1L86A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTIRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l86A00
1L85A 233LA 2F32A 1C6AA 1G0KA 2Z6BA 3CDVA 4PK0A 1G06A 1L0JA 1L26A 114LA 1L99A 256LA 3HU9A 2ANVA 4LZMA 191LA 218LA 5LZMA 170LA 1L68A 4AQNA 1L58A 1QTZA 155LA 1LGXA 1XJUA 3DMXA 3QAKA 1CV4A 3F9LA 1P6YA 1L24A 1L25A 1G0JA 2RB2X 129LA 2RH1A 3C81A 3HWLA 1SSYA 1QUOA 192LA 1C6HA 3HDEA 251LA 1L59A 1L09A 197LA 222LA 4YXCA 1L91A 1L63A 1ZYTA 165LA 4I7SA 4EKPA 3K2RA 4ARLA 1L18A 216LA 108LA 1L98A 2HULA 145LA 1T8AA 1DYDA 240LA 1C65A 253LA 3L2XA 238LA 1LYEA 3DN3A 1QT4A 1L01A 1L74A 1QTHA 184LA 123LA 4I7KA 3HU8A 107LA 3LZMA 3PDSA 1C68A 4I7PA 2RBOA 3HTBA 4W52A 1L11A 1P46A 1G1VA 1LYHA 1NHBA 225LA 1L44A 1L03A 3ODUA 4S0WA 1L29A 1P64A 4DJHA 1L47A 1C6FA 254LA 4EJ4A 1L92A 1C61A 1L97A 1PQKA 1QS9A 2O7AA 3C7YA 1L28A 120LA 3HH3A 1L49A 1L37A 1L57A 4I7NA 1QSBA 4GRVA 2OE9X 2RAZX 239LA 1C6CA 257LA 1LLHA 3C8QA 1CU3A 249LA 1P7SA 2B70A 1XJTA 219LA 1QTVA 3PBLA 181LA 3VW7A 1C6TA 1L07A 1B6IA 1L86A 3HT8A 1L66A 3NY9A 247LA 1D9WA 169LA 1L70A 1D3MA 246LA 1P2RA 1TLAA 2RB0X 3HUAA 215LA 1DYEA 1CVKA 1CUQA 223LA 3CDRA 3SB9A 3CDQA 1DYCA 1L52A 3HT9A 4ZPUA 3HUQA 1D2YA 1LI3A 1QTBA 1C6QA 3FI5A 1L61A 148LE 1XEPA 3DN1A 1L90A 1QT6A 1SSWA 2B6XA 109LA 1D2WA 156LA 1LGWA 1QT3A 1L14A 1OWZA 1L16A 1LYDA 3DN2A 4EKSA 2O4WA 1QUDA 3V2WA 1OV5A 1L88A 1L76A 1P56A 1ZWNA 1L54A 1CV1A 4YXAC 1L27A 141LA 248LA 1KNIA 2QB0B 205LA 229LA 127LA 221LA 1CV5A 1LYJA 3DN6A 3SB7A 1C62A 1ZURA 103LA 118LA 140LA 3FA0A 2OTYX 1C6DA 1L0KA 171LA 1EPYA 3DNAA 119LA 3HDFA 206LA 1L34A 3F8VA 122LA 252LA 3C8SA 4ARQB 102LA 1DYAA 126LA 1DYBA 3CDOA 128LA 2B75A 2LC9A 4I7RA 1L51A 1L75A 262LA 3DMZA 1LGUA 2B74A 1L50A 1L15A 1L04A 1C63A 2CUUA 236LA 186LA 3GUNA 1L43A 147LA 1L36A 4ARQA 3GUMA 1L23A 164LA 2A4TA 1KS3A 1L42A 234LA 3HH5A 1L89A 188LA 157LA 228LA 1P3NA 182LA 1CV3A 259LA 3OE9A 1D3FA 183LA 2B7XA 1L55A 2RBNA 1L60A 4W53A 1D3NA 2Q9DA 235LA 131LA 163LA 4DKLA 1C6JA 115LA 1L33A 3GUKA 138LA 3OE0A 3GUJA 1KW7A 1QUHA 214LA 1L65A 1LYFA 1DYFA 198LA 3D4SA 110LA 162LA 1C6PA 226LA 258LA 1G0GA 3G3VA 1T8FA 1C67A 2RBQA 1PQDA 1DYGA 4W58A 1T6HA 7LZMA 1L13A 4W56A 1G0QA 242LA 3C8RA 3C80A 2RBPA 1L22A 2OE7X 4W51A 4E97A 3SBAA 1D3JA 2NTHA 4W54A 199LA 1PQIA 1LWKA 2F47A 1L87A 1T97A 3SB8A 150LA 1C6KA 1KW5A 1L72A 3HT6A 4I7LA 1LYGA 3DN8A 231LA 244LA 1CX7A 2OU8A 4LDLA 3UONA 232LA 1CV0A 255LA 1L19A 1CTWA 1C66A 125LA 1OVJA 1G1WA 4DAJA 1C64A 2OEAX 3DN0A 2B6WA 1C69A 2HUMA 3HUKA 173LA 1G07A 3JR6A 1G0PA 1QTDA 112LA 1L08A 4I7JA 3HH6A 4PJZA 1L41A 1QSQA 1L64A 1QT8A 1CU2A 2QARC 4ARPA 3G3WA 260LA 2ANXA 1OWYA 2F2QA 5I14A 189LA 1L39A 1L06A 3GUOA 2B72A 3HTGA 3C7WA 187LA 196LA 1OYUA 212LA 143LA 2B73A 2NTGA 1QS5A 4LDOA 1L05A 1L00A 1LI2A 2RBSA 3CDTA 144LA 160LA 1QT7A 2OE4X 4YX7C 3SB6A 230LA 175LA 200LA 180LA 1L38A 245LA 1LW9A 1CX6A 2L78A 3DMVA 1L77A 3HH4A 4OO9A 1SWZA 1CU6A 1P2LA 3GULA 1L46A 1L21A 1C6EA 1LYIA 1CV6A 1WTHA 2B6ZA 3RZEA 1L93A 237LA 4I7QA 1C6GA 1G0LA 1L56A 1L81A 1C6LA 3C7ZA 213LA 1L12A 1LI6A 1L02A 167LA 3C82A 220LA 261LA 2Q9EA 3C83A 4IAPA 3SBBC 1L45A 1L95A 3G3XA 1L83A 1L96A 241LA 3SN6R 3DN4A 1OV7A 4I7OA 1L20A 1L48A 172LA 2RB1X 1K28A 1OVKA 1C60A 1L73A 3L64A 1L71A 1C6NA 2OU0X 1P5CA 1LWGA 1CU5A 1QUGA 1L80A 227LA 4EKQA 4GBRB 4ARMB 139LA 174LA 2LZMA 177LA 113LA 4I7TA 1L35A 2O79A 6LZMA 149LA 3DKEX 4W55A 1JTMA 1L62A 104LA 2RAYX 2HUKA 243LA 137LA 3OE6A 166LA 151LA 1JTNA 152LA 111LA 1L84A 185LA 4ARMA 168LA 1CU0A 1PQOA 201LA 3GUIA 3OE8A 3NYAA 1KY0A 1L31A 1KY1A 3NY8A 176LA 1L94A 130LA 161LA 1C6MA 1SX2A 250LA 1SWYA 142LA 2OU9A 2OTZX 4I7MA 1L79A 1L30A 1QT5A 2B6TA 211LA 1PQJA 4EPFA 1PQMA 3GUPA 1OVHA 4LDEA 1L67A 2LCBA 1C6IA 2B6YA 1SX7A 158LA 1CUPA 1QTCA 4ARJA 210LA 4EPIA 1L17A 1LPYA 4EKRA 195LA 1C6BA 1P37A 159LA 1L69A 1L10A 3HTDA 1P36A 3RUNA 4K5YA 3FADA 1L53A 217LA 4W59A 146LA 224LA 4W57A 1L32A 1T8GA 1L40A 4EXMA 2IGCA 1G0MA 1I6SA 1JQUA 3V2YA 3SB5A 3EMLA 178LA 2RBRA 190LA 1L82A 3HTFA 3HT7A 209LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HJVA 1WVVA 1G0KA 3CDVA 1G06A 1GEZA 114LA 4HTKA 3HU9A 2ANVA 218LA 5LZMA 1LSCA 1HEWA 1LGXA 1XJUA 1LZTA 3QAKA 4CFOA 1CKCA 1L25A 1G0JA 3C81A 1DI5A 1GBWA 3AZ6A 1IOQA 1C6HA 3TXFA 1ZYTA 1GF9A 1CJ6A 1W08A 1DPXA 3GXRA 3K2RA 4OWEA 1Z55A 1EQ4A 145LA 240LA 1LJ4A 4YEMA 5M1YA 1HEQA 3L2XA 4NGZA 3DN3A 5F9UA 184LA 4I7KA 2CJLA 2ZQ4A 3HU8A 1I56A 3T36A 3HBDA 1QDRA 5D5FA 1KIRC 4W52A 1ALCA 1L11A 1HSXA 1LYHA 4S0WA 2F4GA 5LINA 2BQEA 2DQHY 1RJCB 3B72A 4ETBA 4DD1A 1YAMA 1C61A 1LYSA 1L28A 3HH3A 1L49A 4BAPA 1OUBA 1QSBA 4AXTA 257LA 2YSSC 1P7SA 1XJTA 1NKHA 5B1FA 1QTVA 2LZ2A 181LA 1C6TA 3HT8A 1L07A 1B6IA 1LZAA 1L66A 1YKYX 1HMLA 1D3MA 2FYDA 1GAZA 3HUAA 3P66A 3SB9A 3CDQA 1DYCA 1F6RA 1FKQA 3FI5A 1C6QA 5HQ1A 1HEPA 1IWXA 148LE 1XEPA 3DN1A 1L90A 1QT6A 3RU5A 1SSWA 4DQJA 2ZQ3A 1D2WA 2X0AA 4XN6A 4EKSA 1JIYA 2O4WA 4LFPA 1BHZA 1JSEA 4HJYA 1FDLY 4GCCA 4TWSA 248LA 3DN6A 2QB0B 127LA 3SB7A 134LA 5FHWA 2DQFC 1C62A 4I0CA 4N8ZA 3A90A 4PRQA 118LA 1WTNA 3FA0A 1DI3A 3DNAA 3HDFA 1LZSA 1L34A 1GFEA 1GB6A 3C8SA 4I8SA 4H9IA 102LA 1RCMA 1JKAA 2B5ZA 2Z19A 1C43A 128LA 2B75A 2LC9A 3CB7A 5LYMA 5IHGA 1GB2A 1RFPA 186LA 1HEOA 1REXA 4ARQA 1LJFA 1L23A 4GLAA 164LA 2A4TA 234LA 4NGKA 4H91A 4CHXA 2I26L 3MGWA 183LA 3P68A 1L60A 4W53A 4GN4A 3M3UA 4FDYA 1KW7A 1J1XY 3LYMA 1LYFA 5KXMA 4NHPA 4WG1A 226LA 2AUBA 3QNGA 1LPIA 1LJJA 1PQDA 7LZMA 1L13A 242LA 1LZYA 3A6CY 1UIDA 1IORA 2Q0MX 2RBPA 1HHLA 1L22A 5K7OA 1CKDA 4W51A 1GF4A 3SBAA 3AZ4A 1GBOA 1PQIA 1GPQC 2D4JA 2F47A 1T97A 4H93A 150LA 1XGRC 1KW5A 4OOTA 1IWWA 1GB8A 3RT5X 4I7LA 1GXXA 1LYGA 1IR8A 3DN8A 231LA 244LA 1GEVA 3UONA 2OU8A 1LZNA 1BVKC 4II8A 3RW8A 125LA 1G1WA 1IOSA 4DAJA 1LSAA 1YAOA 4H8XA 1YANA 2B6WA 1MLCE 3HUKA 173LA 3JR6A 4PJZA 1QSQA 2I25L 1CU2A 4NSJA 5DLAA 1XGUC 2ZILA 2ANXA 1OWYA 1UC0A 4XENA 1IEEA 1OUEA 5EBHA 196LA 1I1ZA 143LA 1JJ1A 2B73A 1L05A 1L00A 5KXPA 2RBSA 3CDTA 3W6FA 4GCEA 1LYOA 1VDPA 200LA 4DQ5A 1LMQA 1LW9A 2DQAA 1LKSA 1V7TA 1INUA 1CX6A 2L78A 2RSCA 4WM6A 4OO9A 1L46A 1WTHA 2B6ZA 5HLLA 1C6GA 1BWJA 1L56A 1F10A 4NFVA 3C82A 2EKSC 220LA 3A6BY 4ETEA 261LA 2Q9EA 1OUAA 2ZYPA 1L45A 1L95A 2Y8PA 3SN6R 4I7OA 1CNSA 1K28A 3TXGA 1C6NA 1P5CA 4N9RA 3CQLA 1JWRA 1LWGA 1FLUA 1CU5A 2D6BA 4H8ZA 2MECA 4ARMB 2LZMA 5LXWA 177LA 4MSTA 1WTMA 3M18B 4W55A 2RAYX 1JKDA 137LA 1NQIA 151LA 3IJUA 1LZ5A 1L84A 4LT2A 1YKXX 2FBDA 1PQOA 3P64A 5KXYA 4HV1A 1LTMA 1KY0A 1L31A 4ET8A 3A96A 4LT3A 1C6MA 250LA 4RLNA 1LSEA 1GFKA 1L79A 1GB5A 1G7LC 1PQMA 2HEDA 4NG8A 1D0MA 4ARJA 5KXTA 1LOZA 1L17A 4EKRA 1C6BA 159LA 5L3HA 3RUNA 4K5YA 3N9AA 1L53A 4W59A 4NGJA 1QQYA 1T8GA 1G0MA 1JJ0A 1I6SA 4OW1A 3EMLA 178LA 4WG7A 4O34A 2BQIA 2H9KA 1LSGA 209LA 1KXYA 4NSGA 3N9EA 3W6BA 1OUDA 4PRUA 1L26A 256LA 2DQDY 4AGAA 1GFTA 191LA 1YAQA 4AQNA 1LJ3A 3W6EA 1L58A 1WQNA 1GBYA 5LVIA 3DMXA 5LAGA 4DD2A 4GCDA 4EOFA 1GAYA 129LA 1SSYA 1LHLA 4XJGA 4WM1A 1UUZC 4QEQA 4R6CA 2G4NA 3B0IA 1KIPC 4LT1A 4H8YA 1QUTA 1CJ7A 251LA 1B7MA 1RE2A 2MEGA 1HELA 1A2YC 4ARLA 1L18A 216LA 4WL7A 1L98A 2Z38A 2HULA 1LMCA 1UA6Y 1JTPL 3WPKA 253LA 238LA 1LYEA 1O23A 5IDDA 1QT4A 2MEDA 3SP3A 5A3EA 1QTHA 1XEJA 5LVGA 3LZMA 3PDSA 1JJ3A 1WQMA 4C5FA 2RBOA 3TMXA 5LVKA 3K3TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HJV A;  1WVV A;  1G0K A;  3CDV A;  1G06 A;  1GEZ A;  114L A;  4HTK A;  3HU9 A;  2ANV A;  218L A;  5LZM A;  1LSC A;  1HEW A;  1LGX A;  1XJU A;  1LZT A;  3QAK A;  4CFO A;  1CKC A;  1L25 A;  1G0J A;  3C81 A;  1DI5 A;  1GBW A;  3AZ6 A;  1IOQ A;  1C6H A;  3TXF A;  1ZYT A;  1GF9 A;  1CJ6 A;  1W08 A;  1DPX A;  3GXR A;  3K2R A;  4OWE A;  1Z55 A;  1EQ4 A;  145L A;  240L A;  1LJ4 A;  4YEM A;  5M1Y A;  1HEQ A;  3L2X A;  4NGZ A;  3DN3 A;  5F9U A;  184L A;  4I7K A;  2CJL A;  2ZQ4 A;  3HU8 A;  1I56 A;  3T36 A;  3HBD A;  1QDR A;  5D5F A;  1KIR C;  4W52 A;  1ALC A;  1L11 A;  1HSX A;  1LYH A;  4S0W A;  2F4G A;  5LIN A;  2BQE A;  2DQH Y;  1RJC B;  3B72 A;  4ETB A;  4DD1 A;  1YAM A;  1C61 A;  1LYS A;  1L28 A;  3HH3 A;  1L49 A;  4BAP A;  1OUB A;  1QSB A;  4AXT A;  257L A;  2YSS C;  1P7S A;  1XJT A;  1NKH A;  5B1F A;  1QTV A;  2LZ2 A;  181L A;  1C6T A;  3HT8 A;  1L07 A;  1B6I A;  1LZA A;  1L66 A;  1YKY X;  1HML A;  1D3M A;  2FYD A;  1GAZ A;  3HUA A;  3P66 A;  3SB9 A;  3CDQ A;  1DYC A;  1F6R A;  1FKQ A;  3FI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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