1L99A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFGMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l99A00
2B70A 160LA 1KW5A 258LA 3NY8A 1QS5A 3FA0A 1G0JA 2HUMA 3HTDA 4GBRB 4E97A 2B74A 1L98A 4W51A 155LA 260LA 1CU5A 137LA 2HUKA 3FI5A 1C69A 1L47A 2RAYX 215LA 3RZEA 174LA 213LA 1L88A 256LA 1PQMA 3HU8A 2O4WA 1T6HA 1DYCA 3HDEA 4W57A 139LA 1L74A 3C80A 1ZWNA 2NTHA 150LA 164LA 1K28A 2OE4X 3C8QA 1L19A 2ANXA 2LCBA 1C64A 3HTBA 141LA 1L38A 1L81A 171LA 1L70A 4ARQA 1L63A 1L46A 1C6DA 1L04A 3C7ZA 2F2QA 216LA 1L50A 1L51A 1L72A 3F9LA 4I7OA 1QS9A 1I6SA 181LA 185LA 227LA 169LA 2F32A 165LA 2OTZX 3PDSA 3HT9A 1DYEA 1QTCA 238LA 4GRVA 195LA 118LA 1C6HA 1L91A 198LA 172LA 1XJTA 158LA 1QUGA 3NY9A 232LA 1P6YA 1QTVA 3CDVA 1G1WA 1L65A 4IAPA 125LA 2RBOA 4LDLA 2RB2X 1G0LA 4PK0A 104LA 1LYEA 3DN6A 259LA 119LA 1LGUA 223LA 239LA 122LA 3K2RA 3DMZA 163LA 1G0MA 2OTYX 2RB0X 3L2XA 1QT8A 1L86A 1L27A 1L28A 1L06A 1C66A 140LA 3DN3A 4DAJA 1C6NA 1L53A 2RBNA 1L83A 2IGCA 1L97A 4EXMA 191LA 224LA 108LA 1NHBA 3C7YA 1QTBA 4ZPUA 2B6ZA 1JTNA 1T8FA 237LA 145LA 3G3XA 5LZMA 2B6YA 217LA 1D2YA 2B75A 4W54A 253LA 4ARMA 1CU2A 1D3NA 1C6JA 1G0GA 1L89A 1L56A 7LZMA 3SB5A 110LA 3HU9A 3GULA 107LA 221LA 1L25A 1JQUA 4I7SA 4W58A 1L37A 167LA 3DN4A 2NTGA 128LA 3HH3A 189LA 1L76A 1L18A 214LA 4ARJA 146LA 1WTHA 159LA 220LA 2OU9A 1P7SA 196LA 240LA 1OVHA 148LE 1C67A 205LA 103LA 2OU0X 2LC9A 1L68A 1XJUA 1QTZA 142LA 3GUKA 1KW7A 1L45A 1DYFA 4W52A 175LA 1L0JA 3DN0A 200LA 2RBQA 1G0QA 1P64A 3GUMA 1C6PA 1L21A 252LA 1QT7A 244LA 1LW9A 1L79A 6LZMA 1D2WA 1L48A 4PJZA 1L44A 3CDRA 3G3WA 4EKQA 1L10A 3GUJA 3HUKA 1PQKA 1CV5A 1D3FA 3RUNA 1L62A 152LA 1L11A 3V2YA 1L34A 3HUAA 1SX7A 1L07A 1L61A 2QARC 4W59A 4DJHA 1C63A 138LA 3OE8A 1C60A 1L52A 131LA 1L15A 1CX7A 1L22A 231LA 1G06A 3HTGA 2B7XA 3F8VA 1G0PA 4I7PA 2OE9X 1SX2A 3HH6A 2RBRA 166LA 219LA 1CU6A 245LA 2L78A 1L39A 1C6IA 4LDOA 1OV5A 3DKEX 1L55A 4YX7C 1L01A 126LA 242LA 1L85A 1LWKA 4I7LA 4LZMA 226LA 120LA 111LA 1L59A 3GUPA 218LA 225LA 3GUIA 1C6MA 211LA 129LA 182LA 1L16A 1L73A 1L13A 1T8AA 3EMLA 147LA 3DN8A 3NYAA 1CU0A 1CV6A 1L87A 2B6TA 3SB6A 1QT3A 3OE9A 1ZURA 2Q9DA 1L29A 2RBPA 1LLHA 3PBLA 2QB0B 188LA 1L66A 3HUQA 4ARPA 1L00A 151LA 3C7WA 1DYGA 3DN2A 1KY1A 1PQOA 4EPFA 1PQIA 4W55A 3HH5A 243LA 1P36A 1QSQA 1L05A 1L82A 1C6GA 5I14A 4AQNA 3D4SA 1C65A 2Z6BA 1LI3A 1L26A 1C6LA 186LA 1L31A 123LA 113LA 1KY0A 157LA 4I7JA 1LYJA 1PQJA 1L64A 1DYDA 3HT7A 1OV7A 4ARQB 3HT8A 1L71A 4I7MA 2RB1X 1OVKA 114LA 115LA 210LA 192LA 1QSBA 1D9WA 1CUQA 261LA 4YXCA 3GUNA 236LA 1L14A 1CX6A 1C62A 222LA 1LYIA 1T97A 254LA 170LA 1L95A 3ODUA 4ARLA 1LGWA 3SN6R 3HWLA 3V2WA 127LA 235LA 2CUUA 1P2LA 1T8GA 3FADA 2OE7X 3GUOA 2RBSA 176LA 1SSYA 233LA 1LYFA 262LA 3SB8A 3DN1A 178LA 4I7TA 2OU8A 190LA 1L0KA 156LA 1L08A 1L09A 4EPIA 1L41A 1L54A 183LA 1L40A 229LA 3C81A 1L30A 1C61A 1LI6A 3QAKA 1CU3A 187LA 1L32A 201LA 1L33A 4ARMB 143LA 1P5CA 1OYUA 4EKSA 2HULA 3OE0A 168LA 246LA 1CTWA 3DMXA 3SB7A 4DKLA 234LA 3CDTA 1C6FA 1DYAA 3OE6A 4OO9A 173LA 2B73A 1LYHA 1QT5A 1TLAA 1QUOA 249LA 1C68A 1L94A 230LA 3DMVA 1DYBA 1L57A 4EJ4A 1PQDA 1L43A 3CDQA 4LDEA 1CVKA 3LZMA 1ZYTA 4W53A 1L58A 1L84A 3C83A 2RH1A 3C8RA 1KS3A 1P37A 4I7NA 1L92A 1L24A 2A4TA 1L02A 1L12A 1L17A 1QUDA 1OVJA 1LI2A 1L36A 1L80A 1XEPA 162LA 1LPYA 1L20A 2B72A 1L23A 1L60A 4I7KA 1P2RA 2B6XA 1L75A 2RAZX 1LYDA 1LYGA 3VW7A 4YXAC 248LA 1L77A 228LA 199LA 102LA 1QUHA 2ANVA 4I7RA 255LA 1L93A 1EPYA 3SBBC 1C6KA 1QTDA 4EKRA 3SBAA 3C82A 1L96A 109LA 209LA 2Q9EA 1JTMA 1L99A 1C6AA 1OWZA 1G0KA 1CV1A 3HH4A 1C6QA 3L64A 3JR6A 1LGXA 1P3NA 184LA 1SWZA 2O79A 1D3MA 3HTFA 3UONA 206LA 1L49A 3HDFA 1B6IA 112LA 1C6TA 2OEAX 177LA 4S0WA 1KNIA 2F47A 1OWYA 1G1VA 144LA 1C6CA 2O7AA 1C6BA 1G07A 1L03A 1CUPA 130LA 1P46A 4K5YA 1LWGA 4EKPA 4I7QA 1L35A 3DNAA 212LA 1CV3A 180LA 2B6WA 257LA 1CV0A 3HT6A 1SSWA 1L67A 161LA 1P56A 3G3VA 149LA 1C6EA 1CV4A 1L69A 1QT6A 4W56A 1L90A 1QTHA 247LA 1D3JA 250LA 197LA 241LA 1L42A 2LZMA 3CDOA 1QT4A 3SB9A 1SWYA 3C8SA 251LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B70A 2Z2EA 1KW5A 2XJWA 1QS5A 2HUMA 4E97A 3EBAB 1L98A 2RSCA 3J4GA 1REMA 1LZGA 1G7HC 3B0OA 215LA 1IC7Y 174LA 5C6JA 1L88A 1LHKA 1PQMA 5ILCA 1VFBC 4RLMA 1DYCA 5HLLA 5E9RA 4ET8A 194LA 4CJ2A 1K28A 1LSYA 3C8QA 1C64A 141LA 1BWJA 1IX0A 4ARQA 1L63A 1L46A 1LZDA 2F2QA 216LA 5FELA 1L51A 1LZ5A 3F9LA 2ZYCA 1YIKA 2HUBA 3A6BY 3CSRA 3TXHA 1I56A 165LA 1UUZC 4LYBA 4NGVA 4H9AA 1YKYX 2Z37A 1JUGA 1XJTA 158LA 3HBEX 1GFAA 1QUGA 5EBHA 2Z12A 1QTVA 2BQAA 1B7SA 2RB2X 1G0LA 2ZIKA 259LA 1UA6Y 4FJRA 2H9JA 1BB3A 4HSFA 3K2RA 3DMZA 163LA 4DD9A 1G0MA 1IC5Y 2OTYX 1ZV5L 3L2XA 1WQPA 1L27A 1L28A 140LA 3DN3A 4DAJA 4WG7A 4BADA 1L83A 4KL7A 5A3ZA 108LA 1OUJA 4LYOA 1B7NA 1IWWA 4H8ZA 1T8FA 5KXTA 3WUNA 2B6YA 4W54A 1CKGA 1C6JA 5KXKA 1KIPC 1G0GA 1L89A 1FKQA 2EQLA 2Z39A 2F4AA 3SB5A 1IP2A 4ZEEA 1NHEA 1JQUA 4I7SA 3WW6A 3CSQA 1JTTL 1B7QA 4G9SA 4NY5A 1L37A 2NTGA 128LA 1BB7A 3T36A 1L18A 1PS5A 4ARJA 5KY1A 1WTHA 159LA 1REYA 1CJ7A 2PC2A 207LA 1FDLY 1XJUA 142LA 4YM8A 5KXXA 5M1YA 1BVKC 4W52A 3DN0A 1IP6A 1G0QA 1XGPC 1LJGA 4YEMA 1HNLA 3GUMA 1E8LA 244LA 5ILFA 3B72A 3EO5A 1D2WA 2HEEA 1BGIA 3G3WA 3IJUA 3HUKA 1PQKA 1GE3A 1W08A 4PRUA 3V2YA 2YBLA 4NHTA 1EQEA 3HUAA 1L07A 1C45A 1IWYA 1L61A 5I4WA 1LJJA 2QARC 1C63A 4W94A 3FI7A 1C60A 4B4JA 1L15A 2BQCA 1CX7A 231LA 3HTGA 1TBYA 1JKCA 4LYMA 4ZIXA 4OWAA 3A91A 1SX2A 3HH6A 4NGJA 166LA 1B9OA 4LDOA 4DQJA 4Z46A 3DKEX 4YENA 4OOTA 5KXRA 4I7LA 2HEAA 1IP7A 4G4BA 4OWCA 3GUIA 1C6MA 4LT3A 1L13A 3AZ5A 4CHXA 1NF5A 1CU0A 4J1AA 4N5RA 1V7TA 4WG1A 2B6TA 3SB6A 1C7PA 1B5ZA 1ZURA 3AW7A 1LLHA 3PBLA 2QB0B 188LA 2DQEY 1L00A 1HC0A 3GXRA 1GDXA 2G4NA 5HMJA 2HECA 5T3FA 1JTPL 5J7CA 1L82A 1LSCA 5I14A 4AQNA 1GF8A 3LYTA 4N9RA 5LXWA 1L26A 1IP4A 1LYOA 186LA 1QDTA 123LA 2BQMA 2YBNA 1GB7A 2NWDX 4I7MA 4NEBA 3A93A 1OVKA 1GB6A 3A92A 2BAAA 4I8SA 261LA 3GUNA 236LA 2XTHA 5LVHA 1CKDA 1JIYA 1JKAA 1C62A 254LA 4A7DA 3ODUA 4GCEA 4H9EA 1LGWA 5L3HA 1WVUA 4WLXA 2YBHA 4WO9A 4DQ5A 1LOZA 6LYTA 2CUUA 1P2LA 2AUBA 1T8GA 2BQEA 1JKDA 1Z55A 233LA 2LZ2A 1AT6A 5I53A 4I7TA 1GXV2 4LFXA 4XN6A 1FLUA 1L09A 5LINA 1C61A 2H9KA 4M6DA 1FLQA 187LA 3ZEKA 143LA 2Z2FA 4HTQA 1C10A 3A94A 1C6FA 4NHIA 1JEFA 4H8XA 3AGHA 1QT5A 4NGIA 249LA 1GF0A 3DMVA 1L57A 4EJ4A 1PQDA 4LDEA 1IC4Y 2LYMA 4W53A 1B7OA 4HTNA 3C83A 1P37A 1L92A 2BQBA 1G7IC 2A4TA 3TXGA 2A7DA 3QNGA 1GF9A 1L12A 2BLXA 2HEDA 1LI2A 1L36A 162LA 2XBSA 1L60A 3BKVA 3LYOA 1BWIA 1L75A 5APFA 1GEVA 1LJKA 3VW7A 248LA 1LMNA 228LA 1IOQA 2ANVA 4I7RA 255LA 4NGYA 2F4GA 4MSTA 1VDPA 1L96A 4PGJB 2Q9EA 2X0AA 1G0KA 3HH4A 1C6QA 3L64A 2FBDA 1P3NA 184LA 3HTFA 1D3MA 3UONA 1OUHA 3HDFA 1L49A 177LA 4UWNA 2CDSA 1C08C 1G1VA 5FCPA 5LVGA 2O7AA 3CT5A 4I0CA 1CUPA 130LA 1P46A 2YBMA 4EKPA 4I7QA 1HEMA 4TSBA 3AZ6A 212LA 1OUEA 4WM1A 1GE4A 3ZVQB 2B6WA 3HT6A 1SSWA 1L67A 161LA 149LA 5FHWA 4HJZA 4DD0A 247LA 5HNLA 5B1FA 1JWRA 3CDOA 2FBBA 1QT4A 154LA 3WPJA 3SB9A 1SWYA 1UACY 1QQYA 4NHQA 160LA 3NY8A 1LSEA 5KKJA 3HTDA 1CU5A 137LA 1YQVY 1C69A 1L47A 2DBTA 2RAYX 3RZEA 1XGUC 256LA 4PRQA 1TEWA 3AZ7A 1T6HA 139LA 1L74A 1JJ3A 3C80A 1IY4A 1VDSA 4H9IA 164LA 5FEKA 4WM3A 2OE4X 2LCBA 2ANXA 4RDSA 3J6KA 1L81A 4WLYA 1WQQA 1LMQA 4KPMA 1C6DA 2D4KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B70 A;  2Z2E A;  1KW5 A;  2XJW A;  1QS5 A;  2HUM A;  4E97 A;  3EBA B;  1L98 A;  2RSC A;  3J4G A;  1REM A;  1LZG A;  1G7H C;  3B0O A;  215L A;  1IC7 Y;  174L A;  5C6J A;  1L88 A;  1LHK A;  1PQM A;  5ILC A;  1VFB C;  4RLM A;  1DYC A;  5HLL A;  5E9R A;  4ET8 A;  194L A;  4CJ2 A;  1K28 A;  1LSY A;  3C8Q A;  1C64 A;  141L A;  1BWJ A;  1IX0 A;  4ARQ A;  1L63 A;  1L46 A;  1LZD A;  2F2Q A;  216L A;  5FEL A;  1L51 A;  1LZ5 A;  3F9L A;  2ZYC A;  1YIK A;  2HUB A;  3A6B Y;  3CSR A;  3TXH A;  1I56 A;  165L A;  1UUZ C;  4LYB A;  4NGV A;  4H9A A;  1YKY X;  2Z37 A;  1JUG A;  1XJT A;  158L A;  3HBE X;  1GFA A;  1QUG A;  5EBH A;  2Z12 A;  1QTV A;  2BQA A;  1B7S A;  2RB2 X;  1G0L A;  2ZIK A;  259L A;  1UA6 Y;  4FJR A;  2H9J A;  1BB3 A;  4HSF A;  3K2R A;  3DMZ A;  163L A;  4DD9 A;  1G0M A;  1IC5 Y;  2OTY X;  1ZV5 L;  3L2X A;  1WQP A;  1L27 A;  1L28 A;  140L A;  3DN3 A;  4DAJ A;  4WG7 A;  4BAD A;  1L83 A;  4KL7 A;  5A3Z A;  108L A;  1OUJ A;  4LYO A;  1B7N A;  1IWW A;  4H8Z A;  1T8F A;  5KXT A;  3WUN A;  2B6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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