1L63A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l63A00
3VW7A 1G1WA 5LZMA 110LA 2HUKA 2OTYX 4S0WA 1L66A 237LA 1P7SA 1JTMA 1L94A 221LA 1L88A 156LA 1SSYA 3L2XA 3C8SA 1OWYA 7LZMA 1L04A 1CV3A 151LA 1L17A 3HT9A 1L34A 189LA 226LA 109LA 4W58A 1C68A 1DYAA 1L18A 1QS5A 2LCBA 1L29A 1SX7A 1QUDA 3LZMA 1OVKA 1C6CA 1C61A 1L40A 1L00A 262LA 205LA 190LA 1L73A 3SB8A 261LA 4AQNA 1L47A 3HT8A 3GUIA 1WTHA 223LA 180LA 4W52A 1L43A 3DKEX 3HWLA 3OE9A 1L06A 3K2RA 1L35A 1CX7A 3NY9A 1EPYA 1L26A 1KW7A 1LWGA 2L78A 142LA 2RBOA 1C6JA 4GBRB 4ARJA 163LA 3EMLA 3CDQA 4W56A 1G0JA 4W53A 4YXAC 3HUAA 2O79A 1C6BA 2F32A 3HT6A 3HUKA 1L12A 4I7MA 1DYBA 2RBSA 137LA 1L69A 4PJZA 227LA 1C62A 1LYIA 4IAPA 3L64A 244LA 257LA 165LA 3SB5A 1L02A 119LA 1G1VA 148LE 4ARQB 1C6AA 1L84A 188LA 218LA 4I7SA 1SSWA 2RBRA 4OO9A 2Q9DA 1L53A 4YXCA 144LA 1DYDA 3FI5A 1OV5A 3DN0A 3DMZA 1LYDA 2O4WA 1L32A 4W57A 1L87A 3OE6A 1L55A 2B70A 217LA 2O7AA 3V2WA 4EKRA 1XEPA 2RBNA 1G0LA 1G07A 1T8FA 3HH4A 1C6EA 139LA 140LA 1L14A 3C80A 1L65A 191LA 4DAJA 4PK0A 1LI3A 1QTVA 157LA 1L27A 2NTGA 3SB7A 250LA 3RUNA 224LA 2Q9EA 258LA 3OE0A 232LA 3DNAA 3CDOA 248LA 125LA 1C6FA 1P37A 2QB0B 1L05A 4K5YA 182LA 1L96A 187LA 1ZYTA 2OE7X 1L97A 3DN3A 3C7WA 3GUKA 155LA 1L58A 3C8RA 4EPFA 1C6LA 104LA 2LZMA 3DN2A 1P36A 3C82A 1L22A 1L63A 6LZMA 152LA 3SBAA 1L15A 1L83A 1L85A 2RB0X 1C6GA 3C83A 1QT4A 1L30A 130LA 1G0MA 1L01A 1QTBA 1L59A 3GUJA 1L62A 1D3NA 173LA 2ANXA 150LA 239LA 2RAZX 3HH3A 122LA 2RH1A 1L81A 2A4TA 4E97A 1P5CA 4ARMA 178LA 1L51A 1T8GA 198LA 2B6ZA 167LA 1QSQA 1I6SA 1G0GA 113LA 1LGXA 1C69A 1PQDA 118LA 159LA 184LA 1P6YA 120LA 138LA 1L98A 1SWZA 160LA 2HULA 1L74A 2B6XA 146LA 4ARMB 4ARPA 2B6YA 3G3WA 1L38A 1L48A 225LA 129LA 126LA 1L39A 1L0JA 1XJUA 1L68A 219LA 4YX7C 3G3VA 4ARQA 1OYUA 1C67A 206LA 3HU8A 211LA 3D4SA 4EPIA 1QUGA 3NYAA 1LLHA 1C63A 1C6KA 1L23A 1G06A 243LA 1L80A 3UONA 195LA 2F2QA 4ARLA 1NHBA 1DYCA 196LA 1L52A 3GUMA 3HH5A 1OVHA 235LA 1CU2A 4DJHA 260LA 1DYGA 1P2LA 1QTZA 1D9WA 1ZURA 3DMXA 4LZMA 3HDFA 2Z6BA 3PBLA 1JTNA 1KS3A 4LDEA 1QTDA 3C81A 4EKQA 1C60A 1L16A 3DMVA 1L75A 169LA 1LPYA 1L07A 1QUHA 255LA 220LA 1L86A 3RZEA 1CV1A 4I7KA 2OE4X 2B73A 3GUOA 1PQJA 172LA 4EKPA 1L0KA 1QT5A 1QTCA 1LGWA 1LYHA 2B6WA 3DN1A 3CDTA 222LA 1L76A 4W54A 199LA 1OWZA 1QSBA 1CV4A 3SB9A 1L41A 1D3JA 1L91A 161LA 4I7OA 107LA 1LYFA 164LA 1L95A 240LA 3OE8A 123LA 114LA 214LA 1L92A 213LA 1T6HA 209LA 1L64A 170LA 4I7PA 162LA 2B6TA 1G0KA 185LA 1C6IA 127LA 233LA 131LA 228LA 141LA 2B74A 3PDSA 1T8AA 3DN8A 149LA 1L61A 175LA 158LA 112LA 1P56A 4W59A 3F8VA 2OU0X 230LA 1B6IA 2ANVA 3HUQA 3C7YA 1QS9A 1DYEA 1JQUA 1QTHA 1CX6A 1K28A 246LA 1KY0A 1L54A 1L37A 2LC9A 3HTFA 4I7JA 1CV5A 3NY8A 249LA 183LA 4ZPUA 1L42A 1L57A 2RAYX 3HU9A 254LA 2OU9A 1G0QA 3HTGA 3JR6A 2OEAX 1CVKA 1D2YA 1KY1A 1KW5A 3SN6R 1L56A 2CUUA 1KNIA 2RBPA 186LA 1L25A 236LA 3HDEA 2B75A 3HH6A 1L49A 1CU5A 1CU3A 253LA 4W51A 192LA 128LA 1PQOA 1P2RA 115LA 1LGUA 1D2WA 1L21A 1L11A 1D3MA 3CDRA 3C7ZA 1L82A 2QARC 1QT8A 201LA 1CV0A 1L13A 3FA0A 174LA 1C65A 1L09A 4LDLA 1L03A 1P64A 3FADA 2RBQA 3DN4A 2B7XA 1L99A 1CUPA 1LYJA 3V2YA 1CU0A 1SX2A 1L67A 1L24A 4I7RA 177LA 4DKLA 252LA 2HUMA 4I7TA 1OV7A 1TLAA 5I14A 168LA 1P46A 1PQMA 234LA 2F47A 3G3XA 3F9LA 1D3FA 1L31A 1DYFA 1LYGA 1G0PA 4I7LA 200LA 4GRVA 1L70A 181LA 1L46A 1SWYA 3HT7A 4EXMA 1L28A 111LA 231LA 1L08A 1QT6A 4EKSA 3CDVA 210LA 4EJ4A 3GUPA 1C6MA 1C6HA 1CU6A 1L50A 1QUOA 2IGCA 102LA 1PQIA 1LW9A 1QT7A 1L90A 1LYEA 1L10A 229LA 3SBBC 1L72A 1LI6A 1C6PA 1CUQA 3C8QA 3HTBA 2RB2X 197LA 1C6TA 3GUNA 4LDOA 176LA 1T97A 1C6QA 1ZWNA 103LA 171LA 1LI2A 1L33A 166LA 1C6DA 241LA 1L89A 1CV6A 1L79A 1PQKA 1C64A 251LA 1L93A 1LWKA 216LA 1C66A 3GULA 1CTWA 3SB6A 143LA 1L44A 3DN6A 2OE9X 1OVJA 1L77A 1XJTA 2OTZX 4I7NA 108LA 1L71A 2OU8A 247LA 256LA 1P3NA 212LA 215LA 1L19A 4W55A 1QT3A 238LA 259LA 1L36A 2B72A 3HTDA 1L45A 2RB1X 3QAKA 2NTHA 145LA 3ODUA 1L20A 1C6NA 242LA 245LA 4I7QA 1L60A 147LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WQMA 5LZMA 1YKYX 1NKHA 4N5RA 1L66A 1LJFA 1P7SA 1ZMYL 3L2XA 3C8SA 3HT9A 1QIOA 1WQRA 2HEBA 109LA 1HMLA 1QS5A 2LCBA 1C6CA 1C61A 1YAPA 1LJKA 4GCCA 3GUIA 4H90A 2F4GA 1LTMA 2F2NA 3OE9A 3TMWA 1L06A 3K2RA 1L35A 4NHIA 1L26A 1QQYA 4HTQA 4ARJA 1GPQC 3CDQA 3AYQA 1B5VA 3LZTA 3G3BB 4NEBA 137LA 2BAAA 1C62A 1BWIA 5LYZA 1BWJA 1CJ8A 244LA 3IJVA 2ZQ4A 3CT1A 3B6LA 3SB5A 4NHSA 133LA 3A93A 1L02A 3WVXA 1RFPA 119LA 4D9ZA 2LZ2A 3ZVQB 188LA 1FLYA 1B7PA 144LA 1B5ZA 3FI5A 1ZV5L 5D5FA 2MEBA 1GDXA 1GE0A 4ETBA 2O4WA 4KL7A 2ZQ3A 1L87A 2EKSC 1L55A 4DD0A 1LKRA 1LJGA 3N9CA 3V2WA 1LJEA 1G07A 4J0LA 3HH4A 6LYZA 2H5ZA 2Z2EA 1L27A 2ZILA 3DNAA 1GF7A 2BQOA 1FLUA 1C6FA 3F6ZA 2QB0B 1L05A 3LHMA 3TMVA 1L96A 4B0DA 1UC0A 4G49A 4GCBA 3J4GA 1L97A 1LSAA 4YEOA 3DN3A 5B1GA 153LA 2C8OA 3GUKA 4DDBA 3CSQA 3C8RA 4EPFA 1WVUA 5HNCA 3HBEX 5HMVA 1G7JC 6LZMA 1L85A 1L83A 2MEGA 3B0OA 1L30A 1G0MA 3WU7A 1D3NA 239LA 2RAZX 5II3A 4QGZA 1VDPA 2A4TA 4N9RA 3WXTA 4OW1A 178LA 1L51A 1LZ1A 1I6SA 3EMSA 1BB7A 2FBBA 120LA 138LA 3WW6A 1YAMA 1OUBA 2CDSA 4GCDA 5KXWA 2HU3A 2HULA 4EOFA 1GBOA 5LYMA 1Z55A 4ARMB 5LYTA 3G3WA 1L38A 1L48A 1E8LA 129LA 1HEOA 1NDGC 207LA 1XGPC 3A94A 4WO9A 211LA 4XJFA 4EPIA 5LVGA 1C63A 4II8A 3FI7A 1L80A 2H9KA 3UONA 5KXSA 1NHBA 1NHEA 3HH5A 4Z98A 235LA 1DYGA 3D9AC 2DKVA 1P2LA 1D9WA 4YENA 4HJYA 1QUSA 1JTNA 1KS3A 1QTDA 4MR1A 1IY4A 1QSWA 5HNLA 3WPLA 1GE4A 220LA 3RZEA 4XJDA 1CV1A 1PQJA 4DYGA 4EKPA 2YBMA 4G9SA 1HMKA 3AGGG 199LA 2Z18A 1JSFA 2MECA 1B5WA 1L41A 1OUCA 3T36A 3M3UA 1BB4A 4DQJA 1LYFA 4BAPA 1GXXA 3CB7A 114LA 213LA 4R6CA 1TBYA 4I8SA 1I56A 3AW6A 162LA 1J1XY 4CJ2A 127LA 1IWZA 3TXDA 2B74A 3DN8A 149LA 1JKBA 112LA 2ZIKA 3W6FA 1LJHA 5C6IA 3QNGA 1AZFA 4J1BA 230LA 1B6IA 1B5UA 3B0IA 4IASA 2ANVA 1IC5Y 1QS9A 3W6BA 2LC9A 1EQ5A 249LA 183LA 254LA 3HTGA 9LYZA 5APFA 1LJ3A 1KIRC 1KNIA 1L25A 1INUA 1WQOA 1LYOA 2B75A 4GN4A 253LA 4W51A 115LA 1PQOA 1D2WA 4X3BA 1L11A 1D3MA 1BGIA 1DXJA 1CV0A 1HFZA 4LGKA 1GF0A 4B4EA 1P2CC 1HEPA 3FA0A 4NHPA 2EPEA 1IR8A 3QY4A 5HLLA 2XJWA 2ZIJA 3DN4A 2B7XA 1L99A 5K7OA 1CU0A 4OOOA 3A96A 4I7RA 2HUMA 1IWYA 1OV7A 1P46A 4GN3A 234LA 2F47A 3G3XA 3F9LA 1UIGA 2H9JA 1G0PA 4GRVA 1L70A 1LYZA 181LA 1L46A 4NGYA 3MGWA 1L08A 5FEKA 4EKSA 4E3UA 4GCFA 132LA 1BB5A 210LA 4EJ4A 4DQ5A 5LA8A 3LYTA 1L50A 1QUOA 3ATOA 102LA 1JEFA 1JJ1A 1QT7A 2LZTA 1GEVA 1YANA 3P64A 1L72A 1C6PA 3C8QA 1HSXA 2RB2X 1LSNA 1JPOA 1C6QA 1C10A 1C6DA 1GE1A 1PQKA 2BQBA 1LWKA 3GULA 1W08A 143LA 1KIPC 1GHLA 2BQAA 1I1ZA 1OVJA 2OTZX 4ETDA 4I7NA 194LA 1IWTA 1WTMA 4NG1A 1GF3A 1J1OY 1P3NA 2W1MA 1L19A 4LT3A 4W55A 238LA 3QAKA 145LA 1OUFA 1L20A 1ZVYB 1LZ6A 4W96A 2D6BA 3CQLA 1LAAA 4NGLA 147LA 1G1WA 3RT5X 2EIZC 1GBWA 2OTYX 237LA 221LA 1L88A 1SSYA 1OWYA 1IOCA 1L04A 2DQGY 1L17A 1B7NA 3ZEKA 1DYAA 1RI8B 2BQGA 5C6JA 1SX7A 4WMGA 5B06A 5HMJA 205LA 4YEMA 1L73A 5DLAA 1C46A 2LHMA 1CKCA 5FHWA 1REXA 3DKEX 1CX7A 1IIZA 1LWGA 4I0CA 2A7DA 163LA 5FDJA 2AUBA 1I20A 4XJHA 1G0JA 4W53A 4YXAC 1HENA 2O79A 1SQ2L 1LZ4A 193LA 1OUDA 1L69A 1QUTA 227LA 1IP1A 1GFRA 4TX7A 4WLDA 1YIKA 1G1VA 4LT0A 3HBDA 1L84A 1C43A 3TXGA 4LYBA 1SSWA 4OO9A 2Q9DA 3IWRA 4YF2A 4YXCA 4BADA 1OV5A 4PGJB 217LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WQM A;  5LZM A;  1YKY X;  1NKH A;  4N5R A;  1L66 A;  1LJF A;  1P7S A;  1ZMY L;  3L2X A;  3C8S A;  3HT9 A;  1QIO A;  1WQR A;  2HEB A;  109L A;  1HML A;  1QS5 A;  2LCB A;  1C6C A;  1C61 A;  1YAP A;  1LJK A;  4GCC A;  3GUI A;  4H90 A;  2F4G A;  1LTM A;  2F2N A;  3OE9 A;  3TMW A;  1L06 A;  3K2R A;  1L35 A;  4NHI A;  1L26 A;  1QQY A;  4HTQ A;  4ARJ A;  1GPQ C;  3CDQ A;  3AYQ A;  1B5V A;  3LZT A;  3G3B B;  4NEB A;  137L A;  2BAA A;  1C62 A;  1BWI A;  5LYZ A;  1BWJ A;  1CJ8 A;  244L A;  3IJV A;  2ZQ4 A;  3CT1 A;  3B6L A;  3SB5 A;  4NHS A;  133L A;  3A93 A;  1L02 A;  3WVX A;  1RFP A;  119L A;  4D9Z A;  2LZ2 A;  3ZVQ B;  188L A;  1FLY A;  1B7P A;  144L A;  1B5Z A;  3FI5 A;  1ZV5 L;  5D5F A;  2MEB A;  1GDX A;  1GE0 A;  4ETB A;  2O4W A;  4KL7 A;  2ZQ3 A;  1L87 A;  2EKS C;  1L55 A;  4DD0 A;  1LKR A;  1LJG A;  3N9C A;  3V2W A;  1LJE A;  1G07 A;  4J0L A;  3HH4 A;  6LYZ A;  2H5Z A;  2Z2E A;  1L27 A;  2ZIL A;  3DNA A;  1GF7 A;  2BQO A;  1FLU A;  1C6F A;  3F6Z A;  2QB0 B;  1L05 A;  3LHM A;  3TMV A;  1L96 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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