1L85A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l85A00
1OVKA 4DAJA 1P6YA 1L18A 221LA 168LA 1LYFA 3HTDA 4EKRA 1LYJA 3C83A 1QTHA 3DMXA 226LA 1C64A 114LA 3GUJA 3OE0A 220LA 1T8GA 3EMLA 1CU6A 1L33A 4YX7C 3NY9A 143LA 1CU3A 1L68A 200LA 3SN6R 3RUNA 3OE8A 1L34A 2B6ZA 3DNAA 148LE 4W52A 1SX7A 3GUMA 2NTHA 1P46A 3GUOA 1L79A 1PQKA 1QT7A 140LA 1C6CA 1L03A 1C6KA 1L25A 4I7JA 4W56A 1DYCA 250LA 1C6GA 155LA 4YXAC 249LA 1QTCA 3C8RA 1D3FA 3C82A 190LA 3HH3A 3SB8A 1L58A 2ANVA 1C6HA 1SX2A 3VW7A 1L73A 3C7ZA 258LA 145LA 1PQMA 4ARPA 256LA 186LA 1ZWNA 1L50A 210LA 3HUKA 3HT8A 1L71A 4AQNA 3LZMA 112LA 1OYUA 4ARJA 3DN8A 4ARLA 197LA 1C6BA 1PQIA 199LA 3HU8A 3JR6A 1PQJA 107LA 4ARQA 1QUOA 3OE9A 3C7YA 3HH6A 2RB2X 2RAZX 3RZEA 1L08A 2B70A 1DYGA 1LYDA 174LA 2LCBA 131LA 4LDLA 1LGXA 1L30A 211LA 2B6XA 241LA 1L21A 3HT9A 1L35A 1G0GA 2A4TA 171LA 3HUQA 151LA 129LA 1JQUA 2RB0X 3CDRA 225LA 2NTGA 1QUDA 1L07A 1L94A 1CUQA 4OO9A 1LWGA 1L61A 3SB5A 1KY1A 1P2LA 2B6YA 1C6TA 1L04A 1L48A 1LI6A 235LA 1T6HA 142LA 4W55A 2OU9A 1L91A 4EKQA 1XJTA 1L01A 122LA 1L88A 4GRVA 1KNIA 1L32A 1L77A 2OE9X 1C60A 1QT3A 1L29A 3DN4A 2OE4X 1L49A 1L38A 1CVKA 156LA 1L05A 1P5CA 4W59A 7LZMA 1QT6A 1L59A 2RBNA 1DYBA 1QTVA 1L15A 2RBSA 3HDFA 1L02A 3HH5A 1SWYA 1OWZA 1C67A 178LA 1QT5A 238LA 2HUKA 4EKPA 2QB0B 260LA 3CDTA 4K5YA 198LA 1G0PA 189LA 1L43A 4ARQB 1CV5A 146LA 215LA 1C63A 3NYAA 4I7PA 4PJZA 1D3MA 1LLHA 196LA 240LA 176LA 1L45A 3C81A 110LA 2RH1A 1CV4A 2RBOA 1QSQA 187LA 1QUHA 217LA 1LYHA 4DJHA 1C6JA 1D3JA 157LA 216LA 2IGCA 1L64A 1G07A 1QS5A 3GUPA 205LA 1L16A 3GUNA 3HUAA 4EKSA 222LA 2OEAX 4I7MA 1SSYA 1L93A 123LA 1QT4A 227LA 1CU0A 3C8QA 183LA 1L56A 1D2WA 1QSBA 4W53A 1G0LA 1L87A 164LA 1L69A 3FA0A 4EPIA 4W54A 214LA 137LA 3GUKA 1LI3A 206LA 1L63A 1L75A 1CX7A 3SB9A 1NHBA 2O4WA 1L97A 177LA 1L14A 1L12A 1G0KA 1L54A 1KY0A 1L0KA 138LA 2B72A 1LPYA 1KW5A 253LA 3G3WA 4LDEA 4ARMA 3FI5A 3DN0A 139LA 184LA 1L81A 1CUPA 127LA 1L37A 2OTZX 1L76A 1T97A 1C61A 1L36A 180LA 4I7QA 1SSWA 1L13A 163LA 1C65A 212LA 1QS9A 3FADA 4I7TA 201LA 2F32A 3SB7A 1L10A 2OTYX 1L39A 2B6TA 3ODUA 243LA 1G1VA 4IAPA 3DKEX 1CV3A 152LA 1QTDA 1LYGA 3PBLA 3DN2A 237LA 3K2RA 3C7WA 4ZPUA 1L00A 144LA 103LA 3HTGA 115LA 1LGUA 3C80A 1CX6A 1L96A 149LA 4EJ4A 1P3NA 3D4SA 3CDQA 229LA 1P64A 1C66A 1LGWA 245LA 4EXMA 1B6IA 1C6LA 1D9WA 247LA 3G3XA 3G3VA 1C6EA 3HWLA 4I7NA 1XJUA 173LA 1L31A 1L26A 2L78A 4DKLA 1C6DA 1P56A 262LA 1CU5A 234LA 5LZMA 4LDOA 1CV6A 231LA 3HTBA 3DN6A 1QT8A 1SWZA 3DMZA 1I6SA 4I7LA 3C8SA 1L52A 1L84A 1T8AA 3HDEA 1P36A 1CTWA 3DMVA 125LA 2OU8A 1TLAA 1EPYA 2RAYX 1C6MA 1KW7A 1L80A 2CUUA 1L44A 1OWYA 1PQDA 3SBBC 1C6QA 113LA 1L66A 4W51A 169LA 1OV5A 1G0JA 2HULA 1OVHA 1G06A 2Q9DA 3L2XA 1L74A 1KS3A 159LA 1L47A 118LA 1DYAA 1G0QA 158LA 2RBRA 1L83A 4I7RA 4W57A 1WTHA 3GUIA 4I7SA 2RBPA 1L09A 1QTZA 182LA 3DN1A 1D2YA 1L70A 4LZMA 3L64A 162LA 1G1WA 232LA 1L98A 1L55A 5I14A 3QAKA 2F47A 1L17A 1L67A 2O7AA 161LA 4GBRB 224LA 192LA 141LA 1L22A 195LA 1LI2A 1L11A 223LA 1L57A 2RBQA 1L19A 1L90A 175LA 1CV1A 1P37A 1XEPA 254LA 2HUMA 1C6PA 1JTNA 1L41A 188LA 1K28A 3V2YA 1L40A 2ANXA 1ZYTA 1CV0A 219LA 248LA 166LA 228LA 2RB1X 3F9LA 170LA 1P7SA 2B6WA 2Z6BA 1LYEA 4S0WA 172LA 1L99A 1L62A 209LA 126LA 1G0MA 1L65A 109LA 3CDVA 1L72A 130LA 1PQOA 3SB6A 1T8FA 4YXCA 1L23A 2B73A 1LW9A 1L51A 1C69A 150LA 239LA 2O79A 3V2WA 230LA 1L82A 6LZMA 1L24A 1L27A 3HT7A 1QUGA 251LA 1DYFA 1C68A 1ZURA 2B7XA 3UONA 244LA 1L42A 1JTMA 4EPFA 1L53A 3HTFA 1P2RA 119LA 1L0JA 1CU2A 3NY8A 104LA 1QTBA 167LA 2OE7X 1DYDA 3GULA 3HT6A 4I7OA 1L92A 1L95A 1L60A 102LA 3PDSA 185LA 257LA 3SBAA 1L20A 4E97A 1DYEA 2B75A 1L28A 242LA 3HH4A 4W58A 181LA 108LA 2LC9A 1L46A 3DN3A 255LA 236LA 2Q9EA 120LA 1C6NA 1LYIA 1C62A 1L89A 218LA 2OU0X 1L06A 259LA 111LA 2LZMA 3OE6A 4ARMB 1OV7A 3CDOA 1C6FA 2QARC 4PK0A 160LA 261LA 3HU9A 233LA 1L86A 1LWKA 246LA 2B74A 1D3NA 1C6IA 3F8VA 1L85A 1C6AA 213LA 252LA 2F2QA 1OVJA 191LA 165LA 147LA 4I7KA 128LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E8LA 168LA 6LYZA 1PS5A 1LYJA 1UIDA 3DMXA 114LA 6LYTA 1HEMA 4GCBA 3EMLA 1CU6A 3T36A 3NY9A 1HNLA 4TSCA 2DQIY 3RUNA 1FBIX 5A3EA 1BHZA 4WOAA 1P46A 1QT7A 1KIQC 1L25A 1DYCA 1VFBC 249LA 2Z37A 1JITA 4H90A 3BKVA 1C6HA 5DN4A 1UA6Y 1YANA 4LZTA 186LA 3WUAA 1JTOL 5I54A 1NDGC 1GBSA 3HT8A 1N4FA 1JKAA 2D4JA 5KXYA 1GB2A 133LA 4ARJA 4ARLA 2MECA 1JKCA 2HECA 1LSFA 1QUOA 3A67Y 3A3RX 2RB2X 1NBZC 4YM8A 1DKJA 1LYDA 1LZDA 1CJ7A 2BQEA 1JWRA 3HT9A 1LTMA 1LOZA 3HBHA 1CJ9A 1JQUA 4B4EA 4WLDA 1L94A 2Z2FA 3W6EA 1L61A 4I8SA 4WL7A 1KY1A 1P2LA 3AYQA 1C6TA 1L04A 1HEWA 1LJ4A 1KNIA 1LKRA 1GBWA 5LVGA 1L38A 2G4NA 2BQAA 7LZMA 5FEKA 1L59A 1A4VA 1Z55A 1DYBA 4LYCA 1L15A 2RBSA 3HH5A 1C67A 1QT5A 2BQCA 260LA 2ZYPA 3RT5X 5LYZA 1L43A 4ARQB 146LA 215LA 4I7PA 196LA 3TMXA 1GHLA 5FDJA 176LA 2MEHA 4LT0A 1IWWA 3A90A 1CV4A 4NHTA 2ZIKA 2LZ2A 4G4CA 3D3DA 2LYOA 4DD3A 1YIKA 1L16A 2Z12A 3HUAA 1CKDA 4QDNA 5IHGA 2HU1A 2LYMA 2LHMA 3A34A 1QQYA 1L56A 1GE3A 1G0LA 164LA 5APFA 1IC4Y 4NHIA 4RW1A 4W54A 3GUKA 5LA8A 1GXV2 1L63A 1CX7A 1HHLA 5DLAA 1NHBA 2N5ZA 2MEDA 4J7VA 1L14A 1B5XA 1KY0A 138LA 2HU3A 4NGOA 1OUBA 4J1BA 4WM2A 5DM9A 2HEDA 4ETCA 3A91A 4B1AA 4LYBA 1BWJA 1L76A 1C61A 1A2YC 1I56A 3OK0A 1DI4A 2BQGA 3AZ7A 4I7QA 3TXFA 1C65A 212LA 201LA 2F32A 4G4HA 2DBTA 4AXTA 1B7NA 4DDAA 1L10A 4LGKA 4YF2A 5F16A 1C46A 3ODUA 243LA 1B5YA 3QY4A 1CV3A 3DN2A 1CKGA 4IATA 3WW6A 3HTGA 1B7MA 1LGUA 4XYYA 1IR7A 4O34A 5T3FA 4WM1A 1NF5A 1BB3A 229LA 1P64A 4H9BA 1VDPA 1JKBA 3HWLA 3WL2A 1BVXA 1LZAA 1GEZA 5HLLA 1LSBA 2L78A 1REZA 4DKLA 1P56A 1B5WA 234LA 4OOOA 5APDA 3CSRA 1CKHA 1QSWA 2FYCA 3DN6A 4DDCA 3TXHA 4RLNA 4I7LA 1AKIA 3C8SA 3HDEA 2MEAA 4DQ7A 1YKXX 125LA 1GE4A 3GXRA 1GE1A 5HMJA 1DXJA 1L44A 3GXKA 1OWYA 1LCNA 5C6LA 1LZ4A 169LA 1WVUA 1B7OA 1G06A 1LZ1A 1KXYA 1D0MA 3L2XA 1KS3A 1LYZA 159LA 2LZTA 3N9AA 1L47A 158LA 4QEQA 4M4OA 4I7RA 5LVIA 1WTHA 4NGYA 1B7QA 4WLTA 3B0IA 182LA 4DYGA 1D2YA 1IEEA 4LZMA 5A3ZA 1LHIA 1WQMA 1L67A 5B07A 1LPIA 4GBRB 1L22A 195LA 4WO9A 1L57A 5LAFA 1LSYA 3W6AA 5KXPA 3V2YA 2ANXA 219LA 1KIPC 228LA 4XENA 2RB1X 170LA 1DI5A 4OW1A 4S0WA 132LA 1WQQA 5IDDA 2BQJA 1KXWA 1G0MA 1L65A 4J0LA 1MELL 1C69A 4HSFA 5LIOA 3TXEA 1IWVA 4KPMA 5F9XA 1DYFA 1LZTA 1ZURA 1LZ5A 2B7XA 3UONA 1L42A 1JTMA 3HTFA 1L0JA 5E9RA 1D6QA 1IP5A 3LN2A 1GB9A 4I7OA 1L92A 3AW6A 1L95A 5C6IA 4UWVA 3PDSA 185LA 3B0OA 181LA 108LA 1T6VL 2BQOA 3G3BB 2DQJY 4QY9A 3G3AB 3WH1A 5KXLA 2OU0X 259LA 3OE6A 2LZMA 1C6FA 1HSXA 4GCEA 5HQ1A 2QARC 2B74A 2C8OA 1GB7A 3AGHA 191LA 1OP9B 1SLYA 1GFVA 3TXGA 1P6YA 4NSJA 2W1LA 1GF6A 3HTDA 1UIGA 3OE0A 4ZIXA 1T8GA 5I4YA 1IP4A 1JJ1A 1L33A 4WM4A 4YX7C 143LA 1YL0X 3ZEKA 1YKYX 1L68A 3SN6R 3OE8A 1REYA 1RCMA 3DNAA 4H9FA 1XGPC 2Y8PA 5E4PA 3GUOA 4DD1A 1QSAA 140LA 1L03A 2BQNA 4YXAC 3RNXA 1D3FA 4J1AA 4ZFPA 3HH3A 1L58A 2RSCA 5B05A 2ZIJA 1IR9A 1JHLA 3VW7A 1TBYA 4ARPA 256LA 1C10A 1L50A 3ZVQA 1QUTA 1ZVYB 3LZMA 112LA 1GFTA 1BWHA 1IWXA 1FKVA 197LA 4I0CA 1LJIA 1PQIA 199LA 4H94A 1PQJA 1C43A 1LZEA 5KXOA 3RZEA 1GPQC 1LHHA 2HEAA 3WVXA 5LYTA 3WXTA 4LDLA 1LGXA 2B6XA 1XGQC 1G0GA 2A4TA 171LA 4NGJA 129LA 2RB0X 1OUAA 4NIJA 2D6BA 225LA 1QUDA 1L07A 5D5FA 1CUQA 5LYMA 5B1FA 1LJNA 5IELA 3BKHA 1WQPA 4WO6A 1LYSA 1QTKA 1HMKA 1LI6A 4CGEA 142LA 1JPOA 4W55A 4EKQA 1LKSA 2HEEA 3TMVA 1IOQA 4NWHA 2F2NA 1L77A 4DT3A 3EXDA 1QT3A 1RJCB 2OE4X 1B7LA 1WTMA 2FBDA 3A6CY 156LA 3EBAB 4W59A 1QT6A 2RBNA 1QTVA 3HDFA 4KL7A 1YKZX 1F10A 178LA 2HUKA 2QB0B 4GCFA 3CDTA 4K5YA 198LA 3WPKA 1VEDA 2BQIA 3A6BY 1L45A 1G7MC 2DQHY 1LSEA 4BADA 1LYHA 4DJHA 4U3XB 3RW8A 3GUPA 205LA 5I4WA 4WM6A 3GUNA 4WG7A 1HFZA 3MGWA 1GAYA 5II3A 1DKKA 3A94A 2IHLA 4E3UA 207LA 1L69A 1B7RA 1LZNA 2HEFA 2Z39A 2IFFY 1IWUA 1QTEA 1L75A 3SB9A 2CGIA 4W96A 2ZNWY 3HBEX 177LA 1YAQA 4OWHA 5F9UA 1L54A 1L0KA 5KXNA 1H87A 2B72A 1LPYA 5KXZA 2DQCY 4ARMA 3FI5A 3QNGA 1B5ZA 184LA 1CUPA 127LA 2YBLA 3P66A 4WM3A 2OTZX 1T97A 5ILCA 1GF8A 2A7DA 1SSWA 1L13A 1QS9A 3AZ6A 4CFPA 3OJPA 2OTYX 4Z46A 2HUBA 4HJVA 1L39A 2Z18A 1UIBA 1G1VA 4IASA 5LAGA 1JEFA 1GBOA 3A93A 4R6CA 1HEOA 4DD7A 3TMUA 3WVYA 4EMNA 3C7WA 4C5FA 1L00A 4XADA 2MEIA 1G7HC 4A7DA 115LA 4LFPA 2YDGA 4LYZA 149LA 1LJGA 5FELA 5KXWA 1V7SA 1D9UA 5LINA 3WULA 2BQFA 4GLAA 4TX7A 1NKHA 1LGWA 245LA 247LA 4GN4A 1C6EA 1XJUA 2W1XA 2I25L 1L31A 262LA 1G7IC 3HTBA 1FLUA 5KY1A 1QT8A 3WUMA 4ETAA 1T8AA 1P36A 2YBHA 2OU8A 1TAYA 1OUGA 1JUGA 1GFJA 1PQDA 1EQEA 3J4GA 1DPXA 4H8ZA 3SBBC 1L66A 3A92A 1JKDA 1OV5A 1G0JA 1OVHA 1JTTL 3IWRA 1DYAA 1G0QA 4W57A 5APCA 2BQHA 5D5CA 1L09A 5F14A 5KXKA 3DN1A 1LMPA 1XSFA 1REXA 4NHSA 1W6ZA 1WQNA 3L64A 1G1WA 1GE0A 4H9CA 1L55A 5I14A 1F0WA 4ETBA 4DC4A 1BWIA 4GLVA 3P4ZA 4PGJB 5KJ9A 1IP1A 4ET8A 1UACY 2RBQA 1L19A 1L90A 175LA 1P37A 3P68A 4TTDA 2ZILA 4YEOA 4H9HA 1JTNA 1UC0A 1XGUC 1JISA 1L40A 248LA 166LA 1DPWA 4FDYA 4WLXA 1YAMA 3F9LA 5KXTA 4MCKA 2Z6BA 1LYEA 1IO5A 4ML7A 209LA 3CDVA 1T8FA 2B73A 1BB4A 1LW9A 2O79A 1UICA 1BVKC 3V2WA 1L82A 3ATOA 3WU9A 251LA 2XBRA 4ETDA 7LYZA 244LA 4NGKA 1L53A 3WPJA 5I5QA 1CU2A 3NY8A 1HELA 104LA 2W1YA 4NHPA 1LMOA 1O23A 1YILA 4NGIA 102LA 1B5UA 4E97A 1L28A 3HH4A 1OUCA 4DQ5A 1L46A 3AW7A 1C62A 1KXXA 1J1XY 1LHJA 1UIHA 1XEIA 4UWUA 1UCOA 3HU9A 233LA 1L86A 1LWKA 4NGZA 3CB7A 1C6IA 3F8VA 1L85A 4TWSA 1GF3A 2HEBA 1LMTA 1KIRC 252LA 5LXWA 1OVJA 1IP6A 4I7KA 1BB6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E8L A;  168L A;  6LYZ A;  1PS5 A;  1LYJ A;  1UID A;  3DMX A;  114L A;  6LYT A;  1HEM A;  4GCB A;  3EML A;  1CU6 A;  3T36 A;  3NY9 A;  1HNL A;  4TSC A;  2DQI Y;  3RUN A;  1FBI X;  5A3E A;  1BHZ A;  4WOA A;  1P46 A;  1QT7 A;  1KIQ C;  1L25 A;  1DYC A;  1VFB C;  249L A;  2Z37 A;  1JIT A;  4H90 A;  3BKV A;  1C6H A;  5DN4 A;  1UA6 Y;  1YAN A;  4LZT A;  186L A;  3WUA A;  1JTO L;  5I54 A;  1NDG C;  1GBS A;  3HT8 A;  1N4F A;  1JKA A;  2D4J A;  5KXY A;  1GB2 A;  133L A;  4ARJ A;  4ARL A;  2MEC A;  1JKC A;  2HEC A;  1LSF A;  1QUO A;  3A67 Y;  3A3R X;  2RB2 X;  1NBZ C;  4YM8 A;  1DKJ A;  1LYD A;  1LZD A;  1CJ7 A;  2BQE A;  1JWR A;  3HT9 A;  1LTM A;  1LOZ A;  3HBH A;  1CJ9 A;  1JQU A;  4B4E A;  4WLD A;  1L94 A;  2Z2F A;  3W6E A;  1L61 A;  4I8S A;  4WL7 A;  1KY1 A;  1P2L A;  3AYQ A;  1C6T A;  1L04 A;  1HEW A;  1LJ4 A;  1KNI A;  1LKR A;  1GBW A;  5LVG A;  1L38 A;  2G4N A;  2BQA A;  7LZM A;  5FEK A;  1L59 A;  1A4V A;  1Z55 A;  1DYB A;  4LYC A;  1L15 A;  2RBS A;  3HH5 A;  1C67 A;  1QT5 A;  2BQC A;  260L A; 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