1L83A

A cavity-containing mutant of t4 lysozyme is stabilized by buried benzene
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title A cavity-containing mutant of T4 lysozyme is stabilized by buried benzene.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l83A00
3C80A 1ZWNA 4ARQA 1C66A 4W54A 1L87A 4LDOA 1OVKA 1L16A 3V2WA 250LA 1QT7A 258LA 1SWZA 3CDQA 184LA 242LA 1C6IA 3DN0A 3F9LA 240LA 1L55A 261LA 237LA 1SX2A 1LWKA 1LGWA 1L45A 226LA 1L0KA 4I7PA 1LYDA 1L80A 1LWGA 1CVKA 155LA 1XEPA 4EKRA 1L50A 4DJHA 1OWYA 1L41A 1L61A 1L33A 118LA 1L11A 1C6DA 1LGUA 1L93A 1P5CA 3DN3A 2RBRA 1L99A 1L60A 1L88A 111LA 198LA 2RAZX 4S0WA 3HU8A 4EXMA 1QTDA 2OTYX 1PQOA 3GUIA 3HUQA 4AQNA 1G07A 3FA0A 2B72A 1G1WA 1G0MA 1C6EA 3C7WA 1DYGA 3HUKA 2B7XA 4I7QA 160LA 1L43A 3F8VA 4PK0A 1XJTA 4ARMA 205LA 1L47A 1KY0A 3FI5A 1QUHA 1OYUA 3DNAA 177LA 1D2YA 1L92A 147LA 3CDOA 1L66A 1L07A 3GUNA 197LA 183LA 1QS9A 3HH3A 3SBAA 1PQDA 3DN2A 2QARC 157LA 1P7SA 125LA 239LA 209LA 3D4SA 1LYHA 1L67A 1OV7A 171LA 4YX7C 3HH5A 4LDEA 257LA 2A4TA 167LA 1DYBA 3C83A 7LZMA 113LA 1ZURA 1L69A 2F47A 1L34A 131LA 1P56A 1L84A 139LA 1L91A 259LA 1QT5A 1D3NA 161LA 1C6KA 4EPFA 1G1VA 1PQIA 1JTNA 3NY9A 244LA 2RBSA 102LA 3CDRA 252LA 1C6LA 1L75A 119LA 3C7YA 1P2RA 2F2QA 4EKQA 2B74A 1L49A 1L81A 199LA 1T6HA 3DN1A 1P2LA 1EPYA 4W58A 4EJ4A 173LA 1L10A 1CX7A 1L09A 162LA 2Q9DA 3OE0A 1L23A 1LYJA 1L77A 1L59A 1C65A 1L65A 4ARLA 1D3JA 1C63A 1DYAA 4I7NA 3C8RA 178LA 1L12A 3CDTA 2QB0B 3DMZA 1PQJA 1LI2A 231LA 3HDEA 1L18A 114LA 3OE6A 4LZMA 176LA 122LA 3RZEA 109LA 223LA 3L2XA 129LA 1P64A 1PQMA 3PDSA 228LA 168LA 217LA 1XJUA 148LE 1C64A 1C6NA 1L53A 1L85A 1L73A 256LA 107LA 3PBLA 182LA 3HDFA 1C61A 3GUKA 1QUDA 1L98A 159LA 1CU5A 1QT4A 1KY1A 4I7LA 3DN6A 1L57A 1L63A 2B70A 3VW7A 1D3FA 1L17A 4OO9A 1L79A 1C6CA 3GUPA 1C67A 2RBOA 3GUMA 4GRVA 3HTGA 143LA 2RB1X 1L83A 4GBRB 1C6MA 1QTCA 1NHBA 3G3WA 3HH6A 1C6BA 158LA 249LA 241LA 220LA 1L74A 234LA 1WTHA 1QT3A 4ARQB 253LA 2OU0X 3HT6A 3G3XA 1QSBA 1OV5A 138LA 3GULA 219LA 3HTFA 3HWLA 1SSYA 3V2YA 1DYEA 1L35A 185LA 1L95A 4E97A 245LA 1TLAA 3QAKA 229LA 1L54A 172LA 1D3MA 4ARPA 1L52A 1T8AA 1G0PA 1L64A 215LA 1L70A 1L76A 1L46A 2B75A 1OVJA 3HTBA 2F32A 2O7AA 1L68A 196LA 1L28A 1L02A 1CV1A 4PJZA 2OE7X 4EKPA 1CV4A 4ZPUA 1QUOA 6LZMA 4LDLA 2Z6BA 3LZMA 218LA 1C60A 2OE4X 1JQUA 130LA 170LA 3RUNA 1G0KA 3OE8A 233LA 248LA 3SN6R 4YXAC 3UONA 2B6ZA 2NTHA 2B73A 2ANVA 210LA 175LA 2O4WA 2NTGA 1JTMA 192LA 146LA 3SB7A 4ARMB 1LI6A 1L94A 1CV5A 1L01A 2CUUA 2RAYX 191LA 216LA 1C6GA 1P3NA 123LA 128LA 1C68A 142LA 1LGXA 1L29A 110LA 1KNIA 3HH4A 2LC9A 1QTZA 1C6HA 1LPYA 2IGCA 1L56A 2RB0X 4I7OA 4I7MA 187LA 1P46A 262LA 3HT8A 1G0QA 1G06A 1L0JA 214LA 235LA 163LA 1LYIA 1ZYTA 247LA 4W57A 1L26A 1CUPA 1B6IA 164LA 4W59A 2RB2X 4ARJA 200LA 1CV3A 255LA 1L40A 1CV6A 1L25A 3HUAA 1KS3A 2HULA 3GUJA 188LA 1P6YA 251LA 3DMVA 3NYAA 1CTWA 1L20A 2OTZX 3DN8A 3OE9A 1L97A 1LLHA 1P37A 112LA 1L08A 2OEAX 3K2RA 2RBPA 1L39A 127LA 1C6QA 1CX6A 4W56A 2B6YA 3HT9A 166LA 201LA 3SB6A 137LA 2L78A 3G3VA 1QT8A 2HUKA 1QS5A 2RBQA 1OVHA 1LI3A 212LA 1L21A 1T8FA 1QTHA 120LA 1CUQA 195LA 3C7ZA 2RH1A 3C8SA 3FADA 238LA 165LA 144LA 1L03A 2Q9EA 1C69A 189LA 243LA 225LA 4W55A 254LA 221LA 1L06A 1L96A 1DYFA 1G0GA 2ANXA 1L15A 1D9WA 4DKLA 4DAJA 4I7SA 2RBNA 4I7TA 1C6FA 211LA 3ODUA 108LA 5LZMA 2B6WA 1C6JA 1C6AA 1CU6A 1L90A 1PQKA 1LYFA 1C62A 232LA 5I14A 145LA 1OWZA 1T97A 1QT6A 2B6TA 3HU9A 2B6XA 1L13A 156LA 1L32A 4I7KA 4YXCA 1L71A 3C8QA 4W52A 150LA 1QTVA 1DYDA 1I6SA 1L30A 1T8GA 4EKSA 1L51A 1L04A 1L00A 1D2WA 246LA 1LYGA 1CU0A 3EMLA 4W53A 227LA 206LA 1DYCA 4K5YA 115LA 230LA 1KW7A 104LA 174LA 2LCBA 3DKEX 1LYEA 2OU9A 1L48A 2LZMA 1L27A 1L37A 222LA 1L82A 1QUGA 1L24A 1CU2A 4I7JA 3NY8A 4I7RA 3L64A 4EPIA 140LA 1L19A 2O79A 1SSWA 152LA 3SB5A 260LA 1C6TA 3SB8A 3SBBC 1L36A 2OE9X 1G0LA 1QTBA 149LA 1KW5A 1QSQA 1L14A 1L72A 1LW9A 186LA 1L05A 3DMXA 1CU3A 1L42A 213LA 1L62A 3JR6A 1L22A 1L89A 4IAPA 1SX7A 1L38A 3HT7A 190LA 141LA 3CDVA 126LA 2OU8A 1L58A 3C81A 3C82A 4W51A 1L86A 181LA 2HUMA 1SWYA 1G0JA 3GUOA 1P36A 1L31A 169LA 103LA 1L44A 3SB9A 151LA 236LA 224LA 180LA 3HTDA 1K28A 1CV0A 3DN4A 1C6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C80A 4XJDA 4ARQA 1TEWA 2YBHA 1GBZA 4LDOA 4WLDA 1WQRA 3WU9A 1F6SA 4NWEA 1QT7A 1SWZA 242LA 1C6IA 5E9RA 1C08C 1LOZA 1G7IC 4UWVA 4PRUA 1LWKA 1LGWA 1HERA 1LSAA 1LHMA 226LA 1CVKA 1XEPA 3N9EA 2BQIA 5HNCA 1QQYA 2HU1A 1L41A 2BQBA 1JJ1A 1L61A 1NMMA 1C6DA 1LGUA 1L93A 3D9AC 1SQ2L 1L88A 1C46A 1LSDA 5FHWA 2RAZX 4HPIA 3HU8A 4EXMA 4WM2A 3TXJA 1PQOA 1LPIA 1W08A 1G0MA 3C7WA 1DYGA 1GBWA 1JITA 3F8VA 1GB3A 4CJ2A 1L47A 3FI5A 3DNAA 1FLWA 177LA 4GN4A 1L92A 4R6CA 3B0OA 3CDOA 3GUNA 1L07A 1AM7A 3HH3A 2QARC 3TXEA 1P7SA 5FELA 1LYHA 3RU5A 4NHSA 3HH5A 4LDEA 3HBHA 2A4TA 2BAAA 5B05A 1DYBA 7LZMA 113LA 1ZURA 3WUMA 1GFGA 1HNLA 4OWEA 5KXXA 1D3NA 1C6KA 3NY9A 4GCFA 1LHLA 3LYMA 1MELL 133LA 1DKJA 1L49A 4HPEA 1L09A 1H6MA 3CT1A 1GFAA 1L65A 4ARLA 1D3JA 4TUNA 1GFVA 2W1MA 1GFKA 1PQJA 1LI2A 3HDEA 4NGVA 2H9KA 3TMUA 4GCBA 4LZMA 1LHKA 122LA 4NGJA 4OW1A 4TSBA 1PQMA 5L3HA 1E8LA 1IWWA 3LN2A 4NHIA 1C6NA 1UACY 1DI5A 4WG7A 5HQ1A 4H9CA 1QUDA 1BB4A 1UUZC 159LA 1CU5A 4ETCA 1KY1A 4I7LA 5II3A 1L57A 1LTMA 2B70A 1D3FA 1L17A 4GRVA 1WQPA 4G9SA 1G7MC 1LSFA 3HTGA 143LA 2XTHA 1IWYA 4LZTA 1IVMA 4DDCA 249LA 1LZGA 1WTHA 1GF5A 3EXDA 1REMA 4RW2A 2EPEA 2FBBA 5I5QA 3G3XA 1QSBA 1NKHA 4WM5A 3CQLA 1UIDA 1IWZA 245LA 3CSRA 5K7OA 1L54A 2BQHA 1UIFA 1T8AA 4U3XB 1DZBX 215LA 1L46A 1YAMA 2B75A 1LSMA 2O7AA 196LA 1L28A 4PJZA 3WULA 4ZPUA 2LZ2A 1C10A 1WQOA 218LA 1G0KA 3OE8A 3LHMA 5B06A 4XJIA 1QUSA 4ARMB 3ATOA 2CUUA 1LZTA 1IR8A 3WH1A 1IP2A 5L3IA 1C68A 1IEEA 3AZ6A 5LINA 4OOOA 3AB6A 1L56A 1T3PA 4H9FA 3TXDA 214LA 1LYIA 1ZYTA 1IIZA 1IORA 1GE4A 2EQLA 2BQJA 164LA 4BAPA 4H9IA 1L40A 1CV6A 5APDA 1KS3A 3DMVA 1QDRA 3OE9A 1UIEA 3DN8A 4KT3A 112LA 1HSXA 3K2RA 3WPJA 1GDWA 1A2YC 1H87A 1LMNA 2HUKA 1LI3A 1GFJA 1JTPL 2YBMA 1OUGA 1L21A 120LA 4HJYA 2RH1A 3C8SA 4MCKA 2W1YA 238LA 2Q9EA 1C69A 189LA 3SP3A 243LA 1CJ6A 1L06A 4NSJA 1B5ZA 1B7QA 1GB7A 4DKLA 1GF4A 1YAOA 4UWNA 2EKSC 3ODUA 5LVHA 4GCCA 1MLCE 4GN5C 1C6JA 1C6AA 1L90A 4YENA 1UBZA 1YL0X 4J7VA 4NG1A 2CDSA 3HU9A 2B6XA 3WU8A 3A3QA 3K3TA 1YQVY 150LA 1D9UA 1I6SA 4OOTA 5T3FA 1L04A 1KIRC 1L00A 1CU0A 4I0CA 4PJ2C 1D0KA 206LA 115LA 1GBOA 104LA 1Z55A 4CGEA 5IELA 1YILA 3B0IA 5KKIA 2DQHY 1CKDA 4C3WA 1IWTA 5L9JA 5I4WA 1L27A 3A6BY 4NGKA 1W6ZA 1LZBA 4NGOA 4WOAA 1QSWA 1L82A 1CU2A 1IC5Y 2Q0MX 4KPMA 140LA 2O79A 3SB5A 3SB8A 2XBSA 1BB7A 1D0MA 1LYSA 2C8OA 3HBDA 4LYOA 3AJNA 4WLXA 3M3UA 3JR6A 1BB6A 4IAPA 3HT7A 4TX7A 3AZ4A 3A95A 3C81A 2YBIA 1IX0A 4WMGA 4RW1A 1G0JA 3GUOA 1XGQC 2CJLA 1L44A 4H8XA 151LA 180LA 5LVGA 1JKAA 3DN4A 130LA 1ZWNA 2VB1A 4NGZA 4W54A 3EO5A 2YSSC 2MEFA 1OVKA 4DD2A 1L16A 2A7FA 258LA 4NSHA 5KXLA 1ZMYL 4ET8A 1GFUA 3DN0A 3F9LA 5C6IA 5LVKA 4XENA 4GLVA 1L45A 4UWUA 4EKRA 4DJHA 6LYTA 1GE3A 1LHJA 207LA 5J7CA 1L11A 3G3BB 1ZVYB 3AYQA 2ZQ4A 1VDSA 3DN3A 2RBRA 1L99A 1L60A 111LA 4NGWA 1GF3A 3W6FA 2OTYX 3GUIA 3HUQA 4AQNA 2BQLA 1LSZA 1GE0A 4DD1A 4HV2A 2DQDY 1L43A 3CT0A 1G7JC 1OYUA 4B1AA 2MEGA 1WQQA 3WW6A 2N5ZA 1B7SA 1GHLA 1B5XA 2F2NA 2EIZC 1EQ5A 1HEPA 1QS9A 3SBAA 3WUNA 3P68A 3IWRA 3DN2A 2LYZA 157LA 1LMOA 125LA 1HEOA 209LA 3D4SA 4YM8A 2DQIY 1HF4A 5KXTA 4HP0A 257LA 5DL9A 4WO9A 2D4KA 1P56A 1LJ4A 5HNLA 259LA 1YANA 3A90A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C80 A;  4XJD A;  4ARQ A;  1TEW A;  2YBH A;  1GBZ A;  4LDO A;  4WLD A;  1WQR A;  3WU9 A;  1F6S A;  4NWE A;  1QT7 A;  1SWZ A;  242L A;  1C6I A;  5E9R A;  1C08 C;  1LOZ A;  1G7I C;  4UWV A;  4PRU A;  1LWK A;  1LGW A;  1HER A;  1LSA A;  1LHM A;  226L A;  1CVK A;  1XEP A;  3N9E A;  2BQI A;  5HNC A;  1QQY A;  2HU1 A;  1L41 A;  2BQB A;  1JJ1 A;  1L61 A;  1NMM A;  1C6D A;  1LGU A;  1L93 A;  3D9A C;  1SQ2 L;  1L88 A;  1C46 A;  1LSD A;  5FHW A;  2RAZ X;  4HPI A;  3HU8 A;  4EXM A;  4WM2 A;  3TXJ A;  1PQO A;  1LPI A;  1W08 A;  1G0M A;  3C7W A;  1DYG A;  1GBW A;  1JIT A;  3F8V A;  1GB3 A;  4CJ2 A;  1L47 A;  3FI5 A;  3DNA A;  1FLW A;  177L A;  4GN4 A;  1L92 A;  4R6C A;  3B0O A;  3CDO A;  3GUN A;  1L07 A;  1AM7 A;  3HH3 A;  2QAR C;  3TXE A;  1P7S A;  5FEL A;  1LYH A;  3RU5 A;  4NHS A;  3HH5 A;  4LDE A;  3HBH A;  2A4T A;  2BAA A;  5B05 A;  1DYB A;  7LZM A;  113L A;  1ZUR A;  3WUM A;  1GFG A;  1HNL A;  4OWE A;  5KXX A;  1D3N A;  1C6K A;  3NY9 A;  4GCF A;  1LHL A;  3LYM A;  1MEL L;  133L A;  1DKJ A;  1L49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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