1L79A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINMVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l79A00
185LA 1L59A 3DN2A 235LA 2QARC 1L98A 160LA 1L47A 1C6GA 2OU9A 1L28A 1L03A 1KS3A 2LZMA 217LA 1CV3A 1P5CA 169LA 1CX7A 2OTYX 242LA 1L48A 3C81A 107LA 232LA 237LA 2B6XA 4W57A 3HH5A 1P2RA 172LA 1C6EA 1QSBA 1C69A 127LA 3GUOA 4I7NA 225LA 1LGXA 231LA 1C63A 4I7KA 3HTDA 1SX7A 1L53A 3C8SA 2IGCA 3EMLA 1T8GA 238LA 1OV5A 1LYJA 1LLHA 2ANVA 1L99A 1L82A 1L33A 3PDSA 1L36A 3HT6A 1C64A 3SB6A 2F2QA 103LA 1OWZA 1DYEA 1QTDA 102LA 4EXMA 1QS9A 1L58A 4W59A 195LA 1B6IA 1XEPA 3RUNA 1C62A 1L08A 1L06A 1G07A 1L60A 3DN1A 2RBSA 1L0KA 4I7LA 3HUKA 1C6LA 165LA 4LDLA 1L69A 3OE9A 188LA 1L19A 197LA 250LA 1PQDA 1L97A 144LA 205LA 1L01A 1PQJA 3DN0A 4AQNA 1T97A 192LA 3DN3A 1LI6A 3HH3A 216LA 148LE 199LA 1CU3A 1L27A 1L61A 4W56A 159LA 240LA 161LA 4DAJA 1L0JA 245LA 1L96A 1TLAA 1L29A 219LA 1L10A 1QS5A 1QUGA 3SB5A 2NTGA 1L74A 1L68A 1CTWA 1L32A 254LA 1DYGA 164LA 4W58A 1L04A 1L50A 1L34A 1L80A 3DNAA 2B6WA 229LA 170LA 3GUIA 1C66A 1D3MA 1CX6A 104LA 1SX2A 3DN6A 1T6HA 1G1VA 4YX7C 1QTBA 1QSQA 1ZURA 122LA 1G1WA 1L14A 1L88A 1L45A 3L2XA 1LW9A 1L65A 1L39A 1L85A 2OU8A 3HU8A 1L18A 3QAKA 1PQKA 1L81A 2LCBA 243LA 258LA 110LA 1SSWA 220LA 1CU5A 259LA 2OE7X 1L79A 4ARJA 3HTGA 256LA 3C82A 3SBAA 1C6NA 2Q9DA 3JR6A 1L75A 1DYAA 4K5YA 3HTFA 210LA 3OE0A 1C6MA 3CDOA 1K28A 3ODUA 1C68A 1ZYTA 236LA 173LA 1P37A 1L49A 3NY9A 149LA 1CV6A 1I6SA 1L62A 163LA 214LA 2HUMA 120LA 1L72A 1C6QA 2B7XA 2HULA 1PQMA 3G3VA 1LPYA 140LA 4I7PA 1L26A 3G3XA 1L40A 4OO9A 1T8AA 6LZMA 138LA 2B74A 2Q9EA 3HT9A 2NTHA 4IAPA 1P56A 253LA 1L42A 1QT3A 249LA 4ARQB 1QUDA 3HT8A 1QUHA 261LA 1QT4A 201LA 3CDTA 1G0GA 171LA 4EPFA 3F8VA 4GRVA 7LZMA 1WTHA 3HWLA 1CUQA 3OE8A 190LA 1CV0A 2OTZX 2RAYX 1XJUA 4PJZA 2B70A 2QB0B 1QTVA 4PK0A 1OYUA 123LA 1T8FA 5LZMA 3C8QA 239LA 3C8RA 2O7AA 2RBNA 131LA 1QT5A 1KW5A 1LGUA 1L37A 155LA 4I7JA 1L35A 125LA 1L15A 1KY1A 224LA 3CDVA 2LC9A 1CUPA 1LWGA 1L55A 3FADA 1L12A 1QTCA 3DMXA 1L38A 1P6YA 226LA 3HH6A 196LA 1L05A 4EJ4A 2O79A 1L17A 1L21A 1LWKA 4ARMB 1KW7A 5I14A 4W53A 1QUOA 1LYHA 4W51A 3CDQA 3V2YA 181LA 3GULA 113LA 3C7YA 157LA 3HDEA 1L56A 1DYDA 4LZMA 1C6DA 3K2RA 1D3JA 3HT7A 221LA 251LA 4EKRA 1C6PA 1QT8A 4I7OA 1L24A 2OU0X 1DYFA 147LA 184LA 1CU0A 182LA 3GUNA 2Z6BA 198LA 2O4WA 233LA 3GUJA 3L64A 1KNIA 3C83A 244LA 3V2WA 2B6YA 142LA 126LA 248LA 168LA 3HUQA 1L83A 1QTZA 2B75A 1OVJA 139LA 1D9WA 3D4SA 3F9LA 1L73A 150LA 2B6TA 1CVKA 3LZMA 1P2LA 1L13A 4W54A 1SSYA 4EKPA 4YXAC 4ARLA 1JTMA 1XJTA 3UONA 1C6BA 1CV1A 115LA 1LYEA 1D3NA 1L71A 1P46A 3SBBC 1L25A 1L63A 257LA 1L07A 2OE9X 1L64A 1L51A 1OVHA 2OE4X 1SWZA 4YXCA 3G3WA 246LA 3DMZA 186LA 260LA 2RBRA 4LDOA 3DN4A 3NY8A 3SN6R 4ARQA 1C6JA 1G0MA 2L78A 252LA 2OEAX 1L41A 1L94A 2RB0X 1L93A 2CUUA 3OE6A 166LA 4LDEA 3HU9A 1OWYA 1L54A 1NHBA 3HUAA 1G0PA 1L91A 262LA 1G0JA 1L31A 178LA 1JQUA 211LA 1CV5A 143LA 1L30A 1SWYA 3C7WA 1LYFA 3FA0A 4W55A 4GBRB 4S0WA 1L76A 206LA 119LA 3DN8A 146LA 209LA 111LA 1LI2A 3PBLA 1CV4A 1G0QA 3HH4A 218LA 1C6HA 1C6TA 3GUMA 4I7MA 3GUKA 222LA 4ARPA 4ARMA 108LA 3NYAA 1L87A 2B73A 174LA 2RAZX 183LA 2A4TA 1P3NA 3VW7A 1L43A 1L92A 1P64A 1L70A 1C6IA 1C65A 129LA 3SB9A 175LA 215LA 1L11A 1C6KA 3RZEA 1G0LA 114LA 187LA 2F47A 1QT7A 247LA 1L77A 4EPIA 213LA 109LA 1KY0A 1L44A 1C67A 2B72A 4I7SA 4I7RA 128LA 200LA 3GUPA 145LA 223LA 234LA 2RBQA 4DKLA 151LA 1L23A 2F32A 118LA 241LA 1C61A 1EPYA 4EKSA 130LA 180LA 137LA 1L90A 227LA 3C80A 1PQIA 1DYBA 1D3FA 1L86A 1L16A 4I7TA 1D2WA 1LYDA 158LA 1L22A 2RBPA 1L89A 1L95A 1L09A 255LA 3CDRA 1L67A 1OVKA 3SB7A 1C6AA 1P7SA 2ANXA 3FI5A 189LA 4W52A 2RB1X 1LYIA 1LGWA 4ZPUA 1CU2A 167LA 212LA 1QT6A 1PQOA 3SB8A 3C7ZA 1QTHA 152LA 191LA 1JTNA 3DKEX 176LA 1L20A 1L46A 1C6CA 4EKQA 1G06A 156LA 1CU6A 177LA 2HUKA 4DJHA 112LA 1C60A 4I7QA 1L52A 1L66A 1L02A 2RH1A 228LA 1DYCA 1L84A 1LI3A 4E97A 2RB2X 1P36A 3HTBA 1D2YA 1C6FA 2RBOA 141LA 1OV7A 3HDFA 1ZWNA 162LA 230LA 2B6ZA 1L00A 3DMVA 1L57A 1LYGA 1G0KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YIKA 1AT6A 1L59A 1GFVA 2QARC 1L98A 5APDA 4NIJA 3VWOA 1L28A 1GFJA 1P5CA 4PRUA 1CX7A 5C6JA 242LA 4KT3A 5D5FA 4PJ2C 1BB3A 1JTTL 232LA 237LA 2BQJA 4W57A 2Z39A 1C6EA 1XSFA 2WARA 2MEIA 4LYBA 4DDCA 5KXXA 4LGKA 1LGXA 4I7KA 3A8ZA 3HTDA 4NGJA 1WQOA 4WLYA 3C8SA 4N9RA 5C6IA 2HEBA 4NY5A 1LLHA 2HU1A 2H5ZA 3PDSA 1IC5Y 1J1OY 1RCMA 1I20A 1YANA 1UBZA 3SB6A 3P4ZA 153LA 103LA 4LYOA 4WM3A 4WM2A 3WUNA 1YILA 4W59A 195LA 1B0DA 1B6IA 3RUNA 4NGOA 1C62A 1GBSA 1VATA 4CGEA 2DQJY 1LMAA 4J7VA 1VDSA 4H8XA 5LA5A 132LA 1C6LA 2G4QA 165LA 2BQDA 1UA6Y 197LA 5LAGA 4NHSA 1EQ5A 3HH3A 199LA 1CU3A 1CKGA 4IATA 3A95A 3WUAA 1NKHA 1D6QA 159LA 5LVHA 5LVGA 1XGPC 1L0JA 1L68A 164LA 4AXTA 3K3TA 1B5ZA 1D0MA 3CSRA 1YL1X 3DN6A 3AGHA 1T6HA 1JTPL 4M6DA 2D4KA 1L88A 1L14A 5DN4A 4WL6A 1LW9A 5L9JA 2OU8A 1LZ5A 1F10A 1GAZA 4H92A 243LA 1QTEA 3AYQA 4ARJA 1GFAA 3A6CY 4H8YA 3C82A 4J1BA 1AKIA 3SBAA 1C6NA 1GB8A 2Q9DA 3JR6A 4HV2A 1DYAA 3ZVQA 4GN3A 3HTFA 1LZDA 210LA 2HEAA 4BAPA 3BKVA 1HFYA 5B06A 1K28A 1ZYTA 3LZTA 1L49A 8LYZA 3RT5X 4NSJA 214LA 1GHLA 3A6BY 1DZBX 2I25L 1LPYA 1L26A 1LSZA 2A7DA 3G3XA 2YDGA 3IWRA 4OO9A 1TCYA 138LA 2B74A 1NDMC 2NTHA 1P56A 253LA 1QT3A 4ARQB 1LYYA 1QUDA 1QUHA 261LA 1YAPA 3AGGG 1HERA 2Z19A 190LA 1CV0A 1XJUA 1G7IC 1GE4A 4WLTA 1F6RA 1GB0A 1A4VA 1OYUA 1T8FA 2D4IA 5LZMA 5KY1A 1LMNA 3FI7A 3W6BA 5AMYA 1IP7A 1L37A 4GLAA 4I7JA 1REXA 4RDSA 125LA 4KXIA 1KY1A 3WU7A 1LWGA 1YKXX 1LJEA 3FADA 1V7SA 2BQOA 3HH6A 1D6PA 1IEEA 2O79A 1L17A 4ARMB 1XEIA 1GF4A 4XJHA 2G4NA 1LJKA 4W53A 1JISA 2Z37A 1OQMA 157LA 4H8ZA 1C6DA 3GXKA 1XGRC 1UC0A 4PGJB 1KIQC 1QT8A 2BQMA 1OP9B 4ET9A 1V7TA 3GUNA 2PC2A 198LA 2O4WA 4G9SA 1C43A 3M3UA 3L64A 3C83A 244LA 1TBYA 1LHMA 5KXLA 126LA 3HUQA 1L83A 2B75A 4HSFA 150LA 4DWXA 1SLYA 3LZMA 1SSYA 1IWXA 2ZILA 1B7NA 1IVMA 3WU9A 1CV1A 4LFPA 4ETCA 5IDDA 1C7PA 1JJ0A 1LYSA 4CHXA 1L63A 1VDTA 1L07A 1WTMA 1L64A 5M1YA 4HPIA 1UIGA 5I4WA 4B4EA 1LPIA 1LJ4A 4YXCA 4H1PA 2BPUA 2FYDA 5LINA 2MEFA 4ARQA 1DQJC 2H9JA 2L78A 252LA 2OEAX 1L94A 3OE6A 166LA 3HU9A 1J1PY 1HEMA 1LZ9A 2EIZC 1NHBA 4GCFA 1BB5A 2LYMA 1G0PA 1L91A 3B0OA 178LA 1CJ7A 1IY4A 143LA 1LYFA 4E3UA 1IR9A 4S0WA 1L76A 119LA 1UIEA 1GF5A 3RNXA 3PBLA 1B7QA 154LA 1C6HA 4I7MA 1OUAA 4ARPA 4ARMA 3AZ7A 1FLYA 1L92A 1CKHA 2LHMA 3SB9A 215LA 4ET8A 2HECA 213LA 1L44A 5B1FA 4LYCA 2YBIA 3FE0A 1IC4Y 4II8A 4WM5A 234LA 2AUBA 4DKLA 3A96A 4LT1A 4G4HA 2BAAA 1BWHA 1GBYA 4EKSA 1HC0A 130LA 137LA 227LA 5KXKA 3EO5A 1I56A 1GDXA 5KXMA 1KXYA 4I7TA 2IFFY 1L22A 1NBYC 1L09A 4U3XB 1OVKA 1LHJA 1WQQA 1IY3A 2ANXA 189LA 4W52A 1LGWA 4H9CA 167LA 1PQOA 1HELA 1JTNA 3DKEX 1C6CA 2HUKA 4DD1A 4I7QA 1L52A 1ZVYB 1L02A 1LKSA 4DDAA 2BQKA 1LI3A 4W94A 4NHIA 4E97A 5KXRA 3P64A 9LYZA 1OV7A 1ZWNA 4ZEEA 230LA 3TXJA 3DMVA 1L57A 1LYGA 3WXTA 1JPOA 1RE2A 1G0KA 2BQAA 3LN2A 1IP6A 235LA 5KXTA 160LA 1J1XY 1L47A 1C6GA 3AJNA 5FCPA 1KS3A 2LZMA 217LA 5HQ1A 2BQCA 5FEKA 1FDLY 4NGYA 1L48A 5F9UA 1HEPA 1HEQA 1F6SA 4N1EI 1CKFA 1W08A 1WQNA 1DPXA 1H6MA 1HMLA 4HTQA 3EMLA 1LHLA 1T8GA 238LA 1IP1A 1LSBA 1LYJA 1L99A 3A92A 1L33A 1YKZX 3WW5A 1GFUA 3HT6A 1DI5A 1C64A 1LJGA 1GF6A 2F2QA 1OWZA 4EXMA 4H9AA 1L58A 1LJHA 4M4OA 1XEPA 4H9HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1YIK A;  1AT6 A;  1L59 A;  1GFV A;  2QAR C;  1L98 A;  5APD A;  4NIJ A;  3VWO A;  1L28 A;  1GFJ A;  1P5C A;  4PRU A;  1CX7 A;  5C6J A;  242L A;  4KT3 A;  5D5F A;  4PJ2 C;  1BB3 A;  1JTT L;  232L A;  237L A;  2BQJ A;  4W57 A;  2Z39 A;  1C6E A;  1XSF A;  2WAR A;  2MEI A;  4LYB A;  4DDC A;  5KXX A;  4LGK A;  1LGX A;  4I7K A;  3A8Z A;  3HTD A;  4NGJ A;  1WQO A;  4WLY A;  3C8S A;  4N9R A;  5C6I A;  2HEB A;  4NY5 A;  1LLH A;  2HU1 A;  2H5Z A;  3PDS A;  1IC5 Y;  1J1O Y;  1RCM A;  1I20 A;  1YAN A;  1UBZ A;  3SB6 A;  3P4Z A;  153L A;  103L A;  4LYO A;  4WM3 A;  4WM2 A;  3WUN A;  1YIL A;  4W59 A;  195L A;  1B0D A;  1B6I A;  3RUN A;  4NGO A;  1C62 A;  1GBS A;  1VAT A;  4CGE A;  2DQJ Y;  1LMA A;  4J7V A;  1VDS A;  4H8X A;  5LA5 A;  132L A;  1C6L A;  2G4Q A;  165L A;  2BQD A;  1UA6 Y;  197L A;  5LAG A;  4NHS A;  1EQ5 A;  3HH3 A;  199L A;  1CU3 A;  1CKG A;  4IAT A;  3A95 A;  3WUA A;  1NKH A;  1D6Q A;  159L A;  5LVH A;  5LVG A;  1XGP C;  1L0J A;  1L68 A;  164L A;  4AXT A;  3K3T A;  1B5Z A;  1D0M A;  3CSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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