1L83A

A cavity-containing mutant of t4 lysozyme is stabilized by buried benzene
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title A cavity-containing mutant of T4 lysozyme is stabilized by buried benzene.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l83A00
1CV0A 1LYGA 259LA 4ARPA 1L44A 1L47A 1C61A 142LA 3HTDA 1C6TA 236LA 1CU3A 3FADA 1OV7A 239LA 3GUOA 3C8SA 4EKSA 2B6ZA 2B74A 237LA 3PDSA 249LA 256LA 1QTBA 4EJ4A 3C7WA 1ZYTA 1L93A 3OE6A 4AQNA 2B72A 2RBQA 196LA 3GUMA 174LA 1DYCA 3SB9A 1L75A 2OTZX 177LA 2CUUA 2NTGA 2O7AA 7LZMA 1LGXA 1PQIA 231LA 1CV1A 188LA 3CDOA 3DN2A 4ARQA 4I7LA 1SX7A 1G0LA 2Q9DA 1L45A 201LA 1C6DA 181LA 1KW5A 150LA 1L87A 1T8GA 3CDTA 1L03A 3V2WA 1L35A 1QTHA 1LGUA 2LC9A 1G0GA 2O79A 1C60A 1OVHA 2RB0X 4DAJA 229LA 1L41A 1C6GA 2OE4X 3CDRA 248LA 2B73A 1OWZA 1L10A 4LZMA 232LA 226LA 3DMVA 2HUMA 3K2RA 1L76A 3HH6A 4ARLA 169LA 104LA 1JQUA 4I7KA 211LA 4LDOA 2OE9X 130LA 1L00A 1XJTA 151LA 4W53A 3RUNA 4W57A 1OVKA 1C6FA 3DN8A 1K28A 230LA 144LA 1L59A 1L15A 4ARQB 2RB2X 2ANXA 2RBSA 2B6TA 2A4TA 178LA 3HU8A 3FA0A 4S0WA 1L13A 1L40A 1L37A 1DYBA 1L85A 2RBRA 170LA 235LA 1L34A 1QS9A 1CX7A 1L02A 2IGCA 1L32A 1L30A 2B75A 1DYFA 217LA 1L66A 1C6HA 183LA 1EPYA 1CU0A 182LA 3DMZA 2O4WA 1QUGA 2RBNA 1L49A 1L72A 180LA 1PQKA 161LA 246LA 1L16A 206LA 250LA 147LA 3HT8A 215LA 1L48A 4I7JA 1G0JA 157LA 1LI2A 4K5YA 2RAYX 1L69A 4EKQA 4DJHA 1L86A 3HT6A 1L25A 1C62A 128LA 1L81A 3DMXA 1P3NA 3C7YA 1L27A 1QT5A 1CTWA 152LA 1C69A 1C6MA 1PQDA 160LA 1LWKA 1L08A 1G0QA 3CDVA 1LGWA 244LA 252LA 3HU9A 1WTHA 3NY8A 1L58A 4PK0A 1L38A 189LA 1L0JA 209LA 3HH4A 3C81A 3JR6A 137LA 1L89A 260LA 4PJZA 1CUQA 2QARC 119LA 1L56A 3HTBA 1PQMA 2RBOA 3SB5A 1L51A 2ANVA 1NHBA 4YXCA 1KS3A 1PQJA 113LA 1P36A 1QS5A 1C6KA 1B6IA 1C6AA 3PBLA 1SX2A 2LZMA 4W51A 1P5CA 3RZEA 3OE8A 1CV3A 1L96A 1C6BA 1D9WA 1G0MA 1L61A 1L50A 4I7SA 3SB7A 1ZWNA 1D3JA 1P37A 3HUQA 2F47A 198LA 118LA 115LA 1T8AA 2Z6BA 114LA 1L28A 3UONA 4EKPA 122LA 1JTNA 3HT7A 4ARJA 214LA 190LA 245LA 1CV6A 1L79A 1L53A 3HT9A 1L65A 1L26A 3HDEA 102LA 3HUAA 4EKRA 253LA 4W55A 1LYJA 3HDFA 4I7TA 1L0KA 4OO9A 4LDEA 4W54A 1L99A 158LA 1QT7A 3OE9A 185LA 2B6YA 4GBRB 1LYDA 123LA 1L12A 1L88A 1SWZA 254LA 1QUDA 234LA 4I7QA 227LA 1PQOA 1XEPA 1KW7A 212LA 1L83A 225LA 3VW7A 3SB6A 1C63A 3SB8A 156LA 1QUHA 4IAPA 107LA 109LA 138LA 1QTDA 1G0KA 3GUKA 1L64A 3QAKA 3HUKA 3C83A 141LA 247LA 4ZPUA 1P2LA 4GRVA 1QT6A 186LA 4I7NA 4ARMB 1TLAA 2OEAX 2RAZX 1G1WA 1CU5A 1QTCA 3DKEX 223LA 1CVKA 1D3NA 191LA 261LA 3SBAA 1LYEA 1LWGA 3SN6R 129LA 1L05A 5LZMA 1C65A 1G07A 1L95A 1LI3A 1JTMA 1D3FA 112LA 1OVJA 3D4SA 3LZMA 3V2YA 3DN0A 1C67A 1T6HA 4DKLA 1OWYA 242LA 1L71A 1L06A 1P2RA 1P46A 4I7OA 1P56A 1G0PA 3F8VA 159LA 2HULA 4I7MA 139LA 224LA 1DYAA 3EMLA 145LA 2B6XA 2B6WA 3CDQA 1L94A 257LA 126LA 3G3WA 146LA 175LA 3HWLA 140LA 1L33A 1LYHA 1ZURA 1L14A 176LA 1OYUA 1C6LA 1C64A 1KNIA 1QT8A 3ODUA 3GUNA 1QSQA 258LA 108LA 1L70A 3HTFA 4YX7C 197LA 1I6SA 3FI5A 173LA 3HH3A 210LA 1L04A 1L68A 162LA 199LA 1L57A 2RBPA 1LLHA 3DN3A 2F32A 3GUJA 131LA 219LA 220LA 241LA 213LA 1P6YA 3SBBC 1D3MA 1LYFA 1QTVA 4LDLA 1LW9A 2Q9EA 4EPIA 262LA 171LA 1L29A 2QB0B 1T97A 2HUKA 3DN1A 1D2WA 1DYDA 1L21A 1P7SA 1L80A 1L07A 1L39A 1L01A 3G3XA 1L90A 4W52A 187LA 1L55A 4ARMA 1LPYA 1L54A 3DNAA 143LA 243LA 3DN4A 1C6IA 1L17A 1L22A 1L62A 1OV5A 1QT3A 238LA 1L23A 221LA 1P64A 251LA 165LA 1C6QA 1L73A 4EPFA 4W59A 2B7XA 1T8FA 3OE0A 167LA 3GUIA 1L52A 228LA 4I7RA 1L09A 1DYGA 200LA 4W56A 3NY9A 1QTZA 2RB1X 192LA 216LA 1CX6A 3C7ZA 205LA 1LYIA 1L67A 3C82A 149LA 1DYEA 1L20A 1C6NA 1QSBA 1L77A 1L60A 1CV5A 1CUPA 3C8RA 1L91A 1SWYA 1D2YA 233LA 6LZMA 184LA 1KY1A 2B70A 1SSYA 5I14A 4YXAC 3C8QA 1G1VA 4I7PA 2NTHA 1L46A 3NYAA 1L92A 1L24A 1QT4A 110LA 1G06A 1KY0A 1C6CA 1L63A 2RH1A 3L64A 4E97A 2LCBA 1C68A 3DN6A 1L11A 1C6JA 1C6PA 155LA 3HH5A 1L18A 103LA 111LA 1L43A 2OU0X 1L42A 1CV4A 1L19A 1XJUA 163LA 218LA 2F2QA 2OU9A 3GULA 1LI6A 4EXMA 1CU6A 3HTGA 4W58A 1L98A 172LA 3GUPA 1L36A 2OTYX 120LA 1QUOA 166LA 222LA 2OE7X 1L74A 1SSWA 148LE 255LA 1L84A 1C6EA 1L82A 164LA 3L2XA 3G3VA 127LA 125LA 195LA 168LA 1L31A 3C80A 2OU8A 240LA 1C66A 2L78A 3F9LA 1CU2A 1L97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUTA 2DKVA 1IC7Y 1L44A 1LSCA 4GN5C 2YBJA 2H5ZA 3HTDA 1C6TA 2Z39A 1JIYA 1CU3A 3FADA 1CKFA 1OV7A 239LA 1T6VL 4EKSA 4H9FA 2B74A 1QUSA 1QTKA 256LA 4QGZA 2BQDA 4X3BA 1WQNA 4N1EI 3WXTA 1F0WA 2OTZX 177LA 2NTGA 2O7AA 1PQIA 2BQAA 4I7LA 2YBHA 4B0DA 2ZILA 1L45A 1C6DA 1HERA 3CDTA 1LHHA 1YROA 1RE2A 1QTHA 3TXJA 5LINA 1G0GA 1C60A 229LA 2G4QA 4ETDA 1C6GA 5DL9A 2OE4X 1INUA 3T6UA 3ULRA 4LZMA 1LSAA 3P68A 226LA 3A91A 3VWOA 4MCKA 3K2RA 1L76A 3WPJA 169LA 1GXV2 5LVJA 2DBTA 2YVBA 4LDOA 4OWHA 1YAQA 1D6QA 1IX0A 1L00A 151LA 1OVKA 1C6FA 3W6BA 1LJ4A 1L15A 4ARQB 2RB2X 4DWXA 1IWVA 4RW2A 2B6TA 5DN4A 2A4TA 3WULA 4S0WA 4WM4A 1L40A 1DYBA 1REXA 1QIOA 1TEWA 4YOPA 1CX7A 1L02A 2IGCA 217LA 1C6HA 4H8ZA 1CU0A 4N8ZA 1QUGA 2RBNA 3J6KA 180LA 246LA 206LA 4G49A 2BQNA 4I7JA 157LA 1LHMA 2RAYX 5HMJA 1VAUA 4H8YA 4EKQA 2DQEY 4GCDA 1L27A 5C6JA 5F9UA 5APEA 1C6MA 1L08A 2LHMA 4GLVA 244LA 1WTHA 2MEEA 2EQLA 2WARA 4DD9A 4NWEA 1GBZA 137LA 260LA 1PQMA 1B7MA 1L51A 2ANVA 3HFMY 3LN2A 1GDWA 1JTPL 2DQHY 2XJWA 2VB1A 1WQMA 1QTEA 4DQ7A 3PBLA 5AMYA 1YAPA 2LZMA 3RZEA 1GE1A 4ETBA 3E3DA 1L96A 3QY4A 1LZ5A 1CNSA 3A3RX 2BQCA 1F6SA 1L50A 4DDAA 4NEBA 1OUBA 198LA 1WVVA 4WLTA 115LA 1XEJA 1GFVA 1OUJA 122LA 1GB0A 3HT7A 4ARJA 1J1PY 214LA 1LMQA 3WYHA 1L53A 1UACY 3HT9A 4YEMA 1L65A 3WVXA 3FI7A 4NHTA 1IWXA 1GFJA 4EKRA 4Z3MA 2BQJA 1JJ0A 1YL1X 1LYJA 4XJFA 3WVYA 5LYMA 1GE3A 3HDFA 1YQVY 1L88A 1L12A 1LMOA 234LA 1PQOA 3EBAB 5I4YA 1VDPA 3A67Y 1YAOA 212LA 1L83A 5LAFA 1C63A 156LA 2BQMA 1QUHA 4IAPA 107LA 4LT1A 1W08A 3GUKA 3HUKA 4WG1A 3C83A 141LA 1TDYA 208LA 1ALCA 1LZYA 4GRVA 5LXWA 1IR8A 1LZ6A 4I7NA 4LZTA 4ARMB 3W6DA 1NWGA 5LVIA 1G1WA 1QTCA 1GF5A 3SN6R 1G07A 4ZFPA 1JTMA 4NGIA 1BQLY 3D4SA 5APFA 1C67A 4HTNA 4DKLA 2G4PA 1OWYA 1Z55A 1L71A 5DN5A 2F2NA 1DKJA 1P56A 3IWRA 1NDGC 1DKKA 3EMLA 1CJ7A 3ATNA 3EO5A 5C6LA 257LA 126LA 1L33A 1LYHA 2ZIKA 1UIEA 1ZURA 1D0LA 1YKXX 3AW6A 1BVXA 1XGRC 1LYOA 1VATA 1G7MC 2BQFA 1D9UA 2DQIY 4AXTA 2DQJY 2YBMA 1B7LA 1XGPC 3FI5A 3HH3A 2BPUA 1L04A 162LA 2RBPA 4N9RA 131LA 219LA 1ZVYB 4DC4A 1FLWA 1JUGA 3CT0A 1FN5A 171LA 1AT6A 4DQ5A 1LPIA 1NBYC 4OWCA 2I26L 1B5VA 3M3UA 1L07A 1B7QA 1LZSA 5LYTA 2A7FA 3N9CA 4ARMA 1DI3A 1L54A 3TXKA 1YILA 1B5UA 3DN4A 1C6IA 1L22A 1OV5A 1BGIA 238LA 3CB7A 1P64A 2BQLA 165LA 1VDSA 2B7XA 1FDLY 4TUNA 1L52A 2MEAA 3W6FA 1LZ1A 1EQEA 1D6PA 4ANRA 3NY9A 2HEAA 3AGGG 1QQYA 2XTHA 205LA 1HFZA 1L20A 1C6NA 1L60A 2XQOA 1OUGA 1CUPA 1L91A 5JENB 3F6ZA 3HBEX 1KY1A 5I14A 4YXAC 1G1VA 1IOCA 3A6BY 4NFVA 1QT4A 3WUMA 5IDDA 4BAFA 4RW1A 3DN6A 5KXKA 1L18A 1L43A 4NY5A 218LA 1CV4A 2F2QA 4LT2A 1BB3A 1LI6A 1JJ3A 4NHPA 1CU6A 3HTGA 4XJDA 4LYTA 1KXYA 3M18B 4H9AA 255LA 3LZTA 2YBIA 2CJLA 5I5QA 1GBWA 127LA 5KXOA 195LA 3AGHA 4H9CA 1LZAA 5L3IA 3F9LA 1CU2A 1L97A 4ET8A 1LYGA 259LA 4ARPA 4CFPA 1IOTA 4BS7A 4P2EA 142LA 1J1XY 3B72A 3G3BB 1B7SA 193LA 1LMNA 4ETCA 1LZRA 4HJYA 3C8SA 2B6ZA 1IO5A 1GDXA 4EJ4A 1QTBA 3OE6A 4AQNA 3A34A 2RBQA 5FCPA 3SB9A 7LYZA 3WW6A 4WL6A 3WPLA 7LZMA 1LGXA 188LA 3CDOA 4NHQA 2BQGA 1HFYA 6LYTA 3AZ6A 1FKQA 3CT5A 1KW5A 150LA 1T8GA 1P2CC 3V2WA 4WM6A 3CSRA 5FEKA 2LC9A 1OVHA 1KIRC 1C7PA 1WQPA 5KXYA 5KY1A 4Z98A 4TTDA 1ZV5L 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QUT A;  2DKV A;  1IC7 Y;  1L44 A;  1LSC A;  4GN5 C;  2YBJ A;  2H5Z A;  3HTD A;  1C6T A;  2Z39 A;  1JIY A;  1CU3 A;  3FAD A;  1CKF A;  1OV7 A;  239L A;  1T6V L;  4EKS A;  4H9F A;  2B74 A;  1QUS A;  1QTK A;  256L A;  4QGZ A;  2BQD A;  4X3B A;  1WQN A;  4N1E I;  3WXT A;  1F0W A;  2OTZ X;  177L A;  2NTG A;  2O7A A;  1PQI A;  2BQA A;  4I7L A;  2YBH A;  4B0D A;  2ZIL A;  1L45 A;  1C6D A;  1HER A;  3CDT A;  1LHH A;  1YRO A;  1RE2 A;  1QTH A;  3TXJ A;  5LIN A;  1G0G A;  1C60 A;  229L A;  2G4Q A;  4ETD A;  1C6G A;  5DL9 A;  2OE4 X;  1INU A;  3T6U A;  3ULR A;  4LZM A;  1LSA A;  3P68 A;  226L A;  3A91 A;  3VWO A;  4MCK A;  3K2R A;  1L76 A;  3WPJ A;  169L A;  1GXV 2;  5LVJ A;  2DBT A;  2YVB A;  4LDO A;  4OWH A;  1YAQ A;  1D6Q A;  1IX0 A;  1L00 A;  151L A;  1OVK A;  1C6F A;  3W6B A;  1LJ4 A;  1L15 A;  4ARQ B;  2RB2 X;  4DWX A;  1IWV A;  4RW2 A;  2B6T A;  5DN4 A;  2A4T A;  3WUL A;  4S0W A;  4WM4 A;  1L40 A;  1DYB A;  1REX A;  1QIO A;  1TEW A;  4YOP A;  1CX7 A;  1L02 A;  2IGC A;  217L A;  1C6H A;  4H8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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