1LMAA

Protein hydration and water structure: x-ray analysis of a closely packed protein crystal with very low solvent content
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Protein hydration and water structure: X-ray analysis of a closely packed protein crystal with very low solvent content.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmaA00
1F0WA 3A96A 1JHLA 3A6CY 4XJIA 7LYZA 5T3FA 1JJ3A 1GAYA 3CB7A 1LSBA 1UIHA 1IP1A 1O23A 1YAOA 1XGRC 4LT1A 1QTEA 2F30A 3TMUA 4DD1A 3RNXA 3AGIA 5F81A 5ILCA 1H87A 5E9RA 3TMXA 4GCFA 5C6LA 3WXTA 1JIYA 5KXXA 4G4HA 1HSXA 4N8ZA 1GE4A 3ZVQA 4DD9A 3N9EA 1LHHA 3T36A 1FKVA 1KXWA 1BWHA 1GF8A 4XJDA 3FI7A 1B7QA 4NGJA 5DN5A 1W6ZA 3EXDA 2FYCA 2MEBA 1RI8B 1NBYC 4LYMA 1BB3A 2WARA 5APDA 3WPJA 2W1MA 4ETEA 5IELA 5LVKA 1G7JC 1HEPA 1LPIA 2YSSC 3AZ6A 2HECA 4DDBA 4H1PA 4DC4A 1EQ4A 1EQ5A 3AW7A 3KAMA 1LZGA 3D3DA 1YKXX 4ZIXA 3ZEKA 5KXOA 2HEFA 1C10A 1OUDA 3HBHA 4XADA 1GB2A 5B05A 1C7PA 4TWSA 4LFPA 3HBEX 1NDGC 1IWVA 1GF7A 5L3HA 4PRQA 4M6DA 4NSHA 4NGKA 3A95A 2FYDA 1GBOA 3TXEA 1GFEA 4ETDA 5B59A 2BQIA 2X0AA 4LYTA 2I25L 4W96A 5FDJA 1IP4A 1G7MC 3OK0A 4NWEA 1IR8A 4BS7A 3G3BB 4DDAA 5F16A 1JEFA 1FLUA 1IEEA 1OP9B 1QDRA 4TSCA 4WMGA 1WQOA 2RSCA 3A94A 3WUMA 1UUZC 3B72A 3WMKA 4MCKA 4P2EA 4NHSA 4BADA 4WG1A 2PC2A 4HPEA 2I6ZA 4NSIA 1OUHA 2MECA 4WLYA 1G7HC 2BQHA 4H91A 1HEOA 1GXV2 1J1XY 5HNLA 4D9ZA 5HLLA 1DI3A 1LMTA 1IWXA 2HTXA 1LJJA 2EQLA 3LZ2A 4NEBA 4ETAA 1FLQA 1LKSA 2HEDA 2MEFA 1HEQA 4KL7A 4TUNA 1LJGA 2MEDA 2CWIA 2LZTA 4G4CA 1RCMA 4WM3A 4GN4A 5D5FA 5AMYA 4DD0A 3A8ZA 4NWHA 2F4AA 4DYGA 3OJPA 2BPUA 1IR9A 2A7DA 2MEAA 1GXXA 2Z39A 2NWDX 4YEOA 1LZYA 4GCEA 1LZBA 1VDQA 3GXKA 1ZVYB 4H9AA 5HMJA 1HEMA 4NGYA 2Y8PA 2LYZA 4HPIA 1YANA 4NG8A 2YDGA 2H9KA 3TMVA 3CT0A 1GFJA 3CSZA 1A4VA 1IWYA 2MEHA 1UIAA 1LCNA 1UC0A 1IWWA 1LHKA 2ZNWY 3IJVA 1IX0A 4XYYA 1QDTA 4ET9A 1FBIX 3EO5A 1IOSA 1OUCA 1VDPA 2EIZC 5KXZA 1LZRA 4XJFA 5I4XA 2ZQ3A 135LA 1UACY 2ZYPA 4H9IA 4HJVA 1LZCA 4NGOA 2MEIA 1WQPA 5C6JA 1HC0A 3LYMA 4DD2A 1GFVA 1WTMA 4WO9A 1REYA 2G4NA 1GEVA 1GB3A 1LZ5A 2BQCA 1FKQA 2I26L 4XENA 3MGWA 5KXWA 1HHLA 2XTHA 1XEKA 1XGUC 134LA 2HEBA 5JENB 3AZ5A 1AM7A 5KXYA 1IO5A 1LHIA 1LJEA 1I56A 1LHJA 2ZWBA 4H9CA 1GEZA 2DQHY 4GN5C 1BQLY 4YEMA 1B7LA 1Z55A 1BVKC 1TDYA 3WULA 5LA8A 3W6EA 1QQYA 4N9RA 4UWUA 4CFOA 2G4PA 1GB5A 1XGTC 2Z38A 1LZDA 5DM9A 1LJNA 4NHQA 1LZ6A 4DD7A 3P4ZA 4XJHA 1HMLA 1QSWA 1LZEA 1KXXA 4X3BA 5DL9A 5A3EA 1UIGA 133LA 1YILA 4M4OA 4CGEA 3CSQA 4N1CC 1LSDA 1UCOA 3AGGG 1VAUA 4J0LA 1IP7A 1D0KA 1D6QA 1W08A 1LAAA 3W6DA 1D0MA 4WLDA 1LZNA 2Z12A 3A3QA 5M1YA 5B1GA 1I1ZA 5B1FA 4B1AA 1LZ8A 3N9CA 3QE8A 1REZA 1RFPA 4NHTA 4PPOA 5LXWA 3AZ7A 4ZFPA 1GE1A 2BAAA 1KIPC 4CFPA 1JKAA 1LTMA 1JKBA 2DQEY 1B5XA 4TTDA 1UIEA 3TXHA 4PGJB 1DPWA 2W1LA 1B0DA 5LINA 1B5YA 1B7OA 1E8LA 1GE0A 4Z98A 5HNCA 1LYOA 1LMPA 1DPXA 1LKRA 4WM5A 3WUAA 2LYMA 5B06A 1HMKA 3WYHA 3TXDA 5KKJA 2YBMA 2ZILA 1YKZX 4B4EA 2XJWA 5LVGA 3AB6A 3WW5A 1CKGA 3W6AA 1FLWA 4H9HA 2DQAA 4B49A 1YROA 5FEKA 1LYZA 208LA 5L9JA 1C46A 2Z37A 1XFPL 4HTNA 4N1EI 2HUBA 4GCCA 3WVYA 1YL1X 3FE0A 3LYOA 1LMCA 1OUAA 5J7CA 3TXBA 1B5WA 1GDXA 1GAZA 1OQMA 1LMOA 1IP2A 4BAPA 2HU3A 3RW8A 1YKYX 2FBDA 4Z3MA 1HERA 1KIQC 2W1YA 4LYOA 4WG7A 1LMNA 3QY4A 1LSPA 5KY1A 4YM8A 1B9OA 2BQBA 1HEWA 2D4IA 4R6CA 4XJBA 3TXFA 1KIRC 3RZ4A 5LAFA 1GB0A 1B2KA 2BQGA 4EOFA 1JSFA 1LSYA 4J1AA 3F6ZA 4H92A 1YAPA 4J1BA 1HF4A 5I4YA 5I4WA 1IC5Y 1PZYA 3LYZA 1FLYA 1GBSA 1WTNA 5FSTA 1IY3A 3M18B 2D6BA 4H8ZA 1B7NA 1PS5A 3A67Y 1B7PA 4EMNA 4WM1A 2B5ZA 5EBHA 3LHMA 4DD3A 3LN2A 1LJIA 5FELA 3AW6A 1GF0A 2BQEA 4LZTA 4NIJA 1WVUA 2W1XA 1GF4A 1LSMA 1JTPL 3CQLA 3IWRA 4ML7A 4NGWA 3WPLA 1G7LC 1LZ1A 1TEWA 3HFMY 9LYZA 1HENA 3K3TA 1LZTA 4TSBA 5L3IA 5KXRA 4OWHA 2BQDA 3QNGA 8LYZA 1JWRA 1BHZA 1YIKA 4G9SA 1GE2A 4HV1A 4RDSA 4XN6A 5APEA 4DDCA 4ETCA 132LA 1GHLA 3ULRA 4NGZA 1GF3A 4I8SA 3AJNA 1XEIA 1GFHA 3BKVA 4WO6A 1GB6A 2IFFY 3WH1A 1LSEA 2CGIA 4HTQA 1REXA 4BAFA 4RLMA 1EQEA 4AXTA 4AGAA 5A3ZA 1IOQA 207LA 1JTOL 1DXJA 1LSFA 4QY9A 4N0JA 154LA 153LA 2DBTA 2MEEA 1IVMA 1N4FA 1GB8A 1TBYA 2ZQ4A 1JPOA 4GCBA 4NGLA 3RT5X 5LAGA 4A7DA 2DQIY 5D5CA 5LYMA 5B07A 2Q0MX 5I53A 1NKHA 4I0CA 4NY5A 4WM6A 2Z2EA 4LT0A 2BQNA 1UIFA 1IP3A 4L41A 1OUIA 1IC4Y 1LOZA 1IOCA 4QGZA 1V7SA 4IJ4A 1CJ8A 4WL7A 1MELL 2YBJA 1REMA 1AT5A 1MLCE 2EPEA 4QDNA 1XGQC 4GLAA 1DI5A 5KXSA 4WL6A 1CJ6A 4HP0A 3M3UA 1CNSA 3WU9A 2BQAA 3A92A 1UA6Y 1IWUA 1CJ7A 1BB4A 4WLTA 3A34A 1LJKA 2F4GA 4H90A 1RE2A 1UIDA 1J1OY 1ZMYL 1HFXA 4KXIA 1LZ9A 4H9EA 2ZNXY 2H5ZA 1D0LA 4QEQA 1OUEA 1GDWA 1YAQA 1A2YC 4C3WA 1WQNA 4WLXA 4H8YA 4OWBA 1CKDA 1LYYA 3LYTA 1YAMA 4WM2A 4YENA 1B5ZA 4PRUA 5APCA 2BQJA 1NMMA 1GFRA 3VWOA 1UICA 4IASA 4RW1A 4ANRA 4DWXA 2C8OA 1B7RA 1BWIA 3SP3A 1D6PA 1JTTL 1TAYA 1LSZA 1JISA 2DKVA 3TXIA 1QUSA 1QSAA 1F10A 1GBWA 4FJRA 4H9BA 1BB6A 3P68A 4W94A 1GF9A 4NSGA 4E3UA 4CJ2A 1BB7A 2LYOA 1GBXA 5E4PA 5HMVA 4HJYA 1WVVA 1JKDA 4HJZA 5LA5A 1IR7A 2EKSC 1BGIA 1GD6A 2BQFA 4GLVA 1VDSA 2BQOA 4R0FA 4C5FA 3ZVQB 1SLYA 5KKIA 1IWZA 4H9FA 4RW2A 4U3XB 5F9UA 2LHMA 4GCDA 4NSJA 1LJHA 1WQQA 1YL0X 2BLXA 2IHLA 3B0OA 3B6LA 3J4GA 1VATA 5KXLA 1AT6A 4ETBA 1IORA 1QUTA 4NGVA 2AUBA 2DQDY 4LT3A 5K7OA 3AYQA 5IHGA 1VDTA 1DKJA 1HELA 194LA 1FDLY 4NGIA 2F2NA 3J6KA 4OOTA 5KXKA 1IWTA 1LSCA 3GXRA 3W3EA 3EBAB 4LYZA 1KXYA 3CT5A 1NDMC 1HNLA 3A90A 4LYCA 3TXGA 3WW6A 3ATNA 1OUGA 3W6BA 1OUBA 1GBZA 1G7IC 1LJ3A 1NQIA 2A7FA 3CSRA 1NBZC 1NWGA 2VB1A 1CKCA 3WXUA 2BQMA 4DT3A 5F9XA 1BWJA 1LJ4A 4G49A 1JUGA 1LZSA 2CDSA 2DQGY 1XGPC 1BB5A 2HEEA 4MR1A 1BVXA 5KXMA 2ZYCA 1GFKA 1D9UA 3B0KA 1NHEA 4PJ2C 2H9JA 1INUA 3P64A 4LGKA 4H8XA 2MEGA 1ZV5L 1LJFA 5IDDA 3W6CA 1GWDA 1XSFA 4OW1A 1GFTA 5DN4A 1QIOA 2C8PA 2HEAA 4TX7A 3WUNA 1NF5A 5LVJA 1DQJC 4O34A 4OWCA 1IP5A 2BQLA 2Z18A 2YBIA 2YBNA 1GE3A 1GPQC 1WQRA 3P65A 4HTKA 5DLAA 3WVXA 4XJGA 5FHWA 3IJUA 1T6VL 4MSTA 4PHIA 4ET8A 1GFUA 1C45A 4FDYA 1WQMA 2D91A 1VFBC 3D9AC 4WOAA 1HSWA 4NFVA 1LHLA 2DQFC 3TXJA 1CKFA 1GF6A 1CJ9A 4B4IA 2GV0A 1SQ2L 1UBZA 1LSNA 1IY4A 4KT3A 2HU1A 1YQVY 3HBDA 4G4BA 1LHMA 4II8A 1JJ0A 1C43A 1V7TA 1LSGA 5LYZA 5C6IA 3P66A 1J1PY 4UWVA 5LVHA 4YF2A 4LFXA 2D4KA 1OUJA 3WU7A 5KXTA 1IIZA 4H93A 3EMSA 4HV2A 2Z19A 1LZ4A 1DI4A 1B5UA 1ZVHL 4IATA 5II3A 1DKKA 5HQ1A 2LZ2A 1UIBA 3B0IA 1B7MA 1TCYA 4H94A 4NHPA 2FBBA 1C08C 3CT1A 4N5RA 1GB9A 2XBSA 1FN5A 1F6SA 1JKCA 1LYSA 3WU8A 4UWNA 2BLYA 1JITA 1B7SA 1LSAA 1LMAA 3A93A 1HFZA 1H6MA 4Z41A 1ALCA 5FCPA 4CHXA 3RU5A 1GFGA 2D4JA 4ZEEA 1QTKA 5KXNA 2YBHA 3TMWA 5ILFA 2ZIKA 5LIOA 5LYTA 2Z2FA 1CKHA 1JSEA 6LYTA 2BQKA 3G3AB 4B4JA 4YOPA 1IC7Y 1LMQA 2CJLA 4LYBA 5I5QA 3A3RX 4OWEA 4WM4A 4GN3A 3A6BY 2XBRA 4B0DA 5KJ9A 4Z46A 1IOTA 4OWAA 3W6FA 1AZFA 2DQCY 1XEJA 5LVIA 1AKIA 3ATOA 3LZTA 1LZAA 1OUFA 3N9AA 4HSFA 4J7VA 3T6UA 2G4QA 4NHIA 1GF5A 1T3PA 5I54A 2YBLA 2ZIJA 1GFAA 3AGHA 1F6RA 1IP6A 193LA 1DZBX 1GB7A 5KXPA 1HFYA 3WPKA 5APFA 3AZ4A 4RLNA 1P2CC 2N5ZA 1GBYA 4LT2A 1VEDA 2DQJY 1B5VA 1EL1A 3BKHA 4NG1A 4OOOA 5F14A 1JJ1A 1RJCB 1I20A 2YVBA 4KPMA 3WL2A 6LYZA 3TXKA 3E3DA 3A91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F0WA 7LYZA 1JJ3A 1GAYA 172LA 1IP1A 1L16A 1YAOA 1XGRC 260LA 3TMUA 3RNXA 5E9RA 3TMXA 1L68A 4G4HA 1HSXA 2RBRA 3T36A 1L96A 1BWHA 5DN5A 2FYCA 1RI8B 1BB3A 3WPJA 4ETEA 3JR6A 3FADA 2HECA 4H1PA 1EQ4A 1L79A 1D2YA 1LZGA 3F9LA 217LA 3ZEKA 243LA 5KXOA 125LA 1C7PA 4TWSA 1IWVA 1L10A 4M6DA 4NSHA 1GBOA 3DMVA 2BQIA 4LYTA 1L86A 1IR8A 4YXCA 3RZEA 4DDAA 5F16A 1WQOA 1QTZA 3A94A 4W51A 4P2EA 3SN6R 1P2LA 1LMTA 2EQLA 3HU8A 3LZ2A 1LKSA 2MEFA 2MEDA 166LA 2CWIA 1RCMA 4WM3A 3FI5A 4GN4A 3A8ZA 4NWHA 164LA 2F4AA 4ARQA 1L37A 1LZBA 4I7PA 157LA 2LYZA 4NG8A 1PQIA 1CVKA 1UC0A 3IJVA 3D4SA 1FBIX 1L14A 1OUCA 5KXZA 1LZRA 1OV7A 3C8RA 1OV5A 2ZQ3A 135LA 118LA 1L49A 3LYMA 4DD2A 3HDFA 4WO9A 183LA 1CV0A 1L76A 1LZ5A 175LA 3HH5A 1L19A 3MGWA 2XTHA 1XEKA 4DAJA 1C61A 2LC9A 3AZ5A 173LA 1AM7A 1QT7A 5KXYA 1TDYA 1L42A 140LA 1QQYA 1L97A 4LZMA 2G4PA 2Z38A 210LA 1LJNA 1LZ6A 4DQ7A 1L00A 1QSWA 1LZEA 1KXXA 3GUNA 1LSDA 226LA 1W08A 4PJZA 1LZNA 2Z12A 3A3QA 5M1YA 5B1FA 114LA 4PPOA 4ZFPA 1GE1A 1KIPC 2RH1A 1JKAA 1LTMA 1JKBA 2DQEY 1LYFA 5LINA 1B5YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F0W A;  3A96 A;  1JHL A;  3A6C Y;  4XJI A;  7LYZ A;  5T3F A;  1JJ3 A;  1GAY A;  3CB7 A;  1LSB A;  1UIH A;  1IP1 A;  1O23 A;  1YAO A;  1XGR C;  4LT1 A;  1QTE A;  2F30 A;  3TMU A;  4DD1 A;  3RNX A;  3AGI A;  5F81 A;  5ILC A;  1H87 A;  5E9R A;  3TMX A;  4GCF A;  5C6L A;  3WXT A;  1JIY A;  5KXX A;  4G4H A;  1HSX A;  4N8Z A;  1GE4 A;  3ZVQ A;  4DD9 A;  3N9E A;  1LHH A;  3T36 A;  1FKV A;  1KXW A;  1BWH A;  1GF8 A;  4XJD A;  3FI7 A;  1B7Q A;  4NGJ A;  5DN5 A;  1W6Z A;  3EXD A;  2FYC A;  2MEB A;  1RI8 B;  1NBY C;  4LYM A;  1BB3 A;  2WAR A;  5APD A;  3WPJ A;  2W1M A;  4ETE A;  5IEL A;  5LVK A;  1G7J C;  1HEP A;  1LPI A;  2YSS C;  3AZ6 A;  2HEC A;  4DDB A;  4H1P A;  4DC4 A;  1EQ4 A;  1EQ5 A;  3AW7 A;  3KAM A;  1LZG A;  3D3D A;  1YKX X;  4ZIX A;  3ZEK A;  5KXO A;  2HEF A;  1C10 A;  1OUD A;  3HBH A;  4XAD A;  1GB2 A;  5B05 A;  1C7P A;  4TWS A;  4LFP A;  3HBE X;  1NDG C;  1IWV A;  1GF7 A;  5L3H A;  4PRQ A;  4M6D A;  4NSH A;  4NGK A;  3A95 A;  2FYD A;  1GBO A;  3TXE A;  1GFE A;  4ETD A;  5B59 A;  2BQI A; 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 5LYZ A;  5C6I A;  3P66 A;  1J1P Y;  4UWV A;  5LVH A;  4YF2 A;  4LFX A;  2D4K A;  1OUJ A;  3WU7 A;  5KXT A;  1IIZ A;  4H93 A;  3EMS A;  4HV2 A;  2Z19 A;  1LZ4 A;  1DI4 A;  1B5U A;  1ZVH L;  4IAT A;  5II3 A;  1DKK A;  5HQ1 A;  2LZ2 A;  1UIB A;  3B0I A;  1B7M A;  1TCY A;  4H94 A;  4NHP A;  2FBB A;  1C08 C;  3CT1 A;  4N5R A;  1GB9 A;  2XBS A;  1FN5 A;  1F6S A;  1JKC A;  1LYS A;  3WU8 A;  4UWN A;  2BLY A;  1JIT A;  1B7S A;  1LSA A;  1LMA A;  3A93 A;  1HFZ A;  1H6M A;  4Z41 A;  1ALC A;  5FCP A;  4CHX A;  3RU5 A;  1GFG A;  2D4J A;  4ZEE A;  1QTK A;  5KXN A;  2YBH A;  3TMW A;  5ILF A;  2ZIK A;  5LIO A;  5LYT A;  2Z2F A;  1CKH A;  1JSE A;  6LYT A;  2BQK A;  3G3A B;  4B4J A;  4YOP A;  1IC7 Y;  1LMQ A;  2CJL A;  4LYB A;  5I5Q A;  3A3R X;  4OWE A;  4WM4 A;  4GN3 A;  3A6B Y;  2XBR A;  4B0D A;  5KJ9 A;  4Z46 A;  1IOT A;  4OWA A;  3W6F A;  1AZF A;  2DQC Y;  1XEJ A;  5LVI A;  1AKI A;  3ATO A;  3LZT A;  1LZA A;  1OUF A;  3N9A A;  4HSF A;  4J7V A;  3T6U A;  2G4Q A;  4NHI A;  1GF5 A;  1T3P A;  5I54 A;  2YBL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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