1LCUA

Polylysine induces an antiparallel actin dimer that nucleates filament assembly: crystal structure at 3.5 a resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
publication title Polylysine induces an antiparallel actin dimer that nucleates filament assembly: crystal structure at 3.5-A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 95
structure length 361
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-04-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1lcuA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lcuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lcuA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1lcuA04
4JNEA 5BREA 1TYQB 1NGDA 4FWNA 3H46O 1K8KB 4B9QA 4JN4A 2P9LA 4RWTA 4J8FA 3HI0A 4BC2A 3HTVA 4PKIA 4BRAA 1MWMA 3ZEUB 2D0PA 4BRDA 4E1JA 2EWSA 4DCHA 3CQYA 3QMLA 2GEMA 4IO8A 2QWQA 1NMDA 1JCEA 1Z05A 3RSEA 2E8AA 5AQZA 2A42A 3CIPA 1TUYA 3O1BA 1RFQA 2A40A 5BR9A 2P9KB 1QHAA 1BA1A 3BF3A 4BQLA 1H1VA 4H5NA 2YJFA 3TU5A 3MN9A 5E84A 2QWLA 4I6MA 3VESA 3HZ6A 4CBXA 1D4XA 1HKBA 3VERA 5AQVA 2FLOA 4BVPA 1V4TA 4EHTA 1KXPA 3ID8A 5ELZA 5BRDA 3VEYA 1S22A 4H0OA 3SK3A 4C23A 3FZHA 2BUPA 3VGMA 2KHOA 1HUXA 1NLVA 1BG3A 1Q18A 3VEZA 4BRIA 1T6DA 3SLCA 5KQ8A 4AM7A 2HF3A 1DEJA 1S3XA 2P9UB 3HM8A 4WQ4C 3UKUA 3VF6A 3VOVA 4PL7A 3O1WA 2E20A 1V4SA 3KZBA 1HPMA 2P9IA 4BGBA 3QFPA 3LDQA 3FZFA 3D2EB 3A5OC 2HF4A 2V52B 3CJ7A 4K25A 3ULEB 4A2AA 4H0YB 3VENA 3WXJA 2QWRA 1LCUA 4FOEA 5LJWA 1BO5O 2DPNA 3O5BA 1IG8A 3R6MA 3C7NA 2Q1NA 4K41A 1BWFO 3ENHA 3MCPA 1BA0A 4BRGA 3A8YA 2BTFA 1X3MA 4CZJA 1QQMA 2GELA 3DWLA 3O6WA 2Q31A 2A6AA 4BRCA 1DKGD 1GLAG 1U2VA 2NZTA 4MLHA 1BOTO 4BG8A 1ATRA 4WQ5A 5AQLA 4BR5A 2FXUA 2P9NA 3GDQA 3W3DA 3CJCA 1BUPA 3U8XA 4B1ZA 3M6GA 5AQSA 5FPMA 4QS9A 4ISFA 4CJ7A 3WEEB 3H3NO 1ZC6A 4FWQA 3HBTA 5AQTA 4A62A 2FSJA 2YI1A 3AY9A 4GNIA 4EIAA 4JD2A 3IFRA 4IXCA 5AQMA 2E2NA 3ZX0A 5LJVA 2HMPA 3MK6A 2QWMA 3LDPA 3LDNA 5F2RA 3O80A 4FPBA 1NGGA 4CZEA 3A5LC 1SQKA 3GG4A 4H0VB 2P9SA 4CZLA 4QS7A 3DXMB 4FPAA 4QS8A 4RTFD 4XH1A 4BROA 1GLCG 3FR0A 4BG9A 3CERA 5EY4A 3HSCA 4BQZA 3WXIA 1KAXA 1OKJA 1E4FT 1BU6O 3BF1A 3M3ZA 4KBOA 5LY3A 4PKGA 5F1XA 1LOTB 3A5NC 2QWOA 2IVOA 2E1YA 3SMPA 3EZWA 2I7NA 3FFKB 4CZKA 4B1XB 3R8EA 3I8BA 2QXLA 1TYQA 1HX1A 5JLFA 2GWKA 2H3GX 3QICA 2FF6A 4A2BA 4BR9A 3IDHA 3H1QA 2AP1A 2UYTA 5FPNA 5AQWA 4A61A 5ADXH 4CD1A 3CJ1A 1CZAN 5AQFA 5FPDA 2E2PA 3A0IX 4CZIA 4BR7A 2F9TA 1NGBA 1HLUA 4H5WA 4ISEA 4BR2A 4YDUA 1MDUB 4FOIA 5AQOA 1HKCA 2I7PA 2V51B 4Y0WA 3U4LA 5ADXA 2E2OA 1TUUA 2CGKA 5JICA 1YAGA 3H3OB 5I9EB 2Q2RA 3ZX3A 4BRKA 3VPZA 1YXQA 4IZ9A 3UKUB 3QBXA 4FO0A 4Z94A 1NWKA 2YHYA 3G25A 4GY2B 4RCHA 3IUCA 3SMSA 1ESVA 5B8HA 3UB5A 3FZKA 3VEOA 4B1UB 5BN8A 2VWBA 3VETA 1BDGA 2QWPA 4FWSA 3B8AX 3P4IA 5AQHA 4BR0A 1RGIA 1ATSA 1Y64A 4IJNA 2Q36A 4FSVA 3QBWA 3WQUA 1ZBSA 3CETA 2IIRA 2WUSA 3QB0A 1XC3A 1NM1A 3ZETA 4DB3A 2GTDA 1NGFA 4FWMA 1Z6RA 4FWPA 5AZJB 2ZWHA 2VCPA 3DXKB 4FWOA 1WOQA 4EAHD 2E1ZA 4H0TB 5KPRA 5BPNA 2A5XA 1RDWX 3MN7A 1NGJA 3D2EA 3H45C 4WQ5C 2D4WA 5AZIA 3UKRA 2W41A 5TKYA 2P9NB 4F9OA 2QM1A 3FZLA 5E26A 3I33A 3H6EA 1YVNA 3H1VX 2ZF5O 3LDOA 4EHUA 2Q0UA 1GLDG 1WUAA 3AAPA 2E88A 3EN9A 1MWKA 5AFUH 3CHWA 1QQOA 3A5MC 4CZMA 3O08A 1GLLO 3F9MA 3VEWA 1ZXOA 5CE3A 4M63C 3MMVA 1X3NA 4H0PA 4JHDB 3TPQA 4CI6A 4AM6A 5AR0A 1NGIA 2P9PA 1JCGA 4HWIA 2D0OA 5AQNA 3U9ZA 1NGAA 3ENOA 3D2FA 1P8ZA 2CGLA 1NGCA 2P9LB 5AFUA 4CZFA 4NB4A 3GBTA 2E2QA 4K43A 5BRFA 1GLJO 2Q0RA 3ATUA 4WYBA 3RSEB 2YHWA 1NGHA 3M1FA 4IWVA 1KAYA 3CI5A 3VGKA 1J6ZA 5EXWA 2CH6A 4B1VA 1T44A 1GLFO 3LM2A 2YHXA 5BRHA 3JXUA 2FSNA 3DXMA 5F0XA 4BRLA 1C0FA 3DJCA 2YJEA 5KQDA 4I6MB 1K8KA 5AQYA 2ZGYA 4XEIA 1HKGA 3DAWA 1X9JA 3LL3A 3WXLA 3ZEUA 4B1YB 2QWNA 2V7ZA 1QZ6A 5KPTA 3OHRA 2ITMA 1NGEA 4BRQA 4JAXA 2W40A 3WT0A 3CQXA 4K42A 3FZMA 4YDUC 1G99A 5AQPA 2P9KA 2OANA 2NRHA 2PAVA 4DQ8A 4CD3A 3QDKA 2ZGZA 2A41A 4IJAA 3S41A 4BC5A 4BR4A 3EO3A 3JS6A 3KVGA 5EVZA 4FWRA 1NBWA 4O8KA 1U6ZA 2FSKA 2A3ZA 1QQNA 4BC4A 4CBUA 3FE1A 4B1WB 2P9IB 4O5FA 3EL2A 4H5VA 3GE1A 2IVNA 3CJAA 1QZ5A 3FGUA 1XQSC 3L4IA 3J8AA 1SZ2A 2ASMA 4XH4A 5AQQA 5AQXA 5BPLA 3BP8A 5JMVA 2D1KA 2NLXA 4NO7A 4CZGA 3LM9A 3BUZB 4H0XB 4BGAA 5FPEA 5AQUA 2P9UA 4EFHA 4BRPA 3C7NB 4WQ4A 3ZETB 3IMXA 3GOIA 4BRNA 2ASOA 4PL8A 1HJOA 4XH5A 3MN5A 3W0LA 3QFUA 3MN6A 4MO4A 1GLBG 1U2VB 1KAZA 2YCHA 4FL9A 5AZIB 3ZX2A 3UKRB 2HOEA 4ISGA 3L0QA 3L6QA 1MA9B 5EOYA 2Q97A 3ULEA 4MLEA 1ATNA 4H5TA 1IJJA 2CH5A 4FWKA 3MDQA 4HTLA 3SJHA 2V7YA 3CJBA 3BEXA 5JLHA 2QW9A 4BRHA 5AZJA 3DXKA 3U9DA 2IVPA 4FWLA 3WQTA 1JCFA 5AQIA 3CJ9A 3D7EO 4JD2B 3EKUA 3C0BA 4H03B 4BRFA 1YUWA 3VF4A 4M7YA 1EQYA 3VEVA 3R9PA 3FLCO 2P9PB 3AAQA 4H5RA 4L3QA 4BVOA 5KPZA 1GLEG 2PBDA 3GL1A 5AQRA 3WXKA 1XUPO 2P9SB 1T6CA 3AARA 2GWJA 4CZHA 1C0GA 3KHYA 3O8MA 3D2FB 3VGLA 3LDLA 4LC9B 2GUPA 5AQKA 5AQJA 3WEEA 1DGKN 4PKHA 1SAZA 5AQGA 4M7XA 4BC3A 2VYPA 2FF3B 2J4RA 1E4GT 3ATVA 2AA4A 4BREA 3O4WA 3WUHA 5BN9A 4BRMA 4JHDA 3EKSA 4CBWA 2F9WA 4DHYA 2ASPA 2CGJA 3UE5A 3VEXA 1R59O 4MO5A 5BPMA 3VF2A 5EX5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TK5A 1NGDA 3OYFA 2RF2A 1K8KB 4DV1K 3G6EN 4B9QA 3J7ZO 4JN4A 4W5OA 3CF5L 4JRQA 4PKIA 1FKOA 4E1JA 2C1GA 2EWSA 5IT9O 2GEMA 1Q81O 3ZSRA 5HROA 2A42A 4XIUA 1TUYA 3CQ8A 5BR9A 2P9KB 3ZT3A 4DG1A 3BF3A 3F5TA 4BQLA 2JWLA 4BDYA 2QWLA 3TAPA 3QERA 4B08A 3MXJA 1S1UA 3OYKA 5GADP 1D4XA 4A5BA 2FLOA 4BE0A 3O9SA 2YNFA 3VMFB 2O8EA 3THXB 5ELZA 2GV9A 3OS0A 3EE9A 5BRDA 3TSUA 4H0OA 3QNOA 3SK3A 2HHQA 2BUPA 4R5PA 2KHOA 1NLVA 1BG3A 5KQ8A 4CEFA 1Z26A 4F3TA 3SQ4A 4LF9K 2RKIA 3HM8A 4A57A 2P9UB 1ASUA 2G8VA 4KH5A 3KK1A 3PX4A 1HPMA 3CFOA 2P9IA 3QFPA 2WC9A 5T7BA 3NFAA 2E6MA 4V19S 3THYB 5M1KA 2HF4A 3EEQA 3L2QA 5LL6Z 3ULEB 4A2AA 4JK7A 1LWEA 4H0YB 3VENA 4JRPA 3CYGA 4KTQA 4M41A 3OJSA 2Q1NA 2KFZA 1BWFO 3PV8A 3PO4A 1BA0A 3A8YA 2BTFA 5C2DA 3CCSN 4JI1K 1VQLN 1EO1A 1X3MA 4CZJA 2GELA 3DWLA 4BRCA 1KVBA 4FW2A 4Y1CA 5DK5A 2UUCK 4DV6K 4BR5A 3ID6A 1A5WA 2VQEK 3U8XA 4B1ZA 4CEOA 4RW4A 2KFNA 3I8DA 1YVUA 3Q7BA 1IBKK 5IWAK 1LW0A 1KD1O 4X65K 4R79A 4HUGA 1N6QA 1A5VA 3AVKA 3HBTA 3N4PA 2YI1A 1CZ9A 2YNGA 4FJHA 4GNIA 4IXCA 2E2NA 5LJVA 2HMPA 2QWMA 5F2RA 3LDNA 3RMBA 1WSGA 1TVRA 3H08A 3MEDA 3TTCA 1TAQA 3A5LC 3HJFA 4EZ9A 4H0VB 1RBRA 4CZLA 4FPAA 4B9LA 1KLNA 4QS8A 5BR8K 4BROA 1TGOA 3O3FA 3SQ0A 5EY4A 4FJJA 1FW6A 3T1HK 4E89A 1KAXA 3WXMB 4DQSA 1VSLA 1KSPA 4PKGA 1LOTB 4M3XA 2Z1HA 3IKMA 2O8CB 2IVOA 1BHLA 1QS4A 4IG0A 4CEDA 3FFKB 2O4IA 4BDZA 3THWB 1TYQA 4W5QA 3S9HA 3I0RA 3E66A 4B3SK 2QEXN 4A2BA 4OLAA 3V9UA 2AP1A 4ZTFA 5ADXH 3C95A 2F8TA 3ALYA 5FPDA 2E2PA 4CZIA 3O9TA 3KIOA 1TV6A 2E5LK 4CJPA 4F2SA 1WSHA 2F9TA 1NGBA 1NMNA 1JLGA 4I2PA 1JL2A 4ISEA 4YDUA 3SZ2A 5AQOA 3C6AA 2I7PA 2V51B 3TTFA 4KB0A 4Y0WA 3U4LA 4FJIA 1IH7A 3AVMA 3H3OB 3LWLA 1BGXT 2XY5A 1UOCA 4WF9L 1UAXA 1KTQA 3OW2M 4FO0A 1VQON 3G25A 4B3TK 4JYAK 3IUCA 1ESVA 2UXBK 1HJRA 4CHYA 1IG9A 3VEOA 2VWBA 3K0SA 3DRPA 1Q86O 1BDGA 3T7ZA 4N5SA 4I2QA 2X6SA 5AQHA 3PX6A 4BR0A 3SV3A 1KLMA 3BZCA 3TANA 3QBWA 1ZBSA 1TL3A 2C1IA 3K2PA 3P39A 4C8KA 2NNWA 3ZETA 4DB3A 4Z4IA 4F8RA 1Z6RA 1WOQA 3SV4A 2E1ZA 4DTNA 1XNQK 4GVMA 1RDWX 3NGZA 2HNYA 1VSMA 3O4NA 3SCXA 4BE2A 2UXCK 1S1TA 3D6RA 2W41A 5TKYA 4GV9A 3SI6A 5C0YA 3K9JA 4IOAL 5FLXO 3V81A 1HYZA 1GLDG 3HK2A 3EN9A 2E88A 4CK3A 1MWKA 1RBSA 1QQOA 3SJJA 3MMVA 1X3NA 4H0PA 4DTSA 3HPGA 1NGIA 3KLFA 4A5AA 2D0CA 4DSKA 2CGLA 2DFEA 4YOXA 2E4LA 1M90O 3CG7A 1VQKN 2Q0RA 3V1QA 5FROA 2YHWA 2XHBA 1NGHA 2AJQA 1CXQA 1W97L 3RR7A 3VGKA 1I3AA 3AVAA 4CJFA 2FSNA 1N33K 4AHVA 2G8KA 1K8KA 3C6TA 2ZGYA 4OJRA 1X9JA 3DAWA 4FCYA 2OZMA 2QWNA 5CHIA 1QZ6A 4O0JA 4IFEA 5KPTA 4JAXA 4FM2A 4YDUC 4FLXA 1KC8O 2P9KA 2P51A 2PAVA 4DQ8A 4CD3A 2ZGZA 1HQUA 1QHTA 4BC5A 4CFDA 4C8NA 5EVZA 2HHVA 2EX3A 2OA8A 1RBVA 1RBUA 2FSKA 4B8AB 3AVJA 2OPQA 5GAEP 3THXA 4CESA 4DTJA 2P9IB 5HBMA 4H5VA 2YKMA 3CJAA 5C12A 2PFUA 3AA3A 3FGUA 4FM1A 3NH1A 3DLKA 4XJXA 3OYDA 4JKEA 4NCAA 3KLEA 4ID1A 5FPEA 2P9UA 1EKEA 4EFHA 1XMOK 4BRPA 5TKWA 4WQ4A 3IMXA 3GOIA 4KHNA 4XH5A 3T19A 4DTPA 4M3TA 4KHPK 3THYA 3VN5A 3S3OA 3UKRB 5D3GA 2BH1A 3L6QA 2YKNA 3ZSXA 3ULEA 1ATNA 1VQNN 3VQQA 1IJJA 3OBYA 3TAQA 4HTLA 3SJHA 2V7YA 4BE7B 4AQYK 1I94K 5JLHA 3AGRA 3U9DA 3J81O 3WQTA 5AQIA 3ZLJA 1LWCA 3CYMA 4H03B 1VK0A 4DV2K 2YHBA 4N47A 5GIPA 1HR0K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XQS C;  1ZBI A;  3J8A A;  1QVG M;  5AQQ A;  4KI6 A;  3BP8 A;  2D1K A;  1RT4 A;  3O9R A;  4IEI A;  3BUZ B;  2NRR A;  4BGA A;  3AVN A;  4CJW A;  2B4J A;  1QQC A;  1RT6 A;  4C1N K;  4DV7 K;  1RTJ A;  3PO5 A;  3ZET B;  4CJQ A;  4DFJ A;  3CCE N;  4PL8 A;  3L8B A;  4A59 A;  2Z1J A;  3MN5 A;  3U3Y A;  2B6A A;  2YCH A;  4FL9 A;  4OPJ A;  4ISG A;  3L0Q A;  1HPZ A;  3SYZ A;  2PZS A;  5EOY A;  3V9X A;  1T7P A;  3DLG A;  1S1V A;  3ZSY A;  4FJ7 A;  2CH5 A;  3T1A A;  2QW9 A;  4BRH A;  3LWM A;  3KK2 A;  3MCA B;  2IVP A;  4FWL A;  4AHT A;  4DUZ K;  4DUY K;  4BRF A;  1YUW A;  3O3G A;  2HHT A;  4BVO A;  1J54 A;  1GLE G;  3U3G A;  4DQI A;  4O55 A;  1U04 A;  5AQR A;  1XUP O;  2XY6 A;  1J9A A;  3AAR A;  3KHY A;  2HBL A;  3D0P A;  3HL8 A;  1IBL K;  4PKH A;  1SAZ A;  5AQG A;  4NXM K;  2FF3 B;  3OYJ A;  2P5O A;  1LWF A;  3TAR A;  4DKW A;  1M1K O;  3K9K A;  3O4W A;  4JLH A;  5FRM A;  4BRM A;  2OPR A;  4CBW A;  1NK5 A;  4DHY A;  4U7B A;  3UE5 A;  4CHN A;  4DR7 K;  1R59 O;  4JKC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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