1LMTA

Structure of a conformationally constrained arg-gly-asp sequence inserted into human lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVCRGDSCNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Structure of a conformationally constrained Arg-Gly-Asp sequence inserted into human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmtA00
3TMUA 4DYGA 6LYTA 1PZYA 1JKBA 1IWXA 4DWXA 3AZ5A 4PPOA 4ZFPA 1IP4A 4YF2A 4G4CA 4NIJA 5AMYA 1OP9B 3WW5A 3RT5X 1G7MC 1QSWA 1T6VL 1LSBA 2F4GA 1GBYA 4G9SA 1CJ6A 1OUGA 4ZIXA 1LSNA 4LYOA 1IR8A 3CSZA 4WO6A 3N9EA 5D5CA 4NY5A 3P66A 4OW1A 4OWBA 4YOPA 1GWDA 4IATA 5B1FA 1DQJC 2I26L 4NGVA 1FKQA 1LZNA 2HEEA 4IASA 1FLUA 4LT1A 2BQOA 2MEFA 2A7FA 3J4GA 4HSFA 5APCA 4Z41A 5KXWA 4DC4A 3B6LA 1QUTA 1BGIA 4NGZA 1NMMA 2W1MA 1J1XY 1LZ5A 1GF8A 1LZGA 4LGKA 5KXOA 1JKCA 2H5ZA 4LT0A 1GXXA 1YROA 2BPUA 4GN5C 3AW6A 1VDTA 2ZIJA 4GLAA 1IR9A 4WMGA 1JHLA 1B9OA 1WTMA 1LKRA 1NF5A 5I4XA 2Z38A 2DQHY 3GXRA 1EQEA 1REXA 3FI7A 4WLYA 1C43A 3CQLA 3P68A 1HERA 3A94A 1FBIX 1IP1A 1YAPA 2ZQ4A 1AM7A 4WLDA 1IWVA 2YBMA 4H8ZA 3ATNA 1LPIA 1WQNA 4AGAA 1AKIA 1LZ6A 4YM8A 4TTDA 1A2YC 1B7PA 4WM3A 1WTNA 1QUSA 3WVXA 1LYYA 5KKIA 4Z46A 1KXXA 3HBEX 3W6EA 4J7VA 1IOQA 3WU7A 1FLWA 1BWJA 5APEA 1GB0A 2BQHA 1LOZA 3WXTA 1ZV5L 4RDSA 1D0MA 1B5VA 4B4JA 1DXJA 2EQLA 5I53A 5LVIA 2Z2FA 3B72A 1NKHA 5I4WA 1D0LA 2I6ZA 1LZ4A 2D91A 4E3UA 1B5WA 4TSCA 5C6LA 5LINA 2BQKA 4H94A 1SLYA 4LFXA 1NHEA 4PGJB 4WL7A 4AXTA 5KXLA 1V7TA 3HBDA 2BQDA 1HSXA 4NGIA 2Z37A 4I0CA 5ILCA 4LT2A 1KIQC 4ANRA 1OUDA 1OUBA 4H9BA 4CFPA 2YBNA 2VB1A 5KXXA 4RLNA 2EKSC 1WQQA 5LYTA 1GB3A 1HEOA 1UCOA 1XEIA 1D0KA 1IWYA 4NHQA 2HEAA 2F2NA 4H9EA 5FSTA 2BQIA 3A3QA 4B4EA 4BAPA 3IJUA 4DD1A 4CJ2A 3QNGA 1GBSA 1VFBC 3WMKA 1IWWA 1WQOA 1AT6A 1GDWA 1LMPA 2Z2EA 5J7CA 1LHLA 4G49A 2W1YA 4NEBA 1DI4A 2Z19A 1LJGA 1B7MA 4B4IA 4HJYA 1QTEA 2LZTA 3SP3A 5II3A 1TCYA 5APDA 1HEQA 4WG7A 1C46A 3A90A 3P4ZA 3IWRA 5F9UA 3EMSA 4XJFA 1IP7A 1LYSA 2FYDA 2LYMA 5L3HA 3TXIA 2DQGY 1IP5A 1GFEA 1VEDA 2FYCA 2MEBA 4J1AA 4W96A 3TXHA 4LZTA 4ETAA 1GE3A 1IWTA 1BB3A 1YL1X 2DQAA 3AW7A 3HFMY 5LYMA 3M3UA 5JENB 1I1ZA 5LVKA 3TMXA 4M4OA 1LMQA 1LJFA 4TSBA 2BQJA 4N8ZA 1GAYA 3TXBA 4HJVA 4CHXA 5C6JA 7LYZA 1OUIA 4XJBA 4LYCA 5LIOA 3WW6A 1TAYA 1LCNA 1DZBX 1NBYC 2N5ZA 3A6CY 3A95A 2EPEA 1DI5A 1LJJA 1B7SA 3MGWA 5A3ZA 4OOTA 3AZ7A 2DQEY 4WL6A 1BWHA 1IP3A 1AT5A 1IC7Y 1KXYA 4PRUA 4BAFA 2HEFA 3TXKA 5LA5A 1FN5A 4HTKA 1C7PA 1IEEA 1JKDA 2NWDX 2HTXA 1DPWA 1GB5A 1EQ5A 1HEPA 4NHIA 3LZTA 3B0OA 5KXNA 1VDPA 132LA 1KIPC 1GB9A 5DLAA 2G4NA 3TMWA 1OQMA 1WVUA 1QQYA 1CJ9A 4BADA 2MEHA 4H9AA 4ETEA 1DKKA 5HNCA 1GE2A 1B5UA 5KXYA 1LSGA 4OWAA 1QTKA 2D4JA 1LJ3A 3AZ4A 1QDRA 1HHLA 1JTTL 2BQLA 4C3WA 5FCPA 1ALCA 4HTNA 1HF4A 1JJ1A 3CSRA 1IOTA 1LMOA 3CSQA 1B7QA 4NHPA 3N9AA 4YENA 1CKFA 1B0DA 2BAAA 2C8OA 4GCCA 4XADA 5B06A 2D4KA 4TX7A 2LYOA 5B05A 1IR7A 1UIAA 4X3BA 1IY3A 4WM5A 1YIKA 1YKZX 2F30A 1UICA 1WQPA 1LZRA 5C6IA 1UBZA 2DQIY 3WUNA 1NDGC 1JIYA 1IP2A 1KIRC 1YKYX 2BLXA 1I56A 2BQMA 1RJCB 1H87A 1XGUC 1JITA 1IC5Y 4J0LA 1LJHA 4NGJA 1LYOA 2CGIA 1CKCA 4MR1A 4QEQA 5FEKA 3WPJA 2FBBA 1BHZA 4WM1A 4DD7A 5FELA 2MEEA 3AJNA 1XEJA 1LSEA 1B5YA 2D6BA 1XGQC 2A7DA 1TDYA 3AZ6A 4HTQA 5IHGA 3LYMA 1JSEA 4O34A 4XJGA 5KXKA 3J6KA 4H9HA 1CNSA 1IO5A 1FDLY 1HELA 5LA8A 1XEKA 1UUZC 4UWVA 4NGOA 4KT3A 1LZCA 3W6BA 1O23A 1REYA 2HECA 4H92A 4NG8A 154LA 3LYTA 3AB6A 4UWUA 4H90A 1LAAA 1T3PA 1LMCA 5FHWA 1BB5A 1JUGA 3E3DA 4DD0A 1GEVA 4LYTA 1D6QA 2YBHA 1BVXA 5T3FA 2YSSC 2HEBA 1JJ0A 1B7LA 1HEMA 5E9RA 1GB7A 3B0IA 4XJHA 1KXWA 1LHKA 1IY4A 1GE0A 2BQBA 1YANA 5K7OA 2EIZC 1IOCA 1HMLA 2MEIA 5B59A 3TMVA 2DKVA 1QDTA 1BQLY 4QDNA 4RW1A 4WO9A 1XGTC 2LZ2A 4LT3A 3ZEKA 1G7IC 4N1EI 1LSPA 4NWEA 3OK0A 4LFPA 4H93A 3BKHA 4DDBA 4CGEA 4H1PA 1LJ4A 3LHMA 5B07A 1LSZA 3RW8A 5IDDA 1HSWA 4EMNA 4B1AA 5E4PA 3RU5A 1E8LA 1GBOA 4ETBA 3D3DA 1LZYA 1IVMA 1WQMA 1JTOL 1F10A 1W6ZA 2ZILA 1PS5A 3BKVA 1FLYA 3G3AB 1LSDA 4CFOA 1IC4Y 3D9AC 2C8PA 4ETDA 2IHLA 3LYOA 1FLQA 3A8ZA 1GFGA 1LZBA 4KL7A 2MEAA 1HENA 2Z39A 4DD2A 1LMAA 5LAGA 1LYZA 1XGPC 1IIZA 1UA6Y 3WVYA 2DQFC 4H9CA 3VWOA 3ZVQB 1YKXX 133LA 4N0JA 2BQAA 1GF9A 1LZEA 1GBZA 1GFJA 1DPXA 2H9KA 3HBHA 4TWSA 1JSFA 4MSTA 3W6CA 5HMJA 1A4VA 5F9XA 1OUEA 1J1OY 1UC0A 1UIDA 4H8XA 4LYZA 5F16A 1NBZC 1VDSA 1Z55A 3M18B 4TUNA 5FDJA 3F6ZA 1D6PA 4WLXA 1GF6A 5KXTA 1GF7A 1LZ8A 4NHTA 1IOSA 1GFUA 2BQNA 5EBHA 4HV2A 3CT5A 1SQ2L 2PC2A 5DN5A 1LSYA 1QSAA 4II8A 3WU8A 1GAZA 3AGGG 4HP0A 4DDAA 1BVKC 1CKGA 3TXFA 4ETCA 4XJIA 1TEWA 1HMKA 5M1YA 5KXPA 2WARA 4U3XB 4YEMA 1NWGA 4NGYA 1REZA 5DM9A 3CT1A 1TBYA 1BB4A 1FKVA 2LHMA 3W6DA 5LVJA 1JPOA 2HUBA 1JISA 1HEWA 3TXGA 2G4PA 3WPKA 4DD3A 1BWIA 3W6AA 2BQGA 1GFAA 1GB6A 1B2KA 1VATA 4FJRA 3RNXA 3W3EA 1LSMA 1NQIA 4QY9A 2HU3A 1QIOA 3LN2A 5KKJA 1JEFA 1LZ9A 1UIHA 2DQCY 4G4HA 6LYZA 4NSGA 2XTHA 2DQDY 1GFRA 4D9ZA 3A96A 135LA 4MCKA 2MEDA 1HFZA 3QE8A 1CKDA 1MELL 1CJ8A 5HLLA 5LVGA 1LJIA 4R0FA 1LHJA 1GF4A 3KAMA 2ZIKA 4B0DA 4WM6A 3K3TA 4NSJA 1RI8B 5A3EA 3AGHA 1W08A 2BLYA 4R6CA 1C10A 4P2EA 4B49A 1V7SA 3LYZA 4IJ4A 1B7NA 1LZSA 1ZVYB 1GHLA 1EQ4A 2IFFY 3WUAA 1IORA 1REMA 5L3IA 1LZ1A 5LVHA 5LXWA 1D9UA 1LHHA 193LA 3WULA 4UWNA 1I20A 1LSAA 3CT0A 4G4BA 3ULRA 2BQFA 153LA 1F0WA 5ILFA 3A34A 5I5QA 3A3RX 1LSFA 4Z98A 4BS7A 5HQ1A 2GV0A 1BB6A 1GB2A 5LYZA 1CJ7A 2YBJA 2ZQ3A 5KY1A 4H91A 4M6DA 1RFPA 4RW2A 2W1XA 2I25L 2YBLA 4XENA 1LJKA 3OJPA 1F6SA 1ZMYL 3AGIA 4QGZA 5F14A 1B7RA 1DKJA 1LMTA 4PHIA 5I54A 1UIEA 4ML7A 2LYZA 5DL9A 3TXJA 1HFXA 1VDQA 1UIFA 2ZYPA 3P64A 2XJWA 1NDMC 1GFKA 4ZEEA 1OUHA 5L9JA 1OUAA 194LA 3WH1A 1CKHA 1LZTA 5IELA 3N9CA 4ET8A 3A6BY 1XFPL 8LYZA 4EOFA 5F81A 2CWIA 1GD6A 3EXDA 3W6FA 1GDXA 1JKAA 1JWRA 3EBAB 4DD9A 4DDCA 4LYBA 1C08C 4Z3MA 1AZFA 4NG1A 4NGWA 4XN6A 3TXEA 3RZ4A 3B0KA 1ZVHL 2HEDA 2XBRA 3T36A 1GPQC 1N4FA 1UIGA 2BQEA 1GFHA 4WM2A 4DT3A 1JJ3A 1G7HC 1EL1A 2DQJY 2Z18A 1HC0A 3A93A 4HJZA 134LA 5I4YA 1YAOA 2Q0MX 3A92A 4GCFA 1G7JC 1MLCE 4KPMA 1P2CC 2ZNWY 4W94A 4C5FA 4PJ2C 1GBXA 4NSIA 3AYQA 4NGLA 4OOOA 2F4AA 4HV1A 3WYHA 3WUMA 2MEGA 1BB7A 1C45A 1UACY 2DBTA 1VAUA 1OUFA 1OUCA 3WPLA 4GN4A 2Y8PA 1IX0A 1LTMA 5KXMA 4H9IA 4XJDA 1LJNA 5HNLA 1GE4A 1G7LC 1J1PY 208LA 2X0AA 3ZVQA 2AUBA 4HPEA 1B7OA 4L41A 2HU1A 4WOAA 207LA 9LYZA 5HMVA 3A67Y 1JTPL 1YAQA 3LZ2A 4HPIA 4OWEA 4XYYA 4WM4A 1GFTA 3T6UA 4OWHA 3FE0A 2ZWBA 5KXSA 4I8SA 3A91A 4OWCA 4GCDA 4A7DA 4RLMA 4YEOA 5DN4A 4GCBA 1RE2A 3WXUA 2CJLA 1H6MA 2D4IA 4GN3A 4GCEA 4J1BA 2RSCA 1B5ZA 1GF3A 4KXIA 4N5RA 5KJ9A 4LYMA 2Z12A 3G3BB 1INUA 1GBWA 1LJEA 1XGRC 2ZNXY 5KXRA 2G4QA 4NFVA 2W1LA 1GFVA 1IWUA 1LHMA 4N1CC 2XBSA 4ET9A 2B5ZA 3EO5A 1HNLA 2CDSA 1LZDA 4NGKA 4NSHA 1F6RA 2YDGA 4FDYA 3QY4A 1WQRA 1WVVA 1DI3A 2H9JA 4H8YA 3WU9A 1LZAA 3CB7A 4N9RA 3TXDA 1GEZA 1OUJA 1GF5A 4NWHA 1IWZA 2YBIA 1RCMA 5KXZA 1IP6A 1YILA 2MECA 5APFA 2ZYCA 1GF0A 1XSFA 1GB8A 3GXKA 2BQCA 2YVBA 4GLVA 4NHSA 4PRQA 4WLTA 5LAFA 1GXV2 1B5XA 3IJVA 1LMNA 2FBDA 1LHIA 1LKSA 1YAMA 1YQVY 3P65A 3ATOA 1HFYA 5B1GA 3WL2A 5D5FA 4H9FA 4WG1A 1UIBA 1GE1A 1LSCA 1YL0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DYGA 4DWXA 1QSBA 4PPOA 1T6VL 2F4GA 1CJ6A 1LSNA 3F8VA 3N9EA 104LA 4YOPA 246LA 2HEEA 3GUIA 1L60A 2BQOA 1L87A 3J4GA 4EKPA 1QS5A 3B6LA 2W1MA 1J1XY 1LZ5A 7LZMA 1JKCA 3C8QA 3AW6A 1L99A 4GLAA 1IR9A 4W53A 248LA 1JHLA 1WTMA 2B70A 5I4XA 2DQHY 3GXRA 1C6TA 1EQEA 1C43A 1G0KA 2YBMA 3ATNA 1CUQA 1QUOA 1L86A 143LA 1QUSA 4Z46A 256LA 1FLWA 2BQHA 3WXTA 1L24A 1DXJA 172LA 3B72A 1CVKA 1NKHA 1PQOA 1D0LA 5I4WA 4E3UA 4TSCA 1L06A 4WL7A 4PGJB 5KXLA 3C8RA 4E97A 1L51A 210LA 1XEPA 1KIQC 2VB1A 4RLNA 1WQQA 257LA 1UCOA 1HEOA 1L15A 1L72A 4B4EA 4BAPA 1L13A 1AT6A 1GDWA 1L93A 1LHLA 1D2WA 1QTVA 123LA 1CTWA 3FI5A 4HJYA 1C46A 3EMSA 4XJFA 1IP7A 1LYSA 2FYDA 4W96A 4ETAA 1BB3A 1YL1X 3AW7A 3HFMY 3M3UA 1G0PA 1L0JA 5LVKA 4N8ZA 7LYZA 1PQJA 3WW6A 2N5ZA 3A95A 3MGWA 1DI5A 3AZ7A 109LA 5LA5A 1IC7Y 4BAFA 3QAKA 3LZMA 1IEEA 2NWDX 1GB5A 1L62A 2RBOA 114LA 1KIPC 1L29A 2G4NA 1WVUA 1QQYA 4BADA 1QTCA 1QTKA 2D4JA 1LJ3A 1L75A 1HHLA 229LA 1JJ1A 4AQNA 239LA 1LMOA 199LA 2C8OA 1B0DA 4XADA 1L00A 1LGUA 2F30A 1G0LA 4W51A 1I56A 1RJCB 1IC5Y 2IGCA 1L21A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TMU A;  4DYG A;  6LYT A;  1PZY A;  1JKB A;  1IWX A;  4DWX A;  3AZ5 A;  4PPO A;  4ZFP A;  1IP4 A;  4YF2 A;  4G4C A;  4NIJ A;  5AMY A;  1OP9 B;  3WW5 A;  3RT5 X;  1G7M C;  1QSW A;  1T6V L;  1LSB A;  2F4G A;  1GBY A;  4G9S A;  1CJ6 A;  1OUG A;  4ZIX A;  1LSN A;  4LYO A;  1IR8 A;  3CSZ A;  4WO6 A;  3N9E A;  5D5C A;  4NY5 A;  3P66 A;  4OW1 A;  4OWB A;  4YOP A;  1GWD A;  4IAT A;  5B1F A;  1DQJ C;  2I26 L;  4NGV A;  1FKQ A;  1LZN A;  2HEE A;  4IAS A;  1FLU A;  4LT1 A;  2BQO A;  2MEF A;  2A7F A;  3J4G A;  4HSF A;  5APC A;  4Z41 A;  5KXW A;  4DC4 A;  3B6L A;  1QUT A;  1BGI A;  4NGZ A;  1NMM A;  2W1M A;  1J1X Y;  1LZ5 A;  1GF8 A;  1LZG A;  4LGK A;  5KXO A;  1JKC A;  2H5Z A;  4LT0 A;  1GXX A;  1YRO A;  2BPU A;  4GN5 C;  3AW6 A;  1VDT A;  2ZIJ A;  4GLA A;  1IR9 A;  4WMG A;  1JHL A;  1B9O A;  1WTM A;  1LKR A;  1NF5 A;  5I4X A;  2Z38 A;  2DQH Y;  3GXR A;  1EQE A;  1REX A;  3FI7 A;  4WLY A;  1C43 A;  3CQL A;  3P68 A;  1HER A;  3A94 A;  1FBI X;  1IP1 A;  1YAP A;  2ZQ4 A;  1AM7 A;  4WLD A;  1IWV A;  2YBM A; 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 1OUF A;  1OUC A;  3WPL A;  4GN4 A;  2Y8P A;  1IX0 A;  1LTM A;  5KXM A;  4H9I A;  4XJD A;  1LJN A;  5HNL A;  1GE4 A;  1G7L C;  1J1P Y;  208L A;  2X0A A;  3ZVQ A;  2AUB A;  4HPE A;  1B7O A;  4L41 A;  2HU1 A;  4WOA A;  207L A;  9LYZ A;  5HMV A;  3A67 Y;  1JTP L;  1YAQ A;  3LZ2 A;  4HPI A;  4OWE A;  4XYY A;  4WM4 A;  1GFT A;  3T6U A;  4OWH A;  3FE0 A;  2ZWB A;  5KXS A;  4I8S A;  3A91 A;  4OWC A;  4GCD A;  4A7D A;  4RLM A;  4YEO A;  5DN4 A;  4GCB A;  1RE2 A;  3WXU A;  2CJL A;  1H6M A;  2D4I A;  4GN3 A;  4GCE A;  4J1B A;  2RSC A;  1B5Z A;  1GF3 A;  4KXI A;  4N5R A;  5KJ9 A;  4LYM A;  2Z12 A;  3G3B B;  1INU A;  1GBW A;  1LJE A;  1XGR C;  2ZNX Y;  5KXR A;  2G4Q A;  4NFV A;  2W1L A;  1GFV A;  1IWU A;  1LHM A;  4N1C C;  2XBS A;  4ET9 A;  2B5Z A;  3EO5 A;  1HNL A;  2CDS A;  1LZD A;  4NGK A;  4NSH A;  1F6R A;  2YDG A;  4FDY A;  3QY4 A;  1WQR A;  1WVV A;  1DI3 A;  2H9J A;  4H8Y A;  3WU9 A;  1LZA A;  3CB7 A;  4N9R A;  3TXD A;  1GEZ A;  1OUJ A;  1GF5 A;  4NWH A;  1IWZ A;  2YBI A;  1RCM A;  5KXZ A;  1IP6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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