1L85A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l85A00
4W56A 225LA 1LYFA 1L38A 1L31A 197LA 1D2YA 152LA 4GRVA 1L08A 1L01A 1L06A 1L80A 1XJTA 2OE4X 1L11A 3SB8A 3DN0A 3HTDA 141LA 1ZYTA 1ZWNA 1KS3A 186LA 1G0QA 1L77A 3VW7A 2O79A 2HUKA 1L05A 2RB0X 4OO9A 3SB7A 1SWYA 1G0PA 3SN6R 3PDSA 1L65A 125LA 1C64A 3C81A 173LA 1OVHA 1CU3A 4W53A 196LA 1L81A 3F8VA 170LA 3L2XA 236LA 1L99A 1C66A 1L68A 262LA 2RBSA 3GUKA 4AQNA 2L78A 3SB9A 174LA 167LA 2ANVA 2LZMA 1L02A 3RUNA 166LA 1L21A 1C6EA 1C6FA 3HH3A 1L51A 156LA 1CU0A 1KY0A 1OV5A 250LA 1QTBA 260LA 4I7TA 119LA 4I7KA 1T97A 112LA 1SWZA 110LA 2O7AA 1QS9A 4K5YA 3DN1A 2B6ZA 1T8GA 128LA 3C7ZA 157LA 1LYJA 4YXCA 253LA 4W55A 1XJUA 182LA 1L66A 1SX7A 237LA 1L94A 1LYHA 1LYDA 3G3XA 3HTBA 4EPIA 1C67A 1L95A 252LA 3QAKA 4I7LA 1L60A 228LA 231LA 1CU2A 4LDOA 138LA 1L39A 4I7MA 1L57A 2HULA 176LA 245LA 1L87A 4EXMA 3DN6A 1CUPA 1QUDA 1C68A 1D3JA 1DYAA 1LWGA 247LA 1OWYA 2RBNA 1I6SA 1L12A 1SSWA 2RH1A 1L25A 222LA 1DYFA 242LA 256LA 2OEAX 1C60A 1LGUA 1L75A 188LA 4YX7C 6LZMA 1L47A 3SB5A 1CU5A 1L90A 1L13A 1L0JA 1L10A 4EKRA 1T8FA 1G1VA 1LYEA 123LA 4E97A 113LA 4IAPA 2B72A 1PQDA 1CX7A 1C6PA 3GUIA 1QTDA 3L64A 1L45A 163LA 187LA 1L18A 1L29A 3FA0A 243LA 1LGXA 3SB6A 1LI3A 1QTCA 159LA 184LA 4ARLA 3F9LA 1L03A 1L14A 1G0LA 111LA 1DYCA 1L53A 1PQIA 1C6MA 1B6IA 1L82A 1L35A 2OU9A 3HT8A 4W58A 1C63A 4YXAC 4EKPA 104LA 1L26A 1L88A 175LA 1L56A 155LA 3G3VA 3C8SA 4W57A 4I7SA 1C6LA 1L74A 239LA 1C6DA 4W52A 109LA 1JTMA 3DNAA 1P37A 3C7WA 3C7YA 3OE8A 3FADA 1L34A 160LA 261LA 1L33A 2Q9DA 1PQKA 3HDFA 169LA 1L28A 224LA 3NYAA 139LA 2CUUA 195LA 251LA 1L24A 2B6WA 2O4WA 3C83A 1L70A 1QUHA 1CUQA 1C69A 2ANXA 1XEPA 1D3MA 1C6CA 1L07A 1QTHA 1QT3A 1L73A 3DN2A 1CV3A 1TLAA 3C82A 1LYGA 1CTWA 3HH4A 168LA 1L63A 3GULA 2Z6BA 218LA 5LZMA 229LA 1L23A 1QT8A 1C6TA 1L83A 3CDRA 233LA 4ARJA 2OE7X 137LA 1L44A 1P46A 206LA 191LA 2B70A 210LA 2B6XA 1L61A 2RB1X 209LA 185LA 248LA 3V2YA 1OVKA 1CVKA 1L36A 3HU9A 1L72A 5I14A 1L16A 3DN4A 1QUOA 1LI2A 3DN8A 2B7XA 2B75A 1EPYA 1L49A 7LZMA 1OVJA 3GUPA 1L20A 1PQJA 1L32A 1LGWA 4PK0A 1T8AA 4DKLA 3C80A 4PJZA 171LA 1L62A 1L92A 1L46A 2RBPA 3NY8A 1QTZA 1C65A 1KY1A 4I7JA 147LA 241LA 3OE6A 4W54A 198LA 3LZMA 1LW9A 3OE0A 1WTHA 238LA 181LA 1L67A 1L58A 127LA 1OWZA 114LA 3JR6A 1KW7A 3GUOA 3GUMA 2B74A 172LA 201LA 3HU8A 178LA 3PBLA 1G0MA 2OE9X 1LPYA 230LA 2OU8A 2Q9EA 140LA 148LE 4ARQA 205LA 126LA 1KNIA 143LA 223LA 4GBRB 1D3NA 192LA 1L64A 3V2WA 1OYUA 2RB2X 1L54A 3HT9A 1L0KA 1LWKA 1QSBA 2A4TA 4LDEA 1L85A 1L52A 3CDVA 234LA 1L84A 3HDEA 4EPFA 1QTVA 4I7OA 102LA 2QB0B 1D2WA 1C6JA 4I7QA 3DMXA 1C6BA 1L96A 1P2RA 144LA 142LA 1L37A 1L97A 2NTHA 158LA 3HT7A 2B6TA 1G0JA 3NY9A 1C6AA 177LA 1L42A 2HUMA 1G06A 3ODUA 1G0GA 1CV0A 2F47A 129LA 3C8QA 3CDQA 1CU6A 120LA 2F32A 4EJ4A 1LYIA 2NTGA 1P2LA 3DMVA 1DYGA 1ZURA 3CDTA 4ZPUA 3FI5A 180LA 1L98A 3DN3A 4DJHA 4S0WA 4EKSA 2LCBA 2QARC 2RBOA 3HH5A 1L89A 1C61A 1P36A 215LA 2RBQA 122LA 1LI6A 244LA 1JQUA 3C8RA 3HTFA 183LA 4ARMA 1L22A 235LA 1L17A 3CDOA 3SBAA 1KW5A 3HT6A 146LA 213LA 118LA 1L40A 1QUGA 1L09A 1C6KA 1QS5A 1P7SA 1D3FA 2RAYX 258LA 1P6YA 232LA 151LA 1CV6A 1G07A 3G3WA 226LA 1L43A 1P3NA 1L91A 1L00A 1QT4A 4ARMB 1K28A 1L48A 249LA 1L55A 1D9WA 4I7NA 1L71A 107LA 131LA 227LA 3HTGA 3GUNA 259LA 240LA 130LA 115LA 2RBRA 145LA 219LA 1L04A 4I7PA 3RZEA 211LA 1G0KA 2OTZX 3HH6A 1CV5A 199LA 1QT5A 246LA 2LC9A 1C6IA 3EMLA 2B6YA 1L76A 161LA 1C6GA 1QSQA 189LA 3HUKA 165LA 1L27A 4W59A 4LDLA 3HUAA 214LA 1L93A 4DAJA 1L15A 1OV7A 255LA 212LA 1NHBA 1JTNA 3DKEX 108LA 1P56A 4EKQA 190LA 1T6HA 164LA 1G1WA 2B73A 1L19A 162LA 1DYBA 2IGCA 1QT6A 1L30A 1LLHA 1C6NA 221LA 4W51A 1DYEA 4I7RA 1SX2A 3UONA 3HUQA 2F2QA 1C6QA 200LA 1PQMA 3GUJA 3HWLA 1C6HA 4ARPA 4LZMA 1C62A 2OU0X 257LA 217LA 3SBBC 1CV4A 1L79A 254LA 1DYDA 1L41A 1SSYA 3OE9A 1QT7A 1P5CA 3K2RA 1CX6A 1L50A 3DMZA 1L69A 4ARQB 3D4SA 150LA 2RAZX 220LA 1P64A 1CV1A 216LA 2OTYX 103LA 149LA 1L59A 1PQOA 1L86A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HBEX 5FCPA 4CHXA 197LA 152LA 4GRVA 1GF4A 1L80A 1L11A 2PC2A 4PJ2C 1ZYTA 4BAPA 5F9XA 1LZNA 1T3PA 3A8ZA 1IR7A 2W1LA 3B6LA 4OO9A 1G0PA 4NGWA 1D6PA 1JKAA 3SN6R 1C64A 4H8XA 1QDTA 173LA 1CU3A 3EBAB 1GBYA 2BQGA 1UICA 3L2XA 1C66A 1L68A 1YAPA 3P64A 4AQNA 2L78A 2HEAA 3SB9A 1IWUA 167LA 2BQNA 1C6EA 1D6QA 1FKVA 3HH3A 4M4OA 1CU0A 1BB7A 2D4KA 250LA 5JENB 4YENA 4I7TA 4I7KA 1LZ9A 1GFKA 3DN1A 1JITA 1KIRC 3C7ZA 3A3QA 4W55A 3LYTA 1L66A 2Z19A 3A6BY 5DN4A 4NGJA 3TXKA 1GFGA 3HTBA 1C67A 252LA 1J1XY 4I7LA 4C5FA 1L39A 4WOAA 1L57A 3QY4A 1KIQC 3IJUA 176LA 1NDGC 245LA 1ALCA 1L87A 3DN6A 4EXMA 1QUDA 1D3JA 3HFMY 3B0IA 4HSFA 1OP9B 2A7DA 1HSWA 1JSFA 2HTXA 1CU5A 1GFAA 1W08A 1BGIA 4LYBA 1L13A 1JHLA 1LHJA 5LA5A 1JTPL 2B72A 2BQBA 4H90A 1CX7A 1C6PA 4IJ4A 3A94A 4NEBA 1LZBA 1L18A 3SB6A 1QTCA 1CKDA 1AT5A 3F9LA 1L03A 5I53A 1G0LA 111LA 1HEPA 1LJGA 3LZ2A 4WL7A 3WYHA 5KXNA 1C6MA 3HT8A 4YXAC 1C63A 1LZEA 5KKIA 1LZRA 1L88A 155LA 3C8SA 5LYTA 4XYYA 1C6DA 109LA 194LA 3C7WA 3A95A 1B7SA 1OUIA 1L34A 261LA 3HDFA 4OW1A 1L28A 1FDLY 139LA 195LA 251LA 1L24A 3C83A 4MCKA 1QUHA 1C69A 1ZMYL 1LKSA 1QT3A 4GLAA 1IP7A 1GAZA 1LMTA 4DDCA 1B7QA 1CJ9A 2G4NA 1LYGA 1CTWA 1WVVA 5HNCA 168LA 1C45A 1L23A 4NY5A 1LSCA 3CDRA 2G4PA 2OE7X 5B05A 3TXHA 6LYZA 1HEQA 3WXUA 2B5ZA 1JJ1A 1YILA 191LA 4DQJA 1CJ6A 1VATA 1XSFA 3A92A 2BLXA 3V2YA 1CVKA 4QDNA 4H9BA 1L36A 2BQOA 1L72A 1GB7A 4TWSA 2BPUA 5KXMA 1UACY 2ZIJA 4XJIA 3A34A 4DKLA 3C80A 4PJZA 1QUTA 2RBPA 4D9ZA 2BAAA 1C65A 4NGOA 9LYZA 2D4JA 4BADA 4W54A 1DKKA 198LA 1DPWA 1JTOL 1LZAA 4IATA 1KXXA 1LKRA 1IP3A 4DD0A 1L67A 1JISA 4J1BA 3JR6A 1HHLA 1LSAA 2Q0MX 2Z37A 5DN5A 5ILFA 1FLUA 2D91A 1LPYA 1HEMA 230LA 2FYDA 2OE9X 2OU8A 148LE 4ARQA 1C43A 1RFPA 205LA 2ZQ3A 4GCBA 4GCEA 1KNIA 2ZNWY 1LYOA 1LHKA 1W6ZA 5FEKA 2EQLA 1L64A 1TCYA 2RB2X 1L54A 1QSBA 1L52A 4WLTA 2YBMA 1QTKA 5L9JA 3TXDA 1LSZA 4MSTA 4I7QA 3DMXA 7LYZA 1RE2A 4B1AA 1V7SA 1L96A 1P2RA 1B5WA 5KXYA 144LA 3LYZA 3N9AA 142LA 4NFVA 8LYZA 5B59A 1GFJA 1VDSA 158LA 2B6TA 1L42A 3ODUA 1G0GA 1E8LA 3FI7A 1WQRA 129LA 1OUAA 5C6LA 1P2LA 1DI3A 1GWDA 1ZURA 1LMPA 5IELA 3IWRA 4S0WA 3HH5A 1L89A 1G7MC 1P36A 215LA 5APCA 3HTFA 1JQUA 2HEFA 3C8RA 4ARMA 1AZFA 1L22A 1L17A 2MEDA 1IO5A 1IP5A 3HT6A 3EO5A 118LA 1L40A 3E3DA 1QUGA 3MGWA 5LVHA 4LYMA 1P3NA 5I4WA 3WUMA 1K28A 227LA 259LA 3CT5A 2I26L 4HTNA 4HJZA 2RBRA 1JKDA 1JTTL 2OTZX 1OUFA 199LA 1C6IA 1L76A 3HBDA 165LA 1L27A 5LVGA 4H8YA 2Z2EA 1IP1A 1OUGA 1L93A 4PGJB 1P56A 4EKQA 164LA 4XJGA 1QUSA 4W96A 3WVXA 1LLHA 5F16A 1IWYA 3G3AB 1BHZA 3UONA 3HUQA 5A3ZA 4GN4A 1EL1A 3B72A 4I8SA 1LJFA 4ARPA 1JKCA 217LA 1CV4A 1L79A 1SSYA 2XBSA 3CSQA 1IWWA 1XEKA 1AKIA 4GCCA 1L69A 4GN3A 5LVIA 3TXIA 1EQ5A 3AB6A 4LFXA 216LA 4WM4A 1I1ZA 2D6BA 2CDSA 4TX7A 1KXWA 1L86A 3TXBA 3A67Y 4W56A 3CSZA 1L01A 4OWEA 3SB8A 1DKJA 1WQQA 4NHSA 1YAMA 1ZWNA 1KS3A 4ETCA 2O79A 2HUKA 4XJBA 1LSFA 2RB0X 1SWYA 4EOFA 4RLNA 3WPLA 4C3WA 1XGUC 1L65A 125LA 4PRQA 1B5VA 1DI5A 3C81A 2LYZA 1LSYA 4WM3A 1GB9A 1XGQC 1T6VL 4RW2A 1JPOA 3W6DA 3VWOA 3WH1A 5APDA 1YKXX 1LZTA 1LZSA 1B0DA 174LA 3CQLA 1EQEA 2LYMA 166LA 1HERA 4HV2A 1L51A 1YL1X 1KY0A 193LA 260LA 3TMUA 119LA 1WQMA 4ETAA 1T97A 2ZILA 112LA 1SWZA 110LA 1QS9A 4O34A 4K5YA 3P4ZA 1TBYA 1T8GA 128LA 2B6ZA 4YXCA 253LA 1XJUA 237LA 1SX7A 2ZQ4A 1L94A 1LYHA 3G3XA 3B0OA 3TXEA 1L95A 1L60A 1BVKC 1J1OY 1LZ6A 2HULA 1OUHA 1XGTC 1CUPA 4WG1A 1DYAA 1LWGA 4GLVA 3TXFA 1OWYA 1L12A 2RH1A 2RSCA 222LA 3RT5X 5II3A 1YROA 2OEAX 1C60A 1LGUA 188LA 1HFYA 1QIOA 4WO9A 4CFOA 5F14A 4YX7C 4YF2A 1DI4A 3M3UA 3TXJA 4DWXA 1JIYA 1L10A 1GE2A 4NG8A 1H6MA 1T8FA 4J0LA 4XENA 113LA 4IAPA 4TUNA 1LMQA 1LZ8A 3WXTA 3AZ4A 1HELA 4ML7A 3WPKA 243LA 1LGXA 2FBDA 1LZGA 1L14A 3A90A 3ATOA 1F6SA 1JJ0A 1CKFA 4W58A 1L35A 1CNSA 1UIEA 1YAQA 1UCOA 2YBJA 3G3VA 1CJ8A 1ZVHL 1I56A 5A3EA 1C6LA 3T6UA 1IWXA 3AZ7A 4W52A 2BQHA 1IY3A 4LGKA 4DC4A 1FLQA 1OUDA 2I25L 1L33A 2Q9DA 5B06A 1MELL 169LA 224LA 2CUUA 4Z3MA 2Z2FA 2O4WA 1CUQA 1UIGA 1XEJA 5C6JA 4CJ2A 1L73A 3DN2A 5KXWA 3CB7A 1CV3A 1JSEA 5I4XA 1C7PA 2LHMA 3HH4A 1REXA 5EBHA 5D5CA 2Z6BA 5HQ1A 4HJVA 1YQVY 2Z12A 1BB5A 5KKJA 2MEAA 1P46A 3OK0A 206LA 3A6CY 2BLYA 2B6XA 2BQIA 248LA 4ET9A 1OVKA 4DDAA 1OUCA 1LSGA 1LI2A 2B7XA 4TSCA 2B75A 7LZMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HBE X;  5FCP A;  4CHX A;  197L A;  152L A;  4GRV A;  1GF4 A;  1L80 A;  1L11 A;  2PC2 A;  4PJ2 C;  1ZYT A;  4BAP A;  5F9X A;  1LZN A;  1T3P A;  3A8Z A;  1IR7 A;  2W1L A;  3B6L A;  4OO9 A;  1G0P A;  4NGW A;  1D6P A;  1JKA A;  3SN6 R;  1C64 A;  4H8X A;  1QDT A;  173L A;  1CU3 A;  3EBA B;  1GBY A;  2BQG A;  1UIC A;  3L2X A;  1C66 A;  1L68 A;  1YAP A;  3P64 A;  4AQN A;  2L78 A;  2HEA A;  3SB9 A;  1IWU A;  167L A;  2BQN A;  1C6E A;  1D6Q A;  1FKV A;  3HH3 A;  4M4O A;  1CU0 A;  1BB7 A;  2D4K A;  250L A;  5JEN B;  4YEN A;  4I7T A;  4I7K A;  1LZ9 A;  1GFK A;  3DN1 A;  1JIT A;  1KIR C;  3C7Z A;  3A3Q A;  4W55 A;  3LYT A;  1L66 A;  2Z19 A;  3A6B Y;  5DN4 A;  4NGJ A;  3TXK A;  1GFG A;  3HTB A;  1C67 A;  252L A;  1J1X Y;  4I7L A;  4C5F A;  1L39 A;  4WOA A;  1L57 A;  3QY4 A;  1KIQ C;  3IJU A;  176L A;  1NDG C;  245L A;  1ALC A;  1L87 A;  3DN6 A;  4EXM A;  1QUD A;  1D3J A;  3HFM Y;  3B0I A;  4HSF A;  1OP9 B;  2A7D A;  1HSW A;  1JSF A;  2HTX A;  1CU5 A;  1GFA A;  1W08 A;  1BGI A;  4LYB A;  1L13 A;  1JHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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