFJ A;  1K28 A;  3WUA A;  1LPI A;  1C6Q A;  1B5V A;  2OU0 X;  1YL0 X;  5C6L A;  4E3U A;  1REZ A;  4YOP A;  4II8 A;  1BHZ A;  1KW7 A;  205L A;  1D3F A;  1LKR A;  2D4I A;  1DZB X;  1QTV A;  3DMZ A;  1CV5 A;  3A92 A;  2F2Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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