1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Amino acid transport
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
3SEWA 1BKAA 2OLBA 1JNFA 3VFJA 4DDDA 1AIVA 4LATA 2RCAA 2ALUA 4JDFA 4OERA 3LR1A 4U1ZA 2DVCA 1B5HA 3G7WA 3TTKA 3OO6A 3EQ1A 3VVFA 3DP4A 1H3DA 3BFTA 2B3BA 3PPPA 5H8HA 4X48A 3OD7A 4F22A 1FTOA 3ODBA 2I48A 2XXTA 1MXXA 4OYVA 4LZ7A 1P1QA 1MPBA 5FHMA 3T66A 1SW1A 1DTGA 5AA4A 3PMVA 2F7CA 4IGTA 1N04A 4PFTA 3GXAA 1HSEA 2NUVA 5DEXB 5CM6A 2UVJA 5JTYB 5FTHA 4KHZE 5CRYA 4G4PA 4R6YA 4BDLA 2UXAA 3O2AA 3UK4A 2D5WA 4FJPA 3KZGA 5CMBA 1MPDA 1POY1 2R71A 1GV8A 1OMPA 2Q89A 5H8NA 4Z7EA 3UN6A 2I6EA 4EQ7A 4YB6A 3S9MC 4X1DA 4F1YA 4MBPA 2DSFA 1Y1MA 4EF1A 1ZKBA 1UTHB 3G3IA 3TQWA 4R2BA 3LSXA 3OO9A 3OO8A 2F34A 1S9TA 3IB1A 5EHSA 2PT1A 1CE2A 4I1DA 2H98A 4IY6A 3ZKLA 4GL0A 5CC2A 5H8NB 3W15C 1LLSA 1Y3NA 2O1MA 2G29A 1B58A 4NF5B 2CZLA 3TPAA 2O6AA 2KLFA 4GXSB 4EUOA 4R6HA 3S9EA 3CR9A 2QS3A 4H8IA 4IO6A 4Q0CA 2O1LA 2QMWA 1A55A 1FQDA 1H44A 2LAOA 5AA2D 4K3FA 5DT6A 5I58B 1LAFE 3MUQA 5H8FB 1RYOA 5FHOA 1NNTA 1QVSA 4OESA 2RCBA 3VXCA 3EHTA 1R6ZA 1EZPA 3Q29A 1BP5A 2OJTA 4QSCA 4YKJA 1B3HA 2UYEA 2DVZA 3H6WA 3FXQA 4YKPA 3T96B 3TUSA 3E13X 3N26A 5L8DA 4NF6A 2Y7RA 4GL8A 5TP9A 2I3VA 1S7YA 4QFPA 2NOOA 3IORA 1QUJA 1BIYA 3C36A 3PUXE 1DMBA 1ELJA 3KN7A 4H65A 2V93A 5H8SA 5AA2A 4GF8A 1B9JA 5HPQA 3FZVA 3AXFA 5DYHA 3S9LC 2F6PA 3DLNA 2VD2A 1AL3A 4JWOA 5L9SA 3B6WA 1MH4A 2E0SA 1IXCA 5I59B 4QHQA 3RT8A 2Y7WA 4ZEFA 5I57B 4ELOA 4IGRA 2DS9A 2ZMBA 4G2ZA 4QF9A 2I58A 3OSRA 1OQGA 4OQOA 3MP8A 3K0VA 4R6KA 3TMGA 3T22A 4GQOA 2H5YA 1JVYA 3FGSA 1LBCA 4N07A 5F1QA 1Q35A 3GZGA 1MXUA 1DPEA 2QMXA 1Q1KA 3PV0E 2REGA 1LSTA 1NL5A 3IK6B 4OENA 1P1NA 4YB7A 2XXYA 2NWJA 2X7QA 1LAGE 4JXIA 3CSGA 4KCCA 3V89B 1A54A 3D4GA 3SEVA 3PPRA 1JEVA 1N76A 1MQHA 4BDOA 3V83A 3BBRA 2Q9TA 2ZNUA 1YAEA 3CFZA 4R72A 2XXXA 1N0TA 4QFLA 3QK6A 1XT8A 1GR2A 4MF3A 5I2NA 1NMUA 1ZLQA 1MY3A 4ZDMA 3S9NC 2V84A 3KSJA 3C32A 3TELA 2I0CA 1LFHA 4YAHX 1B5JA 1PEBA 5H8QB 3VVEA 2ZNTA 5LOMA 3GBBA 1MDP1 3IB0A 1VFEA 3Q27A 1D9YA 1LB9A 3R26A 3MW0A 4G77A 1FQFA 1IZ1A 4YZZA 3W9VA 3MJNA 5KCJB 5ISUA 5K2YA 1VR5A 4BDNA 4GVOA 4QFNA 3EN3A 3MAMA 4QFOA 4ZS9A 4PFWA 2FA7A 4WEDA 5I56B 1RKMA 3CVGA 1OQHA 2Y7KA 4ISUA 4YU0A 1FCKA 2HXWA 3VLVA 1MM6A 1MXWA 2OBGA 3B6TA 1FQBA 3KGCA 4G8NA 4OWDA 5I84A 4ZE8A 5IKBA 2XXIA 3MPLA 3H4ZA 1LCFA 3SEUA 1Z7ME 2O68A 1URGA 1LCTA 1VE4A 1IXIA 3FXRA 1ZBMA 3FIRA 1B6HA 3BKIB 3FVNA 4P0IA 3SESA 3JZJA 3TKDA 5ITPA 3M3FA 5B7DA 1SVXB 4U23A 4DIGA 2O51A 3UIFA 1US4A 3A09A 1MY4A 4PFYA 1WODA 2WKYA 3KN3A 3O6GA 2AYSA 3RLFE 1XVYA 5B70A 3H6TA 1SBPA 2DE4A 3JV9A 1UTBA 3PMXA 4OFOA 3TZAA 1MXYA 3RTFB 4POWA 1DSNA 1MH3A 1Y4CA 4C1TA 1M5FA 1P1OA 3K6VA 4DXCA 4F18A 1AH5A 4KYEA 4OETA 1OLAA 1EU8A 3VLUA 2GH9A 3MVZA 2ONRA 3T9VA 3K1PA 2REJA 1M5CA 1OVTA 2Z8EA 5ELVA 3ONMA 5ITOA 1I6QA 4RK9A 4AB6A 1FW0A 2QL3A 3K6UA 4OEVA 1LGBC 3MQ9A 3MVWA 1B4ZA 5L9MA 1MRPA 2AL4A 2UVIA 5DVJA 1QW0A 1JW1A 1H45A 3O6IA 1NKXA 4M1VA 5AA2B 1CB6A 3E3KA 3K01A 1TXFA 1OLCA 3OOAA 3QIMA 4JB7A 4JSDA 4Q5TA 3SEYA 3LBSA 2OCUA 4FATA 1B5IA 2NXOA 4N13A 3IB2A 3N6TA 1LBBA 4QRZA 2H4IA 3PPNA 4IO7A 3IJOB 4XKPA 3FJGA 3GLBA 4LA9A 3O28A 3EHSA 3K2DA 1GTKA 4H1XA 4RY1A 3H03A 3LSWA 3K1NA 2HCAA 3UGWA 4ZZEA 3QUFA 5KZTA 1F9BA 1QUKA 4UA8A 3H7MA 3SETA 4DLDA 1KWHA 4IO5A 5EHMA 1HSJA 4DXUA 4LQ5A 2DE2A 4F39A 3PUVE 4C0RA 2FNCA 4HTGA 4WKMA 3C34A 1MQIA 2QS1A 3FASA 3Q25A 4FEBA 3MWBA 3KFMA 1RYXA 1MQJA 2P1SA 3OMBA 4M4GA 4MLVA 3UA8A 3KG2A 4O3AA 1B3GA 4ND9A 4Q30B 4R9FA 4AB5A 3A3UA 4EDPA 4LQ2A 5H8FA 1B0LA 4XTCQ 3QYTA 2E1SA 1P1WA 3MP1A 4RK2A 2QRYA 2XX9A 3P7IA 3DP8A 3ECRA 2ZXTA 1UIVA 2XHDA 4UACA 1SYIA 1SW2A 3DELB 2DWAA 1XC1A 3Q28A 2HEUA 5FHNA 4F29A 1R1NA 3SKPA 4F3PA 1A8FA 1PB7A 1Z7NE 3MZ1A 2THIA 2XXHA 4LONB 1DPPA 4YICA 5CBRA 4O3BA 3IOUA 3QAXA 5I57A 3TEPA 1MY2A 4GIZA 4F1VA 1M5EA 4XKQA 2UYFA 5I56A 3OEKA 1TFDA 1BTJA 3G3KA 4H5GA 4RPOA 3RN8A 3W9WA 4PFUA 5JEIA 1A99A 1EZOA 1B3LA 4FORA 1M5BA 4BDMA 5ICQA 2XD3A 4N6PA 5HBCA 1IXGA 3QUJA 1ANFA 1D3KA 2XXVA 3FATA 1JEUA 4NF8B 4O3CA 4WXJA 1SDXA 3I3VA 4DCYA 3IO4A 2PBWA 1B1HA 1H43A 2I4BA 3PU5A 5BUUA 4RJZA 2DXYA 3I5OA 3U72A 2VGQA 3OXNA 2O7IA 3RNNA 5J1DA 2GRVA 3FV2A 3IL1B 4G8HA 4IY5A 3MZ9A 2W7YA 4ECFA 1PC3A 2H9BA 3HPIA 3S4UA 1UTBB 2H99A 2UVGA 2XD2A 1AMFA 3E4RA 1PDAA 2RINA 3LC8A 4R2FA 4DZ1A 5KDTA 2Y7IA 3ZSFA 2Q2AA 2Q88A 3N94A 3MBPA 3TTMA 1USYE 3CIJA 4HCYA 1Y9UA 4H67A 4KYSA 3HCQA 3C4MA 3K02A 1MXVA 1GGGA 5BWJA 4EF2A 3PUWE 4PE5B 1IITA 3T9UA 2P2AA 4HCWA 3I6VA 3KSXA 1OVBA 2X7PA 1PB8A 3BFUA 3H6UA 3DP6A 5H8QA 1B46A 1D9VA 3LSLA 2Z23A 4Z0IA 4TQUQ 4U4XA 4YKIA 1NFTA 1MPCA 1B05A 1B7ZA 2ABHA 5TP9B 5KCJA 2OZZA 2VD3A 2ZYNA 3DM0A 3GBAA 1QUIA 2RC7A 3IOTA 4G68C 4IO2A 1B40A 2D21A 4ZZAA 3TCGA 2OWSA 2PYYA 3ILUB 4OMBA 1QKAA 2B65A 2DE3A 2VOZA 1JETA 3IOVA 3O9PA 4R74A 4ESXA 4G8MA 4PP0A 4R75A 1R9LA 2V3TA 4RNSA 2F36A 2RKMA 4EQ9A 1B51A 3HHGA 4GOTA 1MQGA 1MQDA 4RA1A 4THIA 5AA1A 3T9XB 5FTIA 4LP2B 3HHFA 1FTKA 1N3XA 1L5TA 3KEIA 3CSBA 3U8QA 3B7DA 3K00A 1B2HA 3LUYA 4H6DA 4U1OA 1Y1ZA 3VXBA 1B52A 3FXUA 3K6XA 4G68A 4ZEIA 4DE8A 2I0BA 3K1MA 2O84X 2F78A 1QULA 3VV5A 2F5XA 3PPQA 3UORA 1AOVA 4MFIA 3T93B 1JQFA 1BLFA 3C35A 3LSFB 5I2NB 3FVGA 3U94A 4GD5A 4RXLA 4ZEKA 3TYHA 5K2XA 2PT2A 4LVQA 1FTJA 2HAVA 3HV1A 3TDJA 3IOWA 3EF7A 4ELRA 3PD9A 3VDFA 4F3GA 5EYFA 3RUMA 4BDRA 3H06B 4HW8A 2AL5A 2F35A 2Y7PA 2RC8A 3JYRA 3T9HB 3RPWA 3HSTA 3FD3A 2XXPA 2ZYOA 3HN0A 1NNKA 2DWIA 2HFBA 3M3KA 1UIUA 2QS4A 3OENA 5AE4A 2YPNA 3EPEA 4U22A 4H0WA 4OTEA 2XXQA 3O66A 1XVXA 3A3CA 4TLMB 4E0XA 4F2OA 3FV1A 4U21A 4DXBA 3UP9A 4EXKA 2IA4A 3IR1A 1Y20A 5I2KA 2GHAA 4YB5A 1SW4A 1FTMA 2V25A 2ONSA 4C1UA 1MM7A 1TFAA 3PMWA 1NH7A 3TCHA 2Z22A 3VE1B 4ELPA 3PUZE 5DTBA 1URSA 1PBQA 1EZ9A 1Y4TA 2I4CA 4H5FA 1XS5A 1YPNA 4ZE9A 4FAJA 1QJMA 3SDFA 1POTA 1MXZA 3FUZA 3G3JA 4JBZA 4MLQA 2OK2A 1MS7A 2PMSA 2F97A 4XKRA 3USDA 4NF4A 4EXLA 5KDTB 2P0SA 4IB2A 4EQBA 2Q2CA 3IX1A 5AA4B 4XXUA 2GFEA 5ICTA 3G3HA 2Z8FA 2CMOA 3TODA 4FIMA 3C9HA 2ZNSA 3MVXA 4KCDA 1J1NA 4TLLB 5JTYA 2X26A 1JVXA 5CMKA 5DVIA 2HQ0A 3OO7A 2B3FA 2ZYKA 3K6WA 1MG1A 4I8CA 1T0KA 1N84A 1IIWA 4OEUA 1VFDA 3QSLA 3TTLA 3KOSA 2YLNA 1UQWA 3TQLA 4BDQA 1UTHA 1SI0A 4L17A 4QSEA 1I69A 3KN8A 4KI0E 3O29A 3RQTA 3TCFA 4LZ8A 1SW5A 1PBPA 1A7LA 3OELA 1LAXA 1N7WA 3OEMA 3R7XA 3RGYA 1YCJA 2HAUA 4NEDA 3RT6B 2VHAA 4POXA 1NH8A 2DYXA 1IEJA 2G93A 4HS7A 2XX7A 1D4NA 3C31A 3ILTB 2VP1A 3SERA 4FEDA 3CRBA 1HSLA 2A5TB 2Y84A 1H76A 4OVJA 1DTZA 3VLWA 1Y3PA 2ONKE 1URDA 2F7AA 1FQCA 1M5DA 3FJ7A 1ZTYA 3N6UA 3PUYE 3QXMA 4OZ9A 2M8CA 2QPQA 1B32A 4X1BA 4QSDA 4KYDA 2IEEA 5TPAB 4KFQA 5A5XB 4NF8A 1N7XA 4RPNA 1Y3QA 2I49A 1JW5A 3G3FA 3H3GA 3PPOA 1TT1A 3L6GA 1ZU0A 2YJPA 4JWXA 4F1UA 1IQ7A 4NWCA 1DOTA 4NF5A 4DCXA 4PQJA 4YKKA 1A40A 1IUDA 2F6GA 3KBRA 4IO3A 3CFXA 2V3QA 2BJJX 4ZEBA 3V8XB 4F3SA 1I6BA 2R9JA 2F8DA 1B1XA 4OFJA 1B0HA 4I62A 4KQPA 4ZEDA 2R6GE 5CBSA 4PETA 4F2QA 4P0GA 1MDQA 2RF1A 3TFLA 5AA3A 3HO7A 4XIGQ 3M8UA 5H8HB 3VVDA 3CI8A 1JW4A 1B7UA 5CI5A 3EHUA 3V5AA 2XX8A 2F7BA 4FE8A 4GWOA 5CMMA 4NTLA 2OWTA 3C33A 4OHNA 1LB8A 3U93A 4LUBA 3OSQA 3ZS6A 4GXAA 5I59A 3CG3A 4F3BA 1QKBA 1P1UA 1MY1A 3R6UA 1TWYA 1LAHE 2ANJA 2ZYMA 5CMCA 4U4SA 4YMBA 1NNFA 3O6HA 1B4HA 1A8EA 1XOCA 2DXRA 3CG1A 3E9XA 3KOTA 5TU0A 4NE4A 4E0WA 5L9OA 2UVHA 2XXUA 3ZKKA 2RC9A 1LFGA 4GRKA 4IO4A 4ZECA 1VSOA 1O7TA 4ESWA 5A5XA 1P99A 4NWDA 4R9GA 2FYIA 2I3WA 1GVCA 3RTWB 3O97A 4F31B 3TTRA 3TAJA 3H6VA 1PB9A 3IO6A 1EH3A 4OFLA 4G68B 2O69A 2Q8JA 3U92A 2AIXA 4FECA 1MY0A 2O7UA 3L6HA 3PGFA 4P11A 4Q8RA 4OXVA 4ONYA 1R9QA 2GHBA 2A5SA 2DWHA 4RYAA 5F7VA 3WAFA 1B3EA 1USYH 3IJXB 3M3LA 3MVYA 4GFRA 1IXHA 2NVUB 3MC2A 3S2VA 3K4UA 1ZJLA 3MZBA 1LFIA 4I9DA 4KR5A 4NF4B 4NF6B 3THIA 4U2RA 3TTNA 2HZLA 2DQVA 1SD3A 2H25A 3KJTA 1O64A 2HZKA 2V3UA 2PVUA 1WVJA 2PX1A 2Z8DA 3WAEA 5I58A 2ESNA 1O63A 4X9TA 2DP8A 1B7HA 1SQYA 2XXWA 3FVOA 3MPKA 4GLIA 4JSOA 4KD5A 3U1OA 5HM4B 4H8JA 1SI1A 1YTVA 1US5A 4XKNA 4YMAA 1FQAA 2QS2A 4F19A 1ATGA 1ZMGA 3MP6A 1FQEA 2D3IA 3N5LA 2DWJA 1ZIUA 1B3FA 3SEXA 2DOJA 3KJ7A 5DEXA 5M2VA 1I6AA 1SYHA 5IAIA 5TPAA 4TOZA 3PD8A 4KPTA 4WEPA 2A5TA 4LZ5A 1OIBA 3D4CA 3IAZA 4QFKA 2QJEA 5DVFA 1II5A 3G3GA 3RY3A 4NMYA 1XHYA 1N3WA 4BLAA 1WDNA 4JWYA 3B6QA 3FJMA 5I2KB 3Q26A 4AQ4A 4ELQA 3CFLA 4R73A 5JK4A 1S50A 4MH5A 2QSXA 1FTLA 3FVKA 1NNPA 3F11A 2XXRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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