1LI3A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 3-chlorophenol
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li3A00
216LA 1D2WA 1L85A 7LZMA 4ARMB 1L40A 4I7TA 3CDRA 1L73A 2F32A 112LA 4PJZA 4DAJA 1DYGA 1C6MA 1SX7A 122LA 169LA 138LA 4LDOA 3V2WA 232LA 1QSBA 4PK0A 2B74A 184LA 3DN4A 1I6SA 1L79A 2B70A 1L00A 1L96A 4DJHA 1C6LA 214LA 1PQKA 1QTCA 115LA 125LA 1CX7A 1C68A 1L46A 3EMLA 1P46A 205LA 1L28A 1DYCA 1CUPA 1G06A 1L47A 4I7LA 1L37A 111LA 1KW5A 1C6GA 237LA 2OEAX 1L08A 1L17A 1P7SA 1CV4A 1OYUA 107LA 1LYHA 217LA 3HT8A 186LA 1P2LA 3L2XA 1P3NA 3SB5A 1T8GA 1QT6A 1L68A 1OVHA 1LLHA 4YXCA 1G1WA 1OV7A 151LA 1L89A 2RBSA 102LA 1L23A 1LYJA 176LA 253LA 3OE8A 2OTYX 1L05A 1L95A 137LA 1L99A 3SBBC 4DKLA 192LA 1CX6A 1L09A 1XEPA 3RUNA 4K5YA 1L65A 109LA 2LZMA 152LA 206LA 1L69A 239LA 3HT6A 129LA 251LA 1SSWA 3HDFA 1QTVA 1QUDA 1KY1A 1C6FA 4EXMA 246LA 1ZWNA 233LA 1C6KA 1CV1A 1QT3A 3CDOA 1CTWA 1L10A 210LA 190LA 1PQDA 198LA 3F9LA 1C67A 2B6TA 128LA 3SBAA 141LA 254LA 2B6ZA 3C8RA 4W52A 2Q9DA 4W53A 3DN0A 2OTZX 1OWZA 2Q9EA 118LA 1CV5A 2ANXA 1P64A 1DYAA 2F2QA 1KNIA 1L20A 1L67A 3RZEA 3JR6A 147LA 157LA 244LA 199LA 2B6YA 3GUMA 127LA 3G3WA 1L26A 2O7AA 4I7JA 1L03A 1CU2A 1L48A 1G0JA 3SB9A 104LA 188LA 1L87A 144LA 1P36A 3HUKA 4I7QA 2RB2X 4EKRA 1C66A 180LA 2O4WA 224LA 4W55A 1ZURA 3HTBA 1C6EA 1L44A 252LA 1CU0A 181LA 1L32A 3C83A 1DYEA 1PQOA 4EKSA 1WTHA 1D3FA 3F8VA 160LA 2HULA 1L29A 1C64A 4W59A 1CU3A 1L14A 1L0JA 2QARC 3DMZA 1L64A 1G0GA 3C8QA 2RAZX 182LA 1L19A 1SSYA 3HUQA 4YX7C 3HH4A 1T6HA 159LA 1C62A 1LI2A 168LA 1L25A 1L58A 1L98A 231LA 3CDQA 4ZPUA 3C80A 1QT5A 243LA 2LC9A 213LA 211LA 187LA 222LA 1LYEA 3C7ZA 170LA 1CV0A 3FI5A 3NY8A 1L52A 260LA 1L76A 2HUKA 155LA 1C6AA 6LZMA 2RAYX 1L24A 230LA 3NY9A 4ARQB 1C61A 1P37A 225LA 234LA 2RBOA 1L91A 3GUOA 3HWLA 2QB0B 177LA 191LA 1TLAA 1C6JA 1JQUA 2RBPA 3C7YA 145LA 4EJ4A 1L83A 123LA 2B7XA 1L35A 183LA 3PBLA 3LZMA 163LA 1L06A 1L60A 1LYGA 1B6IA 255LA 1L34A 2O79A 1OWYA 1DYFA 1L59A 1L18A 126LA 1JTMA 1CV6A 1C6NA 1D3MA 4ARJA 1QSQA 1L02A 1P56A 2RB0X 1L0KA 1JTNA 3OE9A 1OVJA 189LA 1G07A 1L12A 1LPYA 3FADA 3HTGA 1L70A 1L80A 1LI6A 247LA 2OU8A 2IGCA 3GUIA 1L92A 1QT4A 1SX2A 114LA 1L86A 1LWKA 171LA 3SB7A 4YXAC 4S0WA 1SWYA 3HU8A 1DYBA 201LA 1L33A 1C60A 5I14A 1L82A 1L22A 1LYDA 1L16A 1C65A 1G0MA 4AQNA 4EKQA 2LCBA 1L30A 1KW7A 108LA 2RBNA 4W57A 1L61A 1QTDA 2B73A 1L62A 1L55A 1LGXA 1L27A 1P6YA 1T8FA 3HH6A 167LA 1L04A 1QS9A 2B6XA 158LA 1L71A 1L74A 166LA 4OO9A 1L51A 161LA 173LA 1L54A 2NTGA 226LA 249LA 4ARPA 1CV3A 240LA 2F47A 4W58A 1NHBA 220LA 1PQMA 5LZMA 3CDVA 4E97A 1G0PA 4I7KA 3DNAA 3DN6A 148LE 1D9WA 1CVKA 4EPIA 3OE6A 1L45A 1L53A 4EKPA 1L63A 178LA 1G0KA 2OE9X 1LW9A 3GUPA 143LA 2RBQA 2RB1X 1G0QA 1OV5A 4I7SA 140LA 221LA 3CDTA 3VW7A 3GULA 3G3XA 4W56A 4EPFA 4I7PA 4ARLA 1LWGA 1C6QA 3C8SA 2B6WA 200LA 1C6HA 1QT8A 1L39A 2CUUA 1L41A 164LA 4ARQA 1C6DA 2RBRA 3UONA 1EPYA 1C6IA 1L07A 215LA 2L78A 119LA 1L50A 2A4TA 1KS3A 120LA 3OE0A 165LA 1QUGA 257LA 1PQJA 248LA 1OVKA 1XJTA 1C6PA 142LA 1QTHA 149LA 227LA 3K2RA 1ZYTA 3DN3A 1XJUA 3NYAA 3HUAA 3HTDA 3SN6R 1KY0A 4W54A 1LYIA 1G0LA 1L97A 1C6BA 4I7MA 3ODUA 4I7OA 1LGUA 1L72A 110LA 1QUOA 2HUMA 218LA 1C6CA 3SB8A 1L84A 250LA 3DN2A 1L42A 4GRVA 195LA 103LA 1D3JA 3HU9A 197LA 1CUQA 3FA0A 3DN1A 1L57A 2B72A 3HDEA 241LA 3V2YA 1L66A 3HTFA 185LA 139LA 1L38A 1P2RA 3DKEX 262LA 2ANVA 1L77A 2Z6BA 3HH3A 1G1VA 156LA 1L49A 1L11A 1SWZA 174LA 3C81A 229LA 1L36A 1D3NA 1QTZA 1L13A 146LA 1C69A 4LZMA 1LGWA 4LDEA 261LA 4LDLA 2OU9A 2OE7X 130LA 1L15A 3DMVA 256LA 228LA 1L94A 242LA 4GBRB 4I7NA 4W51A 3HT7A 1L75A 209LA 1T97A 3L64A 1P5CA 3QAKA 4IAPA 235LA 150LA 3C82A 1L88A 1K28A 1L56A 3HT9A 219LA 1PQIA 258LA 2RH1A 131LA 1T8AA 3DMXA 1DYDA 1L43A 1LI3A 212LA 259LA 3GUJA 2OE4X 1QS5A 1C6TA 3G3VA 3D4SA 1QTBA 236LA 1L31A 1CU5A 172LA 196LA 162LA 1L93A 1QUHA 1L21A 3DN8A 3HH5A 1QT7A 2B75A 223LA 2NTHA 1C63A 3PDSA 113LA 238LA 1LYFA 1D2YA 4ARMA 2OU0X 3GUKA 3C7WA 1L90A 245LA 3SB6A 1CU6A 1L81A 4I7RA 175LA 3GUNA 1L01A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KAMA 1IX0A 4B1AA 1DKJA 3CDRA 5ILCA 5B1FA 112LA 4GCBA 4ETAA 4CGEA 8LYZA 169LA 232LA 4PK0A 184LA 1L79A 1LZ6A 1QUSA 4N1EI 4G49A 1JTTL 3B0KA 1QTCA 125LA 1C68A 4DYGA 208LA 4YEOA 205LA 4DD7A 1FLUA 1CUPA 5B06A 237LA 4C5FA 1L17A 1OYUA 1LYHA 2WARA 1UIDA 4GLAA 1G1WA 3A90A 1OV7A 3LZ2A 9LYZA 1WQRA 2G4PA 2RBSA 102LA 1L23A 2Q0MX 4LYMA 253LA 1OUIA 3WPLA 1L95A 3A91A 1BB6A 4ZIXA 1B0DA 4B4IA 4QY9A 1LZCA 2MEAA 2D6BA 1L65A 1JUGA 206LA 129LA 1QTVA 4GN5C 1FLYA 246LA 1LHMA 1CV1A 1QT3A 1L10A 210LA 2ZWBA 3F6ZA 1FN5A 2CGIA 3F9LA 1B7NA 1TEWA 2MEFA 1JSFA 4D9ZA 3CT5A 141LA 1B5ZA 4DWXA 3TXDA 1GE3A 1LCNA 4NGOA 4W53A 118LA 1JTPL 1CV5A 1P64A 153LA 1JITA 4TSCA 3A6CY 127LA 1L26A 4I7JA 4WG1A 1LSZA 104LA 1C7PA 3AW7A 1OUCA 1P36A 135LA 4NGVA 4HSFA 3TMUA 3TXJA 2O4WA 3HTBA 2HEEA 3W3EA 1I56A 3QNGA 1LPIA 252LA 1L32A 2BQHA 2BQEA 1MLCE 2HULA 1L29A 1L0JA 1L14A 3DMZA 1G0GA 2W1YA 1L19A 1SSYA 3GXKA 3HUQA 4RLMA 1C62A 3K3TA 1L58A 3CDQA 5KXSA 1OUAA 2LC9A 187LA 2C8OA 3FI5A 1LZ1A 260LA 3RW8A 3NY9A 1C61A 2RBOA 2ZNWY 2QB0B 5KXXA 191LA 1TLAA 1BGIA 1IWYA 3B0OA 1JQUA 1OUDA 145LA 3IJUA 4N9RA 2DQJY 1L83A 4YENA 1BWHA 1AM7A 2B7XA 1L35A 4XJBA 5D5CA 183LA 1JKAA 1GAZA 4TUNA 4NSGA 1IP5A 3RT5X 1IP1A 1L60A 1IP4A 5F14A 1IP2A 1B7LA 4N1CC 1L34A 1GFJA 1LZGA 1OWYA 4XJHA 1C6NA 1QSQA 2RB0X 2BQFA 4XJDA 3ZEKA 1LMQA 4WM3A 3HTGA 1B5XA 1L70A 2G4QA 247LA 2OU8A 2Z19A 2I6ZA 4NHQA 114LA 2DQIY 2MEBA 1L86A 1LWKA 171LA 2HECA 3N9CA 3WUMA 3SB7A 4YXAC 3HU8A 1L82A 2Z38A 1L16A 3W6DA 1JIYA 1YKZX 4NSIA 1DPWA 5LAFA 5LINA 2ZNXY 4W57A 1LSFA 1L55A 4P2EA 1LHLA 4ETEA 3WL2A 1OUJA 1T8FA 1IC5Y 3P64A 1LZ5A 1L74A 1NHEA 1XGUC 3P68A 4Z41A 1LSEA 3TMVA 1TBYA 2ZQ3A 1B5WA 5T3FA 4DD1A 2YBIA 2XJWA 4EPIA 1FKQA 3AW6A 1L45A 1L53A 1XGPC 178LA 1DQJC 1G0KA 1D6QA 1D6PA 5APDA 1B7MA 3ZVQB 1B5VA 4I0CA 2RB1X 3W6BA 1NQIA 3B6LA 3VW7A 3G3XA 4ARLA 1LHJA 4EOFA 2B6WA 1GDWA 200LA 2GV0A 4WM4A 5LVHA 4NEBA 1XEKA 4NGIA 1EPYA 1C6IA 5II3A 4DD9A 1B7QA 1KS3A 4H92A 1C45A 1QSWA 1PQJA 1QDTA 1D9UA 1C6PA 142LA 227LA 5LVIA 4HJVA 3SN6R 1GE4A 1LJIA 1HF4A 2MEIA 3ODUA 4I7OA 4WMGA 4YF2A 3T36A 4LYBA 1I1ZA 1RE2A 1CUQA 4NG1A 3DN1A 3HDEA 3W6CA 241LA 5KXLA 1DPXA 139LA 1CJ8A 3WULA 1G1VA 156LA 1IP6A 3C81A 1AZFA 2PC2A 4DQJA 1D3NA 1IC7Y 4YOPA 5E9RA 4LDLA 1LSBA 3G3AB 1IY3A 4XJGA 3A93A 228LA 4HJYA 1GAYA 209LA 3L64A 3TMWA 3QAKA 134LA 235LA 150LA 1IOCA 1C46A 3TMXA 1NBYC 3HT9A 219LA 1PQIA 2HU3A 131LA 1ZMYL 3CT0A 1T8AA 1LI3A 259LA 3GUJA 2OE4X 1GHLA 1GB8A 1QS5A 3D4SA 4WM6A 5APEA 1LTMA 1L31A 172LA 1QUHA 2CJLA 3N9AA 1LZNA 1XGTC 3HH5A 4H94A 2F4AA 238LA 1XGRC 5FELA 5I4YA 3A3QA 3A67Y 4DD2A 1GF6A 4HJZA 3WXUA 4ARMA 3GUKA 1IVMA 245LA 1ZVYB 1CU6A 4WOAA 216LA 3M18B 3HBHA 4WLDA 4WM1A 7LZMA 4I7TA 1B5YA 2BQKA 4Z98A 1L73A 2F32A 3QE8A 4PJZA 1W6ZA 3AZ7A 2YBHA 122LA 2BQLA 2Z18A 138LA 1V7TA 4LDOA 1QSBA 1GE2A 3DN4A 4FJRA 1L00A 1PQKA 3SP3A 5KXWA 1L28A 1DYCA 4CHXA 1G06A 1IOTA 4ET9A 111LA 1L08A 1LZDA 1F6SA 1P2LA 4RW2A 1P3NA 4RW1A 3SB5A 151LA 1IP3A 2BQGA 1HEWA 176LA 2OTYX 5L3IA 5LYTA 1L05A 5DM9A 1UIFA 3SBBC 1LZRA 4BAFA 4K5YA 1LYSA 109LA 1JISA 1L69A 4LFXA 1YROA 251LA 3HT6A 1BWIA 3RU5A 2DQFC 1C6KA 4H9IA 1CTWA 2RSCA 1FLQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KAM A;  1IX0 A;  4B1A A;  1DKJ A;  3CDR A;  5ILC A;  5B1F A;  112L A;  4GCB A;  4ETA A;  4CGE A;  8LYZ A;  169L A;  232L A;  4PK0 A;  184L A;  1L79 A;  1LZ6 A;  1QUS A;  4N1E I;  4G49 A;  1JTT L;  3B0K A;  1QTC A;  125L A;  1C68 A;  4DYG A;  208L A;  4YEO A;  205L A;  4DD7 A;  1FLU A;  1CUP A;  5B06 A;  237L A;  4C5F A;  1L17 A;  1OYU A;  1LYH A;  2WAR A;  1UID A;  4GLA A;  1G1W A;  3A90 A;  1OV7 A;  3LZ2 A;  9LYZ A;  1WQR A;  2G4P A;  2RBS A;  102L A;  1L23 A;  2Q0M X;  4LYM A;  253L A;  1OUI A;  3WPL A;  1L95 A;  3A91 A;  1BB6 A;  4ZIX A;  1B0D A;  4B4I A;  4QY9 A;  1LZC A;  2MEA A;  2D6B A;  1L65 A;  1JUG A;  206L A;  129L A;  1QTV A;  4GN5 C;  1FLY A;  246L A;  1LHM A;  1CV1 A;  1QT3 A;  1L10 A;  210L A;  2ZWB A;  3F6Z A;  1FN5 A;  2CGI A;  3F9L A;  1B7N A;  1TEW A;  2MEF A;  1JSF A;  4D9Z A;  3CT5 A;  141L A;  1B5Z A;  4DWX A;  3TXD A;  1GE3 A;  1LCN A;  4NGO A;  4W53 A;  118L A;  1JTP L;  1CV5 A;  1P64 A;  153L A;  1JIT A;  4TSC A;  3A6C Y;  127L A;  1L26 A;  4I7J A;  4WG1 A;  1LSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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