1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Amino acid transport
source organism Salmonella typhimurium
publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
3W15C 5I58A 2F5XA 4LZ7A 2DP8A 2Y84A 1NNTA 4QFPA 3M3FA 3TTLA 1MQHA 3HN0A 1MXVA 3K2DA 1GV8A 3FGSA 2Y7RA 2V25A 3M8UA 2F6PA 3CG1A 4LVQA 1I6AA 2Z23A 4G8MA 3KG2A 2DWJA 3LR1A 4P0IA 5TP9B 1S9TA 4IO5A 1MQIA 3ECRA 4FEDA 4LA9A 3O2AA 4Q0CA 1SYHA 3LSWA 5FHOA 4H65A 5AA4B 4LATA 1L5TA 1B05A 4KYEA 4FEBA 4NWDA 3EHTA 3RTWB 2Z22A 3TFLA 1LBBA 4G68B 1Y4TA 2XXVA 3BFUA 3VE1B 4QFNA 4HW8A 2YJPA 4OVJA 4N07A 2HEUA 3OMBA 3TODA 3QAXA 2G93A 3KEIA 1JETA 4I62A 3C33A 4R75A 3K02A 5ITPA 1B4ZA 4PFTA 4KR5A 4RY1A 3N94A 1EH3A 4XIGQ 5ELVA 4C1TA 2REJA 2RKMA 4BLAA 2HQ0A 4QRZA 4OEVA 4YU0A 2H4IA 3TZAA 4U4SA 3FD3A 2OLBA 1HSJA 1IQ7A 3QIMA 3EHUA 4PP0A 2UVIA 3RUMA 1LFHA 3DM0A 1Y1ZA 3DP8A 1DSNA 1II5A 1XVXA 1D9YA 1MY0A 1B58A 1PB9A 3UORA 1QVSA 1Y1MA 1OVTA 1QKAA 5L8DA 4KQPA 3KSXA 1I69A 3L6GA 4DXCA 1P1OA 2I6EA 1FTJA 4GRKA 4O3AA 1MY2A 2V3UA 4YZZA 5K2YA 1N7XA 3P7IA 5KZTA 2PYYA 4NF6B 3MAMA 4NF5B 3IO4A 3I5OA 1LBCA 4KD5A 3ZKLA 5I56B 1B9JA 3TTRA 1A7LA 2O1LA 1UQWA 3T9VA 3MVZA 5CMMA 1JW1A 1B0HA 3GZGA 4BDQA 4FATA 4RPOA 2IEEA 1LCFA 5I58B 2GH9A 1M5CA 5H8QA 4P0GA 2XXHA 4C0RA 2F7AA 3TEPA 1OLAA 3K6VA 4F29A 5LOMA 5HM4B 3S9EA 4JWOA 4F2QA 3U94A 1TWYA 3MVWA 1QUJA 2HZKA 1ZMGA 2XX8A 3C4MA 3O6GA 3T66A 3KOSA 4F3BA 1B32A 5I2NB 2V3QA 3TCHA 1J1NA 4R2BA 2OZZA 4R6YA 4ZDMA 3H03A 1POTA 3O97A 3MP6A 4FAJA 4BDOA 3SEVA 4OERA 3OEMA 2ALUA 2QS4A 1R9QA 1NH7A 1TT1A 3EPEA 3MW0A 1N7WA 3TCGA 1ZLQA 2NXOA 1MPCA 3U8QA 3MUQA 4NTLA 2CZLA 5CMKA 3B7DA 3RT8A 1B1XA 3O9PA 4YKJA 1QUKA 3C32A 4IO2A 1HSEA 2QJEA 1SD3A 1LCTA 4H8IA 2I3VA 1ZTYA 4KYSA 2H98A 1D4NA 3B6TA 2B3BA 4RA1A 2R9JA 4ZEDA 4MFIA 2G29A 2PVUA 1IXIA 2QS3A 3K01A 3CG3A 2H99A 4X9TA 5EHMA 1IXCA 2Y7PA 3G3KA 2OK2A 3FZVA 1BLFA 3PUVE 3MQ9A 3G3GA 1R9LA 4XKQA 4KYDA 1XC1A 3O29A 3HHFA 5HBCA 2XXWA 3TPAA 1NH8A 4IO4A 1FCKA 1MS7A 3K00A 1IXHA 1HSLA 2ZNUA 3KSJA 3TTMA 1GR2A 2XXIA 2X7QA 3BKIB 2XXUA 4MBPA 2XX9A 3PPPA 4G8NA 5ICTA 4OTEA 1JVXA 1TFDA 4F1YA 4U4XA 1SW4A 1H44A 4POXA 1MXUA 2ONRA 4ECFA 4G68C 4RK2A 2UVHA 2I58A 5H8QB 2HXWA 3CFXA 2O1MA 1O63A 1IUDA 4KI0E 1LFIA 1OQHA 4Q5TA 2KLFA 3MWBA 5BWJA 4EQ7A 2E1SA 3LSXA 4TLMB 3KFMA 3Q25A 4THIA 1P1UA 4LP2B 3KGCA 1VR5A 5CBSA 3SEYA 3N5LA 1B3HA 3RGYA 1Y4CA 2UVGA 2Q2AA 3HHGA 5FTHA 3Q29A 4MLVA 3T9XB 4IY6A 2VGQA 2XHDA 3Q27A 4ZEFA 2VD2A 4PE5B 3C35A 1TXFA 5ICQA 3THIA 5DEXA 5H8HA 4FORA 3UA8A 1EZOA 2DWAA 1DPPA 5L9OA 2DXRA 3N26A 1B46A 1A8EA 1SW1A 4LQ2A 1F9BA 1SW2A 1AOVA 2AL5A 3DLNA 2RC9A 3MBPA 4OHNA 4E0XA 1S50A 3S9NC 3TDJA 2RCAA 4F3PA 1IITA 1H3DA 3FVGA 4RPNA 5AA3A 2OWSA 3V8XB 5JTYA 1I6QA 1NKXA 3LSLA 2REGA 4PFYA 1US4A 1D3KA 3O6IA 3MZBA 3IO6A 4EXLA 2R71A 3ILUB 4TLLB 1SW5A 3ZSFA 4HS7A 2Z8DA 2H9BA 2QS2A 4P11A 4HTGA 4U21A 1LAFE 3MPKA 5AE4A 1FQFA 4KHZE 2Z8FA 3H6WA 3C34A 2V3TA 4UACA 1P1NA 4FE8A 4H6DA 5H8SA 3QYTA 2V84A 1Y20A 4EF1A 4YB6A 2QPQA 1OVBA 4OESA 3B6WA 3KN7A 3ODBA 4F2OA 5I2NA 5CMBA 4ELOA 2DXYA 1OLCA 1Q1KA 1MRPA 4K3FA 5TU0A 4GIZA 2PBWA 2B65A 3SETA 4X48A 4H0WA 4IGTA 4GLIA 4ELPA 4F18A 5I2KA 3K0VA 5AA2A 1KWHA 3EQ1A 1RYOA 4EUOA 1SI0A 1EU8A 4H5GA 2QRYA 3D4CA 1MY4A 1NNPA 3FXRA 4OWDA 3KZGA 4U1ZA 4U22A 4R2FA 1LLSA 3RQTA 1SI1A 1UTBA 5B7DA 1VFDA 3VLWA 2F7BA 4F39A 4QSCA 4NE4A 2I48A 3CIJA 4LQ5A 1JW4A 1IZ1A 1SYIA 5JK4A 2Q2CA 4ELRA 5DEXB 5H8HB 3VFJA 3ZKKA 1BTJA 3E3KA 2Y7WA 3ONMA 2I4BA 5H8NA 3G3FA 2F36A 1FTKA 2O68A 2ONSA 4EF2A 5DVJA 3UK4A 1Q35A 1LAXA 5JTYB 4XKRA 1A8FA 3DP6A 4OYVA 2F78A 3IOTA 3FJMA 2LAOA 3T9HB 4ZEBA 4C1UA 1QW0A 2B3FA 3FVOA 4NEDA 3PUZE 3K6WA 1MM6A 4FIMA 3I6VA 3TAJA 1TFAA 3H06B 3OSQA 4BDNA 4YKIA 4H67A 1A99A 3PD9A 2A5SA 4ZZEA 1EZPA 3FXQA 3A09A 1MM7A 3KBRA 5I57A 3MJNA 5I59A 4HCWA 1AH5A 1MDQA 4YB7A 2HAVA 4GF8A 1EZ9A 3EF7A 2F7CA 3IL1B 2ESNA 3L6HA 3HCQA 4PQJA 2I49A 4U1OA 2VHAA 1PBQA 2PT1A 5AA2D 2D21A 3S2VA 4U23A 3LC8A 1S7YA 3A3UA 3PD8A 1A55A 3TQLA 3K1PA 1YCJA 5DVIA 3UN6A 5L9SA 1DOTA 3MP8A 4O3BA 3TYHA 1B7HA 3T93B 5EYFA 2ZYMA 4OETA 4YMBA 2X26A 2XXYA 3LSFB 1USYH 4H1XA 4YICA 5I2KB 2XXXA 5AA2B 4H5FA 4JB7A 1QJMA 4UA8A 5DYHA 3ZS6A 1XT8A 3FASA 4BDLA 3PPQA 3H6UA 4KCDA 3OO7A 1MH3A 5AA1A 1B5HA 1VSOA 3U93A 3ILTB 3BBRA 1UTBB 1MQJA 4OFJA 3S9LC 5JEIA 5F7VA 4BDRA 3R6UA 1M5FA 4OMBA 1UTHA 3Q26A 4ISUA 2O7UA 3H7MA 1DMBA 1JEVA 4MLQA 3DELB 1N84A 3WAEA 1SVXB 1JNFA 4DXUA 5IAIA 1URGA 4RJZA 3SDFA 4NF8A 2ANJA 1B6HA 1USYE 5H8NB 4AB5A 1QUIA 4EQBA 4ZE8A 2RF1A 3PGFA 1LSTA 1UIVA 3FIRA 2NVUB 3C36A 1ZJLA 4ESXA 2I0BA 3SEWA 3HV1A 2O84X 2WKYA 1B5JA 2F97A 4YKPA 3T9UA 3TMGA 2HZLA 1MXWA 3PPRA 4JBZA 3USDA 3OXNA 4RXLA 1DTZA 4O3CA 3PMWA 1IEJA 2RC7A 1IXGA 3PMXA 1GTKA 1YAEA 5J1DA 4IY5A 3TELA 4R73A 3T22A 5I57B 2DWIA 1MQGA 5I59B 4PETA 2M8CA 2E0SA 4FECA 1FTMA 1R6ZA 2A5TA 1JW5A 2ZXTA 4Z7EA 3CSBA 4GL0A 2RINA 4OENA 1Y3QA 2DE4A 1M5BA 4OZ9A 1WVJA 3QXMA 3TCFA 1BIYA 4KCCA 2RCBA 2W7YA 3H6TA 2QMWA 3HPIA 3MP1A 4H8JA 3IJOB 3KN3A 1N3WA 4KPTA 1YPNA 3M3LA 4NMYA 1D9VA 1LGBC 3HO7A 4PFUA 1M5EA 2RC8A 3U72A 4JXIA 1ZKBA 5ISUA 4R6KA 3E13X 1FTOA 5FTIA 3OENA 5F1QA 2THIA 3IB0A 3VVEA 3OD7A 4QSEA 4I1DA 4DCYA 3GBAA 4BDMA 4GXAA 2OBGA 1OIBA 2HCAA 2DSFA 5KCJA 3UP9A 3IAZA 3H3GA 2ZYNA 2QL3A 3FVNA 3WAFA 1B2HA 1MXXA 1B0LA 1LB9A 1B3LA 2QS1A 1R1NA 5CMCA 1M5DA 2YLNA 4F22A 1UTHB 4ESWA 4OQOA 4I8CA 1NL5A 1BKAA 3KOTA 1Y3NA 2Z8EA 3FATA 4NF8B 5CRYA 4I9DA 3N6TA 1N0TA 3G7WA 3M3KA 4TQUQ 4POWA 3C31A 1MPDA 5ITOA 3HSTA 4QSDA 2I4CA 3V89B 4QFLA 2VP1A 3SESA 4GQOA 3RTFB 2BJJX 4G4PA 3OSRA 3UGWA 1CB6A 3OO6A 2Q89A 3E4RA 4ONYA 1H76A 3TKDA 5KDTA 1RYXA 1XHYA 1N04A 3IB2A 1VE4A 4HCYA 2F34A 1SDXA 1T0KA 1FQAA 4RYAA 5TPAA 3JZJA 3V5AA 1PEBA 1H43A 3PU5A 1URDA 2A5TB 5HPQA 4PFWA 2IA4A 5CI5A 2Q88A 4ZE9A 3IOWA 3O6HA 4XTCQ 4G77A 3RLFE 1A54A 1GVCA 1ZU0A 3MZ9A 2OWTA 4LONB 4M1VA 2XXRA 3TQWA 4ZZAA 1B3EA 2ABHA 4R74A 2H5YA 2Q8JA 3RNNA 4NWCA 4RNSA 1FW0A 3C9HA 2GFEA 3OEKA 1IIWA 4MH5A 1NFTA 2AIXA 3TTNA 3MPLA 1SBPA 4AB6A 1LAGE 4EXKA 1PB7A 4GL8A 1B40A 4IO3A 4Q8RA 2O6AA 4DXBA 2V93A 1MG1A 5KCJB 3MC2A 3VXBA 1SQYA 3IOVA 2DYXA 3PUXE 4IB2A 1WDNA 2H25A 4XKNA 2ONKE 3IR1A 1NNFA 3PUWE 1FQDA 1DTGA 1US5A 3F11A 1FQEA 3GLBA 3IX1A 2GHAA 4GD5A 2I3WA 2Y7KA 4EQ9A 4F1VA 3K6UA 3V83A 1PBPA 2ZYKA 4Q30B 3PMVA 3W9VA 5DT6A 5FHNA 3A3CA 3H6VA 1AIVA 1H45A 4FJPA 4XKPA 4X1BA 5EHSA 3EN3A 5IKBA 4QF9A 2Q9TA 4WEPA 3IORA 4L17A 4F1UA 2DVZA 1MQDA 3QUJA 3RN8A 2OJTA 2P2AA 4OEUA 4DDDA 2FA7A 2O69A 4F3GA 4KFQA 5DTBA 1P1QA 4DCXA 1XVYA 4OXVA 1VFEA 1ELJA 5KDTB 3VV5A 5H8FA 4GWOA 4LZ5A 3CRBA 3E9XA 2O7IA 1UIUA 3QUFA 3FUZA 3VDFA 3K6XA 2FNCA 3CR9A 5TPAB 2ZNTA 1ATGA 3SEXA 1BP5A 2QMXA 3BFTA 1GGGA 4R6HA 4F3SA 4N13A 2Y7IA 5FHMA 4DLDA 4QHQA 3LUYA 1POY1 3SERA 1OMPA 3IJXB 3IOUA 1Z7ME 2ZYOA 2DWHA 4ELQA 4JSOA 4G2ZA 1B1HA 5DVFA 4IGRA 1LB8A 3K1MA 5BUUA 4IO6A 3PPOA 1N3XA 3PPNA 1PDAA 2HAUA 4YAHX 1MY1A 3QK6A 4YKKA 1MDP1 4G8HA 1MPBA 1B7UA 3W9WA 2PT2A 1JVYA 1XS5A 2XXPA 2PX1A 1FQBA 3CFZA 1ANFA 2GHBA 2D3IA 5A5XA 1P1WA 2CMOA 1DPEA 3RPWA 1ZBMA 1XOCA 3AXFA 1NNKA 2NUVA 1N76A 4JWYA 4OFLA 3B6QA 4DZ1A 3CI8A 3I3VA 4YMAA 2VOZA 3CVGA 3VLVA 1B3GA 3H4ZA 3LBSA 3RY3A 2UVJA 1B4HA 3IB1A 4XXUA 2R6GE 4ND9A 3FXUA 1B3FA 2X7PA 1AL3A 2FYIA 2AYSA 4WXJA 4F31B 1I6BA 2GRVA 2ZNSA 1YTVA 3N6UA 3FV1A 4NF4A 2O51A 4QFOA 2DS9A 1RKMA 3Q28A 3QSLA 1Z7NE 2DE2A 4F19A 3OO9A 4QFKA 2NWJA 2P0SA 4JWXA 3SKPA 1MXZA 1PB8A 1MH4A 4E0WA 5CBRA 3G3HA 3KN8A 2NOOA 5M2VA 4JSDA 2P1SA 4AQ4A 4YB5A 1JQFA 1QULA 2UYEA 3CSGA 1JEUA 3DP4A 5H8FB 4R72A 5K2XA 2D5WA 4ZEIA 3R7XA 3PV0E 4R9FA 4IO7A 3FV2A 4GXSB 5TP9A 3VVFA 3S9MC 2VD3A 3O28A 4N6PA 1OQGA 1A40A 2UXAA 1MY3A 3R26A 1P99A 1FTLA 1WODA 1QKBA 2AL4A 5AA4A 3U1OA 2DOJA 4R9GA 3KJ7A 1FQCA 4DIGA 1LFGA 3GXAA 5CM6A 1O7TA 4RK9A 4DE8A 2YPNA 4X1DA 2DQVA 1NMUA 2XXTA 4G68A 1URSA 3G3JA 3IK6B 3KJTA 3EHSA 4WEDA 3VXCA 5I84A 1MXYA 2HFBA 1B7ZA 3JYRA 4ZS9A 3TTKA 3TUSA 3VLUA 4GFRA 3MZ1A 2F6GA 3D4GA 4ZECA 1B5IA 1AMFA 1PC3A 2UYFA 3GBBA 5CC2A 5B70A 3K4UA 2XX7A 3JV9A 2F35A 3G3IA 3RT6B 3VVDA 2PMSA 2XD2A 1CE2A 4OFOA 4JDFA 4TOZA 5A5XB 3CFLA 2DVCA 2ZMBA 4M4GA 1B52A 1LAHE 3MVXA 4Z0IA 2I0CA 1O64A 2OCUA 3FVKA 1B51A 4GVOA 1Y3PA 2XD3A 3K1NA 3S4UA 3FJ7A 3SEUA 2XXQA 4LUBA 2DE3A 3OO8A 4GOTA 3FJGA 3T96B 4EDPA 3OELA 1ZIUA 3PUYE 4U2RA 1Y9UA 3MVYA 4NF6A 4WKMA 4NF5A 3OOAA 2F8DA 5L9MA 4NF4B 5I56A 4MF3A 4LZ8A 2QSXA 3UIFA 3O66A 3U92A 4ZEKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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