1L79A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINMVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l79A00
1LYHA 2QARC 1G06A 1XEPA 1L48A 1PQJA 1L04A 1L81A 2OE7X 246LA 3V2YA 1L40A 119LA 1CV3A 1L28A 3SBBC 1CV6A 1L63A 2B73A 123LA 1D2YA 1L74A 1DYCA 2OE9X 1DYGA 171LA 181LA 3HDEA 175LA 1L32A 2RAZX 226LA 239LA 183LA 113LA 1L71A 1LI2A 1L41A 118LA 110LA 4E97A 122LA 1L24A 1L61A 2LZMA 1L69A 3FI5A 1SX7A 1L01A 2RBOA 1L88A 214LA 1L45A 1SWZA 195LA 2B6YA 170LA 4ARQB 1L00A 3LZMA 4W53A 2OE4X 4K5YA 1QTBA 1G1WA 1C6TA 4GRVA 248LA 1QUHA 2RBSA 2L78A 3OE8A 163LA 1L53A 1QT3A 1PQIA 1QT8A 1L86A 3FA0A 2RAYX 104LA 1C68A 4LZMA 1L38A 1PQKA 1L27A 3C7YA 218LA 199LA 1CU2A 1L34A 198LA 2ANVA 1D2WA 1L80A 3C7ZA 253LA 128LA 1SSYA 1C6JA 1CV1A 254LA 159LA 1CU0A 205LA 167LA 2OU0X 252LA 1L36A 4ZPUA 260LA 1QT6A 2LC9A 235LA 259LA 1L46A 4W56A 1JTMA 1L65A 3PBLA 1C62A 3FADA 1LYJA 3HU9A 1CUPA 1CV0A 1L31A 3HH3A 1L25A 1QTCA 1OV7A 152LA 1P2LA 227LA 4W59A 187LA 1LW9A 1CX6A 1L0JA 3HTDA 1L07A 1L30A 1L47A 228LA 1C6EA 141LA 1LPYA 125LA 3GUIA 115LA 1L21A 1C6DA 1CX7A 1C6KA 1XJTA 3EMLA 1OWZA 1P6YA 1L57A 1D3FA 3GUPA 1L42A 162LA 1OVKA 1L55A 4ARMA 3DN0A 3HUKA 3L64A 2B6ZA 197LA 2HULA 1LI3A 2RB0X 3G3XA 5LZMA 126LA 185LA 1CU5A 3C7WA 4YXCA 2RBRA 186LA 109LA 3UONA 1QT5A 262LA 1L70A 3HTFA 1P56A 217LA 4EKQA 1L51A 1L56A 1C6NA 1QS9A 168LA 2HUKA 3C8SA 2RBPA 1C6BA 1L98A 2HUMA 3HH6A 2O4WA 1L39A 1OWYA 1L72A 4PJZA 4EPIA 2B6XA 2F47A 2OTZX 147LA 4DJHA 1LGXA 201LA 251LA 1L68A 1L64A 1NHBA 3RZEA 143LA 1L03A 1SX2A 3DN1A 1C6HA 1DYDA 1L66A 1L37A 2OTYX 3CDTA 4LDOA 242LA 4EXMA 1L20A 1T6HA 130LA 233LA 2B6WA 1CU3A 1C6PA 2NTGA 184LA 3HH5A 2RBQA 3DMXA 1OVJA 3DKEX 1G0GA 1L95A 1L93A 2IGCA 1PQOA 1L06A 3K2RA 4DKLA 1DYFA 1KW5A 114LA 1LYIA 103LA 1G0KA 4PK0A 3SB7A 1QT7A 1L91A 1P5CA 2B7XA 157LA 2B70A 1G1VA 1P46A 1T8GA 1QT4A 3QAKA 1KY1A 180LA 245LA 3SB8A 3HDFA 156LA 4I7MA 4OO9A 3CDQA 1L08A 211LA 2QB0B 4W57A 3SBAA 4EKSA 3GUOA 3VW7A 160LA 1C63A 1D3MA 1G0PA 1L22A 2RBNA 1L44A 1K28A 250LA 1LGWA 150LA 3NYAA 225LA 1KW7A 173LA 172LA 2O7AA 1L29A 2Z6BA 4AQNA 1LI6A 5I14A 1L26A 3DN8A 3HT6A 4W51A 3GUMA 1L33A 1KY0A 4I7JA 164LA 1C6LA 1C6MA 3C82A 1QS5A 2OEAX 3GUNA 3C80A 137LA 111LA 213LA 236LA 192LA 1QSQA 255LA 3GUJA 129LA 3F8VA 2A4TA 1C60A 1L77A 196LA 145LA 3DN4A 3RUNA 3V2WA 102LA 224LA 3HTGA 1D9WA 1C6FA 1SSWA 222LA 4I7KA 1C6AA 1L89A 212LA 1D3JA 1ZURA 1CTWA 3CDOA 3F9LA 241LA 2RB2X 1L83A 1L0KA 1L92A 1L62A 1G0JA 1LGUA 3HTBA 142LA 1LYEA 3C8QA 3DNAA 155LA 2OU8A 1LYDA 1JTNA 1L60A 191LA 3G3WA 1QTDA 1G0LA 3HT8A 238LA 4LDLA 3HT9A 1L18A 1G07A 120LA 1OVHA 229LA 4I7OA 1OYUA 1C67A 1L99A 182LA 3GULA 4ARJA 1D3NA 1LYGA 178LA 2NTHA 4EKPA 3PDSA 4ARLA 1KNIA 148LE 1CVKA 4LDEA 4I7LA 6LZMA 3HH4A 243LA 1CV4A 144LA 3SB5A 1LYFA 1QTVA 1ZWNA 4I7SA 1L50A 3G3VA 4EKRA 220LA 1L05A 3NY9A 3L2XA 1LLHA 216LA 3OE6A 1T8AA 1DYAA 1C65A 1JQUA 1L02A 138LA 257LA 1L97A 4I7TA 1L43A 1L79A 2OU9A 1WTHA 1LWKA 1L73A 4I7PA 3D4SA 1L16A 4W58A 4ARMB 2RH1A 158LA 189LA 4I7NA 1QUDA 231LA 258LA 3OE0A 3C8RA 3DN2A 3DMZA 4W54A 112LA 1T97A 3OE9A 2O79A 3HT7A 261LA 149LA 2LCBA 1B6IA 1L76A 140LA 7LZMA 161LA 1L59A 1C6QA 215LA 1I6SA 206LA 1L10A 234LA 244LA 1L75A 237LA 1L35A 166LA 1G0QA 1L84A 1L52A 219LA 249LA 165LA 209LA 3HU8A 176LA 127LA 4ARPA 1C66A 3DN6A 1P64A 3SB9A 1PQMA 151LA 1P36A 1T8FA 2ANXA 240LA 107LA 1CUQA 1DYEA 1G0MA 1QSBA 1SWYA 169LA 200LA 1L09A 4I7RA 1C6IA 1CV5A 4S0WA 1QUGA 4EJ4A 1XJUA 210LA 1CU6A 1KS3A 256LA 1P3NA 3ODUA 4W55A 4I7QA 3HUQA 1C61A 4DAJA 1L82A 1L19A 1QUOA 3C83A 2B75A 1L49A 1L12A 3DMVA 3SB6A 2RB1X 1C64A 2B72A 232LA 2CUUA 1L96A 221LA 1L23A 174LA 1L87A 1QTZA 2Q9EA 1L85A 1P7SA 1L67A 1C69A 1L90A 1L94A 3GUKA 1TLAA 223LA 1L58A 1C6CA 1L54A 1L13A 190LA 1L15A 1PQDA 2F2QA 4W52A 1DYBA 1L11A 1L14A 139LA 131LA 108LA 3HWLA 3C81A 3HUAA 1P37A 3DN3A 2F32A 177LA 4YX7C 1C6GA 1OV5A 4IAPA 4ARQA 230LA 2B74A 146LA 2B6TA 1ZYTA 1QTHA 1P2RA 188LA 3CDVA 1LWGA 4GBRB 3SN6R 4EPFA 4YXAC 3JR6A 1EPYA 3CDRA 2Q9DA 3NY8A 247LA 1L17A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUEA 2G4QA 5I4WA 1G06A 2LZ2A 1L48A 2BQAA 3HFMY 5FSTA 3ATNA 2OE7X 3CT5A 5DL9A 3A67Y 1L28A 4NHPA 2B73A 123LA 1D2YA 5KXLA 1LHIA 3HDEA 1L32A 2RAZX 2EIZC 4KL7A 183LA 4MCKA 2BQCA 2Z38A 1L71A 4H92A 1AKIA 4H9EA 1NHEA 2ZNXY 1L69A 3G3BB 1L88A 1UCOA 5D5FA 2Z12A 195LA 1FBIX 3ZVQA 170LA 2IHLA 4ARQB 1HSWA 1LZNA 3TMVA 1GFRA 1IY4A 1G1WA 1LSGA 2LYOA 2L78A 3OE8A 5IHGA 1PQIA 1YL1X 2Z39A 1JIYA 4XENA 1PS5A 1GXV2 1B7RA 3EO5A 1L27A 1HEMA 1YANA 1L34A 1CU2A 198LA 1LMNA 1D2WA 1IP2A 253LA 4WL7A 3TXJA 2FBDA 4WMGA 4H8XA 1C6JA 159LA 3W3EA 4O34A 4DC4A 3TMUA 1MELL 4ZPUA 1LOZA 2LC9A 4C5FA 1IR8A 4W56A 3PBLA 1C62A 3FADA 4OOTA 1JKDA 5KJ9A 3HU9A 4XJHA 4OWHA 1HMLA 3RU5A 227LA 5I4YA 4MSTA 187LA 2BQEA 4QGZA 1IOQA 4AXTA 1C6KA 4YENA 1VDPA 1F6RA 1WTMA 4YF2A 4H1PA 1L57A 1LYZA 4TTDA 1L42A 3DN0A 1JEFA 197LA 2H5ZA 2RB0X 3D9AC 3C7WA 1QTEA 2D4KA 1HFYA 1LSBA 109LA 2HEBA 1L70A 3TXBA 4EKQA 1C6NA 1LZ9A 1H87A 1B5ZA 3C8SA 1B7MA 1C6BA 3IJVA 2BPUA 2YSSC 5LA8A 2BQGA 1L72A 4PJZA 5KXYA 1JSEA 2CWIA 4B0DA 2OTZX 3A90A 1IR7A 251LA 4RLMA 1NHBA 143LA 4RW2A 1OQMA 3LYTA 1D0LA 3P64A 4OWAA 1Z55A 3TXFA 4X3BA 5KXWA 242LA 233LA 1GBYA 2BLYA 5EBHA 1L95A 2IGCA 1HF4A 1PQOA 3OK0A 1IP6A 1WQPA 1DYFA 1DQJC 3LYMA 4CFOA 5KKIA 4GN3A 4PK0A 3SB7A 1QT7A 157LA 1ZV5L 1LZDA 1QSWA 5LYTA 1P46A 4NY5A 1B5UA 1UIHA 5C6LA 154LA 1BGIA 2DBTA 1KY1A 2LYMA 5KXZA 2YBIA 2BLXA 3HDFA 156LA 1HEPA 3CDQA 1BHZA 2QB0B 4LYBA 160LA 1L22A 1LGWA 150LA 1YROA 225LA 1KW7A 4WG1A 5KXOA 2XTHA 1GF7A 2O7AA 1L29A 1EL1A 4DD2A 5I14A 193LA 1NKHA 3BKVA 4H9IA 2A7DA 1L33A 2F30A 5F9XA 4PHIA 1LPIA 1LMOA 1C6MA 3C82A 4DQ7A 3GUNA 3C80A 137LA 111LA 4NGOA 192LA 1QSQA 2DQHY 4W96A 1L77A 145LA 2D6BA 3A8ZA 1GB6A 3V2WA 102LA 224LA 1LHLA 1SLYA 1JJ3A 1IIZA 2CGIA 4I7KA 3WH1A 1L89A 1IWZA 1LJIA 5LYZA 4BS7A 1LZAA 1XEKA 1ZURA 1CTWA 2MEGA 3CDOA 3F9LA 4IASA 1LGUA 1BB7A 1N4FA 3C8QA 2DQEY 1DI4A 1QIOA 4UWVA 5KXTA 5LXWA 1GFJA 1QTDA 3AW6A 1GB0A 4G9SA 5LVIA 1JKCA 1L18A 1UC0A 1T6VL 4CJ2A 5D5CA 2XJWA 1D3NA 1LYGA 3PDSA 1GF9A 4HTNA 1FLYA 4I7LA 2ZNWY 1CV4A 3WW5A 1JITA 3W6CA 1QTVA 3T6UA 1L50A 1YAPA 3G3VA 4EKRA 4WM1A 1KIRC 4DD9A 5FELA 4AGAA 4G4BA 2MEAA 1C08C 4I0CA 1V7SA 1DYAA 1C65A 138LA 4GLAA 1L97A 4NG8A 1SQ2L 1LWKA 4I7PA 4ARMB 5C6IA 4WO9A 158LA 258LA 1DKJA 1GFUA 3HBDA 3OE9A 3RZ4A 1GB9A 1B6IA 1O23A 140LA 1LYOA 1C6QA 4H90A 5HNLA 3HBEX 1I6SA 1LSNA 1LSZA 5DM9A 1L10A 5E4PA 1L75A 1L35A 1HFZA 1JTPL 1GE3A 4NGLA 1GFGA 5HNCA 1L52A 1E8LA 165LA 2HECA 3HU8A 2MEHA 176LA 4ARPA 1VEDA 1JJ0A 1T8FA 107LA 1G0MA 1YQVY 1L09A 1C6IA 1CV5A 1TAYA 1QUGA 4EJ4A 2ZYCA 4WG7A 4I7QA 1IY3A 4D9ZA 4DD0A 2F4AA 1C61A 4DAJA 1L82A 4ET8A 1L19A 5JENB 2B75A 4H8YA 1L49A 4QEQA 1P2CC 1YAMA 4N8ZA 2B72A 2CUUA 1HC0A 1JJ1A 4RLNA 1GB2A 1IEEA 1L87A 3SP3A 2EPEA 2Q9EA 1P7SA 1L90A 1LJNA 4NHQA 1L58A 1C6CA 1LJJA 1B7QA 1L54A 2F2NA 1GB8A 1L14A 1BB6A 2HEDA 3C81A 3DN3A 1NF5A 1KXXA 4LT0A 1H6MA 4GN4A 1GAZA 1JTOL 1OV5A 146LA 1OUDA 2B6TA 1QTHA 4LT2A 188LA 1NDGC 2HU1A 4EPFA 3JR6A 5DN5A 1EPYA 4N5RA 4FDYA 2Q9DA 3NY8A 1L17A 3WPLA 1L04A 3V2YA 2EKSC 4J0LA 4N1EI 1LHJA 4NHSA 3VWOA 1CV6A 1L63A 1DYCA 2OE9X 5FCPA 2DQDY 1DYGA 171LA 3BKHA 1G7HC 1VAUA 1GF3A 226LA 1LMQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OUE A;  2G4Q A;  5I4W A;  1G06 A;  2LZ2 A;  1L48 A;  2BQA A;  3HFM Y;  5FST A;  3ATN A;  2OE7 X;  3CT5 A;  5DL9 A;  3A67 Y;  1L28 A;  4NHP A;  2B73 A;  123L A;  1D2Y A;  5KXL A;  1LHI A;  3HDE A;  1L32 A;  2RAZ X;  2EIZ C;  4KL7 A;  183L A;  4MCK A;  2BQC A;  2Z38 A;  1L71 A;  4H92 A;  1AKI A;  4H9E A;  1NHE A;  2ZNX Y;  1L69 A;  3G3B B;  1L88 A;  1UCO A;  5D5F A;  2Z12 A;  195L A;  1FBI X;  3ZVQ A;  170L A;  2IHL A;  4ARQ B;  1HSW A;  1LZN A;  3TMV A;  1GFR A;  1IY4 A;  1G1W A;  1LSG A;  2LYO A;  2L78 A;  3OE8 A;  5IHG A;  1PQI A;  1YL1 X;  2Z39 A;  1JIY A;  4XEN A;  1PS5 A;  1GXV 2;  1B7R A;  3EO5 A;  1L27 A;  1HEM A;  1YAN A;  1L34 A;  1CU2 A;  198L A;  1LMN A;  1D2W A;  1IP2 A;  253L A;  4WL7 A;  3TXJ A;  2FBD A;  4WMG A;  4H8X A;  1C6J A;  159L A;  3W3E A;  4O34 A;  4DC4 A;  3TMU A;  1MEL L;  4ZPU A;  1LOZ A;  2LC9 A;  4C5F A;  1IR8 A;  4W56 A;  3PBL A;  1C62 A;  3FAD A;  4OOT A;  1JKD A;  5KJ9 A;  3HU9 A;  4XJH A;  4OWH A;  1HML A;  3RU5 A;  227L A;  5I4Y A;  4MST A;  187L A;  2BQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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