1L89A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l89A00
3HUKA 3DKEX 1L24A 1LGXA 248LA 2HULA 1C68A 108LA 4I7TA 237LA 2RBNA 169LA 1L37A 1D9WA 1P36A 2RB1X 227LA 1L59A 209LA 3RUNA 212LA 4W58A 3LZMA 162LA 3F8VA 213LA 251LA 1L66A 1L07A 1L91A 1L0KA 244LA 2B6YA 1LYGA 1CU3A 2QB0B 3V2WA 3CDTA 1L96A 3C82A 127LA 3HT6A 2RBQA 3NY9A 198LA 186LA 168LA 1L73A 1QTHA 2B73A 2F47A 2OE7X 3JR6A 1L53A 1L80A 1L50A 1L0JA 243LA 2RBPA 1L26A 2OU9A 1C6TA 3HT7A 1L40A 3F9LA 1K28A 1L16A 3L64A 1L68A 3CDQA 2LCBA 1XJTA 241LA 4I7LA 1L70A 1C61A 3NY8A 152LA 1L20A 223LA 3HTDA 173LA 177LA 1JQUA 1C6HA 1C6MA 144LA 4W57A 155LA 3C8SA 2B6WA 4I7QA 192LA 2HUMA 197LA 222LA 1CX6A 1QUGA 242LA 125LA 1L01A 1L57A 1TLAA 137LA 141LA 1KY0A 2F32A 4IAPA 1QUOA 1QT7A 4EKSA 1C6LA 1QTVA 3DNAA 1L65A 4I7RA 230LA 5I14A 1C64A 233LA 235LA 2Q9EA 3DN3A 122LA 1L49A 3HTBA 1C6JA 261LA 4I7JA 3CDVA 1P2LA 1L97A 3HH4A 1G0PA 1L90A 1L84A 262LA 4EKPA 2NTHA 176LA 2QARC 1PQOA 1L72A 1L61A 3HU9A 1C62A 2NTGA 4I7OA 2OU0X 4YXAC 3CDRA 4I7NA 1L04A 1L05A 190LA 4EPIA 1LI3A 1L08A 3HH6A 250LA 3C7YA 1JTMA 1QSBA 1L71A 4ARQB 4ZPUA 1L22A 3DN2A 2Z6BA 257LA 3QAKA 2B74A 4EKQA 1P56A 4ARPA 123LA 1L12A 3DN8A 1DYDA 1CTWA 258LA 1C66A 1LI6A 1L75A 1L03A 1OV5A 1L56A 3GUPA 3HTGA 1C6DA 4DJHA 1NHBA 1C69A 1C6QA 2LC9A 1L32A 3C83A 3HU8A 111LA 1D3MA 4ARQA 1C6BA 1L86A 1T8AA 3OE9A 1DYCA 225LA 2RBSA 1L15A 1D2YA 259LA 1C6PA 1L06A 1KW7A 1L31A 1QTBA 1PQJA 4DAJA 3GUNA 1JTNA 149LA 1L21A 3FI5A 1OWZA 211LA 2Q9DA 142LA 201LA 1G0LA 166LA 1KY1A 3RZEA 158LA 3DMZA 3VW7A 1DYAA 1OVJA 1D3JA 1L36A 178LA 3SB8A 1SSYA 1L28A 254LA 2OE4X 1CV3A 1CU2A 1CUQA 1L19A 1PQKA 1QUDA 103LA 110LA 1L42A 2RAZX 1C6EA 4EKRA 1L88A 160LA 2RH1A 4S0WA 1CX7A 3C8RA 4AQNA 145LA 1C6IA 217LA 1L43A 1LWGA 195LA 1D2WA 1T8FA 1C6AA 1QT3A 234LA 4GBRB 1ZYTA 185LA 4LDEA 236LA 1LYFA 1L23A 4W52A 113LA 1L13A 1L46A 1PQIA 1QTCA 3PDSA 1T97A 214LA 255LA 3UONA 120LA 139LA 2O7AA 4ARLA 3HTFA 115LA 1KNIA 4EPFA 1P7SA 1DYGA 1QTZA 4GRVA 114LA 2B6XA 1CV6A 1CUPA 1L62A 171LA 4W59A 1CV4A 1L48A 4W56A 1XJUA 1LYIA 3C7ZA 150LA 2OE9X 138LA 1L14A 2B7XA 1L38A 229LA 2CUUA 1P5CA 3DMVA 205LA 1P37A 1L09A 224LA 1OWYA 188LA 1PQDA 3GUOA 164LA 239LA 2A4TA 2ANXA 1DYEA 2OTYX 4OO9A 219LA 206LA 3DN4A 1L35A 3DN0A 3HUQA 3OE8A 1L55A 3DMXA 4EJ4A 1D3NA 1OV7A 3SBBC 104LA 3L2XA 1L83A 2B70A 3C81A 1L77A 1L60A 1T6HA 1L54A 1ZWNA 1DYBA 1QS9A 2B6TA 3SB6A 143LA 1OVKA 2RAYX 1LWKA 2RB2X 1L47A 4I7SA 1LW9A 256LA 1P64A 3GULA 215LA 3HUAA 2ANVA 4EXMA 1P3NA 1L02A 1P6YA 129LA 1CV5A 1L76A 1L64A 1WTHA 232LA 2B72A 3C7WA 1G0JA 200LA 1B6IA 1L89A 247LA 1P46A 253LA 1QTDA 240LA 1LYEA 1G0QA 3GUIA 4PJZA 1CVKA 1C6GA 107LA 1KS3A 1G1VA 1CU6A 1P2RA 163LA 1G0KA 4LDLA 102LA 130LA 3HDEA 2LZMA 4YXCA 2O79A 1LYJA 1L33A 4E97A 167LA 3C80A 246LA 1C6KA 182LA 181LA 3SB9A 1C6NA 4PK0A 1L18A 1CU0A 4DKLA 151LA 1C6CA 1L51A 238LA 1L99A 2B75A 189LA 3HT9A 226LA 4ARJA 1QUHA 3PBLA 3SBAA 3NYAA 140LA 1SWZA 109LA 1L45A 1LYHA 3DN1A 3OE6A 1L74A 1G07A 170LA 3HH5A 2OEAX 1L69A 2RB0X 161LA 4I7PA 1L93A 3V2YA 1CV0A 1EPYA 1L44A 1LPYA 1QT8A 2HUKA 3ODUA 1L00A 1L63A 216LA 2OU8A 3CDOA 3K2RA 165LA 174LA 221LA 3SB5A 4ARMB 183LA 3DN6A 4W53A 1QT6A 118LA 1PQMA 1D3FA 1LLHA 210LA 1LYDA 4I7MA 187LA 3G3WA 1I6SA 1C67A 1L39A 2B6ZA 4LDOA 1LI2A 119LA 159LA 146LA 112LA 2IGCA 4K5YA 1DYFA 148LE 1L11A 3C8QA 3SB7A 1C60A 180LA 1L41A 126LA 1SWYA 2OTZX 3G3VA 3HH3A 4LZMA 4ARMA 249LA 1OYUA 3G3XA 1T8GA 1L79A 1OVHA 245LA 2RBRA 1L98A 1L58A 4I7KA 6LZMA 7LZMA 128LA 252LA 260LA 1C65A 1XEPA 172LA 1KW5A 1SSWA 3HT8A 1QSQA 1L17A 1G0GA 5LZMA 1L87A 1QS5A 3OE0A 1QT5A 2O4WA 3FADA 196LA 1SX2A 1L67A 156LA 1L92A 3D4SA 1L52A 157LA 1CU5A 3EMLA 199LA 228LA 3GUKA 4W54A 3GUJA 1SX7A 4YX7C 1L95A 1G1WA 2RBOA 1L29A 1L94A 3HDFA 4W51A 1QT4A 1G0MA 3GUMA 1L25A 1LGWA 231LA 131LA 3HWLA 1L27A 191LA 1L85A 2F2QA 1LGUA 1G06A 1L10A 220LA 1L81A 2L78A 218LA 1L34A 1L30A 1L82A 1C6FA 147LA 1ZURA 1C63A 1CV1A 175LA 4W55A 3SN6R 184LA 3FA0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFJA 1C68A 4I7TA 2DQDY 1FLYA 169LA 2Z18A 1HEMA 1D9WA 1GF4A 1YAPA 212LA 3WW5A 4WG1A 1JKDA 3F8VA 1QUTA 4NGKA 1QDRA 4H9FA 1LKRA 1BGIA 1L07A 1CU3A 1IY3A 3C82A 2DQAA 4G9SA 8LYZA 6LYTA 168LA 2B73A 2OE7X 4HPIA 1AT5A 4KPMA 1SQ2L 1LZ1A 4PHIA 4C3WA 1C6TA 2Z2EA 5LINA 4TUNA 4H9CA 1GBOA 4XADA 4IATA 241LA 4I7LA 4KL7A 3NY8A 3AGHA 4UWUA 1C6HA 4H8XA 1FKVA 1GBSA 4W57A 3ZVQB 4H94A 2ZWBA 2BQBA 222LA 5I5QA 242LA 5KXKA 125LA 1IWUA 1TLAA 2F32A 3D3DA 2CGIA 1JKCA 4IAPA 1LJJA 4EKSA 1C6LA 2HECA 2BQDA 1GB6A 5I14A 2Q9EA 1GEVA 1L49A 1RI8B 2DQCY 1L97A 1L84A 4EKPA 2NTHA 1PQOA 1YANA 4NGVA 1C62A 1UIAA 5IHGA 190LA 1LI3A 1LHHA 1YIKA 1L08A 3C7YA 3RT5X 1DKJA 3LYZA 3OK0A 257LA 2B74A 4PJ2C 5EBHA 123LA 1L12A 3E3DA 1C66A 1LI6A 1L75A 1L03A 4KT3A 1OV5A 1LHIA 1WQOA 3HTGA 1C6DA 1CKCA 4HTNA 5LYZA 1C69A 2DQJY 4LYCA 4DQJA 3C83A 1GFTA 2RSCA 1XGRC 1JEFA 1REZA 4CFOA 5C6LA 5KY1A 1QSWA 3TXEA 4NHSA 1LZCA 3OE9A 1L15A 4KXIA 5F81A 3J6KA 1L31A 2HU1A 2FBBA 1JTNA 4NG1A 4DD3A 5KJ9A 3TXKA 1C08C 2F4AA 4NGJA 1GF6A 1LYSA 4HPEA 1G0LA 166LA 3WMKA 3WULA 1B9OA 3RZEA 158LA 1BB6A 1B5UA 1FLUA 1CU2A 1GB5A 4H8ZA 1EQEA 1XGPC 4MR1A 1KIQC 1C6EA 4EKRA 1CX7A 3IJVA 1B7PA 2LYOA 5APEA 1RCMA 4AQNA 1C6IA 1LHKA 1C6AA 1JWRA 4B4JA 3CT1A 4HJYA 4LDEA 4WM2A 3ZEKA 5C6JA 1DZBX 4AGAA 1L46A 1L13A 1QTCA 3PDSA 5DL9A 4Z41A 2YBMA 4B4IA 1YAMA 5B1GA 3N9AA 154LA 2Z39A 2O7AA 139LA 1NKHA 2BQGA 3HTFA 1KNIA 4EPFA 1P7SA 1DYGA 1QTZA 4GRVA 2ZIJA 2LYZA 114LA 2B6XA 1ALCA 2BQCA 1UCOA 1N4FA 2YBNA 1CV4A 1L48A 5FHWA 1LYIA 150LA 1IC4Y 3MGWA 4RDSA 1L38A 5D5FA 1F10A 1P5CA 2LZ2A 224LA 4ZFPA 1OWYA 188LA 4TSCA 4L41A 1LMOA 164LA 239LA 1WVUA 4GLAA 1BB5A 2N5ZA 194LA 1IP1A 1YKZX 2IFFY 4OO9A 1UUZC 5HNCA 206LA 1J1XY 3HUQA 3OE8A 3DMXA 3T6UA 2MECA 104LA 3L2XA 2I26L 1T6HA 1C7PA 3A6CY 2B6TA 3SB6A 143LA 4ETCA 5B07A 1L47A 1IWTA 1LCNA 2YDGA 4N8ZA 1P64A 1TAYA 5LVIA 1IWYA 1B7MA 3AZ4A 4EXMA 1L64A 1IP6A 1KIPC 5DN4A 3N9CA 200LA 1L89A 1OUFA 2IHLA 240LA 1GXXA 1LZSA 1LSCA 5T3FA 1IWZA 1IC5Y 1KS3A 3TXJA 1DPWA 3A94A 4YXCA 3AZ6A 3HBEX 1LYJA 5B1FA 1GWDA 246LA 1C6KA 3SB9A 2I25L 1D6PA 1L18A 4DKLA 1L51A 3AJNA 4N0JA 2DBTA 5B06A 2F30A 189LA 4LT1A 4LFPA 1WQMA 1SWZA 109LA 2ZILA 3DN1A 1IP3A 170LA 4H9EA 3HH5A 2RB0X 4NGYA 161LA 1L93A 3ODUA 1C43A 2OU8A 3CDOA 3K2RA 165LA 221LA 2MEIA 1KXWA 118LA 187LA 2YBIA 1CKFA 4W96A 1C67A 3A3QA 3W6FA 3C8QA 1C60A 1GFUA 2OTZX 4H93A 4I0CA 4DDBA 3RZ4A 4WLYA 4YEOA 1TEWA 2XBSA 6LZMA 3LYTA 4DQ5A 128LA 3BKHA 5LYMA 2MEEA 1C65A 1KW5A 1RE2A 4ZEEA 4LYTA 1AKIA 2BQIA 3OE0A 1NDMC 1BB3A 4WM5A 199LA 1LSEA 3EO5A 4W54A 5KKIA 1L95A 2RBOA 1L94A 3HDFA 4YOPA 2BQKA 1LGWA 4NGLA 1HSWA 131LA 3HWLA 4EOFA 1L27A 1CKDA 1L85A 1G06A 4QDNA 4QY9A 4DQ7A 3WPLA 1IY4A 3AYQA 1H87A 1L30A 4YEMA 5IELA 1C63A 1J1OY 2W1MA 2X0AA 3SN6R 184LA 1GD6A 5LVGA 4XJGA 1LGXA 4WOAA 1KXXA 3A8ZA 4QEQA 4LYZA 4B49A 1OUIA 2Q0MX 5I4WA 3M18B 1IOCA 2RB1X 3RW8A 209LA 1LZ9A 1PZYA 4OOTA 1XGQC 4NHTA 213LA 1DKKA 1B2KA 3WH1A 4GCFA 4XJDA 1I56A 3WU9A 1HEPA 2EPEA 3V2WA 1L96A 3NY9A 1UIHA 186LA 5LVHA 3CB7A 2H9KA 4WG7A 1L50A 3IJUA 4B4EA 1HENA 1L26A 1IEEA 2Z37A 5I4YA 1JSEA 3HT7A 1UIDA 1REXA 1K28A 1L68A 2LCBA 3ATOA 152LA 1L20A 4LT2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GFJ A;  1C68 A;  4I7T A;  2DQD Y;  1FLY A;  169L A;  2Z18 A;  1HEM A;  1D9W A;  1GF4 A;  1YAP A;  212L A;  3WW5 A;  4WG1 A;  1JKD A;  3F8V A;  1QUT A;  4NGK A;  1QDR A;  4H9F A;  1LKR A;  1BGI A;  1L07 A;  1CU3 A;  1IY3 A;  3C82 A;  2DQA A;  4G9S A;  8LYZ A;  6LYT A;  168L A;  2B73 A;  2OE7 X;  4HPI A;  1AT5 A;  4KPM A;  1SQ2 L;  1LZ1 A;  4PHI A;  4C3W A;  1C6T A;  2Z2E A;  5LIN A;  4TUN A;  4H9C A;  1GBO A;  4XAD A;  4IAT A;  241L A;  4I7L A;  4KL7 A;  3NY8 A;  3AGH A;  4UWU A;  1C6H A;  4H8X A;  1FKV A;  1GBS A;  4W57 A;  3ZVQ B;  4H94 A;  2ZWB A;  2BQB A;  222L A;  5I5Q A;  242L A;  5KXK A;  125L A;  1IWU A;  1TLA A;  2F32 A;  3D3D A;  2CGI A;  1JKC A;  4IAP A;  1LJJ A;  4EKS A;  1C6L A;  2HEC A;  2BQD A;  1GB6 A;  5I14 A;  2Q9E A;  1GEV A;  1L49 A;  1RI8 B;  2DQC Y;  1L97 A;  1L84 A;  4EKP A;  2NTH A;  1PQO A;  1YAN A;  4NGV A;  1C62 A;  1UIA A;  5IHG A;  190L A;  1LI3 A;  1LHH A;  1YIK A;  1L08 A;  3C7Y A;  3RT5 X;  1DKJ A;  3LYZ A;  3OK0 A;  257L A;  2B74 A;  4PJ2 C;  5EBH A;  123L A; 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