1L82A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINLVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l82A00
3HU9A 212LA 187LA 1L34A 3DN2A 102LA 3FA0A 1C6EA 1C63A 3CDOA 4ARPA 6LZMA 1L08A 1P64A 1QSBA 104LA 1ZWNA 130LA 2RB0X 1L73A 168LA 4EKSA 1PQIA 201LA 1QTBA 3CDRA 192LA 1QTHA 1L77A 2L78A 3C82A 183LA 1LGUA 1G0GA 4I7LA 1L64A 2OU0X 1P36A 1L33A 4LZMA 3DMZA 2HUKA 112LA 1L24A 3HDEA 4EPIA 1L02A 3DN6A 3HUAA 4YXCA 1L32A 1PQDA 3DNAA 1CU6A 3HH5A 3UONA 4W56A 1L53A 1KW5A 1LWKA 1QUHA 222LA 3GUNA 1L67A 1XJUA 2RBSA 1QT4A 1C6FA 2O4WA 3V2YA 246LA 248LA 1L17A 139LA 1TLAA 3L64A 206LA 4EKPA 244LA 1L74A 1C6GA 5I14A 1T97A 2RBNA 4PK0A 3FADA 2OE4X 3OE6A 1OV5A 1B6IA 1G0LA 1L89A 1QUGA 3HTFA 1G0KA 3GUJA 118LA 1D2YA 1DYDA 1L38A 1LI3A 2QARC 3VW7A 3HTBA 1LYJA 1L49A 146LA 157LA 4EXMA 1L43A 216LA 1KY1A 147LA 2RBPA 123LA 1CU3A 224LA 2NTHA 1L60A 1L05A 1CV3A 1L09A 1KW7A 211LA 125LA 1QUDA 1L99A 253LA 251LA 2B70A 1L72A 1CVKA 1L52A 3C8RA 1OVJA 1T8AA 1EPYA 4DJHA 195LA 1LWGA 1L40A 4ARLA 1T8GA 3K2RA 126LA 3HDFA 1CV4A 1KNIA 1LLHA 1T8FA 1P3NA 107LA 1DYAA 1C6KA 3RUNA 2LC9A 3DN8A 169LA 172LA 237LA 173LA 127LA 243LA 4K5YA 1L75A 3DKEX 143LA 1G06A 3HU8A 1L71A 1L13A 233LA 3C80A 4I7JA 2RB1X 167LA 3C7WA 148LE 1SX2A 4GBRB 4W51A 1L58A 145LA 3CDQA 185LA 144LA 257LA 1C69A 2B73A 2IGCA 3SB8A 4OO9A 1DYGA 3HH4A 1CTWA 3V2WA 1L35A 200LA 103LA 1L0JA 4EJ4A 4YX7C 262LA 1L76A 1L94A 1OVKA 1QTZA 247LA 3D4SA 3HUKA 4LDLA 1P2LA 1L68A 228LA 1CV1A 1G07A 4W58A 3OE8A 2B75A 131LA 1SSYA 3GUOA 3NY9A 180LA 1L0KA 1C67A 5LZMA 196LA 1L85A 1L10A 1K28A 2B7XA 7LZMA 4I7RA 1SSWA 4DKLA 1C64A 1DYBA 2OTYX 1LYEA 1I6SA 1L97A 186LA 2LCBA 4ARMB 4ARMA 4I7KA 2OTZX 1L81A 1L03A 4LDEA 165LA 217LA 3G3XA 113LA 1QTVA 1CU5A 4I7TA 250LA 4I7PA 1L19A 152LA 1D9WA 1L06A 1DYCA 198LA 150LA 1L65A 4IAPA 1CU0A 111LA 1CX6A 1LI6A 1CV5A 1L30A 2OU9A 142LA 3HH6A 1PQMA 254LA 3SN6R 115LA 159LA 259LA 1L27A 2O79A 1DYEA 1L42A 2HULA 2OU8A 4W53A 1KY0A 1CV0A 1L18A 2B6WA 245LA 199LA 3HT6A 1L45A 4I7MA 1OYUA 129LA 156LA 1L14A 1L16A 1L11A 1L87A 1C6TA 255LA 1QS5A 3F9LA 3HTDA 1L62A 1C6LA 128LA 3NY8A 3SBAA 241LA 174LA 2RBOA 1L88A 140LA 1JTNA 1OVHA 1QS9A 190LA 1T6HA 175LA 221LA 1G0QA 1P7SA 1C6DA 1L50A 160LA 1LW9A 1QUOA 210LA 4I7OA 1QT7A 1C6BA 3SB7A 1D3JA 1LYFA 151LA 2CUUA 3C7YA 1L96A 1QTDA 1L20A 2B6XA 1L47A 2RAYX 1P46A 4S0WA 3ODUA 1L36A 1L92A 1L83A 1ZYTA 197LA 1L04A 1D3NA 2Q9EA 3DN3A 1C66A 1L61A 1L90A 1L41A 4ARQB 1L95A 1G0PA 1LYGA 1PQJA 1QT8A 1L80A 1QT3A 3GUIA 3SB5A 3GUPA 2F32A 1L56A 4W55A 3HT8A 1L86A 1C61A 1OWZA 2OEAX 1L25A 176LA 220LA 3LZMA 189LA 1L28A 2RAZX 1L54A 2F47A 2Z6BA 1CX7A 3C7ZA 2Q9DA 2NTGA 1L07A 3DN0A 1L21A 1QT5A 242LA 1L44A 161LA 1ZURA 3OE9A 1LGWA 260LA 3HUQA 2RBRA 1JQUA 120LA 218LA 249LA 170LA 2B6YA 3G3VA 4EKQA 3HWLA 1P5CA 4GRVA 2LZMA 4ZPUA 4E97A 177LA 1SWZA 1L91A 138LA 1L66A 232LA 2F2QA 158LA 1C60A 1G0MA 240LA 3C81A 3SB9A 4I7NA 1DYFA 1L79A 3EMLA 209LA 4W57A 3HT7A 1L59A 3PBLA 4AQNA 258LA 1OWYA 3GUMA 1D3FA 3NYAA 231LA 1CUPA 1LGXA 1XJTA 1L12A 181LA 1L31A 2B72A 1L26A 234LA 164LA 119LA 1LI2A 1L15A 2O7AA 3PDSA 1L55A 3C8SA 1G1VA 1QT6A 3HTGA 184LA 1KS3A 182LA 213LA 1L63A 2A4TA 3SB6A 2RBQA 3G3WA 4W54A 3JR6A 114LA 122LA 178LA 1G1WA 3GULA 4LDOA 166LA 238LA 1L93A 1LPYA 110LA 3SBBC 226LA 225LA 1L01A 215LA 261LA 1D3MA 236LA 1LYDA 149LA 188LA 229LA 1L48A 3OE0A 137LA 1C6IA 1QSQA 163LA 1QTCA 4YXAC 1C6QA 3FI5A 4EKRA 1L23A 3F8VA 3C83A 3DN1A 1L82A 3GUKA 239LA 1P37A 2RH1A 4PJZA 205LA 1P2RA 1P6YA 3CDVA 1CUQA 1C6AA 1L69A 1L57A 1G0JA 1L51A 3HT9A 4ARJA 1CU2A 2B6ZA 4ARQA 3QAKA 1LYIA 3C8QA 1PQOA 2B74A 1C68A 141LA 1C62A 223LA 1C65A 1L37A 1L70A 256LA 4I7QA 1XEPA 155LA 1C6PA 1C6HA 1C6MA 1L29A 1C6CA 1L22A 2OE9X 2QB0B 2RB2X 3HH3A 3L2XA 3DN4A 1L46A 171LA 214LA 1CV6A 3CDTA 4EPFA 1L98A 1L00A 230LA 1SWYA 4DAJA 219LA 108LA 109LA 235LA 252LA 1PQKA 1C6JA 3RZEA 227LA 1OV7A 4W52A 191LA 1NHBA 162LA 3DMVA 1P56A 4W59A 2HUMA 1C6NA 2ANXA 1SX7A 1LYHA 1D2WA 3DMXA 1JTMA 1L39A 2OE7X 1L84A 2B6TA 4I7SA 1WTHA 2ANVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AGGG 3HU9A 1LKRA 1C63A 2LHMA 2MEHA 3OJPA 1O23A 1P64A 1QSBA 1ZWNA 2DQDY 2RB0X 1FBIX 1L73A 1FDLY 201LA 2PC2A 3CDRA 2LYZA 1L77A 1NBYC 1BB6A 1JKCA 1LGUA 4NG8A 4I7LA 1L64A 4KPMA 1WVUA 2Z2FA 1EL1A 4GCFA 3DMZA 1L24A 3HDEA 3AZ6A 4G4HA 4EPIA 2MEDA 6LYTA 4H93A 4II8A 3UONA 4W56A 2BQGA 1L53A 1KW5A 1QUHA 1JSFA 1DI3A 1XJUA 2RBSA 1LSEA 1OUAA 4ETDA 246LA 1GXV2 4B0DA 139LA 3L64A 4EKPA 3WPLA 3OE6A 1OV5A 4XJDA 5KXYA 1QUGA 3HTFA 1HHLA 1PS5A 2EQLA 3VW7A 1B7RA 133LA 5HLLA 4TTDA 1G7JC 1IP3A 1KY1A 5KXTA 1L05A 1B7LA 211LA 125LA 1B7NA 1CVKA 1IX0A 5LAFA 4LFXA 3T36A 1LWGA 1L40A 4HPEA 1IY4A 1LLHA 3P4ZA 107LA 4HTNA 2DQEY 2Z2EA 3DN8A 4N0JA 1CNSA 1KIQC 1IIZA 1UICA 243LA 4K5YA 1L75A 3HU8A 3CDQA 4WM3A 1WTMA 4NSJA 257LA 4XENA 1XFPL 1DYGA 2BQEA 1LSBA 1LMQA 1P2CC 4YEMA 1GE2A 103LA 4YX7C 2I25L 1L94A 1OVKA 247LA 5A3ZA 1P2LA 228LA 4NSGA 1G07A 4BS7A 1GE3A 4NGLA 1SSYA 196LA 1DI4A 1L10A 1L85A 3CSZA 2B7XA 7LZMA 1C64A 4LT0A 1GF6A 5B59A 1LYEA 5FHWA 1I6SA 1L97A 1LZSA 4QY9A 3ATOA 1B5XA 1DPWA 1LZTA 1JSEA 1GE1A 1L81A 1L03A 1JHLA 1GE0A 1CU5A 250LA 1L19A 152LA 1GWDA 1TBYA 150LA 1L30A 1IOCA 2LYMA 254LA 1LSCA 1WQMA 3SN6R 5L9JA 3E3DA 3A90A 2HEBA 3TXKA 3ZEKA 5LINA 3TXGA 1CV0A 2MEGA 1L18A 2B6WA 245LA 199LA 4NGKA 3HT6A 1L45A 4I7MA 129LA 156LA 2DQHY 1XGQC 4GLAA 2YBIA 3LHMA 4WM5A 5II3A 4B4IA 2Z12A 1LSGA 1JTNA 4H9AA 1DQJC 1C10A 5L3IA 221LA 1ZV5L 1DXJA 2ZYPA 1QUOA 210LA 4I7OA 1QT7A 1C6BA 5LYZA 4NY5A 4YENA 1D3JA 1LYFA 1OQMA 5C6LA 4OWBA 2MEIA 3ODUA 5I4XA 1L36A 1ZYTA 2MEBA 1HERA 197LA 1INUA 1UIEA 3FI7A 4PGJB 1L61A 1L95A 2G4PA 3B0KA 2BQNA 4DDBA 3W6FA 4WLTA 3HT8A 4H8ZA 176LA 5E9RA 1LJFA 189LA 5HMJA 2W1MA 1LZRA 2Q9DA 2NTGA 1UIGA 1B5ZA 242LA 3A91A 3OE9A 3KAMA 2FYCA 3QNGA 5A3EA 4NGOA 3EBAB 1XGPC 3J4GA 120LA 249LA 2BQOA 4EKQA 4GRVA 5HMVA 138LA 2I6ZA 232LA 2YBLA 2F2QA 4G4BA 3C81A 4M4OA 4I7NA 1L79A 4KT3A 1NF5A 3HT7A 4DYGA 1LZ5A 4NWHA 3WUMA 1LJ3A 2A7DA 4FJRA 1GEVA 231LA 1CUPA 4XJGA 1B7QA 1LGXA 3WXUA 1JJ3A 3AW6A 3WUNA 4OW1A 1UIAA 4TWSA 1OUBA 1IVMA 4WOAA 1OUIA 2FBBA 164LA 1GBZA 4HSFA 1LI2A 3PDSA 3C8SA 1G1VA 4NWEA 1QT6A 4WLDA 184LA 1XGUC 1B5WA 182LA 4NHTA 1QDRA 1GF0A 5LXWA 1HELA 3JR6A 178LA 1G1WA 166LA 238LA 1L93A 3SBBC 1L01A 3WXTA 5F9UA 261LA 236LA 1JKBA 1I56A 1C6IA 4LYTA 4YXAC 4XJHA 1L23A 1UA6Y 1IR8A 1L82A 1P37A 4PJZA 1LMOA 1KXXA 4XJIA 1IC4Y 3QY4A 1P6YA 1CUQA 1GB6A 1C6AA 1GE4A 3HT9A 3CT0A 3QAKA 141LA 4N9RA 3A3RX 4I7QA 1LJJA 1L22A 1AT6A 2OE9X 1WTNA 1L46A 4I0CA 1KIRC 3RZ4A 1LZCA 1YQVY 1L98A 3GXRA 3TXBA 1JTOL 1P56A 1REXA 4MCKA 1C6NA 4WG1A 2OE7X 1QIOA 5FELA 4ETBA 1WQOA 4NGYA 1HMKA 4J1BA 1YANA 3DN2A 1LZ9A 3CDOA 1LZGA 4ARPA 1L08A 4O34A 2CGIA 4DT3A 130LA 1LZYA 4HPIA 2ZYCA 1QTHA 1JJ1A 2CWIA 4NSHA 3A6BY 4KL7A 1GBXA 1A2YC 1QTKA 1UIBA 4D9ZA 1LJ4A 4LZMA 4G49A 3W6EA 3AW7A 1L32A 3HBEX 1IY3A 3DNAA 1CU6A 3HH5A 3TXEA 1LWKA 4NGZA 222LA 4LT1A 5B1GA 1CKDA 2DQIY 1QT4A 1LJGA 3HBHA 5I4WA 248LA 1LSYA 4IATA 206LA 1C08C 2RBNA 4PK0A 1IP6A 2OE4X 1B6IA 1B7SA 1G0LA 1L89A 5HQ1A 118LA 1B0DA 1DYDA 1L38A 1LI3A 2QARC 1EQ4A 3HTBA 4YEOA 1CKGA 2X0AA 216LA 5K7OA 1GB0A 2RBPA 1T3PA 1GFVA 1CU3A 5APEA 1YAPA 4ZFPA 5I53A 3C8RA 4B4EA 1LZ6A 4DJHA 195LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AGG G;  3HU9 A;  1LKR A;  1C63 A;  2LHM A;  2MEH A;  3OJP A;  1O23 A;  1P64 A;  1QSB A;  1ZWN A;  2DQD Y;  2RB0 X;  1FBI X;  1L73 A;  1FDL Y;  201L A;  2PC2 A;  3CDR A;  2LYZ A;  1L77 A;  1NBY C;  1BB6 A;  1JKC A;  1LGU A;  4NG8 A;  4I7L A;  1L64 A;  4KPM A;  1WVU A;  2Z2F A;  1EL1 A;  4GCF A;  3DMZ A;  1L24 A;  3HDE A;  3AZ6 A;  4G4H A;  4EPI A;  2MED A;  6LYT A;  4H93 A;  4II8 A;  3UON A;  4W56 A;  2BQG A;  1L53 A;  1KW5 A;  1QUH A;  1JSF A;  1DI3 A;  1XJU A;  2RBS A;  1LSE A;  1OUA A;  4ETD A;  246L A;  1GXV 2;  4B0D A;  139L A;  3L64 A;  4EKP A;  3WPL A;  3OE6 A;  1OV5 A;  4XJD A;  5KXY A;  1QUG A;  3HTF A;  1HHL A;  1PS5 A;  2EQL A;  3VW7 A;  1B7R A;  133L A;  5HLL A;  4TTD A;  1G7J C;  1IP3 A;  1KY1 A;  5KXT A;  1L05 A;  1B7L A;  211L A;  125L A;  1B7N A;  1CVK A;  1IX0 A;  5LAF A;  4LFX A;  3T36 A;  1LWG A;  1L40 A;  4HPE A;  1IY4 A;  1LLH A;  3P4Z A;  107L A;  4HTN A;  2DQE Y;  2Z2E A;  3DN8 A;  4N0J A;  1CNS A;  1KIQ C;  1IIZ A;  1UIC A;  243L A;  4K5Y A;  1L75 A;  3HU8 A;  3CDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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