1LGUA

T4 lysozyme mutant l99a/m102q
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lguA00
1L13A 3HT6A 216LA 1L61A 235LA 3DMXA 233LA 239LA 1L87A 1L63A 1QS9A 4EKQA 168LA 1KS3A 152LA 1ZYTA 3D4SA 201LA 2Z6BA 3CDTA 4AQNA 137LA 3FADA 114LA 1L71A 1OV5A 171LA 3DN2A 1L19A 1CU0A 210LA 2ANXA 1C62A 1L80A 1L62A 1L99A 1L65A 197LA 1L42A 142LA 4ARPA 1L21A 4DJHA 3HH3A 4I7SA 1L15A 228LA 1L54A 1C6JA 2A4TA 130LA 1CU5A 1C6BA 1L93A 1QT5A 3C82A 140LA 1KY0A 1L25A 1C6HA 1L09A 248LA 2B74A 2L78A 182LA 1OVHA 1L64A 1CV3A 3C8RA 261LA 1EPYA 220LA 2O4WA 3SBAA 259LA 3L2XA 3VW7A 1OV7A 1G1VA 2B6TA 4ARQA 1OWYA 2RB1X 3DN8A 1L53A 3HT8A 4W57A 2OE7X 1KY1A 3C7YA 1SX7A 1DYFA 3UONA 1L40A 1P2RA 165LA 244LA 1SWZA 1L51A 4LDOA 256LA 1L67A 1L75A 1P64A 2OU0X 119LA 3F9LA 1QSBA 2RBOA 1L50A 1L46A 3FI5A 1L24A 1QTCA 3HH5A 3HTBA 3PBLA 254LA 1LYHA 1JTMA 4ARJA 169LA 1C6MA 4EKSA 4S0WA 186LA 4I7QA 1L69A 224LA 4GRVA 4I7MA 1L96A 3NYAA 247LA 3CDVA 3C7WA 2Q9DA 1L89A 1P36A 2F47A 262LA 1L07A 1SSYA 144LA 3DMZA 1T8AA 170LA 3SBBC 206LA 4W54A 211LA 1L06A 1LYGA 2HUKA 3HUKA 3G3WA 1G0LA 1CUPA 1G06A 1L85A 1D3MA 2IGCA 1LPYA 1L0JA 166LA 3JR6A 1L14A 3HH4A 188LA 1L48A 223LA 145LA 1L18A 1L52A 129LA 2RBSA 4W58A 222LA 1L84A 3HUAA 143LA 236LA 1PQJA 1LI2A 148LE 1OVKA 4I7PA 138LA 4E97A 1L29A 3DN6A 1L0KA 3GUJA 123LA 196LA 1L27A 1L58A 245LA 1G0KA 126LA 163LA 2QARC 1SX2A 3CDOA 2LC9A 2OE9X 1G0MA 1L34A 1L35A 125LA 1LI3A 3DN1A 3NY8A 1LYDA 2RB2X 1C67A 3V2WA 162LA 2Q9EA 1D2WA 175LA 4EKRA 4LZMA 1DYDA 2RBQA 1L04A 109LA 192LA 2RBRA 1LWKA 2OEAX 1L01A 2F32A 4W55A 1L36A 4ARMB 2B6YA 1T8GA 178LA 176LA 1CVKA 1SSWA 4W51A 1L23A 172LA 1LYJA 1P7SA 1L43A 1L57A 3C80A 1QUGA 218LA 187LA 1LYEA 1L05A 1DYCA 2CUUA 3HDEA 1C6QA 232LA 108LA 249LA 3HU8A 4ARLA 6LZMA 7LZMA 1DYAA 185LA 1L91A 1I6SA 199LA 128LA 1L66A 1L95A 4YX7C 1D3FA 1L94A 160LA 1C6GA 1L20A 237LA 1PQDA 229LA 1QT4A 213LA 1C6KA 4IAPA 1C6IA 1L97A 4LDEA 1D9WA 3HWLA 1QT6A 3RUNA 4DKLA 1C68A 3C7ZA 1CX6A 1P3NA 2NTHA 1L74A 2B70A 139LA 2ANVA 4I7LA 191LA 3SB6A 234LA 1C6LA 120LA 1QS5A 1WTHA 1QT3A 1L72A 1DYEA 217LA 4ZPUA 3HUQA 4EKPA 2B6WA 4EJ4A 3K2RA 3OE9A 4LDLA 146LA 1L82A 156LA 1C6PA 1CV1A 1L41A 1L81A 3FA0A 3OE6A 3G3XA 1L03A 219LA 3SB9A 1CU6A 1L32A 3GUOA 1KW7A 1P6YA 1QTDA 1QUHA 3LZMA 253LA 4I7RA 1L49A 3PDSA 227LA 113LA 189LA 4EPFA 3QAKA 251LA 2B72A 3HT7A 3SB8A 243LA 3HH6A 1L10A 173LA 4EPIA 2QB0B 2RB0X 1CU3A 1DYBA 3HDFA 1T97A 1LGXA 141LA 1C66A 1CV0A 3EMLA 209LA 1G1WA 2NTGA 127LA 3GUIA 2OU9A 1PQIA 1C6DA 161LA 1T6HA 2OTZX 104LA 1T8FA 2B75A 1CV5A 1G0JA 1XJUA 1C6AA 1C61A 4ARMA 190LA 1L39A 2RBNA 4OO9A 3OE0A 1LYFA 102LA 1L98A 1P37A 158LA 240LA 2F2QA 1LYIA 184LA 4YXAC 1LGWA 1L88A 258LA 1D3NA 1PQOA 4PK0A 3C83A 3DN3A 1OWZA 1L08A 1KNIA 4I7OA 1L17A 115LA 3GUMA 1L11A 2B7XA 1P5CA 212LA 1CTWA 1P2LA 5LZMA 1CX7A 1LGUA 3G3VA 2O7AA 3GUKA 2B6ZA 1K28A 260LA 150LA 1P56A 1OVJA 1P46A 1XJTA 3HU9A 4I7JA 1TLAA 1QSQA 1ZURA 2OU8A 3DNAA 1L31A 118LA 112LA 1L12A 3HTGA 2RAZX 1G0PA 230LA 1L28A 3HT9A 4K5YA 1CU2A 1L68A 151LA 226LA 246LA 200LA 3GUNA 2O79A 3CDRA 1LWGA 1L00A 1B6IA 2OE4X 3DMVA 1L92A 3DKEX 1DYGA 1G07A 181LA 1CV4A 3SB5A 1L86A 250LA 1CUQA 4YXCA 4W52A 4GBRB 180LA 238LA 1PQKA 241LA 3DN0A 3SB7A 3F8VA 4I7NA 1D2YA 2RAYX 1L59A 1OYUA 1C6EA 1L33A 1C63A 225LA 177LA 3C8SA 1L70A 111LA 4I7KA 1QTZA 2RH1A 4ARQB 231LA 103LA 1L22A 2B73A 157LA 1C6TA 3HTFA 1C65A 1L16A 3GUPA 1C60A 107LA 2HULA 3NY9A 174LA 1G0GA 3RZEA 1L02A 164LA 1QTVA 1JQUA 4PJZA 167LA 1L76A 1SWYA 1C64A 1L56A 1L55A 2RBPA 1QTBA 1C6CA 255LA 1L83A 110LA 1L73A 1NHBA 1L37A 1L30A 1L60A 1LLHA 1C69A 3ODUA 1L45A 2OTYX 3SN6R 1QT8A 215LA 2B6XA 1C6NA 1L77A 183LA 3L64A 1G0QA 122LA 2LCBA 131LA 155LA 198LA 1QT7A 1JTNA 5I14A 3DN4A 1L90A 4W59A 2LZMA 1XEPA 4W56A 3V2YA 257LA 1L47A 214LA 1L38A 205LA 1QUDA 1ZWNA 149LA 2HUMA 1LI6A 4EXMA 195LA 1LW9A 1QUOA 252LA 1C6FA 3C81A 4DAJA 1CV6A 3HTDA 4I7TA 221LA 147LA 3CDQA 1L44A 1KW5A 1D3JA 3C8QA 242LA 3GULA 1L79A 1QTHA 159LA 3OE8A 1PQMA 1L26A 4W53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HT6A 4H9FA 2H9JA 3EMSA 1C46A 1L87A 1L63A 1IOSA 1QS9A 152LA 2ZWBA 4OOOA 3D4SA 201LA 3B6LA 3FADA 1IC7Y 1LZNA 1OV5A 3ATNA 1C62A 1YKZX 4HTKA 1L62A 3WU9A 197LA 1WQMA 1L42A 1L21A 1L15A 5LYMA 4KT3A 4J1BA 4OWCA 228LA 4HP0A 4J7VA 2A4TA 3C82A 1B7NA 1L25A 5B1GA 2ZQ3A 248LA 2B74A 4H9CA 133LA 4WO6A 3T36A 1L64A 261LA 2CGIA 1C43A 259LA 1AT5A 3L2XA 1IC5Y 2B6TA 3DN8A 1JKDA 1OUEA 2MEEA 1SX7A 154LA 1DYFA 4RDSA 5A3EA 5KXXA 1C08C 1L51A 1HFXA 256LA 1L67A 1L75A 4J1AA 1WQOA 3TMWA 1IOQA 4ANRA 3HH5A 3FI5A 4RLNA 4EKSA 1EQ4A 1LOZA 3N9CA 1BB5A 5II3A 1L96A 247LA 1D6QA 3KAMA 1L07A 1T8AA 4M6DA 1IWXA 1REYA 2IGCA 1L0JA 1LPYA 166LA 1L14A 188LA 5DN4A 223LA 1C7PA 1D9UA 4O34A 2EPEA 1TDYA 3RNXA 3WULA 1PQJA 1EQ5A 1B5VA 3IJVA 2LHMA 1RI8B 1LJ4A 1A4VA 1GD6A 126LA 1LJFA 1JWRA 1YL0X 1G0MA 2DKVA 1LSPA 1CKDA 125LA 3DN1A 4GN4A 3A93A 2D91A 1D2WA 175LA 1GE4A 1UIAA 4NSHA 1QTKA 1IP7A 4LGKA 1RFPA 1UA6Y 4NSGA 1L04A 109LA 2F2NA 3P4ZA 192LA 2OEAX 1L01A 3WU7A 2B6YA 4D9ZA 1JEFA 4GCFA 1CJ7A 4W51A 1BB3A 1L23A 3HBHA 3VWOA 1OUCA 5T3FA 3A3RX 3LYOA 1DI3A 187LA 4B1AA 1L05A 1DYCA 1DPWA 1REZA 3HU8A 2XTHA 2F4GA 185LA 1L91A 1I6SA 5LYZA 2HEEA 1IP5A 193LA 3GXRA 194LA 237LA 2Z37A 3BKVA 1J1OY 1QT4A 4CFOA 213LA 5KJ9A 1GE0A 1D9WA 1NDMC 3HBEX 3C7ZA 1KIRC 1P3NA 1G7LC 2MEHA 1HF4A 139LA 4I7LA 191LA 2EQLA 4P2EA 4RW1A 2YBHA 1TAYA 3LYTA 1QT3A 1LSFA 1LZ5A 1LZTA 9LYZA 4MR1A 4ZPUA 4EKPA 2B6WA 5KY1A 5M1YA 3D9AC 2DQIY 3OE9A 1VDQA 4UWNA 1L82A 1VDSA 3CT0A 1C6PA 1CV1A 1BWIA 4TSCA 1L03A 3W6BA 4XJFA 4DQJA 4BS7A 2NWDX 1AT6A 4I7RA 3A8ZA 5KXTA 1VEDA 4NGYA 3QAKA 4EPIA 1HEOA 4DDBA 3RT5X 3G3AB 4PGJB 4NFVA 3A95A 2XQOA 4N1EI 3N9AA 1T97A 141LA 5KXZA 5B07A 1FBIX 3A91A 1ALCA 127LA 2OU9A 2BLYA 1PQIA 3HFMY 5DN5A 2OTZX 2LYOA 4EMNA 1LMNA 2B75A 4Z46A 1L39A 4OO9A 1LYFA 1L98A 1NBZC 1LYIA 4YXAC 4WMGA 1D3NA 3DN3A 5EBHA 2MEDA 2BQKA 1KNIA 1LJNA 1L17A 4H9HA 115LA 1GXXA 1P5CA 212LA 1CTWA 2BPUA 1P2LA 5LZMA 1LGUA 4ETBA 4WM2A 2B6ZA 1JIYA 1P56A 1P46A 1NWGA 1YAOA 1XJTA 5HLLA 1TLAA 3K3TA 4WO9A 5IELA 118LA 4PPOA 1L12A 4HPIA 2I26L 1UIDA 1LAAA 2A7DA 230LA 3CQLA 3WUAA 4WM4A 3WVYA 1CU2A 3W6FA 151LA 4NEBA 246LA 3P66A 3TXDA 4CGEA 3AZ7A 5KKIA 2D4JA 3WUMA 1GBXA 3DKEX 3LHMA 1L86A 4CHXA 1QTEA 3TMVA 1GB7A 1LPIA 1TCYA 1C6EA 1LSBA 1C63A 1RCMA 225LA 1BB7A 2G4NA 1LSYA 4G9SA 1LZBA 1GAYA 1GXV2 111LA 4I7KA 1QTZA 4N9RA 1C6TA 3GUPA 1C60A 3NY9A 1L02A 5LVGA 4NGKA 2W1YA 1L76A 1C64A 1YAPA 2YBIA 1O23A 2YSSC 1L30A 1L60A 2Q0MX 1IWWA 4DT3A 4WLTA 2B5ZA 207LA 3ODUA 2OTYX 3SN6R 3W3EA 1HEWA 1GFAA 3WUNA 3L64A 2DQGY 4CJ2A 155LA 1V7TA 2BQBA 2A7FA 5IDDA 1QT7A 1GDXA 1L90A 4H9EA 4W56A 3V2YA 257LA 1NHEA 1IOTA 1GE3A 1H6MA 1HSWA 4WG1A 1UICA 3C81A 4DAJA 4I7TA 3CDQA 4DD1A 1L44A 3BKHA 3WW5A 1KW5A 4B4EA 2BQCA 3GULA 159LA 2I25L 1L26A 1L13A 4GN5C 5KXWA 3W6AA 1L61A 3DMXA 1MELL 2HU3A 1LMQA 1KXYA 2MEAA 4QEQA 4EKQA 168LA 1ZYTA 1ZV5L 137LA 5HNCA 1L71A 2I6ZA 171LA 1JJ3A 1IY4A 1DI4A 5FCPA 3IJUA 1UBZA 4DJHA 4IASA 5KXPA 1L54A 1GBSA 1P2CC 4WM3A 5I4WA 1QT5A 3AGHA 5FHWA 4DC4A 1LHHA 140LA 1FN5A 4G4CA 4N1CC 1OVHA 1HERA 1GFJA 5I4XA 1GF0A 1WVVA 3SBAA 1C10A 1OUFA 1B5UA 1G1VA 4ARQA 1OWYA 1OUBA 3CT5A 4XJHA 2OE7X 1F6SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HT6 A;  4H9F A;  2H9J A;  3EMS A;  1C46 A;  1L87 A;  1L63 A;  1IOS A;  1QS9 A;  152L A;  2ZWB A;  4OOO A;  3D4S A;  201L A;  3B6L A;  3FAD A;  1IC7 Y;  1LZN A;  1OV5 A;  3ATN A;  1C62 A;  1YKZ X;  4HTK A;  1L62 A;  3WU9 A;  197L A;  1WQM A;  1L42 A;  1L21 A;  1L15 A;  5LYM A;  4KT3 A;  4J1B A;  4OWC A;  228L A;  4HP0 A;  4J7V A;  2A4T A;  3C82 A;  1B7N A;  1L25 A;  5B1G A;  2ZQ3 A;  248L A;  2B74 A;  4H9C A;  133L A;  4WO6 A;  3T36 A;  1L64 A;  261L A;  2CGI A;  1C43 A;  259L A;  1AT5 A;  3L2X A;  1IC5 Y;  2B6T A;  3DN8 A;  1JKD A;  1OUE A;  2MEE A;  1SX7 A;  154L A;  1DYF A;  4RDS A;  5A3E A;  5KXX A;  1C08 C;  1L51 A;  1HFX A;  256L A;  1L67 A;  1L75 A;  4J1A A;  1WQO A;  3TMW A;  1IOQ A;  4ANR A;  3HH5 A;  3FI5 A;  4RLN A;  4EKS A;  1EQ4 A;  1LOZ A;  3N9C A;  1BB5 A;  5II3 A;  1L96 A;  247L A;  1D6Q A;  3KAM A;  1L07 A;  1T8A A;  4M6D A;  1IWX A;  1REY A;  2IGC A;  1L0J A;  1LPY A;  166L A;  1L14 A;  188L A;  5DN4 A;  223L A;  1C7P A;  1D9U A;  4O34 A;  2EPE A;  1TDY A;  3RNX A;  3WUL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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