1L73A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWAAAAAALAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l73A00
3GUJA 1QT7A 1L62A 258LA 1L03A 1L64A 3DN3A 3GUMA 184LA 1PQIA 3JR6A 2RB2X 103LA 137LA 1P2RA 1T6HA 3HT8A 1LWKA 237LA 246LA 2LC9A 139LA 4W58A 1L84A 1JTMA 1L66A 1CU3A 3C8RA 4OO9A 1L91A 161LA 188LA 1L41A 109LA 1KS3A 1LI6A 3V2YA 1L0KA 1CV3A 1L90A 255LA 185LA 1CUPA 4DAJA 1L94A 4ZPUA 1CV5A 1C6FA 1L48A 1C64A 166LA 1DYEA 1P37A 1PQDA 1C6DA 4DJHA 4W59A 3SB7A 2LZMA 3DKEX 4EPIA 1CU2A 1L39A 2RAYX 115LA 152LA 3OE9A 130LA 220LA 3DNAA 3SB9A 1L07A 1QS9A 7LZMA 1OVKA 1KY1A 3SB5A 177LA 1SSWA 243LA 1D3FA 3HT6A 1DYBA 1L06A 1L00A 3DN8A 1G0KA 229LA 175LA 1JQUA 157LA 1QS5A 122LA 149LA 1C65A 1C6HA 1G0PA 3HU9A 225LA 1C69A 2Z6BA 1EPYA 1L02A 232LA 1OVJA 5I14A 4I7KA 1NHBA 3DMZA 1C6KA 1G06A 3F9LA 1PQKA 3C7WA 253LA 4YX7C 3GULA 1CVKA 1L25A 3C81A 4W54A 3OE8A 201LA 4GRVA 4W55A 242LA 2OEAX 1L35A 1C6GA 2B73A 1C61A 3C8SA 151LA 4LDLA 224LA 2F47A 3DMVA 1P46A 260LA 3GUPA 4YXAC 240LA 1L38A 3DMXA 2OTZX 3V2WA 3HUQA 2OE4X 3HTDA 3HH4A 250LA 4I7JA 1L26A 3DN0A 1C62A 156LA 1LGXA 147LA 120LA 3HTFA 195LA 178LA 1CV4A 211LA 118LA 1I6SA 3GUOA 4I7OA 1D3MA 3CDTA 1QT5A 3PBLA 1L65A 247LA 164LA 1L72A 102LA 190LA 1QTBA 4S0WA 1L97A 1L27A 1L33A 4PK0A 3GUIA 1LYJA 2B70A 215LA 1L96A 1P7SA 1C6LA 1SWYA 3HTBA 142LA 5LZMA 1QUHA 252LA 3FADA 1L13A 3DN2A 1LWGA 1D2YA 3CDOA 1QUOA 1LYIA 1WTHA 1TLAA 2RBPA 1L56A 110LA 1OVHA 248LA 1L15A 2LCBA 2L78A 1G0GA 113LA 1QT6A 3C7ZA 4ARJA 1DYCA 3HT9A 1L21A 1L45A 1QSQA 214LA 1L74A 2B6WA 3HT7A 176LA 1CU5A 4W56A 1L99A 4I7LA 171LA 4ARMB 146LA 3LZMA 4I7RA 2B6YA 1QT4A 1L85A 3G3XA 1KW7A 1CX6A 3F8VA 1C6JA 2B6TA 1L57A 210LA 2B74A 228LA 251LA 1L08A 2OE9X 1C67A 209LA 1L79A 1L32A 3SB8A 1G07A 1L55A 1C66A 2B6ZA 1L0JA 1P56A 1QTVA 245LA 1LGUA 4I7SA 1CUQA 1CU0A 1L50A 4EKSA 4ARMA 2HUMA 1QT3A 1L09A 1CV6A 1OV5A 123LA 199LA 1LPYA 1L58A 221LA 1L31A 2O7AA 1P2LA 2Q9EA 4EXMA 1L88A 4W51A 1CU6A 144LA 1L40A 1L47A 226LA 1L81A 1LYDA 2RAZX 3K2RA 3NY9A 257LA 1G0JA 3DN4A 1L89A 1C60A 163LA 4EJ4A 1XJUA 1LI3A 4YXCA 172LA 125LA 3FI5A 1L05A 1D2WA 1LW9A 1C6TA 2ANVA 4LDOA 1L23A 1L42A 2OU8A 1JTNA 1L54A 145LA 173LA 1KNIA 2HUKA 1L69A 2NTGA 216LA 111LA 1C6AA 2Q9DA 131LA 1T8AA 2B6XA 4K5YA 261LA 262LA 1QSBA 3C80A 2F32A 4EKRA 148LE 162LA 3GUNA 3NYAA 4EPFA 198LA 2RBQA 4ARQB 3G3VA 2CUUA 1D3NA 1L18A 2RBOA 3D4SA 239LA 3C8QA 256LA 3SBBC 141LA 1SSYA 1SX2A 1C6IA 3DN6A 1QTCA 1OYUA 180LA 1L93A 1P6YA 155LA 3HUAA 1P36A 3CDQA 1L67A 3L64A 182LA 1ZYTA 4GBRB 1PQMA 1L04A 1C6MA 2OU9A 196LA 1L98A 1LGWA 1C6NA 143LA 119LA 231LA 1L77A 2NTHA 1LYGA 206LA 241LA 4ARPA 1G0QA 126LA 1G0MA 168LA 1L75A 1CX7A 1L83A 1L95A 108LA 1L87A 150LA 1L01A 1QTDA 1L53A 1CTWA 1G1WA 1QUDA 1L92A 2RBNA 236LA 129LA 1OWYA 1DYGA 186LA 3QAKA 3HDEA 1P3NA 167LA 165LA 1PQJA 2HULA 2RB1X 2O79A 1OWZA 1XJTA 1ZWNA 159LA 112LA 3C82A 249LA 2RH1A 1L30A 181LA 1L76A 1L60A 158LA 4I7MA 1L73A 160LA 3UONA 1DYFA 192LA 1CV1A 2OU0X 3L2XA 1G1VA 3FA0A 1L11A 4EKPA 138LA 213LA 1CV0A 1L43A 222LA 3VW7A 1L51A 227LA 1L10A 2B7XA 3HH6A 1L44A 169LA 3SN6R 3C83A 259LA 1L86A 1L63A 235LA 1L22A 1L20A 254LA 3SBAA 187LA 4I7QA 4LZMA 1L29A 218LA 1QTHA 3CDVA 2A4TA 1SX7A 104LA 4EKQA 1D3JA 1LYFA 1LI2A 1L49A 1OV7A 4I7NA 1B6IA 2OTYX 3GUKA 2IGCA 3OE0A 3HUKA 140LA 1L36A 230LA 1C68A 1XEPA 2QARC 3CDRA 1L19A 1ZURA 2B75A 1KY0A 4I7PA 3OE6A 3HTGA 3RUNA 4I7TA 1L68A 1QT8A 1L59A 1L70A 191LA 107LA 212LA 1L17A 1L37A 2RBSA 219LA 127LA 4W53A 2RB0X 2F2QA 4LDEA 4W57A 1C6CA 1L24A 1L80A 128LA 1T8FA 1SWZA 1L14A 3PDSA 114LA 1LYHA 3HU8A 1KW5A 1K28A 3HH5A 3HWLA 3HDFA 1L52A 4ARLA 4IAPA 217LA 3C7YA 238LA 1L16A 205LA 1QTZA 2O4WA 1G0LA 244LA 3EMLA 1L34A 3ODUA 4W52A 1L28A 1C6BA 174LA 1L61A 1P5CA 1PQOA 200LA 233LA 170LA 4ARQA 1C63A 1LLHA 2ANXA 3NY8A 3RZEA 1C6QA 2OE7X 2QB0B 1T97A 197LA 1L12A 3G3WA 183LA 3HH3A 1P64A 1L82A 3SB6A 4E97A 2B72A 1QUGA 189LA 223LA 4AQNA 4DKLA 6LZMA 234LA 1LYEA 1C6PA 1L71A 1T8GA 2RBRA 3DN1A 1DYAA 1L46A 1C6EA 1DYDA 4PJZA 1D9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QE8A 4BS7A 3FI7A 1JSEA 1P2RA 3HT8A 1OUJA 4WLTA 4QDNA 2G4QA 3C8RA 4N5RA 1L91A 1L41A 5B06A 1LOZA 5B05A 2PC2A 3HBEX 1HHLA 1LMNA 2W1YA 4GLVA 1L48A 4GCFA 1HERA 3SB7A 1HFXA 2LZMA 4DQ5A 4ETAA 4FDYA 1CU2A 2HEEA 5I4WA 2RAYX 4E3UA 3SB9A 7LZMA 1KY1A 4PGJB 3TXEA 4M6DA 1D3FA 4Z3MA 1DI5A 1G0KA 175LA 3WU7A 1VATA 1C65A 1G7HC 1C69A 1EPYA 1IP7A 4DDAA 4ZEEA 1OVJA 1LYYA 4H9EA 1NHBA 1G06A 3F9LA 1NDGC 5FCPA 3AB6A 1CVKA 3C81A 3A94A 4GCDA 4WO6A 4OOOA 4GRVA 5DLAA 1C6GA 1GWDA 4R0FA 3WL2A 4LDLA 2F47A 3DMVA 1P46A 3M3UA 2ZIJA 4YXAC 2OTZX 4WG1A 4I7JA 5A3ZA 3WVYA 3VWOA 1UICA 156LA 2C8OA 1B5ZA 1XEJA 1YAPA 1GFTA 2DQEY 4GN3A 1V7SA 5F9UA 5LYTA 3OK0A 4I7OA 1L72A 190LA 4S0WA 5J7CA 1LJ4A 5B1GA 1WQMA 4PK0A 3AZ5A 5HMVA 215LA 1L96A 1P7SA 1LJNA 252LA 1JITA 1QUOA 1BB5A 4B1AA 1OVHA 2LCBA 1GF0A 1G0GA 4QY9A 1LZ6A 1HSXA 1AZFA 3WU8A 3WXTA 4W96A 2BQOA 4XJIA 1DPXA 1HF4A 3HBHA 3CSRA 3HT7A 4KL7A 1CU5A 171LA 4NWEA 3LZMA 2H9JA 4H92A 5L9JA 2EPEA 2B6YA 1B5YA 4A7DA 1WQOA 5KJ9A 2MECA 1OUCA 3F8VA 1WVVA 1EQEA 1JKBA 1J1XY 1L57A 5LVJA 2B74A 2ZQ4A 4LYCA 4ZFPA 1G07A 1GE2A 1WQNA 1LGUA 4I7SA 1CU0A 1L50A 4ARMA 1ZVHL 3LYOA 4WM5A 1LMPA 3FE0A 1OV5A 4H9BA 1BVKC 3RZ4A 1L58A 4Z46A 1E8LA 1L88A 1WTMA 1YANA 1CU6A 4EMNA 144LA 1KIQC 1GF7A 1LZEA 1IY4A 4J1AA 2RAZX 1LYDA 3NY9A 1GXXA 1LSCA 4N9RA 1DPWA 1UACY 1C60A 1IVMA 4EJ4A 4WM3A 1L05A 1LW9A 4CGEA 1KIPC 4BAPA 1DKKA 1OP9B 173LA 1KNIA 2NTGA 1YILA 1C6AA 1GFUA 2Q9DA 1HMLA 2B6XA 4K5YA 262LA 2HTXA 1LZ9A 4MCKA 4EKRA 162LA 1WQPA 4TUNA 1F6RA 1GB8A 3D4SA 1NBYC 3C8QA 4YEOA 3AW6A 3SBBC 5KXWA 1XFPL 1SLYA 1UA6Y 4WG7A 180LA 1A2YC 1J1OY 1L04A 4WOAA 2DQJY 231LA 1F6SA 1L77A 1HEMA 241LA 4ARPA 1G0MA 1LYSA 2Z37A 1C43A 1QUDA 1GXV2 5DL9A 2FBBA 186LA 1P3NA 1CJ8A 3W6CA 5D5FA 3K3TA 4HTKA 2HULA 2RB1X 4O34A 2O79A 1XJTA 3B0OA 1GF8A 2YBMA 3M18B 249LA 2RH1A 1LZCA 1L60A 1UIAA 158LA 1GEZA 3UONA 1LSGA 2B5ZA 4KPMA 2BLXA 3L2XA 1G1VA 1L11A 4EKPA 1CV0A 1L43A 1L51A 3WPKA 4PPOA 2ZNWY 2CDSA 3A96A 4WM6A 2B7XA 1YL0X 1RCMA 3C83A 193LA 1D9UA 1L20A 3SBAA 4I7QA 4DDCA 4LZMA 3WVXA 3CT1A 3CDVA 1H6MA 2D6BA 2A4TA 1GPQC 2HEAA 4LFPA 1TCYA 104LA 1D3JA 1FLYA 1LYFA 2DQCY 1C10A 4WM2A 1BB4A 2BQJA 4CFPA 2IGCA 3OE0A 3CDRA 1XEPA 2B75A 4I7PA 3HTGA 5DN5A 1QT8A 1LMTA 1IY3A 1LSMA 107LA 3TXHA 1UBZA 1GF9A 1DQJC 3W3EA 1LZTA 4LDEA 4W57A 1L24A 2YDGA 3TXGA 1AT6A 3PDSA 4RLNA 114LA 4BAFA 1FKQA 3A67Y 1BVXA 238LA 1L16A 1HELA 4UWNA 1GFEA 4GCEA 1GAYA 4GCCA 244LA 3A90A 2Q0MX 1P5CA 1C63A 2DKVA 3D9AC 3NY8A 2OE7X 2QB0B 4G9SA 1B2KA 1L12A 1L82A 4E97A 8LYZA 1GB9A 2B72A 189LA 4AQNA 4OWAA 1HC0A 1LYEA 1L71A 1C6EA 2CWIA 1D9WA 258LA 1L03A 3DN3A 4NGJA 2ZYCA 3AZ6A 5F14A 5HLLA 2RB2X 137LA 3W6AA 1ZVYB 1T6HA 3WPLA 5B07A 4W58A 2LC9A 139LA 1JTMA 3P65A 2YBJA 5FHWA 2G4NA 188LA 1LHIA 109LA 2GV0A 1LI6A 1NHEA 1LHKA 4HPEA 4LGKA 3WUMA 1CV3A 1L90A 4IJ4A 255LA 1CUPA 1L94A 4ZPUA 4PJ2C 5EBHA 1QSWA 3EO5A 3TXIA 1C64A 166LA 5APDA 5APFA 1P37A 3AW7A 1PQDA 3LYZA 1XSFA 3DKEX 4EPIA 5LVIA 4J7VA 2DQAA 130LA 2HU3A 5LVGA 2Z2EA 5KKJA 1QS9A 1OVKA 3LN2A 4HSFA 3TXKA 1L06A 229LA 5FSTA 1BWHA 1QS5A 1G0PA 1LZYA 3HU9A 1IIZA 225LA 4G4HA 1QTEA 1NKHA 1L02A 2Z19A 4H8XA 4N8ZA 1IR8A 3DMZA 4NGWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QE8 A;  4BS7 A;  3FI7 A;  1JSE A;  1P2R A;  3HT8 A;  1OUJ A;  4WLT A;  4QDN A;  2G4Q A;  3C8R A;  4N5R A;  1L91 A;  1L41 A;  5B06 A;  1LOZ A;  5B05 A;  2PC2 A;  3HBE X;  1HHL A;  1LMN A;  2W1Y A;  4GLV A;  1L48 A;  4GCF A;  1HER A;  3SB7 A;  1HFX A;  2LZM A;  4DQ5 A;  4ETA A;  4FDY A;  1CU2 A;  2HEE A;  5I4W A;  2RAY X;  4E3U A;  3SB9 A;  7LZM A;  1KY1 A;  4PGJ B;  3TXE A;  4M6D A;  1D3F A;  4Z3M A;  1DI5 A;  1G0K A;  175L A;  3WU7 A;  1VAT A;  1C65 A;  1G7H C;  1C69 A;  1EPY A;  1IP7 A;  4DDA A;  4ZEE A;  1OVJ A;  1LYY A;  4H9E A;  1NHB A;  1G06 A;  3F9L A;  1NDG C;  5FCP A;  3AB6 A;  1CVK A;  3C81 A;  3A94 A;  4GCD A;  4WO6 A;  4OOO A;  4GRV A;  5DLA A;  1C6G A;  1GWD A;  4R0F A;  3WL2 A;  4LDL A;  2F47 A;  3DMV A;  1P46 A;  3M3U A;  2ZIJ A;  4YXA C;  2OTZ X;  4WG1 A;  4I7J A;  5A3Z A;  3WVY A;  3VWO A;  1UIC A;  156L A;  2C8O A;  1B5Z A;  1XEJ A;  1YAP A;  1GFT A;  2DQE Y;  4GN3 A;  1V7S A;  5F9U A;  5LYT A;  3OK0 A;  4I7O A;  1L72 A;  190L A;  4S0W A;  5J7C A;  1LJ4 A;  5B1G A;  1WQM A; 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