1L95A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTVRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l95A00
1DYDA 2F47A 228LA 128LA 1T6HA 220LA 2HUKA 3SBAA 3QAKA 3HUAA 1P37A 1L66A 1L14A 4W57A 242LA 1G1VA 4EKSA 1SX7A 1D2YA 3DKEX 3F8VA 1C60A 1CVKA 252LA 1G0GA 1KY1A 1L74A 1C6HA 3L2XA 1CU2A 1CV0A 181LA 3UONA 1OWYA 164LA 1L79A 5LZMA 1P6YA 1L80A 1L87A 1LYHA 1CUQA 7LZMA 2IGCA 2ANXA 197LA 1QTHA 1CUPA 3OE0A 4DAJA 1JTNA 1PQDA 1L04A 1L56A 2RBPA 2B6YA 1QUOA 141LA 4W56A 107LA 1L76A 1PQIA 227LA 3SBBC 1G0MA 1L89A 2RBQA 4I7RA 213LA 173LA 3NYAA 1OV7A 2RB2X 1L27A 3GULA 1L32A 4ARJA 1KNIA 1PQMA 1OVJA 1LGXA 3C82A 1L0JA 4I7JA 2RBSA 3SB5A 1LPYA 1QSQA 240LA 1JQUA 232LA 165LA 238LA 4AQNA 1L61A 1L81A 1C65A 1L00A 4ZPUA 3SB7A 1L07A 1QTVA 4EKRA 1L57A 3D4SA 114LA 113LA 214LA 1QTCA 3CDVA 262LA 1P2RA 120LA 4OO9A 3HT7A 1L34A 1C6BA 3DNAA 1XJTA 1CX7A 1L11A 167LA 2OTYX 1K28A 1L45A 2QARC 1G07A 1L93A 119LA 1D9WA 140LA 247LA 1P3NA 1L10A 1C6KA 1B6IA 1L49A 4LDLA 1L85A 1LGUA 1XJUA 2OTZX 1L47A 1L55A 172LA 3NY8A 206LA 191LA 1T8AA 1L05A 1C67A 1LI3A 1L51A 3L64A 1L44A 1C63A 2RBNA 3C8RA 3SB8A 130LA 185LA 1C6JA 3HH5A 182LA 1QUDA 1L43A 4W58A 1C6GA 248LA 4ARLA 1L35A 3DN1A 3EMLA 1L15A 3OE6A 2RB1X 1L60A 1I6SA 1LI6A 257LA 1QT5A 144LA 1CX6A 1L19A 259LA 4W51A 6LZMA 201LA 1L25A 112LA 1L39A 4LDOA 3JR6A 1L62A 146LA 1PQJA 4W52A 254LA 1C6QA 131LA 1L88A 3OE9A 195LA 1T8GA 1DYAA 1C6CA 180LA 1QT4A 1L54A 3HT6A 4YXCA 1L53A 255LA 4YXAC 2OEAX 2RAZX 4EPIA 157LA 166LA 1L99A 4EPFA 3NY9A 1C66A 1G06A 1D2WA 1DYFA 241LA 1L52A 2B7XA 3G3VA 2QB0B 4K5YA 155LA 1EPYA 4S0WA 1C6NA 2OE7X 4W54A 4I7MA 2NTGA 1L09A 3GUJA 178LA 4PK0A 108LA 127LA 177LA 149LA 1CU5A 4I7SA 1L40A 2B70A 210LA 2B6WA 3G3WA 2F2QA 1QSBA 1SWYA 1L64A 1QTZA 1L26A 1SSYA 215LA 126LA 1L17A 1L73A 205LA 2B72A 3V2YA 1C6MA 1L90A 1L63A 4EKQA 4W55A 2NTHA 1L75A 2B6XA 1L59A 1L83A 1L29A 1LYFA 147LA 171LA 1KW7A 1CV1A 3PDSA 1SSWA 1L16A 139LA 4IAPA 168LA 1QT7A 122LA 1PQKA 239LA 3C7WA 3PBLA 142LA 1OWZA 1CU0A 4ARQB 123LA 160LA 1L46A 3OE8A 2LCBA 186LA 1P7SA 2HULA 103LA 218LA 4I7KA 4EKPA 199LA 1QUHA 1G0JA 196LA 137LA 4EJ4A 236LA 1L42A 231LA 3CDTA 1L21A 1L50A 1L18A 1CTWA 3HT8A 1CU6A 3CDRA 1QT6A 1C6IA 246LA 3VW7A 2B74A 224LA 3C83A 1C6EA 2O79A 219LA 4ARQA 2OE9X 183LA 1P5CA 1PQOA 174LA 1L02A 2RB0X 102LA 159LA 5I14A 148LE 3SB9A 1G0LA 229LA 2O7AA 1L08A 2RH1A 1CV3A 1LYJA 1C62A 1C6TA 4PJZA 1TLAA 1L24A 1L33A 3GUMA 110LA 1C64A 1L23A 253LA 3CDOA 1LWGA 4E97A 1L03A 4I7PA 1L13A 2CUUA 3CDQA 1LLHA 3HUQA 249LA 150LA 2O4WA 222LA 233LA 3GUKA 184LA 1D3NA 2OE4X 4I7QA 1L82A 1C6FA 1C6AA 4LDEA 3HU8A 151LA 189LA 2B6ZA 1LYIA 223LA 1T97A 1C68A 3DMXA 230LA 2OU0X 1CU3A 129LA 3SN6R 3HTGA 2OU9A 251LA 1QT8A 1L48A 1L94A 1LWKA 4I7TA 1KS3A 1L71A 1DYEA 1L31A 1LW9A 1D3JA 1D3FA 1P2LA 4DJHA 1LYEA 1OYUA 3FADA 4GRVA 4I7LA 1G0PA 4LZMA 1L95A 211LA 1C61A 1C6PA 3C8QA 3HTFA 3HU9A 3C7YA 1L98A 3HUKA 3FI5A 152LA 198LA 3HT9A 2OU8A 1ZURA 4W53A 125LA 1L58A 3DN2A 188LA 1L22A 1L41A 1L12A 1L06A 1QS5A 1CV5A 2LC9A 2HUMA 3C8SA 1L36A 235LA 1L65A 1G0QA 1CV6A 1L20A 1L70A 2B73A 3SB6A 1P36A 3DN8A 1L86A 3K2RA 3F9LA 1QTBA 234LA 2Q9DA 212LA 1L92A 225LA 216LA 261LA 237LA 245LA 3HTBA 3HTDA 3RUNA 1L91A 187LA 1L38A 138LA 3DN4A 1LI2A 3LZMA 1G1WA 3GUNA 1OVKA 1QT3A 176LA 1XEPA 3DN0A 1C69A 1SX2A 3RZEA 1QUGA 1WTHA 258LA 250LA 226LA 2Z6BA 143LA 3G3XA 1DYGA 1L01A 3C80A 3ODUA 2A4TA 1LYDA 209LA 1P56A 1L67A 3GUPA 3DMZA 1OVHA 1CV4A 2F32A 4ARMB 1LGWA 1P64A 2B6TA 244LA 1L30A 4W59A 4GBRB 3C81A 163LA 3HH4A 3GUIA 3DMVA 1L72A 1QS9A 1KW5A 192LA 3HH3A 1P46A 4YX7C 1L0KA 1D3MA 4ARPA 1L37A 1C6LA 1L97A 3DN6A 1T8FA 190LA 4EXMA 1L84A 111LA 1ZWNA 1L96A 2RBOA 1G0KA 1JTMA 1DYCA 2Q9EA 145LA 169LA 1NHBA 1KY0A 4ARMA 2L78A 1ZYTA 3DN3A 1SWZA 4I7OA 1QTDA 162LA 2B75A 243LA 4DKLA 1C6DA 200LA 1L77A 1L68A 3C7ZA 256LA 104LA 217LA 2RAYX 3V2WA 260LA 2ANVA 156LA 4I7NA 3GUOA 1L69A 109LA 3HWLA 2LZMA 161LA 2RBRA 158LA 1L28A 1LYGA 115LA 118LA 3FA0A 221LA 3HDEA 175LA 1OV5A 3HDFA 1DYBA 3HH6A 170LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F47A 4J0LA 220LA 2HUKA 5APFA 5FELA 5ILFA 1OUCA 1L14A 242LA 4M6DA 4OWCA 1D2YA 3DKEX 4XENA 3TMVA 4X3BA 1G0GA 1C6HA 1CU2A 1CV0A 4GN4A 3UONA 5B06A 1NHEA 3AJNA 7LYZA 1UIAA 1CUPA 2LZTA 1GXXA 1LZEA 1CKFA 3TXIA 1LSEA 1BVKC 1B7NA 1GFKA 3KAMA 227LA 1LJHA 3SBBC 1G0MA 4WL6A 3QNGA 2NWDX 1JEFA 4WG1A 1LMPA 5F14A 1L32A 3HFMY 1F6SA 1NDMC 5T3FA 3TXDA 3CT5A 1LPYA 1OUJA 1IWYA 4LYOA 165LA 5FCPA 1GF4A 3QE8A 1GE0A 1W08A 3SB7A 2ZWBA 4C5FA 114LA 3HBDA 3CDVA 262LA 4WO6A 1D6QA 120LA 1BWJA 1T6VL 3TXEA 4DWXA 1L34A 1HFXA 1CX7A 167LA 2W1MA 2OTYX 4H90A 119LA 1D9WA 140LA 1L49A 1IORA 6LYZA 1GBZA 1NDGC 2ZYPA 1LYOA 206LA 1T8AA 1AM7A 1C67A 3OJPA 1B5XA 1C63A 2RBNA 3P66A 1YKYX 1C6JA 3CT0A 1GBWA 4W58A 1C6GA 3DN1A 2F4AA 4B49A 1IWUA 1GDWA 5FDJA 5DN4A 1JIYA 4C3WA 3LYTA 4NFVA 1HEPA 4H93A 1FKQA 1L62A 1JTOL 4CJ2A 1PQJA 4W52A 254LA 4GCDA 1J1OY 4NEBA 2CDSA 1DYAA 3A3RX 3WXUA 5APCA 2YBLA 1XGTC 1L54A 3HT6A 3WU7A 2Z12A 1LHJA 255LA 4EPIA 4EPFA 3NY9A 1LKRA 1JKBA 1VDPA 3G3VA 2G4PA 4OOOA 1LZ1A 155LA 5KXKA 4YOPA 4ET8A 4WG7A 2BAAA 4LYCA 4BADA 3A8ZA 3GUJA 178LA 2BQBA 108LA 4NGLA 1LSPA 2Z39A 3W3EA 5HLLA 2B70A 1Z55A 1F10A 3WPLA 4NWHA 1SSYA 3AYQA 1L73A 4E3UA 4WMGA 4ZIXA 1UA6Y 4QGZA 2RSCA 1DPXA 1KW7A 5IDDA 1LAAA 1OQMA 2GV0A 4G4CA 122LA 239LA 3C7WA 3TXGA 5C6LA 4NG1A 1J1PY 3HBHA 1LZNA 5B05A 1L46A 1B7SA 1I1ZA 3ULRA 4TWSA 4H91A 3E3DA 137LA 236LA 4OW1A 1UICA 4H9IA 1LJNA 5KXSA 5HNCA 1QT6A 246LA 2BQIA 3VW7A 1P2CC 1WVVA 224LA 3CSQA 4UWNA 2OE9X 1PQOA 4ETAA 2RB0X 159LA 2FBBA 1OP9B 4WM4A 1LYJA 1C62A 1BB6A 1TLAA 1L33A 4BS7A 1CNSA 4E97A 2F30A 3HUQA 4GLAA 1LMCA 3GUKA 150LA 1LSNA 2O4WA 184LA 1NBZC 1UIGA 2PC2A 1C6AA 4NGVA 3HU8A 151LA 2B6ZA 3AGIA 4N1EI 4N5RA 2Z38A 3TXJA 5I5QA 4BAPA 1QT8A 1KS3A 3A91A 3ZVQA 4NSGA 2MEDA 3W6AA 1P2LA 1LTMA 4I7LA 1IOQA 2B5ZA 2LYMA 4LZMA 3C7YA 1GF5A 3HT9A 2OU8A 1W6ZA 2YDGA 1A2YC 4DYGA 4U3XB 1KIRC 4D9ZA 1L12A 1L06A 1CV5A 1D6PA 2HUMA 3WULA 1UIDA 235LA 1WQPA 1G0QA 3B72A 1HMLA 3SB6A 1LSGA 3P4ZA 1B7QA 4N0JA 3F9LA 1LSMA 1GB9A 2Q9DA 2XTHA 4WLDA 5APDA 225LA 1IP7A 1QTKA 1GF7A 2CGIA 2W1XA 1G1WA 1OUGA 1QT3A 2BQFA 1C69A 3WVXA 1HHLA 3RZEA 5HQ1A 4H8YA 250LA 1DI4A 2Z6BA 1HF4A 3G3XA 1DYGA 2WARA 3GUPA 1LGWA 1IOCA 2B6TA 1HERA 4W59A 4XADA 4XYYA 1QDRA 1B7RA 3HH4A 1IP2A 5KXPA 3DMVA 4QEQA 4NSIA 1KXWA 1P46A 1REYA 1L97A 1T8FA 4DD3A 3EO5A 1L84A 111LA 2RBOA 3WW5A 4G4HA 2Q9EA 4TUNA 1KY0A 2L78A 2LYOA 1B7LA 3DN3A 5DL9A 1GFUA 2DQCY 1JISA 162LA 2BPUA 3AZ4A 1GB0A 243LA 1C6DA 2W1LA 2IFFY 8LYZA 3D3DA 2RAYX 4WOAA 4XJGA 4XJIA 4NHTA 260LA 1BB5A 4N9RA 4WM6A 1O23A 4I7NA 1LHKA 1YL1X 4DT3A 1LZ8A 1C45A 1GWDA 2YBNA 2ZNXY 3P65A 1DXJA 4B1AA 3HDEA 3HDFA 3HH6A 170LA 3IJUA 4EMNA 207LA 5KXYA 1XEJA 2G4NA 3SBAA 1VDTA 1P37A 1L66A 4EKSA 4PRQA 3F8VA 252LA 1L74A 3LN2A 5A3EA 1BB7A 1GFEA 1GEZA 1FLUA 4DD0A 5LZMA 1L80A 1L87A 1CUQA 5A3ZA 7LZMA 1QTHA 1GB2A 1LYYA 1YAQA 1PQDA 1CJ7A 1N4FA 5KXWA 2B6YA 5E9RA 141LA 1D0MA 1PQIA 1GFHA 5C6IA 1B7PA 2DQAA 1FLYA 1OV7A 2RB2X 1LZCA 1WTNA 4HV1A 3GULA 1QUSA 3ATNA 4DQ7A 1HEWA 4I7JA 1B7OA 1GD6A 1LMAA 1EQ5A 1B5WA 1IEEA 2MEGA 4UWUA 4DQ5A 1L81A 4OWBA 1L00A 2Q0MX 4LZTA 214LA 2Z19A 3BKVA 1KXXA 1LZDA 3HT7A 1C6BA 1K28A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F47 A;  4J0L A;  220L A;  2HUK A;  5APF A;  5FEL A;  5ILF A;  1OUC A;  1L14 A;  242L A;  4M6D A;  4OWC A;  1D2Y A;  3DKE X;  4XEN A;  3TMV A;  4X3B A;  1G0G A;  1C6H A;  1CU2 A;  1CV0 A;  4GN4 A;  3UON A;  5B06 A;  1NHE A;  3AJN A;  7LYZ A;  1UIA A;  1CUP A;  2LZT A;  1GXX A;  1LZE A;  1CKF A;  3TXI A;  1LSE A;  1BVK C;  1B7N A;  1GFK A;  3KAM A;  227L A;  1LJH A;  3SBB C;  1G0M A;  4WL6 A;  3QNG A;  2NWD X;  1JEF A;  4WG1 A;  1LMP A;  5F14 A;  1L32 A;  3HFM Y;  1F6S A;  1NDM C;  5T3F A;  3TXD A;  3CT5 A;  1LPY A;  1OUJ A;  1IWY A;  4LYO A;  165L A;  5FCP A;  1GF4 A;  3QE8 A;  1GE0 A;  1W08 A;  3SB7 A;  2ZWB A;  4C5F A;  114L A;  3HBD A;  3CDV A;  262L A;  4WO6 A;  1D6Q A;  120L A;  1BWJ A;  1T6V L;  3TXE A;  4DWX A;  1L34 A;  1HFX A;  1CX7 A;  167L A;  2W1M A;  2OTY X;  4H90 A;  119L A;  1D9W A;  140L A;  1L49 A;  1IOR A;  6LYZ A;  1GBZ A;  1NDG C;  2ZYP A;  1LYO A;  206L A;  1T8A A;  1AM7 A;  1C67 A;  3OJP A;  1B5X A;  1C63 A;  2RBN A;  3P66 A;  1YKY X;  1C6J A;  3CT0 A;  1GBW A;  4W58 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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