1L86A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTIRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l86A00
2B72A 4ARPA 3FADA 1CV6A 1L26A 1CV1A 158LA 169LA 1KS3A 129LA 214LA 3PBLA 2RBQA 4I7MA 1QTVA 2LCBA 4EPFA 180LA 213LA 1L73A 1P36A 3GUNA 3UONA 1KNIA 1L15A 233LA 1L93A 2RH1A 3C8RA 2Q9EA 4DAJA 2F47A 4W55A 1C69A 3DN1A 3HDEA 1CX7A 3HU8A 2LC9A 1L14A 3V2WA 256LA 2OU8A 1L34A 2O4WA 3DMVA 1SX2A 1CUPA 2OEAX 3HU9A 1C6JA 177LA 1L91A 1L71A 221LA 1L05A 1C63A 1L0JA 3ODUA 1G0PA 1L47A 4EKRA 3SB7A 4GBRB 1L52A 1QUGA 1PQKA 1QSBA 3C7ZA 3SB9A 1L81A 1L51A 3VW7A 4GRVA 1C6HA 1QTDA 1D3NA 1C6IA 4EXMA 1LGWA 1G06A 1P46A 1LGXA 1QUDA 1CV4A 113LA 1LWKA 3C8SA 3G3VA 192LA 152LA 2OU9A 1L08A 1C6FA 1L12A 126LA 3HT8A 1LYHA 1G0MA 1C68A 1KY1A 1PQIA 3C8QA 144LA 1L80A 249LA 3C81A 2A4TA 4W52A 1QSQA 3K2RA 1QT7A 1L03A 2RB2X 3NY8A 3DN2A 1T6HA 4YXCA 1PQOA 2LZMA 4LZMA 1KW5A 224LA 1L41A 230LA 167LA 1C6GA 1EPYA 1CX6A 2RBOA 186LA 222LA 3DKEX 4I7QA 1L43A 260LA 2HULA 1L39A 4ARLA 191LA 4K5YA 1L48A 2OU0X 1L67A 1L61A 1LGUA 1L88A 197LA 1L25A 1L16A 170LA 1L55A 1T97A 3DN4A 1L69A 3NYAA 3GUKA 3C7WA 3HH5A 243LA 1XJUA 2B6YA 1CU6A 142LA 2RBSA 4ARQB 4I7RA 3DMZA 1P37A 3L64A 3JR6A 1JTNA 1L07A 120LA 1SWYA 1L97A 1QT8A 1OV7A 2B75A 1CTWA 174LA 3C82A 140LA 1QTHA 242LA 4ARQA 1PQJA 3SBBC 1C6NA 2B74A 1L40A 1C6CA 3CDQA 3CDTA 3G3WA 1L66A 3F9LA 103LA 3HDFA 1OWZA 2Q9DA 1LLHA 3DN0A 1C61A 1L45A 2RBPA 1T8AA 1L72A 4LDOA 237LA 1L10A 3HT9A 1LI6A 3FI5A 1NHBA 3NY9A 1G1VA 1P3NA 1L06A 1L57A 1DYEA 1JQUA 2HUKA 1QS9A 1PQMA 185LA 1D3FA 184LA 4W51A 146LA 236LA 2NTHA 189LA 1C67A 150LA 1L76A 1L18A 155LA 4EJ4A 3SB5A 1T8FA 4EPIA 248LA 4I7PA 1L19A 1L36A 3HTFA 3PDSA 1QTBA 4EKQA 1LYFA 1P2RA 162LA 131LA 1C60A 198LA 139LA 1ZYTA 2IGCA 2ANXA 1CU0A 123LA 3C83A 175LA 137LA 1C6AA 1OVHA 1G0GA 183LA 3HH4A 1QUHA 156LA 215LA 1C64A 2OE7X 1G1WA 232LA 250LA 4DKLA 2OTYX 3OE0A 1C6EA 1L29A 1L82A 190LA 210LA 1L24A 4I7SA 108LA 1C6LA 1LW9A 2HUMA 1CV3A 244LA 1L33A 1L59A 1OWYA 4ARJA 3GULA 4W59A 225LA 188LA 3GUPA 141LA 2OE4X 1L44A 125LA 2RBNA 178LA 2RB0X 4PK0A 163LA 115LA 1DYAA 195LA 239LA 1XJTA 4ARMA 1P2LA 1L90A 1L65A 231LA 1L01A 201LA 1L50A 4EKPA 7LZMA 235LA 1SX7A 5I14A 1ZWNA 138LA 1CUQA 3HT6A 4YXAC 1SSYA 245LA 3QAKA 1L30A 1L31A 109LA 1KW7A 1OVKA 1LYIA 220LA 2F32A 1L04A 1LYJA 145LA 1CVKA 4LDEA 102LA 1L84A 3HTGA 122LA 161LA 3SN6R 1L28A 148LE 228LA 6LZMA 1CU5A 4EKSA 3HUQA 164LA 4OO9A 196LA 3HH3A 2B70A 3GUMA 1QUOA 1L21A 1G0JA 1L27A 3DN6A 2CUUA 3SB6A 3HT7A 199LA 1CU3A 1DYBA 159LA 168LA 1L37A 1C6QA 176LA 1ZURA 1K28A 1L38A 1OVJA 1L13A 1LYDA 234LA 219LA 1C62A 4YX7C 104LA 1L17A 1L68A 246LA 229LA 1L56A 3EMLA 1L23A 2RAZX 149LA 3CDRA 3DN8A 253LA 1G0QA 1C65A 4PJZA 187LA 1C66A 1C6TA 2QARC 1P6YA 3HH6A 2F2QA 4IAPA 1G07A 1LYEA 1DYFA 4W58A 130LA 1QTZA 1QT4A 2B7XA 205LA 211LA 160LA 1D3MA 4LDLA 1P56A 1JTMA 1P64A 1L49A 2B73A 1L94A 3GUJA 261LA 3G3XA 1L89A 1QS5A 1CU2A 1L87A 1LPYA 2B6WA 2B6TA 2O7AA 200LA 4I7TA 182LA 223LA 227LA 1L98A 127LA 1L02A 4W57A 1L79A 1OYUA 1L54A 4W54A 1L11A 2ANVA 1T8GA 255LA 4ZPUA 1DYGA 1PQDA 166LA 1D2WA 1L58A 1L53A 1L09A 2B6ZA 1DYDA 1CV5A 1QT5A 112LA 1B6IA 1G0KA 3F8VA 119LA 3HWLA 3SB8A 1QT3A 1P7SA 4AQNA 3DN3A 3LZMA 165LA 1D2YA 258LA 3SBAA 1L42A 1L85A 4DJHA 3DMXA 1G0LA 1QT6A 212LA 4ARMB 3OE6A 206LA 3HUKA 1C6DA 1LI3A 1L83A 2L78A 3DNAA 4I7JA 107LA 1L22A 1LI2A 173LA 1C6KA 3OE8A 143LA 171LA 2Z6BA 1L63A 241LA 1L75A 247LA 1P5CA 1L0KA 128LA 3HTDA 3OE9A 262LA 4I7LA 1D3JA 181LA 3C80A 209LA 1L62A 4E97A 1L86A 1L96A 217LA 1L77A 3HTBA 1L00A 3CDVA 2B6XA 1L32A 4W53A 1WTHA 2NTGA 1L60A 216LA 5LZMA 3FA0A 1L64A 3RUNA 1DYCA 1I6SA 1TLAA 1L92A 257LA 3C7YA 2OE9X 3RZEA 4I7KA 1L95A 238LA 3GUIA 3GUOA 3CDOA 147LA 172LA 1LWGA 4I7OA 254LA 157LA 3L2XA 1KY0A 1L46A 4W56A 2RAYX 226LA 1L70A 2O79A 2RBRA 1L35A 1QTCA 240LA 1L20A 4S0WA 110LA 1CV0A 1LYGA 118LA 111LA 1L74A 3V2YA 4I7NA 1C6BA 1SSWA 3HUAA 1L99A 3D4SA 251LA 1SWZA 1C6PA 2OTZX 1C6MA 1OV5A 2QB0B 114LA 1XEPA 218LA 259LA 1D9WA 151LA 2RB1X 252LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A95A 3FADA 1L26A 2LYOA 1LZTA 2RBQA 1YAQA 4GCCA 4TWSA 1GPQC 3D9AC 3P68A 1L93A 4LYZA 4A7DA 1GF5A 4W55A 1DI3A 3DN1A 3HDEA 4J7VA 4G9SA 4HJZA 4B4IA 2OU8A 2HUBA 1SX2A 2MEDA 5EBHA 1GF4A 2LZTA 1GFHA 5LVIA 221LA 1C63A 5LIOA 4GBRB 1L52A 4NGZA 1QSBA 3C7ZA 1FKVA 1L81A 4WG7A 1L51A 1QTEA 3FI7A 4GRVA 3VW7A 1C6HA 1D3NA 1YKYX 1GFKA 4NGYA 1LHMA 4OWBA 4G4CA 3G3VA 1B7OA 192LA 5F16A 5KXTA 1L12A 1B7PA 1YKXX 1JSFA 1L80A 2CJLA 2MEIA 4EOFA 3WPJA 3B6LA 1IORA 2RB2X 2LZMA 224LA 2DQCY 1UACY 1VEDA 1LAAA 1LZRA 1LYOA 260LA 4H92A 1HEWA 1GF0A 1XGQC 2DQJY 4LYTA 4ARLA 6LYZA 5F9UA 1IR9A 3F6ZA 5I54A 197LA 1L25A 1REMA 2DQAA 4H9BA 170LA 4AXTA 4LT3A 2ZYCA 1CKCA 3HH5A 1LHHA 1XJUA 1LJIA 1LJFA 3B0KA 1CU6A 1ZVHL 3AZ6A 1IWYA 5KXPA 2YBMA 3AZ4A 4XJFA 1JTNA 120LA 1NQIA 1SWYA 1L97A 1LJKA 242LA 3CT1A 4ARQA 3SBBC 1L40A 1G7IC 3CDTA 1LJ3A 3G3WA 3F9LA 103LA 3HDFA 5HLLA 1DKJA 1LTMA 1C61A 2Z2EA 3A91A 237LA 2N5ZA 2ZQ4A 4H94A 1GB2A 1BB6A 4LT1A 5B06A 3FI5A 2MEFA 1P3NA 1JQUA 1DYEA 2HUKA 1LZAA 1GBYA 1FBIX 146LA 4LGKA 2MEEA 1V7TA 150LA 4EJ4A 4HV2A 3SB5A 248LA 1IR7A 4B4JA 1ZMYL 5DN4A 4QY9A 3OK0A 4ZIXA 1C60A 1OUAA 198LA 4PRQA 2HEDA 2ANXA 1BGIA 1DQJC 2RSCA 3N9AA 1OP9B 175LA 1NMMA 1C6AA 2BQIA 1LHJA 1UC0A 3GXRA 1IC7Y 1G0GA 3HH4A 1LMQA 1IWUA 4XJIA 1C64A 2BQEA 4HPIA 4NHIA 4OOOA 3WXUA 2CDSA 4WL7A 2OTYX 3ATOA 1AT6A 1ALCA 3A6CY 2XTHA 3T36A 1UBZA 2ZIJA 125LA 1GB5A 4GCBA 2RB0X 195LA 3N9EA 1XJTA 1YAOA 4ARMA 3E3DA 1L65A 1LZ4A 4WM4A 1L50A 1RFPA 1LZBA 2BQOA 4HTNA 4BAPA 3QAKA 1L30A 1KW7A 1LYIA 220LA 1IWVA 1QDRA 102LA 2A7FA 1WQQA 3HBEX 4NSIA 4TSCA 4WG1A 161LA 3SN6R 3WVYA 1L28A 1GF8A 228LA 3FE0A 4EKSA 1KXWA 1N4FA 5IHGA 1L21A 2CUUA 3SB6A 3HT7A 199LA 1CU3A 4XYYA 3WUNA 4LFPA 1LZ9A 3TXDA 176LA 1K28A 1D0MA 1L38A 1BWHA 1OVJA 1JUGA 1G7LC 4B4EA 1C62A 1QTKA 1B5VA 104LA 1L68A 246LA 1IP1A 1L56A 1XSFA 149LA 2Q0MX 2C8OA 5F81A 1WVUA 4Z3MA 1W08A 2WARA 1DI5A 5I4XA 4HSFA 3ATNA 4TTDA 5KKIA 2QARC 3ZVQB 1P6YA 3HH6A 4ZFPA 1G07A 2FYDA 4NHPA 4XJBA 211LA 3N9CA 1P56A 4C5FA 4NSGA 4WO6A 5HMJA 1GBWA 5D5FA 3QE8A 1CU2A 1YAMA 200LA 227LA 4W57A 3ULRA 2D4JA 3A92A 1L11A 9LYZA 1OUHA 1PQDA 4RW1A 166LA 1EQ5A 2B6ZA 3F8VA 1CV5A 1B6IA 1REYA 5L3HA 4NFVA 5D5CA 1QT3A 1LMNA 2FBBA 4RDSA 1FDLY 4DD7A 4ETEA 258LA 1BWIA 1L42A 5LAGA 1LJNA 3HUKA 2L78A 107LA 1L22A 4ET9A 3OE8A 1INUA 4OWAA 171LA 2Z6BA 1HEOA 5JENB 4X3BA 4HTQA 2A7DA 3C80A 4E97A 4H9CA 3WPLA 1GFAA 1L00A 4WO9A 1LZCA 1LYZA 4W53A 1WTHA 2NTGA 1GF9A 1LZDA 4H8ZA 1L64A 3W6CA 1QUTA 1AT5A 1DYCA 1I6SA 2YBLA 1TLAA 1VAUA 1L95A 4L41A 238LA 3GUIA 3GUOA 1KIRC 5K7OA 147LA 1LWGA 2BQLA 5A3EA 3L2XA 1L46A 3WH1A 2XJWA 4PHIA 2RBRA 1JJ1A 2FYCA 1BB4A 1L20A 1WQNA 1PS5A 2BQNA 4BS7A 5FEKA 1L99A 4DYGA 251LA 1C6PA 1KIPC 2OTZX 3WULA 114LA 4GCFA 218LA 1D9WA 4FJRA 2B72A 3B72A 1CV6A 5LA5A 3PBLA 4I7MA 2Z37A 1GF7A 5FCPA 4EPFA 1GBOA 4NY5A 213LA 1G7JC 5DLAA 3UONA 1L15A 1XGTC 3C8RA 4DWXA 1JKCA 4E3UA 1C69A 1LZ6A 1GBZA 4PGJB 5KXOA 3HU8A 4DC4A 2YSSC 1L14A 4HJVA 2MECA 3DMVA 3WU8A 2OEAX 177LA 1L91A 1L71A 1L05A 3ODUA 1G0PA 1E8LA 4H9IA 3AGIA 1YILA 1B7QA 2Z18A 3QNGA 3M3UA 4EXMA 1LSZA 1QUDA 113LA 2W1LA 152LA 1HNLA 1OUBA 5ILFA 1C6FA 1NHEA 3RW8A 1C68A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A95 A;  3FAD A;  1L26 A;  2LYO A;  1LZT A;  2RBQ A;  1YAQ A;  4GCC A;  4TWS A;  1GPQ C;  3D9A C;  3P68 A;  1L93 A;  4LYZ A;  4A7D A;  1GF5 A;  4W55 A;  1DI3 A;  3DN1 A;  3HDE A;  4J7V A;  4G9S A;  4HJZ A;  4B4I A;  2OU8 A;  2HUB A;  1SX2 A;  2MED A;  5EBH A;  1GF4 A;  2LZT A;  1GFH A;  5LVI A;  221L A;  1C63 A;  5LIO A;  4GBR B;  1L52 A;  4NGZ A;  1QSB A;  3C7Z A;  1FKV A;  1L81 A;  4WG7 A;  1L51 A;  1QTE A;  3FI7 A;  4GRV A;  3VW7 A;  1C6H A;  1D3N A;  1YKY X;  1GFK A;  4NGY A;  1LHM A;  4OWB A;  4G4C A;  3G3V A;  1B7O A;  192L A;  5F16 A;  5KXT A;  1L12 A;  1B7P A;  1YKX X;  1JSF A;  1L80 A;  2CJL A;  2MEI A;  4EOF A;  3WPJ A;  3B6L A;  1IOR A;  2RB2 X;  2LZM A;  224L A;  2DQC Y;  1UAC Y;  1VED A;  1LAA A;  1LZR A;  1LYO A;  260L A;  4H92 A;  1HEW A;  1GF0 A;  1XGQ C;  2DQJ Y;  4LYT A;  4ARL A;  6LYZ A;  5F9U A;  1IR9 A;  3F6Z A;  5I54 A;  197L A;  1L25 A;  1REM A;  2DQA A;  4H9B A;  170L A;  4AXT A;  4LT3 A;  2ZYC A;  1CKC A;  3HH5 A;  1LHH A;  1XJU A;  1LJI A;  1LJF A;  3B0K A;  1CU6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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