1L63A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l63A00
4W51A 3NYAA 4LDEA 185LA 3GUIA 228LA 3HTFA 1G0GA 3C82A 3PDSA 218LA 1L18A 1QUHA 3HDEA 1OVHA 4W56A 183LA 1QT4A 1WTHA 1L04A 4I7OA 235LA 110LA 254LA 1P56A 1C6MA 3C8QA 3DN4A 2RBOA 1L16A 2RH1A 2OU0X 3D4SA 3OE8A 4OO9A 1QUGA 4PJZA 239LA 1C6LA 255LA 1L0KA 3SB5A 2B7XA 1OVKA 1PQMA 168LA 1L06A 1L38A 1P6YA 1L89A 1TLAA 161LA 4W57A 248LA 1L39A 1L86A 1C61A 3HTBA 2B6WA 120LA 1D3JA 3C80A 3DN3A 1L72A 1L29A 1CUPA 1G06A 4W52A 1ZURA 260LA 164LA 4I7SA 4ARLA 1QSBA 155LA 1DYCA 1CU6A 4W59A 1P2LA 1L70A 152LA 181LA 1XEPA 1L48A 1L22A 2Q9DA 3HU8A 151LA 1QT6A 2QARC 3CDRA 250LA 1L96A 4LDLA 1L59A 1T97A 1T8FA 213LA 118LA 4ARQA 252LA 3K2RA 3FADA 1LYGA 3F9LA 104LA 1SSYA 1L43A 1L37A 176LA 3V2YA 4E97A 2HUKA 1L12A 1LYDA 1PQJA 1QT7A 1G1VA 2Z6BA 3OE6A 1P46A 1C6IA 3GUPA 1C6TA 257LA 3PBLA 2B75A 148LE 3DKEX 149LA 3HU9A 2B70A 1QS5A 1C65A 1DYEA 4EXMA 4ARQB 3CDOA 3DMZA 219LA 139LA 2OTYX 3CDQA 247LA 206LA 3HT9A 3DN8A 4W53A 138LA 3C83A 1L88A 184LA 2F47A 1C6NA 1QUOA 160LA 1D2YA 1L40A 1LW9A 1L60A 1CVKA 1L55A 2OE7X 249LA 1OV5A 1C6DA 1C60A 225LA 4I7LA 163LA 4EKRA 3GUMA 1L65A 1P3NA 2B72A 1XJUA 1L20A 1C6JA 1L57A 1L82A 4EPFA 1L66A 212LA 1QTBA 231LA 226LA 1EPYA 1JQUA 109LA 1L08A 3FA0A 102LA 244LA 246LA 3DMXA 1CTWA 3HUAA 141LA 187LA 1KY0A 4I7TA 158LA 2RB2X 2HULA 1PQKA 1CV6A 230LA 1L99A 1LYHA 1L13A 1L71A 220LA 259LA 1L68A 186LA 1LI6A 2B6XA 1L81A 1XJTA 1C6EA 2CUUA 1L14A 1L92A 1LYEA 201LA 1KS3A 4ARPA 1L35A 3L64A 2OTZX 1CV4A 1L45A 2RB0X 198LA 3GULA 200LA 1C6BA 1D9WA 3DN0A 173LA 1CU0A 4ARJA 1L46A 1L34A 159LA 1L94A 1L19A 1G0QA 232LA 3F8VA 2LZMA 1CU5A 1L25A 3GUKA 3HTDA 1C6FA 2F2QA 1K28A 1L17A 2ANXA 1CX7A 4YX7C 236LA 3CDTA 240LA 197LA 2RBSA 4ARMA 170LA 1L03A 1OWYA 1LGUA 215LA 1C6HA 3DNAA 2RAYX 2RAZX 156LA 175LA 3NY9A 130LA 1P2RA 1LYIA 182LA 1QT5A 1L10A 1KY1A 1L41A 192LA 4I7NA 1C67A 1L73A 210LA 224LA 1G0MA 4EKSA 177LA 1DYFA 4I7PA 5I14A 1QSQA 2L78A 122LA 2OU9A 3CDVA 3OE9A 127LA 3C7WA 4YXCA 1OV7A 4I7MA 113LA 237LA 3HUKA 2B74A 2RB1X 128LA 4DAJA 3V2WA 1SX2A 1L15A 1DYGA 1L36A 1C68A 211LA 4EKQA 2OEAX 1L93A 1CUQA 1L56A 1P5CA 3DN2A 1L91A 1L26A 1C66A 1L52A 1CV5A 4S0WA 1SX7A 1L31A 233LA 3L2XA 2O7AA 2B73A 3C81A 3ODUA 1CV0A 227LA 1L64A 2F32A 1L84A 5LZMA 3VW7A 131LA 4EJ4A 229LA 1C64A 3HH4A 180LA 145LA 251LA 262LA 195LA 1L98A 3SBBC 1L05A 6LZMA 1D3MA 115LA 171LA 1L33A 144LA 147LA 3HT7A 2B6TA 103LA 1L02A 3SB7A 1PQDA 1L07A 3RZEA 1QUDA 1C6QA 1CU3A 209LA 3HH6A 1C6PA 1G0KA 222LA 2NTGA 1I6SA 2B6YA 1L54A 3C7ZA 3LZMA 4EKPA 1C62A 1KW5A 1OYUA 1G0LA 1G0PA 1KNIA 112LA 2NTHA 111LA 3HT6A 2LC9A 4DKLA 1L83A 1P36A 1L44A 166LA 1L69A 1L75A 3GUOA 143LA 3DN6A 3GUNA 1DYAA 1LI2A 216LA 3SB8A 4ZPUA 125LA 1L11A 3OE0A 242LA 4I7QA 1L77A 1L00A 107LA 214LA 108LA 142LA 3G3XA 3SB6A 1LYFA 3SB9A 3DN1A 1L63A 3C8RA 3FI5A 191LA 1P37A 4EPIA 1T6HA 2QB0B 4AQNA 1JTNA 1L09A 256LA 1LGWA 1QT3A 172LA 178LA 1QTCA 4W55A 1LLHA 199LA 1D3FA 1L49A 2RBPA 3HH3A 4I7KA 3NY8A 1L97A 119LA 253LA 169LA 1G1WA 114LA 1P64A 3G3WA 165LA 1ZWNA 1KW7A 1L95A 1T8AA 1LWGA 1L01A 1L61A 223LA 3G3VA 4I7JA 1L32A 1QTVA 261LA 4W54A 3SN6R 1D3NA 3QAKA 234LA 2ANVA 1L90A 1L42A 3HWLA 1L47A 1L58A 1L30A 1SWYA 4YXAC 1L76A 4DJHA 140LA 1QTZA 1L23A 1D2WA 2RBQA 2O79A 1T8GA 167LA 1L85A 1NHBA 217LA 1DYBA 1L27A 1OVJA 1G07A 1L0JA 1CU2A 2LCBA 1LGXA 2O4WA 123LA 1DYDA 3HT8A 4I7RA 4ARMB 3HUQA 4K5YA 126LA 1CV1A 1B6IA 3JR6A 238LA 243LA 1L87A 1LWKA 3HTGA 4GRVA 157LA 1PQOA 1L24A 1L53A 221LA 162LA 1SSWA 2OU8A 3RUNA 3HDFA 1L51A 1OWZA 2HUMA 205LA 2Q9EA 146LA 1C6KA 1C63A 1SWZA 1C6CA 4GBRB 129LA 1LI3A 2A4TA 1C6AA 3SBAA 4PK0A 3HH5A 3EMLA 189LA 188LA 1QTDA 1ZYTA 1QS9A 4LZMA 1QTHA 3C8SA 241LA 2OE4X 4LDOA 2RBNA 1G0JA 3GUJA 2RBRA 1QT8A 2OE9X 1L62A 1P7SA 196LA 174LA 1C6GA 1L28A 2IGCA 4IAPA 1L79A 258LA 137LA 3UONA 1L67A 1L21A 1L74A 1L50A 1PQIA 1CX6A 2B6ZA 1CV3A 7LZMA 1C69A 1JTMA 1LYJA 3C7YA 190LA 1L80A 245LA 4W58A 150LA 3DMVA 1LPYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B4EA 3NYAA 153LA 1GB6A 1LZRA 3C82A 3PDSA 218LA 1QDRA 3W6CA 1UIBA 1L04A 5KXXA 1NMMA 1LMPA 3C8QA 1JWRA 1C6MA 5I54A 2RBOA 4NY5A 4OWCA 2C8OA 3D4SA 3OE8A 4OO9A 1LHKA 1B7RA 2W1LA 1HF4A 1IOQA 239LA 4NFVA 4XJBA 1C45A 1ZMYL 4CHXA 1OP9B 5FSTA 5DN5A 1LZTA 1LHLA 4L41A 1L39A 1C61A 1YROA 3HTBA 4H9CA 2MEEA 1I1ZA 1L29A 1G06A 3FI7A 2EIZC 1XEIA 1QSAA 4I7SA 4CFOA 1LZ1A 1LMOA 4W59A 1LSNA 1L70A 181LA 2MEAA 9LYZA 4HV1A 1L48A 1L22A 2Q9DA 4UWUA 4LYTA 3CDRA 250LA 213LA 4NSIA 4FDYA 252LA 4OW1A 3F9LA 1XGRC 176LA 2HUKA 2MEDA 1W6ZA 4R0FA 3CT0A 2Z6BA 1VATA 2EKSC 1IP1A 148LE 3HU9A 3W6DA 2XTHA 1QS5A 4ETEA 1DYEA 3DMZA 1DPXA 219LA 139LA 1IIZA 5E4PA 138LA 1WTNA 1YKXX 5KXSA 160LA 1L40A 4H90A 5KKIA 5KXYA 4I7LA 1HFYA 163LA 1L65A 1JITA 1GFKA 3TXDA 3WVYA 4DQ7A 4LYCA 226LA 1XGUC 109LA 3WW6A 244LA 3ZEKA 5LAGA 3WW5A 3HUAA 5KJ9A 3KAMA 1WQRA 4I7TA 2RB2X 4WG7A 2HULA 1BGIA 5B1GA 1CV6A 4M4OA 230LA 1L99A 3A67Y 3AZ4A 2G4NA 2B6XA 5APEA 5KXWA 1XJTA 1C6EA 1LYEA 4KPMA 1LSMA 201LA 5DN4A 2OTZX 1LZ5A 3VWOA 1KXXA 173LA 1CU0A 1REYA 1L34A 159LA 1G0QA 2VB1A 1FLYA 232LA 3F8VA 4DYGA 1CU5A 1B5XA 4KXIA 1K28A 2YBIA 1XSFA 2ANXA 1CX7A 4YX7C 236LA 3CDTA 2Z38A 1LYOA 4ARMA 5FHWA 1L03A 4NWEA 1OWYA 3CSRA 4C5FA 2H9KA 1ZVHL 4DD3A 4DD1A 4A7DA 1HFXA 4I7NA 4EKSA 1D0LA 1DKJA 4GLVA 3AGIA 5I14A 2L78A 1WQPA 1DZBX 1RJCB 1BB5A 2C8PA 4NWHA 3CDVA 1LSZA 3RT5X 3HUKA 2Z2EA 3WU8A 2ZNWY 1SX2A 1L15A 4LYBA 3WMKA 1L36A 3D3DA 4EKQA 3F6ZA 2OEAX 1L56A 1P5CA 3DN2A 2RSCA 4H8XA 1C66A 1CV5A 1AM7A 4IATA 3L2XA 3LYTA 3ODUA 5E9RA 2F32A 3LZ2A 1L84A 5HMJA 1C64A 2CJLA 1IY3A 1LHHA 4HTKA 3SBBC 1L05A 1CKFA 1D3MA 1L33A 3RZ4A 1DXJA 1L02A 1QUDA 4GN5C 3BKVA 3TXEA 1LYZA 2B6YA 2HECA 1L54A 1LKRA 3C7ZA 2MEFA 1C62A 1G0LA 2ZWBA 1G0PA 3P4ZA 112LA 5M1YA 5A3EA 2LC9A 1LHIA 3GUOA 1NHEA 2HU3A 1TBYA 4ZPUA 1L11A 2YSSC 107LA 1NKHA 108LA 142LA 2HEBA 1LYFA 2DQGY 1JEFA 1T6VL 2YBHA 1GFUA 3K3TA 256LA 1JTNA 1VDTA 1QT3A 4UWNA 1FKQA 1KIQC 3A90A 3EBAB 1UCOA 1L97A 4MR1A 5LXWA 1LTMA 3TMUA 4XJHA 1REZA 1BVXA 3N9EA 4WG1A 1B5WA 1HFZA 1YAMA 4QDNA 3P64A 4GCBA 2HEAA 4WM6A 1QTVA 4I0CA 4W54A 3SN6R 2AUBA 1GFJA 3HWLA 1L42A 4ETDA 1SWYA 4YXAC 4DJHA 5L3IA 140LA 1QTZA 2O79A 5FDJA 1L85A 1DYBA 1F0WA 2W1MA 1XGQC 1CU2A 4RLNA 1LZ6A 4MCKA 1GDWA 2O4WA 3AZ5A 5LYZA 3FE0A 1GFHA 4ARMB 4NGYA 3HUQA 4RLMA 3JR6A 238LA 3D9AC 4GRVA 4DD2A 157LA 4WL6A 4WMGA 1L53A 1SSWA 1IP4A 1OWZA 205LA 1SQ2L 146LA 1BWHA 4WM1A 4GBRB 1WQQA 2A4TA 3SBAA 1GPQC 3HH5A 4PK0A 5HQ1A 2HEFA 2WARA 1YQVY 4J1AA 3C8SA 3IJVA 2OE4X 1OQMA 4B4IA 1IWXA 1G0JA 3EO5A 1HEMA 3GUJA 1TDYA 4WLXA 2F30A 2Z39A 196LA 1LYYA 258LA 3RW8A 2Z2FA 3A95A 1LMAA 1L21A 1L74A 1VDSA 1CV3A 1C69A 1LJIA 1IR8A 190LA 1DPWA 245LA 1XFPL 4W58A 3WPKA 1JKDA 3DMVA 1LPYA 4PGJB 4LDEA 3GUIA 228LA 3HTFA 1G0GA 2MEIA 5B06A 1QUHA 1LCNA 183LA 1HELA 1JKBA 1WTHA 1IWUA 4WLDA 4I7OA 4NHSA 5APCA 1OUJA 1CKGA 254LA 2DBTA 2RH1A 1TCYA 1GB9A 3ATNA 4PJZA 4N1CC 1HEPA 4HJZA 1L38A 1TEWA 1GB2A 161LA 1LZGA 248LA 4WLTA 4TTDA 1LMTA 1ZURA 260LA 164LA 1CJ8A 4NSHA 1HERA 3J6KA 1LSPA 4YENA 1IOCA 1YAOA 4DQJA 1GF8A 1XEJA 152LA 5I53A 2I25L 1HC0A 5IHGA 1XEPA 5FELA 2ZQ4A 1OUIA 1F6RA 3T6UA 1GEZA 4WL7A 135LA 151LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B4E A;  3NYA A;  153L A;  1GB6 A;  1LZR A;  3C82 A;  3PDS A;  218L A;  1QDR A;  3W6C A;  1UIB A;  1L04 A;  5KXX A;  1NMM A;  1LMP A;  3C8Q A;  1JWR A;  1C6M A;  5I54 A;  2RBO A;  4NY5 A;  4OWC A;  2C8O A;  3D4S A;  3OE8 A;  4OO9 A;  1LHK A;  1B7R A;  2W1L A;  1HF4 A;  1IOQ A;  239L A;  4NFV A;  4XJB A;  1C45 A;  1ZMY L;  4CHX A;  1OP9 B;  5FST A;  5DN5 A;  1LZT A;  1LHL A;  4L41 A;  1L39 A;  1C61 A;  1YRO A;  3HTB A;  4H9C A;  2MEE A;  1I1Z A;  1L29 A;  1G06 A;  3FI7 A;  2EIZ C;  1XEI A;  1QSA A;  4I7S A;  4CFO A;  1LZ1 A;  1LMO A;  4W59 A;  1LSN A;  1L70 A;  181L A;  2MEA A;  9LYZ A;  4HV1 A;  1L48 A;  1L22 A;  2Q9D A;  4UWU A;  4LYT A;  3CDR A;  250L A;  213L A;  4NSI A;  4FDY A;  252L A;  4OW1 A;  3F9L A;  1XGR C;  176L A;  2HUK A;  2MED A;  1W6Z A;  4R0F A;  3CT0 A;  2Z6B A;  1VAT A;  2EKS C;  1IP1 A;  148L E;  3HU9 A;  3W6D A;  2XTH A;  1QS5 A;  4ETE A;  1DYE A;  3DMZ A;  1DPX A;  219L A;  139L A;  1IIZ A;  5E4P A;  138L A;  1WTN A;  1YKX X;  5KXS A;  160L A;  1L40 A;  4H90 A;  5KKI A; 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