1L98A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFEMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l98A00
214LA 1LYEA 2RBSA 2RBPA 4I7SA 2Q9DA 261LA 1L64A 4W56A 1ZWNA 3GUPA 152LA 1QSBA 1L14A 215LA 161LA 1L51A 3HH4A 3HT6A 143LA 183LA 4LZMA 260LA 1B6IA 3HUKA 2OTZX 3DKEX 1OYUA 219LA 1D2YA 1L62A 245LA 2L78A 210LA 2OE7X 3HUQA 6LZMA 130LA 1L80A 147LA 1L11A 1CU0A 2RAZX 3HTGA 4EPIA 127LA 1C6BA 2NTHA 3CDQA 2HULA 1QUHA 1P37A 1L43A 1C61A 1KW7A 1LYDA 1LGWA 250LA 1DYCA 235LA 112LA 1L50A 2A4TA 1OVKA 174LA 2Z6BA 3HTDA 240LA 2B6ZA 3CDTA 2OEAX 4W55A 2B6TA 138LA 226LA 216LA 173LA 229LA 201LA 228LA 120LA 209LA 1JQUA 1NHBA 252LA 239LA 1C66A 111LA 4I7PA 1C69A 4EKSA 3F9LA 258LA 4W52A 1L34A 213LA 1L17A 4EKQA 3OE0A 4W53A 4ZPUA 2B6XA 1L88A 1L41A 2B75A 1G1WA 1CU2A 3JR6A 1L92A 1EPYA 113LA 1XEPA 1L10A 3HT9A 1L29A 3PDSA 1CVKA 4EKRA 1ZYTA 3DN2A 2OE9X 4GRVA 3DN4A 218LA 3OE9A 1L52A 223LA 3NYAA 168LA 1L27A 1LWKA 1L87A 230LA 3FA0A 1L58A 3RUNA 171LA 231LA 3C83A 2B70A 3GUOA 1QUOA 149LA 4ARMA 1CV4A 3L2XA 1C6CA 2QB0B 246LA 1L98A 110LA 102LA 234LA 1L89A 2OTYX 192LA 1L21A 1C6FA 232LA 254LA 249LA 1LI3A 217LA 4I7OA 3HDEA 1CUQA 1CUPA 3GUKA 1LW9A 1L65A 3DNAA 3SN6R 158LA 242LA 114LA 1L06A 139LA 2O7AA 1CU5A 4YX7C 1L53A 4I7JA 1SSYA 4ARQA 4I7KA 1C6TA 3LZMA 2HUKA 1C6AA 1L99A 1L47A 3HU8A 1L33A 4EXMA 2F47A 4DAJA 1C6GA 1OWZA 1L96A 1C6DA 3DN8A 1C62A 1C63A 1DYBA 3V2WA 1KY0A 128LA 2RAYX 159LA 1LI2A 3ODUA 176LA 191LA 3SBBC 255LA 1D9WA 3SB9A 2LC9A 1P7SA 3V2YA 157LA 1L42A 4IAPA 3CDRA 2RB1X 1P5CA 180LA 4W54A 3HT8A 3HTBA 2ANVA 1QT6A 1WTHA 5LZMA 118LA 1L32A 1T8FA 151LA 4EPFA 205LA 1L03A 3C8RA 1SSWA 3GUMA 3OE6A 1G0JA 1QUGA 1LGUA 1SX7A 1L66A 1L22A 2ANXA 3HWLA 181LA 1G06A 145LA 1P46A 1D3MA 186LA 172LA 3SBAA 190LA 1L30A 197LA 1PQDA 2OE4X 1L04A 3L64A 148LE 1TLAA 3D4SA 3EMLA 1L68A 1CU6A 1CTWA 2O79A 4DJHA 1L09A 1PQOA 1QT7A 3RZEA 1C6MA 1L24A 3UONA 1DYEA 247LA 1LYGA 119LA 123LA 1C6QA 187LA 1G0KA 1OVJA 1QTZA 169LA 1T8AA 1G1VA 188LA 1JTMA 3G3WA 1L71A 1G0LA 3GUNA 1P6YA 4I7NA 1C60A 4W51A 1D3JA 1LPYA 3HDFA 1L39A 1L81A 251LA 1C6LA 1P56A 4I7LA 1C6JA 1LGXA 3PBLA 3C8SA 253LA 248LA 1DYDA 126LA 1PQIA 196LA 2B6YA 2B7XA 1CU3A 3DN6A 4AQNA 1L54A 1T97A 1L83A 1L56A 2B73A 1DYAA 1QTCA 1P64A 1OWYA 155LA 175LA 1QUDA 3C7YA 3CDOA 233LA 1L35A 1T8GA 1T6HA 1L86A 3G3VA 4W57A 4S0WA 1L26A 1L75A 131LA 1L82A 200LA 1QTDA 1L95A 3GUIA 1L0KA 1G07A 1XJTA 182LA 1LYIA 170LA 4OO9A 2OU9A 122LA 1QSQA 1L69A 2O4WA 1L79A 1P36A 165LA 1QT5A 1L76A 3DMZA 3SB5A 1L16A 1L48A 1L90A 4ARPA 3DMVA 1QT8A 4W58A 1L74A 4ARJA 125LA 1L55A 3HH5A 2NTGA 2RB0X 1L23A 1QS5A 206LA 1L44A 4PK0A 2HUMA 164LA 1L46A 1L05A 1QTVA 1OV7A 3HT7A 1LYHA 1L77A 1C6KA 107LA 3NY8A 146LA 1SWYA 3HH3A 156LA 115LA 1KW5A 1SWZA 227LA 1SX2A 2RBRA 2RBQA 198LA 1L28A 1P2RA 3QAKA 137LA 1P2LA 1LWGA 3SB7A 4I7TA 1PQKA 1G0MA 1P3NA 4I7QA 1KY1A 2IGCA 1QTBA 4LDOA 1CV0A 3OE8A 104LA 257LA 3HU9A 1OV5A 1L45A 1CV3A 3HTFA 4LDLA 2RBOA 1L72A 3C7ZA 1PQJA 262LA 1L15A 1L01A 1K28A 1LLHA 189LA 3HH6A 1KS3A 4YXAC 162LA 3SB8A 1L93A 167LA 1C6NA 141LA 185LA 1C64A 259LA 2LCBA 1L07A 243LA 3C82A 3DN3A 184LA 1ZURA 4W59A 1L59A 1CV1A 1D2WA 3CDVA 1L31A 178LA 1L91A 1L18A 144LA 1CX6A 1L37A 2OU8A 1C6IA 1QTHA 3GULA 3DN0A 1L97A 3C8QA 177LA 1LYFA 1C6HA 224LA 1LYJA 4DKLA 256LA 1JTNA 1LI6A 3G3XA 1L94A 4ARMB 1L0JA 3DN1A 1G0QA 1L73A 1CX7A 236LA 1L36A 1D3FA 2QARC 1L08A 1L85A 1QS9A 3GUJA 1L13A 150LA 237LA 1L70A 129LA 221LA 2B6WA 4GBRB 225LA 1C65A 3DMXA 2OU0X 1PQMA 108LA 1XJUA 1CV5A 1QT4A 1G0GA 244LA 4ARQB 1L38A 3FADA 3F8VA 1CV6A 1C6PA 1L00A 1L19A 3C81A 3C80A 2Q9EA 1L67A 3C7WA 4YXCA 3SB6A 160LA 1I6SA 1DYFA 2LZMA 142LA 4LDEA 2RH1A 1C68A 103LA 3VW7A 1L60A 2F2QA 1L84A 3NY9A 2B72A 212LA 1D3NA 220LA 1C67A 1G0PA 4PJZA 1OVHA 1L20A 1QT3A 4I7MA 4EKPA 140LA 1L25A 4I7RA 2F32A 4E97A 1C6EA 1KNIA 5I14A 3HUAA 1L12A 238LA 2RB2X 1L57A 222LA 211LA 4EJ4A 1L49A 1L40A 4ARLA 2B74A 109LA 241LA 1DYGA 163LA 166LA 2CUUA 3FI5A 1L02A 4K5YA 195LA 3K2RA 1L61A 199LA 7LZMA 2RBNA 1L63A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C6LA 3MGWA 2RBSA 2RBPA 2Z37A 4H1PA 1C10A 2FYDA 5AMYA 3P66A 3GUPA 4G9SA 5FHWA 1UIFA 183LA 2DQEY 3WPLA 1IWVA 4YM8A 1IR8A 5I54A 4H8XA 4N8ZA 4XYYA 1L80A 147LA 2XJWA 5B05A 4H90A 5KKJA 5FCPA 5A3EA 1C46A 2NTHA 1LSZA 2LYMA 3CDQA 1P37A 112LA 2HTXA 2Z6BA 1QQYA 3CDTA 2HUBA 4Z3MA 4W55A 1HHLA 226LA 4RW1A 1AZFA 4H9EA 1A4VA 229LA 1LSGA 1T3PA 4H94A 2HU1A 1GFTA 1JJ1A 5APEA 4EKSA 1L34A 154LA 213LA 4EKQA 3OE0A 2A7FA 1JUGA 2DKVA 4M6DA 1HENA 1G1WA 1L92A 1HF4A 1L10A 1ZYTA 2OE9X 4GRVA 5DN5A 2DQDY 1L52A 223LA 3NYAA 1NDGC 3RNXA 4WLXA 2Q0MX 1TCYA 1C6CA 246LA 1L98A 110LA 2ZILA 2OTYX 1BQLY 1QIOA 1DI5A 1C6FA 1L21A 232LA 2BQGA 217LA 1D0LA 3GUKA 1NMMA 1L65A 158LA 1GFHA 2BQIA 114LA 1F10A 4OWAA 1FLYA 4YX7C 4QDNA 4NFVA 1C6TA 1OUJA 4G4BA 3TXHA 4DDAA 4EXMA 1EQ4A 1C6DA 1C63A 1RJCB 3V2WA 1IX0A 5B59A 176LA 3A34A 3AW7A 4H9FA 3V2YA 157LA 2RB1X 1P5CA 1FKVA 4W54A 1LSBA 5F14A 151LA 4EPFA 3C8RA 1SSWA 2Z38A 4LT0A 1QUGA 4LYCA 1L22A 4C5FA 1P46A 186LA 4LFXA 3AYQA 1PQDA 1LZYA 1B5WA 4DDCA 5KXRA 3F6ZA 1BVKC 1E8LA 1TLAA 1MLCE 1IORA 1CTWA 6LYZA 4MSTA 3WU7A 1L09A 1LMQA 5KXMA 3UONA 2MEGA 1LHMA 4ETBA 3AZ5A 2DQCY 187LA 1REMA 1QTZA 1VDPA 4KXIA 2F2NA 2I25L 1OUDA 5LA8A 5FELA 1XEJA 4UWVA 1GF9A 3HFMY 1L71A 3GXKA 1G0LA 3W6DA 1XEIA 1P6YA 2CGIA 3HDFA 1L39A 1C6LA 1P56A 4I7LA 1LMPA 2Z39A 1JPOA 1GFUA 5DLAA 2B6YA 196LA 4HV2A 3HBEX 4H93A 2CDSA 1L54A 1UIDA 1MELL 1DPXA 2YBHA 1QTCA 4GCBA 1OWYA 3KAMA 5D5FA 155LA 4XJHA 175LA 233LA 1L35A 4H9IA 4W57A 4R0FA 3FE0A 1L75A 4XJGA 5I4WA 4NGKA 2BQEA 1L95A 7LYZA 1G07A 4WG7A 1CJ6A 1UACY 182LA 4OO9A 5APDA 3WMKA 2DQJY 1I20A 1G7JC 1L76A 2G4PA 1L16A 1QT8A 2BPUA 1L74A 1REZA 1L55A 3HH5A 4PK0A 4WM5A 3M3UA 1LZTA 4J7VA 4NHIA 1L77A 1FBIX 4Z98A 1CJ9A 3D9AC 1LSMA 4OW1A 1AT6A 5LAGA 1JSEA 1GFEA 198LA 1L28A 1ZV5L 1LZRA 1P2RA 2BQDA 4LGKA 1P2LA 4I7TA 1PQKA 3TMVA 1G0MA 1JKBA 4LYMA 5I4YA 3TXFA 1CV0A 3HU9A 4LYZA 1L45A 1GFRA 3C7ZA 1B5YA 262LA 1B5VA 4KPMA 4RDSA 4QEQA 3HH6A 1KIPC 162LA 2MEDA 1WQMA 4KT3A 1C64A 259LA 1IC4Y 2LCBA 1LJHA 2LYZA 1LYSA 1REYA 1ZURA 1CV1A 2YBLA 3CDVA 9LYZA 178LA 1L18A 4LYOA 1B2KA 1HERA 1LYYA 1B5XA 135LA 1NBZC 2WARA 1QTHA 1GBOA 2HU3A 177LA 1JTPL 224LA 1ZVHL 5D5CA 3ZVQB 1JTNA 3OK0A 4IJ4A 4ET9A 3G3XA 1L94A 1L0JA 1Z55A 1B7PA 1IR9A 1CX7A 236LA 1D3FA 5E9RA 1GF7A 1LZNA 1L08A 1TAYA 1LJ3A 1QS9A 1L13A 150LA 1GBSA 1FDLY 4GBRB 5IELA 1C65A 5KXLA 2HEAA 1YKZX 5LVKA 3FADA 1CJ8A 1LAAA 3C80A 2BQJA 4UWUA 5APCA 6LYTA 1GXXA 2LZMA 2FBBA 1LYOA 2DQFC 103LA 4NGVA 5LYTA 3NY9A 3VWOA 4PJZA 1G7MC 1L20A 2MEEA 4EKPA 1NWGA 4I7RA 5T3FA 1KNIA 1L12A 2RB2X 1UIHA 4ARLA 1DYGA 1LMCA 3FI5A 195LA 4YEMA 5LA5A 2YBMA 2GV0A 3DN3A 214LA 4MR1A 3A6CY 1UCOA 2LZTA 1AT5A 1L64A 4W56A 2HEDA 1JKDA 1QDTA 2C8OA 1QSBA 1HEMA 4QGZA 1IP1A 2XBRA 5DL9A 4B4JA 1W08A 4XJDA 3LN2A 4HSFA 3HUKA 2OTZX 1O23A 1D2YA 1L62A 3AB6A 3TXKA 1NHEA 210LA 2OE7X 6LZMA 130LA 5KXNA 1L11A 1CU0A 1IP6A 1IWUA 4WO6A 1CKGA 127LA 1WQOA 1HELA 3EBAB 1B7LA 5LVGA 4A7DA 1C61A 1KW7A 4DQ7A 5KXSA 1OVKA 1QSAA 240LA 2B6ZA 2OEAX 2B6TA 138LA 5LVIA 228LA 1B7RA 3P64A 120LA 209LA 4WO9A 3HBHA 1JISA 4DD3A 1J1OY 111LA 4NGZA 4EOFA 4OWHA 1C69A 1GDXA 5B07A 1QUTA 3F9LA 1HMKA 2Z18A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5C6L A;  3MGW A;  2RBS A;  2RBP A;  2Z37 A;  4H1P A;  1C10 A;  2FYD A;  5AMY A;  3P66 A;  3GUP A;  4G9S A;  5FHW A;  1UIF A;  183L A;  2DQE Y;  3WPL A;  1IWV A;  4YM8 A;  1IR8 A;  5I54 A;  4H8X A;  4N8Z A;  4XYY A;  1L80 A;  147L A;  2XJW A;  5B05 A;  4H90 A;  5KKJ A;  5FCP A;  5A3E A;  1C46 A;  2NTH A;  1LSZ A;  2LYM A;  3CDQ A;  1P37 A;  112L A;  2HTX A;  2Z6B A;  1QQY A;  3CDT A;  2HUB A;  4Z3M A;  4W55 A;  1HHL A;  226L A;  4RW1 A;  1AZF A;  4H9E A;  1A4V A;  229L A;  1LSG A;  1T3P A;  4H94 A;  2HU1 A;  1GFT A;  1JJ1 A;  5APE A;  4EKS A;  1L34 A;  154L A;  213L A;  4EKQ A;  3OE0 A;  2A7F A;  1JUG A;  2DKV A;  4M6D A;  1HEN A;  1G1W A;  1L92 A;  1HF4 A;  1L10 A;  1ZYT A;  2OE9 X;  4GRV A;  5DN5 A;  2DQD Y;  1L52 A;  223L A;  3NYA A;  1NDG C;  3RNX A;  4WLX A;  2Q0M X;  1TCY A;  1C6C A;  246L A;  1L98 A;  110L A;  2ZIL A;  2OTY X;  1BQL Y;  1QIO A;  1DI5 A;  1C6F A;  1L21 A;  232L A;  2BQG A;  217L A;  1D0L A;  3GUK A;  1NMM A;  1L65 A;  158L A;  1GFH A;  2BQI A;  114L A;  1F10 A;  4OWA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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