1L92A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAIINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l92A00
1L50A 3HU8A 1QSQA 168LA 140LA 1LYJA 4EKPA 3SB9A 3RZEA 1P46A 4EKRA 1G0KA 1L33A 104LA 167LA 159LA 2RH1A 261LA 258LA 1L55A 4PJZA 1L42A 113LA 5LZMA 161LA 1D3NA 1T6HA 251LA 1C6IA 1L79A 1L77A 217LA 3CDOA 182LA 187LA 1P2LA 4W52A 1L10A 1D2YA 1L14A 169LA 1QUGA 142LA 2O7AA 232LA 1L41A 1L22A 1QTDA 1CU6A 1PQJA 1LWGA 234LA 3C7YA 3L2XA 1P56A 256LA 2OE7X 1L85A 201LA 1JTNA 166LA 1L02A 1D2WA 1QT8A 156LA 189LA 1L84A 2F32A 1T8FA 200LA 242LA 183LA 1L03A 1L87A 1C6PA 1C67A 1PQMA 1LW9A 4W59A 2O79A 4I7SA 190LA 155LA 1L08A 3SBAA 1D3JA 222LA 3D4SA 1KS3A 1P2RA 1L28A 1G0JA 3LZMA 4EPFA 1T8GA 4W54A 4I7PA 1DYEA 2B74A 3QAKA 130LA 1LPYA 211LA 2CUUA 1C6QA 4W51A 4DJHA 3OE6A 118LA 103LA 3UONA 4W57A 4I7TA 1L44A 5I14A 1L99A 1QT5A 1L07A 1G1VA 1XJUA 3VW7A 224LA 1XJTA 4EXMA 3HH3A 3NYAA 221LA 3HT8A 2RBSA 3JR6A 173LA 1DYAA 3DMXA 3HH4A 238LA 1C62A 1LYEA 1OWZA 2RAYX 1PQDA 2OEAX 3G3XA 1QUHA 1CV6A 1L49A 1P7SA 2B75A 1CV1A 1K28A 3L64A 141LA 199LA 4GBRB 3C8SA 1C6FA 3F8VA 4EPIA 4I7LA 1QTBA 220LA 1QT7A 1D3MA 3HDEA 1C6BA 151LA 1C6JA 3F9LA 1NHBA 1G0LA 212LA 3C8QA 123LA 102LA 1C6CA 1SSWA 3HUQA 1LYGA 3DN2A 165LA 4ARLA 172LA 1DYCA 4ARQB 4PK0A 2B70A 1L83A 4EJ4A 162LA 216LA 1CU0A 2RB0X 2RB1X 1L69A 3C82A 3HT6A 3HTFA 188LA 1L39A 3SB6A 255LA 1L40A 1L75A 1L82A 1L66A 3DMZA 4ARQA 257LA 235LA 4ARMB 3CDTA 1L29A 1L88A 3SN6R 215LA 1L93A 228LA 1L04A 1LGUA 1QTZA 1C6HA 223LA 1CVKA 249LA 2RBPA 1OVHA 1L06A 3DN8A 4W58A 4DKLA 1DYGA 4ARMA 115LA 1C60A 1SX2A 2B72A 1C6TA 1L95A 2HUMA 1P3NA 233LA 3HH5A 1G0GA 1G1WA 241LA 3GUOA 1LYDA 3V2WA 125LA 1SWZA 4EKSA 1DYBA 3C7ZA 1C6GA 4I7JA 240LA 1C6LA 150LA 1P6YA 3DKEX 1JQUA 236LA 1B6IA 3HTGA 245LA 3OE9A 1PQKA 3GUMA 3K2RA 3HTBA 1L15A 3HUAA 4LDEA 176LA 2B6XA 1L70A 210LA 1I6SA 2NTGA 144LA 1OVKA 1C69A 1L32A 3DNAA 1CV5A 1C61A 145LA 174LA 4GRVA 1G06A 1L89A 3EMLA 4I7RA 1L64A 3PBLA 109LA 1L63A 1ZURA 1L90A 2ANXA 1OVJA 1ZYTA 197LA 4ARJA 1C65A 1L11A 3C8RA 1CU2A 4E97A 3SBBC 226LA 1L26A 4AQNA 1L20A 3HTDA 3OE0A 1L31A 1LYFA 243LA 170LA 1L58A 1L12A 3SB5A 114LA 1P5CA 1CU5A 2RBRA 4YX7C 1L86A 1P64A 4IAPA 1T97A 3GUJA 1C6KA 1QUOA 1L21A 1JTMA 205LA 1QT6A 180LA 2ANVA 2B6ZA 4YXCA 1WTHA 1OV7A 2B7XA 3GUIA 107LA 262LA 4I7OA 7LZMA 2HUKA 2Q9EA 2HULA 246LA 148LE 1ZWNA 1L73A 122LA 1XEPA 1L56A 1G07A 1L13A 1L97A 149LA 1L61A 1LLHA 4LDLA 3CDRA 1L68A 3CDVA 157LA 3DN3A 3NY9A 1L48A 3HU9A 3ODUA 3DN6A 4EKQA 219LA 4ZPUA 1C6DA 110LA 2OE9X 2F47A 1L34A 177LA 181LA 1LYIA 2B6YA 4DAJA 1L0JA 1QTHA 2OU8A 2A4TA 3DN4A 120LA 1L59A 1CX7A 143LA 108LA 127LA 1KNIA 1L23A 3RUNA 214LA 1QSBA 2QARC 1T8AA 196LA 1L00A 147LA 252LA 1OV5A 237LA 1L94A 175LA 1DYFA 191LA 184LA 1G0QA 2B73A 2OU9A 1L19A 3HWLA 1KW5A 158LA 1L05A 1L54A 3HH6A 1L76A 3G3WA 2O4WA 1QS5A 4I7MA 1C63A 1LYHA 1C64A 129LA 2RAZX 1L24A 1CUPA 4K5YA 1D3FA 227LA 1KY1A 1L01A 1L36A 1SWYA 4S0WA 119LA 2LC9A 1KW7A 1L25A 2OTZX 3CDQA 3OE8A 1L91A 3C83A 3PDSA 1LI3A 1CUQA 128LA 198LA 247LA 1L38A 250LA 1L46A 1L53A 1EPYA 4LDOA 3FADA 1P36A 4W53A 231LA 3DN1A 3C81A 229LA 3GUNA 1L96A 131LA 2RBOA 1C68A 3C7WA 3HT9A 3HT7A 4I7QA 1SSYA 137LA 230LA 1PQOA 2B6WA 1L27A 1L43A 1L47A 4I7NA 3FI5A 3NY8A 138LA 1CX6A 244LA 1SX7A 1OWYA 3G3VA 3SB8A 1G0PA 2LCBA 164LA 1CV3A 2LZMA 1L98A 1DYDA 1L60A 2L78A 186LA 213LA 2OE4X 4OO9A 1L35A 4ARPA 2IGCA 2NTHA 1CU3A 4W55A 2OU0X 1QUDA 248LA 185LA 152LA 253LA 1L37A 2RB2X 3HUKA 1CV0A 1L65A 1L62A 1L71A 259LA 2Q9DA 1D9WA 1L92A 3SB7A 1CTWA 4YXAC 1L09A 2B6TA 2RBQA 1L45A 112LA 1L81A 1KY0A 4LZMA 146LA 1G0MA 3DN0A 1L52A 178LA 1TLAA 1QTCA 192LA 3FA0A 254LA 3HDFA 1CV4A 1LGXA 1L67A 1L80A 1LI2A 218LA 1L16A 1C6AA 2F2QA 3GUPA 260LA 139LA 1C6MA 2OTYX 1QT4A 171LA 1QTVA 163LA 225LA 3DMVA 2RBNA 1LWKA 209LA 1L17A 2Z6BA 6LZMA 1L18A 2QB0B 1LI6A 1OYUA 160LA 1L74A 1QT3A 1L51A 206LA 111LA 4W56A 4I7KA 1C6EA 1C66A 1PQIA 1P37A 1C6NA 195LA 3GULA 3C80A 1L30A 1L57A 1L0KA 3GUKA 3V2YA 1LGWA 239LA 1QS9A 1L72A 126LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HU8A 2EQLA 5A3EA 4EKPA 1LZEA 1FLQA 1IWUA 2IFFY 4HJVA 3W6AA 4EKRA 1L33A 3TMWA 2D4JA 1B7MA 5LZMA 1D0LA 1NKHA 1OUEA 1C6IA 1F10A 217LA 5DN4A 2N5ZA 1P2LA 4W52A 3ATNA 1FN5A 1D2YA 1LHHA 1QTDA 1LMNA 3L2XA 1XEJA 1LZ9A 4XJBA 1B9OA 1QT8A 156LA 4Z3MA 1YROA 2HEFA 242LA 4WM6A 3WU8A 5LVGA 4I7SA 1IX0A 1L08A 2DQCY 3TXKA 1GBXA 1L28A 1G0JA 1H87A 4MCKA 1FLUA 4W54A 2B74A 1LPYA 1YAPA 1XFPL 1UACY 4D9ZA 1GFEA 5I14A 1GBOA 1TAYA 3VW7A 4NSGA 1Z55A 1CKFA 5KY1A 1XJTA 1GB5A 2CWIA 2RBSA 1LZSA 2G4PA 1IP1A 2ZYPA 5HMVA 1HF4A 3G3XA 3ZVQB 1CV6A 2MEFA 1CV1A 208LA 4B1AA 5DL9A 1TCYA 1NDMC 4OW1A 5LYTA 1IOSA 1QT7A 3WPLA 5LA5A 151LA 1GB8A 3A93A 1UIAA 4NSJA 4HSFA 3AZ5A 1UBZA 3N9AA 1LAAA 4LT2A 1LYGA 165LA 3WVYA 1GFJA 172LA 1JKAA 2MEGA 162LA 4TUNA 4I0CA 5B1FA 1JSEA 3HTFA 1L39A 3P65A 1GBSA 1L40A 4LYCA 4ARQA 1PS5A 257LA 3LZTA 235LA 1L88A 1YILA 4LYOA 1LGUA 223LA 1GFTA 3CSQA 2C8PA 5ILFA 1FKVA 1QIOA 1HSWA 3G3AB 1C60A 1UC0A 4LT3A 3SP3A 3A6BY 3TMXA 3HH5A 4DDCA 1LYDA 1VAUA 125LA 4TSCA 4EKSA 3B0IA 1GB0A 4I7JA 150LA 1OUCA 5LAFA 4U3XB 1PQKA 3HUAA 4LDEA 1LZBA 4WM3A 1L70A 1LMAA 210LA 1AKIA 1C69A 4KT3A 1D0KA 4GRVA 2Z38A 1B7OA 5LINA 1LHJA 3GXRA 1JTPL 4E97A 4DT3A 3WW5A 1QDTA 1IP5A 1LYFA 5II3A 1L58A 2AUBA 3A34A 4PGJB 1GB2A 1P64A 4C3WA 1JISA 3GUJA 1OUDA 1TBYA 5D5CA 2ANVA 2B6ZA 1GXXA 3WXTA 4CGEA 1FLWA 4FJRA 4I7OA 3K3TA 4G4BA 2XJWA 1J1XY 2HULA 2ZQ4A 4ET9A 2H9JA 148LE 1LJ3A 1DPXA 1L73A 4FDYA 1XEPA 135LA 4WL7A 4YOPA 2YBMA 1BWHA 1LLHA 2DQGY 1REMA 1VDQA 1UIBA 157LA 3TXFA 1LSFA 4UWNA 4LFPA 2VB1A 1RI8B 3WULA 2F47A 1L34A 1HENA 4HTNA 1XEIA 177LA 5F16A 181LA 1EL1A 2MEBA 5APEA 1MELL 1QTHA 4OWCA 120LA 4NIJA 1L59A 1CX7A 1IOCA 4N0JA 108LA 1REYA 127LA 3RUNA 2QARC 1GEVA 1L00A 147LA 252LA 1OV5A 1L94A 4H1PA 4GN4A 4TSBA 5I4XA 4NEBA 1SLYA 3HWLA 3EXDA 1LKRA 1LZYA 1QS5A 4NGYA 4P2EA 1QSAA 2RAZX 1IVMA 1CUPA 1KIQC 2Z12A 4H9BA 5LVIA 1KY1A 1B5XA 4S0WA 3RU5A 3TMUA 1I1ZA 1L25A 2OTZX 3OE8A 3C83A 4NGIA 1GPQC 198LA 4TTDA 250LA 1L53A 1EPYA 2F4GA 1P36A 4W53A 3GUNA 229LA 1LHIA 1EQEA 1UA6Y 2RBOA 3C7WA 3HT9A 4RDSA 3HT7A 3ATOA 2D4IA 1REXA 1ZVYB 2MECA 1L43A 1L47A 2IHLA 4PHIA 2Y8PA 1GD6A 2LCBA 4GN3A 1L98A 1DYDA 1YAQA 1D0MA 4H8ZA 2L78A 213LA 4OO9A 4ARPA 2IGCA 4RLMA 2OU0X 4J7VA 4WMGA 2ZYCA 1L37A 1LMOA 1BHZA 1L65A 1UCOA 1GE0A 1D6PA 3W6EA 1L92A 1JEFA 5E9RA 2RBQA 4A7DA 4C5FA 5D5FA 1L81A 146LA 2HEDA 4DD1A 5B07A 1HEPA 2G4QA 1LI2A 1C6AA 2F2QA 3GUPA 3T36A 4LT1A 5KXLA 5C6JA 1W6ZA 4Z41A 1QTVA 163LA 1LWKA 1WTNA 1L17A 1IP7A 3AB6A 1GBYA 1LJIA 4OOTA 2QB0B 5I4WA 5IDDA 160LA 1WVVA 3BKHA 1OUHA 1L51A 2DBTA 4NGOA 2WARA 1C6EA 1C66A 195LA 1L30A 1L57A 4ETAA 2MEHA 5IHGA 3SB9A 3RZEA 4WOAA 3HFMY 1LSBA 104LA 5KXZA 5L9JA 159LA 258LA 1GFGA 3P64A 1LJHA 4N9RA 1T6HA 1L79A 187LA 4DQ5A 4XJIA 4KPMA 1ZMYL 142LA 3TMVA 2O7AA 1KXYA 4YM8A 1GEZA 5B1GA 2GV0A 4ML7A 1WQMA 1PQJA 3B72A 1DXJA 1LWGA 1GF7A 1KXXA 1P56A 4ETCA 2YBHA 4H9AA 256LA 201LA 1JTNA 5KXMA 166LA 1L02A 189LA 1N4FA 4GN5C 183LA 1C6PA 4B4JA 1LW9A 4W59A 3SBAA 1F6RA 222LA 1OUIA 1HELA 3QAKA 1LCNA 4DQJA 1GE4A 211LA 2YBNA 4W51A 2BQEA 2ZQ3A 4I7TA 1L44A 1QT5A 1L07A 2BQGA 1QSWA 1G7MC 5FCPA 5LVJA 4NGLA 1LSDA 3HH3A 3NYAA 1G7IC 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HU8 A;  2EQL A;  5A3E A;  4EKP A;  1LZE A;  1FLQ A;  1IWU A;  2IFF Y;  4HJV A;  3W6A A;  4EKR A;  1L33 A;  3TMW A;  2D4J A;  1B7M A;  5LZM A;  1D0L A;  1NKH A;  1OUE A;  1C6I A;  1F10 A;  217L A;  5DN4 A;  2N5Z A;  1P2L A;  4W52 A;  3ATN A;  1FN5 A;  1D2Y A;  1LHH A;  1QTD A;  1LMN A;  3L2X A;  1XEJ A;  1LZ9 A;  4XJB A;  1B9O A;  1QT8 A;  156L A;  4Z3M A;  1YRO A;  2HEF A;  242L A;  4WM6 A;  3WU8 A;  5LVG A;  4I7S A;  1IX0 A;  1L08 A;  2DQC Y;  3TXK A;  1GBX A;  1L28 A;  1G0J A;  1H87 A;  4MCK A;  1FLU A;  4W54 A;  2B74 A;  1LPY A;  1YAP A;  1XFP L;  1UAC Y;  4D9Z A;  1GFE A;  5I14 A;  1GBO A;  1TAY A;  3VW7 A;  4NSG A;  1Z55 A;  1CKF A;  5KY1 A;  1XJT A;  1GB5 A;  2CWI A;  2RBS A;  1LZS A;  2G4P A;  1IP1 A;  2ZYP A;  5HMV A;  1HF4 A;  3G3X A;  3ZVQ B;  1CV6 A;  2MEF A;  1CV1 A;  208L A;  4B1A A;  5DL9 A;  1TCY A;  1NDM C;  4OW1 A;  5LYT A;  1IOS A;  1QT7 A;  3WPL A;  5LA5 A;  151L A;  1GB8 A;  3A93 A;  1UIA A;  4NSJ A;  4HSF A;  3AZ5 A;  1UBZ A;  3N9A A;  1LAA A;  4LT2 A;  1LYG A;  165L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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