1L6YA

Crystal structure of porphobilinogen synthase complexed with the inhibitor 4-oxosebacic acid
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
323
structure length
322
Chain Sequence
TDLIQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Species-Specific Inhibition of Porphobilinogen Synthase by 4-Oxosebacic Acid
pubmed doi rcsb
molecule keywords PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
total genus 112
structure length 322
sequence length 323
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2002-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1l6yA00
4N2YA 4AF0B 3Q2DA 1TO3A 4WX2A 3LRLA 5G2WA 1W5PA 1EUNA 1SFJA 1SO5A 3LXBA 3LHTA 5F1VA 1QOQA 3GDTA 1TPB1 3ABSA 3PUOA 3STCA 4LS0A 2XFWA 2J9YA 4MJMA 1Q3NA 2E5DA 1FCQA 5AC8A 4JEQA 4X2RA 5KZDA 2Y70A 4UTWC 3W7MA 3G0UA 5LGXA 1WX0A 3LI1A 4FNUA 2R8WA 2H6RA 3EWYA 5AYXA 3TE9A 2Y7FA 4DELA 2DZXA 2ZYFA 4YLWA 2ZFAA 1F7BA 3O05A 1K7XA 4LV9A 4UR7A 4E2DA 3LV6A 2PC4A 1JUBA 3NZ1A 3B0PA 3T7VA 4AEOA 3BLIA 3GZ3A 3HO8A 5ABTA 3TSBA 3G22A 1ICSA 2X2GA 2QCLA 3HPXA 3PR2A 1QPRA 3A22A 4OBTA 1ALDA 1TTPA 2ZQ0A 3I68A 4MLRA 2PE4A 5DELA 4J9JA 3QMTA 3KRSA 2C6QA 5D2VA 1I2NA 1YDNA 3I6RA 4MYXA 3PS7A 6TIMA 2B7OA 2I9EA 5HULA 3NYZA 2E5BA 3DFNA 4RXFA 5D09A 4NUWA 4LWWA 2ISWA 3L66A 1T99A 2NX9A 1R2RA 3M5ZA 3LCFA 1M7OA 2QCDA 3NQ2A 4FIQA 3KVJA 4XKYA 1KFEA 1QPQA 3NQGA 5LKYA 1NVMA 2XN2A 2ZDRA 3E9AA 2R94A 5EY5A 2YGYA 1O5KA 3W1PA 5FF2A 2VXNA 4H6KA 4IXHA 1VCFA 4M5PA 3CPRA 4OV4A 1TRDA 1IXPA 3MMTA 4EIVA 3VNDA 4S1FA 3EX3A 3PSWA 1JVNA 1A50A 4FNRA 3TJXA 1EP1A 1LZOA 4O17A 3DFPA 2E1DA 4HNTA 3O06A 1K7FA 3W74A 1SZEA 3R8RA 4I9AA 4UTLA 1OK4A 3NDOA 4Y90A 1KM3A 2J88A 1BKSA 1M7PA 1XM3A 4Q32A 3P61A 3V1PA 1X1ZA 2CLLA 3A5FA 4ZZ9A 1H1YA 4FEZA 4HT3A 1XKYA 3EWBX 5SWUA 1LROA 2CFFA 2FTPA 5D2TA 5LNWA 1OF6A 4N4PA 5DBTA 1RD5A 5FEPA 5EKYA 2QCNA 4JYEA 2A7NA 2CW6A 4POCA 3W87A 4KWWA 1BTMA 5LNRA 3LCXA 1K8YA 1SSGA 2Y61A 3NPWA 5L9FA 3ABQA 1QFEA 4GUHA 4AHPA 1GTEA 3S42A 4QNWA 4RX0A 4H3DA 1WXJA 1XBVA 1QOPA 3KAOA 3L0KA 1HUVA 3ATZA 2Z1BA 4ADTA 4FX8A 5K4XA 3H55A 3GLCA 3W7GA 4A2SA 1BEUA 5HUOA 1KM0A 3AO0A 3IIPA 2ZRXA 1SQ7A 3P5ZA 5E0KA 1PVNA 4N9BA 2E77A 2HS8A 3KXQA 5K4ZA 1RQBA 3YPIA 2BZNA 3LBMA 4JTTA 1OFAA 3TAKA 2VEMA 3SGUA 4YL2A 1OX5A 1TPDA 3L0GA 3LLFA 4MJZA 3VFLA 1P4CA 1WOBA 4CQ9A 4DPQA 2HSAA 3CTLA 4NNBA 3OG3A 4MIMA 2Y7DA 4NU7A 4P2VA 2PRHA 3SJ3A 1ME7A 1TQJA 1R2TA 1WV2A 3QZEA 4MOZA 4JTIA 4CCDA 1DJNA 1PHWA 2FIQA 3NZRA 3UWVA 1I2PA 1TPH1 3C3NA 2TPSA 3UY8A 4WOQA 3W7KA 1G7VA 3PBUA 1ZENA 4ADSA 3NVTA 3TW7A 2V9DA 1IIGA 3M16A 4GUIA 2QAFA 3LRMA 3ABOA 4O11A 3LX9A 4BK9A 5HQEA 1QAPA 1O95A 2OJPA 3IGUA 4UC5A 1XBXA 2ZTKA 1SU5A 2P0OA 3PF3A 4LS2A 1MSSA 1VCVA 3NQFA 1DJQA 1C9DA 3JRKA 1YTEA 3UQNA 2BLEA 1ICQA 5D2XA 2TMDA 1FDJA 5I3KA 1J2WA 3LERA 4ZMGA 1JR1A 1R30A 1W31A 1W5QA 2GJLA 3LTSA 1LORA 2PCQA 5D37A 3EX4A 1MEIA 3WJWA 4HPJA 1W3NA 2PRLA 5F2GA 3GXTA 3MP3A 3B03A 3E0IA 4LRSA 2Y62A 5CPNA 2GQ8A 3S1WA 4FF7A 5C54A 3L68A 3DZ1A 4K39A 1TIMA 2C3ZA 2Z0IA 4AXKA 3FEMA 3S1UA 5FEZA 4CQAA 3O6YX 4O0KA 3W2NA 3S1VA 3TFCA 3GXPA 1CI1A 3A24A 3MI3A 5KZEA 3G1FA 1KLYA 1GVOA 1VJIA 3HPZA 3PC0A 4LU0A 4JICA 2A2IA 4IWWA 3W1XA 1GYNA 4WY0A 3LOTA 3ATYA 3QFEA 3N14A 1OX4A 1KM6A 2V2DA 1IXNA 2WV8A 5C6MA 1S5TA 3UZ5A 4O50A 4ZQRA 2H8XA 1WYIA 4A3UA 2AQWA 3UWWA 2YSWA 4K36A 3QPZA 4JGDA 3W1UA 3W85A 5KMYA 3TSDA 3W3OA 1OFOA 4PEKA 1EX5A 1RPXA 2B4GA 2VC6A 1EEPA 2I1OA 2NUXA 4ADUA 1TREA 1XXXA 3NL6A 3QRHA 1KFJA 3CHVA 3UWYA 2HS6A 1TYGA 4UFLA 4UXDA 8TIMA 3HGOA 5AHLA 3L5MA 2ZZ3A 3LHUA 1G67A 3O16A 1MEHA 2R14A 3SIZA 4BF9A 2X30A 5LHFA 1VS1A 3NL3A 4IXXA 3O15A 1N8FA 2QCDB 1ZAJA 3M7WA 3WFAA 1XUUA 4XKYB 5A5WA 3IIZA 4HHPA 4TMCA 1K3UA 2DZTA 2ATSA 4GC4A 1J5TA 2H3DA 3P5YA 3S9YA 4CCEA 2VFEA 2E6AA 5CPLA 3I7QA 3L5LA 4FXRA 3WK2A 4HKPA 4GXMA 5F4WA 4JY8A 3DFQA 4BWLA 3LHWA 4MZ1A 5H91A 3S8HA 2Q3OA 3BARA 2GQ9A 1TTIA 3CIXA 1A5BA 3W72A 2ZRYA 4N4QA 1L2UA 1U83A 4UMAA 5HMSA 1YTKA 3C2RA 2NLIA 1GYLA 2GQAA 3GVGA 4LW7A 1TTQA 3O6DA 4I7VA 3TC6A 5L6UA 3LCGA 3I7SA 4R53A 3UXAA 4X9SA 2F7FA 3CEPA 4R7JA 3S5YA 1FWSA 1ZHAA 1GQNA 1TB3A 4K6AA 1JCNA 2ZZ2A 4EOUA 2VEIA 3HPSA 3G18A 4LS1A 1OX6A 4Z1DA 3OEXA 1JUEA 4WUIA 3C8FA 5EL1A 3SW6A 1U5JA 3SFKA 1W1ZA 1H1ZA 4HN4A 4UTKA 3C0JA 5F2MA 2NUWA 3A9IA 1LOSA 3DBPA 4AWTA 2YW3A 2O7QA 2OT0A 4QSHA 2V8ZA 1KTCA 3G1VA 3PSVA 5D02A 3P67A 1XC4A 5CPMA 5LGZA 5K9DA 1K7EA 1TPUA 2X1SA 3NG3A 4K8EA 4UMBA 4JTUA 1OF8A 1OABA 4O13A 1G4TA 1DQXA 1GTHA 1CX9A 2CWNA 3T78A 3S6DA 2QF7A 3TJLA 3C2FA 1JCLA 2QCCA 5GVJA 3THAA 4JX4A 1OYBA 1DKWA 3DENA 1MO0A 1LP6A 4PCFA 1CW2A 1T8XA 4UTJA 3UZJA 1B3OA 3EWZA 1SO3A 3TR2A 5D2YA 4M19A 4UFIA 4QJ1A 1Z44A 1EA0A 4KFOA 3MW7A 2C19A 2XN1A 1SPQA 4BI7A 3GB6A 2WNZA 2NWSA 1KFKA 2YFOA 2RDWA 3WJZA 3LCLA 3NM1A 2DZVA 1AL7A 4GRSA 5HR7A 4ZQOA 1OFBA 1OYAA 4O14A 3LCHA 3M41A 3MBDA 3U6WA 2Q3RA 1H7OA 2YFNA 3KFTA 3WK1A 4M6QA 5G5IA 3EWXA 3N3MA 3W2MA 3U2OA 4DBEA 4NJHA 1W3IA 1EUAA 1KV5A 1VPXA 4GNJA 4N9DA 2VELA 3DAQA 1DORA 3MO7A 5EYWA 4O1BA 1QDSA 4P61A 3EB2A 2WKJA 4JIPA 4EF9A 1AW5A 2OT1A 1W5NA 1L6SA 3OHIA 5CG7A 4JNMA 4U28A 4GFSA 3JR2A 2C0AA 4IGHA 3W2JA 3H54A 3RLUA 2JKAA 3QMSA 1UJPA 2CZFA 2WSRA 2A7PA 2QCEA 3WJSA 1YTDA 3QM3A 3R5EA 4ZQPA 4O1AA 1KFCA 1ONRA 2A0NA 5DCDA 3KHJA 3LLDA 3B0UX 1K02A 5CZSA 3S5ZA 4IOTA 4K7YA 3W1MA 3KVMA 3Q58A 4LV4A 4MZYA 4O57A 1NSJA 3LTYA 4FO4A 1PS9A 3UWUA 3TH6A 3W86A 3F4NA 1X1OA 3GR8A 2R91A 2IQTA 3UPWA 4GUGA 4C1KA 1XFBA 2FPVA 4NX5A 4WY0B 3ZR4A 3P7YA 3ZWTA 3B0VC 2E68A 3NPVA 1OX4B 1GVQA 4O53A 4AAJA 4IUOA 4XBSA 1LBFA 4BWLC 1ZFJA 4NNCA 3RU6A 3PBWA 1EB3A 1VR6A 1X6UA 3G3MA 3WK3A 1TPEA 1QWGA 2ZRVA 4IMEA 1FXPA 5DXYA 4RR4A 3L21A 5HWMA 3E02A 3NQMA 2VFIA 4UTUA 3W88A 5J5RA 3PULA 2CLFA 3DGRA 4E2BA 2E5CA 4DPPA 4WD0A 4N6FA 1SW3A 3QSTA 2A1YA 4QITA 2D73A 1Z41A 2YW4A 3TC7A 3NEVA 5IM51 2VFHA 4IX2A 2QUUA 2A6NA 3M6YA 1QR7A 1C8VA 1FCVA 1RVGA 3IV3A 1ML1A 2GVLA 1F74A 1KTNA 3PM6A 3TMLA 3BVJA 1G4PA 2VEPA 1F6PA 3W07A 2E6YA 3NL2A 3SSJA 1H5YA 4A21A 2CZ5A 1F6KA 3P74A 3GX9A 4AB4A 1VRDA 4EF8A 1FDZA 4O19A 2CLOA 4GUJA 2EGZA 1KBJA 2TYSA 1QMLA 4DO5A 3LM7A 4RZ6A 1ZAHA 3DU0A 4LVGA 1JCJA 4IX0A 3HB9A 3TA6A 3C52A 3FJLA 3LCIA 3LI0A 1AW1A 3NQ8A 2NXHA 5EMUA 4RK8A 1W5MA 2VENA 3TXVA 1P0KA 1RQEA 3I7RA 2Z6JA 5D04C 1JQXA 4BR1A 3NXFA 2YCEA 3VE9A 5CZTA 1VHNA 2VOMA 4AHQA 1S3HA 2BXVA 2DZSA 4LTSA 5EBUA 1Q6LA 4OV9A 3M43A 1BWLA 1MXSA 2EHHA 3GKFA 4MKNA 3PB0A 3GIYA 2V5LA 2A5HA 4QNEA 1THFD 4LRTA 2VFFA 2G97A 1TV7A 2B0MA 2A6LA 4NT0A 4YCPA 3DKJA 2C13A 3DHFA 4IMGA 3GXNA 5DY2A 3EWWA 3QQ1A 3KRZA 1QNVA 4ZQNA 2G96A 2ZRWA 3SI9A 1LRQA 1O5XA 3MI2A 3N9RA 3QQ0A 1W8SA 4Z0SA 3MJYA 5DBUA 5FF0A 1VGAA 3AJXA 5DXXA 5G2HA 5I3FA 4EWND 3OIXA 3GKAA 4Y96A 3HOJA 1ME8A 4DO6A 3MYPA 1WDWA 3QF0A 1UUMA 1HFBA 3G0XA 4KFNA 1FY6A 5K2ZA 5K3VA 3E96A 4FIRA 5D2WA 4GUFA 3MHUA 1OFEA 1JCYA 1EP2A 3IIXA 3S0CA 2H90A 3OVPA 4OGZA 4TU1A 4ALDA 2DU2A 5AFDA 1FWNA 2A4AA 3DFSA 3F03K 1GG0A 2QJHA 1KTBA 1WA3A 4OHQA 3IVUA 2ZCGA 1Z42A 5BNKA 1LBMA 4HIBA 4NQ1A 3W2KA 4CNPA 4DQWA 1GEQA 4XTDA 3UWZA 1T96A 2DJLA 5AHNA 1NEYA 3HG2A 4W9TA 4Z1CA 4K38A 3FOKA 3S1XA 4LUJA 3ABRA 1VC4A 1I4NA 5LNUA 2NV1A 3N19B 1JULA 1H62A 4S2BA 3GAKA 3W7RA 4FNSA 2V30A 3VI2A 3TNOA 4M6VA 2Y6ZA 2ISSA 4E38A 2VEKA 2GUUA 2NUYA 3G1AA 3W76A 2V5BA 4QM1A 4NXSA 3CQ0A 4PFMA 3G1XA 1XDLA 1Q6RA 3NR0A 3UWQA 3G1SA 3B04A 1KM1A 2CZEA 4PC8A 2HMCA 3HF3A 2FB2A 3DI0A 1YXCA 3GDRA 1O60A 2QCFA 2G5WA 4LVBA 1VZWA 1YYAA 4O4VA 1W3TA 5KZMA 1LRTA 4O18A 3V75A 3EEGA 4IMDA 1GWJA 2EKCA 3EKZA 2CLKA 4DXVA 4A22A 3FYOA 4UMCA 3EX1A 1ZNNA 5CSSA 1OFDA 5HJLA 4WZHA 3W7OA 5G4WA 3W7IA 5FESA 3A21A 3MI6A 2A7RA 5E1QA 5D30A 4Q4KA 2QCMA 3W7HA 4QAIA 1E51A 4UFKA 2P1FA 1Z48A 4O1DA 1IXQA 1Q6OA 4CNOA 3EX2A 3M47A 3L67A 4O4WA 5AOUA 1GVFA 5AC6A 4CQ8A 4LUIA 1RQHA 3HGSA 2PRMA 4NJIA 4KKXA 3W7LA 4K37A 3R89A 5I3HA 2ALDA 1ZCOA 5AN7A 1EPXA 1R2SA 3EXRA 3USBA 3P8JA 2CLEA 1H51A 1H60A 1FWTA 3PBVA 5HNRA 2C14A 2JK2A 1TCDA 2GJNA 1FCUA 3Q94A 3IVSA 3W9ZA 1SZNA 1PCWA 3H53A 4KFPA 1R47A 3TK7A 2FJKA 2X1TA 5DN1A 2JGQA 2QJGA 3O63A 4O16A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WH5 A;  4DM1 A;  4AF0 B;  3Q2D A;  4PMV A;  2D69 A;  4I5U A;  2GDV A;  2VRK A;  4WX2 A;  1SFJ A;  4S3A A;  5C8B B;  1VKF A;  1SO5 A;  2JF6 A;  3GG8 A;  1C91 A;  3GDT A;  1NM9 A;  1JEZ A;  2W66 A;  2FZB A;  3STC A;  4QG9 A;  4HOW A;  2WHM A;  4GLE A;  3VDC A;  1QUM A;  3BLL A;  4MJM A;  2E5D A;  3ZSS A;  4G7F A;  2ON3 A;  5KZD A;  3PTK A;  1WX0 A;  3E2R A;  3VIH A;  2R8W A;  2H6R A;  1PSC A;  1XGZ A;  5A1A A;  1KGX A;  3TTS A;  1JF6 A;  3TE9 A;  1RH9 A;  4DEL A;  2GOK A;  4LYR A;  5RUB A;  3LV6 A;  3A9B A;  4IT1 A;  3DFY A;  1ESW A;  4AWE A;  4D1I A;  2WBG A;  3F7J A;  3OU8 A;  5ABT A;  1ICS A;  2JEP A;  2QCL A;  1VF8 A;  4B5S A;  1BKH A;  1FWG C;  2PE4 A;  4J9J A;  3KTS A;  3KRS A;  4H8N A;  2V5K A;  3MB9 A;  3NYZ A;  1WZM A;  1R7O A;  1GKP A;  4LWW A;  1UR2 A;  1PAM A;  1R2R A;  5HPO A;  1M7O A;  4YYC A;  3NQ2 A;  3KVJ A;  3P6L A;  4K2S A;  2BDQ A;  4IFK B;  5JBD A;  2VTF A;  1MQQ A;  1QPQ A;  3WQE A;  2VC5 A;  2XN2 A;  2P5N A;  4F0S A;  2R94 A;  1RP8 A;  1Q63 A;  2YGY A;  4S23 A;  4OBR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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