1L72A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWAAAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l72A00
4K5YA 1C63A 1C6AA 1L46A 1T6HA 1T8GA 2L78A 1L55A 1SWZA 2RB1X 1C60A 4EKRA 1L69A 1PQKA 216LA 4ARLA 4I7TA 4EPIA 3CDOA 1L32A 2Z6BA 155LA 187LA 1D3MA 3HU8A 164LA 1PQMA 3GUPA 1SSWA 197LA 151LA 1L64A 3C7WA 246LA 3HH4A 1L13A 2LZMA 2QB0B 150LA 118LA 3C8RA 1L67A 1L86A 1L20A 1LYGA 3DN1A 3HU9A 1P5CA 242LA 2F47A 1KW7A 1QSQA 4I7RA 1L79A 209LA 226LA 119LA 212LA 4S0WA 2OTZX 238LA 1P6YA 4YXCA 1L15A 247LA 1L77A 3HTBA 2NTGA 1L93A 3RZEA 5LZMA 218LA 1KY1A 239LA 2B6ZA 2RAYX 1L27A 1QTVA 1L90A 3GUOA 6LZMA 2RBOA 1L28A 1C6CA 217LA 3SB5A 1L96A 3HDFA 1QUGA 3GULA 1LYEA 157LA 183LA 4DAJA 191LA 1CU0A 1G0KA 1QUDA 2RBPA 1OVHA 2RH1A 186LA 255LA 1L66A 3HUQA 2B70A 3OE6A 2B6WA 4ARMB 3SB7A 158LA 261LA 192LA 2Q9EA 4I7OA 1L42A 174LA 1L74A 3C81A 222LA 1PQIA 1C6GA 1CU6A 2RB0X 4W53A 4PJZA 234LA 3LZMA 173LA 1C6FA 4ARPA 2HULA 232LA 1D3JA 1L0JA 1L91A 1L88A 1SX7A 1NHBA 1OVJA 2LCBA 1L87A 1C6HA 1L09A 4I7QA 1PQDA 2ANVA 1L63A 1G07A 1G06A 1C66A 248LA 1OV7A 3V2YA 1T97A 206LA 1C6BA 1LYIA 1PQJA 3HTGA 4EKQA 3RUNA 3F9LA 259LA 1LI6A 1QUHA 149LA 240LA 3HT7A 256LA 111LA 4EJ4A 1G0QA 141LA 1SWYA 129LA 171LA 4ARQA 3OE9A 1CUPA 1C65A 1L04A 3HH5A 2B74A 3HT8A 1L19A 2F2QA 3CDRA 1KW5A 1LW9A 182LA 7LZMA 3G3WA 228LA 176LA 1LWKA 1P64A 1C6NA 1ZURA 1P2LA 1B6IA 1CV0A 1L44A 3V2WA 1L83A 1L99A 2HUKA 1QT3A 245LA 162LA 4EKSA 4W57A 181LA 1L85A 253LA 3DN4A 4W55A 1DYBA 1L82A 1L92A 1C6DA 1L37A 1P7SA 3C83A 199LA 3SN6R 1C6KA 3EMLA 195LA 214LA 1L49A 241LA 120LA 1SSYA 2B75A 122LA 138LA 1G0LA 3SB6A 5I14A 1L26A 1C62A 3CDQA 4ZPUA 1L36A 163LA 1ZYTA 244LA 4I7LA 1CTWA 1L05A 4OO9A 4AQNA 1LYHA 1C6MA 3NYAA 188LA 210LA 1LPYA 3OE8A 103LA 1CUQA 1G0JA 198LA 2RBRA 1L58A 4LZMA 3FI5A 1C64A 1P3NA 185LA 1LGWA 1C6TA 1L61A 2B73A 3SB9A 114LA 3HTFA 1I6SA 1L62A 1CVKA 1QTZA 166LA 223LA 145LA 1LYDA 2ANXA 2RBSA 260LA 108LA 1D2WA 2NTHA 190LA 2OEAX 1L33A 1L71A 3C82A 3DN0A 1D3FA 1LYJA 1QT5A 1L03A 4YX7C 189LA 4GBRB 4YXAC 235LA 160LA 3K2RA 4I7SA 1L00A 3CDVA 2B72A 1D2YA 184LA 258LA 1D3NA 1QT4A 142LA 4I7KA 1L23A 3UONA 1L68A 3C7YA 3SBAA 1WTHA 1QTCA 1L35A 2B7XA 1L08A 175LA 1XJUA 2B6XA 1LGXA 113LA 3CDTA 3DMZA 1SX2A 3HWLA 2RBQA 110LA 213LA 3FA0A 3DN3A 4I7MA 1QS5A 1XJTA 2O4WA 1CV6A 4W58A 112LA 125LA 3ODUA 4EXMA 3DMVA 3GUIA 1L11A 249LA 2Q9DA 3DMXA 4EPFA 1LI2A 220LA 1L75A 1L16A 1L21A 4ARMA 4EKPA 1L97A 1L0KA 230LA 225LA 3GUMA 1QTHA 3C7ZA 1L17A 3FADA 1L07A 1LI3A 137LA 2F32A 1G0MA 1L24A 169LA 1P56A 251LA 4LDEA 3DN6A 262LA 167LA 2OU9A 1L10A 1L84A 1QSBA 1CU3A 3HH6A 109LA 1CX7A 2O7AA 3SB8A 1G1WA 2RAZX 127LA 1DYFA 4W59A 2IGCA 1T8AA 123LA 1JQUA 1CX6A 128LA 1L50A 1L54A 3GUKA 4PK0A 236LA 1L81A 1KNIA 1C6PA 1L40A 4W51A 126LA 148LE 1C68A 219LA 243LA 254LA 1CV3A 107LA 1DYCA 1L06A 3G3XA 161LA 3JR6A 1L22A 3HDEA 1G0PA 1L39A 2OE9X 1OWYA 215LA 2B6TA 1L80A 1L48A 2RBNA 1C6EA 3C8QA 1L34A 1CV1A 1L43A 1D9WA 130LA 1L45A 1EPYA 3GUJA 143LA 1C6LA 201LA 3DN8A 1DYDA 1C69A 4DJHA 1QUOA 224LA 1KS3A 1CU2A 1LYFA 2OE7X 1CV4A 1L52A 1P46A 3NY9A 1KY0A 165LA 159LA 1C67A 3OE0A 147LA 1QT7A 104LA 115LA 1XEPA 1L51A 1L01A 1L89A 4LDLA 3C80A 1L12A 1L76A 3QAKA 146LA 196LA 1QS9A 4I7NA 1DYAA 131LA 144LA 4ARJA 3HT9A 1L31A 1L70A 156LA 2OU8A 1DYGA 1L29A 3C8SA 1DYEA 4E97A 1QTBA 3NY8A 1OVKA 1L25A 2HUMA 1L30A 1L98A 1P36A 3HUKA 1L60A 140LA 2OE4X 4ARQB 200LA 1LWGA 102LA 1C6JA 2CUUA 3PDSA 1TLAA 1L95A 1G0GA 1QTDA 233LA 1OWZA 3HT6A 1L41A 1LLHA 2O79A 1QT6A 170LA 4I7JA 152LA 1L65A 168LA 1LGUA 1L02A 2LC9A 4IAPA 2RB2X 252LA 3DNAA 4GRVA 1JTNA 3VW7A 3HH3A 1P2RA 1L72A 1L18A 1C6IA 1L56A 1L14A 229LA 3GUNA 1T8FA 3L2XA 2OTYX 2OU0X 3L64A 172LA 237LA 1CV5A 1L53A 227LA 1C61A 1OYUA 211LA 1QT8A 1K28A 3PBLA 4DKLA 3DKEX 3DN2A 205LA 1P37A 1L38A 1ZWNA 178LA 1L73A 3HTDA 1L94A 1JTMA 1L47A 3D4SA 139LA 4I7PA 231LA 4LDOA 4W56A 3HUAA 177LA 1OV5A 3SBBC 1G1VA 2B6YA 1L57A 2A4TA 3G3VA 1C6QA 3F8VA 257LA 1L59A 4W52A 221LA 1PQOA 250LA 180LA 1CU5A 4W54A 2QARC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XJWA 4R6CA 3FE0A 1XFPL 5KKJA 4NWEA 1T8GA 4O34A 4CGEA 1L69A 2MEEA 1BB5A 216LA 3A90A 4I7TA 4X3BA 1JISA 1B5VA 4QEQA 155LA 1BB4A 1D3MA 3GUPA 5KXNA 4G9SA 197LA 3C7WA 246LA 4NSHA 1L13A 2QB0B 1D0MA 118LA 5LAGA 1LYGA 1YQVY 3HU9A 2F47A 1KW7A 1L79A 1LZDA 209LA 119LA 4S0WA 2OTZX 238LA 2Z19A 1P6YA 1L15A 2BPUA 1L77A 154LA 1TBYA 1N4FA 5LZMA 1YKXX 1LZAA 1GFTA 4Z41A 1TCYA 217LA 4AXTA 1L96A 3HDFA 1LAAA 1LYEA 157LA 3WL2A 191LA 1CU0A 1G0KA 1QUDA 1LSMA 1GB8A 1OVHA 2RH1A 3OE6A 1WQPA 2HECA 3SB7A 1JHLA 4H9IA 5C6IA 1HFXA 1IR9A 3C81A 1B7MA 4PJZA 3ZEKA 1C6FA 4ARPA 3W6CA 1G7MC 2D6BA 4Z98A 1IP4A 3B6LA 3CT0A 2YDGA 1LJ3A 3A6CY 4NGOA 1C6HA 1LJKA 2ANVA 2H9KA 1GAYA 1XGTC 3E3DA 1G06A 1C66A 1LYOA 3AZ7A 1LYIA 3RUNA 4M4OA 1GWDA 1LZBA 256LA 3WW5A 2Z37A 1LZRA 1JEFA 1SWYA 3N9AA 2B74A 4DQ5A 2F2QA 1C46A 1B7RA 1LHMA 2BQCA 4CJ2A 1LMPA 1GF9A 1P2LA 1CV0A 1HSXA 3A3RX 1L83A 5KXLA 1V7SA 2FBDA 1GF0A 1QT3A 4W57A 3DN4A 3B72A 4ZFPA 1IY3A 1DYBA 1L82A 1Z55A 1L92A 1L37A 1YROA 1RJCB 195LA 214LA 3EMLA 241LA 1LHIA 122LA 138LA 5E9RA 1L26A 1L05A 207LA 2GV0A 1C6MA 1BWJA 1CUQA 1L58A 2H9JA 2A7DA 1A2YC 4OWCA 1XEJA 4DC4A 1LGWA 1GE3A 3CSQA 3LYZA 3SB9A 1XGPC 3OJPA 1JKBA 4ML7A 260LA 1WTNA 9LYZA 1J1OY 1D3FA 2W1YA 1VFBC 4WLXA 4PRQA 4NGVA 4I7SA 3CT1A 4XADA 184LA 1QT4A 1WQNA 3C7YA 1LJ4A 1VDQA 1L08A 1XJUA 2B6XA 1LGXA 1SX2A 3HBDA 110LA 1JPOA 1QS5A 4HPEA 1GF4A 3WMKA 1LSAA 1OP9B 1QDRA 2O4WA 3ODUA 1WQQA 3DMVA 4OOTA 3ATNA 1IWXA 2I6ZA 1LI2A 1L75A 2BQOA 1L0KA 1L17A 1IOTA 2FYDA 1GBWA 3TMWA 137LA 1P56A 2DQDY 1QSBA 3HH6A 1CX7A 2O7AA 2RAZX 1XGQC 3CSRA 4H91A 2XBSA 1IY4A 2IGCA 6LYZA 123LA 1LSCA 1KNIA 4QGZA 126LA 2MEBA 219LA 1LZTA 2MEFA 4A7DA 1NBZC 1LZGA 5LYTA 107LA 3JR6A 4FDYA 1DZBX 3TXEA 1OUBA 1JIYA 2OE9X 2B6TA 135LA 4PGJB 1L80A 4H9FA 3C8QA 1L34A 1CV1A 1L43A 3A96A 2C8PA 1KIPC 5LVGA 4H9AA 4HTQA 3A94A 143LA 1YL0X 1W08A 1C69A 4DJHA 1C45A 2ZYPA 224LA 4WLDA 1LJJA 2OE7X 5B1GA 1L52A 1P46A 1V7TA 165LA 2YVBA 1IOCA 1QT7A 1L89A 2DQCY 4RDSA 1L12A 4KXIA 196LA 1QS9A 2ZWBA 5JENB 4Z46A 4L41A 131LA 1GFEA 1I1ZA 4G49A 1YIKA 5I53A 2HEDA 1IVMA 1HENA 4DYGA 1P36A 1UIFA 1L60A 3A67Y 3CSZA 102LA 2BQKA 1QUTA 1GE1A 1G0GA 1QTDA 2LZTA 1OWZA 1L41A 4PRUA 1OUJA 3IWRA 2LC9A 1H87A 4IAPA 2RB2X 4GRVA 1JTNA 3VW7A 1GE4A 1L18A 1L56A 4XN6A 237LA 3LYMA 5IELA 5KXPA 1DQJC 3GXKA 4XJFA 1BB3A 5T3FA 4W96A 3RW8A 3RT5X 2XBRA 4YF2A 1JTMA 1IP2A 1A4VA 3WUAA 139LA 4I7PA 4TWSA 4DD9A 1IOSA 1HF4A 5B1FA 1TEWA 5A3EA 3G3VA 1L59A 3EXDA 3A93A 4K5YA 1L46A 1JJ3A 2L78A 1IP7A 1L55A 4EMNA 1PQKA 1VEDA 5C6LA 2Z6BA 4WM2A 1G7HC 1JSEA 3WPJA 4CFOA 164LA 5LVJA 151LA 1LTMA 3HH4A 150LA 1B7PA 208LA 5D5CA 1L67A 1L86A 2X0AA 1L20A 2YBHA 3DN1A 4IASA 2IFFY 4I7RA 1QSQA 4GCDA 4YXCA 247LA 1QIOA 1UUZC 2NTGA 1L93A 4DD1A 1GFKA 2Q0MX 239LA 2B6ZA 1JTPL 1L27A 3B0IA 3RZ4A 3SB5A 1IWYA 1GBXA 1GFRA 183LA 2RBPA 2VB1A 1HC0A 1L66A 2B6WA 158LA 261LA 4P2EA 5F9XA 4I7OA 1JTTL 3A95A 1L42A 174LA 3TXIA 1LKRA 1PQIA 1HSWA 2RB0X 1F0WA 234LA 1G7LC 1B5YA 1QTKA 3A34A 5KXZA 3SP3A 1L88A 2LYMA 4I7QA 1IWZA 1PQDA 2G4QA 2LZ2A 2YBMA 1QSWA 4DD2A 3N9CA 206LA 4AGAA 3HTGA 1HEMA 1VAUA 4NGZA 259LA 1QUHA 240LA 1G0QA 1IOQA 4ARQA 5KXYA 3W3EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XJW A;  4R6C A;  3FE0 A;  1XFP L;  5KKJ A;  4NWE A;  1T8G A;  4O34 A;  4CGE A;  1L69 A;  2MEE A;  1BB5 A;  216L A;  3A90 A;  4I7T A;  4X3B A;  1JIS A;  1B5V A;  4QEQ A;  155L A;  1BB4 A;  1D3M A;  3GUP A;  5KXN A;  4G9S A;  197L A;  3C7W A;  246L A;  4NSH A;  1L13 A;  2QB0 B;  1D0M A;  118L A;  5LAG A;  1LYG A;  1YQV Y;  3HU9 A;  2F47 A;  1KW7 A;  1L79 A;  1LZD A;  209L A;  119L A;  4S0W A;  2OTZ X;  238L A;  2Z19 A;  1P6Y A;  1L15 A;  2BPU A;  1L77 A;  154L A;  1TBY A;  1N4F A;  5LZM A;  1YKX X;  1LZA A;  1GFT A;  4Z41 A;  1TCY A;  217L A;  4AXT A;  1L96 A;  3HDF A;  1LAA A;  1LYE A;  157L A;  3WL2 A;  191L A;  1CU0 A;  1G0K A;  1QUD A;  1LSM A;  1GB8 A;  1OVH A;  2RH1 A;  3OE6 A;  1WQP A;  2HEC A;  3SB7 A;  1JHL A;  4H9I A;  5C6I A;  1HFX A;  1IR9 A;  3C81 A;  1B7M A;  4PJZ A;  3ZEK A;  1C6F A;  4ARP A;  3W6C A;  1G7M C;  2D6B A;  4Z98 A;  1IP4 A;  3B6L A;  3CT0 A;  2YDG A;  1LJ3 A;  3A6C Y;  4NGO A;  1C6H A;  1LJK A;  2ANV A;  2H9K A;  1GAY A;  1XGT C;  3E3D A;  1G06 A;  1C66 A;  1LYO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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