1L80A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINLVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l80A00
3G3VA 112LA 1SSYA 1T8AA 1CX7A 171LA 1QTVA 1L40A 1L27A 2QARC 3GUNA 1CX6A 2O79A 241LA 1LWKA 2IGCA 1L01A 249LA 4EJ4A 1L25A 2OTYX 1L61A 1CVKA 3HU8A 1C6KA 102LA 1QSQA 4EPFA 138LA 130LA 4AQNA 1L32A 1C6JA 1L23A 4I7KA 1L69A 3CDVA 1XJUA 234LA 1C6PA 2HULA 1L95A 5LZMA 1G0GA 1L45A 176LA 152LA 192LA 3DN2A 2Q9DA 3L64A 206LA 1L48A 187LA 1L74A 1C6AA 3HTDA 3C8RA 113LA 1C6HA 1CV4A 2RBQA 1P3NA 1L37A 4I7TA 3HT9A 1KS3A 4EKSA 155LA 1LYJA 2RAYX 2B72A 2F2QA 157LA 200LA 2F47A 1C6GA 3C80A 1L98A 1C6EA 1C6LA 239LA 175LA 1G0MA 1G06A 4S0WA 125LA 244LA 1JTNA 2B74A 1QS5A 1CTWA 197LA 2QB0B 1L42A 251LA 1L88A 3HTBA 3ODUA 2RH1A 1LYFA 1L51A 2B6TA 156LA 1ZYTA 233LA 4W51A 1QS9A 1L83A 1QTCA 2NTHA 1L97A 5I14A 4W57A 1L44A 1D9WA 173LA 229LA 1D3FA 1G0PA 4ARLA 1KY0A 1L38A 1L29A 3HTFA 3PBLA 1CU5A 2A4TA 3OE8A 4I7PA 186LA 2LCBA 1T6HA 3DMZA 1G07A 1P5CA 2OEAX 3SB6A 3VW7A 1L06A 1C67A 3OE9A 128LA 1CUPA 3DNAA 1C6IA 224LA 201LA 3C7WA 1SSWA 3HH5A 127LA 1L91A 1OWZA 167LA 108LA 1L57A 3F9LA 1L14A 1K28A 161LA 1C69A 1G0LA 250LA 1L0KA 4DAJA 1T97A 2B70A 3DN3A 3HT7A 257LA 172LA 1L43A 1L60A 1L36A 230LA 1L54A 1L87A 256LA 183LA 111LA 2B6XA 2HUMA 195LA 3SB5A 1CUQA 119LA 205LA 4ARQA 3SBBC 1OWYA 3GULA 4W55A 2OE7X 1PQIA 4ARPA 3SBAA 1L41A 3GUOA 1L03A 1D3MA 1D3JA 228LA 3CDTA 1L94A 191LA 148LE 1L20A 3HH6A 3L2XA 4E97A 2ANVA 1T8FA 1LLHA 3C83A 2OTZX 185LA 209LA 126LA 219LA 4K5YA 254LA 4ARQB 1L89A 1L82A 1D3NA 1OVJA 1L22A 1L35A 1QTDA 174LA 3C8QA 3D4SA 158LA 1DYEA 1L12A 2O7AA 1QT4A 4LDLA 1L47A 1L63A 198LA 2RBOA 1WTHA 1L86A 3PDSA 1LGUA 1ZURA 1B6IA 1QTHA 4EPIA 1LI6A 3NY8A 4W58A 1TLAA 1L66A 1L92A 1L0JA 151LA 1L80A 3OE0A 4W52A 225LA 3DMVA 1LW9A 1DYDA 114LA 182LA 1C6NA 246LA 1L50A 1KW5A 1C60A 3EMLA 4GRVA 1L53A 1C6FA 1L84A 231LA 1JTMA 1L30A 1L99A 1SX7A 258LA 2CUUA 215LA 3GUPA 2LC9A 260LA 164LA 1CV3A 2RBNA 242LA 1KNIA 218LA 166LA 170LA 4I7SA 188LA 1C6MA 1OV7A 222LA 221LA 1L15A 1LWGA 1C65A 1L26A 1L56A 1P46A 1C68A 1L05A 149LA 1L73A 1L00A 211LA 1L96A 1L90A 1OVKA 2Z6BA 1D2YA 3K2RA 3CDQA 2OU8A 123LA 1PQMA 1L72A 159LA 1L70A 1QT7A 2B75A 1C6QA 4EKRA 2B7XA 4I7MA 1L04A 181LA 1L28A 1L75A 1PQJA 177LA 4EKPA 4EXMA 3CDRA 103LA 3GUKA 3FA0A 253LA 143LA 1EPYA 3GUJA 146LA 160LA 190LA 3C7ZA 180LA 2L78A 1L07A 140LA 147LA 1P2RA 1KY1A 1L46A 4W54A 137LA 1KW7A 1PQKA 1L77A 1L24A 3FI5A 1QTBA 1L52A 1PQOA 1QUDA 3CDOA 4ZPUA 1D2WA 1P64A 227LA 1T8GA 4DJHA 4ARJA 1SX2A 189LA 1PQDA 1DYBA 4IAPA 3HT6A 1CU0A 1L85A 1LGXA 1JQUA 2Q9EA 3DKEX 1L10A 3HUAA 1LYEA 235LA 1QTZA 1QUHA 144LA 1CV0A 259LA 122LA 212LA 3UONA 1G1WA 1QUOA 1C6CA 1L08A 3NYAA 1L64A 4YXCA 2OU0X 165LA 4ARMA 261LA 4I7OA 1L39A 248LA 1LYGA 196LA 1SWZA 3SB8A 199LA 2RB0X 3JR6A 1L18A 3DN1A 3G3WA 2OE4X 1L19A 243LA 1I6SA 1NHBA 2RAZX 3NY9A 1L17A 3DN6A 4GBRB 245LA 4I7QA 226LA 169LA 1L13A 1LPYA 1L33A 252LA 240LA 110LA 1C66A 1LI3A 3DN0A 4W53A 118LA 1L31A 3GUMA 4LDEA 1C6DA 1G1VA 3HDEA 3DMXA 131LA 4ARMB 4YXAC 4I7JA 2LZMA 4I7RA 262LA 1CU6A 1CU3A 2B6ZA 1C62A 1QSBA 1L65A 163LA 2ANXA 216LA 1CV6A 1L76A 1LYHA 1LI2A 4YX7C 3SB9A 3HUQA 4DKLA 1L59A 1XEPA 3DN8A 1P7SA 168LA 142LA 1LYIA 3F8VA 3HDFA 2O4WA 247LA 3C8SA 3RZEA 2B6YA 1C63A 1P2LA 1QUGA 4I7LA 3C82A 214LA 232LA 3G3XA 1L02A 1C6TA 6LZMA 213LA 3HH4A 3DN4A 109LA 1L68A 139LA 3C7YA 1C6BA 3HUKA 3RUNA 1QT6A 3SN6R 236LA 217LA 2B6WA 3SB7A 104LA 3OE6A 3V2YA 1L11A 1P6YA 3QAKA 2RB2X 3GUIA 4W56A 7LZMA 1L55A 1L16A 3LZMA 1CV5A 3HU9A 1ZWNA 2F32A 3HH3A 120LA 1L09A 4PK0A 129LA 141LA 4OO9A 4W59A 1XJTA 238LA 2RB1X 1L49A 4EKQA 178LA 1OV5A 1C61A 1DYGA 1DYFA 2RBSA 1CU2A 255LA 1DYAA 1L79A 237LA 2RBRA 1QT3A 1G0JA 4LDOA 162LA 107LA 220LA 223LA 2OE9X 1CV1A 1L21A 210LA 1QT8A 1P37A 1L67A 1L93A 1LGWA 1OYUA 1L81A 3HT8A 1QT5A 1G0KA 1L62A 2B73A 1P36A 1C64A 3C81A 1L71A 2NTGA 2OU9A 150LA 4PJZA 3HTGA 115LA 1P56A 145LA 3FADA 1LYDA 3V2WA 184LA 4LZMA 1G0QA 1SWYA 2RBPA 1L34A 2HUKA 1OVHA 3HWLA 4I7NA 1L58A 1DYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GXXA 1T8AA 2DQCY 171LA 1L40A 1MLCE 1IR8A 1GB9A 2QARC 1LZYA 3GUNA 2ZQ3A 4Z98A 1XSFA 1IX0A 3AJNA 2YVBA 1L61A 1CVKA 1C6KA 3AW7A 2H9KA 4EPFA 1IC5Y 2YBJA 4AQNA 4LT1A 1VATA 194LA 1L23A 4I7KA 3N9AA 1LZ1A 1C6PA 2FBDA 3ZEKA 1BB3A 5LZMA 1DZBX 152LA 1XFPL 3WPJA 206LA 1L74A 1C6AA 1WQOA 2DQGY 3C8RA 1C6HA 1IP6A 1HEQA 4ZIXA 2EPEA 1IEEA 3HT9A 1TBYA 155LA 1IR7A 4RLNA 3QE8A 2BQAA 4S0WA 3LZ2A 2B74A 1UIBA 3N9EA 4XJDA 4W51A 1L83A 4NHIA 4PJ2C 2DQJY 1LHLA 1D3FA 4N0JA 4O34A 1JHLA 4HV2A 1KY0A 4N1CC 5APDA 1ZVHL 8LYZA 5B07A 1GDXA 1B5VA 1G07A 3VW7A 2AUBA 4NWEA 4WLXA 1IP4A 1YKXX 4WO9A 4TUNA 1B7NA 3HH5A 2WARA 161LA 1IWVA 1G0LA 2MEIA 3B0OA 3KAMA 2B70A 3DN3A 1HF4A 1L54A 5KXSA 183LA 111LA 3HBHA 1SLYA 4ARQA 1IY3A 5ILFA 1YANA 4W55A 2OE7X 4NGWA 1IOSA 2ZNXY 1D0MA 1D3MA 2FBBA 5KXYA 228LA 3QY4A 1L94A 1LAAA 148LE 1HMKA 5T3FA 1NHEA 5D5FA 1V7TA 2ANVA 4GCBA 1LLHA 5APEA 1QQYA 1RI8B 1EQ5A 126LA 219LA 4K5YA 4ARQB 1L89A 4NSIA 1D3NA 1NDGC 1OVJA 4H8XA 3TXJA 3D4SA 4KXIA 3J6KA 1L12A 1BHZA 198LA 1NBZC 2RBOA 4ETDA 3CSQA 4J7VA 1L86A 2HEDA 1LGUA 5F9UA 1UC0A 1HSWA 1NQIA 1LI6A 4GN4A 4B0DA 3TMVA 225LA 1B2KA 1LYZA 3CT1A 114LA 1LJHA 1GF5A 1XEIA 2D6BA 2YBIA 3EMLA 2HEFA 4GRVA 3AGHA 1L30A 1L99A 258LA 2HEBA 5DM9A 1CV3A 4ETEA 1LPIA 242LA 2CDSA 218LA 4ETBA 5I54A 4H9FA 1C65A 1UIDA 5KXWA 2H5ZA 149LA 1LZDA 211LA 1OVKA 1L90A 4H91A 1IWXA 3K2RA 3CDQA 1PQMA 3ULRA 5K7OA 4BADA 3OJPA 4XENA 5LVKA 3AZ6A 1CKFA 1GXV2 4DQJA 2Z18A 2BQLA 1IWWA 3GUKA 253LA 4EOFA 1XGQC 1EPYA 1N4FA 160LA 4G9SA 1LTMA 180LA 4NSGA 2Z2EA 1KY1A 2D4KA 4W54A 137LA 1VDTA 5KKJA 1PQKA 1L77A 3FI5A 1LSNA 4H9AA 1L52A 1PQOA 1OUGA 1B7LA 1W6ZA 5IHGA 2ZIJA 4GCCA 1SX2A 3HT6A 5F14A 3A8ZA 1LJ3A 235LA 1HENA 212LA 4TWSA 5E4PA 3NYAA 2OU0X 4AXTA 5I53A 1C10A 1VFBC 196LA 1LZGA 199LA 1GFJA 1LZ6A 1YQVY 5II3A 2OE4X 4N8ZA 1I6SA 4PGJB 3NY9A 1L17A 5DLAA 5AMYA 4M6DA 1HFXA 2DQEY 1GAZA 1UIEA 2BQHA 1GBWA 3EBAB 1REXA 1LPYA 4AGAA 240LA 2RSCA 1C66A 1YAMA 3GUMA 4LDEA 1C6DA 1AT5A 1YAQA 3AW6A 1YIKA 4I7JA 4WL6A 4WM3A 4I7RA 1IVMA 1CU3A 1IOTA 4MCKA 5L9JA 1L76A 1C46A 1AM7A 1LJGA 1D6PA 1JPOA 4QEQA 1FLWA 1L59A 3DN8A 1P7SA 3WPLA 1XGUC 142LA 3HDFA 247LA 207LA 1JJ3A 1HMLA 4I7LA 3W3EA 2MEDA 3C82A 2BQFA 5I5QA 1C6TA 213LA 109LA 3C7YA 3HUKA 236LA 1LYYA 1GFEA 3GUIA 7LZMA 1IWYA 1L16A 1CV5A 3HU9A 3HH3A 4H8YA 1KIQC 4BS7A 2ZILA 4HTQA 1DYGA 1LZ4A 2EKSC 1DYFA 2RBSA 4DC4A 1GF0A 4E3UA 1GE2A 1G0JA 107LA 4H1PA 220LA 223LA 2OE9X 1F6SA 1BB5A 4KL7A 1L21A 4RDSA 1QT8A 1P37A 1L93A 4LT0A 5I4WA 1QT5A 4CJ2A 1P36A 2B5ZA 2DQDY 1UCOA 4XJFA 2NTGA 150LA 4PJZA 3HTGA 4H9EA 5J7CA 184LA 2HEEA 1B7OA 1OUCA 1B5YA 1YILA 1L34A 1GF3A 1LHKA 4L41A 3HWLA 1HFYA 1OVHA 4LYCA 1GB2A 112LA 3G3VA 4OOOA 1JUGA 5LVHA 2LYZA 2DKVA 1L27A 1CX6A 3LZTA 4WM6A 1BQLY 241LA 1FKQA 1LWKA 2IGCA 5C6IA 1L01A 1L25A 3D9AC 1LSAA 1RCMA 3BKHA 1B5UA 1DKJA 4D9ZA 1B0DA 3CDVA 4FJRA 5I4YA 1GBSA 2HULA 1LJFA 4GCFA 1C43A 1L45A 2C8OA 176LA 4QGZA 2Q9DA 3P66A 1UIHA 3HTDA 5LAGA 4HPIA 2RBQA 2W1YA 5KXRA 1P3NA 3W6BA 1LHJA 5KXZA 4EKSA 5LAFA 1AKIA 4WG7A 2F47A 1C6GA 1L98A 1C6EA 1TCYA 1YL0X 239LA 1GEVA 3WUAA 4PPOA 3RU5A 2BQIA 3RW8A 4NGVA 2QB0B 3HTBA 3WYHA 4HTNA 156LA 5LVIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GXX A;  1T8A A;  2DQC Y;  171L A;  1L40 A;  1MLC E;  1IR8 A;  1GB9 A;  2QAR C;  1LZY A;  3GUN A;  2ZQ3 A;  4Z98 A;  1XSF A;  1IX0 A;  3AJN A;  2YVB A;  1L61 A;  1CVK A;  1C6K A;  3AW7 A;  2H9K A;  4EPF A;  1IC5 Y;  2YBJ A;  4AQN A;  4LT1 A;  1VAT A;  194L A;  1L23 A;  4I7K A;  3N9A A;  1LZ1 A;  1C6P A;  2FBD A;  3ZEK A;  1BB3 A;  5LZM A;  1DZB X;  152L A;  1XFP L;  3WPJ A;  206L A;  1L74 A;  1C6A A;  1WQO A;  2DQG Y;  3C8R A;  1C6H A;  1IP6 A;  1HEQ A;  4ZIX A;  2EPE A;  1IEE A;  3HT9 A;  1TBY A;  155L A;  1IR7 A;  4RLN A;  3QE8 A;  2BQA A;  4S0W A;  3LZ2 A;  2B74 A;  1UIB A;  3N9E A;  4XJD A;  4W51 A;  1L83 A;  4NHI A;  4PJ2 C;  2DQJ Y;  1LHL A;  1D3F A;  4N0J A;  4O34 A;  1JHL A;  4HV2 A;  1KY0 A;  4N1C C;  5APD A;  1ZVH L;  8LYZ A;  5B07 A;  1GDX A;  1B5V A;  1G07 A;  3VW7 A;  2AUB A;  4NWE A;  4WLX A;  1IP4 A;  1YKX X;  4WO9 A;  4TUN A;  1B7N A;  3HH5 A;  2WAR A;  161L A;  1IWV A;  1G0L A;  2MEI A;  3B0O A;  3KAM A;  2B70 A;  3DN3 A;  1HF4 A;  1L54 A;  5KXS A;  183L A;  111L A;  3HBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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