1L71A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDAAAANLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l71A00
2OE4X 1QUGA 2RBQA 1C6BA 251LA 3GUJA 174LA 2O79A 4GRVA 168LA 249LA 1L89A 2LC9A 4ZPUA 237LA 171LA 1L38A 3CDTA 229LA 1L47A 181LA 188LA 1CUQA 1LI3A 1C6FA 1G0MA 245LA 3F9LA 3JR6A 1C66A 3NYAA 2RBNA 2B70A 1SWZA 1QTVA 221LA 3SB8A 219LA 1G0PA 112LA 1P37A 212LA 196LA 1T6HA 242LA 1L07A 3RUNA 2RAYX 1JTNA 1QT7A 4DAJA 1LLHA 1L00A 1C63A 3C8RA 1C6KA 1CX6A 145LA 2L78A 149LA 111LA 1L99A 3GUIA 4DJHA 161LA 1C6MA 3UONA 1L60A 1L70A 4EKPA 3SB6A 152LA 1KS3A 1CV0A 1CU3A 1CV3A 1L23A 1L11A 1L15A 1LW9A 114LA 4I7LA 109LA 206LA 1XEPA 3HT6A 1C67A 4EXMA 1L88A 4I7RA 130LA 1L68A 182LA 236LA 2O7AA 110LA 1OV7A 103LA 1L10A 3GUKA 3HT9A 1L65A 1KNIA 1L72A 104LA 3DN4A 127LA 1CV4A 1L90A 3D4SA 1L93A 1L28A 146LA 1L13A 227LA 3SB9A 1CV6A 225LA 166LA 4ARMA 4YXCA 1LPYA 122LA 1G0QA 2Z6BA 173LA 1L25A 1T97A 4W53A 143LA 1OWZA 1G1WA 1L54A 2F2QA 1L53A 1L42A 1L66A 1L62A 144LA 2F32A 1L95A 1OVHA 217LA 1D2YA 189LA 1C6NA 1L32A 1LYIA 3GUMA 4I7QA 1OVJA 4LDLA 4EKRA 4I7JA 3SB5A 2F47A 1L34A 3HT7A 1WTHA 2RB2X 1L52A 4W56A 1DYAA 4I7SA 2NTGA 1L03A 1L77A 1ZWNA 1ZYTA 3CDVA 176LA 1PQOA 165LA 1L50A 4I7KA 1PQMA 3SN6R 180LA 256LA 1QT3A 1C62A 1L80A 1G0LA 4AQNA 1L43A 3FADA 184LA 2O4WA 2OU0X 2IGCA 113LA 4GBRB 1C60A 2QARC 234LA 177LA 4IAPA 1QSQA 2B73A 155LA 1P6YA 1XJUA 129LA 1P56A 170LA 119LA 3G3WA 1LWGA 191LA 4I7NA 1B6IA 254LA 4ARJA 4ARQA 1C6LA 1D3JA 2ANVA 3PDSA 238LA 259LA 169LA 186LA 2LZMA 1LYGA 1PQJA 1L92A 2RBPA 1JTMA 1SSWA 3GULA 4OO9A 3HU9A 3QAKA 1L59A 210LA 2B72A 1CU6A 2RB0X 1L56A 1P3NA 2B6ZA 241LA 257LA 2B6XA 3C8SA 4W57A 1LWKA 3HUAA 185LA 3CDRA 1LGWA 3DNAA 3DMVA 137LA 1QUHA 1L16A 1T8FA 1G0GA 3HU8A 4W59A 1C6GA 126LA 1G06A 2LCBA 1LYJA 3C8QA 1CU5A 1L19A 258LA 3OE6A 1P7SA 1PQKA 1L04A 3HT8A 1DYEA 4W51A 157LA 1LGUA 159LA 1I6SA 1L73A 2B6YA 4ARMB 1LI6A 260LA 2RBRA 215LA 1SWYA 138LA 1P64A 1QT6A 223LA 1QT4A 190LA 239LA 211LA 1DYBA 3HUKA 1D3MA 1L61A 232LA 220LA 4ARLA 1P46A 102LA 1L71A 3HDFA 3LZMA 1D3FA 1KW5A 3C82A 4DKLA 2Q9DA 1QT8A 3GUPA 1QT5A 183LA 2B6TA 2OE7X 1CU2A 247LA 1C6HA 3VW7A 151LA 1OWYA 192LA 1L67A 3SB7A 1L81A 3HTBA 164LA 1SSYA 1OV5A 2B6WA 3DN8A 1DYFA 3FA0A 1L01A 2RAZX 1L22A 1L49A 255LA 1L57A 158LA 199LA 162LA 253LA 1CVKA 1LGXA 178LA 5I14A 4EPIA 1QUDA 1L79A 1L63A 141LA 1L55A 1L82A 3ODUA 2Q9EA 3SBBC 108LA 1LYDA 131LA 1L46A 3CDOA 3DN2A 1L41A 213LA 1P2LA 261LA 235LA 2HUKA 2RH1A 1L24A 3DMZA 4ARQB 233LA 1CX7A 3EMLA 1G0JA 3HH5A 4I7PA 4LDEA 3HUQA 163LA 2HULA 2QB0B 7LZMA 1L58A 222LA 1L85A 120LA 3DMXA 1L44A 3NY9A 150LA 1XJTA 1L05A 3DKEX 2RB1X 147LA 243LA 4EKQA 231LA 228LA 4E97A 1QS9A 1P36A 1L33A 1C6PA 1L08A 2B75A 1C61A 3V2WA 1C6QA 1P5CA 125LA 1L35A 2CUUA 1L36A 1KY0A 1L17A 1C64A 1C68A 1L0KA 3GUOA 3HTDA 218LA 240LA 118LA 187LA 1C6DA 1KY1A 4W54A 3OE9A 1L09A 167LA 1L0JA 2NTHA 1PQDA 1SX7A 1L94A 1L76A 1C65A 201LA 2ANXA 123LA 195LA 2OU8A 1QTBA 3C7WA 2B7XA 1L91A 1L26A 1QSBA 142LA 1L40A 1C6JA 2B74A 4ARPA 148LE 3GUNA 1T8GA 2OE9X 1OYUA 3L2XA 4YX7C 4W58A 4EKSA 1L64A 1LI2A 1L87A 3CDQA 3HTGA 4PK0A 1D2WA 1L75A 246LA 156LA 4W55A 3FI5A 2OU9A 3OE0A 214LA 3HH6A 1DYDA 252LA 1L02A 160LA 6LZMA 3L64A 2A4TA 172LA 1D3NA 3DN1A 1C6IA 1L48A 3C7ZA 3DN0A 1CUPA 200LA 3HH4A 1CTWA 244LA 1QTCA 1L06A 1LYHA 4EJ4A 2OTYX 1L29A 2OTZX 3HH3A 1NHBA 3HDEA 4PJZA 226LA 1QS5A 224LA 1L83A 1L51A 1L37A 230LA 2OEAX 1L21A 4LDOA 4LZMA 4EPFA 209LA 139LA 1L39A 1LYEA 107LA 1DYGA 1QTZA 3DN6A 3V2YA 1LYFA 198LA 1TLAA 3PBLA 1CU0A 1G0KA 3NY8A 1L14A 140LA 175LA 205LA 3G3XA 3C81A 3G3VA 3C80A 3DN3A 1L12A 1L97A 2HUMA 115LA 1L96A 1EPYA 4YXAC 1L86A 3OE8A 1C6EA 1P2RA 1C6AA 4S0WA 3K2RA 5LZMA 248LA 1L30A 250LA 1L84A 1PQIA 1T8AA 1QTHA 1L27A 4I7MA 1D9WA 3C7YA 1L18A 2RBOA 1C6TA 1QUOA 1L31A 1SX2A 1DYCA 3HTFA 2RBSA 128LA 1JQUA 1ZURA 4I7TA 3F8VA 1CV1A 1G07A 1L45A 3C83A 1K28A 1C69A 3HWLA 1G1VA 216LA 4I7OA 262LA 1L74A 1CV5A 1L98A 1QTDA 4W52A 197LA 1L20A 3RZEA 1L69A 1OVKA 4K5YA 3SBAA 1KW7A 1C6CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6BA 1JEFA 174LA 1YKYX 2HECA 2CGIA 4LGKA 249LA 4QDNA 1L89A 4H9FA 3CT5A 229LA 1L47A 3A8ZA 5HNCA 1LI3A 3NYAA 3A6CY 1FDLY 1ZVYB 2B70A 4NGKA 1SWZA 1UIGA 2EIZC 1YAQA 1IOCA 1LHKA 1LZEA 1NHEA 1G0PA 1LMNA 1P37A 242LA 1KXXA 1JTNA 4LYCA 1C08C 4DAJA 1LZCA 4B4EA 3C8RA 145LA 149LA 3GUIA 5FEKA 1LZ9A 1FLUA 1L60A 4W96A 4EKPA 152LA 2D4KA 2LZTA 3W6EA 5DLAA 1LW9A 1HHLA 3CSQA 206LA 1DI3A 1UIDA 4N1EI 4I7RA 5HMVA 3P68A 182LA 1YIKA 1OV7A 3M3UA 4GN4A 4XJBA 1GFKA 2MEBA 1L65A 1L72A 4LT1A 1L28A 5HNLA 146LA 227LA 3QNGA 4WM4A 1OUJA 1GB6A 4QGZA 2Z6BA 4DYGA 1G1WA 1LZ4A 1L54A 1BB4A 1LJHA 2F2QA 1L42A 5FCPA 2Z39A 4HV2A 1C6NA 2N5ZA 2MEEA 4LDLA 4YEOA 1GF5A 5B1GA 1L34A 3WPLA 1DYAA 5E9RA 1QUTA 5KXWA 3OK0A 1L03A 1IWUA 1L77A 4TUNA 3CDVA 1XSFA 1QT3A 1L80A 1G0LA 184LA 1GE4A 177LA 1J1XY 1QSQA 1DPWA 4EOFA 1IWWA 1XJUA 170LA 119LA 3G3WA 1T3PA 5LXWA 1B6IA 1CJ9A 3WU7A 1LAAA 3AZ5A 4NGJA 2MEIA 1OUCA 1D3JA 2ANVA 3PDSA 1VDQA 1GBWA 2LZMA 2BQOA 1PQJA 1L92A 1L59A 210LA 2B72A 4KL7A 1LSAA 257LA 2DQAA 5F14A 5L3HA 4J1AA 1IR7A 2YBIA 3DMVA 5B06A 1T8FA 2F30A 4OWHA 5FELA 4ZIXA 3B6LA 1LYJA 3OE6A 1GFGA 157LA 3A67Y 6LYZA 1TEWA 2RBRA 1IR8A 138LA 3P64A 1P64A 1QT6A 2Y8PA 4NEBA 1DXJA 239LA 232LA 3D3DA 220LA 3HDFA 3AGGG 2Z12A 3C82A 4DKLA 4HPIA 3W3EA 4NGIA 1BB3A 1B5UA 2D4JA 2OE7X 4WLTA 194LA 3TMUA 151LA 1GBOA 1FKVA 4OOTA 3SB7A 3HTBA 1LJKA 1YAPA 1GE3A 1LZYA 5LAGA 1IVMA 5D5FA 2RAZX 5F81A 1IP4A 1L22A 1GE0A 4LZTA 5APFA 3LYOA 158LA 4B1AA 1CVKA 1LGXA 5I14A 4GCCA 1L82A 4DD7A 1JKAA 1IR9A 4L41A 131LA 3CDOA 4A7DA 261LA 2RH1A 2ZWBA 233LA 1H6MA 1G0JA 3HH5A 4LDEA 4NY5A 1LHMA 1JTTL 1L44A 4YEMA 3NY9A 1HELA 5AMYA 1IOSA 1O23A 1LSGA 2RB1X 147LA 193LA 4G9SA 4EKQA 3WH1A 3EMSA 2MEFA 1LHHA 3TXDA 2F4AA 1D0KA 1GF8A 4H90A 1GDWA 125LA 1GF6A 5A3ZA 4YENA 5D5CA 4DWXA 3GUOA 118LA 1C6DA 1KY1A 4W54A 1L09A 1LZ8A 1WVUA 167LA 1UA6Y 1IP2A 1D6QA 201LA 123LA 1L91A 4D9ZA 5APCA 1T8GA 3RT5X 1TBYA 3WU9A 1XEKA 4G49A 1L64A 1L87A 2FYCA 3HTGA 4G4HA 3WVXA 1AT5A 2NWDX 1LJ3A 4XADA 4HJZA 1IC5Y 1B7SA 4NSJA 4LYTA 133LA 1I1ZA 2Z37A 9LYZA 3DN0A 5APEA 4PRUA 200LA 3HH4A 2YBHA 1LYHA 1W08A 3HH3A 4PJZA 3WXTA 1JHLA 4NHIA 2DQIY 3W6BA 4H9EA 1LYEA 1DYGA 5KJ9A 4RW1A 1JJ0A 1CU0A 1TCYA 2C8OA 205LA 2LZ2A 3G3XA 1B7NA 3C80A 1QSWA 1B7OA 1L12A 1L97A 2HUMA 3CT0A 1GEVA 2LYZA 1EPYA 1P2RA 4XJGA 4S0WA 1WQQA 1LZ1A 5LZMA 2F4GA 1L84A 1L27A 1QSAA 3RU5A 3A94A 1L18A 4P2EA 1C6TA 1L31A 1SX2A 3HTFA 5KXOA 2RBSA 3TXIA 1CV1A 1YL1X 3HWLA 1GB0A 1NF5A 216LA 262LA 3CT1A 1L20A 5I4WA 1GFHA 4GCBA 4K5YA 1KW7A 2BQMA 1HC0A 1QUGA 4LT0A 3ZEKA 4WO9A 2CJLA 1GB2A 168LA 2HTXA 1B5WA 1HSWA 4ZPUA 237LA 2BQDA 1IP3A 2YDGA 3CDTA 2DQDY 1XEIA 5KXTA 2W1XA 245LA 1C46A 1QTVA 2ZQ4A 1LCNA 1LSZA 2DQHY 4CGEA 219LA 3A3QA 4HTQA 4H9HA 1RE2A 5LYZA 1L07A 2RAYX 4PJ2C 1LLHA 1C6KA 1D6PA 3G3AB 1G7HC 4DJHA 3D9AC 3BKHA 5B1FA 3SB6A 1IO5A 1GB5A 2BLXA 3KAMA 4IASA 3AGHA 5LA5A 109LA 1NMMA 3HT6A 2BQLA 3A3RX 5FSTA 1AKIA 1L88A 130LA 3T36A 1F10A 1L68A 1CKHA 5HMJA 1DI5A 1L10A 1LYYA 3HT9A 3W6CA 1KNIA 104LA 5LYTA 127LA 1CV4A 1L90A 1FN5A 1REMA 3SB9A 1CV6A 1LHIA 4LFXA 1LPYA 3CSZA 122LA 1LMAA 1L25A 3WUAA 4W53A 3EBAB 1L53A 1GWDA 3WXUA 4N5RA 1L95A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6B A;  1JEF A;  174L A;  1YKY X;  2HEC A;  2CGI A;  4LGK A;  249L A;  4QDN A;  1L89 A;  4H9F A;  3CT5 A;  229L A;  1L47 A;  3A8Z A;  5HNC A;  1LI3 A;  3NYA A;  3A6C Y;  1FDL Y;  1ZVY B;  2B70 A;  4NGK A;  1SWZ A;  1UIG A;  2EIZ C;  1YAQ A;  1IOC A;  1LHK A;  1LZE A;  1NHE A;  1G0P A;  1LMN A;  1P37 A;  242L A;  1KXX A;  1JTN A;  4LYC A;  1C08 C;  4DAJ A;  1LZC A;  4B4E A;  3C8R A;  145L A;  149L A;  3GUI A;  5FEK A;  1LZ9 A;  1FLU A;  1L60 A;  4W96 A;  4EKP A;  152L A;  2D4K A;  2LZT A;  3W6E A;  5DLA A;  1LW9 A;  1HHL A;  3CSQ A;  206L A;  1DI3 A;  1UID A;  4N1E I;  4I7R A;  5HMV A;  3P68 A;  182L A;  1YIK A;  1OV7 A;  3M3U A;  4GN4 A;  4XJB A;  1GFK A;  2MEB A;  1L65 A;  1L72 A;  4LT1 A;  1L28 A;  5HNL A;  146L A;  227L A;  3QNG A;  4WM4 A;  1OUJ A;  1GB6 A;  4QGZ A;  2Z6B A;  4DYG A;  1G1W A;  1LZ4 A;  1L54 A;  1BB4 A;  1LJH A;  2F2Q A;  1L42 A;  5FCP A;  2Z39 A;  4HV2 A;  1C6N A;  2N5Z A;  2MEE A;  4LDL A;  4YEO A;  1GF5 A;  5B1G A;  1L34 A;  3WPL A;  1DYA A;  5E9R A;  1QUT A;  5KXW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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