1LI6A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 5-methylpyrrole
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li6A00
2HULA 3DN0A 182LA 1P46A 1CV1A 156LA 1L93A 249LA 1T97A 209LA 1L94A 1C6NA 149LA 1C67A 2RBPA 3GUJA 1L21A 1L03A 229LA 1G06A 1L92A 161LA 143LA 1D2YA 201LA 3V2YA 3HDEA 3NYAA 1L40A 1G0GA 222LA 1P56A 4W52A 1KY0A 4W53A 2LC9A 2Z6BA 1P5CA 1L52A 1PQOA 3HT7A 1L87A 1L54A 1OVHA 1QT7A 4ARMB 1SSWA 1L16A 1L71A 1L49A 3SN6R 113LA 234LA 122LA 1PQJA 184LA 3C83A 3OE8A 3GUNA 159LA 3C8RA 1DYBA 1JTMA 2QB0B 180LA 3SB6A 1L20A 4LDLA 146LA 1LGXA 2HUMA 3RZEA 3HT9A 1L72A 1DYDA 4K5YA 215LA 1G1VA 185LA 4EJ4A 1XJTA 1QTHA 1L88A 2RB0X 4W51A 1L15A 4ARLA 214LA 148LE 2OE7X 3C8SA 3DMVA 3CDVA 5LZMA 3HH4A 190LA 120LA 138LA 3G3XA 3PDSA 1PQKA 1LYJA 1QSQA 248LA 4DAJA 4S0WA 1L63A 3HT6A 1G0PA 256LA 2OTZX 157LA 1L55A 119LA 1DYFA 231LA 1L29A 2ANVA 252LA 169LA 3HTDA 1P37A 3C7WA 4AQNA 1L28A 1L74A 1CUPA 3UONA 3F8VA 1L66A 4ARQB 1L95A 2ANXA 1SX7A 1C6EA 228LA 189LA 102LA 1L50A 4I7TA 3V2WA 1L0JA 3SBAA 251LA 1C6BA 158LA 1L86A 1JQUA 187LA 3SB7A 177LA 1QT4A 4LDEA 4I7KA 186LA 1CTWA 1L73A 3D4SA 1L53A 2RBOA 1L44A 1KY1A 126LA 1LPYA 196LA 2OTYX 1KS3A 210LA 1LI2A 3FI5A 233LA 1L62A 1KW7A 260LA 1L24A 1L42A 4GBRB 216LA 1L31A 1QUDA 3L2XA 1LYHA 2RB2X 243LA 1CU3A 3K2RA 3GUIA 1L85A 1L90A 3DNAA 4DJHA 1TLAA 1L46A 1L37A 1CV3A 1L09A 4PJZA 232LA 1L76A 1G0LA 3HH6A 2B6ZA 217LA 4LZMA 3DN2A 1CU2A 1G07A 1QTDA 1L22A 3FA0A 3HUKA 111LA 1D3JA 4EPFA 1C6IA 1QS5A 3DN6A 1C6TA 1L57A 200LA 3GULA 1G1WA 1OWYA 1XJUA 3HT8A 171LA 1L0KA 206LA 1C64A 1SWZA 4I7RA 110LA 1SSYA 3CDRA 1KW5A 1ZWNA 1C61A 155LA 3FADA 1LI3A 1LI6A 1KNIA 236LA 168LA 1C6PA 1L82A 1QSBA 1DYCA 1C6DA 258LA 1EPYA 103LA 1L79A 4DKLA 1CVKA 1G0JA 3DN4A 1L01A 1L51A 2OU0X 1QUGA 1C6KA 3RUNA 1G0QA 1C68A 2B70A 2LZMA 1C62A 1L08A 164LA 2CUUA 1L97A 1P64A 3HTGA 1QT5A 195LA 162LA 1L41A 3LZMA 246LA 3SB8A 1G0MA 2QARC 1PQDA 2OU8A 1OV7A 109LA 104LA 3DN3A 4W55A 5I14A 4I7NA 1L77A 242LA 2RAYX 4E97A 1C60A 192LA 227LA 3C7YA 1QT6A 1L84A 4I7SA 1OVKA 1L00A 2RBNA 1CV5A 1L13A 1P6YA 3OE6A 1LLHA 4W58A 221LA 3JR6A 3HU8A 150LA 1G0KA 1L27A 3GUKA 1ZYTA 139LA 1D2WA 1C6JA 1L39A 1L07A 1L05A 3GUMA 3HU9A 176LA 1CU0A 1OV5A 253LA 4GRVA 3VW7A 1QS9A 3DN8A 3OE0A 3CDQA 2O79A 1L43A 2RB1X 1SX2A 1NHBA 4PK0A 2B72A 213LA 2OE4X 1C63A 114LA 1L04A 1T8AA 1C6GA 1CU5A 2OU9A 1QTCA 4IAPA 1D3FA 1P3NA 2Q9DA 108LA 1SWYA 174LA 1D9WA 1DYAA 1L99A 1OWZA 244LA 3OE9A 137LA 4EKQA 167LA 1CX6A 1CV6A 191LA 166LA 220LA 4W54A 140LA 1L02A 2B6XA 250LA 3CDTA 2F2QA 1L32A 3GUPA 1L19A 3DKEX 2LCBA 212LA 129LA 1B6IA 1LYEA 1C6CA 199LA 197LA 178LA 188LA 3C81A 1T8FA 1L70A 1T8GA 3DN1A 3DMXA 1CUQA 1C6QA 1L59A 219LA 1PQIA 1L11A 1T6HA 4EKPA 6LZMA 4I7LA 151LA 230LA 2IGCA 1D3MA 107LA 4LDOA 1L89A 3SBBC 2RBSA 3ODUA 235LA 1L65A 123LA 2O4WA 1K28A 1L83A 2NTGA 240LA 1L68A 255LA 1LYGA 152LA 4W57A 1JTNA 1P2RA 3HTBA 2B6WA 239LA 2L78A 3SB5A 165LA 1P7SA 1L36A 144LA 1L12A 4EKRA 3PBLA 2RBQA 115LA 1L75A 1L81A 4I7MA 4EKSA 1LWKA 2OEAX 3G3WA 1L64A 1L35A 247LA 241LA 2B7XA 1L17A 3C8QA 172LA 1C6MA 1P36A 259LA 1QT3A 2NTHA 1L34A 1WTHA 225LA 238LA 254LA 3HTFA 4YX7C 4ARPA 1CX7A 3C80A 3HUAA 237LA 4OO9A 160LA 112LA 3HWLA 226LA 1L23A 3QAKA 1C69A 3HDFA 1L67A 125LA 1DYGA 1QTZA 3SB9A 1L48A 1OYUA 1C6LA 1L25A 2OE9X 3EMLA 1ZURA 1L06A 4YXAC 224LA 1P2LA 257LA 4I7JA 7LZMA 1L33A 1LYFA 3G3VA 4W59A 4ARMA 261LA 2A4TA 198LA 262LA 1QUHA 3L64A 1QUOA 1LW9A 170LA 3NY9A 131LA 2B73A 2HUKA 175LA 1C6FA 4ZPUA 211LA 1LGUA 1QT8A 130LA 1L96A 1L26A 2B74A 3CDOA 2F32A 2RBRA 1L45A 1CU6A 1LYDA 173LA 127LA 1CV4A 1I6SA 142LA 3HH3A 1L58A 1QTBA 4YXCA 1OVJA 1C6AA 1L56A 181LA 4I7OA 1C6HA 218LA 3HH5A 1L91A 223LA 2F47A 3GUOA 1L69A 1LWGA 1QTVA 3NY8A 1L38A 147LA 1L80A 118LA 1PQMA 1C65A 2Q9EA 3HUQA 245LA 1L47A 2B6YA 1C66A 1L61A 183LA 1L10A 1L30A 3F9LA 2B75A 1D3NA 4I7QA 4ARQA 1DYEA 2O7AA 4EPIA 4EXMA 1L60A 1L14A 1L98A 1L18A 3C82A 145LA 128LA 2RAZX 163LA 205LA 1CV0A 141LA 1LYIA 1XEPA 4I7PA 3DMZA 2RH1A 3C7ZA 4W56A 1LGWA 4ARJA 2B6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMCA 1HFXA 156LA 1JHLA 209LA 3A95A 1HFZA 1IP1A 2BQDA 229LA 1G06A 1L92A 4N5RA 207LA 1L40A 1P56A 5DN4A 1P5CA 1GB2A 3W6AA 4WG7A 1GXXA 2XBSA 4U3XB 2FBBA 1L54A 1OVHA 1LJ3A 1SSWA 3SN6R 113LA 4NGVA 1LZSA 2MECA 4UWUA 3OE8A 3GUNA 1DYBA 1A2YC 2QB0B 4AXTA 5LINA 3SB6A 1B9OA 4NGIA 146LA 5ILCA 1LMNA 3TXKA 2HUMA 3RZEA 3HT9A 4PRUA 5LYMA 4HV1A 1L72A 1DYDA 215LA 1IOSA 1G1VA 1G7IC 2RB0X 4XJDA 1L15A 1LAAA 4ANRA 148LE 1G7LC 3HH4A 190LA 1BGIA 3K3TA 1PQKA 3KAMA 1LYJA 5I4WA 4WM3A 1L63A 1LZNA 256LA 1GEVA 1L55A 2Z38A 3WW5A 4Z46A 4H8XA 1H87A 1LZAA 1LSCA 2F2NA 4GN5C 2ANVA 1F6RA 169LA 2C8PA 5HMVA 2BQMA 4XADA 2ZNWY 3QNGA 1L66A 4ARQB 3TXBA 1GF7A 1JUGA 1JWRA 2F4AA 193LA 3WULA 1LHHA 1L86A 187LA 177LA 5APEA 4X3BA 1IWXA 1QT4A 5D5CA 3ZVQB 2FYCA 2I6ZA 1KS3A 4C5FA 2A7DA 4YOPA 4GBRB 3L2XA 243LA 1CU3A 1RI8B 1ZV5L 4B4EA 9LYZA 1L90A 3DNAA 1LCNA 1L46A 1J1PY 4OWHA 4WMGA 232LA 1VDPA 1G0LA 3HH6A 4LZMA 1CJ7A 2XJWA 2DQDY 4NEBA 5DM9A 4ZEEA 111LA 1D3JA 1GFHA 4EPFA 1C6IA 4B4IA 1OUEA 1L57A 4R0FA 1DKKA 1OWYA 3HT8A 171LA 1C64A 1SWZA 5LVJA 1GF4A 1GWDA 3G3AB 4G49A 1ZWNA 1C61A 155LA 3CT0A 4W94A 1LYZA 1L82A 1IWWA 1EPYA 1XEKA 3CSQA 1PS5A 2ZQ3A 1L51A 1QUGA 1T6VL 4CGEA 1G0QA 1HSWA 1C68A 1LHLA 1I56A 3IJVA 5DL9A 3HTGA 3W6FA 195LA 1D6QA 162LA 1LSPA 3TXDA 1L41A 246LA 3SB8A 2DQJY 4OW1A 4IASA 4QGZA 2D91A 104LA 1B7OA 242LA 4D9ZA 1VAUA 1L00A 2RBNA 1CV5A 4J0LA 3OK0A 1EL1A 1LLHA 1JJ3A 6LYZA 2IHLA 1WQPA 4LFXA 221LA 4RW1A 3JR6A 1OUAA 4DQJA 139LA 1D2WA 1JPOA 4RLNA 1IP2A 1CU0A 3WXUA 1LZCA 2BQAA 4DDAA 3DN8A 4BS7A 5KXWA 3WL2A 1L43A 1W6ZA 4LZTA 4NY5A 1NHBA 2FYDA 1YAQA 4GLAA 2OE4X 3LYZA 2HU3A 114LA 1T8AA 3CT1A 2OU9A 1GFEA 1IORA 1P3NA 1SWYA 4I8SA 3MGWA 4ET8A 4OWBA 1OWZA 2D4IA 3TMUA 1CV6A 191LA 4W54A 4CHXA 140LA 1L02A 2F2QA 3GUPA 3DKEX 2LCBA 1C6CA 2LZ2A 188LA 3AZ5A 4N8ZA 3DMXA 1CUQA 1L59A 3A96A 3WU8A 5KXOA 6LZMA 1LHKA 1LSMA 1LHJA 1GFKA 2FBDA 2YBHA 123LA 5LYTA 1K28A 4R6CA 2NTGA 2EIZC 1IC7Y 1LYGA 4DC4A 1P2RA 1FBIX 3HTBA 2L78A 3WUAA 1L12A 3PBLA 3TMWA 4II8A 1L35A 241LA 3C8QA 1C6MA 1P36A 3GXKA 5T3FA 5KXMA 2WARA 225LA 238LA 2Z12A 3HTFA 4YX7C 4ARPA 1FLWA 1LHIA 1HF4A 237LA 2CJLA 4PRQA 5B1FA 3HDFA 1XGPC 3EMSA 125LA 1LZYA 1L48A 3B0OA 4MR1A 1L25A 1I20A 1L06A 4YEOA 224LA 7LZMA 4I7JA 2MEEA 4YF2A 1VDSA 3AW7A 135LA 1B7PA 198LA 1QUHA 3L64A 1LW9A 170LA 1IOQA 3NY9A 5LA8A 1Z55A 4ETBA 1WQNA 211LA 1FLQA 1NHEA 1LGUA 4H94A 1L45A 127LA 2BQNA 1WQMA 3LN2A 3LZ2A 3HH3A 1C6AA 4OWEA 1C6HA 218LA 4LT2A 2G4QA 223LA 3GUOA 3NY8A 1VATA 1WQRA 2LZTA 1C65A 1GPQC 1GBSA 2Z37A 4WLYA 1LHMA 1GHLA 1C66A 1L10A 5II3A 1PZYA 4ARQA 1L60A 1L18A 4ETCA 1IWYA 1CNSA 1CV0A 3VWOA 1LYIA 1XEPA 4I7PA 4PJ2C 3DMZA 2RH1A 1LGWA 2B6TA 1FN5A 1P46A 4FDYA 249LA 1T97A 4GCDA 1C10A 3ATOA 3ZVQA 1C6NA 3GUJA 3CB7A 4LYMA 4NGZA 161LA 201LA 3V2YA 3LZTA 3TMXA 1G0GA 222LA 4W52A 1KY0A 2ZYPA 2Z6BA 1UIDA 4HPEA 1L52A 1RCMA 4RLMA 1BB5A 3AZ7A 1GF5A 3E3DA 1UIGA 4N9RA 184LA 5LAFA 3C83A 4ETDA 3D3DA 180LA 4NIJA 3TMVA 1A4VA 3WXTA 4DD1A 2VB1A 3WVYA 1BB7A 1LSFA 1XJTA 4WM4A 4DYGA 5D5FA 1JKDA 1HMLA 3CDVA 1BVXA 1XGRC 4LYTA 3G3XA 3PDSA 5JENB 4WOAA 4KPMA 1G0PA 3P66A 1GB7A 4WM1A 2OTZX 1REMA 2YVBA 3TXHA 1LZ5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMC A;  1HFX A;  156L A;  1JHL A;  209L A;  3A95 A;  1HFZ A;  1IP1 A;  2BQD A;  229L A;  1G06 A;  1L92 A;  4N5R A;  207L A;  1L40 A;  1P56 A;  5DN4 A;  1P5C A;  1GB2 A;  3W6A A;  4WG7 A;  1GXX A;  2XBS A;  4U3X B;  2FBB A;  1L54 A;  1OVH A;  1LJ3 A;  1SSW A;  3SN6 R;  113L A;  4NGV A;  1LZS A;  2MEC A;  4UWU A;  3OE8 A;  3GUN A;  1DYB A;  1A2Y C;  2QB0 B;  4AXT A;  5LIN A;  3SB6 A;  1B9O A;  4NGI A;  146L A;  5ILC A;  1LMN A;  3TXK A;  2HUM A;  3RZE A;  3HT9 A;  4PRU A;  5LYM A;  4HV1 A;  1L72 A;  1DYD A;  215L A;  1IOS A;  1G1V A;  1G7I C;  2RB0 X;  4XJD A;  1L15 A;  1LAA A;  4ANR A;  148L E;  1G7L C;  3HH4 A;  190L A;  1BGI A;  3K3T A;  1PQK A;  3KAM A;  1LYJ A;  5I4W A;  4WM3 A;  1L63 A;  1LZN A;  256L A;  1GEV A;  1L55 A;  2Z38 A;  3WW5 A;  4Z46 A;  4H8X A;  1H87 A;  1LZA A;  1LSC A;  2F2N A;  4GN5 C;  2ANV A;  1F6R A;  169L A;  2C8P A;  5HMV A;  2BQM A;  4XAD A;  2ZNW Y;  3QNG A;  1L66 A;  4ARQ B;  3TXB A;  1GF7 A;  1JUG A;  1JWR A;  2F4A A;  193L A;  3WUL A;  1LHH A;  1L86 A;  187L A; 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