1L94A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAVINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l94A00
150LA 3G3WA 1L23A 1L40A 1L03A 4K5YA 1L49A 1QUOA 1L89A 3HTDA 1L20A 1G1WA 3PDSA 2RB1X 129LA 1L05A 1L09A 3CDVA 252LA 248LA 1OVKA 1L33A 249LA 174LA 2RBNA 1L26A 1I6SA 234LA 1C6PA 2RBRA 200LA 3G3XA 1K28A 3C8SA 171LA 3V2YA 4ARMB 1C69A 1L57A 3K2RA 251LA 181LA 115LA 2NTGA 1L82A 246LA 250LA 2QB0B 1C61A 1OWZA 3SB6A 3SN6R 1WTHA 1L06A 1QT8A 4YXAC 2O7AA 1L62A 2ANVA 4GRVA 187LA 1D3JA 196LA 4W53A 2RB2X 1OV5A 141LA 3ODUA 1C6KA 165LA 1CX6A 1OV7A 1QT6A 1L86A 2B6WA 1L87A 3HU8A 217LA 1L52A 4I7JA 1PQOA 3UONA 1EPYA 130LA 1L11A 3SB8A 1KNIA 239LA 140LA 1G0LA 1L32A 3DN2A 258LA 1SX7A 3DMZA 3GUNA 1L72A 1KS3A 1D3MA 1L80A 1XJUA 175LA 232LA 4IAPA 139LA 1C68A 1JTMA 1C6IA 3F9LA 1L95A 1P2LA 1L65A 1L59A 2B73A 1CV4A 1QTHA 1L66A 3NY8A 2OE9X 4ARQA 3G3VA 1L60A 4GBRB 156LA 164LA 1L18A 1L28A 1LWKA 1P5CA 4OO9A 3C8QA 241LA 3DN1A 199LA 138LA 1L64A 209LA 1QUDA 1L90A 1P36A 4W57A 1SWYA 1T6HA 2B6TA 2LZMA 4LZMA 3DN3A 225LA 103LA 113LA 178LA 1L08A 4AQNA 3NYAA 1XEPA 1T8AA 236LA 1L63A 1L29A 222LA 1C6EA 1OWYA 231LA 3HDFA 1G0KA 1LYFA 1L53A 1CV6A 143LA 1OYUA 127LA 2LCBA 3L64A 1L73A 1C66A 4EPFA 168LA 107LA 3CDRA 4PJZA 109LA 131LA 3HTBA 4YX7C 1L01A 218LA 2CUUA 5LZMA 2B70A 4ARPA 176LA 4I7QA 3SBBC 1L0KA 4ARQB 4LDEA 167LA 227LA 1L71A 1DYFA 4W59A 1L56A 1P56A 1L22A 1C6HA 1C6FA 1KW5A 166LA 1L10A 1L54A 1LYEA 1D2YA 3HUAA 1D2WA 1C67A 1L17A 2RB0X 1L84A 1L99A 1C64A 1G0PA 1L37A 173LA 1L81A 205LA 137LA 3C7WA 1L41A 3JR6A 1QTVA 2OTYX 4W58A 1P64A 1CTWA 1LYJA 2HUKA 1LYIA 3GUIA 1C65A 4EJ4A 1L88A 7LZMA 1C6DA 182LA 189LA 157LA 4W55A 1CV3A 3C7YA 213LA 3HUKA 1T8FA 1P46A 1L24A 2L78A 1L96A 1L45A 1C6BA 1L98A 3CDQA 4I7RA 185LA 3HH4A 1LGUA 104LA 1CVKA 1L21A 2RBOA 2Q9EA 1L39A 1QUGA 1QUHA 1P2RA 2B6YA 180LA 2B74A 1L47A 1L94A 1G07A 3HTFA 191LA 5I14A 186LA 1L70A 3DKEX 255LA 1L68A 1L27A 3FADA 256LA 3GUKA 148LE 1P6YA 3DN8A 3DN4A 228LA 1DYBA 1C6GA 2ANXA 1T97A 221LA 3HWLA 1LGWA 3GUJA 4W54A 1C6CA 4YXCA 1CU0A 1CV5A 1LI6A 1OVHA 170LA 4EKSA 147LA 2B6ZA 2IGCA 4DAJA 1L00A 253LA 162LA 111LA 192LA 1CU2A 3NY9A 1L69A 3CDTA 1C6NA 2Z6BA 1L97A 1P3NA 262LA 1L30A 1C6MA 1B6IA 1QTDA 3FA0A 3HT7A 2O4WA 2O79A 2B75A 4W56A 2LC9A 1L0JA 4PK0A 155LA 242LA 3PBLA 2F47A 3DN6A 4DJHA 206LA 6LZMA 1L74A 1L77A 1QT3A 3DMVA 1G0MA 128LA 3HDEA 4I7KA 4I7TA 123LA 1L19A 2QARC 108LA 149LA 1CUQA 2OE4X 1PQDA 3RUNA 3GUPA 1L67A 1L15A 1DYGA 3C7ZA 110LA 3D4SA 1CX7A 1QTCA 1L34A 114LA 1SSWA 3GUMA 1C6JA 1L48A 145LA 1L38A 1PQIA 3FI5A 1DYDA 120LA 4I7NA 3HH6A 3DN0A 3RZEA 4W51A 201LA 1D3NA 1LI2A 2OU8A 1L14A 3HUQA 247LA 3SB5A 4EXMA 1ZWNA 261LA 235LA 1L55A 3HT8A 1L85A 1D9WA 1C6AA 4S0WA 1LLHA 1QT5A 259LA 118LA 2A4TA 184LA 4W52A 195LA 190LA 1L50A 2NTHA 211LA 3C81A 4I7PA 1L83A 1ZYTA 1DYEA 254LA 1CV1A 1QS9A 1LI3A 244LA 210LA 1ZURA 2RAZX 4EKRA 260LA 1L76A 3DNAA 1L58A 214LA 1PQKA 142LA 1CUPA 2F32A 122LA 2RH1A 2RBSA 1C6TA 2F2QA 1JTNA 1P7SA 2B7XA 2OU0X 1L79A 1L43A 1LYGA 4LDLA 172LA 160LA 3CDOA 223LA 1PQJA 3F8VA 161LA 1L12A 119LA 1LYHA 3OE6A 1C62A 144LA 230LA 4EPIA 1PQMA 220LA 2OTZX 1SSYA 243LA 2B6XA 3C8RA 1L02A 216LA 237LA 1C63A 1CU5A 169LA 3HU9A 1KY1A 158LA 163LA 4LDOA 1CV0A 1L25A 4ZPUA 4DKLA 229LA 4I7MA 198LA 126LA 240LA 1LGXA 1QTZA 2OU9A 1CU6A 3L2XA 233LA 4ARLA 1L93A 1QS5A 1SWZA 226LA 2OE7X 1C60A 3C83A 1L31A 2Q9DA 3OE0A 1L75A 151LA 1L51A 4E97A 1LYDA 3GULA 1L35A 1L44A 1CU3A 3C80A 3SB7A 1L04A 1G0GA 3HH5A 188LA 1L91A 224LA 3VW7A 1G1VA 1L16A 1XJTA 1TLAA 1DYCA 146LA 1L13A 1G06A 125LA 1DYAA 1C6LA 1L92A 1G0QA 212LA 3C82A 1LW9A 3V2WA 102LA 4I7OA 3LZMA 1G0JA 1LWGA 2RBQA 3GUOA 4EKPA 1L07A 1QT7A 3HH3A 3OE9A 1KY0A 3OE8A 152LA 1L42A 2HULA 4ARMA 4EKQA 1T8GA 215LA 3HT6A 1LPYA 1L61A 1NHBA 1D3FA 245LA 219LA 4I7SA 1OVJA 238LA 4I7LA 183LA 1L36A 1QTBA 1JQUA 2RBPA 2B72A 3SBAA 112LA 1QT4A 3HT9A 1L46A 1QSBA 4ARJA 3HTGA 3EMLA 1C6QA 3DMXA 2HUMA 1P37A 2OEAX 197LA 3SB9A 1KW7A 3QAKA 159LA 1QSQA 2RAYX 257LA 1SX2A 177LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3WA 4NG1A 4ETEA 1FKVA 5FSTA 1B7SA 1CJ6A 1QUOA 1GB5A 3HTDA 208LA 2RB1X 1IY4A 1GBZA 1LJJA 1LJ3A 5I4WA 3CDVA 2HUBA 4Z46A 4DD2A 2RBNA 1L26A 3AGGG 1YKYX 4OWCA 1C6PA 1LZTA 4OWEA 5B06A 3KAMA 4HTNA 1LZGA 246LA 1QDRA 4FJRA 5C6IA 1LSMA 1L06A 1HFYA 3SN6R 1QT8A 3D9AC 2ANVA 4GRVA 187LA 196LA 4W53A 2RB2X 1B5YA 4LFPA 3QE8A 4LFXA 4ML7A 239LA 4H1PA 1P2CC 4QY9A 4H9FA 1JTTL 3GUNA 1SX7A 1HMLA 4ETCA 2X0AA 5C6LA 1LZDA 1AZFA 1RCMA 4MCKA 135LA 4H94A 4ET9A 3WL2A 1L59A 3CT5A 3NY8A 4ARQA 2BQOA 1A2YC 4QEQA 1P5CA 3A6CY 1JWRA 4WLYA 4DD9A 241LA 1L90A 1P36A 1SWYA 3WUMA 4LZMA 1ZVYB 4N9RA 4CJ2A 3DN3A 1H87A 5AMYA 113LA 1L08A 1LYZA 3BKHA 1XEPA 2G4NA 3HBEX 236LA 1GF0A 1HEOA 2BQFA 3W6AA 231LA 1TCYA 2Q0MX 5LVHA 5F81A 143LA 2ZNXY 1LHMA 1GF7A 2LCBA 1L73A 1C66A 168LA 5FDJA 5APEA 2BQJA 2ZNWY 4PJZA 4HP0A 1TDYA 3HTBA 4OOTA 4YX7C 1LHKA 218LA 4NGLA 4ARPA 4ARQB 4H9CA 1VDSA 3G3BB 1P56A 1L22A 1L10A 2LYOA 4KT3A 5E9RA 4OOOA 1C67A 4NG8A 1XGRC 1L99A 1L37A 1L41A 1QTVA 4W58A 1IWTA 2Z19A 3A8ZA 1JJ3A 4DDBA 1KIRC 1BGIA 1IP5A 3ATOA 1AM7A 1LZ6A 3IJUA 1KXYA 3WPJA 3RNXA 1CV3A 1D0MA 5L3IA 213LA 5LINA 1L45A 1C6BA 1L98A 3LYTA 3CB7A 3HH4A 104LA 1CVKA 2XBSA 5HMVA 5KXZA 1IP1A 3GXKA 1QTKA 3WXUA 5K7OA 4LT2A 3HTFA 1HSWA 2C8OA 3TXDA 1JITA 4AXTA 3DKEX 3WULA 255LA 1HC0A 1NF5A 4GLVA 228LA 4YM8A 1DYBA 3N9CA 4H91A 1CU0A 170LA 1TBYA 2B6ZA 1UIDA 5I5QA 3CDTA 1UIGA 2BQMA 4NGOA 4WM5A 1P3NA 4RDSA 1GD6A 2DQJY 2B5ZA 3AJNA 2PC2A 4RW1A 4ETAA 4FDYA 1GE4A 1JPOA 1LMPA 1IOCA 2F4GA 1PS5A 1EQ4A 4XJBA 4OWAA 149LA 1LSYA 1LMCA 3GUPA 1IO5A 4P2EA 3C7ZA 2DKVA 5KXLA 1OUIA 1RJCB 1F6RA 3D4SA 1C10A 1L34A 3TXGA 3WPLA 5II3A 145LA 1G7JC 4EOFA 3FI5A 1J1PY 4I7NA 1XGUC 3RZEA 1EQEA 1B0DA 1I1ZA 4HPEA 5LYTA 1WQQA 4EXMA 3MGWA 2HU1A 4DQ7A 1L55A 1OUDA 1D9WA 2F4AA 4DD7A 1FLYA 1XEJA 1LLHA 1LAAA 5B59A 190LA 4I7PA 4O34A 244LA 1IP3A 2MEEA 4MR1A 1L76A 1GBWA 1L58A 214LA 4MSTA 142LA 4GN4A 4B0DA 1QTEA 1G7MC 122LA 1E8LA 2RH1A 2RBSA 1IORA 1P7SA 4AGAA 1L43A 2DQDY 172LA 223LA 3CQLA 1N4FA 1PZYA 2A7FA 1UICA 161LA 2YBIA 4ZEEA 1L12A 3WUNA 4CFOA 230LA 4KXIA 1FBIX 4PRQA 2OTZX 5LVJA 243LA 1IC4Y 4L41A 2MEDA 169LA 3HU9A 1XEKA 5IDDA 4LZTA 4NSIA 1UCOA 3QY4A 4HPIA 2OU9A 1CU6A 3L2XA 1HEQA 4B4EA 3RZ4A 4NWEA 3AZ4A 1WVUA 1B5UA 1QDTA 3A90A 6LYTA 4NEBA 4TSCA 2FYDA 151LA 3CSQA 1LYDA 5I53A 1RI8B 3C80A 3SB7A 1KXWA 1L04A 1G1VA 1L16A 1XJTA 146LA 1C6LA 2FYCA 1L92A 4NGIA 212LA 4XN6A 102LA 5LVIA 4B49A 2BQHA 1IP7A 3W6CA 1LZAA 1JJ0A 1L07A 1KY0A 1T8GA 4WOAA 5M1YA 2HEDA 3HT6A 2W1LA 1NHBA 3T6UA 3TXEA 1OVJA 4PRUA 238LA 4I7LA 1L36A 1QTBA 3WUAA 2B72A 4ETBA 4ARJA 1C6QA 2DBTA 1P37A 4GN5C 4J0LA 159LA 1IWVA 5ILCA 150LA 1L23A 1LMOA 4LT1A 2CDSA 5ILFA 1G1WA 129LA 1UIAA 1L05A 1L09A 2ZYPA 2HECA 248LA 1OVKA 3W6EA 1IR8A 1I6SA 2RBRA 171LA 3V2YA 3A92A 2BQEA 4GCBA 3T36A 251LA 181LA 3TXKA 1WTHA 1LSAA 4XYYA 1D3JA 3AGIA 1YANA 1VEDA 1LSGA 5HNCA 165LA 3HU8A 5DL9A 1V7SA 2B6WA 4I7JA 1L52A 1PQOA 1L11A 4DQ5A 1JTOL 5KXWA 4J7VA 140LA 1G0LA 2W1YA 5F9XA 4XJFA 2MEHA 1XJUA 232LA 4IAPA 139LA 4W96A 1L95A 1CKDA 2HTXA 2Y8PA 1L66A 2BQCA 2OE9X 3G3VA 4GCFA 1L18A 1L28A 5KXKA 5IELA 3CSZA 3C8QA 1GFHA 5KXXA 1LMTA 5B07A 3EMSA 1OUGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G3W A;  4NG1 A;  4ETE A;  1FKV A;  5FST A;  1B7S A;  1CJ6 A;  1QUO A;  1GB5 A;  3HTD A;  208L A;  2RB1 X;  1IY4 A;  1GBZ A;  1LJJ A;  1LJ3 A;  5I4W A;  3CDV A;  2HUB A;  4Z46 A;  4DD2 A;  2RBN A;  1L26 A;  3AGG G;  1YKY X;  4OWC A;  1C6P A;  1LZT A;  4OWE A;  5B06 A;  3KAM A;  4HTN A;  1LZG A;  246L A;  1QDR A;  4FJR A;  5C6I A;  1LSM A;  1L06 A;  1HFY A;  3SN6 R;  1QT8 A;  3D9A C;  2ANV A;  4GRV A;  187L A;  196L A;  4W53 A;  2RB2 X;  1B5Y A;  4LFP A;  3QE8 A;  4LFX A;  4ML7 A;  239L A;  4H1P A;  1P2C C;  4QY9 A;  4H9F A;  1JTT L;  3GUN A;  1SX7 A;  1HML A;  4ETC A;  2X0A A;  5C6L A;  1LZD A;  1AZF A;  1RCM A;  4MCK A;  135L A;  4H94 A;  4ET9 A;  3WL2 A;  1L59 A;  3CT5 A;  3NY8 A;  4ARQ A;  2BQO A;  1A2Y C;  4QEQ A;  1P5C A;  3A6C Y;  1JWR A;  4WLY A;  4DD9 A;  241L A;  1L90 A;  1P36 A;  1SWY A;  3WUM A;  4LZM A;  1ZVY B;  4N9R A;  4CJ2 A;  3DN3 A;  1H87 A;  5AMY A;  113L A;  1L08 A;  1LYZ A;  3BKH A;  1XEP A;  2G4N A;  3HBE X;  236L A;  1GF0 A;  1HEO A;  2BQF A;  3W6A A;  231L A;  1TCY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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