1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
b'ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Amino acid transport
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
3VFJA 2VD3A 4U1OA 4KFQA 1M5DA 2F7AA 3TEPA 3IOWA 2XXXA 4NMYA 3Q27A 3PGFA 1MY1A 4F22A 2XX9A 4KPTA 1FQBA 5ELVA 3ZSFA 1MH3A 1R9QA 3KN7A 1KWHA 5I84A 3EPEA 1B40A 2I4BA 1MPDA 3MPLA 2QS2A 2ZNUA 5H8QA 3KN3A 5IAIA 1FTJA 2AYSA 1IITA 1O64A 3TFLA 4ZDMA 4QSDA 3IAZA 5I2KB 2DWIA 4IO2A 4EQ7A 4ZEFA 3MP6A 3SEWA 3RN8A 1VFEA 4R9GA 2DXRA 1IXGA 1S50A 1BLFA 2DSFA 1B2HA 3SEVA 1VFDA 3BKIB 3RTWB 1I6QA 4F1UA 3SEYA 2HZLA 4DDDA 1AL3A 2Y7PA 2QS4A 2UVHA 4LZ5A 3FATA 3TKDA 5AA4B 1RYOA 1N7XA 3GXAA 3E4RA 3FZVA 4ZEIA 5AA3A 2RF1A 2RC8A 2GHBA 1MQHA 5AA2D 3TAJA 2QRYA 1LSTA 3CR9A 2ONRA 1D4NA 3SEUA 1IEJA 1MY3A 1MM6A 4IO3A 1OMPA 4TLMB 4U4SA 1JW5A 3B6TA 3PUVE 1MQJA 4G8NA 4NF8B 2XXQA 4OYVA 2F97A 1FQAA 2ZNSA 5BWJA 2E1SA 4C1UA 4F29A 3S2VA 2HXWA 3UIFA 3IR1A 4RA1A 1UTHB 3OOAA 4YMBA 3S4UA 5H8NA 3FVKA 4QFKA 2P2AA 1LCTA 4TQUQ 4IY6A 2ZYKA 2REJA 2HZKA 3Q26A 1HSLA 1GR2A 1PBQA 4H8JA 4QF9A 4U1ZA 1IUDA 4YB6A 2YLNA 1M5FA 3FXRA 1EU8A 3TQLA 1OQGA 1OLAA 2UXAA 1ZJLA 5EHMA 5TPAB 2HEUA 3KZGA 3MWBA 1B7ZA 4IO5A 4LZ7A 1TT1A 1NNFA 4OHNA 1B1XA 1PB8A 4JWYA 3W9VA 3R7XA 1PB7A 4BDLA 1SYHA 2XXVA 3OO6A 5I2KA 3U93A 4KD5A 3TCGA 3C35A 5ITOA 3E13X 1ELJA 1VE4A 4U2RA 3KG2A 2ZXTA 1QKAA 4Q0CA 4R6HA 4OEUA 4R74A 4OMBA 2PT1A 4PQJA 1H76A 3PPNA 1B32A 3H7MA 5AA4A 4G8HA 1USYE 4JB7A 5CMKA 3FVGA 4RPOA 1IZ1A 3TUSA 4FIMA 1YAEA 5KCJA 1NH7A 1MPBA 4E0WA 4DXUA 3LSFB 5TP9B 3FASA 4Z0IA 2DE3A 2RC9A 1JW4A 3V8XB 3UN6A 1ZTYA 4OESA 4N6PA 4XKPA 4RK9A 3CFZA 5H8SA 2V3TA 3QUFA 1QW0A 3SESA 4WXJA 4NF8A 2H25A 3M3FA 5JTYB 3RTFB 2F7CA 4RNSA 1SDXA 2XXHA 4IGTA 3C34A 3KN8A 1B1HA 3H4ZA 1B7UA 3M3LA 2I0BA 1JEVA 2Y7IA 1PC3A 4EF2A 3PPRA 4HTGA 3GBBA 3BFTA 1DMBA 5DVFA 2V25A 3MP1A 3T96B 1EZ9A 5DVIA 4N07A 1XVYA 3DELB 4ZEBA 3OEKA 4F1VA 1UTHA 3UORA 4F3SA 3O28A 4I62A 3CG1A 4ELPA 3SETA 5B7DA 4XKQA 4Q8RA 2O7UA 4C0RA 4KCCA 1SI0A 4U21A 3HHGA 4UACA 3TTMA 1MG1A 3T22A 4IB2A 3U8QA 3ODBA 3IB0A 3VLUA 4R2FA 1ZIUA 1Y9UA 4ONYA 4OWDA 4PFUA 1SW1A 3C32A 2G93A 4GOTA 4GLIA 4GXAA 4R73A 2ZNTA 4M1VA 2O6AA 1NKXA 3K4UA 3QK6A 5FTIA 1YTVA 5FHNA 5ICQA 1XC1A 4ZEKA 4NTLA 3RY3A 3TQWA 4ELOA 2AIXA 1A55A 2XXIA 2B3BA 1B05A 4YZZA 5F7VA 4R9FA 3N94A 3OEMA 3JYRA 2OZZA 3OXNA 1MPCA 3PV0E 3RNNA 3R6UA 1J1NA 4BDNA 1VSOA 3TTLA 2D3IA 1P1UA 1R1NA 3K0VA 3LBSA 4ECFA 4M4GA 3E3KA 1OQHA 1TXFA 5CI5A 2DXYA 2ZYMA 3OMBA 2B65A 1SQYA 2HAVA 1YPNA 5TP9A 3H06B 3FVNA 2A5TB 4LUBA 4FATA 5A5XB 3GZGA 3VV5A 1JVXA 1O63A 1FCKA 4YKIA 1Z7ME 3KJTA 4QFNA 5LOMA 1I6AA 3A3CA 4G8MA 4JXIA 1DSNA 4WEDA 3TTKA 5AA2A 4P0GA 1B4HA 3IB1A 1MXWA 2Y84A 1B5JA 1M5EA 4DLDA 1Y1ZA 2OLBA 1NMUA 4KI0E 5CM6A 1LAXA 1MXVA 1MY0A 5H8NB 3EHSA 4GRKA 2OK2A 1B6HA 3MC2A 4X48A 1A8EA 4YB7A 3HSTA 3RUMA 2PVUA 1SW2A 3TODA 2F6PA 3H6TA 4F3GA 3U94A 4GFRA 3RGYA 3CRBA 4ISUA 1FQEA 1PB9A 1LLSA 4POXA 3EQ1A 3PMXA 3A3UA 3VXBA 2ALUA 5L9MA 1R9LA 3MBPA 1NL5A 3PPOA 3KFMA 2FA7A 4JDFA 3I6VA 5M2VA 2DOJA 3PMVA 3QUJA 1US5A 5ISUA 4R6YA 3TTNA 1IQ7A 1SW5A 4N13A 3U72A 3LR1A 1QKBA 3VDFA 4F39A 1Y3QA 3T93B 5TU0A 2E0SA 4ELRA 5ICTA 2UYFA 2CMOA 2XD2A 4TOZA 5K2XA 2P1SA 3MPKA 4H5GA 4F3BA 1CB6A 3T66A 1AH5A 3H6WA 4H6DA 2W7YA 3MZ9A 5FHMA 3MVYA 1AOVA 1XT8A 5KCJB 1P1QA 2ZMBA 2DE4A 2THIA 3VVFA 2F8DA 3IX1A 3O97A 2ESNA 4IO6A 2Z8EA 4O3CA 4ESXA 1SW4A 4KHZE 2A5TA 5KDTB 2XXYA 5A5XA 1D3KA 3LSLA 2QSXA 2Y7RA 4H65A 2I3VA 3K6VA 3MZBA 3C33A 1TFDA 4JSOA 4KYSA 5HBCA 2I0CA 1B3GA 3N6TA 3C9HA 3M3KA 1I6BA 3MQ9A 3G7WA 1Y4CA 4LVQA 3FD3A 1FQCA 3IO6A 2QPQA 3MW0A 4AQ4A 3FV2A 3VVEA 4H0WA 4I1DA 3FXQA 4EXKA 5EHSA 4ND9A 3VVDA 2F34A 4IGRA 5H8HB 1LB8A 4WKMA 3MZ1A 4F19A 2NUVA 1JVYA 1FQDA 2F5XA 3IB2A 2PYYA 1PEBA 4GWOA 3LC8A 3HCQA 4YKPA 2PX1A 4ZZEA 4NWCA 1BKAA 3ILUB 1EZPA 3CVGA 3W15C 5CBRA 3V5AA 1R6ZA 3RQTA 4KYEA 3CSBA 2X26A 2V3UA 4BDOA 1POTA 4H1XA 2F35A 2QMXA 5F1QA 3KGCA 3S9EA 3A09A 4XIGQ 4JWXA 1BIYA 3IOUA 2Q2AA 1PBPA 4GIZA 4YU0A 1DTGA 2BJJX 4BDMA 4OZ9A 4QFLA 2RCBA 1BTJA 3RPWA 4XKNA 1B0HA 1P99A 4EUOA 3O6HA 2CZLA 4PFYA 5CRYA 1IXIA 4OXVA 1Y4TA 3G3KA 1GVCA 3K02A 2Q88A 3VLWA 5I57B 3JV9A 2F78A 4BDRA 2XX8A 4EQ9A 5L9SA 4F2OA 2GH9A 2I3WA 4LQ5A 5H8FB 1Y3NA 1N0TA 1H44A 5KDTA 1FW0A 2OCUA 2DE2A 4PE5B 2NOOA 2IA4A 5FTHA 4ZS9A 4QFOA 1MS7A 5AA2B 3K6WA 2H9BA 4NF6A 4U23A 3LSWA 2UVGA 2NXOA 3OELA 2Z8DA 3LSXA 3UP9A 1JETA 2RINA 2HCAA 4F2QA 3AXFA 1NNPA 5H8HA 1N04A 1XS5A 1MY2A 4RK2A 4GXSB 1Y3PA 1NNKA 3K1NA 1PDAA 3DP6A 4OTEA 4NF5B 4EDPA 2DWAA 2G29A 4OFOA 3QIMA 2X7PA 2DS9A 1JNFA 2FNCA 4P0IA 1QVSA 1CE2A 3HPIA 4JBZA 3KSXA 3BFUA 4R2BA 4G77A 4GL8A 2F7BA 4PFTA 2OWSA 3K1PA 2RC7A 4AB6A 3DP8A 4DZ1A 1JEUA 3ECRA 1B58A 3LUYA 1UIUA 4PP0A 2V3QA 4LATA 1N84A 4MBPA 1AMFA 2I6EA 1L5TA 3ZS6A 4I9DA 3FUZA 4JWOA 4LP2B 4OVJA 1ZU0A 3HN0A 4ZE8A 1FQFA 1IXCA 3FXUA 3KBRA 4OERA 4FJPA 1B3EA 5IKBA 3N5LA 3VXCA 1URDA 4YAHX 4NEDA 4F18A 2XHDA 3SDFA 1B7HA 2Z8FA 3PUXE 3CI8A 5I58B 1EZOA 4OFJA 3UK4A 1A54A 3TELA 2DQVA 4FEBA 3SKPA 2ZYOA 4ESWA 1B5HA 1MQGA 1URGA 4RPNA 4KQPA 1B3LA 3USDA 3OD7A 2B3FA 4MH5A 3OSQA 3O29A 3U92A 4HW8A 3Q28A 2VD2A 4O3BA 3EN3A 1MXZA 2Y7WA 4U4XA 3B7DA 5I57A 2UVJA 3DP4A 3IO4A 2I49A 1Z7NE 2VP1A 1D9VA 4IO4A 4XKRA 5H8FA 1LAGE 1B51A 1MDQA 5KZTA 1B46A 2R9JA 3HV1A 3L6HA 2LAOA 1DPEA 4DCYA 2H4IA 3KEIA 3DLNA 4KCDA 3TTRA 1O7TA 5I56B 1HSJA 4X1DA 2XXPA 3H3GA 3O6GA 3K00A 4F1YA 4OFLA 1QJMA 3EF7A 3G3GA 1P1NA 3CFLA 3ILTB 2O84X 1S7YA 4FEDA 4Q30B 3C31A 4HCWA 2O69A 3MUQA 2GHAA 4H8IA 3ZKKA 3QXMA 4BLAA 3Q29A 5CMCA 2UVIA 4NF5A 3IORA 1M5BA 4NWDA 4X1BA 4L17A 4H5FA 4RXLA 2Q89A 1M5CA 2O1LA 3OSRA 4X9TA 5EYFA 3OO9A 3K6UA 3V83A 5HM4B 4LZ8A 3MVZA 1BP5A 2F6GA 1OLCA 4DXCA 4LONB 2ONSA 2V93A 1SVXB 4MLVA 4MF3A 3KJ7A 1OIBA 4OENA 4P11A 1MH4A 1LAHE 4F3PA 1MDP1 3UA8A 3PMWA 3EHUA 1UIVA 1FTLA 1LBCA 4QRZA 1AIVA 1VR5A 4BDQA 3QSLA 1MQDA 2D5WA 5I58A 3BBRA 3PUZE 2DYXA 2R6GE 4PETA 4U22A 1POY1 4ZZAA 1LFIA 1FTKA 1XHYA 1B5IA 3V89B 1MRPA 2A5SA 1H45A 4GQOA 3C4MA 3U1OA 2OBGA 1ZKBA 4POWA 1DOTA 4LQ2A 4RY1A 1F9BA 2KLFA 3CIJA 1NNTA 2VGQA 3OO7A 1ZMGA 1UQWA 1IIWA 3T9HB 3G3JA 4JSDA 4QSCA 3O66A 1OVTA 3H03A 3FIRA 3B6WA 3TZAA 4G68C 2R71A 4FAJA 4C1TA 1XVXA 4FORA 1H43A 1Y20A 3PUYE 4G68B 3FV1A 2DWHA 4NF6B 1II5A 1UTBA 3B6QA 1N76A 2H5YA 5I56A 2REGA 3HO7A 1MM7A 3T9XB 1SYIA 4NF4B 3O2AA 2HFBA 4E0XA 1N3WA 4GF8A 2D21A 1JW1A 2VHAA 1S9TA 5I2NB 2IEEA 2X7QA 3IK6B 2QJEA 4O3AA 1GTKA 4DXBA 4GD5A 2PMSA 2HAUA 2VOZA 4XXUA 2O51A 3TPAA 1USYH 4YKJA 4QFPA 3QYTA 4KR5A 4ELQA 3FJ7A 4UA8A 5CMBA 5DVJA 1GV8A 2XXWA 1SI1A 5K2YA 4ZECA 2OWTA 3W9WA 4Z7EA 3O9PA 5DYHA 3ZKLA 4ZE9A 5ITPA 1Q1KA 4WEPA 1NH8A 3R26A 1P1WA 3Q25A 2GRVA 2ZYNA 3K1MA 3T9VA 5I59B 1FTMA 3UGWA 1T0KA 5B70A 3S9NC 3HHFA 1US4A 2XX7A 4TLLB 1ZLQA 3H6VA 3TYHA 5CBSA 1RKMA 3THIA 2Z23A 1B3HA 5JEIA 2XXTA 1LFGA 3F11A 2I4CA 1B3FA 1SBPA 4YKKA 2O1MA 4PFWA 3FJMA 4K3FA 3MJNA 3VLVA 2F36A 2DVZA 3TCHA 4EF1A 5JK4A 3E9XA 3CFXA 5DEXB 1TFAA 3JZJA 4H67A 1FTOA 4R75A 3G3IA 2Z22A 3CG3A 4MLQA 1LBBA 3KOSA 4IO7A 4FE8A 3I3VA 2V84A 1LFHA 1DPPA 4FECA 1LB9A 1QULA 4GL0A 1HSEA 3S9LC 4QSEA 3KSJA 1QUKA 3ONMA 1B0LA 3FGSA 3FJGA 4R6KA 2WKYA 1RYXA 3FVOA 1Y1MA 4ZEDA 3WAEA 5L9OA 3P7IA 3PD9A 4G68A 1NFTA 1WODA 3OENA 2AL5A 1EH3A 2QMWA 4G2ZA 2H99A 3MAMA 2O68A 2PBWA 1ANFA 1A8FA 2XXUA 2DP8A 3K2DA 3D4GA 4OETA 4NF4A 1A40A 4LA9A 1ZBMA 3K6XA 1D9YA 5I2NA 3C36A 4YMAA 2PT2A 2QS3A 4DE8A 2AL4A 3PPPA 2ANJA 3T9UA 4Q5TA 3RT8A 3S9MC 1QUJA 2ABHA 3MVXA 5BUUA 2RKMA 3PPQA 3I5OA 2QS1A 5AE4A 2XXRA 2YJPA 5AA1A 3M8UA 2DVCA 1A7LA 4AB5A 1ATGA 3IOVA 2OJTA 1MQIA 5DT6A 1MXYA 4GVOA 5H8QB 3TDJA 2RCAA 5HPQA 3IL1B 5I59A 3RT6B 1N3XA 2M8CA 3WAFA 5TPAA 1IXHA 2GFEA 4YICA 3QAXA 2FYIA 1B9JA 2I58A 2P0SA 5FHOA 4G4PA 2NWJA 3G3FA 3SEXA 3IJOB 1I69A 2Q9TA 3G3HA 1MXXA 1MXUA 1Q35A 1B52A 5L8DA 3L6GA 1XOCA 1YCJA 4EQBA 1LGBC 3TMGA 2Q2CA 5DEXA 3K01A 3GLBA 5DTBA 3VE1B 1A99A 2UYEA 2Q8JA 4IY5A 2QL3A 5CMMA 4R72A 5J1DA 2NVUB 1WVJA 4YB5A 4KYDA 3N26A 3MP8A 3GBAA 3CSGA 2I48A 3TCFA 1MY4A 1WDNA 1TWYA 3KOTA 4HCYA 3DM0A 2HQ0A 3IJXB 4DIGA 1DTZA 4F31B 3RLFE 4RYAA 4NE4A 1UTBB 2ONKE 1GGGA 3SERA 3MVWA 3PUWE 3D4CA 1URSA 3PD8A 1LCFA 4HS7A 4OEVA 4QHQA 3H6UA 3PU5A 2O7IA 5JTYA 4MFIA 2Y7KA 1H3DA 2XD3A 4THIA 1JQFA 3OO8A 1OVBA 4I8CA 1P1OA 1N7WA 4XTCQ 1QUIA 3N6UA 4DCXA 5CC2A 1LAFE 3IOTA 2DWJA 1B4ZA 2YPNA 4EXLA 3O6IA 4RJZA 3EHTA 4OQOA 2H98A 1SD3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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