1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Amino acid transport
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
2BJJX 2QSXA 5I2KB 4HS7A 3MZ9A 1B1HA 2CMOA 1DPPA 4F3PA 5I58A 5I84A 4HCYA 4R6KA 1URSA 3DM0A 3K1PA 2I0BA 4NEDA 4XXUA 2DP8A 3T9XB 2DXYA 4G68C 3IO4A 2I0CA 2F5XA 2B3FA 4WEPA 3O6GA 4DCXA 1MM6A 2HAUA 4PFWA 4TQUQ 1Y20A 3RY3A 3DP8A 3K4UA 1N7WA 4U4XA 3H06B 3O29A 4H5FA 4U22A 5F7VA 3W9WA 1N04A 3S9EA 3JYRA 5TP9A 3PV0E 4TLMB 3TCFA 4DE8A 1N3WA 2HEUA 2G29A 4PP0A 1MRPA 3MZBA 2XXIA 2O7IA 3RPWA 1POTA 2GRVA 4NE4A 1R6ZA 1B4ZA 3EPEA 4H8IA 4H65A 4R75A 3OELA 3LSXA 3K0VA 4QFLA 1RKMA 5KCJB 3V5AA 1D4NA 2ZXTA 4RK9A 1P99A 4N13A 5ICTA 1LB8A 2I48A 3K1MA 3VLUA 3JV9A 3E4RA 4LUBA 1A8FA 3FATA 4LQ5A 4MH5A 2I3VA 3PMVA 4PE5B 5ICQA 4F1VA 1XVYA 4KD5A 1B9JA 3MQ9A 1B7ZA 3TMGA 4U23A 3E3KA 3G3HA 3SKPA 2QS2A 3OEMA 5ITOA 3BKIB 3FGSA 4GFRA 4F2QA 4ELRA 1BLFA 1B4HA 4IO2A 1BKAA 2AIXA 3IK6B 1FQEA 3IOUA 2E0SA 2O1LA 1JQFA 4R9FA 3VDFA 4P0IA 4JB7A 1LCTA 3G3FA 3THIA 4PQJA 2ZYMA 1USYE 4GRKA 2F6PA 4Q30B 3TTMA 5H8QA 3RLFE 3GBBA 2Z23A 1UTHA 3K6VA 5IKBA 4H0WA 2REGA 3R6UA 3VVFA 1T0KA 3QYTA 2GHAA 4ZECA 5I2NA 1MQHA 1DTZA 4JWYA 3QUFA 1B0LA 3OENA 5TPAA 3T22A 3K6UA 1YTVA 4QF9A 1RYXA 1MQDA 5H8NA 3QK6A 4G4PA 4NF4A 5ELVA 3RT6B 5I2KA 3ILUB 2F7CA 2RINA 3IL1B 3ZS6A 4IB2A 3TQLA 3KGCA 3F11A 1Z7ME 5I59B 1UTBB 1MS7A 2GH9A 1QUKA 3OSRA 5CMBA 4IO5A 2NWJA 4NF8B 4EQBA 2P2AA 4NMYA 2HFBA 1MG1A 1VR5A 2FYIA 4F3BA 4BDQA 3UK4A 1B3FA 2XXYA 1R1NA 4POXA 2ANJA 4ONYA 4OWDA 2V25A 4YB6A 4OXVA 4OFJA 1LB9A 1DPEA 1ELJA 5B70A 3MW0A 3K1NA 3FJ7A 2Y7KA 2ONSA 1O7TA 4MFIA 3MP8A 3QXMA 3VLVA 4KFQA 3USDA 2XXQA 4KYDA 1US5A 2M8CA 4IO7A 1LAHE 2XXTA 2ZYNA 3ILTB 3S9MC 4O3AA 4DXUA 2PBWA 4LZ5A 4OTEA 5JEIA 4KQPA 4RNSA 4X9TA 1QKAA 2FA7A 5HBCA 5AA1A 2PX1A 3IB1A 4G8HA 3SEWA 4YB5A 1JEVA 4ISUA 5BUUA 3KJTA 3T96B 1NNFA 1H45A 1HSLA 3SERA 3KZGA 1NH7A 1B46A 1OVTA 1GTKA 2XXVA 2RC8A 3H6WA 3K2DA 2HAVA 3KEIA 3E13X 3B6QA 3CFXA 5B7DA 1MXWA 3N5LA 1MM7A 2F36A 3PUVE 5CBSA 4PFYA 4IY5A 2OBGA 3UORA 5FHOA 3PPNA 5KDTA 3C35A 4IGTA 3C34A 1JW5A 2Y7WA 2DE3A 4N07A 3R7XA 3ZSFA 2HCAA 3MVXA 2RCAA 4GXSB 4ELOA 3W9VA 2IA4A 2DOJA 1USYH 3OO9A 4OFOA 2RF1A 1JW1A 1H3DA 4YB7A 3TTLA 1QULA 3TYHA 1I6AA 5CMKA 3KSXA 1I6QA 2AL5A 3FVGA 4R9GA 3BBRA 2GFEA 1TXFA 1AMFA 1XC1A 3PD9A 1FTOA 4EQ9A 1MQGA 3H3GA 4C1TA 1B7HA 1A40A 3H7MA 1Z7NE 4YZZA 3T9UA 2HZKA 3ODBA 5CMCA 3JZJA 1H44A 3D4GA 4Q8RA 1LAXA 3T9HB 1MXUA 1YAEA 3KG2A 3A3CA 2DQVA 4RXLA 1UTHB 3MJNA 2VOZA 2RC9A 1ANFA 2XXUA 5I59A 1OIBA 1UTBA 5AA2B 4GL8A 5I2NB 4ZEIA 4F3GA 4Q0CA 3FXRA 4DLDA 1ZLQA 2QS3A 1Y9UA 3MPLA 3RUMA 3RQTA 1VE4A 5HPQA 4JXIA 4ZEKA 1URDA 4F1YA 3TKDA 1ATGA 2I3WA 3ECRA 1DSNA 3KOTA 5JK4A 3O6HA 4IY6A 3EF7A 1YCJA 1AIVA 1FQBA 3Q26A 4XKPA 1WDNA 3VFJA 1AH5A 4E0XA 4QRZA 2I4CA 3N26A 2A5TB 4H8JA 5H8HB 3MAMA 1OVBA 3UN6A 1PB7A 1MY3A 2CZLA 3CIJA 1JVYA 4R6YA 3FASA 1MPBA 1B7UA 3G3IA 1LCFA 3VXCA 3PPQA 4DZ1A 1FTLA 2QRYA 3PPRA 1HSJA 3LSLA 4GWOA 3P7IA 5ISUA 1IQ7A 1FCKA 4X48A 4PETA 2DE2A 3SEYA 2DWAA 4BDLA 3HHFA 3LSWA 4F2OA 1OLAA 1LBBA 1N84A 1FQDA 5CBRA 4NWCA 2NUVA 4G8NA 3IJXB 5DVJA 4QSCA 3PUYE 4M1VA 3SETA 2E1SA 3K6XA 3QSLA 3C36A 4U1OA 3C33A 3FXUA 4GIZA 4F1UA 4OEUA 3Q25A 2XXRA 3LR1A 3IAZA 4RK2A 2DWJA 4L17A 3V83A 1B51A 1N0TA 3IB2A 3TAJA 4OETA 5L9SA 2FNCA 5AE4A 3TTNA 3UGWA 3M8UA 1B40A 3MVWA 1NNTA 4DXCA 2ZMBA 5AA2D 4BDNA 3K02A 3MC2A 3R26A 5L9MA 2PYYA 1FQCA 1FW0A 1A54A 4YU0A 2XXPA 1M5DA 3U1OA 5KDTB 3FV1A 2XD3A 2RKMA 1B58A 3LC8A 4U2RA 4F39A 1PBPA 1ZBMA 1XOCA 4GXAA 2I49A 4KCDA 3RNNA 4EXLA 4OEVA 2XX7A 1P1OA 3CFZA 4HW8A 3T66A 3M3FA 3OSQA 3OXNA 4YKIA 3BFTA 3OEKA 4FATA 1F9BA 1MDP1 4YICA 1A7LA 5FTHA 4G68B 1HSEA 2HZLA 1B5HA 2DVCA 4U1ZA 5JTYB 4WXJA 3PPPA 1B5IA 4TLLB 3AXFA 5AA2A 1LAFE 3RGYA 1B3GA 4YMBA 2ABHA 4LP2B 3UP9A 2PT2A 2UVIA 1FTMA 1SYHA 1SI1A 1EZOA 1UQWA 1ZIUA 4P11A 1BP5A 4ESXA 2QJEA 4PFTA 2H9BA 1AL3A 3IORA 4M4GA 4OQOA 3C9HA 3G3KA 2X7PA 5H8FB 2A5TA 3O2AA 5H8HA 2O7UA 2UVJA 1US4A 1POY1 3LSFB 1MPDA 4G2ZA 1R9LA 1I69A 3OMBA 3HO7A 3B7DA 2THIA 2UYEA 2QMXA 4AQ4A 2YLNA 1MXZA 3PUZE 4KHZE 5AA4B 4IO4A 4GD5A 4YMAA 4BLAA 4ZS9A 3FV2A 1N3XA 1S9TA 1Q35A 4GVOA 4H1XA 5CMMA 3TODA 3PU5A 4EDPA 5DEXB 1Y1ZA 4NF5A 4OZ9A 1OLCA 4HTGA 4ECFA 4E0WA 3CG3A 4DDDA 2O1MA 4G77A 4OENA 4ZEBA 3VV5A 1ZKBA 1MY1A 4JWXA 2HXWA 1IXIA 5HM4B 1URGA 1Y4TA 2REJA 5K2YA 2Q2AA 1SW2A 4IO6A 3HCQA 2ALUA 1NFTA 4R2BA 5CM6A 1AOVA 2OZZA 3LBSA 4YKKA 1PEBA 4F3SA 2IEEA 3O6IA 4OFLA 3RTWB 4QSDA 2Y84A 1JEUA 4X1BA 3Q27A 2UYFA 1H76A 2QS4A 2V84A 2XXHA 4QSEA 3FVKA 4KI0E 3MPKA 4FORA 3N6UA 4FIMA 3L6GA 3VLWA 3TCHA 4DCYA 1TFAA 1LFIA 3RN8A 4EXKA 5DT6A 4QFPA 2O84X 4F22A 3FD3A 1H43A 3IOTA 2OLBA 2D5WA 4ZEDA 2NOOA 1B3HA 5I57A 1VFDA 1IEJA 4ELPA 2QL3A 1NNKA 4OYVA 4F18A 2F6GA 4XTCQ 1QW0A 3CI8A 1B3LA 4XKNA 5BWJA 1D9YA 1DTGA 3U92A 4RJZA 3U93A 5DYHA 3PUWE 2B65A 2DVZA 4G68A 5L8DA 1IUDA 1L5TA 1SW1A 3TUSA 4QFNA 2ZNUA 5JTYA 3G3JA 2XXXA 1TFDA 4F29A 2VP1A 4DIGA 4F31B 3KN3A 4EF1A 1B3EA 1PBQA 2YJPA 2H5YA 3QAXA 2I58A 3N6TA 2O69A 5CI5A 4FAJA 2Z8FA 3MWBA 3O9PA 4NF6B 4G8MA 2VD2A 4WEDA 3PUXE 3EN3A 1MH3A 4LQ2A 2OK2A 4R2FA 1NL5A 3MUQA 4XIGQ 1MXXA 4LONB 3Q29A 3DELB 3SDFA 1IIWA 3RTFB 1VSOA 2R9JA 4JDFA 3KN7A 3IOWA 2B3BA 1ZTYA 5H8FA 4TOZA 5DVIA 4JSDA 1ZJLA 3FUZA 2D3IA 1JVXA 4FEBA 3GLBA 1EH3A 4H67A 1B2HA 3H6UA 4ZEFA 2ZNTA 3KFMA 1FTJA 1IZ1A 2Y7PA 5AA4A 1GV8A 3OOAA 5EYFA 3IJOB 3FVNA 1B0HA 3B6TA 3N94A 1FQAA 2F78A 3UIFA 2Y7RA 2O68A 1FQFA 3HSTA 1B1XA 5DEXA 3HN0A 2OWSA 3U94A 3S4UA 1QVSA 4BDRA 2Y7IA 2Q88A 4FE8A 1Y1MA 4NWDA 3OO6A 2X7QA 1XVXA 2O51A 3SEVA 4IGRA 2ESNA 1KWHA 1N76A 3PD8A 2O6AA 1M5BA 2XD2A 3M3KA 3A09A 4Z0IA 1SQYA 3ZKKA 5I56B 1O64A 1EZPA 4AB6A 4BDMA 4RPOA 1B6HA 3EHUA 4WKMA 1BIYA 1NH8A 4KCCA 3V8XB 2UXAA 2Z22A 4KYSA 3Q28A 2I6EA 1WVJA 4LA9A 3DP4A 4NF5B 2Q89A 4XKQA 3DP6A 3CRBA 3E9XA 1P1NA 1LBCA 3FJMA 4H6DA 1S50A 2WKYA 3U8QA 3W15C 2H99A 2DYXA 3CR9A 4BDOA 2VD3A 1M5CA 2Z8EA 2KLFA 2PMSA 5FHMA 2QS1A 1LSTA 1PB9A 1OQGA 2XX9A 3EQ1A 1RYOA 2DE4A 3GBAA 2V3TA 1S7YA 4C0RA 4LZ7A 4R74A 1MPCA 1J1NA 2NXOA 3TCGA 3MBPA 4I8CA 1SVXB 4RA1A 3C4MA 2Q9TA 3OO7A 1FTKA 2YPNA 5DVFA 1M5FA 3VVEA 3K01A 2UVHA 3MP6A 3ONMA 3QUJA 1TT1A 4THIA 3TFLA 2RCBA 4I1DA 4DXBA 3WAFA 1LAGE 4ND9A 2PVUA 4UA8A 5I57B 1JNFA 5A5XB 1SW5A 1SDXA 1UIVA 2R6GE 4NF6A 2R71A 2ONRA 4YKPA 4LATA 2XXWA 1QUJA 3IR1A 3K6WA 3CSBA 1LFHA 4QFOA 1A8EA 4I62A 4IO3A 1IITA 2XX8A 5H8SA 1B05A 3S2VA 3O66A 3OO8A 1JETA 4LZ8A 4FECA 3KOSA 2Z8DA 4GF8A 4KR5A 2V3QA 2DS9A 1MY2A 1LLSA 1II5A 3DLNA 1QUIA 2I4BA 4EQ7A 3M3LA 1PC3A 1VFEA 3RT8A 3IOVA 2DSFA 1GVCA 1MQIA 4YAHX 1D3KA 2AL4A 4KPTA 2QMWA 4OESA 3SEXA 1Y4CA 1DMBA 1I6BA 2DWHA 3I3VA 1IXHA 3H6VA 1MY0A 3KJ7A 1NMUA 1MXVA 2Q2CA 4RPNA 4ESWA 1MY4A 3S9NC 2PT1A 2DXRA 3CFLA 3IX1A 4Q5TA 2ZNSA 4ZDMA 4U21A 5F1QA 4XKRA 3G3GA 3O28A 5I56A 4RYAA 3A3UA 1ZMGA 5CRYA 4QHQA 4ZZAA 1GGGA 3TZAA 1Q1KA 3LUYA 1EU8A 4PFUA 5TU0A 5LOMA 4JWOA 3HHGA 4OHNA 3L6HA 5L9OA 3D4CA 4LVQA 1GR2A 3OD7A 3IO6A 4AB5A 2F7AA 2H4IA 1NKXA 3H6TA 1P1QA 5I58B 3EHSA 3T93B 3U72A 1SW4A 1D9VA 1BTJA 2XHDA 3HV1A 3PPOA 1QJMA 4KYEA 4Z7EA 1MQJA 3UA8A 4EF2A 1IXCA 3C32A 3PMWA 1P1WA 3FXQA 3FZVA 3T9VA 1LFGA 4JBZA 4UACA 2ZYKA 1SYIA 4O3CA 1DOTA 5KZTA 4OERA 2W7YA 4EUOA 1OQHA 3I5OA 2F7BA 4HCWA 3G7WA 4R6HA 5EHMA 2NVUB 5KCJA 1Y3NA 1QKBA 2OJTA 5K2XA 3PMXA 1WODA 3IB0A 3H03A 4OVJA 1OMPA 4C1UA 4FEDA 2X26A 1XT8A 2ZYOA 2P1SA 1R9QA 2DWIA 5TP9B 1Y3PA 3VXBA 4I9DA 3HPIA 2V3UA 4MLQA 1SI0A 2P0SA 1CB6A 4N6PA 3C31A 3BFUA 3H4ZA 4GQOA 4X1DA 4F19A 1A55A 3VVDA 5A5XA 2GHBA 1YPNA 3S9LC 2UVGA 3MP1A 4RY1A 5EHSA 4O3BA 3TPAA 4GOTA 1EZ9A 3O97A 3I6VA 2QPQA 5IAIA 1LGBC 2F34A 3KSJA 5ITPA 2F97A 4MBPA 1PB8A 3FIRA 5M2VA 1B32A 2F35A 3KBRA 4R72A 2OWTA 4U4SA 3WAEA 2VHAA 4FJPA 1A99A 3SESA 1TWYA 2ONKE 5FTIA 3GXAA 3TELA 1MDQA 1IXGA 3GZGA 3FJGA 3TEPA 2H98A 4ZZEA 4R73A 4YKJA 4P0GA 1O63A 4ELQA 2G93A 4MF3A 1SBPA 3KN8A 2H25A 1MXYA 3TDJA 5FHNA 4ZE8A 1UIUA 4JSOA 1XS5A 1CE2A 2F8DA 5J1DA 4GLIA 3ZKLA 3FVOA 3TTKA 4ZE9A 3MZ1A 2Q8JA 1PDAA 3QIMA 3TQWA 3PGFA 1N7XA 1MH4A 3CVGA 5H8QB 4OMBA 4QFKA 1JW4A 3V89B 4MLVA 4NTLA 5DTBA 3MVYA 2RC7A 3K00A 1P1UA 3TTRA 3CSGA 4H5GA 1XHYA 2LAOA 1NNPA 4K3FA 3B6WA 3VE1B 3SEUA 4NF8A 1M5EA 5CC2A 5TPAB 2A5SA 2AYSA 4POWA 1SD3A 3MVZA 2V93A 3EHTA 1B5JA 5H8NB 3CG1A 2D21A 4GL0A 1Y3QA 1ZU0A 2HQ0A 1B52A 2VGQA 5AA3A 4NF4B 2OCUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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