1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Amino acid transport
source organism Salmonella typhimurium
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
3JZJA 4GXAA 1MXUA 3VVEA 3IO4A 1Y3NA 4DLDA 3MVYA 3B7DA 1VSOA 1JW4A 3PGFA 1VE4A 4PETA 3RT8A 4KD5A 2AL4A 1AMFA 4K3FA 2QMWA 4NF8A 4AQ4A 3CFXA 1A7LA 2VHAA 1TFDA 1P99A 5I57B 1L5TA 3TQWA 1D4NA 4H0WA 3IORA 1VFEA 2X7QA 1UQWA 1BKAA 4G68C 4G8HA 3OO7A 4FEBA 1T0KA 1URGA 2QJEA 3FIRA 5A5XA 4RJZA 1MH4A 1M5DA 3P7IA 4ELOA 3KGCA 1B51A 4FJPA 2R9JA 5L9MA 2ONRA 1MQGA 3Q27A 3VVDA 3RTWB 1FQDA 3IJXB 4ESWA 4YMAA 4ZEFA 3U72A 5H8FB 3KZGA 4MF3A 4EQ7A 1SYIA 1JEVA 3K4UA 4GQOA 5M2VA 1HSEA 4IO7A 3RY3A 1MDP1 4E0XA 3PPQA 1XOCA 4Q0CA 2VOZA 2Q9TA 2ONSA 1B9JA 4Q30B 1JVXA 3I5OA 2OCUA 5DYHA 1H45A 1NMUA 1NNFA 2DP8A 4R73A 4KYDA 4NWDA 4LZ8A 1B1HA 1MXXA 3TTRA 2XX8A 1LB9A 4HCYA 2DYXA 2V25A 4IO6A 3SERA 4N07A 2VD2A 5FHMA 4R9FA 1VFDA 3C4MA 1IUDA 4PQJA 3TODA 3KBRA 2XXPA 3VXCA 2RINA 3HN0A 1SQYA 4YB5A 3C34A 4F1UA 3O66A 5TU0A 3MUQA 5I59A 3K0VA 1JEUA 3Q28A 1P1UA 5L9SA 3SEXA 1YTVA 5KZTA 3CG1A 5K2YA 2OBGA 3ZKLA 4DXUA 5FTIA 4LATA 1SD3A 3C33A 2BJJX 3KSXA 4OERA 1LFGA 2XHDA 3FJGA 4HW8A 3HPIA 4LONB 3M8UA 1OVBA 1OQHA 3H4ZA 2DWHA 3LBSA 4OQOA 3U8QA 3WAEA 5IAIA 1USYH 3VLWA 1N0TA 5DVIA 4M1VA 4H65A 4HS7A 4F29A 2DE2A 4PFWA 2ZMBA 3C9HA 3N26A 1PB7A 2I58A 4LQ5A 4WKMA 4F22A 3BFUA 3RLFE 4RA1A 4JDFA 4TOZA 3CFZA 3IOWA 1TFAA 4OYVA 2F7AA 4ZEBA 2I3VA 3K6UA 3VFJA 2F7BA 3M3KA 3O9PA 1H3DA 3SEWA 3O28A 1N3WA 4BDRA 4ECFA 4G4PA 1FTLA 4PFUA 3KJTA 4MLVA 2RC9A 3S9LC 3TAJA 3KN7A 3C32A 3H6TA 1XVXA 3LR1A 4KQPA 1MRPA 1URDA 3OXNA 1QULA 1DOTA 3K1NA 3TTNA 1NFTA 5DTBA 1UTHB 4R9GA 3QSLA 1SI0A 2F36A 5CI5A 3OO8A 5DEXB 3THIA 4E0WA 1WODA 5HM4B 4OFLA 1HSLA 3G3GA 3PUXE 1LBCA 5CMCA 1OMPA 1MH3A 2Y7PA 1D3KA 1XT8A 3R26A 1B1XA 1XHYA 1US5A 2O68A 2ONKE 4I1DA 4DDDA 2DWAA 3N94A 1S9TA 4NWCA 2OK2A 1PB8A 4YKIA 2H4IA 4OFOA 4IO3A 4O3AA 3G3KA 3CFLA 3FJ7A 3PD9A 2R6GE 4QSDA 4C1TA 3OO9A 1LAFE 3PPNA 3M3FA 2XX7A 2YJPA 2D21A 2ZYMA 3TDJA 3TELA 1H44A 3FGSA 1Y3QA 3SETA 5EHSA 4G2ZA 2DE4A 5CBSA 3UIFA 1ANFA 4DZ1A 1O63A 1Q1KA 1B3FA 3G3HA 4DE8A 1XS5A 4YICA 1PBQA 4POWA 3EF7A 4IY5A 1P1OA 1FTMA 4GOTA 3TCFA 4MH5A 2Q8JA 2HZLA 4H67A 4RK9A 2DXRA 4KYEA 2XD2A 3S9MC 4EUOA 4YU0A 3QXMA 2NXOA 3TCHA 4GD5A 4THIA 1QVSA 3TPAA 4RY1A 4IO4A 3HHGA 3FV2A 4R2BA 3H7MA 1PEBA 3TTLA 5TP9B 3IB2A 4ISUA 4IO5A 2REJA 5I2KA 5EYFA 4F3SA 4GXSB 3MVXA 3ZKKA 2QS3A 2OJTA 2GFEA 1POTA 4NEDA 5ICTA 1DTZA 4O3BA 2XXTA 4KHZE 2HEUA 5ITPA 2UVGA 4I8CA 4F3GA 3MAMA 1R9LA 3PPPA 3PUWE 1NKXA 4QFOA 1SI1A 2QS2A 2XXVA 4EQBA 3SESA 1GTKA 5JK4A 1YPNA 3QAXA 1MY4A 3KOSA 1LCTA 3MP6A 3HHFA 2I3WA 3ONMA 3K00A 3I6VA 2PT1A 2Z8DA 4ONYA 3I3VA 4QF9A 2Q2AA 3T9UA 1SBPA 1GVCA 1LAGE 2FA7A 2O6AA 2UXAA 4KCDA 4NE4A 1B4HA 2H25A 2V3UA 2DE3A 3MP8A 4QFPA 2P2AA 3RGYA 1AIVA 4G77A 3FVKA 3OEKA 1DTGA 5JEIA 1MPBA 1LB8A 1M5CA 2YLNA 4ELPA 1YAEA 3WAFA 3KG2A 1H76A 1Z7ME 2ZYOA 3GXAA 2GHAA 2OZZA 1B0LA 3C31A 5DEXA 1ZTYA 1PDAA 2DSFA 3MC2A 4XKPA 2I4BA 4OETA 3HCQA 4QFNA 2HFBA 1UIVA 1QUJA 1MQJA 3RN8A 2QS1A 3RT6B 2XXHA 3IOTA 5ICQA 2G93A 4QSEA 1Y4TA 3IX1A 4XTCQ 2XXIA 3IB1A 3UGWA 2E0SA 1Z7NE 4I9DA 1CE2A 3BBRA 2OWTA 3IL1B 3G3IA 1B52A 1BTJA 5JTYB 3MP1A 1GV8A 3PU5A 3FXQA 4G68B 1LAHE 5H8QB 3CSGA 4LZ5A 4NF5A 4LVQA 1MXWA 2THIA 5F1QA 2Y84A 1LFHA 3Q29A 1Q35A 1AL3A 4C1UA 4R6HA 3RUMA 4F3PA 1RYXA 1B3LA 4R74A 4JBZA 1IITA 1S50A 2I48A 2V3QA 1B3EA 3FXRA 3K1MA 1BP5A 1B3GA 1TXFA 3KN3A 3TTKA 2CZLA 2PBWA 1MS7A 3RNNA 1OLCA 2Q89A 3B6WA 3IR1A 3C35A 3LUYA 2RC7A 4GF8A 1SVXB 1ZIUA 4XKRA 3ILUB 4HCWA 1EU8A 2XXQA 1ZU0A 1PB9A 3QYTA 4H5FA 4M4GA 4DIGA 2QL3A 2O69A 3BFTA 5TP9A 3CR9A 4OTEA 3VLVA 4KR5A 3TCGA 2UYFA 1IIWA 5DT6A 1JW1A 5BWJA 4NF4B 2ALUA 3R6UA 1NL5A 3D4GA 4Z0IA 4OEUA 2R71A 4FECA 1QKAA 2I0CA 3GLBA 4OMBA 4JXIA 5CMMA 4ZE8A 3HO7A 4U1OA 1HSJA 4UA8A 3B6QA 4IGRA 5AA2A 3H03A 3O2AA 2I0BA 4H5GA 1EZ9A 5BUUA 4U2RA 2RCBA 1NNKA 3E13X 2V84A 3SDFA 2I49A 3OSRA 1UTBB 4RK2A 4YAHX 1ELJA 4OFJA 3PMXA 3JYRA 5I56B 1NH7A 3USDA 3SEVA 1N3XA 2QRYA 3GBBA 5CC2A 2ZNTA 4ZS9A 4JSDA 4NF6B 2A5TB 4C0RA 2XXRA 1MY3A 1M5BA 3FVOA 2PYYA 4F2QA 1FQCA 3KSJA 4OEVA 1MQDA 3H6UA 3KFMA 1DMBA 2NWJA 3T96B 1A40A 4I62A 2NOOA 5H8HB 2XXXA 2F7CA 5I57A 4U22A 5CBRA 1I6AA 4PP0A 1FQAA 1AH5A 1NNTA 2RKMA 3T22A 4G68A 5H8QA 2UVIA 2O1MA 4GLIA 1MM6A 2UVJA 3MVWA 2QS4A 2F78A 4QRZA 1B5HA 1UIUA 5ITOA 3OENA 1Y1ZA 3FV1A 3IB0A 5KCJB 3N6TA 3LSXA 4GRKA 1A99A 3K6XA 2OLBA 2Z8EA 4KFQA 1P1WA 2F97A 4ZZEA 4UACA 4BDLA 2I6EA 1GR2A 1IQ7A 1US4A 4OHNA 4GL0A 5H8FA 5TPAB 3DP4A 5L9OA 1WDNA 1SYHA 2I4CA 3IOUA 4TLLB 3FUZA 1RYOA 1OIBA 1I6QA 1S7YA 3H6WA 3UORA 3N5LA 3A3UA 3OD7A 5ISUA 1B0HA 4DCXA 4ELQA 3VDFA 3OO6A 2O1LA 5DVJA 1N7XA 3DP6A 3HSTA 4F19A 3TEPA 1VR5A 3K6VA 1IZ1A 1R9QA 1B40A 3U92A 3ZSFA 3BKIB 3V8XB 1N7WA 2FNCA 3FASA 4U23A 4WXJA 1URSA 3EHUA 2DVCA 3EHSA 3CIJA 2A5SA 3UA8A 3KJ7A 2DWJA 3EHTA 5A5XB 4G8MA 4BDQA 4JWYA 5CM6A 1CB6A 1A8FA 2D5WA 4X9TA 4G8NA 2XD3A 1B7HA 3VV5A 4QFKA 4ND9A 4Q8RA 1JNFA 3IK6B 2DXYA 1II5A 4XXUA 3UN6A 3VLUA 2F35A 4RNSA 2VP1A 1IXCA 2Z22A 3E4RA 3TKDA 3K02A 5IKBA 1ZKBA 1MG1A 3SEYA 3MPLA 1FTKA 1USYE 4AB5A 1LLSA 3VE1B 4ELRA 4N6PA 1FQFA 1QW0A 3ODBA 3Q25A 4NF6A 2A5TA 1MDQA 2GHBA 2GRVA 4LP2B 3CRBA 1H43A 2UYEA 4BLAA 1MM7A 1D9YA 4Q5TA 4FE8A 4KPTA 5AE4A 3DM0A 1Y20A 2O51A 1ZMGA 3OEMA 5HPQA 4IY6A 4IB2A 3IOVA 5H8NB 1IEJA 4XKNA 1MY2A 3MPKA 2ZYKA 3MBPA 5I59B 2AYSA 2KLFA 2H99A 1GGGA 2O84X 2XX9A 3MZ9A 4NMYA 1BIYA 1B58A 2VGQA 1FW0A 4PFYA 3PUZE 1UTHA 1MQIA 1NH8A 4HTGA 1IXHA 2H98A 1D9VA 1B3HA 4X1DA 3OMBA 4MFIA 4O3CA 4ZEKA 5H8SA 5KCJA 3U94A 3CVGA 3CI8A 4YZZA 3FVGA 1JQFA 3FJMA 2H5YA 3TFLA 2AIXA 4Z7EA 3G7WA 5TPAA 3OSQA 3CSBA 1O7TA 2D3IA 5AA4B 1QUKA 3FXUA 2PMSA 1MQHA 3PUYE 3T93B 4U21A 1ATGA 4OZ9A 3HV1A 2P0SA 3K01A 2HAVA 4JB7A 2OWSA 1ZBMA 1Y9UA 2Z8FA 5FHNA 1MY0A 3S9EA 3Q26A 4F2OA 4DXBA 3O6GA 5KDTB 3EN3A 1MY1A 3MWBA 3KEIA 4LZ7A 1EZOA 3A09A 3MVZA 1LSTA 2ZNUA 4X48A 1B6HA 2DOJA 3K2DA 2DS9A 1PC3A 3V83A 4YKJA 4IGTA 4U4XA 1QUIA 5I58B 4RYAA 1M5EA 2HCAA 2NVUB 2DQVA 3U1OA 3PPOA 4H6DA 2REGA 4BDMA 2V3TA 3LSLA 2B3FA 1Y3PA 5HBCA 3OELA 2G29A 4ZEDA 1KWHA 4TQUQ 3S2VA 1XC1A 4LUBA 2Q2CA 3PMWA 1DPEA 2UVHA 4N13A 1AOVA 2V93A 1JW5A 1R6ZA 5FTHA 3W15C 1POY1 3SKPA 3A3CA 1SW4A 2NUVA 4LQ2A 2LAOA 1NNPA 3PPRA 3DELB 3C36A 1IXIA 1YCJA 3FD3A 4DXCA 4MLQA 4WEDA 4YB6A 5F7VA 2FYIA 1DPPA 3LSWA 1ZJLA 3O6IA 3S9NC 3N6UA 5H8NA 5I2NB 1JVYA 4FAJA 3PD8A 2IEEA 4MBPA 2ZNSA 2Y7WA 4QFLA 3ECRA 3LC8A 2YPNA 5LOMA 1B46A 2O7IA 2Q88A 1TT1A 3EPEA 2IA4A 4YMBA 5K2XA 4H8IA 2ABHA 3TMGA 3GBAA 4GWOA 3IAZA 5I2KB 4R6YA 2QMXA 3T9HB 4OESA 3AXFA 1N84A 2M8CA 4TLMB 1MXYA 4U4SA 2QSXA 5J1DA 4EF1A 4YKKA 1B7UA 4EQ9A 1XVYA 3LSFB 2W7YA 3PMVA 4R6KA 3H3GA 2H9BA 3ZS6A 1EH3A 5AA4A 1F9BA 3M3LA 5AA2D 1MPDA 2HAUA 1SW1A 4FORA 4OVJA 2XXUA 3T9XB 3K6WA 3G3FA 3H6VA 2PVUA 4GL8A 5JTYA 2HZKA 4F1VA 4R75A 4RXLA 4JWOA 4EXKA 1A8EA 3MZBA 1TWYA 4P0GA 3W9WA 1LCFA 1N76A 2RC8A 1LBBA 2Y7IA 1Y1MA 3UK4A 2ZXTA 5KDTA 2ESNA 1SW5A 4GVOA 3B6TA 1P1NA 2F6GA 1B05A 4R72A 4WEPA 4ZE9A 3KN8A 4DCYA 3RTFB 1RKMA 3UP9A 2E1SA 2AL5A 5I58A 4BDOA 1J1NA 3QIMA 3MQ9A 3RQTA 5B70A 3IJOB 3GZGA 3R7XA 3K1PA 4PE5B 3EQ1A 2XXYA 1R1NA 3FVNA 1P1QA 2XXWA 3JV9A 3F11A 1FQEA 4XIGQ 3PUVE 4ZECA 4R2FA 3TZAA 4QHQA 1N04A 4OXVA 2CMOA 2HQ0A 4JWXA 4NF8B 3VXBA 5I84A 1IXGA 1B5IA 2RF1A 2ZYNA 1FCKA 3KOTA 4NF4A 4ZEIA 1BLFA 3H06B 3U93A 1B7ZA 4NF5B 3QK6A 3S4UA 2PT2A 4POXA 3O6HA 1A55A 2GH9A 1Y4CA 1LGBC 1FTOA 4F31B 4F18A 3L6HA 4FIMA 4F39A 3IO6A 3QUJA 5AA3A 4GFRA 3O29A 4XKQA 5CRYA 1OVTA 1I6BA 1B2HA 2Z23A 4X1BA 4H1XA 5I2NA 1MXVA 2WKYA 4BDNA 4F1YA 3FATA 5L8DA 4RPNA 2F6PA 2P1SA 1FQBA 2DVZA 1SW2A 4P0IA 1LFIA 4RPOA 1UTBA 1OQGA 3W9VA 1DSNA 4ZDMA 4EDPA 2X7PA 4FEDA 5I56A 4AB6A 1OLAA 3MW0A 1B5JA 1JETA 4PFTA 5FHOA 4YKPA 5CMKA 3DLNA 4NTLA 5B7DA 4GIZA 5EHMA 2O7UA 1MXZA 2B65A 4YB7A 3TQLA 4P11A 3D4CA 2ANJA 1I69A 3MZ1A 3ILTB 1B4ZA 5ELVA 4QSCA 4F3BA 1B32A 1ZLQA 4U1ZA 3L6GA 1MPCA 4KI0E 2QPQA 3V89B 4OENA 3SEUA 1M5FA 4LA9A 4KCCA 3V5AA 1A54A 2F34A 5H8HA 3QUFA 1EZPA 2HXWA 3MJNA 3E9XA 3OOAA 1QKBA 3RPWA 4EXLA 1LAXA 5DVFA 3T66A 5AA2B 1FTJA 3TYHA 4ZZAA 3G3JA 2PX1A 2Y7RA 4FATA 3T9VA 3DP8A 3FZVA 4IO2A 3TTMA 4OWDA 4H8JA 3PV0E 5CMBA 4EF2A 3VVFA 2Y7KA 1WVJA 3CG3A 2VD3A 1O64A 2DWIA 1SDXA 4JSOA 4L17A 3E3KA 1PBPA 2RCAA 3TUSA 1QJMA 5AA1A 4KYSA 3O97A 2B3BA 2F8DA 2F5XA 4ESXA 2X26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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