1LMOA

The crystal structures of three complexes between chitooligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Crystal structures of three complexes between chito-oligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout. How distorted is the NAG sugar in site D?
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmoA00
3AZ6A 5HQ1A 1QSAA 1B5UA 1V7TA 1JITA 3QE8A 4WL7A 1I20A 3LYTA 1GAYA 3AGIA 2ZQ4A 5LVJA 1IY3A 1GB9A 3G3BB 1GFAA 3N9CA 1GBXA 1VAUA 2I25L 1GF5A 1IO5A 1FLWA 1GFVA 1LSZA 5LAGA 1CJ9A 208LA 2LZTA 3BKHA 4IJ4A 5HMJA 1N4FA 4YM8A 1LPIA 1MELL 4GN4A 2BLXA 4HV2A 5FSTA 5FCPA 2HUBA 2G4QA 2HEAA 2NWDX 1GFTA 2Z12A 3WULA 4WG7A 1BWHA 1IP1A 3TMUA 3WPJA 1GFKA 3B0OA 1IWXA 3B0KA 4WO9A 4ETDA 1QUSA 3CT0A 1E8LA 1VDTA 2IFFY 4H93A 5APFA 3CQLA 4ML7A 3J4GA 4QY9A 4UWVA 2BQAA 1BQLY 4XADA 1DPXA 4OWBA 1GFRA 2BPUA 1JEFA 1IR8A 4O34A 4DD9A 5C6IA 1G7IC 1UACY 132LA 5I53A 193LA 5IHGA 1OUFA 2YBHA 4HJZA 1UUZC 3W6AA 1EL1A 2C8OA 1F6SA 5FHWA 1C46A 4D9ZA 4PPOA 4WLXA 1LSAA 3T36A 3WU7A 1B5YA 4HP0A 5F9UA 1I1ZA 3W6FA 2DQAA 4NGWA 1LSBA 1UIHA 3A96A 5FDJA 1VDPA 1B5ZA 1LSPA 3W6DA 1LOZA 2H9KA 3TMWA 2DQEY 2Z2EA 1NBYC 1ALCA 1LJ4A 5EBHA 3D3DA 2XBRA 5F9XA 4KPMA 3WUNA 2BQKA 2BQLA 2DQFC 1IOQA 3WU8A 4DD2A 3TXFA 2MECA 4G4BA 1EQ5A 1C7PA 3TXKA 1B9OA 3QY4A 1KXXA 1IOSA 4Z46A 3TXEA 1NHEA 194LA 1C45A 1YQVY 1B7RA 4I8SA 4BS7A 4LYZA 1JKDA 4BAPA 4BAFA 1IOTA 4FDYA 1GB3A 4NWHA 5L3IA 2BQHA 1ZMYL 1LZCA 4YF2A 2YBLA 3W6EA 4WM5A 4YOPA 1LJNA 4PRUA 1LSEA 4KL7A 4LYCA 4RLNA 4DDCA 4H8YA 1IP4A 1WQQA 1GE1A 4WLTA 2BQBA 1A2YC 5I4YA 4C3WA 4NGLA 3W6CA 1IP7A 4OWHA 5APEA 1IX0A 2BQGA 1BVXA 1LJGA 2ZWBA 5M1YA 3B6LA 1GFHA 1YIKA 1JWRA 1LMQA 4OWAA 2Z37A 2ZIKA 1AM7A 1GD6A 3P4ZA 4H8XA 4HJYA 1HEOA 4G49A 1GDXA 4G4CA 5KXWA 4ANRA 1W08A 1JSEA 2MEFA 3EO5A 1KIPC 4LT2A 1B7OA 4ZIXA 3TXGA 4WL6A 1DI3A 4DT3A 5KXOA 1INUA 5C6JA 1LZEA 3TMVA 2BAAA 3B0IA 4X3BA 1BGIA 4ETBA 1OUCA 1HMKA 3LYOA 2Z19A 2HECA 4AXTA 4H92A 3A90A 4ET8A 1LSDA 1LYOA 5I4WA 3FE0A 4UWNA 4DD3A 1LZSA 3HBHA 1GB0A 3HFMY 5F14A 1HEQA 1TBYA 1TEWA 4CGEA 3GXRA 1WVVA 1FLQA 1HMLA 1I56A 4LT1A 5KXZA 1GE4A 4R0FA 8LYZA 3CSZA 4NHSA 3AW6A 4NHIA 4H9AA 1GF4A 5L3HA 4YEMA 1HEWA 1OUIA 1KXYA 3P68A 1XEJA 1LMPA 2GV0A 3ATOA 3CT1A 4N8ZA 1IORA 4U3XB 1JTOL 2MEHA 1LCNA 1YKZX 1RJCB 133LA 1HFZA 3WW6A 1HC0A 2BLYA 1FBIX 3W6BA 1CJ7A 5LVGA 4QDNA 1WTNA 1GHLA 1HFXA 1LYSA 1ZV5L 2YVBA 5LVHA 2D4KA 4B4EA 1IP6A 5KJ9A 2LYOA 2CJLA 4ETCA 1JKCA 1LSFA 1QSWA 1HENA 1NKHA 1UIDA 4XJFA 1KIQC 1UIBA 1JKBA 1FLUA 1GBWA 1LMAA 1TDYA 1WQPA 5AMYA 5IDDA 153LA 1VFBC 3A3QA 1GFGA 2LZ2A 1YAOA 1FKQA 3RZ4A 3BKVA 1J1OY 4Z41A 1LMTA 5B59A 2DQDY 1LTMA 1HF4A 1NDMC 1SLYA 4LYOA 1GPQC 4HTKA 4NGOA 3W3EA 4WM1A 1IP3A 1WQNA 4DDBA 1IR9A 3AYQA 3AGGG 5F81A 2DQJY 1JJ3A 5DM9A 5I5QA 5B05A 4GCBA 5L9JA 5LYTA 1JJ0A 2ZNXY 4OW1A 5KXPA 1MLCE 1LZ5A 1LHJA 2IHLA 4N1CC 2Z38A 4MSTA 3IJVA 3LYZA 1LZTA 1LZ9A 1LKRA 5LINA 1GBSA 1CJ6A 2ZYPA 4OWEA 1CKGA 1LJ3A 1GB5A 1B7LA 1QTKA 5KXKA 1LZGA 1LZ1A 2YDGA 1O23A 2BQJA 5B07A 3AGHA 4XJIA 4GLAA 1GE3A 2BQEA 3WMKA 1FDLY 1GE2A 6LYTA 5ILFA 2F2NA 4NGIA 4TTDA 5LAFA 3VWOA 1GDWA 4M4OA 1IY4A 3MGWA 1EQEA 1D0LA 4OWCA 1BB3A 2PC2A 5LVIA 3IJUA 5HNCA 1XFPL 4OOOA 4NFVA 3LN2A 5HLLA 1GF6A 1HHLA 2EPEA 2I26L 4AGAA 1OUJA 2MEEA 1REYA 1JJ1A 1WQMA 1OP9B 4DC4A 3EXDA 1IC5Y 1AT5A 1JTTL 4IATA 4MR1A 3GXKA 4XJDA 1IWUA 1OUHA 1WQRA 5FEKA 3ZEKA 4WLYA 5ILCA 1UCOA 3B72A 5LA5A 4TUNA 1GBOA 1WTMA 2FBDA 4NG8A 4NSGA 1LZRA 3WH1A 2F4AA 1OUAA 2HEFA 5KXXA 4LYTA 3CT5A 4PHIA 1B0DA 1HFYA 4N9RA 3WU9A 1AKIA 1XGTC 3N9EA 4CHXA 4WM4A 1LZAA 4GCCA 5DN4A 4N5RA 3A67Y 1YILA 4H9BA 5F16A 1DQJC 1LZNA 1JHLA 1YKXX 5KXYA 1QQYA 1J1PY 4EOFA 3RU5A 3WVXA 1BB7A 1TCYA 1LKSA 1UBZA 1GAZA 3KAMA 3LZTA 4I0CA 3M3UA 4NGVA 4HTQA 4NGKA 4RDSA 1FN5A 3A6CY 2BQNA 2DBTA 2W1MA 4NGZA 5II3A 1WQOA 4J1AA 4MCKA 2HEEA 4ET9A 1IIZA 1ZVHL 1W6ZA 5KXSA 1HERA 2Z39A 3AJNA 1GF0A 4ZEEA 1LHKA 4A7DA 3RW8A 1DKJA 1IC4Y 1NDGC 1LZYA 1GXV2 1GB7A 1SQ2L 1Z55A 2XTHA 1C10A 1GE0A 1GF8A 1GFEA 3OJPA 3WUMA 1YAPA 4NHQA 1HEPA 1QTEA 4H9IA 5B06A 4WLDA 1XEKA 3ZVQA 3WPLA 1LJJA 3WYHA 1P2CC 1B7NA 1D6QA 4N0JA 1HEMA 3A93A 1YANA 1GB8A 2VB1A 3OK0A 6LYZA 1NF5A 1UIFA 3F6ZA 4GN5C 1QDTA 5KKIA 1KIRC 1D6PA 4DD7A 1B5VA 1WVUA 1C08C 4H94A 4QEQA 1PZYA 1IR7A 3WL2A 2LYMA 2W1XA 3K3TA 3LHMA 7LYZA 4TWSA 4H1PA 2MEBA 1G7LC 1LAAA 5KXTA 1G7JC 2YBIA 3AW7A 5C6LA 1IP2A 4WM6A 1BB5A 1YROA 4HSFA 2XBSA 4NEBA 2Y8PA 5A3EA 4DYGA 4HTNA 1GF7A 5DL9A 5LVKA 3A92A 4YENA 1JIYA 1DI5A 1F6RA 4HV1A 4Z3MA 1B5WA 1B7MA 2HEDA 1XGPC 2LHMA 2ZYCA 2DQIY 1F10A 3EMSA 1OUBA 2HEBA 3FI7A 4H8ZA 4LFPA 4M6DA 3LYMA 4TSBA 4LYBA 4BADA 4J7VA 4KT3A 1QUTA 4P2EA 4ZFPA 5KY1A 4NSHA 4XJGA 2MEDA 1ZVYB 2I6ZA 4L41A 1YL1X 1LSGA 1JUGA 1LMOA 4LFXA 2A7FA 5FELA 1OUDA 1LZ4A 1UC0A 4KXIA 2BQOA 4G4HA 5KXLA 1LZ6A 1DXJA 1GEZA 3E3DA 9LYZA 1BB6A 2W1YA 2HU3A 1V7SA 1JISA 1LJEA 1LMNA 2CWIA 3ULRA 5E4PA 1B7SA 5K7OA 1GBYA 1JTPL 1UA6Y 1VEDA 4WOAA 1CKHA 1GB2A 2N5ZA 4CFPA 1LZ8A 3M18B 4H90A 1BWJA 2CGIA 2LYZA 2H9JA 2MEIA 4DWXA 1LZBA 2D6BA 2HTXA 4C5FA 3TXJA 4WM3A 2EIZC 1EQ4A 1GF3A 2DKVA 1GWDA 3P65A 4UWUA 4GLVA 3TXHA 3ZVQB 1GXXA 1H6MA 2BQDA 1LSMA 1RCMA 1XGQC 2D4IA 2DQGY 4XJHA 4RW1A 1QIOA 3ATNA 1UIAA 5T3FA 4B0DA 5KXRA 1FKVA 1JSFA 4GCFA 4LYMA 1IP5A 1C43A 4XENA 5D5FA 1BHZA 1CKFA 1CNSA 1YKYX 5APDA 4RLMA 1CKDA 3D9AC 1IWTA 4NGJA 1D0MA 2YBNA 1VATA 1DI4A 1AZFA 3A3RX 4H9EA 2C8PA 4TX7A 2FYDA 3J6KA 2FBBA 1FLYA 4QGZA 4Z98A 5HNLA 2F4GA 2BQMA 1NWGA 1B5XA 1GBZA 5D5CA 1LHIA 4J1BA 2W1LA 207LA 1GFJA 2FYCA 1BVKC 1IWWA 2D4JA 2Z18A 1IOCA 3P66A 5LYZA 3SP3A 5HMVA 1G7HC 4HPEA 1JKAA 1LSCA 4ETEA 3A8ZA 2EKSC 1AT6A 4TSCA 3TXIA 1IVMA 4B4JA 3AB6A 1YL0X 1CJ8A 3P64A 5KXNA 4FJRA 5B1FA 1OQMA 1LHLA 2MEAA 4B4IA 4NIJA 4DDAA 1T3PA 3G3AB 4H9FA 2A7DA 4J0LA 2G4NA 5I4XA 5IELA 1LMCA 2F30A 1IWVA 1REMA 1XSFA 5I54A 1HNLA 2D91A 2WARA 4WMGA 4YEOA 3WW5A 5KXMA 1IWZA 5LXWA 5LYMA 1F0WA 4NWEA 5JENB 2B5ZA 5DLAA 4CJ2A 1LHMA 1D0KA 2DQHY 4XJBA 3A91A 1OUEA 4H91A 1B7PA 1CKCA 2RSCA 1NBZC 1LJHA 2H5ZA 1H87A 2XJWA 1BWIA 1LJFA 3QNGA 1RI8B 3A34A 4GCDA 3A95A 1VDSA 4EMNA 4NG1A 4NHTA 5B1GA 4LT3A 4PJ2C 4ETAA 4II8A 1XGRC 4HJVA 1HELA 2BQIA 2YBJA 4NSIA 4WO6A 3A94A 1B7QA 1IWYA 2ZIJA 3CSRA 3WXUA 5E9RA 135LA 1YAMA 1T6VL 4NHPA 1QDRA 5A3ZA 1HSXA 5J7CA 5APCA 1YAQA 1REZA 2YSSC 4LGKA 4OOTA 1XGUC 2X0AA 3WPKA 5LA8A 2ZILA 4LZTA 1XEIA 3AZ4A 2EQLA 2MEGA 4B1AA 4H9HA 3EBAB 1NMMA 1LSNA 1IC7Y 2HU1A 3TXBA 4GCEA 1UICA 2BQCA 1DKKA 4GN3A 1GFUA 3TMXA 1HSWA 4NGYA 1LYZA 4XYYA 1RFPA 4LT0A 4DD0A 3AZ5A 4PGJB 1GEVA 2Z2FA 3A6BY 4IASA 4W96A 1BB4A 2CDSA 3HBDA 3WVYA 1D9UA 1UIEA 3IWRA 4R6CA 3LZ2A 1RE2A 3RNXA 1TAYA 1LJIA 4G9SA 2BQFA 1NQIA 4WG1A 1UIGA 2Q0MX 1DZBX 3AZ7A 4NY5A 1JPOA 3N9AA 2AUBA 4N1EI 4XN6A 1A4VA 1REXA 1G7MC 3WXTA 5KKJA 3CB7A 2ZQ3A 2ZNWY 1LJKA 4HPIA 1LZDA 5LIOA 1LHHA 2G4PA 3T6UA 3CSQA 1GF9A 4NSJA 4W94A 4CFOA 1OUGA 134LA 1PS5A 1GB6A 1DPWA 1VDQA 4DD1A 4H9CA 4RW2A 1LYYA 1IEEA 1KXWA 3RT5X 154LA 2DQCY 1LSYA 2YBMA 1J1XY 4WM2A 3TXDA 4PRQA 1B2KA 4B49A 4E3UA 5DN5A 3HBEX 3WUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L82A 1B5UA 1L52A 253LA 1V7TA 3QE8A 1C6IA 3AGIA 2ZQ4A 3G3BB 1VAUA 1LYHA 3BKHA 2LZTA 4GN4A 2BLXA 165LA 2OU8A 3WULA 4WG7A 3HTDA 2OE7X 1SSYA 4H93A 5APFA 3CQLA 4I7JA 3J4GA 4UWVA 1BQLY 2B7XA 1CTWA 1C6TA 1G7IC 1UACY 1D9WA 4HJZA 3T36A 1B5YA 1JTNA 1I1ZA 218LA 4NGWA 5FDJA 1L08A 1T8GA 2DQEY 1NBYC 167LA 2BQLA 3GUOA 2QB0B 1EQ5A 1B9OA 3TXEA 1JKDA 4BAFA 1OWYA 224LA 1CV0A 1C69A 1NHBA 1LZCA 4WM5A 4RLNA 2O7AA 5I4YA 1P64A 4NGLA 3W6CA 5APEA 1IX0A 2BQGA 1LJGA 5M1YA 2Z37A 2F2QA 4H8XA 186LA 1C61A 5KXWA 1B7OA 5KXOA 4DT3A 1DI3A 1INUA 233LA 3TMVA 1BGIA 3LYOA 2B73A 178LA 4ET8A 1WTHA 1LSDA 5I4WA 4UWNA 1LZSA 3HFMY 5F14A 1PQDA 1TBYA 1WVVA 1P7SA 260LA 1FLQA 8LYZA 169LA 2HUKA 5L3HA 4YEMA 227LA 1C6MA 3ATOA 4N8ZA 250LA 4U3XB 259LA 2MEHA 1LCNA 1YKZX 1RJCB 139LA 1HC0A 2BLYA 3CDRA 1FBIX 1C6FA 1WTNA 157LA 1HFXA 206LA 5LVHA 4B4EA 1L06A 1C63A 1L62A 4XJFA 1FLUA 1TDYA 1L74A 4I7LA 1LMTA 1QTZA 1LTMA 1HF4A 1L88A 4DDBA 3AGGG 5F81A 2OE9X 2NTHA 1JJ3A 4GCBA 1JJ0A 1LHJA 3IJVA 1LKRA 1GBSA 1LZGA 3AGHA 4EKPA 1GE3A 3WMKA 1FDLY 1GE2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AZ6 A;  5HQ1 A;  1QSA A;  1B5U A;  1V7T A;  1JIT A;  3QE8 A;  4WL7 A;  1I20 A;  3LYT A;  1GAY A;  3AGI A;  2ZQ4 A;  5LVJ A;  1IY3 A;  1GB9 A;  3G3B B;  1GFA A;  3N9C A;  1GBX A;  1VAU A;  2I25 L;  1GF5 A;  1IO5 A;  1FLW A;  1GFV A;  1LSZ A;  5LAG A;  1CJ9 A;  208L A;  2LZT A;  3BKH A;  4IJ4 A;  5HMJ A;  1N4F A;  4YM8 A;  1LPI A;  1MEL L;  4GN4 A;  2BLX A;  4HV2 A;  5FST A;  5FCP A;  2HUB A;  2G4Q A;  2HEA A;  2NWD X;  1GFT A;  2Z12 A;  3WUL A;  4WG7 A;  1BWH A;  1IP1 A;  3TMU A;  3WPJ A;  1GFK A;  3B0O A;  1IWX A;  3B0K A;  4WO9 A;  4ETD A;  1QUS A;  3CT0 A;  1E8L A;  1VDT A;  2IFF Y;  4H93 A;  5APF A;  3CQL A;  4ML7 A;  3J4G A;  4QY9 A;  4UWV A;  2BQA A;  1BQL Y;  4XAD A;  1DPX A;  4OWB A;  1GFR A;  2BPU A;  1JEF A;  1IR8 A;  4O34 A;  4DD9 A;  5C6I A;  1G7I C;  1UAC Y;  132L A;  5I53 A;  193L A;  5IHG A;  1OUF A;  2YBH A;  4HJZ A;  1UUZ C;  3W6A A;  1EL1 A;  2C8O A;  1F6S A;  5FHW A;  1C46 A;  4D9Z A;  4PPO A;  4WLX A;  1LSA A;  3T36 A;  3WU7 A;  1B5Y A;  4HP0 A;  5F9U A;  1I1Z A;  3W6F A; 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 4NG1 A;  4NHT A;  5B1G A;  4LT3 A;  4PJ2 C;  4ETA A;  4II8 A;  1XGR C;  4HJV A;  1HEL A;  2BQI A;  2YBJ A;  4NSI A;  4WO6 A;  3A94 A;  1B7Q A;  1IWY A;  2ZIJ A;  3CSR A;  3WXU A;  5E9R A;  135L A;  1YAM A;  1T6V L;  4NHP A;  1QDR A;  5A3Z A;  1HSX A;  5J7C A;  5APC A;  1YAQ A;  1REZ A;  2YSS C;  4LGK A;  4OOT A;  1XGU C;  2X0A A;  3WPK A;  5LA8 A;  2ZIL A;  4LZT A;  1XEI A;  3AZ4 A;  2EQL A;  2MEG A;  4B1A A;  4H9H A;  3EBA B;  1NMM A;  1LSN A;  1IC7 Y;  2HU1 A;  3TXB A;  4GCE A;  1UIC A;  2BQC A;  1DKK A;  4GN3 A;  1GFU A;  3TMX A;  1HSW A;  4NGY A;  1LYZ A;  4XYY A;  1RFP A;  4LT0 A;  4DD0 A;  3AZ5 A;  4PGJ B;  1GEV A;  2Z2F A;  3A6B Y;  4IAS A;  4W96 A;  1BB4 A;  2CDS A;  3HBD A;  3WVY A;  1D9U A;  1UIE A;  3IWR A;  4R6C A;  3LZ2 A;  1RE2 A;  3RNX A;  1TAY A;  1LJI A;  4G9S A;  2BQF A;  1NQI A;  4WG1 A;  1UIG A;  2Q0M X;  1DZB X;  3AZ7 A;  4NY5 A;  1JPO A;  3N9A A;  2AUB A;  4N1E I;  4XN6 A;  1A4V A;  1REX A;  1G7M C;  3WXT A;  5KKJ A;  3CB7 A;  2ZQ3 A;  2ZNW Y;  1LJK A;  4HPI A;  1LZD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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