1LJFA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence of 10% sucrose
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljfA00
1ZVHL 2C8OA 5HMJA 1UBZA 1LCNA 2BLYA 1GPQC 1QTEA 4LT1A 5LVHA 4H93A 1QDRA 5APCA 1EL1A 1HFYA 1IOSA 7LYZA 5KXRA 4FDYA 3WYHA 3LYMA 1NQIA 4XJHA 1J1OY 5I4YA 2LYMA 5K7OA 4DD0A 4IATA 1GB6A 1DZBX 1D0MA 2YDGA 3T6UA 4Z41A 3AZ6A 1LZNA 4N1CC 1DKJA 1HF4A 2ZWBA 3EBAB 1GFKA 9LYZA 1D9UA 3A92A 3WULA 1B7MA 4XJFA 1DPXA 3J4GA 3WU9A 4J1AA 1LZ1A 1RE2A 2CGIA 2MEHA 4WO6A 2Z37A 4WL6A 2LZTA 1LSEA 3QY4A 3CSRA 1XEIA 1GB9A 1OUBA 1UIHA 1REMA 1LHKA 2HUBA 2F4GA 4H9IA 3WL2A 5I4WA 4WL7A 2Z19A 4DT3A 3E3DA 3QNGA 1UA6Y 1YL1X 4WG1A 3HFMY 3ATNA 1LYYA 1LZDA 5F16A 1XFPL 1YKZX 2YVBA 4NSHA 2W1MA 4C5FA 3BKVA 1JUGA 5HLLA 1YIKA 5FSTA 5E4PA 2A7DA 1VAUA 1LJHA 1B9OA 4NGZA 4PRUA 5ILCA 3A95A 1GBOA 1GE4A 1LZAA 2WARA 4H9AA 1T6VL 3J6KA 4H8YA 4IASA 5FDJA 1DKKA 1GXV2 2LYOA 2W1YA 4TSBA 4TTDA 5LVJA 1BWIA 1GB7A 1QUSA 4GLVA 4N1EI 4HV1A 1LHHA 2XTHA 4H9BA 4NGVA 3AZ5A 4RW2A 4LYBA 2IHLA 1LSPA 2VB1A 4GN5C 2XJWA 1FBIX 1TEWA 3G3BB 3EO5A 5C6LA 1OUJA 5B1GA 4ETAA 1H6MA 1LZBA 1MLCE 4GCEA 1IEEA 2BQNA 1LMQA 5KXYA 1CJ8A 4LYCA 1HMLA 4ZIXA 4B4JA 1FKQA 3A6CY 5KXLA 4HTNA 1YAPA 1SQ2L 1LSYA 4MR1A 1PS5A 4H91A 1B7PA 2D4JA 3AW7A 1LZ9A 1YKYX 2DQGY 1D0LA 4LT3A 3WW5A 4WMGA 1GE3A 2BQOA 3AYQA 3W6BA 4DD9A 5DM9A 3AGIA 3TXDA 1AT5A 4N9RA 1B5VA 4NGOA 3W3EA 1IP2A 4R0FA 1OUGA 1NMMA 1YROA 4P2EA 134LA 2BQCA 2LHMA 4NSGA 5LVIA 1ZVYB 4ET9A 5LYMA 1GFRA 1BVKC 1UIAA 2YBHA 3KAMA 5HMVA 3LYZA 3W6FA 5F81A 1I56A 5DN5A 4DD1A 4CGEA 2G4QA 4MCKA 1QUTA 2A7FA 1G7IC 1W6ZA 4NGKA 4UWVA 4H9HA 1E8LA 1FLUA 3ULRA 4GCDA 1HELA 1WQOA 1WQQA 4OWEA 2AUBA 1IX0A 4WM5A 1NWGA 2H5ZA 3HBHA 5D5FA 4QY9A 2FBBA 1ZMYL 4DD7A 1BGIA 4NWEA 3AJNA 5LYZA 1KIPC 2DQDY 1LHIA 1FN5A 3AZ4A 2C8PA 3G3AB 1C08C 1LMPA 4XN6A 1OUCA 4ETBA 4HSFA 4OWHA 4XYYA 3WPLA 3ZVQB 1GF8A 1JKBA 1YAQA 5LINA 4UWUA 2DBTA 1KXYA 4YOPA 3TMXA 2HEDA 4YM8A 5KXSA 4NY5A 4L41A 1IOCA 1JTOL 1LSDA 1HERA 1REZA 2X0AA 4H9FA 4NHQA 4E3UA 1FKVA 1QIOA 1BHZA 4LGKA 2MEBA 4OOOA 5I54A 4I0CA 1GFUA 4WM6A 2MEGA 1GAYA 1REXA 4RDSA 5LA5A 1RCMA 1GBWA 4X3BA 3WW6A 4BADA 5LXWA 1QDTA 1UCOA 1LHLA 1LKRA 2D4KA 4KL7A 3EMSA 1IWVA 4H8XA 4H9EA 2ZILA 2W1LA 3TXBA 4ETEA 2HU1A 5C6JA 4G9SA 1JPOA 2MEAA 4DC4A 1BB4A 3B6LA 1WVUA 4WM3A 3RU5A 3WXTA 1GE2A 1JJ1A 1LZRA 3CT5A 1LJFA 2HTXA 1LJJA 1GF4A 4WLYA 5KKJA 4LT2A 5B06A 4DWXA 1HEMA 4YEMA 2ZYCA 4H8ZA 5KY1A 1WTMA 1FLYA 2EPEA 3BKHA 3LYTA 2FYDA 5KXXA 1GB3A 4BS7A 4WO9A 1GDWA 4DDAA 1UIDA 4J1BA 3LZ2A 4N8ZA 1GEVA 1CKFA 4W94A 153LA 1DI5A 1JTTL 1VDTA 1HEQA 5C6IA 1IWZA 3TXGA 1CJ7A 1GFGA 5T3FA 5B05A 3A90A 1NDGC 1RI8B 1LZYA 1LTMA 1XGTC 3WUNA 4MSTA 2D4IA 2Y8PA 4B4EA 4ZFPA 1B7QA 3B0KA 4H92A 1WQRA 4W96A 5APDA 4NGIA 4XJGA 2Z2FA 5DL9A 1HMKA 1JITA 5B1FA 3P65A 4LYZA 1KIRC 4R6CA 4ZEEA 1OUAA 1B5WA 4I8SA 1HSWA 3TXIA 1GF7A 3P4ZA 4GCCA 135LA 1GAZA 1G7LC 1GBSA 2Z18A 3N9AA 2G4PA 1BQLY 1A2YC 2ZNWY 5KXWA 2YBJA 1WQPA 5I4XA 1GFVA 3WMKA 1N4FA 4G4CA 1XEKA 2YSSC 1NDMC 1UIEA 3A67Y 4GN3A 4KT3A 1WTNA 5D5CA 2ZNXY 1XEJA 4XJIA 2MEDA 4NFVA 1GD6A 5JENB 5J7CA 4HTQA 1GFEA 1OUHA 3A6BY 1RJCB 4NWHA 2LYZA 1XGUC 5DLAA 4NGYA 3FI7A 3AZ7A 3N9EA 2ZIJA 1UC0A 2YBMA 4NG1A 1NKHA 4UWNA 3TXKA 2Z38A 5I53A 1LJIA 4QDNA 2W1XA 1CJ6A 1WVVA 3B0OA 4YENA 1IOQA 3TXEA 1G7HC 1B2KA 5KXZA 3WPKA 1LSZA 1OUIA 1B7NA 2MEFA 1LSFA 2B5ZA 1LZTA 3HBEX 4WM2A 2DQJY 1LMCA 1JSFA 1HSXA 3FE0A 1LHJA 1GB8A 5KXPA 1HENA 1FLQA 4NEBA 2DQFC 4WM4A 4XADA 1GBZA 1J1XY 1HEPA 4DYGA 1GF5A 1GHLA 5FCPA 4M6DA 1GBXA 2MEIA 1D6QA 4RLNA 2BQGA 1BB7A 1HEWA 1HFXA 5F9XA 5FELA 4CJ2A 2XBSA 5LAFA 1WQNA 1LZ5A 1LYOA 2BQBA 1YQVY 2BQMA 4GN4A 3ZVQA 1GFAA 1B7OA 1I20A 1JTPL 4NGWA 4NGLA 3IJVA 4M4OA 4NHTA 5F14A 1LZGA 3P68A 4BAPA 2BQEA 2RSCA 2BQDA 4A7DA 1V7SA 2BQHA 1BVXA 3CSZA 2D91A 3CT1A 5L3IA 4NHSA 1UIBA 4QGZA 2BLXA 3EXDA 1B5XA 1O23A 1QSAA 1VEDA 3A96A 5HNLA 3A93A 1LYZA 1MELL 4J7VA 5KXKA 5KXTA 4G49A 1LJ4A 1REYA 5EBHA 4Z3MA 1VFBC 1F0WA 1B7RA 1HEOA 1D6PA 1LYSA 4CFOA 3TXFA 1JKDA 1P2CC 5B07A 1YAOA 4NSIA 1B5YA 1IC7Y 2F2NA 2BQLA 4HP0A 4O34A 5IDDA 3W6EA 3N9CA 1G7JC 1YAMA 4KXIA 4B0DA 1DPWA 1GFJA 4GLAA 4HJZA 3RW8A 4ML7A 5LVGA 4XJBA 4WM1A 3D3DA 3LHMA 4NSJA 1GBYA 4ETDA 1LMOA 1NHEA 3LN2A 1UUZC 2FYCA 3VWOA 4ANRA 4DD3A 3SP3A 2FBDA 4LYTA 1B5UA 1OUDA 1CNSA 1XSFA 2BQKA 2I6ZA 1VATA 2EQLA 4GCBA 4AGAA 1B7LA 1F6SA 5APEA 1GB2A 1LSCA 4KPMA 4LZTA 2IFFY 4OWAA 1FLWA 1WQMA 2ZYPA 4BAFA 1GE0A 1CKDA 1LZCA 2DQIY 4TX7A 3GXKA 3W6CA 3WUAA 1V7TA 3TXJA 2HEEA 2I26L 3W6DA 2DQEY 1EQEA 5KXOA 4H90A 5B59A 2BQIA 1DQJC 5KXMA 1JWRA 4GCFA 5LIOA 1CKGA 1HFZA 4ET8A 1G7MC 1LZ8A 1B7SA 1LSNA 2ZQ4A 4J0LA 3WU7A 4EMNA 4OW1A 3WVXA 4RW1A 1LSGA 1DI3A 1OUEA 1LJGA 3TMUA 1LSMA 1LJNA 1A4VA 1ZV5L 4Z98A 1IP4A 1Z55A 3CSQA 1JSEA 2ZIKA 4YEOA 1LPIA 3AB6A 4NHIA 1JJ0A 3TMVA 3ZEKA 1JHLA 4NGJA 1LKSA 4Z46A 2ZQ3A 4IJ4A 5M1YA 4B49A 3T36A 3LYOA 4N0JA 3ATOA 1QQYA 2EIZC 3IWRA 4PPOA 2BPUA 3TMWA 4C3WA 5ILFA 3MGWA 1IWXA 1UIGA 1HNLA 1NF5A 2CJLA 4WLXA 3WH1A 154LA 1SLYA 3A3RX 3P66A 1GF6A 1JKAA 2DQCY 4D9ZA 2H9KA 4HJYA 3F6ZA 5HNCA 1IR9A 4G4HA 1JKCA 2YBNA 3A91A 1CJ9A 1LHMA 3D9AC 3P64A 2MEEA 4N5RA 1IY3A 5FEKA 4TWSA 2DKVA 4WLDA 4PHIA 5KKIA 2CDSA 207LA 6LYZA 1LZ6A 1QSWA 5LYTA 4HJVA 1LOZA 3AGGG 1GF3A 1IVMA 3QE8A 1LAAA 6LYTA 3LZTA 1JEFA 1HC0A 4H9CA 1YL0X 5A3ZA 3W6AA 1BWHA 4U3XB 4CFPA 1IWWA 8LYZA 1GE1A 3WUMA 1VDPA 1CKHA 1LMNA 2DQAA 2HEFA 4ETCA 1ALCA 2H9JA 1TDYA 1KXWA 1B5ZA 1BB6A 3OJPA 1PZYA 1IY4A 4LFXA 2BQJA 2D6BA 1LJEA 2Z39A 5IHGA 4TSCA 1OQMA 4WG7A 1LJKA 1LZEA 1UICA 1VDSA 2Z2EA 4QEQA 1AT6A 3WVYA 1BB3A 2HU3A 4LYMA 3RNXA 4HTKA 1TCYA 1NBYC 1IR8A 1IP1A 1IORA 5LA8A 5DN4A 3WU8A 5I5QA 1NBZC 1INUA 1IWUA 1XGPC 3A3QA 3AGHA 3B72A 1DXJA 5IELA 3WXUA 4WLTA 2F30A 1IWTA 1IC4Y 2NWDX 1GFTA 1KIQC 3CT0A 4B4IA 4OWBA 2MECA 4EOFA 132LA 1GF9A 1W08A 2BQFA 1QTKA 3M3UA 1YILA 3CB7A 2PC2A 4DDBA 5II3A 2HEBA 4B1AA 4WOAA 1C46A 1JISA 1EQ5A 1TBYA 1GXXA 1OP9B 2LZ2A 5AMYA 1C10A 1IP7A 2HECA 1JIYA 2YBLA 1GWDA 1VDQA 4OWCA 3TXHA 1YKXX 5LVKA 4DD2A 4CHXA 1GEZA 1YANA 4AXTA 4PJ2C 3OK0A 1RFPA 2Q0MX 1C7PA 4RLMA 5L3HA 1LSBA 1HHLA 1AZFA 2BQAA 4G4BA 4LT0A 1F6RA 1B0DA 1GFHA 1D0KA 1KXXA 208LA 1C43A 1BB5A 2DQHY 2G4NA 3GXRA 2CWIA 133LA 4HPIA 1AM7A 1FDLY 4FJRA 1IC5Y 1IIZA 1GDXA 4TUNA 5KJ9A 194LA 4H94A 3B0IA 2YBIA 1GB5A 4H1PA 1GB0A 4LYOA 1LZSA 5E9RA 3AW6A 4NHPA 1IOTA 4NIJA 3WPJA 1OUFA 2I25L 2XBRA 4XJDA 5APFA 5LAGA 2BAAA 1IWYA 3RT5X 4II8A 2HEAA 1XGQC 2F4AA 1JJ3A 3CQLA 1DI4A 1H87A 1LJ3A 5F9UA 4OOTA 1IO5A 1BWJA 1T3PA 1UIFA 1LSAA 4NG8A 5KXNA 1EQ4A 1IP3A 1LZ4A 2EKSC 2N5ZA 3M18B 3A8ZA 4PGJB 5A3EA 1IP6A 1LMTA 1LMAA 1AKIA 1TAYA 3A94A 4PRQA 193LA 1XGRC 4HPEA 1IP5A 1CKCA 1C45A 5HQ1A 5L9JA 3RZ4A 1F10A 1UACY 1J1PY 1GF0A 3A34A 4HV2A 4LFPA 4XENA 2GV0A 3IJUA 4YF2A 4DDCA 1I1ZA 3HBDA 1IR7A 2Z12A 5FHWA 3K3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HMJA 2C8OA 1UBZA 109LA 5LVHA 4H93A 1HFYA 7LYZA 3WYHA 3LYMA 2QARC 1J1OY 4IATA 1D0MA 3QAKA 1C6KA 150LA 1B7MA 1L13A 1C6BA 3WU9A 1LZ1A 115LA 4WL6A 3CSRA 1B6IA 1REMA 1LHKA 4W57A 1ZYTA 4WL7A 4DT3A 3E3DA 1L82A 197LA 3HH5A 3ATNA 1LYYA 1C60A 4C5FA 260LA 1YIKA 1LJHA 4NGZA 2WARA 3J6KA 5LVJA 167LA 1GB7A 156LA 2XTHA 1OWZA 4S0WA 1L0KA 1LSPA 2XJWA 5C6LA 233LA 158LA 1CX6A 1H6MA 160LA 141LA 1ZWNA 4LZMA 2BQNA 1P2LA 4ZIXA 5KXLA 1QSQA 1YAPA 1PQKA 2BQOA 247LA 3W6BA 1IP2A 4R0FA 1OUGA 4I7TA 2RBRA 4P2EA 1UIAA 5HMVA 3LYZA 2LC9A 3W6FA 5F81A 5DN5A 4UWVA 1W6ZA 4H9HA 1FLUA 3ULRA 1CVKA 4OWEA 5D5FA 3HBHA 195LA 3V2YA 3AZ4A 119LA 4OWHA 221LA 1YAQA 4YM8A 4NY5A 231LA 4H9FA 1D3FA 4NHQA 4E3UA 2RAZX 2MEBA 1L01A 4I0CA 1GFUA 4WM6A 2MEGA 4EKRA 1L81A 1UCOA 1QTVA 4H8XA 4H9EA 2ZILA 2W1LA 2HU1A 5C6JA 1DYGA 1JPOA 2MEAA 3WXTA 2OTZX 1LI2A 1LZRA 1LJFA 4PJZA 3NYAA 1C6DA 4WLYA 4LT2A 5B06A 1HEMA 4EXMA 4YEMA 2ZYCA 2B73A 1JTNA 5KY1A 1L21A 5KXXA 1L32A 1UIDA 3LZ2A 1P56A 153LA 166LA 5C6IA 1IWZA 1CJ7A 1LZYA 4MSTA 2D4IA 2Y8PA 4ZFPA 4DKLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZVH L;  2C8O A;  5HMJ A;  1UBZ A;  1LCN A;  2BLY A;  1GPQ C;  1QTE A;  4LT1 A;  5LVH A;  4H93 A;  1QDR A;  5APC A;  1EL1 A;  1HFY A;  1IOS A;  7LYZ A;  5KXR A;  4FDY A;  3WYH A;  3LYM A;  1NQI A;  4XJH A;  1J1O Y;  5I4Y A;  2LYM A;  5K7O A;  4DD0 A;  4IAT A;  1GB6 A;  1DZB X;  1D0M A;  2YDG A;  3T6U A;  4Z41 A;  3AZ6 A;  1LZN A;  4N1C C;  1DKJ A;  1HF4 A;  2ZWB A;  3EBA B;  1GFK A;  9LYZ A;  1D9U A;  3A92 A;  3WUL A;  1B7M A;  4XJF A;  1DPX A;  3J4G A;  3WU9 A;  4J1A A;  1LZ1 A;  1RE2 A;  2CGI A;  2MEH A;  4WO6 A;  2Z37 A;  4WL6 A;  2LZT A;  1LSE A;  3QY4 A;  3CSR A;  1XEI A;  1GB9 A;  1OUB A;  1UIH A;  1REM A;  1LHK A;  2HUB A;  2F4G A;  4H9I A;  3WL2 A;  5I4W A;  4WL7 A;  2Z19 A;  4DT3 A;  3E3D A;  3QNG A;  1UA6 Y;  1YL1 X;  4WG1 A;  3HFM Y;  3ATN A;  1LYY A;  1LZD A;  5F16 A;  1XFP L;  1YKZ X;  2YVB A;  4NSH A;  2W1M A;  4C5F A;  3BKV A;  1JUG A;  5HLL A;  1YIK A;  5FST A;  5E4P A;  2A7D A;  1VAU A;  1LJH A;  1B9O A;  4NGZ A;  4PRU A;  5ILC A;  3A95 A;  1GBO A;  1GE4 A;  1LZA A;  2WAR A; 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 5II3 A;  2HEB A;  4B1A A;  4WOA A;  1C46 A;  1JIS A;  1EQ5 A;  1TBY A;  1GXX A;  1OP9 B;  2LZ2 A;  5AMY A;  1C10 A;  1IP7 A;  2HEC A;  1JIY A;  2YBL A;  1GWD A;  1VDQ A;  4OWC A;  3TXH A;  1YKX X;  5LVK A;  4DD2 A;  4CHX A;  1GEZ A;  1YAN A;  4AXT A;  4PJ2 C;  3OK0 A;  1RFP A;  2Q0M X;  1C7P A;  4RLM A;  5L3H A;  1LSB A;  1HHL A;  1AZF A;  2BQA A;  4G4B A;  4LT0 A;  1F6R A;  1B0D A;  1GFH A;  1D0K A;  1KXX A;  208L A;  1C43 A;  1BB5 A;  2DQH Y;  2G4N A;  3GXR A;  2CWI A;  133L A;  4HPI A;  1AM7 A;  1FDL Y;  4FJR A;  1IC5 Y;  1IIZ A;  1GDX A;  4TUN A;  5KJ9 A;  194L A;  4H94 A;  3B0I A;  2YBI A;  1GB5 A;  4H1P A;  1GB0 A;  4LYO A;  1LZS A;  5E9R A;  3AW6 A;  4NHP A;  1IOT A;  4NIJ A;  3WPJ A;  1OUF A;  2I25 L;  2XBR A;  4XJD A;  5APF A;  5LAG A;  2BAA A;  1IWY A;  3RT5 X;  4II8 A;  2HEA A;  1XGQ C;  2F4A A;  1JJ3 A;  3CQL A;  1DI4 A;  1H87 A;  1LJ3 A;  5F9U A;  4OOT A;  1IO5 A;  1BWJ A;  1T3P A;  1UIF A;  1LSA A;  4NG8 A;  5KXN A;  1EQ4 A;  1IP3 A;  1LZ4 A;  2EKS C;  2N5Z A;  3M18 B;  3A8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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