1L82A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINLVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l82A00
199LA 111LA 218LA 1C66A 224LA 3HH6A 3SB5A 3GUMA 2OU9A 3L64A 1L94A 176LA 1C6EA 1QUDA 4I7JA 1DYFA 4W53A 1CV5A 1L47A 1L80A 1G0PA 4EKRA 1L48A 3UONA 4PK0A 1P2LA 3CDTA 131LA 168LA 1L55A 143LA 1XJUA 1L23A 195LA 1P37A 1C68A 1L18A 1L79A 2B73A 3K2RA 156LA 225LA 1L28A 1T8GA 1G1WA 1C6CA 1L85A 245LA 3JR6A 1LI6A 1C6KA 114LA 1LYDA 2F47A 3SBAA 1D3JA 1L12A 4I7LA 211LA 1L72A 1L62A 3G3XA 3QAKA 1L45A 1WTHA 139LA 4DKLA 1LYEA 226LA 151LA 219LA 209LA 2B75A 181LA 1L41A 150LA 1C64A 3HU8A 108LA 1QS5A 174LA 1L64A 1EPYA 1LGUA 3HT8A 2OTZX 1QS9A 256LA 247LA 3HH3A 1DYAA 4LZMA 129LA 3GUJA 4ARPA 1QSBA 1P3NA 233LA 1G1VA 2F32A 1QT7A 2RBQA 1P64A 3HDEA 4I7PA 2B6TA 4I7MA 1C6GA 1L76A 1CX6A 3C7ZA 1OYUA 2RH1A 3D4SA 1ZURA 3G3WA 3OE6A 1P6YA 184LA 1L59A 4EKQA 1C6TA 113LA 3DMVA 4E97A 118LA 1L17A 3G3VA 1G06A 1LWGA 1KNIA 1CV3A 4I7RA 1D3MA 102LA 3HWLA 1L39A 1L97A 257LA 4EPFA 1L84A 1LPYA 1SSWA 229LA 3NY8A 1L24A 1L66A 2RAYX 3C8RA 1LYIA 1PQOA 1KW5A 3DN2A 3C83A 1L40A 4I7NA 164LA 242LA 4GBRB 1P46A 1LLHA 1L51A 205LA 228LA 2B7XA 197LA 161LA 3C80A 1L50A 3SBBC 1L34A 1C6DA 3DN8A 3C8SA 2LZMA 2B70A 2QARC 1L27A 141LA 244LA 6LZMA 1D2WA 1LYFA 252LA 3CDQA 1L61A 243LA 1CX7A 1L11A 1SSYA 122LA 4ARQB 1DYEA 1OVKA 1CTWA 1L87A 1LI2A 170LA 4I7TA 1L99A 2Z6BA 1QUHA 1D9WA 1L08A 1C65A 110LA 1QUGA 3DMXA 115LA 1C6MA 237LA 1G0KA 2IGCA 187LA 258LA 2RBSA 4ARMA 261LA 1L0KA 175LA 232LA 1OV7A 227LA 2Q9DA 1L0JA 1KY0A 3OE8A 4W57A 1DYBA 1C63A 4PJZA 254LA 163LA 2OE7X 216LA 1I6SA 1G07A 3LZMA 3HTFA 3DN3A 3GULA 223LA 3HT7A 3SN6R 1L65A 240LA 3SB6A 1L52A 128LA 4I7OA 1C67A 4IAPA 2NTGA 1CV6A 1OWYA 2CUUA 152LA 234LA 4DJHA 138LA 2B6WA 1C69A 1SWYA 221LA 3V2WA 145LA 1DYDA 1D2YA 1L83A 1B6IA 1LGWA 2RBRA 3FA0A 1QT6A 1ZWNA 3RUNA 3SB9A 171LA 235LA 210LA 1L89A 2OU8A 4OO9A 1OWZA 3F9LA 1QT5A 1L69A 3FI5A 2OTYX 1SX7A 2HUMA 160LA 1L20A 1C6BA 157LA 1L77A 4ZPUA 1L30A 1G0JA 2OE4X 3VW7A 1L70A 3HTDA 1L36A 192LA 1LGXA 142LA 3HT9A 1L00A 2O7AA 1P36A 1T8FA 3GUKA 1LYHA 1PQDA 1QTBA 2QB0B 4LDEA 165LA 4I7KA 1CVKA 2LCBA 1C6FA 1L19A 1CU6A 123LA 1G0GA 1L56A 1P56A 1L09A 1T8AA 3EMLA 259LA 3C81A 4EPIA 7LZMA 1L07A 1K28A 1XJTA 239LA 2B74A 2NTHA 1L42A 1CV4A 2B6YA 1CUPA 5LZMA 4W59A 185LA 1OV5A 241LA 2HUKA 1QT4A 3OE0A 1L88A 2RBOA 159LA 4EJ4A 1L95A 4YXCA 1JTMA 1L81A 3DN4A 1L75A 2A4TA 182LA 120LA 1L25A 4YX7C 1L86A 1L04A 1L14A 1CU3A 1L90A 214LA 4W55A 1L49A 127LA 3DN0A 4K5YA 173LA 1OVHA 2RBNA 3CDVA 1XEPA 104LA 3C7YA 119LA 190LA 3SB7A 4LDOA 3FADA 1L16A 1C6PA 140LA 183LA 137LA 2B6ZA 3C8QA 1L93A 2B72A 125LA 1CU0A 1PQMA 1L57A 167LA 1DYGA 1PQIA 191LA 1C6HA 3HT6A 3PBLA 2RB0X 1L54A 4I7SA 1TLAA 1PQJA 178LA 2RAZX 1L29A 1CV1A 2Q9EA 196LA 3CDOA 1SX2A 3GUIA 149LA 3PDSA 1CV0A 1L60A 249LA 2RBPA 1L35A 1L32A 215LA 109LA 1C6QA 3C82A 2F2QA 1L96A 1L06A 3GUPA 1C6LA 4YXAC 1G0MA 1QT3A 1QSQA 1L21A 1L31A 177LA 213LA 220LA 198LA 1JQUA 3HTGA 1D3FA 3HDFA 1L73A 248LA 2O79A 3HUKA 4DAJA 3CDRA 4W56A 1L67A 3HU9A 1PQKA 146LA 1L22A 1P7SA 3NYAA 1L92A 1QT8A 4I7QA 236LA 201LA 4W51A 3C7WA 1L13A 1C6IA 4EXMA 4W58A 4ARQA 1L53A 3DN6A 1QTVA 1P2RA 1L63A 103LA 1L74A 1LYGA 1QUOA 3RZEA 158LA 1P5CA 260LA 3DN1A 144LA 1QTCA 1L38A 4W54A 1L03A 1SWZA 1L01A 3HH4A 112LA 1QTDA 3HH5A 186LA 230LA 3GUNA 2OU0X 1L33A 3HUAA 2RB2X 2ANVA 251LA 1L05A 1L15A 1L43A 2B6XA 255LA 200LA 4ARMB 2ANXA 1QTZA 3NY9A 1QTHA 3DKEX 1L91A 1LYJA 3DMZA 238LA 5I14A 2O4WA 1CUQA 162LA 1T6HA 1L71A 1KS3A 3L2XA 3HUQA 1T97A 189LA 1L37A 1L46A 1CU5A 2L78A 1OVJA 1L10A 1L98A 2RB1X 2OEAX 180LA 4ARLA 1L58A 4EKSA 1C6NA 246LA 1NHBA 4LDLA 126LA 1C6JA 1L68A 1LW9A 1CU2A 212LA 188LA 1L82A 155LA 1KY1A 3F8VA 4GRVA 2HULA 4ARJA 148LE 3GUOA 4S0WA 130LA 4AQNA 1C62A 222LA 206LA 1C60A 3V2YA 2LC9A 231LA 1C61A 166LA 1L02A 262LA 1G0QA 1JTNA 3HTBA 1LI3A 4EKPA 107LA 147LA 1ZYTA 1L26A 217LA 1D3NA 250LA 4W52A 1G0LA 253LA 3SB8A 1C6AA 3DNAA 1LWKA 2OE9X 3ODUA 3OE9A 1L44A 172LA 1KW7A 169LA 1DYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
199LA 111LA 218LA 4OWBA 1C66A 4KPMA 3HH6A 3GUMA 3RU5A 3W6DA 2Z37A 1B5UA 1YL0X 2OU9A 3L64A 3HBHA 1C6EA 4I7JA 1DYFA 1L80A 1L47A 1XEIA 4EKRA 4NSIA 1GBZA 5ILFA 3AW7A 1B7PA 4AGAA 3RZ4A 1B7RA 143LA 4GCCA 1C68A 1JKBA 4MR1A 1IOCA 1BQLY 1L28A 2BLYA 1JKCA 2F47A 4LT2A 1OUAA 2D4JA 1L45A 1WTHA 4DKLA 226LA 151LA 2DQFC 209LA 2B75A 2F2NA 4CHXA 1UIDA 4QY9A 3HU8A 9LYZA 1LSMA 1QS5A 1G7HC 4YEOA 1EPYA 3AW6A 1LMNA 3HT8A 1QS9A 4B49A 1DYAA 1YAQA 1CNSA 4LZMA 1QSBA 1IP7A 1HERA 1QT7A 2RBQA 1VDTA 4I7MA 5B1GA 1LZTA 5L3IA 5E4PA 3OE6A 1LJGA 4NHSA 1AM7A 1L59A 4EKQA 4OWHA 3N9AA 4PPOA 1KNIA 1CV3A 1INUA 1OQMA 1REZA 1VDQA 3GXKA 1T3PA 4EPFA 1L66A 3EXDA 4CFOA 1KW5A 3DN2A 3EMSA 1L40A 4J7VA 5LVIA 2HU1A 242LA 1P46A 1LLHA 205LA 2B7XA 5LVGA 1JTPL 4BAPA 153LA 1KXXA 3C80A 1L50A 1LMCA 5A3ZA 3EBAB 4P2EA 1ALCA 141LA 244LA 4OW1A 243LA 5B59A 4N9RA 2Z38A 1CX7A 1OUBA 122LA 1TBYA 1LMPA 5B1FA 1L99A 1J1XY 2G4QA 1GE0A 1D6PA 3TXKA 1C65A 3N9CA 3DMXA 1C6MA 1LPIA 4H94A 3RW8A 5DL9A 232LA 1L0JA 1GPQC 4W57A 1C63A 254LA 2OE7X 1YANA 223LA 1LSEA 3SP3A 1L65A 1LSPA 2F4AA 3A95A 234LA 1LZSA 4DJHA 4NGKA 1C69A 4WG7A 221LA 2PC2A 1DYDA 4H9EA 1LGWA 2RBRA 1QT6A 2HEEA 1JPOA 4WM5A 5F16A 4DT3A 235LA 2XBRA 4OO9A 1G7LC 3F9LA 1WVUA 1SX7A 4NG8A 4NSGA 1GE2A 1P2CC 2DQIY 4L41A 3HFMY 3HTDA 1L00A 4J1BA 3P65A 1Z55A 1P36A 1LYHA 4NGZA 2EQLA 4LDEA 4R0FA 165LA 1GFUA 3W3EA 1C6FA 1L19A 1G0GA 2BQEA 1NWGA 3EMLA 7LZMA 2BAAA 1L07A 208LA 2B6YA 5LZMA 1GFVA 4LGKA 1L88A 2RBOA 3TXEA 1QSWA 3DN4A 2A7FA 4ETDA 6LYZA 1L75A 3WH1A 1DPXA 4YX7C 1GBSA 1L04A 1GF8A 1L90A 1GF3A 1L49A 1GWDA 4DD2A 3CDVA 2Z12A 104LA 2G4PA 119LA 1JJ1A 140LA 3WXUA 1PQMA 3CT5A 1YIKA 1DYGA 191LA 1C6HA 3HT6A 3PBLA 4XN6A 3W6EA 1LMTA 1IP5A 1FKQA 178LA 2RAZX 1NHEA 1IWZA 1V7TA 5B07A 4CJ2A 2Q9EA 4J1AA 1KXYA 1JTOL 196LA 1NF5A 4DQ7A 3CDOA 5KXYA 1SX2A 149LA 1CV0A 1L60A 1IP4A 1L35A 1L32A 1OUEA 2H9JA 215LA 1HENA 2F2QA 3LYMA 5A3EA 4MSTA 4IATA 1C6LA 2BQJA 2MEIA 4YXAC 1VDSA 4ZIXA 2DKVA 2DQGY 1AZFA 5EBHA 3HDFA 2LZ2A 2O79A 4DQ5A 3CDRA 4DYGA 1DI5A 1LSNA 3HU9A 1DZBX 5DLAA 1LJ4A 5I54A 1GFHA 1HC0A 3G3AB 4NGLA 3NYAA 4I7QA 4PGJB 4QDNA 201LA 1C6IA 134LA 3FE0A 4ARQA 5I53A 1L53A 1P2RA 1LHMA 103LA 4B0DA 3RZEA 193LA 4WM1A 1CKCA 3CQLA 2CJLA 1IO5A 5B05A 4TTDA 1SWZA 207LA 4DDCA 4H9FA 112LA 1QTDA 1L15A 1L43A 2B6XA 255LA 4ARMB 1QTZA 1LJIA 2MEAA 1UACY 4LYBA 3DMZA 5I14A 2RSCA 2I25L 1YKXX 2O4WA 5KXPA 1CUQA 1T6HA 1L71A 4XJGA 5ILCA 3WVYA 1LZ9A 1L10A 1L98A 1LHJA 1NMMA 1LHIA 4DD1A 180LA 1L58A 3WPKA 4EKSA 246LA 1IR9A 126LA 4DDBA 1CU2A 1LOZA 2DQHY 3GUOA 1C62A 1LJEA 1EQ5A 4H8ZA 1LI3A 4EKPA 107LA 1ZYTA 2MECA 3WUMA 4WL6A 3ODUA 1L44A 172LA 1UIEA 5KXXA 1DPWA 224LA 1B2KA 4W53A 5DN4A 1IEEA 1L48A 4LFXA 1GB2A 4ETAA 1XJUA 195LA 1LZ6A 1P37A 2BQKA 1N4FA 7LYZA 156LA 5LA5A 1BGIA 1GFTA 1LMQA 1LI6A 3TXGA 1LSBA 1LYDA 4NG1A 3SBAA 2A7DA 211LA 2X0AA 1B7MA 1O23A 1YROA 2YBHA 4DWXA 1BB3A 2Z18A 1RFPA 1LZAA 3ATNA 219LA 3EO5A 4LYCA 1IWTA 3ULRA 1C64A 5IDDA 4HPIA 1XEKA 1L64A 1LGUA 5KJ9A 2OTZX 256LA 247LA 1KXWA 3HH3A 3AGHA 3GUJA 4ARPA 3ZVQB 2ZQ4A 2DQAA 4GN5C 5FDJA 1P64A 3HDEA 1IY3A 3C7ZA 2FBDA 2C8PA 3VWOA 4NFVA 1VFBC 1BWHA 3P66A 3DMVA 5KXKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 199L A;  111L A;  218L A;  4OWB A;  1C66 A;  4KPM A;  3HH6 A;  3GUM A;  3RU5 A;  3W6D A;  2Z37 A;  1B5U A;  1YL0 X;  2OU9 A;  3L64 A;  3HBH A;  1C6E A;  4I7J A;  1DYF A;  1L80 A;  1L47 A;  1XEI A;  4EKR A;  4NSI A;  1GBZ A;  5ILF A;  3AW7 A;  1B7P A;  4AGA A;  3RZ4 A;  1B7R A;  143L A;  4GCC A;  1C68 A;  1JKB A;  4MR1 A;  1IOC A;  1BQL Y;  1L28 A;  2BLY A;  1JKC A;  2F47 A;  4LT2 A;  1OUA A;  2D4J A;  1L45 A;  1WTH A;  4DKL A;  226L A;  151L A;  2DQF C;  209L A;  2B75 A;  2F2N A;  4CHX A;  1UID A;  4QY9 A;  3HU8 A;  9LYZ A;  1LSM A;  1QS5 A;  1G7H C;  4YEO A;  1EPY A;  3AW6 A;  1LMN A;  3HT8 A;  1QS9 A;  4B49 A;  1DYA A;  1YAQ A;  1CNS A;  4LZM A;  1QSB A;  1IP7 A;  1HER A;  1QT7 A;  2RBQ A;  1VDT A;  4I7M A;  5B1G A;  1LZT A;  5L3I A;  5E4P A;  3OE6 A;  1LJG A;  4NHS A;  1AM7 A;  1L59 A;  4EKQ A;  4OWH A;  3N9A A;  4PPO A;  1KNI A;  1CV3 A;  1INU A;  1OQM A;  1REZ A;  1VDQ A;  3GXK A;  1T3P A;  4EPF A;  1L66 A;  3EXD A;  4CFO A;  1KW5 A;  3DN2 A;  3EMS A;  1L40 A;  4J7V A;  5LVI A;  2HU1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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