1L89A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l89A00
1I6SA 1JTNA 1LYGA 1L95A 156LA 1L05A 1QSQA 2OU0X 4YXAC 196LA 3GULA 4I7MA 1KS3A 1L15A 1G1VA 118LA 1LYFA 1L66A 177LA 3GUIA 1C67A 1L97A 103LA 3GUMA 1QS9A 1L29A 258LA 237LA 3SB5A 1CV6A 209LA 1L46A 1ZWNA 148LE 3HTDA 182LA 4ARLA 1L91A 3PBLA 1L48A 1D3MA 1QT8A 1L53A 2B73A 1P37A 1ZURA 1L60A 3SB9A 1CTWA 143LA 1D9WA 1L79A 3HH3A 167LA 4EKPA 144LA 1QUOA 210LA 3FA0A 1P46A 4W57A 3HT9A 1L20A 1T97A 1L38A 4DJHA 244LA 1L51A 1G0PA 4S0WA 1QS5A 215LA 6LZMA 127LA 142LA 2OTYX 1L07A 2HUMA 162LA 1C6HA 3DN3A 120LA 163LA 3OE6A 3D4SA 3DN0A 232LA 3HT8A 1CV4A 226LA 1L01A 2F47A 3F8VA 1L93A 2ANXA 1XJUA 152LA 3NYAA 1L59A 4I7PA 1LI3A 2RB0X 1B6IA 1L04A 1L89A 3OE8A 1L03A 3SB7A 3SB6A 1G0JA 1LWGA 1DYDA 190LA 2O79A 104LA 3DMXA 225LA 3NY9A 2OEAX 4E97A 158LA 125LA 3DMVA 238LA 157LA 1C6AA 1QT7A 234LA 4IAPA 1L99A 1L19A 1JQUA 4EPFA 1L43A 1QT4A 3GUOA 123LA 3HU8A 1L06A 1L96A 3C81A 246LA 1L31A 219LA 189LA 4ARQA 1XEPA 1LWKA 3OE9A 1D3JA 1XJTA 1P64A 141LA 3L2XA 4I7OA 4ARMA 4EJ4A 1P3NA 1L21A 4W52A 1P7SA 1C6MA 1L33A 1T8FA 155LA 260LA 3HH4A 1C6DA 228LA 222LA 109LA 2B6ZA 1L86A 138LA 1L35A 3HT7A 3RUNA 1L70A 166LA 1C62A 1L90A 1L63A 3C8RA 1KY1A 1C6TA 1LGWA 4I7RA 170LA 1KY0A 4GRVA 4W58A 3V2WA 1L69A 1D3FA 1C66A 4EKSA 205LA 146LA 220LA 1L55A 3GUNA 230LA 2OU8A 181LA 1C61A 1JTMA 1L64A 1OVHA 1L83A 2B74A 1L61A 126LA 3HUQA 3JR6A 3HTBA 1CU6A 1L42A 257LA 4W56A 2B7XA 3GUJA 2OE9X 1LI6A 1G0LA 151LA 1L09A 1L17A 139LA 1L26A 191LA 110LA 2RBNA 3G3XA 1L71A 1L68A 3HWLA 1QT6A 2O7AA 1LYDA 1LGUA 214LA 1CV3A 112LA 2QARC 192LA 1D2YA 111LA 2NTGA 3DMZA 1DYEA 172LA 5LZMA 1L76A 1L87A 3C7ZA 1L81A 4YXCA 186LA 2RH1A 1ZYTA 188LA 248LA 114LA 1L18A 1L56A 1C6PA 2HULA 4I7TA 2IGCA 183LA 3VW7A 4ARJA 4YX7C 1L84A 218LA 1L39A 1QTDA 2OE4X 169LA 1QTBA 1QT5A 128LA 150LA 223LA 3C7YA 1DYFA 1L54A 259LA 145LA 4LDOA 1L0JA 1EPYA 216LA 1LYJA 147LA 1OWYA 1SSWA 1PQOA 174LA 4EKQA 1C6GA 3HUKA 229LA 2B70A 3C8SA 4ARQB 1CU0A 3SN6R 233LA 2F2QA 4ARMB 1C63A 3PDSA 122LA 3HU9A 161LA 2Z6BA 1SX7A 3GUPA 254LA 1L13A 1L41A 4ARPA 255LA 1C6FA 115LA 4EPIA 1CU3A 4I7NA 4W51A 4I7QA 1DYAA 249LA 4ZPUA 3UONA 1P5CA 178LA 224LA 1L82A 3GUKA 107LA 1LPYA 1CV1A 1KW7A 1L25A 1L0KA 1DYGA 199LA 261LA 2RBPA 3SB8A 251LA 168LA 1C6KA 1CVKA 1LGXA 3HDEA 1CV5A 3CDRA 2OU9A 2ANVA 3C80A 1QUDA 1L00A 1L88A 1L30A 4LDEA 1L50A 1T8AA 130LA 3QAKA 7LZMA 1L65A 197LA 1LYIA 1L34A 1OV7A 2LZMA 1G06A 242LA 1L37A 1L57A 1L85A 1L77A 1LYHA 1NHBA 187LA 1P6YA 3ODUA 1L24A 165LA 3NY8A 159LA 4LDLA 3HDFA 2RBQA 1DYBA 1T8GA 1C6LA 3HH6A 1C6QA 1CUQA 4W55A 1L47A 1L58A 3C83A 1C6JA 1C6BA 1L75A 4AQNA 1L16A 1DYCA 1OYUA 239LA 1LW9A 250LA 1WTHA 4K5YA 1G0MA 1C68A 1D3NA 262LA 3FI5A 3HH5A 171LA 1QTCA 1QUHA 198LA 102LA 245LA 1PQDA 3OE0A 1L32A 1C64A 4PK0A 243LA 5I14A 1L28A 247LA 3HUAA 2HUKA 241LA 2B75A 4W53A 1L27A 1P2LA 1CV0A 1L11A 1OWZA 1C6NA 1OVKA 212LA 1CUPA 1L40A 3DN1A 1L94A 164LA 1L49A 227LA 3G3VA 1L74A 149LA 184LA 1G0KA 1KNIA 1L73A 4DAJA 252LA 1CX6A 2NTHA 3L64A 1C6CA 200LA 129LA 140LA 2RBOA 1QT3A 4EKRA 1L62A 1OV5A 2RB2X 1D2WA 1L02A 236LA 2B6YA 1PQKA 1CX7A 1QTZA 175LA 195LA 1L80A 240LA 217LA 3HTGA 1L72A 3SBBC 1CU2A 1C6EA 3HT6A 3DN6A 2OTZX 3CDVA 1L45A 3K2RA 221LA 1QUGA 2Q9EA 3C7WA 1PQIA 2RBRA 4I7SA 1L67A 1L52A 2Q9DA 173LA 2B6WA 4PJZA 206LA 1C69A 1C6IA 2B6TA 3DN4A 2LC9A 131LA 3F9LA 3HTFA 1L08A 4DKLA 1OVJA 3DN2A 2QB0B 3FADA 113LA 213LA 1L36A 3SBAA 1SWZA 201LA 2LCBA 2RBSA 3EMLA 1QTHA 211LA 1PQJA 185LA 1L92A 1QTVA 4I7LA 231LA 2RAYX 1G07A 4GBRB 4W59A 180LA 1TLAA 235LA 256LA 4W54A 1QSBA 4LZMA 1G0QA 2L78A 1KW5A 1PQMA 176LA 1SSYA 3G3WA 3CDQA 1C60A 3DNAA 1L10A 1C65A 3DKEX 108LA 2A4TA 3CDOA 1L23A 253LA 1P56A 137LA 1LYEA 1P36A 1CU5A 1T6HA 1L44A 2RB1X 1G0GA 2B6XA 2CUUA 3CDTA 1K28A 2OE7X 3V2YA 3C8QA 1SWYA 4I7JA 1G1WA 2B72A 4EXMA 4I7KA 1L14A 3RZEA 1L22A 4OO9A 3C82A 119LA 1LLHA 1L98A 1L12A 2RAZX 160LA 2F32A 3LZMA 1P2RA 3DN8A 1SX2A 1LI2A 2O4WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AW7A 2Z19A 1BWHA 1LYGA 1QSQA 156LA 1GFRA 1L05A 196LA 1DI4A 1UC0A 3W6DA 1L15A 1G1VA 3RZ4A 1GB6A 1LYFA 4LYBA 2A7FA 3GUMA 1QS9A 258LA 3SB5A 1CV6A 1IP7A 1ZWNA 3WU8A 5HNLA 5FELA 4H94A 2YDGA 2LHMA 1L91A 2FBBA 4BAFA 3PBLA 2XJWA 1NQIA 2BQCA 1P37A 1CTWA 1D9WA 4EKPA 1FKQA 2XBSA 1L38A 1G0PA 4N1EI 1XGTC 2EQLA 4NSIA 127LA 142LA 1B0DA 4PGJB 2HUMA 4NGVA 1DZBX 1LHLA 5APDA 1HEMA 2BQGA 120LA 2XQOA 3OE6A 1CKFA 1CV4A 4Z46A 3A91A 2F47A 1SQ2L 4I7PA 3ZVQB 1L04A 3OE8A 2BQNA 1LZRA 2BQHA 3A93A 1GAZA 1VATA 3TXKA 153LA 1G0JA 3TXEA 1LZ8A 1TEWA 3TMVA 1EQ5A 1C6AA 3D3DA 1GFEA 1OUAA 4EPFA 3GUOA 5I53A 1L06A 1L96A 3C81A 1IOQA 219LA 1JTOL 3OE9A 1XJTA 4NGOA 1GE3A 4EJ4A 141LA 2Z2FA 3L2XA 4ARMA 155LA 260LA 2RSCA 1C6DA 1GFUA 1P2CC 1T3PA 4OOOA 1XGRC 1LZ1A 2XBRA 1L63A 2N5ZA 4PPOA 1C6TA 1LGWA 2D4JA 170LA 1KY0A 4GRVA 3AGGG 3AZ6A 4W58A 1IY3A 4QDNA 1L69A 205LA 1LSAA 1IVMA 2CDSA 5JENB 181LA 1JTMA 3W6FA 1GE2A 4U3XB 1L83A 1REYA 5DLAA 1L61A 4YF2A 1LSMA 2ZNWY 1CKCA 3HTBA 4HJZA 1QUTA 1CU6A 2LYMA 7LYZA 4W56A 1OUGA 3TXHA 2B7XA 4WMGA 2OE9X 1WQMA 3N9AA 4NG8A 3CSQA 1L09A 1VDTA 139LA 5F16A 2RBNA 1G7HC 1L68A 2YBJA 5I54A 2O7AA 1QUSA 4CJ2A 4WL6A 5IDDA 4H8XA 1WQOA 3W6EA 2NTGA 1DYEA 172LA 3IJUA 1L76A 1L81A 2DQFC 2RH1A 5HQ1A 1LMOA 3A96A 188LA 1L18A 1L56A 1LHMA 1LSBA 1GFKA 4KPMA 1L84A 1OUEA 218LA 1L39A 2OE4X 1NDGC 169LA 2Y8PA 4WLXA 1GB7A 3OK0A 3WVXA 1BB7A 145LA 1LJEA 1LJIA 4PRQA 1GD6A 1SSWA 4EKQA 1RE2A 135LA 1JKAA 3SN6R 233LA 1UCOA 3PDSA 122LA 2Z6BA 1L13A 3BKHA 255LA 1NDMC 3LYZA 1GBWA 4I7NA 4W51A 1DYAA 1IR7A 2BQAA 3UONA 1LZSA 2XTHA 1PZYA 2W1LA 3W6AA 3GUKA 3WPLA 1B5VA 4NHTA 1LZTA 1QSAA 3W3EA 1CV1A 3M18B 1HEOA 1L0KA 1DYGA 3SB8A 1TCYA 2OU9A 3WPJA 1QUDA 1L88A 1T8AA 4RLNA 197LA 1LYIA 1L34A 2ZIJA 242LA 1L57A 1NHBA 1YILA 5I4YA 2GV0A 1IORA 1C6QA 1D0LA 2YBMA 1C6BA 1LW9A 1LSZA 1G0MA 3HH5A 171LA 198LA 1J1XY 1PQDA 3T6UA 3AB6A 3A95A 5LA8A 1WQRA 4PK0A 4DYGA 243LA 2F30A 1L28A 1P2LA 208LA 1FLQA 2YBIA 2H5ZA 3AJNA 1L40A 1L94A 4NGWA 1YL0X 4NGJA 1DI5A 133LA 5DL9A 1H6MA 1AZFA 2NTHA 3EMSA 1C6CA 2RBOA 1B5ZA 3WYHA 4EKRA 236LA 1YKZX 240LA 217LA 3HTGA 1IOSA 3K2RA 1HELA 4H1PA 1L52A 5APEA 1B7QA 1LSFA 1UA6Y 4PJZA 1J1OY 1C69A 2B6TA 3WU9A 1D0MA 4NG1A 4DKLA 2QB0B 3FADA 1IC5Y 1CJ6A 1L36A 213LA 1GFJA 1B7RA 1L92A 1LCNA 3CT1A 1GXXA 4DDCA 1TLAA 1LZ4A 4X3BA 1YAQA 4LZMA 1KW5A 3J6KA 2DBTA 1UIEA 3G3WA 4EMNA 1HFYA 2BQEA 4DDBA 1GB3A 4B4IA 132LA 3DKEX 5LYTA 2I26L 3CDOA 1OUFA 253LA 1REMA 3TMUA 3A94A 4EOFA 1QDTA 4G49A 5LINA 1T6HA 2HEDA 2B6XA 1IWTA 4G9SA 2OE7X 1F6SA 1KXWA 1W08A 1G1WA 1BB4A 1L14A 1L22A 3P65A 1GDXA 1LZ9A 1L98A 1L12A 1B7PA 8LYZA 4QGZA 5KY1A 1E8LA 1UUZC 3RU5A 1P2RA 3FI7A 3HBDA 1SX2A 4GCBA 1LYYA 1OP9B 1VAUA 1HMLA 2MECA 4NEBA 4YXAC 4I7MA 1KS3A 2DQDY 5DN4A 118LA 177LA 4LYZA 3BKVA 1JIYA 3GUIA 4Z98A 1C67A 103LA 2EPEA 4DD2A 2D4IA 5KXYA 134LA 182LA 4LT1A 4CGEA 4NWHA 1ZURA 1AM7A 3HH3A 167LA 4TTDA 1QUOA 1IIZA 1OUBA 1L20A 2Z39A 4S0WA 1QS5A 1JITA 5F9UA 3N9EA 162LA 1YAOA 3DN3A 4NGKA 1IP6A 1JTTL 1L01A 1JSEA 2DKVA 1HMKA 3F8VA 1L93A 1XJUA 1L59A 1LZBA 1B6IA 5I4XA 4XYYA 1CKGA 3SB6A 190LA 1JKBA 3NY9A 2OEAX 4E97A 158LA 125LA 3DMVA 4MCKA 3G3AB 1WVVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AW7 A;  2Z19 A;  1BWH A;  1LYG A;  1QSQ A;  156L A;  1GFR A;  1L05 A;  196L A;  1DI4 A;  1UC0 A;  3W6D A;  1L15 A;  1G1V A;  3RZ4 A;  1GB6 A;  1LYF A;  4LYB A;  2A7F A;  3GUM A;  1QS9 A;  258L A;  3SB5 A;  1CV6 A;  1IP7 A;  1ZWN A;  3WU8 A;  5HNL A;  5FEL A;  4H94 A;  2YDG A;  2LHM A;  1L91 A;  2FBB A;  4BAF A;  3PBL A;  2XJW A;  1NQI A;  2BQC A;  1P37 A;  1CTW A;  1D9W A;  4EKP A;  1FKQ A;  2XBS A;  1L38 A;  1G0P A;  4N1E I;  1XGT C;  2EQL A;  4NSI A;  127L A;  142L A;  1B0D A;  4PGJ B;  2HUM A;  4NGV A;  1DZB X;  1LHL A;  5APD A;  1HEM A;  2BQG A;  120L A;  2XQO A;  3OE6 A;  1CKF A;  1CV4 A;  4Z46 A;  3A91 A;  2F47 A;  1SQ2 L;  4I7P A;  3ZVQ B;  1L04 A;  3OE8 A;  2BQN A;  1LZR A;  2BQH A;  3A93 A;  1GAZ A;  1VAT A;  3TXK A;  153L A;  1G0J A;  3TXE A;  1LZ8 A;  1TEW A;  3TMV A;  1EQ5 A;  1C6A A;  3D3D A;  1GFE A;  1OUA A;  4EPF A;  3GUO A;  5I53 A;  1L06 A;  1L96 A;  3C81 A;  1IOQ A;  219L A;  1JTO L;  3OE9 A;  1XJT A;  4NGO A;  1GE3 A;  4EJ4 A;  141L A;  2Z2F A;  3L2X A;  4ARM A;  155L A; 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