1L74A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDAAAAAAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l74A00
1L66A 2B6XA 4EPFA 1L91A 201LA 244LA 109LA 4DAJA 1C64A 2F2QA 246LA 262LA 183LA 1QTVA 1ZYTA 4E97A 1L35A 157LA 151LA 107LA 2HULA 3SB6A 1D3JA 1JQUA 1QUGA 3C8RA 4DJHA 3NY8A 1LYEA 156LA 3C7WA 4W53A 1LYJA 4GBRB 3DN2A 187LA 1LYDA 112LA 1KW7A 2OTYX 2B73A 191LA 1L0JA 3HUAA 1CU0A 1L05A 1TLAA 1KY1A 2QB0B 1G0QA 1CVKA 1L13A 1KNIA 174LA 214LA 3HT8A 3DN3A 4ARQA 1L89A 1QTDA 217LA 163LA 5I14A 1DYDA 123LA 1LI3A 1NHBA 1ZWNA 1LYGA 261LA 147LA 3GUIA 1L11A 3DN4A 131LA 1LW9A 213LA 4I7NA 1CUPA 1L33A 209LA 1C6KA 1D2YA 2RBNA 1G06A 1L38A 210LA 1KY0A 1L34A 3CDVA 2CUUA 1C6HA 3SBBC 227LA 1L64A 2B74A 4LDEA 3HT6A 129LA 1QUOA 1P56A 3C83A 3HU9A 180LA 260LA 2B6TA 2F47A 1G0LA 3HTGA 229LA 3DN0A 1LWGA 4ARLA 234LA 256LA 146LA 3SBAA 4EXMA 1L75A 190LA 103LA 196LA 1L79A 3HH4A 6LZMA 1OV5A 258LA 1DYGA 3SB8A 178LA 166LA 1OWZA 1L15A 1L29A 168LA 1LPYA 3CDTA 127LA 130LA 2B6WA 1CX6A 220LA 2O7AA 1KS3A 1L52A 4EKQA 1C61A 1DYAA 2RBSA 237LA 3L64A 1OWYA 1L72A 4I7KA 2B6ZA 1QT4A 2Q9DA 4EJ4A 1L19A 1L96A 1T97A 4ARQB 3DMVA 2Z6BA 4W55A 2OU0X 169LA 1LYFA 2LCBA 3GUOA 219LA 139LA 1D3FA 1P2RA 1QT5A 162LA 3LZMA 3FI5A 3L2XA 1T8FA 1C6FA 4W57A 4GRVA 3QAKA 1L74A 1QTZA 1C6NA 4W51A 1L83A 1JTMA 1DYFA 1SX7A 1C66A 4DKLA 3HTFA 4W58A 1C6QA 1QTBA 1CV1A 245LA 3ODUA 1L43A 3FA0A 188LA 2HUMA 1CU5A 1OVHA 1QT6A 3GUJA 1SX2A 3PDSA 1QT8A 176LA 1XJUA 3OE6A 4YXAC 170LA 2HUKA 1LI2A 3HTBA 1L60A 1G0KA 1SWYA 1P37A 3EMLA 4I7SA 1KW5A 2RBPA 1L12A 3PBLA 3RUNA 2RB0X 1QSBA 2L78A 2RBOA 1L46A 3SB7A 1D3NA 181LA 1L21A 206LA 4EKRA 1C6IA 1CX7A 3GUPA 4I7TA 3F9LA 138LA 1D2WA 1C6AA 1P36A 195LA 1T8GA 1SWZA 189LA 4I7PA 1LWKA 222LA 1G0JA 1LLHA 1DYEA 1G07A 1L54A 1PQDA 1L24A 184LA 3CDRA 4I7LA 1L08A 1CV3A 173LA 1C68A 177LA 140LA 145LA 152LA 1C6JA 3DN8A 3GULA 4W54A 1SSYA 3HDFA 257LA 1WTHA 1CTWA 1L62A 155LA 2OTZX 2B72A 110LA 1L49A 200LA 1QTCA 1QUHA 4I7RA 2Q9EA 1L03A 1B6IA 226LA 1L77A 3DMZA 2B75A 1P64A 2ANXA 3F8VA 1L16A 3NYAA 1L84A 1XJTA 1PQIA 1QS9A 3DN1A 4EPIA 161LA 2NTGA 242LA 3C82A 1K28A 1EPYA 3HUKA 1CV0A 218LA 2OU9A 158LA 143LA 108LA 250LA 2O79A 1L09A 144LA 4AQNA 4EKPA 199LA 1D3MA 3G3WA 175LA 164LA 102LA 1L48A 1L20A 1ZURA 1P2LA 1LGUA 1LI6A 1PQMA 1QS5A 1L22A 1L90A 3SB9A 1LGXA 247LA 1L10A 3V2WA 126LA 4ARPA 2OEAX 3C80A 1L80A 1L01A 1L50A 1LYHA 3G3XA 3HH5A 1OVKA 3GUMA 125LA 182LA 120LA 1L97A 3JR6A 1CV6A 1G0MA 1L0KA 1L39A 3SN6R 1P6YA 2OE7X 1CV5A 3HUQA 1LYIA 3HT9A 1JTNA 4ARMB 1L44A 3DKEX 1C60A 1L73A 1L23A 197LA 150LA 2OU8A 1G0PA 1L47A 231LA 205LA 2RBQA 1L82A 118LA 2RBRA 1XEPA 115LA 3V2YA 1C69A 198LA 1P5CA 1G0GA 252LA 4I7JA 1DYBA 1L40A 3C81A 2RH1A 1D9WA 1T8AA 2NTHA 3G3VA 4W56A 1L69A 1L25A 233LA 3OE0A 1C6BA 1L36A 215LA 1PQJA 241LA 255LA 3DNAA 1L98A 160LA 1L18A 2ANVA 3C8QA 1L99A 1L57A 104LA 1L59A 4ARJA 1L55A 1L51A 1L31A 1CUQA 3DN6A 1L26A 1L92A 1C6GA 3RZEA 1L02A 254LA 167LA 2A4TA 3HTDA 172LA 2RAYX 4W59A 1OVJA 1SSWA 3HH3A 1L93A 3GUKA 4LDLA 1L70A 236LA 3HH6A 1C6PA 4LDOA 148LE 235LA 2RAZX 4ARMA 1L00A 1G1WA 1P3NA 1DYCA 1L88A 1OYUA 142LA 1L94A 1L42A 1L86A 1C6MA 119LA 1L06A 2B7XA 2B70A 1L17A 1OV7A 1L85A 3HU8A 1L81A 128LA 1C6TA 216LA 137LA 211LA 1L76A 1L04A 221LA 7LZMA 1C6EA 1C63A 185LA 4PJZA 259LA 2LZMA 253LA 1PQOA 2B6YA 1C62A 111LA 3GUNA 1C65A 2QARC 192LA 4LZMA 4YXCA 3OE9A 4I7MA 1I6SA 3C7ZA 113LA 1L27A 249LA 232LA 4EKSA 1C67A 1L67A 141LA 1CU3A 1L63A 3OE8A 1CU6A 1L95A 186LA 159LA 2IGCA 3HWLA 4OO9A 165LA 1L87A 248LA 223LA 239LA 1L65A 4I7OA 4W52A 1L45A 1L14A 3CDOA 1L56A 4K5YA 4IAPA 5LZMA 1L30A 2LC9A 1C6CA 1T6HA 122LA 228LA 3K2RA 149LA 1P7SA 1L28A 3NY9A 225LA 1CV4A 3CDQA 3SB5A 3D4SA 114LA 243LA 3C7YA 1LGWA 2F32A 1L32A 238LA 251LA 1QUDA 2RB2X 3VW7A 2O4WA 212LA 4YX7C 1QT3A 1QTHA 1L53A 1L41A 224LA 1PQKA 1QT7A 3HDEA 1L07A 1L61A 3HT7A 2RB1X 1C6DA 4S0WA 4I7QA 230LA 1L71A 1L37A 2OE9X 4PK0A 3UONA 2OE4X 1QSQA 1CU2A 4ZPUA 171LA 1G1VA 3FADA 1L58A 1P46A 1C6LA 1L68A 240LA 3C8SA 3DMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6XA 2XBRA 3BKVA 5HMVA 1L91A 244LA 1CJ7A 4GLVA 3CT0A 1FKVA 4NEBA 1GFEA 4H94A 262LA 4U3XB 5M1YA 1D0KA 1GFUA 4E97A 1ZYTA 1OQMA 3B6LA 1VDSA 2HULA 1JQUA 1GFTA 1DKJA 1VAUA 1LSBA 4UWNA 4ETAA 4W53A 4ZIXA 2DQCY 1B5YA 4GBRB 1HMLA 5KXSA 154LA 4WLXA 1GXV2 1B0DA 5KXNA 1JHLA 2Z12A 5IDDA 174LA 1H6MA 1TDYA 214LA 1WTMA 217LA 4ZFPA 4NHPA 1DYDA 1NHBA 1LYGA 3GUIA 1UIHA 1GB7A 3QE8A 4RW2A 3AZ6A 3CB7A 4I7NA 1CUPA 1BQLY 5LYMA 1D2YA 1VDPA 1G06A 1GFGA 3WL2A 1LZ5A 5F81A 4H93A 1L34A 1AM7A 1W08A 1GBXA 2HEAA 4DD3A 227LA 1YQVY 2B74A 1IWUA 1G7MC 3D9AC 2BLXA 1P56A 3HU9A 1G0LA 3AB6A 3A67Y 4RW1A 3TXIA 4IATA 3DN0A 3W6EA 4C3WA 1HEPA 4NY5A 256LA 4QDNA 196LA 1ZV5L 1OV5A 2B5ZA 1UIBA 4MCKA 3OK0A 1HSXA 1SLYA 3W6CA 4H9FA 1L15A 1WQOA 1IP6A 1LPYA 127LA 3A94A 2RBSA 1BHZA 237LA 1OWYA 2B6ZA 4EJ4A 3AW6A 1L19A 1LYSA 2H9JA 4KL7A 1GF4A 1LKRA 3GUOA 1B7NA 5KXXA 2NWDX 4HTQA 5FCPA 2W1YA 3FI5A 1GF9A 1O23A 1LJ4A 1QTZA 1C6NA 4QGZA 1JJ1A 1SX7A 1C66A 4DKLA 3HTFA 1UA6Y 1L43A 2HUMA 4TUNA 1IR7A 2CJLA 4RLNA 4YXAC 3OE6A 2W1XA 1LI2A 2DQAA 1IOCA 3LHMA 1G0KA 1P37A 1LJEA 132LA 1L12A 1QSBA 3SB7A 4N5RA 206LA 4AGAA 4EKRA 3GUPA 4H9IA 1C6AA 1P36A 1T8GA 1LHKA 3RT5X 4LFPA 1LWKA 5I5QA 2Z19A 2G4PA 2EKSC 1LJNA 1YAQA 1WQRA 3CDRA 1CV3A 173LA 5I53A 4XYYA 145LA 2BQNA 4W54A 1SSYA 4NIJA 1IY3A 3F6ZA 2Q9EA 1NQIA 1B6IA 4IASA 1ZVYB 226LA 3CT5A 4NWEA 3F8VA 1B7PA 3NYAA 1L84A 1ALCA 4MSTA 1GF0A 1NMMA 1PS5A 1PQIA 3DN1A 5KXLA 4ETBA 2DQIY 2MEEA 1CV0A 4TTDA 1GE0A 3G3AB 144LA 5F9UA 4HSFA 3N9EA 1D3MA 1L48A 4H9HA 4XN6A 1T6VL 1LI6A 1LZBA 4LFXA 2MEIA 1LMOA 1L10A 126LA 1JTTL 3SP3A 3C80A 1L50A 1LYHA 3P65A 1YIKA 3G3XA 1OVKA 4W96A 4ETCA 6LYZA 1CV5A 3HT9A 5LXWA 3DKEX 4E3UA 3A93A 2OU8A 1L47A 5HQ1A 2RBQA 2RBRA 198LA 1C69A 1NKHA 4I7JA 1DYBA 4WLDA 5DM9A 1L40A 1QUTA 4GCDA 1D9WA 1WTNA 3K3TA 3G3VA 4OWAA 5D5FA 1GE3A 2Z37A 2DBTA 3AZ4A 3DNAA 1L18A 4LT0A 4M4OA 1VFBC 4LGKA 1L51A 1L31A 1CUQA 2BQFA 2CWIA 1L26A 1L92A 3AW7A 3E3DA 4W59A 1SSWA 1L93A 4LDLA 2HEBA 2BQAA 3ZVQB 1VATA 1C6PA 5B1FA 1HHLA 4XJFA 4H8YA 3A91A 1QDTA 1GB5A 1EL1A 5HNLA 4H91A 1GB9A 4Z98A 2BQBA 1IWXA 119LA 2LHMA 2HEDA 1L17A 1OV7A 1L81A 137LA 3WPJA 4N9RA 3LYMA 7LZMA 1PQOA 2B6YA 1C62A 111LA 1UC0A 1GB2A 3OE9A 2Z38A 2PC2A 4I7MA 3WUNA 4NSIA 3C7ZA 1L27A 1CKCA 1B5WA 141LA 1LJJA 3OE8A 3WPKA 186LA 3HWLA 248LA 223LA 4W52A 1L65A 4BADA 4RLMA 1HEQA 4K5YA 4O34A 1C6CA 122LA 1LJ3A 2ZWBA 3CDQA 3SB5A 4NGVA 2MEHA 1XFPL 1QUSA 5I4XA 4BAFA 1GWDA 3HDEA 1L07A 1JITA 1GFHA 1C6DA 1B5ZA 5E4PA 3RNXA 4PK0A 1IP5A 171LA 4HV2A 1XJUA 5KJ9A 4EPFA 201LA 1BB5A 109LA 3IJUA 246LA 3P66A 1WQNA 1VDTA 1LSDA 3WU9A 2I6ZA 151LA 1UBZA 4DQJA 1D3JA 3TXGA 4DJHA 3NY8A 1UIFA 156LA 4NWHA 3C7WA 1KIQC 4LYCA 1LYDA 1KW7A 1QIOA 3WUMA 3HUAA 3WXTA 1YANA 1KY1A 2QB0B 1G0QA 1L13A 2X0AA 3WW6A 1P2CC 1L89A 5I14A 4I8SA 1ZWNA 261LA 147LA 4H90A 1HEOA 4PRQA 1YL0X 209LA 1HELA 2HEFA 3W6AA 4OWEA 5DN5A 1UIAA 1LYYA 3LYZA 4TSBA 1L38A 4I0CA 2MEBA 4GCEA 2DQEY 4Z46A 1J1XY 5KKJA 4LDEA 5LVIA 3HT6A 3C83A 2F47A 2B6TA 4OWHA 5D5CA 1LJGA 3HTGA 1CKDA 3TXHA 4ARLA 5HNCA 5K7OA 4G4CA 234LA 1B5UA 1GE1A 1L75A 1JTPL 190LA 103LA 1L79A 3HH4A 6LZMA 5KKIA 4YOPA 1IOSA 1A2YC 3SB8A 1WQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B6X A;  2XBR A;  3BKV A;  5HMV A;  1L91 A;  244L A;  1CJ7 A;  4GLV A;  3CT0 A;  1FKV A;  4NEB A;  1GFE A;  4H94 A;  262L A;  4U3X B;  5M1Y A;  1D0K A;  1GFU A;  4E97 A;  1ZYT A;  1OQM A;  3B6L A;  1VDS A;  2HUL A;  1JQU A;  1GFT A;  1DKJ A;  1VAU A;  1LSB A;  4UWN A;  4ETA A;  4W53 A;  4ZIX A;  2DQC Y;  1B5Y A;  4GBR B;  1HML A;  5KXS A;  154L A;  4WLX A;  1GXV 2;  1B0D A;  5KXN A;  1JHL A;  2Z12 A;  5IDD A;  174L A;  1H6M A;  1TDY A;  214L A;  1WTM A;  217L A;  4ZFP A;  4NHP A;  1DYD A;  1NHB A;  1LYG A;  3GUI A;  1UIH A;  1GB7 A;  3QE8 A;  4RW2 A;  3AZ6 A;  3CB7 A;  4I7N A;  1CUP A;  1BQL Y;  5LYM A;  1D2Y A;  1VDP A;  1G06 A;  1GFG A;  3WL2 A;  1LZ5 A;  5F81 A;  4H93 A;  1L34 A;  1AM7 A;  1W08 A;  1GBX A;  2HEA A;  4DD3 A;  227L A;  1YQV Y;  2B74 A;  1IWU A;  1G7M C;  3D9A C;  2BLX A;  1P56 A;  3HU9 A;  1G0L A;  3AB6 A;  3A67 Y;  4RW1 A;  3TXI A;  4IAT A;  3DN0 A;  3W6E A;  4C3W A;  1HEP A;  4NY5 A;  256L A;  4QDN A;  196L A;  1ZV5 L;  1OV5 A;  2B5Z A;  1UIB A;  4MCK A;  3OK0 A;  1HSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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