1L98A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFEMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l98A00
2ANXA 1L39A 184LA 172LA 186LA 143LA 1L22A 2B75A 3C82A 1C66A 1D3JA 1L52A 2RH1A 3C8SA 1CV1A 180LA 1QUHA 1OWZA 1T8GA 1L71A 1L02A 1C62A 3RZEA 148LE 115LA 147LA 236LA 1CV5A 1OV5A 4W54A 1L40A 3DMZA 1OVKA 3V2YA 1L27A 1L24A 3D4SA 1C6IA 1C6DA 1KY0A 1L82A 1LYHA 3HUQA 1L36A 2B73A 4I7MA 3EMLA 1L23A 2O7AA 1OYUA 234LA 1G1WA 3GUJA 2B6ZA 3HT8A 1CU2A 1L16A 3SN6R 199LA 4EKQA 2RBSA 152LA 1L03A 4W57A 110LA 167LA 3PBLA 1L44A 255LA 1CTWA 1L72A 141LA 3G3XA 228LA 1WTHA 1SX2A 1C6AA 1L26A 253LA 243LA 206LA 3PDSA 2O79A 1C6PA 227LA 191LA 1L81A 1CU3A 1G0MA 1SWYA 1L21A 3NYAA 4IAPA 3OE9A 1LYIA 195LA 1CV6A 1T8FA 1XEPA 4GBRB 1XJTA 1D9WA 149LA 1CV0A 3C7WA 1L61A 241LA 3LZMA 190LA 262LA 4K5YA 4PJZA 1CUPA 1QTZA 1L09A 4I7RA 4EJ4A 1L83A 157LA 1L06A 1NHBA 2B72A 1DYEA 1PQKA 3DN6A 3V2WA 257LA 1KS3A 1PQDA 205LA 2OE9X 1L14A 1LYDA 118LA 4I7SA 1QT8A 3CDQA 1L56A 108LA 1XJUA 1CV3A 1L64A 2B6WA 3DN8A 3HDEA 1L68A 1C6CA 2OU9A 140LA 221LA 1L51A 3SB6A 4YXCA 2F32A 231LA 181LA 1QSQA 144LA 233LA 248LA 2RAZX 197LA 1CX6A 4W52A 171LA 1L49A 4YXAC 198LA 2O4WA 3CDTA 4AQNA 1G0LA 3K2RA 4EKSA 1L54A 1LPYA 4W51A 1OV7A 112LA 246LA 2RB1X 103LA 4I7NA 4I7KA 3HTGA 1DYCA 1G06A 163LA 1C6QA 4W53A 1LI2A 3RUNA 213LA 3HH5A 192LA 2LCBA 1D3NA 1L63A 2Z6BA 165LA 1L35A 4W56A 1L69A 4EPIA 146LA 1L01A 2B74A 3CDRA 3C8RA 196LA 223LA 1P64A 166LA 1I6SA 259LA 160LA 1CVKA 3CDVA 130LA 1C65A 1ZWNA 1L84A 131LA 3DN3A 1G07A 1P37A 4GRVA 1C6KA 1P6YA 3HU8A 1L48A 1D3FA 1L96A 1OWYA 127LA 3HUKA 1L76A 1L86A 4I7LA 1LI3A 139LA 229LA 2HUMA 1JTNA 3UONA 156LA 1QT4A 2NTHA 1LGXA 1P36A 1P7SA 1L62A 1G0KA 225LA 3OE6A 201LA 1CU6A 1QS9A 3FA0A 4ARQA 3C80A 164LA 1L08A 1EPYA 1L0JA 187LA 1DYAA 3DKEX 3HH3A 1L34A 1L0KA 4I7TA 3GULA 1PQIA 1L87A 3L2XA 4W55A 3CDOA 3GUPA 1P5CA 3QAKA 3SB5A 2QARC 1G0JA 1ZYTA 3HWLA 1C63A 1CU0A 1SSYA 230LA 211LA 7LZMA 1L25A 250LA 1KY1A 3G3WA 1L57A 155LA 4EKPA 1L95A 1B6IA 247LA 4DAJA 1CU5A 102LA 168LA 1QT5A 4I7OA 175LA 1QTDA 251LA 3C7YA 2RBOA 173LA 2RAYX 1L47A 1LWKA 1C6JA 4YX7C 1G1VA 4LDOA 2Q9EA 2OE7X 3HT9A 2LZMA 3F8VA 2B70A 1T97A 1KW5A 1G0PA 4PK0A 3GUKA 1CUQA 1QTBA 1L11A 1L29A 1LYJA 1L12A 1L07A 177LA 215LA 189LA 4W58A 109LA 2OTYX 162LA 224LA 4EKRA 4E97A 1QT6A 3OE0A 1L10A 3GUNA 4DJHA 1L90A 1L31A 2B6YA 5LZMA 4ZPUA 1D3MA 1K28A 126LA 1C60A 169LA 1LGWA 2LC9A 2F47A 237LA 4I7JA 4S0WA 3HDFA 1L41A 1PQJA 2RBRA 3GUOA 1L74A 151LA 1PQOA 3OE8A 245LA 4I7QA 5I14A 1CV4A 1C6NA 3DN4A 122LA 1CX7A 1QTCA 3HUAA 1LWGA 1OVJA 249LA 1L60A 1P2LA 3SB9A 1L45A 1L53A 220LA 3C81A 1QT7A 1L89A 1L66A 3ODUA 212LA 3L64A 1C6FA 1DYGA 1L67A 238LA 3HT6A 1L28A 2IGCA 1G0GA 3GUMA 2Q9DA 3VW7A 1L38A 3GUIA 226LA 1L80A 1L50A 3C83A 137LA 1SX7A 252LA 3SB7A 1C6LA 1L79A 256LA 217LA 1L05A 129LA 1L43A 1L94A 1SSWA 3HT7A 1L19A 185LA 219LA 107LA 258LA 3JR6A 142LA 200LA 3C8QA 1C68A 1L65A 1LI6A 1L55A 2HUKA 4LDEA 1QTVA 4ARLA 1P56A 1L15A 1C67A 1QSBA 1DYBA 3HTBA 1P3NA 2B6XA 1LYGA 3SBAA 2RB2X 2NTGA 3NY8A 1G0QA 1L91A 3DN2A 1T8AA 178LA 1C6MA 3DN0A 114LA 2OU8A 4LDLA 1L73A 1L17A 176LA 216LA 4EXMA 1OVHA 3HH4A 2ANVA 1D2WA 1LW9A 3FI5A 2B6TA 1KNIA 1LLHA 104LA 3G3VA 4EPFA 3SBBC 1D2YA 125LA 3F9LA 1L85A 113LA 4ARJA 1ZURA 1L04A 1C6TA 2CUUA 138LA 1L99A 3DN1A 2HULA 1DYFA 261LA 2OEAX 240LA 182LA 218LA 1JQUA 1L30A 235LA 4ARMA 1LYFA 1L20A 1L46A 1L92A 1C61A 2A4TA 1QS5A 232LA 1DYDA 1L59A 1L75A 1L97A 2L78A 4ARQB 2OTZX 1QT3A 1P46A 120LA 1L58A 1L77A 3FADA 159LA 1LGUA 2RBNA 1L13A 1LYEA 242LA 4DKLA 2OE4X 1P2RA 3DMXA 128LA 3DNAA 2QB0B 158LA 1L33A 2F2QA 1C6GA 4W59A 1T6HA 111LA 1C6BA 6LZMA 3NY9A 170LA 1L88A 1PQMA 210LA 188LA 214LA 1QUOA 3C7ZA 1C6HA 2RBPA 209LA 260LA 2RB0X 2RBQA 1TLAA 239LA 1QUGA 150LA 222LA 244LA 2OU0X 119LA 3HU9A 2B7XA 4LZMA 4OO9A 161LA 1SWZA 4ARPA 1L18A 4ARMB 145LA 3HTFA 4I7PA 123LA 1C6EA 1L37A 1L98A 174LA 1JTMA 1QUDA 3HH6A 1L70A 1C69A 183LA 3DMVA 1L93A 254LA 1QTHA 1C64A 1L42A 1KW7A 1L00A 1L32A 3HTDA 3SB8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ANXA 184LA 4GCFA 186LA 4XJGA 1L22A 4PJ2C 3C82A 1C66A 1L52A 3TXIA 2HU3A 1CV1A 1T8GA 1L71A 3A93A 3RZEA 1KIQC 2YSSC 147LA 2MEAA 236LA 1HMKA 1GB8A 4B4EA 1C6DA 4N1CC 5IHGA 1L82A 5KKJA 1GFKA 3RNXA 3B72A 1L36A 3EBAB 5APFA 3EMLA 1L23A 1FKVA 1REYA 1GE2A 4N1EI 3HT8A 5LAFA 4PHIA 3SN6R 199LA 4EKQA 152LA 4HJYA 4KXIA 3TXFA 255LA 1CTWA 1L72A 1GAZA 3G3XA 4B49A 228LA 1IWXA 4H90A 2DQEY 1G7MC 206LA 4QDNA 4NSHA 5DN4A 1LJNA 1IY3A 195LA 5FCPA 1T8FA 1XEPA 1LZBA 3WMKA 1L61A 3LZMA 2N5ZA 4NGZA 153LA 4NGLA 1GF8A 1CUPA 1QTZA 3WU8A 1LJ3A 1FKQA 1L06A 1NHBA 1QIOA 5B05A 4WMGA 1DYEA 257LA 1LYDA 4RW2A 2BQEA 1QT8A 108LA 1XJUA 2OU9A 140LA 4TUNA 4LT2A 231LA 3TXHA 1VDTA 4H93A 2BQBA 4W52A 171LA 4YXAC 4RDSA 2DQHY 2A7DA 1L54A 4H9EA 3WL2A 5T3FA 3HTGA 1LHJA 5KXKA 1GE3A 1GXV2 1DZBX 1LI2A 3A34A 3HH5A 1LZAA 2XBRA 1D3NA 2DBTA 1KXWA 2C8OA 146LA 2WARA 1G7JC 1RCMA 1NF5A 223LA 4E3UA 3WW6A 1B7NA 3CDVA 1C65A 1L84A 3A95A 2X0AA 5I5QA 1QUTA 4QGZA 4NEBA 2LYZA 2BLXA 1L48A 1TAYA 3HUKA 4G4BA 4DDBA 1LI3A 3N9AA 2HUMA 1LSNA 1JTNA 1YANA 4FJRA 156LA 1QT4A 4HV2A 2GV0A 3C80A 3DKEX 1GF4A 1B5VA 1PQIA 4R0FA 2Z39A 1G7LC 3GUPA 4WM3A 1P5CA 2QARC 1G0JA 5F9XA 3HWLA 1JITA 1C63A 4RLMA 230LA 7LZMA 1L57A 155LA 1L95A 247LA 4DAJA 5A3ZA 3TXBA 2DQAA 1GFRA 2FYDA 175LA 1QTDA 3C7YA 2RBOA 4QEQA 3MGWA 1LSGA 6LYTA 1G1VA 2Q9EA 2OE7X 3SP3A 2F30A 3F8VA 4ZFPA 6LYZA 2ZIKA 1LZ5A 4PK0A 4UWUA 3CSQA 3CT1A 5E4PA 1FDLY 215LA 2H9JA 189LA 2MEGA 3A6CY 109LA 3B0IA 4WL6A 162LA 4HPIA 1GE4A 1L10A 4DJHA 4NGJA 1UUZC 1FBIX 4ML7A 1LZ1A 1C60A 1LGWA 2LC9A 1IOQA 4DQ7A 1L74A 1PQOA 245LA 4NGIA 4D9ZA 1JKBA 249LA 2MEFA 4PPOA 4XENA 4CJ2A 3C81A 1QT7A 1GF6A 1OUCA 5M1YA 1LJ4A 1GB2A 4NGWA 1TDYA 2EQLA 3VW7A 3GUIA 3HFMY 1L80A 3WW5A 2C8PA 137LA 1LZNA 1SX7A 252LA 4PRQA 1C6LA 256LA 1L43A 1L94A 5KXOA 1L19A 185LA 1GEVA 1J1PY 258LA 5LYMA 200LA 2XJWA 4XADA 1LYYA 3WXTA 1DKKA 2HUKA 1HSXA 1MLCE 2F2NA 3A6BY 1HFZA 2DQIY 1T6VL 1LKSA 135LA 2D6BA 2BAAA 1ZVYB 1L91A 3WXUA 3HBDA 1B9OA 178LA 2OU8A 1YIKA 1DXJA 1L17A 4EXMA 4HV1A 2ANVA 4TTDA 2BQGA 1IP5A 1CNSA 104LA 2ZYCA 3EMSA 1YL0X 4H92A 1B5XA 3F9LA 2G4NA 4OWAA 3B6LA 1LZRA 1UIFA 2YBIA 4LYMA 2BQDA 261LA 4KT3A 2OEAX 240LA 218LA 3WUAA 4LZTA 1L30A 4XJHA 3P66A 1L20A 1L92A 4DD1A 4G49A 3LYOA 1AKIA 1B5ZA 2W1MA 1BWIA 1JWRA 3G3AB 1GFGA 1L58A 1L77A 3FADA 3VWOA 4NHIA 3IWRA 1L13A 4UWNA 2OE4X 5I53A 2BQCA 1L33A 1QSWA 1LMPA 2BQOA 1RE2A 111LA 170LA 1L88A 1PQMA 4WM2A 3D9AC 1GFTA 209LA 3EO5A 1ZV5L 1G7IC 2RB0X 2RSCA 222LA 244LA 1HEPA 1JKCA 4BADA 1FLWA 1SWZA 2H5ZA 4KPMA 5I4WA 1LZSA 4I7PA 1GWDA 1C6EA 1JTMA 4HJVA 1C69A 5D5FA 1OUGA 4O34A 3TMUA 3W6CA 3SB8A 3GXKA 5L3IA 5E9RA 2RH1A 3C8SA 4G4HA 180LA 4W96A 1QUHA 5LIOA 1A2YC 1BWJA 3A96A 1L02A 1IR8A 115LA 193LA 1CV5A 4W54A 4RLNA 1L40A 2W1LA 4ETCA 1LJHA 3DMZA 1IWYA 3D4SA 1BB3A 4LYBA 3E3DA 2DQGY 1SLYA 4WLXA 1F0WA 5HMVA 1OYUA 3GUJA 4GLVA 1LSCA 1XGRC 2Q0MX 1QUSA 3RU5A 1JJ0A 4OWEA 3RW8A 1OUBA 4IATA 1SX2A 1LSEA 4LT3A 3PDSA 134LA 5KY1A 1C6PA 1LYSA 2BQHA 1B5UA 1LKRA 1L81A 1CU3A 1G0MA 1L21A 4U3XB 4HTNA 1GB0A 1CV6A 4GBRB 1XJTA 1D9WA 1CV0A 3WVYA 262LA 4I7RA 1L09A 4CHXA 1YL1X 2B72A 1LSZA 5KXXA 5KXLA 4LGKA 3DN6A 3V2WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ANX A;  184L A;  4GCF A;  186L A;  4XJG A;  1L22 A;  4PJ2 C;  3C82 A;  1C66 A;  1L52 A;  3TXI A;  2HU3 A;  1CV1 A;  1T8G A;  1L71 A;  3A93 A;  3RZE A;  1KIQ C;  2YSS C;  147L A;  2MEA A;  236L A;  1HMK A;  1GB8 A;  4B4E A;  1C6D A;  4N1C C;  5IHG A;  1L82 A;  5KKJ A;  1GFK A;  3RNX A;  3B72 A;  1L36 A;  3EBA B;  5APF A;  3EML A;  1L23 A;  1FKV A;  1REY A;  1GE2 A;  4N1E I;  3HT8 A;  5LAF A;  4PHI A;  3SN6 R;  199L A;  4EKQ A;  152L A;  4HJY A;  4KXI A;  3TXF A;  255L A;  1CTW A;  1L72 A;  1GAZ A;  3G3X A;  4B49 A;  228L A;  1IWX A;  4H90 A;  2DQE Y;  1G7M C;  206L A;  4QDN A;  4NSH A;  5DN4 A;  1LJN A;  1IY3 A;  195L A;  5FCP A;  1T8F A;  1XEP A;  1LZB A;  3WMK A;  1L61 A;  3LZM A;  2N5Z A;  4NGZ A;  153L A;  4NGL A;  1GF8 A;  1CUP A;  1QTZ A;  3WU8 A;  1LJ3 A;  1FKQ A;  1L06 A;  1NHB A;  1QIO A;  5B05 A;  4WMG A;  1DYE A;  257L A;  1LYD A;  4RW2 A;  2BQE A;  1QT8 A;  108L A;  1XJU A;  2OU9 A;  140L A;  4TUN A;  4LT2 A;  231L A;  3TXH A;  1VDT A;  4H93 A;  2BQB A;  4W52 A;  171L A;  4YXA C; 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