1LJKA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence of 15% trehalose
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljkA00
4GN5C 4NSGA 1LSZA 1HENA 5F9UA 4ZFPA 5KXLA 1DPWA 1XGRC 208LA 3P64A 3G3AB 1XFPL 3MGWA 5FELA 1IIZA 1GFKA 1IR9A 1SLYA 1UIAA 1GBYA 1EQ4A 1FLWA 1IWYA 4HJVA 3A90A 1DKJA 4WO6A 5LAGA 5B59A 2HUBA 4LZTA 4HTKA 4LYMA 4MR1A 1CNSA 3LHMA 4OWCA 4WM3A 4N0JA 1UCOA 4TX7A 4WO9A 1GB0A 4HSFA 4J1AA 4LT2A 2HU3A 3WU8A 4DWXA 4H91A 4NHQA 6LYZA 4TUNA 2XJWA 4RW1A 1TEWA 2CDSA 1O23A 3WULA 1HMKA 4PGJB 4DDCA 1G7IC 1LSFA 3LYZA 1LJKA 5FEKA 2F2NA 1GF3A 2N5ZA 4WL6A 3TXKA 2DKVA 3BKHA 1BB7A 2W1YA 3P68A 1CKDA 4B0DA 1GAZA 4QGZA 5B1FA 5HQ1A 4H9BA 1IP2A 1LAAA 2MEAA 2ZILA 4QEQA 1NDGC 1HELA 5ILFA 1JITA 1UACY 1UC0A 4CJ2A 3ZVQA 1DI3A 1EL1A 3J6KA 5KJ9A 4NHSA 4ETDA 1HMLA 4RLMA 2B5ZA 3A3QA 3IJUA 3N9EA 1LMOA 5HMVA 1LZ6A 1PZYA 2ZNWY 1GE2A 1LJFA 2DQFC 2IFFY 4ML7A 4NGYA 1NKHA 4XJDA 4PJ2C 1FLQA 1BWHA 3CT5A 4DD2A 2Z39A 5APFA 2CJLA 3E3DA 4XENA 1YL0X 5F81A 1YL1X 153LA 3ZVQB 4H90A 2D4JA 5LVIA 4GCBA 1DI5A 4NGLA 3AZ4A 4QY9A 2A7DA 5L9JA 1JKAA 4P2EA 135LA 1QIOA 1OUAA 4LT3A 1BB5A 1IP5A 1XSFA 2LHMA 1GAYA 2DQIY 3BKVA 2FYDA 2LYZA 4N1CC 1LZ9A 4HJZA 4BS7A 4MCKA 3WU7A 1B2KA 1AZFA 1JWRA 1OQMA 3F6ZA 2Z12A 4OWAA 4NGOA 5KXXA 1IOTA 3EO5A 4LGKA 2DQAA 1VFBC 3HBDA 4OWHA 1OUFA 4YEOA 1HFYA 1IWZA 1CKCA 5AMYA 1LHKA 1EQEA 4R0FA 4YF2A 1VDPA 1HFZA 2H9KA 1LZCA 3WYHA 1YAOA 1B5ZA 1I20A 2LZ2A 5KKIA 4ETCA 193LA 5APCA 1LZRA 1GE0A 3TMXA 2ZNXY 4XJIA 2X0AA 1IC4Y 1LHIA 2YSSC 4ANRA 1SQ2L 1N4FA 5L3IA 1LMPA 1QDTA 1REXA 3AGGG 4UWUA 3LZ2A 1G7MC 1RI8B 1UBZA 4NHTA 4WG7A 1VDSA 3W6AA 1JJ1A 1GF8A 3KAMA 4WLXA 2YBHA 4G49A 2VB1A 1CKFA 2DQDY 4H8XA 1B7NA 1YKYX 2EKSC 1UA6Y 4GLVA 4RLNA 1MELL 4UWVA 1KIRC 1J1OY 1QUTA 1JISA 5APEA 4B4EA 4G9SA 1F0WA 4AGAA 4DD1A 2C8PA 4LYTA 3LZTA 3VWOA 2W1XA 2Z2FA 194LA 1B7OA 2FYCA 2YVBA 4PPOA 4DC4A 4NGJA 1LZAA 5LINA 1LSCA 1LYOA 3ATNA 3FI7A 1UUZC 1GE1A 3WVYA 2EQLA 5DN4A 3TXJA 4QDNA 2BQIA 3HBHA 4B1AA 3W3EA 5KXMA 1UIDA 1GB7A 5FDJA 5K7OA 5KXWA 2DQCY 1YAMA 3WU9A 3WUMA 2Y8PA 4W96A 1OUDA 5LIOA 1IP6A 1YKZX 1ALCA 2BQDA 3TXBA 5LA5A 4OW1A 4X3BA 1DXJA 2G4QA 1LMCA 1JSEA 1WTMA 1ZMYL 2BQEA 134LA 6LYTA 1QUSA 4NG1A 2Z37A 1LYSA 2G4NA 2F4AA 3ULRA 5KXRA 1Z55A 1KIQC 1XGQC 1LSYA 3LYMA 4GCFA 1LSBA 1UIHA 1NDMC 1B5UA 1UIEA 5HNCA 1V7SA 5D5CA 4E3UA 1GE4A 4N9RA 1BVXA 2HECA 3AGIA 3P66A 1HFXA 4HP0A 4HTQA 4M6DA 1LSAA 2Z38A 1IP4A 1LMQA 1B7LA 3WPLA 5LVGA 4R6CA 7LYZA 5FHWA 4Z3MA 1D0MA 4ZIXA 1JEFA 1VDTA 2BPUA 2PC2A 1B0DA 3A67Y 3K3TA 1LKSA 1LYZA 1PS5A 1LSEA 4BAFA 1OUGA 5E9RA 5DL9A 2CGIA 4H1PA 2XBRA 1FDLY 4I0CA 2ZWBA 1W08A 5B1GA 3RW8A 1G7JC 1GDWA 5HMJA 1LOZA 2D4IA 4NEBA 1J1XY 3M3UA 4LFXA 1JTOL 2BQLA 2LYMA 1A2YC 1WQRA 4A7DA 1B7MA 2W1LA 3WMKA 1DQJC 3QNGA 1OUEA 5DN5A 2A7FA 2IHLA 1GFJA 2H9JA 4LT1A 3N9AA 3RU5A 1FN5A 2ZIKA 1GB2A 1I1ZA 3HBEX 1GBXA 1IOCA 3A3RX 1P2CC 1B7QA 1RE2A 4NGWA 3AZ6A 3TMWA 4HV2A 1JKDA 1GF0A 1KXYA 4NIJA 1BVKC 1LPIA 2HEBA 4U3XB 154LA 1XGUC 1DPXA 2DQEY 4WG1A 3A96A 1LZ5A 5LYMA 4GLAA 1LJGA 1LSNA 1LZEA 1YAQA 2Q0MX 1ZVYB 207LA 1GEVA 1RFPA 1GF4A 3D9AC 1GB6A 1FKVA 2H5ZA 1LZGA 4NWEA 4DD9A 1IP3A 2WARA 3A93A 3A92A 3RNXA 3CT1A 3N9CA 2Z2EA 2BQMA 4RDSA 1B7PA 1ZVHL 1BB3A 2ZIJA 1C46A 5B06A 4KT3A 4TSCA 3AZ7A 1QSWA 1BGIA 1XEIA 1B5XA 1LHLA 1A4VA 1FLYA 1H87A 3SP3A 1E8LA 4ET9A 4HV1A 1LZNA 1JJ3A 5E4PA 1LZTA 2HEFA 2YBLA 3WPKA 1UIGA 4DD0A 1LMAA 3A8ZA 4FJRA 1LYYA 1LHMA 3AW6A 1MLCE 1VEDA 4ZEEA 4CHXA 1KIPC 1IOSA 1GFTA 2NWDX 2RSCA 1YQVY 3B0KA 3QE8A 2HEEA 4GCCA 2BAAA 4I8SA 5LYTA 3TXEA 1OUIA 4PHIA 1JTPL 1TCYA 2YBIA 3OJPA 1REMA 1LZSA 1LJIA 3CSZA 4YM8A 1GEZA 1GBZA 1LZ8A 5LVKA 2XTHA 5KXNA 2BQBA 1BQLY 1NBZC 2W1MA 2LZTA 3D3DA 4NGZA 4Z98A 1HNLA 1D0KA 4UWNA 2I26L 5I53A 5HLLA 5KXOA 2DQJY 1KXXA 1CKHA 5EBHA 4DDAA 1GFHA 1GWDA 1EQ5A 3A6CY 1AM7A 1LZ1A 4II8A 1BWJA 1TBYA 5LYZA 3W6BA 1NWGA 1LJ3A 1AKIA 1GE3A 3AW7A 1VDQA 1HC0A 2BQFA 4WLYA 1QTEA 4OWEA 133LA 1NMMA 4NGVA 2HEAA 4KL7A 1UIFA 5F16A 4RW2A 1QQYA 4WOAA 4EOFA 3W6FA 4J0LA 1G7HC 4HTNA 5FSTA 8LYZA 4TSBA 5ILCA 5T3FA 1YANA 2LYOA 1IP7A 2BQHA 2C8OA 3CT0A 4WM6A 1VATA 2AUBA 4HPIA 1RCMA 4H92A 4W94A 1H6MA 3B0OA 4CFPA 2BQJA 5I4XA 5M1YA 1JHLA 1IEEA 4XJHA 4O34A 4C5FA 4H8ZA 4DYGA 1OUCA 4LYZA 1BB4A 4WM2A 5C6LA 1GXXA 4H9EA 3TXHA 1B9OA 1LJNA 3LYOA 4DD7A 1OUHA 2BQCA 1GD6A 1WQOA 2HEDA 2YBJA 4XN6A 4G4CA 1HEOA 1LJJA 4C3WA 1GB3A 1XGPC 2ZYCA 3WXUA 1GB8A 5IHGA 1OUBA 1INUA 1IR8A 4GN3A 1LSPA 1GBSA 2BLYA 1IR7A 4NY5A 4DD3A 4BADA 5APDA 1IX0A 1JJ0A 5B07A 4IJ4A 3B6LA 4H9HA 1JKBA 5IELA 3GXRA 4YENA 4CFOA 5I54A 1TAYA 1HEQA 1YILA 1UIBA 4WLDA 1OUJA 2DQHY 5KXKA 1GPQC 1HF4A 2ZQ3A 1G7LC 1QSAA 1WQQA 2BQKA 2D6BA 1ZV5L 3EMSA 3LYTA 4WM4A 1IWTA 1YKXX 1LZYA 4IATA 1LSDA 2FBBA 3CB7A 4XJBA 3AGHA 4B4JA 1GFUA 1JSFA 2BQGA 1IC5Y 2D4KA 5I4WA 1LJHA 5I5QA 3A91A 1GBOA 2MEEA 3A34A 2HTXA 4GN4A 4LYBA 4NHPA 4J7VA 1BHZA 3AB6A 3P65A 2BQOA 1J1PY 4H9IA 1GBWA 1NQIA 5LA8A 4Z46A 4TWSA 1B7SA 4NSIA 1CKGA 5JENB 4XYYA 3AYQA 4L41A 1C10A 4NSJA 4ETBA 4M4OA 1HERA 1WTNA 5A3ZA 2YBNA 4NFVA 1C7PA 2MECA 2FBDA 1F6RA 3A6BY 4MSTA 3WVXA 1FKQA 3FE0A 4WL7A 3TMUA 2ZQ4A 1B5VA 3LN2A 4EMNA 1AT6A 3WW6A 4B49A 3IWRA 3M18B 132LA 3TXFA 1HHLA 3W6EA 2F4GA 5KY1A 5HNLA 1JPOA 5LXWA 1GFVA 2G4PA 4N5RA 4H8YA 1LJ4A 1JTTL 4H9AA 1GB9A 4D9ZA 2MEGA 3A95A 4YEMA 1KXWA 1HEWA 4N8ZA 1LTMA 1IWXA 4ETAA 3WPJA 1GB5A 1DI4A 1YAPA 2I6ZA 5FCPA 3OK0A 1CJ6A 3RT5X 1IVMA 1B5YA 1IWVA 1GF6A 4G4BA 4DT3A 3WXTA 1GXV2 4LYOA 5B05A 2ZYPA 1GF7A 1T3PA 2DQGY 3CSRA 5LVJA 4AXTA 4XADA 1IOQA 3EXDA 3IJVA 1D6QA 1BB6A 3EBAB 1IY4A 1HEMA 3ZEKA 1LMTA 3TXIA 1XEJA 3WH1A 2YDGA 5C6JA 1WVVA 2YBMA 1F6SA 1LSMA 4N1EI 5F14A 2MEBA 4H9CA 1WQMA 5IDDA 4TTDA 1IO5A 4WM5A 4KXIA 5KXZA 1FBIX 5LVHA 1YROA 3ATOA 1I56A 5KKJA 2Z18A 1LSGA 1IWUA 1D6PA 2HU1A 4NSHA 1HSWA 3AZ5A 2EPEA 1NHEA 2XBSA 1AT5A 3B0IA 3CSQA 3J4GA 1IWWA 4NHIA 1NBYC 1TDYA 1XGTC 3T6UA 5I4YA 2EIZC 1XEKA 3HFMY 4IASA 1C43A 1UICA 3GXKA 9LYZA 1IP1A 4NGKA 1LZBA 5DLAA 1GFAA 1B5WA 2MEHA 4HJYA 1CJ9A 3WUNA 1QDRA 4OWBA 3TMVA 5KXSA 1HEPA 1HSXA 5L3HA 3P4ZA 4PRQA 4J1BA 2MEIA 5LAFA 4WLTA 2BQNA 1LZDA 2F30A 4B4IA 1RJCB 1WVUA 1B7RA 5II3A 4H94A 4HPEA 4LYCA 2Z19A 4GCEA 1GF9A 1CJ7A 1C45A 1REYA 3WL2A 3G3BB 1REZA 1W6ZA 4FDYA 4XJFA 3A94A 1QTKA 1VAUA 1WQPA 2BLXA 4OOOA 4H9FA 4LT0A 1DZBX 3W6DA 3WW5A 1GHLA 1IC7Y 1D9UA 1GFGA 4WMGA 5KXPA 4Z41A 1V7TA 1IY3A 2MEDA 3CQLA 3RZ4A 1FLUA 1GFRA 5DM9A 1LMNA 1C08C 4PRUA 3W6CA 1OP9B 1GDXA 1GFEA 1LCNA 4YOPA 4ET8A 2D91A 3WUAA 4DDBA 3AJNA 1LJEA 1CJ8A 2MEFA 4GCDA 4NWHA 1F10A 5D5FA 1IORA 1LZ4A 4ETEA 2DBTA 4LFPA 5C6IA 4H93A 5F9XA 1JUGA 5J7CA 1YIKA 4CGEA 4BAPA 2CWIA 1NF5A 2GV0A 1DKKA 1WQNA 3QY4A 3T36A 4KPMA 1JKCA 1GF5A 2BQAA 5KXYA 2I25L 4WM1A 3B72A 1D0LA 4G4HA 4OOTA 4XJGA 4NGIA 4NG8A 1LKRA 3TXGA 1T6VL 5A3EA 5KXTA 1BWIA 1LHHA 3TXDA 1JIYA 1LHJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
181LA 4GN5C 1LSZA 1OV5A 1XGRC 1XFPL 1IIZA 1UIAA 1GBYA 1EQ4A 1L98A 4HJVA 1DKJA 1DYCA 5LAGA 4DQJA 4LZTA 4HTKA 4LYMA 3LHMA 4OWCA 4WM3A 3WU8A 252LA 1GB0A 4J1AA 1TEWA 1O23A 4DDCA 3RZEA 3LYZA 1LJKA 3BKHA 1BB7A 2W1YA 4B0DA 1CKDA 5HQ1A 1L88A 1LAAA 2MEAA 4ARQA 1UC0A 211LA 3J6KA 251LA 3A3QA 1LMOA 1GE2A 1LJFA 2IFFY 4PJ2C 3CT5A 1BWHA 2CJLA 5F81A 1YL1X 5LVIA 1DI5A 3SB5A 2A7DA 1JKAA 4P2EA 131LA 135LA 1TLAA 120LA 3PBLA 3PDSA 4HJZA 1B2KA 4NGOA 1CX7A 1OUFA 4YEOA 1HFYA 1L22A 1EQEA 1VDPA 1HFZA 1YAOA 1B5ZA 104LA 5APCA 1GE0A 3TMXA 4XJIA 1IC4Y 1LHIA 4ANRA 1N4FA 3AGGG 1XEPA 2B75A 4NHTA 1RI8B 1UBZA 1C6FA 1VDSA 1T8AA 1GF8A 3KAMA 4RLNA 4UWVA 1D2WA 1MELL 1JISA 1QT8A 4AGAA 4LYTA 1P3NA 2RH1A 4NGJA 1C63A 1KS3A 3TXJA 3W3EA 5KXMA 5K7OA 4W54A 4W96A 3TXBA 1L30A 1LMCA 1JSEA 1WTMA 1ZMYL 134LA 1QUSA 3L2XA 2G4NA 2F4AA 1XGQC 3LYMA 4GCFA 1LSBA 1NDMC 1PQDA 1G0KA 4N9RA 2HECA 1L45A 1LSAA 1LMQA 5LVGA 4Z3MA 1D0MA 1VDTA 1QUDA 2BPUA 1LYZA 1PS5A 5DL9A 2CGIA 5HMJA 2D4IA 4NEBA 229LA 3DN0A 188LA 2LYMA 1A2YC 164LA 1B7MA 1C6BA 123LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GN5 C;  4NSG A;  1LSZ A;  1HEN A;  5F9U A;  4ZFP A;  5KXL A;  1DPW A;  1XGR C;  208L A;  3P64 A;  3G3A B;  1XFP L;  3MGW A;  5FEL A;  1IIZ A;  1GFK A;  1IR9 A;  1SLY A;  1UIA A;  1GBY A;  1EQ4 A;  1FLW A;  1IWY A;  4HJV A;  3A90 A;  1DKJ A;  4WO6 A;  5LAG A;  5B59 A;  2HUB A;  4LZT A;  4HTK A;  4LYM A;  4MR1 A;  1CNS A;  3LHM A;  4OWC A;  4WM3 A;  4N0J A;  1UCO A;  4TX7 A;  4WO9 A;  1GB0 A;  4HSF A;  4J1A A;  4LT2 A;  2HU3 A;  3WU8 A;  4DWX A;  4H91 A;  4NHQ A;  6LYZ A;  4TUN A;  2XJW A;  4RW1 A;  1TEW A;  2CDS A;  1O23 A;  3WUL A;  1HMK A;  4PGJ B;  4DDC A;  1G7I C;  1LSF A;  3LYZ A;  1LJK A;  5FEK A;  2F2N A;  1GF3 A;  2N5Z A;  4WL6 A;  3TXK A;  2DKV A;  3BKH A;  1BB7 A;  2W1Y A;  3P68 A;  1CKD A;  4B0D A;  1GAZ A;  4QGZ A;  5B1F A;  5HQ1 A;  4H9B A;  1IP2 A;  1LAA A;  2MEA A;  2ZIL A;  4QEQ A;  1NDG C;  1HEL A;  5ILF A;  1JIT A;  1UAC Y;  1UC0 A;  4CJ2 A;  3ZVQ A;  1DI3 A;  1EL1 A;  3J6K A;  5KJ9 A;  4NHS A;  4ETD A;  1HML A;  4RLM A;  2B5Z A;  3A3Q A;  3IJU A;  3N9E A;  1LMO A;  5HMV A; 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 1XGT C;  3T6U A;  5I4Y A;  2EIZ C;  1XEK A;  3HFM Y;  4IAS A;  1C43 A;  1UIC A;  3GXK A;  9LYZ A;  1IP1 A;  4NGK A;  1LZB A;  5DLA A;  1GFA A;  1B5W A;  2MEH A;  4HJY A;  1CJ9 A;  3WUN A;  1QDR A;  4OWB A;  3TMV A;  5KXS A;  1HEP A;  1HSX A;  5L3H A;  3P4Z A;  4PRQ A;  4J1B A;  2MEI A;  5LAF A;  4WLT A;  2BQN A;  1LZD A;  2F30 A;  4B4I A;  1RJC B;  1WVU A;  1B7R A;  5II3 A;  4H94 A;  4HPE A;  4LYC A;  2Z19 A;  4GCE A;  1GF9 A;  1CJ7 A;  1C45 A;  1REY A;  3WL2 A;  3G3B B;  1REZ A;  1W6Z A;  4FDY A;  4XJF A;  3A94 A;  1QTK A;  1VAU A;  1WQP A;  2BLX A;  4OOO A;  4H9F A;  4LT0 A;  1DZB X;  3W6D A;  3WW5 A;  1GHL A;  1IC7 Y;  1D9U A;  1GFG A;  4WMG A;  5KXP A;  4Z41 A;  1V7T A;  1IY3 A;  2MED A;  3CQL A;  3RZ4 A;  1FLU A;  1GFR A;  5DM9 A;  1LMN A;  1C08 C;  4PRU A;  3W6C A;  1OP9 B;  1GDX A;  1GFE A;  1LCN A;  4YOP A;  4ET8 A;  2D91 A;  3WUA A;  4DDB A;  3AJN A;  1LJE A;  1CJ8 A;  2MEF A;  4GCD A;  4NWH A;  1F10 A;  5D5F A;  1IOR A;  1LZ4 A;  4ETE A;  2DBT A;  4LFP A;  5C6I A;  4H93 A;  5F9X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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