1L81A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINLVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l81A00
246LA 4I7SA 3CDQA 1L61A 3F9LA 181LA 3EMLA 4LDEA 1L84A 251LA 3NYAA 3GUPA 1L57A 195LA 1L68A 1L60A 1QTBA 4W59A 1C6JA 3L64A 1DYEA 1C6TA 173LA 1PQOA 130LA 3C7YA 1L11A 1OWYA 1L92A 1CV5A 160LA 4W53A 2OE4X 259LA 1SWYA 1L28A 1L53A 1G1VA 1SX2A 2O4WA 3HDEA 3PDSA 2RAYX 166LA 4W55A 1L79A 129LA 186LA 3K2RA 1L83A 155LA 205LA 1OWZA 159LA 1L47A 1L52A 3OE6A 1LWKA 3DN8A 1LLHA 150LA 2IGCA 148LE 2B75A 229LA 218LA 1L37A 1L42A 115LA 200LA 1OVKA 228LA 4YXAC 3C82A 3G3VA 4W57A 4AQNA 1NHBA 4PJZA 119LA 172LA 170LA 1T6HA 164LA 4I7PA 1C6CA 256LA 1L36A 1JTMA 1QUDA 2OTZX 127LA 2B6ZA 3HTDA 2RAZX 1KY0A 2HUKA 2OTYX 1I6SA 247LA 128LA 1SWZA 6LZMA 3SB8A 213LA 1P2RA 111LA 3SB6A 2B70A 2OU8A 1L89A 3SN6R 1C65A 2RBQA 3DN2A 3FI5A 1L35A 1LI2A 1L13A 3HU9A 1L18A 1C6KA 1L27A 225LA 4DKLA 144LA 1L22A 254LA 1LYFA 1D9WA 138LA 1LI6A 1L90A 120LA 2OU9A 4S0WA 3GUMA 1L23A 1P64A 1L46A 3GUJA 192LA 1L26A 3HH6A 227LA 4ARMB 1C63A 1L54A 1G0LA 2A4TA 1LPYA 1QUOA 122LA 1L45A 162LA 1KNIA 163LA 1C6PA 103LA 4IAPA 1L02A 1ZURA 215LA 3CDRA 185LA 3DN0A 4YXCA 1QT6A 146LA 1CX6A 2F47A 1L94A 245LA 2Q9DA 1DYDA 104LA 2F2QA 2B6WA 4EPIA 1QT5A 3HT9A 4ARMA 244LA 3FADA 1LI3A 221LA 1PQIA 2B6TA 1L91A 1L15A 1L74A 3OE0A 1P37A 1L12A 4I7TA 3HTGA 1C6IA 3JR6A 1D3NA 2B6XA 2Z6BA 4W56A 184LA 1L25A 230LA 1D2WA 1L62A 1LYDA 1L51A 1C6LA 3DMVA 2OE9X 114LA 4E97A 226LA 4EKPA 1D3FA 1L29A 243LA 1C6DA 1TLAA 1C67A 149LA 252LA 1C6QA 261LA 2O7AA 4PK0A 1L99A 1C6BA 1L08A 110LA 1L38A 1QTZA 3G3XA 3UONA 178LA 242LA 4EKRA 125LA 1JTNA 139LA 3DN6A 142LA 2QARC 1L09A 1KS3A 2ANXA 2NTHA 1CV0A 4EKSA 141LA 1L63A 2RBRA 4I7QA 3HT6A 2RB1X 168LA 1LGXA 4GRVA 240LA 3GUNA 4EKQA 257LA 249LA 1L56A 236LA 3RZEA 1L66A 237LA 1T97A 3C80A 1L0JA 107LA 1CV4A 1P2LA 1CUPA 258LA 3HH4A 3GULA 1L31A 3DMXA 3F8VA 3G3WA 108LA 158LA 1K28A 1CUQA 231LA 102LA 1LYEA 1QT8A 2RB0X 1CU3A 123LA 1L44A 253LA 3C8QA 4I7KA 3HUKA 1QTDA 1ZYTA 1L24A 1L07A 4W51A 1KW5A 4ARQA 1C6HA 1LYGA 1PQDA 3SBBC 1L16A 156LA 1P46A 235LA 1L17A 147LA 112LA 3QAKA 1C62A 1QT7A 1L85A 2B6YA 3ODUA 1PQKA 3SBAA 2RBNA 3GUKA 1CU5A 145LA 262LA 1QSBA 2RBSA 4W54A 1QT3A 1G0MA 2OE7X 169LA 3LZMA 4I7OA 3CDOA 1G1WA 3C7WA 1L93A 1DYGA 2B74A 4I7LA 1L00A 189LA 1B6IA 1PQJA 4ARJA 206LA 1CX7A 4DAJA 212LA 3C8SA 1L33A 1D3MA 198LA 1L76A 167LA 1KY1A 1L04A 190LA 1L72A 1CU6A 1P3NA 1L95A 232LA 1QUGA 3HH3A 1T8AA 210LA 2HULA 1G0QA 3V2WA 165LA 3CDVA 1LGUA 3HUAA 1L01A 209LA 220LA 1XJTA 1G06A 1L75A 2Q9EA 2OEAX 1L73A 2B7XA 1L88A 4YX7C 4I7JA 211LA 182LA 174LA 1L14A 4I7MA 1LYHA 2L78A 4DJHA 1L19A 1CU2A 3DKEX 3OE9A 1L43A 234LA 1C6EA 3DN1A 1C6AA 3NY9A 187LA 1QSQA 2F32A 3HDFA 1XEPA 248LA 201LA 1DYFA 4W58A 3SB5A 3DN3A 2B73A 3VW7A 1L97A 118LA 1CVKA 3HUQA 1L86A 2ANVA 171LA 1L41A 3HWLA 1L03A 1C69A 260LA 223LA 1LYIA 143LA 1L87A 1T8FA 1L48A 1C64A 3DMZA 222LA 4LZMA 1PQMA 3OE8A 1C66A 2O79A 3CDTA 1CV6A 1L21A 1P5CA 233LA 4I7RA 1L39A 1C60A 255LA 1L59A 4ZPUA 5LZMA 1ZWNA 1L34A 137LA 199LA 4ARQB 1XJUA 188LA 3DNAA 177LA 1C61A 2CUUA 1JQUA 109LA 1L64A 1L70A 180LA 1L58A 1LYJA 3HTFA 3V2YA 5I14A 1G0KA 4LDOA 216LA 4EPFA 131LA 1L96A 1OVHA 1L50A 1L40A 1L80A 1L82A 2LCBA 1QTHA 2RH1A 3FA0A 1P36A 1SSYA 1LGWA 1L55A 2QB0B 157LA 1DYBA 4EJ4A 140LA 1QTVA 1L77A 3C7ZA 1L98A 4EXMA 1WTHA 1LW9A 3HH5A 238LA 2RBOA 217LA 1L10A 1LWGA 3C81A 1SX7A 1DYCA 2LZMA 239LA 161LA 241LA 1CV3A 1L0KA 1L65A 4ARPA 214LA 4ARLA 3RUNA 1SSWA 4I7NA 1C68A 1C6GA 1QTCA 1G0JA 7LZMA 1L06A 1QS9A 1G0PA 2RBPA 3GUOA 197LA 1OVJA 1OYUA 2OU0X 1CTWA 1OV5A 1OV7A 113LA 3SB7A 1P56A 1KW7A 2RB2X 1L49A 151LA 1G0GA 3HT8A 1CU0A 183LA 1CV1A 1L69A 1DYAA 1L71A 250LA 2B72A 3NY8A 4OO9A 1L81A 196LA 3D4SA 1P7SA 191LA 4K5YA 3C83A 4GBRB 1QS5A 1D2YA 2LC9A 4W52A 219LA 1T8GA 2NTGA 3C8RA 4LDLA 3HTBA 1D3JA 1C6MA 1EPYA 1L32A 1QT4A 3GUIA 3PBLA 3SB9A 3HU8A 3DN4A 1L30A 1QUHA 224LA 1L67A 126LA 1G07A 1P6YA 175LA 1L05A 2HUMA 3HT7A 176LA 1C6NA 1L20A 3L2XA 1C6FA 152LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
8LYZA 5B59A 3IJVA 4HP0A 3TMVA 1L57A 3WXTA 4HJZA 1L68A 1UA6Y 3ZEKA 2YBIA 5KXYA 3RW8A 3FI7A 4DDCA 1YIKA 1JISA 5B1GA 5E4PA 1L11A 4GN5C 3CSRA 3QNGA 259LA 5A3EA 1IVMA 1LSNA 4QEQA 166LA 2MEBA 1LSGA 1L79A 1BVKC 1SLYA 1REXA 1LMQA 1GB7A 3WUAA 1NDGC 3DN8A 1EQ4A 1OUFA 150LA 1NQIA 200LA 2BQJA 228LA 3G3VA 5I4WA 1GD6A 1JTMA 1YAOA 2BQDA 3A90A 3P4ZA 3ZVQB 2RAZX 1OUEA 2OTYX 3AGHA 4BAFA 128LA 1GFUA 3SB8A 1P2RA 1RI8B 1WQNA 3J4GA 2HU1A 5FHWA 1L89A 2DQHY 3LYTA 5APDA 2RBQA 3FI5A 5B06A 1LI2A 1WVUA 1L18A 1UIBA 4DKLA 1L22A 1IO5A 1C7PA 1LYFA 3D3DA 4AXTA 2OU9A 1NBYC 4S0WA 1L46A 2D6BA 1DZBX 4HTNA 227LA 1GE0A 1HEOA 3AGGG 1KNIA 4TSBA 163LA 5D5FA 1QT6A 245LA 1GBSA 1YANA 1UCOA 1LPIA 1DQJC 4ZFPA 3EXDA 1YAMA 1LI3A 1UIHA 2VB1A 4XJHA 1PQIA 4H9IA 1L74A 3OE0A 1P37A 4I7TA 1IWXA 3HTGA 2MEIA 3GXKA 3JR6A 3AW6A 5M1YA 4W56A 1LYDA 1LMOA 4IASA 4E97A 4CGEA 1D3FA 4N1EI 1C6DA 1C67A 2Z12A 149LA 252LA 1CKCA 1L99A 1C6BA 1L08A 1L38A 1QTZA 4DD0A 4RLMA 4EKRA 2FYCA 139LA 1G7JC 142LA 2W1LA 1KS3A 2NTHA 4UWNA 1B5VA 141LA 4N8ZA 1UBZA 168LA 1GFKA 4WM5A 2H9JA 2I25L 1AM7A 5LVKA 1LHJA 1D6PA 3C80A 107LA 1GBXA 1B0DA 4TUNA 258LA 4NWEA 1L31A 2HEEA 5I4YA 2RSCA 1KXWA 2RB0X 1CU3A 1I20A 5HNCA 208LA 2XTHA 1L07A 4LZTA 2F4GA 4LGKA 4W51A 4NGOA 1GBWA 1LZDA 4ARQA 1C6HA 4PHIA 156LA 1P46A 4NHIA 112LA 1C62A 1QT7A 1L85A 4AGAA 1B7SA 1PQKA 4LT2A 5I54A 4NSJA 1TDYA 1G0MA 169LA 2DQEY 3C7WA 5LYTA 4EOFA 1B6IA 1PQJA 4ARJA 2W1XA 3C8SA 2YBNA 1L33A 1D3MA 1AZFA 4M4OA 1CJ9A 232LA 1QUGA 1LHIA 3HH3A 1T8AA 2G4PA 3F6ZA 1OUHA 1L01A 2AUBA 4GCDA 1G06A 3BKVA 2W1MA 7LYZA 1IOTA 1L88A 4CFPA 1NDMC 1QSWA 1L14A 2BQBA 4I7MA 4WL6A 4LYOA 1JJ3A 2X0AA 5LYMA 1L43A 207LA 4ET9A 2F32A 1XEPA 201LA 1DYFA 2BLXA 3DN3A 4ANRA 1A2YC 1FLWA 4DC4A 1REZA 260LA 4WM2A 2YBLA 5FELA 4XADA 1YQVY 2G4QA 1LMNA 1L87A 4HTKA 1C64A 3P65A 4LZMA 1LZEA 3OE8A 1CV6A 3AZ6A 3M18B 3WPLA 255LA 3TXKA 4TSCA 1ZWNA 1KXXA 1XJUA 5HNLA 5ILFA 4H9HA 4X3BA 4Z3MA 2DQIY 1T3PA 1LSEA 1V7SA 109LA 1L64A 2DQJY 1L58A 2HEFA 1IC7Y 1L40A 1L80A 1HEMA 3FE0A 1GFJA 1LJ3A 1SSYA 1YL0X 1L55A 1DYBA 1QTVA 1LJGA 1HFYA 3WPKA 1GB8A 3C81A 1DYCA 161LA 1HSWA 5FDJA 2BQEA 214LA 1OUGA 4ARLA 3RUNA 1C6GA 1GXV2 1JJ0A 4FJRA 7LZMA 4RW2A 1G0PA 2RBPA 3ATOA 3D9AC 4NGVA 2OU0X 113LA 2ZQ3A 5LA8A 4QGZA 2RB2X 1LZTA 4WM6A 1L49A 1G0GA 3HT8A 1CV1A 1L69A 1L71A 1DYAA 3NY8A 5C6IA 4W94A 1L81A 1YAQA 4GBRB 1LJIA 2D91A 1HFXA 4HV2A 1HEQA 4GN4A 1T8GA 4ETCA 2HU3A 4LDLA 2Z2FA 3AGIA 1QT4A 1GB3A 4NG1A 3P68A 224LA 4H9AA 4C3WA 3LHMA 1G7LC 2HUMA 3HT7A 3TXFA 1L20A 3L2XA 2DQGY 1L61A 4LDEA 1L84A 251LA 3NYAA 3WUNA 3GUPA 1HMKA 1IY4A 132LA 1QTBA 1C6JA 1GAYA 4N9RA 1FLQA 2IFFY 3GXRA 1PQOA 3C7YA 4NHQA 4YENA 1GFGA 1GFHA 2OE4X 3A96A 1L28A 1G1VA 1SX2A 2O4WA 3PDSA 4W55A 129LA 186LA 2XQOA 155LA 205LA 3N9EA 5KKIA 3ATNA 4TX7A 148LE 2B75A 229LA 1B7LA 2LZ2A 2ZIJA 3C82A 1NHBA 4HJVA 119LA 1XGQC 164LA 4I7PA 1OP9B 1C6CA 256LA 5KXMA 1L36A 2OTZX 3QE8A 4GCEA 1HF4A 3CT1A 3TMXA 1SWZA 6LZMA 111LA 3G3AB 2OU8A 5F9XA 194LA 1LZYA 4NHPA 1L35A 3HU9A 4KXIA 1L27A 2HTXA 138LA 120LA 1GFRA 1L23A 1P64A 1LMPA 3HH6A 192LA 3WVYA 4ARMB 5KXLA 1G0LA 5LINA 1FKQA 1D0LA 122LA 1L45A 2EPEA 2BQOA 4G4HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 8LYZ A;  5B59 A;  3IJV A;  4HP0 A;  3TMV A;  1L57 A;  3WXT A;  4HJZ A;  1L68 A;  1UA6 Y;  3ZEK A;  2YBI A;  5KXY A;  3RW8 A;  3FI7 A;  4DDC A;  1YIK A;  1JIS A;  5B1G A;  5E4P A;  1L11 A;  4GN5 C;  3CSR A;  3QNG A;  259L A;  5A3E A;  1IVM A;  1LSN A;  4QEQ A;  166L A;  2MEB A;  1LSG A;  1L79 A;  1BVK C;  1SLY A;  1REX A;  1LMQ A;  1GB7 A;  3WUA A;  1NDG C;  3DN8 A;  1EQ4 A;  1OUF A;  150L A;  1NQI A;  200L A;  2BQJ A;  228L A;  3G3V A;  5I4W A;  1GD6 A;  1JTM A;  1YAO A;  2BQD A;  3A90 A;  3P4Z A;  3ZVQ B;  2RAZ X;  1OUE A;  2OTY X;  3AGH A;  4BAF A;  128L A;  1GFU A;  3SB8 A;  1P2R A;  1RI8 B;  1WQN A;  3J4G A;  2HU1 A;  5FHW A;  1L89 A;  2DQH Y;  3LYT A;  5APD A;  2RBQ A;  3FI5 A;  5B06 A;  1LI2 A;  1WVU A;  1L18 A;  1UIB A;  4DKL A;  1L22 A;  1IO5 A;  1C7P A;  1LYF A;  3D3D A;  4AXT A;  2OU9 A;  1NBY C;  4S0W A;  1L46 A;  2D6B A;  1DZB X;  4HTN A;  227L A;  1GE0 A;  1HEO A;  3AGG G;  1KNI A;  4TSB A;  163L A;  5D5F A;  1QT6 A;  245L A;  1GBS A;  1YAN A;  1UCO A;  1LPI A;  1DQJ C;  4ZFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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