1LGUA

T4 lysozyme mutant l99a/m102q
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lguA00
119LA 3SB5A 139LA 1JQUA 1LYIA 4W51A 4LDLA 3HTBA 1LYHA 137LA 172LA 4LZMA 1DYBA 1L66A 3DN6A 1L37A 4I7LA 2RBQA 1L49A 2RBRA 1CUQA 1QUHA 1L33A 1C6QA 4I7RA 3C7YA 223LA 3C8SA 1L94A 4ARMB 3DNAA 177LA 142LA 127LA 1KS3A 1C65A 171LA 3GUPA 4E97A 1CX7A 2Q9EA 1C6MA 190LA 1SSWA 1D3NA 3DMZA 2RB1X 125LA 1L83A 1L24A 4ARMA 2O79A 3HH6A 1L05A 1KY0A 1DYAA 206LA 3NY8A 1CUPA 1QS5A 1C67A 1L90A 3CDVA 1DYCA 3GUIA 1QUOA 1WTHA 1QT3A 182LA 1C69A 3ODUA 1G0MA 1L55A 1L77A 4W59A 1L0JA 140LA 1OWZA 1KW7A 1QTVA 147LA 234LA 3C83A 110LA 4W54A 2OE7X 1LYFA 3DMVA 1C6GA 1QTBA 1G07A 1L85A 1G0QA 1QTDA 1D9WA 3C80A 4ARQA 1G0PA 1QSQA 1L61A 1L08A 1L30A 1C6EA 3V2WA 1CU6A 1L16A 3GULA 198LA 199LA 236LA 238LA 3OE0A 1P37A 259LA 1SX2A 178LA 112LA 1TLAA 143LA 3C7WA 3HT7A 2B72A 111LA 3G3VA 4I7QA 4W53A 180LA 3D4SA 1T97A 4YXAC 1I6SA 1L70A 1PQOA 184LA 1L09A 3HUKA 4IAPA 210LA 4EPIA 1L76A 1QT5A 4AQNA 2B6ZA 4ZPUA 220LA 1DYGA 1C6IA 240LA 1CU0A 2HUKA 1C62A 231LA 3HH4A 2HUMA 257LA 1QS9A 1L97A 4EJ4A 3HUQA 1PQKA 245LA 4I7PA 219LA 1C60A 3HDEA 1OV7A 1L20A 1C6CA 1L0KA 3SBBC 218LA 188LA 1L58A 3DKEX 3OE8A 3GUNA 174LA 1C63A 1L54A 4EPFA 1C6PA 2OU0X 1NHBA 1L69A 1DYEA 1C68A 1C66A 235LA 6LZMA 1D3MA 1QUGA 2Q9DA 3PBLA 3DMXA 1P64A 3FADA 216LA 3HU9A 1OV5A 104LA 1L50A 3F9LA 1L29A 3NY9A 244LA 7LZMA 3HUAA 1C61A 3SB8A 4I7TA 1T6HA 1XJTA 1L53A 4I7KA 3VW7A 3C82A 2OU9A 129LA 3HTGA 239LA 1L42A 1L67A 1L99A 1CV6A 1L01A 1EPYA 1P3NA 187LA 260LA 4W56A 159LA 161LA 1L88A 181LA 3C8RA 1L51A 148LE 262LA 4ARLA 1SWZA 1OVKA 1C64A 1PQJA 4DAJA 3HU8A 1P46A 1CVKA 1C6LA 2NTHA 1L41A 3GUOA 1L98A 191LA 1B6IA 1G1VA 1L18A 1KY1A 1L64A 4LDOA 1L65A 1PQIA 4W58A 209LA 126LA 1CU3A 4YX7C 113LA 3FA0A 120LA 1QTHA 1P2RA 1L86A 1PQMA 1L87A 3SB6A 138LA 103LA 1T8AA 186LA 2ANXA 3CDTA 2RB0X 201LA 1OVJA 1L31A 1LGXA 1L74A 2IGCA 3HTFA 1L27A 2RBOA 249LA 253LA 2F32A 4I7MA 1L96A 1XJUA 176LA 1CTWA 3HT9A 221LA 192LA 1K28A 2O7AA 1C6AA 1QTCA 1L15A 247LA 2B73A 1L73A 197LA 1SSYA 243LA 3SB9A 3HWLA 1L07A 1QT7A 2LCBA 1G06A 3CDRA 1L35A 3RUNA 1P2LA 1L13A 1C6DA 1L56A 102LA 175LA 1P56A 1L19A 2QARC 1SX7A 2HULA 1CV1A 1L06A 1L91A 4GRVA 168LA 1P7SA 242LA 3L64A 2QB0B 1PQDA 1C6HA 1C6FA 1G1WA 1L36A 254LA 1D2WA 1L12A 166LA 226LA 1LLHA 3GUKA 3HT6A 2ANVA 114LA 1G0KA 1L02A 1L72A 4EKSA 1L79A 258LA 2OEAX 3CDQA 1L11A 1L00A 1XEPA 1OWYA 3PDSA 145LA 217LA 3HH5A 115LA 1DYFA 155LA 1LPYA 4OO9A 173LA 4ARPA 241LA 130LA 1L93A 1LYGA 1L95A 3C7ZA 229LA 1G0LA 1L39A 4DJHA 1CV0A 3DN1A 1OVHA 196LA 1L32A 3DN8A 2RAZX 2LZMA 5LZMA 1C6TA 1L44A 1L21A 4I7OA 1L71A 1P5CA 170LA 1LYDA 2F47A 3SB7A 1LWKA 1L52A 183LA 1QT6A 1L04A 2B6WA 118LA 213LA 1CV4A 212LA 1L14A 1L48A 4K5YA 3CDOA 3DN2A 4W57A 109LA 3G3WA 1QT8A 1CU5A 2A4TA 2OTYX 3DN0A 1L92A 2RBPA 1QT4A 141LA 232LA 1L40A 2B74A 2RH1A 1L57A 2OU8A 4ARJA 2CUUA 3DN3A 230LA 1L68A 1ZURA 1CV3A 1L17A 246LA 2Z6BA 3QAKA 4EKQA 1L84A 4PJZA 1LGUA 1L34A 144LA 1C6JA 3HH3A 146LA 1OYUA 3G3XA 3V2YA 1LWGA 5I14A 4DKLA 2O4WA 250LA 2B6TA 1LI3A 1L59A 1L60A 200LA 1LI6A 1G0JA 1ZYTA 1L28A 1LW9A 1SWYA 3NYAA 252LA 169LA 1CX6A 1L63A 1ZWNA 1T8FA 3FI5A 128LA 164LA 151LA 3JR6A 3L2XA 1LYEA 3SN6R 1T8GA 2B7XA 1C6BA 3HDFA 195LA 3LZMA 1C6NA 256LA 1G0GA 4PK0A 225LA 2B6YA 1LYJA 4ARQB 4W55A 189LA 2RAYX 1DYDA 1D3JA 3GUMA 131LA 227LA 158LA 1KW5A 2RB2X 3SBAA 1JTNA 4I7SA 4W52A 165LA 152LA 228LA 233LA 3OE6A 2B6XA 2RBNA 4EKPA 107LA 2OE4X 1C6KA 1L03A 150LA 255LA 4LDEA 3F8VA 205LA 108LA 1JTMA 1L26A 4GBRB 157LA 2NTGA 1KNIA 1L10A 4I7JA 4EXMA 1L81A 224LA 163LA 122LA 1LGWA 1L46A 1L82A 2L78A 2B75A 3GUJA 2OTZX 4EKRA 2F2QA 3OE9A 2OE9X 167LA 2B70A 214LA 251LA 2LC9A 237LA 1L38A 1L62A 261LA 4S0WA 1L23A 3RZEA 211LA 123LA 1L89A 1L45A 3C81A 3EMLA 3C8QA 1CV5A 1D3FA 4YXCA 3K2RA 1D2YA 1L22A 1L43A 185LA 4I7NA 3DN4A 1L47A 1P6YA 1QUDA 1L25A 248LA 215LA 222LA 1CU2A 1QSBA 1LI2A 162LA 149LA 2RBSA 156LA 1QTZA 3UONA 3HT8A 1L80A 3HTDA 160LA 1L75A 1P36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB5A 1LYIA 2DQAA 5LAGA 2Z39A 1UIBA 4WM3A 4ANRA 1QUHA 1L33A 1RJCB 4LYZA 1GB8A 4IJ4A 1WQRA 1XEIA 1IVMA 5ILCA 1BB7A 142LA 1HEMA 3WU7A 4HTQA 4E97A 3G3AB 1LSFA 2XBRA 1CX7A 4QEQA 1LHIA 1UA6Y 2MEAA 2RB1X 1L83A 1L24A 4ARMA 1T3PA 5E4PA 1DZBX 2YSSC 1DYAA 206LA 3AB6A 3NY8A 1IR8A 1UC0A 1DYCA 1JTOL 4R6CA 3GUIA 4ET8A 1QUOA 4I0CA 4B49A 2C8OA 182LA 1G0MA 5KXTA 5B07A 1GE4A 4W54A 1UUZC 1LZDA 3P64A 6LYZA 1C6GA 3QE8A 2NWDX 5KXZA 2XTHA 1YROA 1G0PA 3A6BY 1IOCA 1C6EA 1GF9A 1CJ8A 198LA 3LYZA 4Z46A 2EQLA 4IASA 1LJFA 178LA 112LA 1B5VA 2B72A 2H5ZA 1OUCA 5DLAA 3WUAA 1GB7A 1T97A 5B05A 1HFYA 1I6SA 1LPIA 1PQOA 1IOQA 1JITA 4EPIA 2B6ZA 1B5YA 1LJKA 1C6IA 4B4EA 1DI5A 1OP9B 1Z55A 3HBHA 1C62A 5KXSA 3WU8A 1G7HC 1QS9A 4WMGA 4EJ4A 219LA 1UIGA 1B2KA 3HDEA 1C6CA 1L0KA 3SBBC 188LA 1L58A 3DKEX 2DQDY 174LA 4EPFA 1DI4A 2BQMA 2OU0X 4O34A 5LIOA 235LA 2Z38A 6LZMA 1YL0X 5HLLA 3PBLA 5KKIA 3CT0A 1BGIA 4W94A 1GFHA 1C45A 1L29A 7LYZA 3AGGG 3HUAA 4WM4A 1BB6A 5APCA 2HEEA 1L53A 4C3WA 5DN4A 3C82A 4OW1A 3N9AA 2W1YA 239LA 4NHSA 1QSWA 1CV6A 1L01A 3M3UA 1EPYA 1P3NA 187LA 5B1FA 4W56A 1F6RA 3C8RA 1WVUA 148LE 262LA 1C64A 4BADA 1LSMA 1DKKA 1L41A 1LHJA 1RE2A 2AUBA 4ZEEA 1J1XY 1KY1A 1L64A 2LYMA 4LDOA 5IDDA 1PQIA 5C6LA 209LA 126LA 5LVIA 1CU3A 5KXMA 4H9EA 1GF6A 1L86A 1L87A 3CB7A 3SB6A 4H9CA 103LA 1GFRA 1T8AA 2ANXA 1XGUC 5L3IA 4KPMA 2IGCA 3HTFA 2BQDA 2RBOA 1YL1X 253LA 1L96A 5I4YA 176LA 2FYDA 2X0AA 1CJ7A 221LA 1K28A 1C6AA 1QTCA 1C08C 197LA 4LZTA 1YKZX 5AMYA 3HBEX 4YENA 1NDMC 4N5RA 1JKBA 2LCBA 1OQMA 2YBIA 1P2LA 1IOSA 2F4GA 3AZ4A 4ZIXA 3WPLA 4ETAA 1L06A 2CJLA 1AZFA 1YANA 4Z41A 5I53A 2QB0B 133LA 1L36A 254LA 226LA 1GB6A 1UICA 114LA 1LSNA 1L72A 4WG1A 1LAAA 2YBMA 1LJ4A 5KXXA 5I4WA 3PDSA 2H9KA 145LA 1LPYA 241LA 4MSTA 1LZBA 1L95A 3E3DA 1G0LA 4CFPA 1UIAA 1B7NA 3DN8A 1LZ5A 4H91A 1L21A 1GBZA 4I7OA 5J7CA 1NMMA 1L52A 5LVHA 4MCKA 4RW2A 2B6WA 154LA 4NHPA 5KXYA 2LYZA 3ATOA 212LA 1TBYA 3ULRA 1AT5A 109LA 3G3WA 3DN0A 3J6KA 1L92A 2RBPA 2W1LA 1QT4A 1JEFA 4HTKA 1GWDA 3TMWA 2YBNA 1GBXA 2BQEA 4HV2A 246LA 1DKJA 4PJZA 1VDQA 144LA 1C6JA 3EMSA 4FJRA 1IC5Y 1LWGA 3AYQA 4DKLA 2O4WA 1HEQA 2B6TA 1LI3A 1REXA 1BVKC 200LA 1ZYTA 3HBDA 3HFMY 1ZVHL 135LA 5I4XA 3FI5A 164LA 1GDWA 1JSEA 3W6BA 1T8GA 1C6BA 3HDFA 1HC0A 5FHWA 2Z12A 1MELL 1LZYA 4UWVA 5LA5A 1LYYA 4QDNA 4D9ZA 2RB2X 1JTNA 4G49A 1AM7A 1LHMA 1QDTA 5L3HA 1L03A 150LA 1JISA 4LDEA 1HEWA 205LA 2NTGA 1KNIA 4I7JA 224LA 4XYYA 134LA 3A95A 1L82A 3EBAB 3GUJA 2YBHA 3P4ZA 4ETDA 1B7RA 3TXEA 4J0LA 1L62A 1BB4A 4RW1A 1L45A 3EMLA 3C8QA 1IY4A 5LVKA 2DQJY 4DQJA 1IC7Y 1EL1A 1OUEA 1QUDA 1L25A 215LA 222LA 1QSBA 1LI2A 5HMJA 1QUTA 4WM6A 3UONA 1L80A 3HTDA 1TAYA 4WM1A 1LHHA 1KXYA 5KKJA 1NWGA 2FYCA 139LA 1JQUA 4OOOA 2BQBA 4W51A 2Z2FA 1SLYA 3RNXA 4LDLA 2MEEA 1JSFA 1L37A 2RBQA 1L49A 1IORA 1CUQA 4TTDA 1C6QA 4I7RA 2Q0MX 3AGIA 1F0WA 3C7YA 223LA 1L94A 1GB9A 4ARMB 177LA 3B72A 4H9FA 171LA 3GUPA 2ZNWY 1CKDA 4NG1A 4KL7A 4M6DA 4YOPA 153LA 3J4GA 5A3EA 3W6CA 1JTTL 4NHIA 1C67A 3CDVA 1GB0A 3RZ4A 3AW7A 1IWVA 1EQ4A 3QNGA 1L77A 140LA 2YVBA 1KW7A 110LA 1LJGA 1B9OA 4G4CA 1G07A 3C80A 3EO5A 1GXXA 1L61A 1L30A 1LJIA 3TXIA 2F30A 4XJIA 2XQOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SB5 A;  1LYI A;  2DQA A;  5LAG A;  2Z39 A;  1UIB A;  4WM3 A;  4ANR A;  1QUH A;  1L33 A;  1RJC B;  4LYZ A;  1GB8 A;  4IJ4 A;  1WQR A;  1XEI A;  1IVM A;  5ILC A;  1BB7 A;  142L A;  1HEM A;  3WU7 A;  4HTQ A;  4E97 A;  3G3A B;  1LSF A;  2XBR A;  1CX7 A;  4QEQ A;  1LHI A;  1UA6 Y;  2MEA A;  2RB1 X;  1L83 A;  1L24 A;  4ARM A;  1T3P A;  5E4P A;  1DZB X;  2YSS C;  1DYA A;  206L A;  3AB6 A;  3NY8 A;  1IR8 A;  1UC0 A;  1DYC A;  1JTO L;  4R6C A;  3GUI A;  4ET8 A;  1QUO A;  4I0C A;  4B49 A;  2C8O A;  182L A;  1G0M A;  5KXT A;  5B07 A;  1GE4 A;  4W54 A;  1UUZ C;  1LZD A;  3P64 A;  6LYZ A;  1C6G A;  3QE8 A;  2NWD X;  5KXZ A;  2XTH A;  1YRO A;  1G0P A;  3A6B Y;  1IOC A;  1C6E A;  1GF9 A;  1CJ8 A;  198L A;  3LYZ A;  4Z46 A;  2EQL A;  4IAS A;  1LJF A;  178L A;  112L A;  1B5V A;  2B72 A;  2H5Z A;  1OUC A;  5DLA A;  3WUA A;  1GB7 A;  1T97 A;  5B05 A;  1HFY A;  1I6S A;  1LPI A;  1PQO A;  1IOQ A;  1JIT A;  4EPI A;  2B6Z A;  1B5Y A;  1LJK A;  1C6I A;  4B4E A;  1DI5 A;  1OP9 B;  1Z55 A;  3HBH A;  1C62 A;  5KXS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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