1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Amino acid transport
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
1FTKA 1B32A 1UTBA 2THIA 1Y3NA 3BFTA 1R1NA 3SEYA 3GBAA 3P7IA 2Z23A 1N0TA 1SVXB 3G7WA 3U72A 4ELOA 4Q8RA 3KSXA 1P1OA 1TFDA 3N26A 5F7VA 2UVIA 2PYYA 4LQ2A 4OESA 1JW5A 2V25A 2F7CA 4H8IA 4I8CA 1SI1A 2ESNA 4X1DA 4OEVA 5LOMA 1QUIA 1DPEA 1IITA 2Y7RA 3MP1A 1XS5A 1M5DA 1M5EA 2A5TB 4QSCA 1MQHA 4IGRA 3TUSA 4JSDA 4NWDA 3SEWA 4N13A 2I3WA 1BIYA 2H98A 2ZYKA 1Y1MA 3O66A 3MZBA 4U23A 1AMFA 5ICTA 3N6UA 4P11A 3PMWA 4I1DA 4NF8A 3L6GA 5I2NB 1IXCA 2GHBA 3ILTB 3TYHA 2Q9TA 4GFRA 3E4RA 3KG2A 2HAUA 2I58A 3K00A 4XKNA 4JWOA 3ONMA 3K0VA 3TQLA 1N04A 1JETA 4GXAA 5FHNA 1ATGA 4EQBA 2QMWA 2I0CA 3W9WA 4JWYA 2DWHA 5KDTB 3LSFB 1N3XA 2O7UA 3CSGA 1SW5A 4MFIA 4P0IA 5L9SA 3FVKA 4H6DA 1VR5A 2F7BA 1TXFA 2Y7PA 1EZPA 4Q5TA 3TTMA 1BTJA 1DMBA 4G4PA 4DCXA 2V84A 4F3SA 1B4ZA 5KDTA 3K01A 3OXNA 1FQDA 4WKMA 5H8FB 3CIJA 1FTOA 3GBBA 3H6TA 2PT1A 3IOVA 5CM6A 2XXIA 2HAVA 3H6WA 2W7YA 4U1ZA 4F29A 2IA4A 2OK2A 4RNSA 4F1YA 5DTBA 2UVJA 3K02A 4C1TA 2F97A 4AB5A 3U94A 4ZECA 1A40A 3FJ7A 3EHUA 3G3KA 5I56A 1P1QA 4OXVA 3H03A 5KZTA 1XOCA 1O64A 1BP5A 3KSJA 4FIMA 4EDPA 4F3BA 3H7MA 4FEBA 1T0KA 4IO2A 4DXBA 3KEIA 1SI0A 1POTA 1US5A 1ZIUA 4GRKA 1ZKBA 3KBRA 4L17A 4BDMA 1EZOA 2B3BA 4F2QA 4FATA 2XHDA 3I5OA 1S50A 4H65A 4ZE8A 1N7WA 3E3KA 3W9VA 1I6QA 3OENA 1O7TA 4U1OA 2HZLA 1B3HA 1XHYA 1LBCA 3Q29A 3IR1A 4F19A 4F31B 1LCTA 1MG1A 2DXYA 5I58A 2Q2AA 3LSLA 2DE2A 1DOTA 1QJMA 1B46A 1B3LA 1FTMA 3LC8A 1MS7A 1URGA 3PUXE 4GXSB 4POXA 4QFLA 3S4UA 5I57B 5EHSA 5L8DA 3S9LC 1B58A 1A55A 4OERA 1HSJA 1LB8A 1MM6A 4R9FA 3TQWA 3OO7A 1IXIA 1MQJA 5DT6A 4O3AA 4O3CA 3TKDA 3GLBA 1OQGA 3TZAA 2PX1A 4H5GA 4KPTA 3RGYA 1N3WA 3FV2A 3IB0A 3MJNA 3OSRA 3QAXA 2XX7A 2QS2A 1F9BA 3S9EA 2REJA 3FASA 2UXAA 2F36A 3G3JA 3IOWA 4HW8A 1CE2A 5AA4A 4LATA 4QFPA 1OMPA 3VVDA 2AIXA 3MWBA 1USYE 3C35A 2ZNSA 1R9QA 3DP4A 3T9VA 4R2FA 4C1UA 3G3FA 4GIZA 2ALUA 2ONRA 4ISUA 2H5YA 4HS7A 2QRYA 1M5CA 4LONB 1JVYA 3TODA 1LAHE 1RYXA 2B3FA 2DQVA 2O1LA 2LAOA 2B65A 1R9LA 2XXVA 1YPNA 1H3DA 1B3EA 3C32A 2HCAA 3PD8A 5CRYA 5H8NA 2HXWA 1XC1A 2DWAA 3OMBA 3R26A 4KCDA 2HZKA 4M4GA 4TLMB 5TP9B 3FJMA 3EN3A 3UN6A 4IO7A 4KYSA 2AYSA 4ZEFA 2ZYOA 3IB1A 3M3FA 4NE4A 2OWTA 3DLNA 1I6BA 1QW0A 2DE4A 4IO4A 4XXUA 4EXKA 3PGFA 1GGGA 1QKAA 3OOAA 4UA8A 3G3HA 2ZNUA 3JV9A 2QS1A 4EF1A 2QS4A 3K6XA 1MY3A 2D5WA 4PFTA 3FUZA 1H76A 2F7AA 4R2BA 4YKJA 5AA2B 1JW1A 2NVUB 1B4HA 1Q1KA 2Z8DA 2ABHA 3B6QA 3Q28A 4HCWA 1Y4CA 2R9JA 3EF7A 3HHGA 3O97A 1B5JA 1GVCA 1QVSA 2CMOA 1S7YA 1SYHA 4OWDA 1MXXA 1P1WA 4QF9A 3KFMA 4GL8A 4WEDA 3L6HA 1GR2A 3SEVA 4WEPA 2I49A 4DXCA 3OELA 4PE5B 5H8HA 1GTKA 1NNPA 3O28A 1AL3A 3PUWE 3RNNA 4IY5A 5AA3A 1GV8A 3LUYA 1RYOA 4OENA 4KI0E 1EZ9A 3MBPA 3RN8A 3U1OA 1B3FA 1HSLA 3C9HA 4OTEA 4RXLA 1VFDA 4AB6A 1BKAA 1OVTA 2FA7A 5EHMA 1H44A 3WAEA 3VXBA 5TPAA 3Q25A 2VOZA 1URSA 3TTNA 1JEUA 3S9NC 1US4A 3D4GA 1BLFA 1VFEA 2Y84A 2YJPA 4ZEIA 3G3IA 3IOUA 4XKRA 5KCJA 2NOOA 3RTWB 2PVUA 4O3BA 2UVGA 3RPWA 2G29A 5ELVA 3UORA 3K2DA 2Q8JA 4IB2A 2RC9A 4OFOA 1N7XA 1L5TA 1LBBA 3F11A 5ITOA 4FORA 1B52A 2HFBA 1R6ZA 3CG3A 3K1PA 1LAXA 2QS3A 3HHFA 4G68B 4LQ5A 4U4XA 2NWJA 3SEUA 4R74A 1A7LA 3MPLA 2XXHA 1B40A 3E13X 4K3FA 2OJTA 2A5SA 2UYEA 3C34A 4NMYA 4KQPA 4OFJA 3FXRA 4LA9A 4N6PA 3HPIA 1XVXA 4XKQA 5AA2D 5CC2A 1II5A 2PBWA 3MPKA 2Q2CA 3O6GA 3CFZA 3TPAA 1UTHA 5AA1A 5AA2A 4X48A 3TEPA 4NF4A 4NF5B 3EHTA 4QFOA 4G77A 4ZZAA 2OZZA 2H99A 4GWOA 2CZLA 5H8QB 3T9XB 1UIVA 1MY4A 3B7DA 1MXUA 1CB6A 3BFUA 3S9MC 2IEEA 3TAJA 1S9TA 1WDNA 3BBRA 2Z8EA 3MVYA 4R75A 5DVJA 4ONYA 1QUJA 3OO8A 2ZXTA 2O69A 4P0GA 1RKMA 3FJGA 5H8HB 3WAFA 3I3VA 2DWJA 4IO5A 2RCAA 4N07A 4JWXA 3K6UA 4ESXA 2DXRA 3H4ZA 1B6HA 2ONSA 3QUFA 5H8FA 3E9XA 3KGCA 5B70A 4BDOA 4FAJA 1KWHA 3T93B 3SEXA 4Q0CA 4ZEDA 5I84A 3ILUB 1POY1 2QSXA 3FGSA 3LR1A 5L9MA 3V83A 5TPAB 4ZZEA 4Z0IA 4WXJA 1OLCA 1MPDA 1JQFA 3KOSA 2PT2A 1A8FA 2UVHA 3CR9A 4BLAA 2DWIA 1MQGA 3CRBA 1A54A 1LSTA 2XXWA 3DP6A 4QHQA 4YKIA 2VD3A 1SW4A 2XD3A 3N5LA 3MP6A 1M5BA 5K2XA 2RKMA 4QSDA 2XXYA 1MH3A 5DEXA 3MQ9A 4U22A 4IO6A 3PD9A 4QFKA 3PMVA 1P1UA 2REGA 4TLLB 4JXIA 3DP8A 4EXLA 1PC3A 2E0SA 1MQDA 2Q88A 2DS9A 2QPQA 4I62A 4XIGQ 3RT8A 4PFUA 1VE4A 1PEBA 4DCYA 4FJPA 2O84X 2OWSA 3PMXA 4GOTA 4LUBA 3FD3A 5I58B 5ICQA 2HQ0A 2PMSA 1SDXA 3S2VA 3T66A 5B7DA 3O6HA 1D3KA 1FCKA 5I59B 4E0XA 4PP0A 4RPOA 4EQ9A 3SETA 4ZDMA 3K4UA 3PPPA 4KYDA 3C4MA 1AH5A 1MXYA 1ZMGA 2R6GE 3HV1A 3KOTA 4FECA 2VD2A 2ZYMA 3FVNA 3FXQA 4NTLA 3VVFA 4UACA 1B3GA 1Z7ME 2QJEA 1SYIA 3U92A 2E1SA 3OEMA 1URDA 3CSBA 3H06B 5EYFA 1NNKA 3N6TA 4NEDA 5L9OA 1B7UA 2I6EA 1P99A 4R72A 3VVEA 3GXAA 1MQIA 2Z8FA 4KD5A 5I2KB 3KJTA 3VDFA 2D21A 3ZS6A 4RA1A 4C0RA 5A5XB 3R7XA 3SESA 1NL5A 5IAIA 2NUVA 3PPNA 2DVCA 3O9PA 3TCGA 3ZSFA 3H6VA 3TFLA 2XXXA 4MLVA 3MZ9A 4F18A 1Q35A 4MBPA 3G3GA 1ZBMA 1Y3PA 3PV0E 3RQTA 4F2OA 5H8NB 4JBZA 4GLIA 4BDLA 3MP8A 3THIA 5CBRA 4JDFA 5ISUA 4GL0A 1IIWA 1A99A 1B0HA 1LLSA 1MY1A 1SBPA 1MDQA 4YU0A 5JTYB 5DYHA 1NH7A 4RK9A 3TTKA 4BDRA 1O63A 4LVQA 2Y7KA 4QRZA 3V89B 1H45A 5K2YA 3AXFA 3B6WA 1MXWA 1MDP1 1N76A 2FNCA 2H9BA 1Y3QA 1NNFA 1IQ7A 3QUJA 2DOJA 4TQUQ 1B5HA 2F8DA 4PFWA 5CBSA 3KN3A 1Y20A 4LZ5A 5CMMA 3SKPA 1P1NA 4YB5A 1M5FA 4MF3A 3UK4A 4DZ1A 1ZTYA 4U21A 3IK6B 4Z7EA 5ITPA 5KCJB 3H6UA 2FYIA 4PFYA 5I56B 1MH4A 2ZNTA 3T96B 2XX9A 3W15C 3FZVA 1PBQA 3IL1B 5FTIA 5I59A 3FATA 1EU8A 1LAFE 3H3GA 4PQJA 2I4CA 1I6AA 4E0WA 3MW0A 1ANFA 3RUMA 1H43A 2O68A 3EQ1A 1EH3A 2RCBA 3PUZE 2BJJX 4PETA 1SQYA 4THIA 5HBCA 1MPCA 4OYVA 5BWJA 1UTBB 1ZJLA 4Q30B 3TTLA 5F1QA 1USYH 3DM0A 3IO4A 1FQCA 3KZGA 2R71A 3QK6A 4JB7A 4ZEKA 1AOVA 3ECRA 1MXZA 2NXOA 4H67A 5I2KA 3O2AA 4YKKA 4KHZE 4EF2A 1OVBA 1B7ZA 2X26A 3D4CA 4LZ7A 1UIUA 5H8QA 4IO3A 1OIBA 5CMKA 2ZMBA 1OQHA 3TMGA 4RK2A 5AE4A 1FQEA 5I2NA 3CFXA 3FV1A 3V8XB 2Y7IA 1LFIA 4OEUA 2O51A 5AA4B 3ODBA 4ECFA 3TDJA 2I3VA 1MXVA 4GQOA 3FVGA 3VLUA 3IX1A 3IOTA 1SW2A 2RINA 4ZEBA 3M8UA 3EHSA 4OZ9A 2QL3A 4QSEA 2ANJA 3HO7A 3K1NA 3OEKA 4F1VA 4G68C 3VV5A 2X7QA 4KYEA 4F3PA 3TTRA 1MY0A 5IKBA 3MUQA 1FQBA 1AIVA 1B9JA 3RY3A 4ELQA 3OO9A 2YLNA 4I9DA 2DVZA 1B5IA 1NKXA 4H8JA 3U8QA 4QFNA 3N94A 5CMBA 3USDA 5FTHA 5TP9A 4ZS9A 4BDQA 2RF1A 1NNTA 1MY2A 3CFLA 2Z22A 1Y4TA 1B2HA 1ZLQA 1NH8A 1TFAA 4IGTA 4U2RA 4OMBA 4OQOA 1PDAA 1JEVA 1IXHA 2F34A 1B51A 2KLFA 2M8CA 3IJOB 3ZKLA 1HSEA 1IZ1A 2F5XA 3IO6A 4F22A 3LBSA 1NFTA 3UP9A 3MC2A 2H4IA 2UYFA 4RYAA 5FHOA 3RTFB 1SW1A 4NF6B 3SERA 1J1NA 3HSTA 1FTLA 1B1XA 1DTZA 3VXCA 3FIRA 2XXTA 4GF8A 2Y7WA 3T9HB 3UA8A 4NF8B 1LFHA 1ELJA 1MM7A 1D4NA 2F6GA 2G93A 3A3CA 4X1BA 2XD2A 3K6VA 4YZZA 3RT6B 1FW0A 2VHAA 3M3LA 3QXMA 3IJXB 1JNFA 2WKYA 5JK4A 1FQAA 3JZJA 2ZYNA 2OLBA 3MAMA 1Y1ZA 4FE8A 1PB8A 5TU0A 2GFEA 1IUDA 3VFJA 3VLVA 4DIGA 5H8SA 3MVZA 2O6AA 2HEUA 2DYXA 2O1MA 3R6UA 2D3IA 1DSNA 3CVGA 1TWYA 3GZGA 3C31A 4JSOA 1B1HA 1PB7A 1QKBA 3C36A 4MH5A 1UQWA 3OSQA 3M3KA 3B6TA 3JYRA 4GVOA 2OCUA 4EQ7A 4ZE9A 1FQFA 1JVXA 1Z7NE 4LP2B 1FTJA 1VSOA 1NMUA 3KJ7A 2V3TA 3T9UA 4YKPA 3K1MA 3LSWA 1I69A 4YMAA 4HCYA 4TOZA 1D9YA 2XXPA 3RLFE 3SDFA 3OO6A 3IAZA 1QULA 3BKIB 3EPEA 3O6IA 2OBGA 3Q26A 3VE1B 1LFGA 4YB7A 4ND9A 2RC8A 1YAEA 5M2VA 1IXGA 2YPNA 2V93A 3TELA 5J1DA 4ELRA 1DPPA 1SD3A 3A09A 3MZ1A 5HM4B 3VLWA 5BUUA 1YCJA 3PUVE 3HN0A 1WODA 4X9TA 5JTYA 4G8MA 2I0BA 4ELPA 3I6VA 4FEDA 2GRVA 4RJZA 4EUOA 1LCFA 1LB9A 1PB9A 2GH9A 2F6PA 4G68A 1LGBC 2XXRA 1IEJA 3C33A 4OFLA 2P1SA 3PPQA 4G8NA 4OETA 3KN7A 2I48A 4OVJA 1DTGA 3T22A 4NF6A 1MRPA 4GD5A 4R6HA 3TCHA 3FVOA 4G8HA 4NWCA 3MVWA 5DVIA 2RC7A 4R9GA 5CI5A 3PPOA 4F39A 2XXUA 4NF5A 4NF4B 4HTGA 3OD7A 5I57A 1UTHB 5A5XA 2XXQA 2DSFA 1YTVA 2I4BA 3IORA 1PBPA 2O7IA 3UIFA 3Q27A 2A5TA 3PPRA 2XX8A 4AQ4A 1B7HA 2DP8A 1ZU0A 2V3QA 3K6WA 4R6YA 2Q89A 3V5AA 3FXUA 4YICA 4F3GA 3QIMA 4OHNA 4DDDA 4H1XA 4G2ZA 3CI8A 4RPNA 3QYTA 4H5FA 2F78A 1D9VA 1B05A 2V3UA 1MPBA 2P0SA 2QMXA 3MVXA 4KCCA 4M1VA 4POWA 4R6KA 4LZ8A 3QSLA 4F1UA 4DLDA 3PUYE 4KR5A 3IB2A 1B0LA 2ONKE 1JW4A 2AL5A 4DXUA 3TCFA 1TT1A 1XT8A 4H0WA 4R73A 1WVJA 1XVYA 4KFQA 4XKPA 2VP1A 4YB6A 2GHAA 2F35A 5FHMA 3ZKKA 3CG1A 4U4SA 4YMBA 1QUKA 4ESWA 2P2AA 2AL4A 3LSXA 3PU5A 3U93A 3UGWA 3O29A 3KN8A 1N84A 3DELB 5HPQA 4MLQA 3HCQA 1A8EA 1LAGE 3A3UA 4IY6A 1OLAA 4YAHX 4DE8A 2DE3A 5DVFA 5DEXB 2X7PA 2H25A 5CMCA 4RY1A 5JEIA 2VGQA 4XTCQ 1Y9UA 4BDNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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