1LI3A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 3-chlorophenol
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li3A00
1G0KA 7LZMA 146LA 1C63A 1D3FA 170LA 1L25A 259LA 3HTBA 4ARPA 2RB0X 2F47A 1CU3A 200LA 1LI2A 1C6JA 205LA 3DMVA 1L64A 3C8RA 4LDEA 223LA 4LDLA 4ARQA 1CV0A 232LA 2Q9EA 1L56A 3G3WA 4ARMA 1DYAA 152LA 225LA 1LW9A 181LA 211LA 148LE 210LA 4W51A 189LA 1L44A 2RH1A 3CDRA 3V2WA 1EPYA 4ARJA 2RBNA 3VW7A 1C61A 3FI5A 1KW7A 130LA 4EKQA 1L32A 1T8FA 3UONA 1C6PA 3G3VA 1QS5A 1I6SA 1QUHA 218LA 4LZMA 1XEPA 1LLHA 3QAKA 142LA 234LA 3SB9A 3PBLA 2B6TA 2B6WA 3C81A 6LZMA 1QTHA 4YX7C 1KS3A 216LA 1WTHA 1L81A 1T8AA 1L42A 1C6QA 3DNAA 1L48A 1SSYA 1DYDA 123LA 226LA 3FA0A 157LA 3G3XA 1L02A 3HT8A 243LA 1C64A 1L0KA 3SB8A 1CX6A 3C8QA 1L24A 4AQNA 1L68A 1C60A 1L83A 1L15A 1L47A 1QTZA 165LA 227LA 3HH6A 1PQIA 1QT6A 3DKEX 147LA 2RB1X 1L34A 240LA 1L75A 4I7KA 1C6EA 213LA 169LA 1QT7A 138LA 1LYHA 1CU5A 2LCBA 163LA 108LA 1QUOA 1LI6A 144LA 1QT8A 3GUJA 3GUNA 145LA 1L31A 254LA 3DN4A 3HH5A 1C6NA 1P56A 2B6ZA 258LA 4W58A 1CU2A 1C6CA 131LA 3JR6A 3DN1A 129LA 1ZWNA 1G0MA 3GUOA 1CVKA 1P2LA 1CUQA 1LGWA 3DN8A 1CV6A 187LA 1CV1A 122LA 4ARLA 3NY9A 1L65A 1P3NA 1L69A 235LA 2RAYX 1DYGA 4I7PA 1JTNA 3HT6A 1C6HA 251LA 221LA 3GUKA 2HULA 1C65A 1L94A 2OE4X 4I7SA 1QTVA 1CX7A 1KW5A 238LA 1SX7A 1L30A 1P46A 1QTDA 4EJ4A 4EPIA 4PK0A 1L07A 2RBQA 1LYGA 247LA 1B6IA 1L97A 1LGXA 4EPFA 185LA 3F9LA 115LA 1L51A 261LA 1D2YA 188LA 1C6IA 1P36A 1QTBA 1L08A 1LPYA 1OVJA 167LA 3SBAA 2O7AA 4DJHA 4EKPA 230LA 1PQOA 1QUDA 3CDOA 3HDFA 192LA 2RBPA 4W59A 3SBBC 217LA 3C80A 1L21A 1G1WA 241LA 2Z6BA 255LA 214LA 4EKSA 119LA 143LA 1L41A 3HUQA 3FADA 4YXAC 1L79A 4I7QA 1L66A 172LA 1C6AA 1LYEA 1L19A 1XJTA 161LA 3C7WA 1P2RA 177LA 3HTGA 3DN2A 2HUMA 4GRVA 1C6GA 1C6BA 3F8VA 3GUIA 4K5YA 5I14A 1L33A 1P64A 183LA 1CV4A 239LA 1L29A 4IAPA 155LA 3C82A 4W57A 113LA 1L13A 171LA 112LA 3C7YA 1G07A 1L20A 1L71A 3CDTA 1T8GA 1L93A 1L87A 215LA 3SB5A 1L10A 1L86A 107LA 1T6HA 110LA 1L55A 3NYAA 2B70A 1L26A 1C6LA 1CV3A 2B74A 2OE7X 4I7NA 4DKLA 1L89A 1CV5A 114LA 2LZMA 1C6TA 4E97A 125LA 219LA 1L70A 4YXCA 1L58A 104LA 2NTGA 236LA 1OWYA 1L62A 2RBRA 1L16A 1L14A 229LA 2B72A 182LA 1L27A 2OEAX 2RBSA 149LA 176LA 3C7ZA 175LA 2F32A 197LA 4ZPUA 1OV7A 139LA 173LA 1L54A 1OV5A 198LA 1JTMA 1KY0A 1SSWA 1L45A 262LA 252LA 3NY8A 1L49A 260LA 156LA 3HH3A 1KNIA 228LA 1L63A 2F2QA 2O4WA 3HH4A 141LA 2OU0X 3OE8A 178LA 159LA 237LA 1QUGA 1L46A 2CUUA 3DMXA 1L59A 1L85A 3HTDA 249LA 1SX2A 1QSQA 1L91A 3SB6A 1L73A 3L2XA 4I7RA 1CU0A 1QT5A 3DN3A 1C6MA 3C8SA 3PDSA 245LA 184LA 1DYCA 1L98A 1L38A 1P7SA 151LA 1JQUA 4W53A 162LA 1L57A 1L28A 3HUAA 1L88A 2OTZX 1P37A 2RBOA 2O79A 1SWYA 3HUKA 3SN6R 1G0QA 1G06A 1L77A 1DYFA 1C67A 3GUPA 1L01A 1DYEA 1L96A 120LA 3HTFA 2RB2X 209LA 1LYDA 1PQKA 4I7OA 128LA 4W55A 1L67A 2OU8A 3DMZA 1G0JA 4ARMB 3OE6A 1L52A 1L92A 2A4TA 4W56A 3L64A 195LA 196LA 201LA 1P5CA 1L74A 2NTHA 1PQDA 1CUPA 3CDQA 1PQMA 160LA 4I7MA 1DYBA 4I7TA 1C6DA 1L95A 3D4SA 2IGCA 190LA 1G0GA 2Q9DA 1ZYTA 1C69A 1L84A 2OU9A 1T97A 1LYFA 1C6KA 3OE0A 257LA 164LA 140LA 127LA 2ANVA 1L00A 1D2WA 1C66A 4OO9A 1QSBA 150LA 1TLAA 2B75A 126LA 168LA 1L80A 5LZMA 2B7XA 3CDVA 2B73A 1L11A 1PQJA 2QARC 1L23A 2OTYX 253LA 1CU6A 1L04A 1L90A 1OVHA 1OVKA 1OWZA 4W52A 1LYIA 1OYUA 1L09A 222LA 1XJUA 4PJZA 1D3MA 1L53A 1ZURA 1D3NA 1NHBA 1L05A 1L03A 2ANXA 4S0WA 244LA 1CTWA 1L99A 1L17A 1QS9A 224LA 1QTCA 231LA 3EMLA 2RAZX 3OE9A 3HU8A 1G0LA 1D3JA 158LA 1C68A 2HUKA 4EKRA 3HT9A 3K2RA 103LA 1L35A 2B6XA 3DN6A 1L60A 1LYJA 212LA 1L76A 4I7LA 3HDEA 2QB0B 3V2YA 4I7JA 166LA 2LC9A 118LA 246LA 3HT7A 206LA 3RZEA 1K28A 1L72A 111LA 3HU9A 220LA 1G1VA 1G0PA 1L82A 174LA 3SB7A 1QT3A 3ODUA 1C6FA 1L22A 242LA 1LGUA 137LA 1KY1A 1QT4A 3GULA 233LA 1LWGA 3DN0A 4LDOA 3C83A 3GUMA 186LA 180LA 1L50A 102LA 1LWKA 1L18A 3LZMA 4DAJA 1L40A 1L43A 199LA 1L61A 256LA 2OE9X 191LA 1L12A 1SWZA 1L36A 2B6YA 1L37A 109LA 1L39A 4W54A 1P6YA 1L0JA 1D9WA 248LA 3RUNA 3HWLA 4EXMA 2L78A 1L06A 1LI3A 250LA 1C62A 4ARQB 4GBRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLTA 146LA 4KT3A 4OOOA 1IVMA 4DD3A 170LA 2AUBA 2F47A 4LDEA 1C6JA 4LDLA 4HJYA 1DYAA 4OOTA 152LA 1RFPA 3IJVA 1XGRC 211LA 210LA 3WW6A 189LA 1L44A 2RH1A 1HF4A 3CDRA 3M3UA 1VDSA 3VW7A 1C61A 3FI5A 1KW7A 3TXBA 5E9RA 130LA 2H9JA 4NG8A 4EKQA 1JHLA 1L32A 4H9IA 1CKGA 1NBZC 1BB3A 1VDTA 4YEMA 1I6SA 5KXLA 1QUHA 4H9EA 1LLHA 142LA 2ZQ3A 6LZMA 1T8AA 2ZIJA 1L48A 1DYDA 123LA 1UACY 1B7PA 4DD7A 1LCNA 1GWDA 1IWXA 2Z19A 1BB5A 1L0KA 1B5WA 1LHLA 4ZFPA 1HMLA 1L24A 1HHLA 4ET8A 4YENA 1DI3A 1AM7A 1L15A 165LA 3EO5A 1J1XY 1N4FA 2DQFC 1D9UA 1QSWA 4I7KA 1C6EA 169LA 1QT7A 1LYHA 163LA 4NGZA 1L31A 1LZ4A 5L3IA 1C6NA 2B6ZA 3HBDA 4WM6A 5FSTA 1B9OA 1F0WA 3NY9A 3LYOA 1OUJA 2XJWA 4I7PA 3HT6A 4DC4A 2DQGY 1L94A 4BAFA 1H6MA 3A67Y 1L30A 1LSNA 4EJ4A 4PK0A 1HERA 1C10A 4B4IA 1LYGA 4DQJA 3F9LA 1AT5A 115LA 5ILFA 1L51A 1LZ1A 3W6DA 5DN4A 1LPYA 1VDQA 4NHQA 3A34A 2O7AA 4EKPA 5LAFA 1PQOA 1QUDA 4LGKA 3HBHA 1YAPA 4W59A 3AZ4A 1UCOA 3WH1A 3C80A 1IY4A 1GD6A 2Z6BA 214LA 1LYOA 154LA 3FADA 2WARA 172LA 2DQIY 161LA 1F6SA 5LYTA 3BKHA 1GB0A 3B0IA 1CKHA 1LSCA 1C6GA 3GUIA 239LA 3P68A 4KXIA 1L29A 4IAPA 3C82A 1YROA 4HTKA 5D5CA 1IWTA 4N9RA 5T3FA 2CDSA 3P65A 1T8GA 1L93A 3TXEA 132LA 1W08A 4IJ4A 1MELL 215LA 1C46A 3D9AC 107LA 4WLYA 4C3WA 4ETCA 3NYAA 2W1LA 2ZYCA 2B70A 1OUIA 1GF0A 2OE7X 4DKLA 1ZVYB 114LA 4M6DA 2LZMA 1QQYA 1MLCE 4QGZA 1GB2A 104LA 1B2KA 4XJIA 3WL2A 236LA 1OWYA 1GFRA 1L14A 1GFJA 4N0JA 5APEA 182LA 1L27A 1TAYA 149LA 3M18B 1FLQA 173LA 1QIOA 5LVIA 1GAZA 1GE0A 1NWGA 3NY8A 1CJ8A 228LA 5APFA 1VFBC 237LA 1B5XA 1YILA 1EL1A 2LYZA 249LA 2NWDX 4I7RA 1D6QA 1DPWA 3KAMA 1JTOL 245LA 1GFGA 1LZ9A 1LJKA 1GXV2 3CSQA 5C6LA 151LA 1P37A 1CNSA 3SN6R 1G0QA 3HFMY 1G06A 3ATOA 1L01A 2LZTA 3GUPA 1DYEA 4NHTA 3TXGA 1LYDA 1L67A 1VAUA 5LXWA 1GB9A 1FLWA 1DI4A 1L52A 1L92A 2A4TA 4W56A 1B5ZA 3L64A 195LA 4H93A 1AKIA 201LA 6LYTA 4H9AA 2A7DA 1UICA 1LTMA 2YBNA 160LA 1T3PA 5FDJA 1IP5A 2IGCA 1YAMA 1G0GA 3A3QA 4NGLA 1LZSA 4YF2A 2OU9A 2W1YA 5FELA 1V7TA 1LHJA 3EMSA 1DZBX 2MEHA 1BB4A 3LHMA 5LZMA 2B7XA 1B0DA 1GF8A 3CDVA 2B73A 1GFEA 3AGHA 3N9CA 4WO6A 2BQLA 3WXTA 1LZTA 1LYIA 3EXDA 3BKVA 1L09A 222LA 2HECA 4EOFA 4LYMA 1L03A 2I6ZA 3P64A 1QS9A 1WTNA 194LA 1IP6A 1LZ8A 2RAZX 4WM5A 2MEGA 1D3JA 2HUKA 4EKRA 3HT9A 5KJ9A 1L35A 1L60A 1LYJA 1L76A 4NWHA 2BQAA 3CT5A 4I7JA 3W6AA 4LYBA 1GB6A 4B0DA 5B1GA 153LA 5I4WA 3QY4A 1UA6Y 1TEWA 1G7LC 3ATNA 2DQDY 3WW5A 1L82A 174LA 1XGTC 4HV1A 2BQEA 3F6ZA 3A95A 5KXRA 3AW7A 242LA 1DKJA 1QDTA 1REZA 5AMYA 1CKCA 1QT4A 1LYSA 4TSBA 1LZYA 1RI8B 2H9KA 3GUMA 186LA 1LWKA 1WQOA 3A96A 1GAYA 1L43A 4WM3A 2OE9X 1L12A 1SWZA 1FN5A 1L36A 1IR8A 1HFYA 2HU3A 2B6YA 1GB3A 109LA 1LJJA 4H9FA 2H5ZA 5L9JA 1L0JA 248LA 4R6CA 3RUNA 3HWLA 250LA 1HC0A 1C63A 1L25A 3CSRA 259LA 2RB0X 205LA 1LI2A 1L64A 2D91A 2MEBA 2Q9EA 1UIAA 1JITA 225LA 1LW9A 4LYZA 4J7VA 1EPYA 4GCEA 5HQ1A 4NEBA 1GF6A 4WO9A 4ZIXA 1YQVY 3WPJA 1T8FA 2B5ZA 1C6PA 1JKCA 3G3VA 1REYA 1JKAA 1FLYA 218LA 5E4PA 4LZMA 2DQCY 3QAKA 2HEAA 1IOSA 1XGUC 3PBLA 3TXFA 5B06A 4YX7C 1I20A 1L42A 3FA0A 4NGYA 2FBDA 1L02A 1GFUA 2G4PA 1CX6A 1FKVA 2DQJY 3C8QA 1XSFA 5L3HA 1B7RA 1CKDA 4I8SA 4I0CA 1L83A 1QTZA 1WQNA 2BQHA 3AZ7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WLT A;  146L A;  4KT3 A;  4OOO A;  1IVM A;  4DD3 A;  170L A;  2AUB A;  2F47 A;  4LDE A;  1C6J A;  4LDL A;  4HJY A;  1DYA A;  4OOT A;  152L A;  1RFP A;  3IJV A;  1XGR C;  211L A;  210L A;  3WW6 A;  189L A;  1L44 A;  2RH1 A;  1HF4 A;  3CDR A;  3M3U A;  1VDS A;  3VW7 A;  1C61 A;  3FI5 A;  1KW7 A;  3TXB A;  5E9R A;  130L A;  2H9J A;  4NG8 A;  4EKQ A;  1JHL A;  1L32 A;  4H9I A;  1CKG A;  1NBZ C;  1BB3 A;  1VDT A;  4YEM A;  1I6S A;  5KXL A;  1QUH A;  4H9E A;  1LLH A;  142L A;  2ZQ3 A;  6LZM A;  1T8A A;  2ZIJ A;  1L48 A;  1DYD A;  123L A;  1UAC Y;  1B7P A;  4DD7 A;  1LCN A;  1GWD A;  1IWX A;  2Z19 A;  1BB5 A;  1L0K A;  1B5W A;  1LHL A;  4ZFP A;  1HML A;  1L24 A;  1HHL A;  4ET8 A;  4YEN A;  1DI3 A;  1AM7 A;  1L15 A;  165L A;  3EO5 A;  1J1X Y;  1N4F A;  2DQF C;  1D9U A;  1QSW A;  4I7K A;  1C6E A;  169L A;  1QT7 A;  1LYH A;  163L A;  4NGZ A;  1L31 A;  1LZ4 A;  5L3I A;  1C6N A;  2B6Z A;  3HBD A;  4WM6 A;  5FST A;  1B9O A;  1F0W A;  3NY9 A;  3LYO A;  1OUJ A;  2XJW A;  4I7P A;  3HT6 A;  4DC4 A;  2DQG Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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