1L81A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINLVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l81A00
1L26A 1LGUA 1G06A 2HUKA 206LA 250LA 4PK0A 4I7RA 1C6PA 1L24A 2B70A 3DN4A 246LA 4IAPA 1EPYA 224LA 223LA 230LA 1L69A 3HTGA 3DN1A 233LA 1L40A 1QS5A 4S0WA 1G1VA 1OV7A 1QUDA 1T6HA 3DNAA 1L0KA 247LA 4ARMA 152LA 3EMLA 1PQKA 1L10A 2RBOA 1TLAA 1C6QA 226LA 172LA 3C7WA 1LGWA 239LA 2OTZX 3C81A 129LA 3C8QA 137LA 1C6LA 237LA 238LA 2RBNA 1PQMA 1T97A 3C83A 1C6CA 1T8FA 3F8VA 1P3NA 189LA 4GBRB 3GUNA 158LA 3GUPA 3HT8A 191LA 1D3MA 166LA 1LWKA 1L94A 1L68A 3HU8A 1L87A 217LA 1C63A 1XEPA 1G0QA 3SB9A 1C61A 1L41A 1G07A 1LI2A 103LA 2ANXA 170LA 2F2QA 1QUHA 2OE4X 4ARQA 3CDOA 1CV1A 3CDVA 1C68A 1T8AA 1L74A 215LA 4E97A 142LA 1P56A 249LA 1L22A 3CDRA 1DYDA 4ARPA 1L34A 240LA 1L62A 1L96A 184LA 1PQOA 1OVKA 3G3XA 3HTBA 216LA 1G1WA 3OE6A 3SBBC 1C6FA 4I7SA 2O79A 1CUQA 1L23A 104LA 1XJTA 214LA 1L93A 4YX7C 1DYAA 1OV5A 1P64A 1SSYA 3PDSA 4ARJA 1L02A 1LYDA 1L07A 126LA 1L92A 4DAJA 1C6TA 1L48A 1C6BA 4K5YA 7LZMA 162LA 1L98A 1DYBA 1L37A 3D4SA 1L77A 210LA 3HT7A 1OVJA 3HUKA 1QTHA 4I7KA 3DMVA 3V2YA 171LA 2RB2X 2RH1A 253LA 1KY1A 165LA 1QSBA 254LA 4W59A 1L35A 1C6JA 1L15A 155LA 1C6KA 156LA 1C6EA 3SBAA 3L64A 1C67A 1L46A 2OU0X 1C6DA 3QAKA 3SB5A 1CU0A 1CV0A 4I7JA 1L28A 2Q9EA 2OU9A 1D9WA 3CDQA 139LA 3FADA 144LA 1QT4A 4AQNA 1L20A 1L55A 1QT3A 1QUGA 4EKSA 1L30A 1LYJA 3F9LA 3SB6A 200LA 4EKQA 3V2WA 2B6XA 120LA 1QT5A 2F32A 1L72A 1G0LA 3RZEA 1PQDA 3HU9A 1CU2A 2L78A 261LA 2LC9A 1KNIA 192LA 1L56A 1L45A 173LA 1L03A 1L88A 1JTNA 195LA 1L85A 112LA 1DYCA 1G0GA 1P6YA 114LA 3UONA 1LPYA 3DKEX 219LA 4DJHA 3PBLA 1L18A 1QTCA 1L66A 3C82A 1L09A 3C8SA 1QTZA 157LA 2A4TA 241LA 1C6AA 1L19A 257LA 115LA 3GUOA 3HDEA 1G0MA 118LA 1CUPA 1L59A 209LA 1L33A 1D3NA 1QUOA 1L63A 4W53A 259LA 243LA 1ZWNA 122LA 1CX6A 3RUNA 260LA 1C6HA 1L60A 245LA 1L36A 3HT6A 2CUUA 1JTMA 3FA0A 212LA 1L38A 1L89A 6LZMA 3HH3A 5I14A 1KY0A 235LA 252LA 4YXCA 1L82A 1L54A 1CV6A 3VW7A 1C69A 1QTBA 1L73A 3HTDA 197LA 1OYUA 1LYHA 3CDTA 1D2YA 147LA 1C66A 1L83A 1QT8A 1C65A 4LZMA 151LA 227LA 1CVKA 3NY8A 4YXAC 1L57A 3NYAA 1CTWA 1L80A 1P5CA 2Q9DA 3LZMA 143LA 1KW5A 4GRVA 1L05A 1OWZA 175LA 4W54A 1L67A 2B6TA 149LA 1L99A 218LA 3C8RA 3HT9A 1QS9A 4EJ4A 2F47A 1L21A 3ODUA 1L04A 1QT6A 1G0KA 201LA 221LA 229LA 3GULA 1PQIA 199LA 187LA 1L14A 3HH4A 164LA 163LA 1L00A 181LA 4LDOA 3SN6R 1C6GA 1L31A 128LA 2RBQA 4EKPA 2B6ZA 4OO9A 1D3FA 1L97A 2RB0X 4I7MA 1LI6A 188LA 3OE9A 2NTHA 168LA 123LA 1CV4A 4I7NA 5LZMA 4DKLA 2LZMA 3GUMA 4EPIA 1C6NA 1L16A 1L12A 3DN2A 108LA 3C7ZA 1LW9A 1CU3A 1L76A 242LA 2LCBA 4ZPUA 2QARC 1LYFA 3HUQA 1P36A 4ARMB 2Z6BA 1L13A 4I7OA 2OU8A 1L0JA 3C7YA 177LA 107LA 110LA 2RBPA 102LA 1G0JA 182LA 3OE8A 213LA 220LA 2RAZX 1L86A 125LA 1QTDA 1SSWA 3G3WA 3DN3A 119LA 1L11A 1L29A 1L75A 186LA 1LGXA 1OVHA 4W55A 3SB7A 176LA 3HH5A 228LA 161LA 1LYGA 190LA 1L06A 4ARLA 251LA 3GUKA 3GUJA 185LA 234LA 1L44A 2RB1X 1QT7A 1PQJA 3DN0A 1L70A 1I6SA 236LA 1L51A 2OE7X 198LA 2B75A 1L17A 244LA 4W58A 140LA 1L47A 1L27A 1L25A 1C64A 1B6IA 3HWLA 4I7LA 1LYIA 4ARQB 1C60A 178LA 3DMZA 1ZURA 1T8GA 2NTGA 1L61A 1WTHA 1L43A 1NHBA 1L01A 1ZYTA 248LA 4W52A 113LA 2B73A 1L39A 159LA 1K28A 1DYGA 4W57A 1DYFA 127LA 2IGCA 205LA 1L79A 1L53A 1L95A 1L84A 111LA 4LDLA 3OE0A 2OTYX 2ANVA 183LA 1L71A 138LA 1SWZA 211LA 1LLHA 3JR6A 2HULA 180LA 2O4WA 1SX7A 222LA 160LA 150LA 231LA 3C80A 1L90A 1L64A 2RBRA 4EPFA 1CV5A 1LWGA 262LA 2B6YA 1P37A 3SB8A 2B74A 1P46A 4I7QA 1C6IA 1XJUA 1L49A 1L42A 3DMXA 3HH6A 4PJZA 2B72A 4I7PA 2B7XA 1LI3A 256LA 4LDEA 1KW7A 2QB0B 2OEAX 4EXMA 1D3JA 1D2WA 258LA 1L81A 1G0PA 225LA 2OE9X 169LA 1OWYA 3L2XA 131LA 4EKRA 167LA 1QSQA 3GUIA 196LA 3NY9A 130LA 232LA 1L65A 4W51A 2B6WA 3G3VA 1CX7A 3HDFA 1LYEA 1C6MA 3DN6A 1CU6A 1SWYA 1L58A 1L91A 1KS3A 1SX2A 1C62A 2O7AA 2RBSA 1JQUA 1QTVA 3DN8A 2RAYX 1CV3A 146LA 4I7TA 1P2LA 141LA 1P7SA 148LE 1DYEA 145LA 4W56A 3FI5A 1CU5A 2HUMA 255LA 3HUAA 1P2RA 1L08A 174LA 3K2RA 1L32A 1L50A 3HTFA 109LA 1L52A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXLA 4H9AA 3LYTA 1IP7A 1BB4A 4ML7A 1L69A 1YAPA 3HTGA 4LT2A 4NHQA 1G1VA 1OV7A 1T6HA 3DNAA 1TLAA 1C6QA 3C7WA 239LA 3C81A 237LA 2C8PA 3C83A 2XBRA 1C6CA 1P3NA 4GBRB 5L3HA 3GUPA 5E9RA 1YROA 3A67Y 3HU8A 1XEPA 1G0QA 1GF5A 3TMXA 4YF2A 1XEIA 1LJNA 1GBSA 2YBIA 1LI2A 2ANXA 4LFXA 170LA 2F4AA 1QUSA 1CV1A 1G7MC 2LZTA 1L74A 4DC4A 4E97A 1YANA 4XJDA 1D0KA 3WPJA 1P56A 4GCDA 1DYDA 4CHXA 1NBYC 1PQOA 4WM6A 1QDRA 1GB6A 2DQGY 1WVVA 2O79A 1XJTA 1LJKA 1P64A 2BQHA 4HTKA 1ZVHL 4B1AA 2CDSA 1UIFA 1LHHA 4M6DA 162LA 1L98A 1DYBA 1L37A 1LZ4A 3EBAB 1QTHA 1DXJA 171LA 5FHWA 165LA 2BQJA 3AJNA 1LJJA 1C6JA 1JTPL 4LYOA 2DQCY 2YSSC 1HFYA 5B06A 4YEOA 2ZIKA 1BB6A 3WPLA 3RU5A 1AT5A 3W6DA 2Z37A 2XQOA 1D9WA 1OUGA 3LYOA 2BQEA 3WW5A 144LA 4NSHA 2G4NA 3B72A 1QT3A 5T3FA 4H92A 1ZV5L 5B05A 3V2WA 1B0DA 5KXRA 2W1MA 1G0LA 1D9UA 2HEAA 4NGWA 1CU2A 2L78A 3HFMY 1KXXA 4HTQA 4WO6A 1L03A 2Z2EA 4DDBA 2FYCA 1A2YC 4B49A 1YL0X 3CT5A 3DKEX 4J1BA 4DJHA 3WUNA 1GB8A 1L66A 3OK0A 1L09A 4I0CA 3C8SA 1G7JC 157LA 1F6SA 241LA 1C6AA 1GFGA 1WQOA 3HDEA 1NKHA 1D0MA 6LYTA 1CKDA 1LSYA 243LA 1LZ9A 2BQNA 4WL7A 2ZQ3A 4NGKA 2BQOA 4KPMA 245LA 4WLDA 4NGJA 2ZNWY 4LT0A 1JTMA 212LA 1QTKA 4DD7A 1L38A 2BQMA 4L41A 5K7OA 5I14A 2W1XA 3HBDA 4YXCA 3ZVQB 3D3DA 3VW7A 5KXWA 1GXV2 1LSPA 1QTBA 1XGPC 1IP5A 1GDXA 1QT8A 1O23A 2XJWA 4GLVA 2RSCA 1HELA 4Z3MA 1IIZA 227LA 3AW7A 1L80A 143LA 4DQJA 4HSFA 4N5RA 4W54A 3W6BA 4H90A 2CJLA 5FCPA 149LA 3A6BY 1B5ZA 1OP9B 1BB3A 1OUBA 1QS9A 3RT5X 134LA 5LA8A 1L04A 1LZ1A 221LA 2EKSC 187LA 3A95A 4YENA 181LA 1UIEA 3SN6R 2BQLA 4H8YA 2RB0X 188LA 123LA 1JUGA 4I7NA 1GFKA 4FJRA 1C6NA 1HEWA 3C7ZA 1CKCA 1L76A 3K3TA 2A7DA 3A92A 2OU8A 1JSEA 110LA 4DD2A 182LA 1KIPC 1JKBA 4A7DA 1BVKC 1SSWA 5F14A 2G4QA 3DN3A 119LA 5LVGA 4G4HA 5KY1A 4NGOA 186LA 4NSGA 176LA 2EIZC 1L06A 2BQDA 4H8XA 5FSTA 3TMWA 4W96A 1I6SA 1H87A 208LA 198LA 2B75A 2HU1A 4H8ZA 2MEGA 1L47A 1T3PA 4CJ2A 4ARQB 1C60A 3RW8A 1L01A 113LA 3A93A 194LA 4W57A 3KAMA 4B0DA 1CJ8A 2IGCA 1LZAA 2Z2FA 3TXFA 3WPKA 1REYA 1L53A 5KKJA 1L84A 111LA 2OTYX 2HUBA 183LA 2VB1A 180LA 5II3A 4H94A 2O4WA 1P2CC 2HEEA 160LA 3WU9A 1L64A 1LWGA 3SB8A 1IOSA 1JJ1A 3P64A 4PHIA 4GN3A 1L42A 3HH6A 2B72A 4XJGA 4ETDA 4XJBA 4GN5C 1KW7A 4WM4A 3QY4A 1D3JA 1CNSA 1D0LA 1L81A 1HEPA 4WLTA 4EKRA 4LYTA 1LSFA 3GUIA 1IEEA 1YKZX 1LSAA 4NGYA 2LYOA 130LA 4HPEA 3CT0A 2B6WA 3G3VA 4II8A 1GAYA 3WVYA 4BAFA 3J4GA 3A6CY 1C62A 2O7AA 1QTVA 4TTDA 3SP3A 3FI7A 146LA 2ZYCA 1C45A 1HSWA 5IDDA 1LCNA 1GBXA 4N0JA 9LYZA 141LA 3TXDA 3LHMA 148LE 1DYEA 3CSRA 5APDA 3FI5A 1VDSA 255LA 1P2RA 1YKYX 3K2RA 3HTFA 4WM1A 1L52A 3WVXA 133LA 1L26A 1LGUA 193LA 1DKJA 1L24A 1NF5A 4IAPA 3DN1A 4S0WA 3A8ZA 4EMNA 4ARMA 4NGIA 1DQJC 3EMLA 2BAAA 1PQKA 1FLYA 1WTMA 2RBOA 172LA 129LA 4O34A 238LA 1IOTA 1T97A 1IP3A 4XJIA 158LA 1JITA 1FKVA 191LA 1GE4A 1TDYA 5LXWA 1LWKA 1QIOA 1L87A 3SB9A 5L3IA 4ZIXA 5I5QA 1REMA 1L41A 4XADA 5F81A 1QUHA 1YL1X 3B6LA 1T8AA 4LYCA 2D6BA 5B59A 215LA 1VDTA 3CDRA 1OVKA 3HTBA 1VEDA 4I7SA 4DD9A 5KXMA 3D9AC 1OV5A 2B5ZA 1MELL 4ARJA 1L02A 1LYDA 1L07A 1BWIA 4CFPA 1C6TA 2BQFA 5HLLA 4K5YA 7LZMA 2XTHA 3AGGG 3AYQA 1GHLA 1L77A 210LA 3HT7A 5M1YA 3G3AB 4I7KA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXL A;  4H9A A;  3LYT A;  1IP7 A;  1BB4 A;  4ML7 A;  1L69 A;  1YAP A;  3HTG A;  4LT2 A;  4NHQ A;  1G1V A;  1OV7 A;  1T6H A;  3DNA A;  1TLA A;  1C6Q A;  3C7W A;  239L A;  3C81 A;  237L A;  2C8P A;  3C83 A;  2XBR A;  1C6C A;  1P3N A;  4GBR B;  5L3H A;  3GUP A;  5E9R A;  1YRO A;  3A67 Y;  3HU8 A;  1XEP A;  1G0Q A;  1GF5 A;  3TMX A;  4YF2 A;  1XEI A;  1LJN A;  1GBS A;  2YBI A;  1LI2 A;  2ANX A;  4LFX A;  170L A;  2F4A A;  1QUS A;  1CV1 A;  1G7M C;  2LZT A;  1L74 A;  4DC4 A;  4E97 A;  1YAN A;  4XJD A;  1D0K A;  3WPJ A;  1P56 A;  4GCD A;  1DYD A;  4CHX A;  1NBY C;  1PQO A;  4WM6 A;  1QDR A;  1GB6 A;  2DQG Y;  1WVV A;  2O79 A;  1XJT A;  1LJK A;  1P64 A;  2BQH A;  4HTK A;  1ZVH L;  4B1A A;  2CDS A;  1UIF A;  1LHH A;  4M6D A;  162L A;  1L98 A;  1DYB A;  1L37 A;  1LZ4 A;  3EBA B;  1QTH A;  1DXJ A;  171L A;  5FHW A;  165L A;  2BQJ A;  3AJN A;  1LJJ A;  1C6J A;  1JTP L;  4LYO A;  2DQC Y;  2YSS C;  1HFY A;  5B06 A;  4YEO A;  2ZIK A;  1BB6 A;  3WPL A;  3RU5 A;  1AT5 A;  3W6D A;  2Z37 A;  2XQO A;  1D9W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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