The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
76
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structure length |
76
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Chain Sequence |
VNVQRPLDALGNSLNSPVIIKLKGDREFRGVLKSFDLHMNLVLNDAEELEDGEVTRRLGTVLIRGDNIVYISRGKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The oligomerization and ligand-binding properties of Sm-like archaeal proteins (SmAPs)
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
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| source organism |
Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
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| molecule tags |
Rna binding protein, transcription
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| total genus |
13
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| structure length |
76
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| sequence length |
76
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-05-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LJO A; 5GAN e; 2YLB A; 2ZGW A; 1X01 A; 3L1A A; 3JB9 H; 2EAY A; 2VXF A; 4M78 C; 4M7A A; 4EMK A; 2EJF A; 3RES A; 2DTH A; 4PJO F; 4A54 A; 4M77 A; 4C8Q A; 3GIB A; 1TH7 A; 5GMK j; 4PNO A; 4XTU A; 4F7U E; 1B34 B; 3JCM X; 5GAN 6; 5GAN 2; 3HFO A; 2E41 A; 4DQ2 A; 3JCM P; 3PGG A; 5LJ5 g; 4MMK A; 4JRI A; 3JCM Q; 1KQ1 A; 3JB9 I; 1I81 A; 5GAM e; 1HXD A; 4M78 A; 2E10 A; 3QUI A; 5I21 A; 5GAN d; 5GAO q; 3RIR A; 3L2Z A; 4F7U G; 4EMH A; 5LJ5 h; 1M5Q 1; 4X9D A; 3JB9 J; 4M7A F; 3SB2 A; 5GMK i; 2RM4 A; 4C8Q F; 3JCM f; 4C92 E; 1N9S A; 3BW1 A; 4XQ3 A; 3JCM d; 4HT8 A; 3BDU A; 5GAO n; 3JCM c; 3AHU A; 1I4K 1; 2VXE A; 5GMK m; 4XTX A; 4HT9 A; 5GAM f; 2DVE A; 1I5L A; 5GAM d; 3JB9 D; 4F7U B; 5LJ5 j; 4C92 D; 1JRI A; 2E64 A; 3QHS A; 4M78 F; 3JB9 G; 3QSU A; 2E1H A; 4C92 G; 3JCM J; 2DXU A; 1WQW A; 4OP0 A; 3JCM e; 2EJ9 A; 2DZ9 A; 4F7U A; 5GAO r; 2EWN A; 5GAN 3; 1LNX A; 4M7D B; 5GAN g; 1WPY A; 4JUV A; 2DXT A; 5GAN 5; 1Y96 B; 4M75 E; 1B34 A; 4M7D E; 2Y90 A; 4X9C A; 1BIB A; 4C92 C; 2FYK A; 3INZ A; 2HNI A; 4J5Y A; 3JCM V; 1HK9 A; 5GMK e; 3V7S A; 2JN0 A; 5DY9 A; 4M75 D; 5LJ3 d; 1Y96 A; 4J6Y A; 5LJ3 g; 4M7D D; 4C92 B; 5GAN h; 3RKX A; 2RB6 A; 4RCC A; 4M75 G; 4C8Q B; 2DEQ A; 4M7D G; 3HFN A; 3EFS A; 4PJO B; 5GAO p; 4J6X A; 4A53 A; 4EMG A; 4M77 D; 3FJP A; 3M4G A; 4PJO E; 3JCM W; 2CGH A; 3RKW A; 4C92 A; 5GAN 8; 2YHT A; 4JRK A; 3VU3 C; 1JBM A; 4M77 G; 4NL2 A; 5LJ3 h; 3V7C A; 3V8L A; 4F7U F; 5GAO l; 4M75 C; 1KQ2 A; 3EFR A; 4M7D C; 5GAN j; 4PJO D; 1WQ7 A; 4NOY A; 3BY7 A; 2FB7 A; 4Y91 A; 2DZC A; 4M78 D; 1I8F A; 3RKY A; 3RUX A; 4PJO G; 5GAM h; 2QTX A; 4M75 B; 4M77 C; 2DTO A; 4QVC A; 4JLI A; 3FIF A; 4N0A C; 5CAI A; 3HSB A; 5LJ3 j; 5LJ5 e; 4M7A E; 1N9R A; 4M77 B; 4M75 A; 3JCM b; 1U1S A; 4PJO C; 4M7D A; 4M77 E; 4C8Q E; 3JB9 F; 4NL3 A; 3V8J A; 1H64 1; 4C92 F; 5GAM j; 3V7R A; 3JCM g; 4M7A D; 2E65 A; 3QO3 A; 2DTI A; 5GAN 4; 5GAO m; 2YLC A; 4N0A A; 4C8Q D; 4M78 B; 5GMK l; 5GAM g; 5LJ3 e; 2EJG A; 4XU1 A; 4M7A G; 1YCY A; 4HA8 A; 2VC8 A; 4XTZ A; 4M78 E; 2DJZ A; 2DKG A; 4J6W A; 4C8Q G; 3SWN C; 5LJ5 f; 5GAN 7; 2RD1 A; 1MGQ A; 3RER A; 3BFM A; 3JCM h; 5LJ5 d; 4PJO A; 3FB9 A; 1D3B B; 4V2S A; 1M8V A; 5GAN f; 4MML A; 4EMK C; 1WNL A; 4M7A C; 4RCB A; 4WF2 A; 2I2L A; 4XU3 A; 3SWN B; 2K57 A; 4QVD A; 4M75 F; 1LOJ A; 4C8Q C; 4M7D F; 4M78 G; 4XTV A; 4XU2 A; 1D3B A; 3V8K A; 5GMK h; 4M7A B; 4XTY A; 4EMK B; 4XTW A; 1BIA A; 5LJ3 f; 1U1T A; 3SWN A; 4M77 F; 4XU0 A; 2RA2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQ8 Q; 2J06 A; 2KRM A; 2HDA A; 2HZY A; 3EG0 A; 2ZAE A; 1LCK A; 3MEW A; 5KYY B; 1NLP C; 1PG5 B; 1TH7 A; 2QQS A; 1YBY A; 2KAF A; 2RQU A; 1XJW B; 2QGF B; 1OZ3 A; 5EG2 A; 1K8A C; 1Y0M A; 1FWZ A; 1RUW A; 3BDL A; 1PKT A; 2PZ1 A; 1SKU B; 2FPF A; 2AIR B; 2LP5 A; 3PTA A; 1AWJ A; 2GFU A; 3TSW A; 1JRI A; 5HK0 A; 3QHS A; 3JB9 G; 2RO0 A; 3A8M B; 2CP2 A; 4OP0 A; 3CC7 A; 5IT9 E; 2DXT A; 1Y96 B; 4IUQ A; 1K9M U; 4Q5W A; 3CPW S; 2F5T X; 2VGN A; 2LVM A; 4RG2 A; 1YWO A; 2H8H A; 5DLQ E; 4M75 G; 1Q86 U; 1RAC B; 2LQK A; 2F2W A; 3QWX X; 3VS2 A; 4AT1 B; 3G7Z A; 2LJ0 A; 3A8O B; 2KI7 A; 2QGG A; 1M1K R; 3RUX A; 1I8F A; 1K0X A; 2CRE A; 1AD5 A; 4PLL A; 5L8R E; 3L2U A; 1P92 A; 4PJO C; 1N8R R; 1PSE A; 2X9H A; 4OMF B; 4Z8A A; 1OU9 A; 4M78 E; 3CXC A; 2RJF A; 5LJ5 f; 2OTJ T; 3GP8 A; 1VQ6 T; 1KQS S; 5KYW A; 2RQV A; 4EMK C; 4GY5 A; 3G6E Q; 2MWO A; 3M9Q A; 1WHM A; 2HQE A; 1KG1 A; 1Q82 R; 1VQP T; 2RQR A; 1U1T A; 5LJ3 d; 1JJ2 A; 1ZLM A; 1Y57 A; 2HQX A; 4FYY B; 4ZGD B; 4OF1 A; 1K73 R; 3VS7 A; 3CCS A; 3QZ5 B; 4M77 A; 4C8Q A; 1FYN A; 4XTU A; 2M16 A; 2AT1 B; 3SDZ A; 4R0K A; 4JJN K; 4QW2 A; 4BY6 C; 1MMG A; 2D6F A; 2JMA A; 1M8M A; 3LGF A; 2P0K A; 4EMH A; 3MET A; 3DLM A; 3CXC P; 3X25 B; 1VQN T; 3JCM c; 2C0I A; 1R8O B; 4BI4 A; 1ZUU A; 2CP0 A; 2J6O A; 1R0B G; 1VQO T; 2V1R A; 1JJ2 P; 5GAO r; 2LNH B; 5GAN 5; 2R57 A; 1B34 A; 4LXC A; 1UE9 A; 4E7K A; 2HNI A; 5GJW B; 4MZM A; 3VS4 A; 4J6Y A; 5LJ3 g; 3RKX A; 2RB6 A; 4RCC A; 1IRE B; 1JB0 E; 3RKW A; 4KGV B; 4RTU A; 3I56 T; 5D7U A; 1Q7Y C; 5LJ3 h; 3L2Q A; 1RLP C; 1UJY A; 1YJW Q; 4M7D C; 2OTJ A; 3CD6 A; 2K9G A; 1EZZ B; 2D1X A; 4J7F A; 2LT1 A; 3TU4 K; 2Y4X A; 2X35 A; 4JDS A; 1TSF A; 1VQP A; 4A4G A; 4M7A E; 1GFC A; 4C5H A; 1O75 A; 2BE7 D; 5GAM j; 1SHG A; 4M7A D; 5IHK A; 3CPW A; 2E65 A; 1PM3 A; 2DKG A; 2L3S A; 5FWB A; 4LD6 A; 2RI3 A; 3BFM A; 1QQJ A; 1FMK A; 3REB B; 4MML A; 2DF6 A; 1YHQ A; 4M78 G; 3S6W A; 3ZFJ A; 2R5A A; 5I22 A; 1UGS B; 2D0Q B; 4C8Q B; 2KK4 A; 5GAN e; 2G3R A; 3PT9 A; 1M9S A; 3CCU T; 4F04 B; 3CCE Q; 4LDW A; 3M0P A; 1ZHI A; 3NTI A; 4XK8 E; 1VQ8 T; 2KYB A; 3G4S T; 4JRI A; 3CCV Q; 2L3R A; 1IHW A; 1UGV A; 4PK4 A; 2K3X A; 3CME Q; 3L2Z A; 5FRN A; 4N4H A; 2EKH A; 1ZA2 B; 4ZN3 A; 2E5Q A; 1WXU A; 5GMK i; 1KQS A; 2ROL A; 3KFV A; 4CC2 A; 1Z9Z A; 4HT8 A; 4JS4 A; 5GAO n; 3OS5 A; 1AWX A; 2WAC A; 3A1P A; 2QEX Q; 2QA4 Q; 3OSS C; 1U5S A; 1T3S A; 2A28 A; 2CS7 A; 4DBF A; 1T0H A; 4J7I A; 2HL3 A; 2E1H A; 2DX1 A; 5IXB A; 5GAN 3; 2K3B A; 3QJY A; 1SG5 A; 3INZ A; 4JJD A; 3VRY A; 1AOJ A; 2JN0 A; 1KHC A; 2DYB A; 3CCQ Q; 2DER A; 4PJM A; 2K5L A; 2KBT A; 2K79 A; 4L5G A; 2MIO A; 3LLR A; 3P8D A; 4Y28 E; 3VU3 C; 1VQ9 A; 2MYS A; 1QWF A; 2GCX A; 3G71 Q; 1A0N B; 4J8O A; 1E7O A; 3RKY A; 2D8H A; 1WXT A; 1N27 A; 1OZ2 A; 2EYQ A; 1U1S A; 1D0Y A; 4NL3 A; 1H64 1; 3V7R A; 3HRT A; 3CCU A; 1EIF A; 3GLX A; 4GLK A; 4IIM A; 3QO3 A; 1K8A U; 3CC2 T; 4IKF A; 4M7A G; 2KE9 A; 2CP5 A; 3CC7 Q; 4KUL A; 3CPF A; 1H92 A; 4P5N A; 4ANJ A; 1QVP A; 4PJL A; 1NEG A; 2I2L A; 2DXB A; 2A08 A; 2LJ3 A; 4C8Q C; 2A37 A; 4BD3 A; 3OA6 A; 4BE0 A; 3URG A; 4JRP A; 1G8X A; 3OB9 A; 4CC7 A; 2EAY A; 3G6E T; 2F5K A; 4AG2 C; 3M53 A; 1K9M C; 4RKU E; 3R6O A; 1B07 A; 2QYZ A; 2JS2 A; 1M30 A; 1CKB A; 5GAO q; 3M0S A; 4Z89 A; 1G3W A; 4BDZ A; 2FPD A; 4OB2 B; 3CCJ T; 2MF2 A; 4ZN1 A; 1YJ9 T; 4A63 B; 1SPK A; 5D6W A; 5GMK m; 1H3Z A; 2EYX A; 1OEB A; 2K5F A; 1YP5 A; 2RJE A; 5L23 A; 4FYW B; 5GAN g; 3GNF B; 3S3N A; 5KYU B; 4N4I A; 3CCS Q; 1ZBJ A; 1RAA B; 1S72 A; 5GAN h; 1X6G A; 3QG1 A; 1MMN A; 2COW A; 2KMT A; 2CGH A; 3OBW A; 5GAN 8; 2WSF E; 2KGT A; 5CIU A; 1M90 C; 2IG0 A; 3CBO A; 1VQ7 A; 1UJ0 A; 1RI0 A; 2WSC E; 1HYO A; 2DTO A; 2ZPB B; 4QVC A; 1HSQ A; 3RMQ A; 5LJ3 j; 2B86 A; 1YJW T; 1VIE A; 2QTV A; 4OGE A; 3JB9 F; 4LDY A; 2D9T A; 3IQL A; 1AVZ C; 1PKS A; 5J26 A; 4M78 B; 1AT1 B; 3LH5 A; 5I2M A; 5D6X A; 1FX7 A; 4HCK A; 3QII A; 3UT1 A; 1ZX6 A; 5KYX A; 4M75 F; 3TRE A; 4E47 A; 2JOY A; 2YT6 A; 2RJC A; 3CCJ A; 4E7L A; 2LC4 A; 3TEE A; 1YJ9 A; 2OTJ Q; 1VQ6 Q; 1BI2 A; 4RTV A; 2EBP A; 3R6N A; 2OTL A; 4F7U E; 5CO7 A; 5FRO A; 3PE0 A; 4MMK A; 1XOV A; 1VQP Q; 1KQ1 A; 3TVT A; 1I81 A; 4RTX A; 2LCL A; 4E2F B; 2COY A; 2BE9 B; 4RMO A; 1Q7Y U; 1Q86 R; 4KUI A; 1VQL T; 2DVJ A; 4UC4 A; 8AT1 B; 4C92 E; 2QAZ A; 2GF7 A; 1QKX A; 1AZE A; 4XTX A; 2VAS A; 3GNG A; 2O9V A; 8ATC B; 5GAM d; 4C92 D; 1J3T A; 1YHQ Q; 3ULR B; 2PVG B; 3OYC A; 1RAI B; 2EJ9 A; 2F1L A; 5KYY A; 1X27 A; 2QA4 T; 1LNX A; 2QEX T; 2Y90 A; 1NJI C; 3OYL A; 5IHN A; 1K1Z A; 1JO8 A; 1PC0 A; 1BKB A; 2KSS A; 4YTL A; 3MCA B; 1GCQ A; 1B7T A; 4M77 D; 1Q81 U; 1VUB A; 3C94 A; 4DA4 A; 2DBK A; 2PU9 B; 4A4K A; 3MO8 A; 5KE3 A; 2PUO B; 2HD0 A; 2EQM A; 4Y91 A; 2K6D A; 3MPU B; 1NPR A; 5CCA A; 1X2Q A; 1ZSG A; 2OI3 A; 1YNZ A; 1UGP B; 4HXJ A; 2B8A A; 2LNV A; 4LDU A; 3I56 Q; 2L3Q A; 3S3M A; 4B9W A; 4WTO B; 1OU8 A; 2DTI A; 5FWC A; 2K2V A; 5GAM g; 4OMM A; 1OQK A; 2VC8 A; 2EPD A; 3C4S A; 5GAN 7; 3M0T A; 1IO6 A; 3LWI A; 2DMO A; 3M59 A; 4C0D C; 3AT1 B; 1QVG S; 1WFW A; 2ZPH B; 3EG2 A; 2LCC A; 1DJ7 B; 5IHI A; 4XTV A; 2HSP A; 4ZTF A; 4DBQ A; 3HL8 A; 5LJ3 f; 2FZG B; 3JB9 I; 2KYM A; 1VQ9 Q; 2CSQ A; 4KGZ B; 3NFC A; 3RES A; 1VA7 A; 1EFN A; 1Q95 G; 4E6R A; 4AFQ C; 3GIB A; 4LDX A; 1M3B A; 3M0R A; 1OPL A; 5A2Q E; 4ZGE B; 2RMO A; 3QUI A; 1ZUK A; 4F7U G; 1WX6 A; 1IXD A; 3CCU Q; 2ZCF B; 4X9D A; 3SB2 A; 1WHL A; 4M4Z A; 1MMA A; 2GNC A; 3BW1 A; 3X24 B; 3G4S Q; 1TUD A; 1K9A A; 2DE0 X; 2FZC B; 5M9O A; 2FG0 A; 4M78 F; 4C92 G; 1I07 A; 2QQR A; 1Q82 C; 2LCS A; 1RI9 A; 4CC4 B; 1QP3 A; 1S1N A; 3L42 A; 4A4H A; 1BIB A; 3CCM T; 2YDL A; 1HK9 A; 3OMC A; 3H6Z A; 2DXC A; 3UF4 A; 2MK5 A; 1CSK A; 2NLU A; 3FJP A; 3OQ5 A; 3CCS T; 5CKF A; 4M77 G; 2YXY A; 1BI3 A; 5CQX A; 5GAO l; 4B9X A; 2FO0 A; 3WVD B; 5GAN j; 2E3I A; 2A3L A; 3L2V A; 5AT1 B; 3HRS A; 4F17 A; 2YWW A; 3P8B B; 3KXT A; 2E4H A; 2VWF A; 2X4Y A; 2VYT A; 1NBE B; 2A7Y A; 4LDV A; 1W2B A; 4N0A A; 4HVV A; 1YCY A; 3RR6 A; 1VYV A; 2FEI A; 1UG1 A; 2DIQ A; 5HKC A; 1HD3 A; 1ZQ1 A; 2K57 A; 1BK2 A; 1S72 Q; 1YCS B; 1OV3 A; 3S3O A; 4MZP A; 3CC2 Q; 4QKU A; 3F70 A; 2YSQ A; 1KD1 C; 3L1A A; 3ZL7 C; 2EJF A; 2AHJ B; 4E7I A; 1C0M A; 2QK0 A; 3NMZ C; 1TWB A; 1F1B B; 1QW1 A; 2GBQ A; 4C5E A; 3CD6 T; 4MDW A; 5I2S A; 1MMD A; 2XKO C; 3CCM A; 5FU7 B; 4PL6 A; 1W2B P; 3A8G B; 1PRL C; 2RK2 A; 4M7A F; 1M90 U; 4Z02 A; 1QVG A; 4XQ3 A; 1QVF S; 4RTZ A; 2CH4 A; 2NUP A; 3VS6 A; 4OML A; 1JEG A; 1NYF A; 1T3L A; 4IUP A; 1LPL A; 1N6A A; 3CCJ Q; 2LJ1 A; 2DZ9 A; 1RL2 A; 2EWN A; 2AZV A; 1GCQ C; 1H8K A; 4X9C A; 1YJ9 Q; 4B6M A; 2ZPE B; 1YHQ T; 4J9B A; 1ABQ A; 2SRC A; 1K8A R; 1RAF B; 4Z88 A; 2OTL Q; 4II1 A; 2X3W D; 2HKQ B; 4PKC C; 3V8L A; 1PCX A; 2NUT B; 4GBQ A; 2FB7 A; 1WLP B; 2NUZ A; 1Y07 A; 4R55 A; 5CAI A; 5LJ5 e; 1KC8 C; 5IN1 A; 4GLM A; 1YJN A; 4M75 A; 2CZ6 B; 2L8D A; 1V29 B; 3QZ9 B; 2DBM A; 3OW2 S; 2I0N A; 1BI1 A; 2EJG A; 3N5B B; 1M27 C; 5C0M A; 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