1LI2A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by phenol
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li2A00
2OU0X 4ARQA 4OO9A 4EPIA 2RBOA 243LA 1CU2A 145LA 1DYEA 184LA 4W54A 1C6MA 3DN1A 3D4SA 1QUDA 1QS9A 1L46A 2B75A 1L00A 1L84A 126LA 218LA 1CU3A 1L33A 3G3VA 1KS3A 234LA 107LA 1P37A 1P56A 3SBBC 2RB0X 181LA 1G0PA 2RAZX 4ZPUA 1L03A 1L43A 1C6HA 3HDEA 3HDFA 1DYBA 3FA0A 1C6GA 2B6TA 115LA 1L91A 201LA 1PQKA 1LYGA 2LC9A 3GULA 1QTDA 3DMVA 3GUOA 1CUPA 2ANVA 3HH6A 139LA 1G1VA 1C6JA 1LPYA 200LA 258LA 1P7SA 1L77A 3GUJA 137LA 2OTZX 1QT8A 4EPFA 2RAYX 3HT7A 246LA 4LDEA 3NY9A 2OEAX 183LA 1PQDA 231LA 4S0WA 1T8GA 1C62A 119LA 1D2YA 251LA 3HH5A 3ODUA 1CX7A 163LA 1L95A 1QSQA 2NTHA 3HUAA 1QT5A 4YXAC 1P46A 1T6HA 3HTDA 1L65A 260LA 1SX7A 6LZMA 4ARLA 1C65A 3GUKA 3GUIA 3HU9A 1C6BA 206LA 1T8FA 1OYUA 118LA 146LA 1L50A 171LA 1L74A 1G0KA 188LA 3FADA 4PK0A 4W52A 237LA 3NYAA 1KNIA 1QTHA 2RH1A 4W53A 1T97A 1L90A 142LA 1KY1A 3DN3A 1C6LA 110LA 2L78A 3GUPA 175LA 2RBRA 131LA 152LA 1L28A 4DAJA 4YX7C 102LA 1LW9A 230LA 248LA 3GUMA 4W56A 1QTBA 1C6TA 138LA 1SWYA 1T8AA 3HT8A 1L89A 1CUQA 236LA 2LZMA 211LA 235LA 1L04A 2OE4X 4DJHA 1CTWA 155LA 1C6FA 1L63A 3RZEA 1C6AA 1L15A 3C7WA 3DN6A 4W57A 1L59A 169LA 1C64A 1L49A 1C61A 103LA 3GUNA 1L75A 1L10A 1L29A 2B6YA 2B6XA 1P36A 1G1WA 1QUHA 1QT3A 1L42A 1QS5A 1JQUA 3C7YA 3HTBA 1OVJA 2LCBA 170LA 257LA 3C83A 161LA 1SSWA 4GBRB 3L64A 114LA 151LA 4I7KA 1L30A 1G0QA 1LYJA 109LA 3HT6A 1TLAA 144LA 1XJTA 1CV6A 1PQMA 112LA 1OVHA 190LA 254LA 166LA 4ARPA 186LA 2O7AA 222LA 3CDTA 1G0JA 3C7ZA 1C6DA 4W55A 1L69A 1G06A 1L97A 2OTYX 3V2YA 1LYHA 3HTGA 4ARJA 1L16A 1L17A 262LA 1L51A 213LA 3CDRA 2Q9DA 1CVKA 3DNAA 185LA 1L36A 4EKQA 2RB1X 111LA 1KW5A 1KY0A 192LA 1DYAA 2B70A 1L76A 3G3XA 1OV5A 1L70A 233LA 2RB2X 2QB0B 4I7NA 108LA 1LGUA 239LA 1C68A 157LA 1L85A 3CDOA 4K5YA 1DYCA 1LWGA 3L2XA 2RBPA 1L54A 1C67A 1P2LA 4PJZA 1LI2A 3C81A 1LYFA 212LA 1CV1A 3PDSA 120LA 191LA 1XJUA 2Q9EA 1L55A 1C69A 1L26A 3SBAA 1L05A 1C60A 1L37A 4ARMB 2HUKA 3HTFA 1L72A 4I7SA 2CUUA 4W58A 1QTVA 129LA 2RBNA 160LA 3EMLA 3UONA 3SB9A 1L99A 1C66A 1L34A 2RBQA 242LA 3DMZA 3OE8A 123LA 225LA 174LA 127LA 1L88A 2HUMA 1L08A 1D3MA 255LA 2O4WA 244LA 3DKEX 232LA 1C6EA 259LA 104LA 210LA 229LA 3F8VA 1SWZA 159LA 2RBSA 3PBLA 1P6YA 5LZMA 2B6ZA 238LA 3HUKA 227LA 1K28A 5I14A 1QUOA 1L12A 140LA 1L18A 1LI3A 1L19A 1G07A 2OU9A 3C8RA 1LGWA 4IAPA 178LA 3HU8A 4ARMA 1L35A 1L58A 1L82A 1QTZA 3FI5A 1CV3A 165LA 4GRVA 4W59A 4YXCA 4E97A 2F2QA 4I7OA 1L13A 4I7TA 156LA 4I7RA 1G0MA 1LGXA 1L44A 1OVKA 1CV4A 3RUNA 1L21A 1L98A 1L66A 1LLHA 2B74A 1LYEA 252LA 4AQNA 3OE6A 1L52A 4I7QA 3HWLA 1LYIA 1PQOA 3NY8A 182LA 2Z6BA 1QT7A 223LA 1QT4A 1L57A 2HULA 130LA 1CV0A 158LA 189LA 1CU5A 1C63A 3DN8A 3DN4A 125LA 1L79A 1C6IA 1L27A 3C8QA 2B72A 1L24A 2F32A 1LI6A 1PQJA 1L60A 2OE9X 3DN2A 224LA 4I7JA 1C6CA 1QTCA 1L96A 205LA 1D9WA 1L93A 168LA 217LA 4EKRA 172LA 226LA 3SB7A 1XEPA 219LA 1OWYA 4LDLA 3HH4A 1ZWNA 4LDOA 1L32A 2A4TA 1L80A 209LA 253LA 1DYFA 3CDQA 197LA 247LA 1L53A 1P2RA 3G3WA 147LA 4LZMA 1SSYA 240LA 3C82A 1DYDA 249LA 1L38A 4EJ4A 177LA 1L68A 1D3JA 3HH3A 1L71A 1OWZA 3VW7A 2NTGA 1L07A 2OE7X 4EKPA 1B6IA 3DN0A 2IGCA 1L39A 1CV5A 1D2WA 1L41A 7LZMA 3JR6A 143LA 1L64A 1L40A 1ZYTA 113LA 1LWKA 176LA 150LA 1D3NA 1L31A 1OV7A 3OE9A 1QT6A 3SB6A 199LA 1ZURA 3OE0A 1L86A 2O79A 228LA 3LZMA 187LA 196LA 1P64A 1JTMA 216LA 1QUGA 4EXMA 3F9LA 1L81A 3C8SA 3SN6R 1LYDA 1C6KA 1QSBA 1SX2A 3CDVA 3SB8A 1PQIA 1NHBA 1L56A 149LA 241LA 1L01A 3QAKA 1L67A 1L48A 4I7MA 250LA 1CX6A 2ANXA 1L0KA 1L61A 1P5CA 2OU8A 245LA 1L83A 164LA 1C6NA 180LA 1L94A 3HUQA 3DMXA 1L25A 1G0GA 256LA 162LA 1JTNA 3HT9A 2QARC 1CU6A 1L09A 2B7XA 1L73A 4I7PA 1G0LA 1L87A 1L47A 1L92A 4ARQB 173LA 3SB5A 1L23A 215LA 1L20A 261LA 2B6WA 128LA 1L06A 1CU0A 1L22A 1DYGA 1C6QA 1P3NA 2F47A 1L11A 1L0JA 198LA 220LA 3K2RA 4W51A 221LA 1L02A 1EPYA 1KW7A 1L62A 1L45A 3C80A 3V2WA 4EKSA 4DKLA 195LA 122LA 1WTHA 4I7LA 1L14A 1C6PA 148LE 141LA 1I6SA 167LA 214LA 1D3FA 2B73A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OU0X 2BQAA 243LA 2YVBA 1DYEA 4W54A 3DN1A 3D4SA 1QUDA 3OJPA 1LHMA 1B0DA 1L00A 5KXTA 4DYGA 1LSZA 1CU3A 107LA 1LHHA 1P56A 2RB0X 1OUFA 4ZPUA 1L03A 1IWTA 1C6GA 3TXIA 1B7PA 2PC2A 5IHGA 115LA 1D9UA 3TMUA 1PQKA 3IWRA 1JIYA 6LYTA 1UIFA 1AT5A 4UWVA 3A91A 3W6EA 2RAYX 3WVYA 4LDEA 3NY9A 1GFHA 2CDSA 1GEVA 4LYTA 5KXMA 4MSTA 1D2YA 4GCFA 4A7DA 163LA 1L95A 1QSQA 3HUAA 1QT5A 1GB5A 3ZVQA 3HTDA 3LHMA 1SX7A 4ARLA 1NBZC 1T8FA 2LYZA 118LA 1L74A 4PK0A 3FADA 237LA 4HPIA 3NYAA 142LA 5T3FA 3GUPA 175LA 152LA 2HU3A 1GFRA 1LW9A 4B4JA 1QTBA 6LYZA 2HU1A 1B5WA 1NKHA 3WXUA 1LSAA 4GLVA 1F0WA 5DN5A 4KPMA 2X0AA 1LZRA 3RZEA 1L15A 1OUAA 169LA 1WVVA 4XJHA 1ZMYL 4LZTA 2FYCA 3C7YA 1JQUA 5B07A 1UIDA 170LA 257LA 1LZ8A 3C83A 161LA 4GBRB 151LA 4I7KA 3WW5A 1L30A 109LA 1IVMA 144LA 4ANRA 3GXKA 1IC5Y 2LZ2A 222LA 1YAQA 3TXDA 1G0JA 4NGIA 3GXRA 1GPQC 4HTNA 4X3BA 262LA 1L51A 3CDRA 4GCCA 1CKGA 3W3EA 2RB1X 1HFXA 2B70A 1LSEA 5DM9A 2D4KA 4L41A 5LA5A 233LA 2RB2X 4I7NA 3J4GA 3CDOA 1GE1A 4K5YA 1DYCA 1LWGA 3L2XA 5C6JA 4LFXA 4J1BA 132LA 4ML7A 4PJZA 1LJJA 212LA 1CV1A 3PDSA 5J7CA 1C69A 2EQLA 1GFUA 3SBAA 1L05A 1C60A 1RI8B 1LZTA 4NHIA 4ARMB 1L72A 4I7SA 3WH1A 1EQ5A 1UIEA 2YBIA 4BAPA 5I4XA 1C66A 1GD6A 2W1YA 123LA 5KXLA 4W96A 174LA 3B0IA 1L88A 2HUMA 1G7IC 4WM2A 4II8A 4J7VA 1C6EA 104LA 3F8VA 2RBSA 159LA 2FBDA 1P6YA 2D4IA 238LA 1CJ8A 3A8ZA 1IR8A 2Z12A 1L12A 1L18A 1L19A 2OU9A 178LA 3HU8A 1BGIA 1LSCA 1QTZA 3FI5A 1CV3A 4GRVA 4WM6A 2C8OA 1QUTA 1LCNA 1L66A 3WPLA 4AQNA 3WVXA 2W1XA 1LTMA 182LA 2YBMA 1QT7A 1LHIA 133LA 1JSEA 3AYQA 158LA 3B6LA 1OUCA 4LGKA 1LSPA 1CU5A 4DC4A 5B1FA 5L3IA 4DD7A 4OWEA 1PQJA 4PPOA 1LZ9A 4OWHA 1D9WA 168LA 217LA 3P66A 4H9BA 3SB7A 2Z39A 1LZNA 1WTNA 3HH4A 4LDOA 2A4TA 3A3RX 1L80A 4J0LA 253LA 1BVXA 4HPEA 2BQEA 247LA 1JJ3A 2MEAA 1LZBA 1CNSA 3AW7A 4LZMA 1GB8A 240LA 1DYDA 1LMQA 249LA 1D3JA 2DQFC 3VW7A 9LYZA 4N9RA 1REXA 4WO9A 1WVUA 3A93A 3DN0A 1VDQA 1CJ6A 1GBZA 3IJUA 1LPIA 1L41A 1B5VA 7LZMA 1LMPA 4H1PA 4B4IA 5APCA 1WQOA 176LA 1ALCA 1L31A 1BB7A 5I54A 199LA 2O79A 3CT0A 1P64A 3FE0A 1QUGA 4EXMA 1HSXA 1XGTC 5KXKA 4WL7A 1O23A 1SX2A 3SB8A 1N4FA 1CKHA 1HFZA 5LVGA 3LYZA 5AMYA 154LA 1LMCA 1LJFA 3WPKA 2ZNWY 3EXDA 3P64A 4NWHA 1IP6A 180LA 3TXFA 3QNGA 1L25A 5KKIA 162LA 1HEWA 4E3UA 1G7LC 1G0LA 173LA 1E8LA 2ZYPA 1GEZA 1L06A 1GHLA 1GBWA 1L11A 1A2YC 2BQCA 5C6LA 198LA 3D3DA 2HUBA 1IC4Y 193LA 3V2WA 4EKSA 1GB7A 1GWDA 1FN5A 4I7LA 148LE 4I0CA 1I6SA 2Z38A 3A92A 3AGIA 4Z46A 4ARQA 2D91A 4EPIA 3N9AA 1YL0X 7LYZA 2I6ZA 5F9XA 1LJNA 4N5RA 1LJEA 2B75A 3W6FA 1L84A 1JKCA 1KXXA 4DD2A 1HNLA 3SBBC 2RAZX 1EQEA 1L43A 1C6HA 2Q0MX 3FA0A 5LINA 4YF2A 5LYTA 1JSFA 3WYHA 4NSGA 2HTXA 1QTDA 3GUOA 3E3DA 1FKQA 3HH6A 139LA 1V7SA 1G1VA 200LA 1C7PA 1P7SA 3LZTA 1EQ4A 3ATNA 4EPFA 207LA 3HT7A 4S0WA 183LA 1B5UA 251LA 1GF0A 1JPOA 3HH5A 5APFA 2NTHA 4H91A 1P46A 1L65A 260LA 3K3TA 5KXXA 3GUKA 1WTMA 3GUIA 3ZEKA 1IWYA 1C43A 1OYUA 3N9EA 5KXSA 3LYTA 4RLMA 1YIKA 171LA 2BQOA 1G0KA 188LA 1TBYA 4WM1A 2RH1A 1P2CC 4W53A 1T97A 4LT1A 1A4VA 4CGEA 110LA 2L78A 1JITA 4DD9A 131LA 1L28A 1VAUA 4ETAA 153LA 248LA 2C8PA 3WU8A 1GXXA 2ZWBA 1T8AA 3HT8A 2Z2EA 235LA 4RW2A 4DD1A 1L04A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OU0 X;  2BQA A;  243L A;  2YVB A;  1DYE A;  4W54 A;  3DN1 A;  3D4S A;  1QUD A;  3OJP A;  1LHM A;  1B0D A;  1L00 A;  5KXT A;  4DYG A;  1LSZ A;  1CU3 A;  107L A;  1LHH A;  1P56 A;  2RB0 X;  1OUF A;  4ZPU A;  1L03 A;  1IWT A;  1C6G A;  3TXI A;  1B7P A;  2PC2 A;  5IHG A;  115L A;  1D9U A;  3TMU A;  1PQK A;  3IWR A;  1JIY A;  6LYT A;  1UIF A;  1AT5 A;  4UWV A;  3A91 A;  3W6E A;  2RAY X;  3WVY A;  4LDE A;  3NY9 A;  1GFH A;  2CDS A;  1GEV A;  4LYT A;  5KXM A;  4MST A;  1D2Y A;  4GCF A;  4A7D A;  163L A;  1L95 A;  1QSQ A;  3HUA A;  1QT5 A;  1GB5 A;  3ZVQ A;  3HTD A;  3LHM A;  1SX7 A;  4ARL A;  1NBZ C;  1T8F A;  2LYZ A;  118L A;  1L74 A;  4PK0 A;  3FAD A;  237L A;  4HPI A;  3NYA A;  142L A;  5T3F A;  3GUP A;  175L A;  152L A;  2HU3 A;  1GFR A;  1LW9 A;  4B4J A;  1QTB A;  6LYZ A;  2HU1 A;  1B5W A;  1NKH A;  3WXU A;  1LSA A;  4GLV A;  1F0W A;  5DN5 A;  4KPM A;  2X0A A;  1LZR A;  3RZE A;  1L15 A;  1OUA A;  169L A;  1WVV A;  4XJH A;  1ZMY L;  4LZT A;  2FYC A;  3C7Y A;  1JQU A;  5B07 A;  1UID A;  170L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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