1LOTB

Crystal structure of the complex of actin with vitamin d-binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
b'DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex between actin and human vitamin D-binding protein at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Vitamin D-binding protein
molecule tags Transport protein, structural protein
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1lotB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1lotB04
2F9TA 3J8AA 2BTFA 1NGFA 3U9DA 1CZAN 2QWPA 3LL3A 1JCEA 4BQLA 1ZXOA 2FSNA 4E1JA 2GEMA 3KVGA 1BUPA 3MCPA 3VEVA 1LOTB 3AAPA 3FZFA 4QS9A 1HPMA 1P8ZA 4AM7A 3D7EO 1RFQA 5FPDA 5AQLA 3VEOA 3UKRA 3WXLA 4MO4A 3ZX0A 5AQYA 1NGHA 4IWVA 3HSCA 5EX5A 3WEEA 3RSEA 5JICA 4PKIA 2Q1NA 4PL8A 4IZ9A 5AZJA 4BRLA 3EKUA 4H0YB 4FWMA 1TUUA 2AP1A 1YVNA 3WUHA 4CD1A 3U9ZA 3SMPA 4PKGA 1IG8A 4RWTA 2YJFA 2A3ZA 3G25A 1EQYA 1GLLO 3HZ6A 1NGCA 3GBTA 5F1XA 3JS6A 3H3NO 4XH5A 3EKSA 2QWNA 4FPAA 4BVOA 2AA4A 4Y0WA 3DJCA 1BU6O 1QZ5A 4CZGA 4F9OA 4YDUA 2ASMA 4EAHD 4MLEA 1ESVA 4CZMA 5EXWA 2FF6A 4I6MB 4FOIA 1QZ6A 2NLXA 2QWMA 2V52B 4B1UB 2ZGZA 4DCHA 3CJ9A 4BRQA 2NRHA 1TUYA 4ISEA 2ZGYA 4FWKA 4EIAA 5KQDA 3OHRA 2Q0RA 5B8HA 4H0XB 4FPBA 5F0XA 1R59O 3H6EA 1NM1A 3U8XA 5BPMA 5AQVA 5BR9A 1GLBG 1D4XA 4M63C 1NGAA 3WQTA 2D0OA 3CJBA 3LM9A 2QWLA 2FSKA 3LDOA 4CZHA 5AQZA 4BR5A 5JMVA 3W0LA 4BRNA 3UB5A 1NGEA 1GLJO 2KHOA 2Q2RA 1X9JA 2GWKA 2A6AA 3GOIA 4B1VA 4H0VB 1BA0A 1KAXA 2P9IB 3UKRB 5KPZA 3A8YA 3VEZA 2P9SA 4WQ5C 2IVPA 1ZBSA 4JN4A 5BPNA 3FR0A 4CZLA 4FOEA 5AQRA 2E2PA 3CERA 1E4FT 2P9KA 1ATNA 2HF4A 3MK6A 5AZJB 2W41A 3EL2A 2D4WA 2HF3A 3L6QA 4Z94A 1NBWA 3FFKB 3A0IX 4HTLA 1Z6RA 3VENA 4BRMA 2Q0UA 4M7XA 5AQGA 2ASPA 4BG9A 2DPNA 3ZX3A 2E2NA 4K41A 3O1BA 3ATVA 1BA1A 3SMSA 4CZIA 3ENHA 3L0QA 1V4SA 4ISFA 5AQWA 3VGKA 5AQIA 5AQPA 4BRGA 1WUAA 3MDQA 1KXPA 1NGGA 2J4RA 3IUCA 3MN5A 4BGBA 1BG3A 1JCFA 3D2FA 4FL9A 3H1VX 5I9EB 4I6MA 2H3GX 2VYPA 4LC9B 3AAQA 4ISGA 5AQJA 5F2RA 2YCHA 4H0OA 2NZTA 5E26A 1U2VA 4CI6A 4QS8A 5AQOA 4CJ7A 3U4LA 5TKYA 5AQNA 4WQ5A 1WOQA 3LM2A 1SQKA 1NMDA 2ZWHA 2YI1A 4DHYA 5EOYA 3HTVA 1DKGD 1U6ZA 3D2EB 3SJHA 5KPRA 1QQOA 4H5VA 3SLCA 1SAZA 2P9IA 5AQKA 5ADXA 2IVOA 3O08A 5E84A 2P9SB 3A5NC 3QB0A 5ADXH 3EN9A 5BN8A 2P9NA 2Q97A 2P9KB 2PAVA 3O1WA 5CE3A 3I8BA 3WXKA 3M1FA 4IO8A 1QQNA 3QBXA 4A2BA 4B1YB 3BEXA 4BR2A 3ZEUA 3WXJA 2QWQA 5FPEA 2Q36A 1TYQB 1KAZA 1GLCG 1H1VA 3C7NB 4FWQA 2IIRA 3A5MC 2BUPA 4IJNA 2HOEA 1HKGA 2PBDA 1Y64A 4B1ZA 5AQSA 4MLHA 2FSJA 2UYTA 4CBXA 3KHYA 4GY2B 3ZETB 4FSVA 3A5OC 2YHYA 5AQUA 3VEYA 3VGMA 4JHDA 3D2FB 2CH5A 4B9QA 4DQ8A 1HX1A 2D0PA 1GLDG 1U2VB 5EVZA 1ATSA 1HLUA 1NLVA 3GG4A 4PL7A 3M3ZA 3EO3A 3ZX2A 5AQHA 4BRPA 5JLHA 3LDLA 4CD3A 3ULEB 3O5BA 1BWFO 1E4GT 4PKHA 1X3MA 3R8EA 3TPQA 3D2EA 4H5NA 2A40A 3UKUA 4JAXA 3CI5A 3CQYA 3WT0A 1NWKA 1JCGA 3EZWA 4BVPA 3R6MA 4H03B 2P9UA 3QFUA 4CBWA 4DB3A 3F9MA 3VEXA 1HKCA 3AARA 2P9NB 4NO7A 3CJ1A 1X3NA 2CGLA 1MWMA 4H5TA 4JD2A 1J6ZA 2A5XA 1SZ2A 1BO5O 2Q31A 5BRDA 3BF1A 1K8KA 3DXMB 4H0TB 4BRFA 3AY9A 2E1ZA 4CBUA 1XC3A 2QXLA 3ZEUB 2P9LA 4FWRA 3GDQA 3DXKA 1GLFO 3GE1A 1HKBA 1TYQA 3IFRA 5AQMA 3FLCO 3FE1A 1BDGA 3C7NA 2GWJA 3FZKA 1GLAG 3FZLA 2QWOA 4EFHA 1NGDA 4CZJA 2I7PA 3QFPA 3HBTA 4JNEA 4O8KA 3CQXA 3ATUA 3DWLA 3ZETA 4AM6A 4JHDB 4BR7A 4XH1A 5KPTA 3CIPA 5AQFA 3MN9A 1ZC6A 4CZKA 4FWPA 2P9PA 2A42A 1T6CA 2IVNA 1YAGA 4A2AA 3CJCA 4BR4A 5BRHA 4BRDA 5FPNA 4J8FA 4MO5A 2CH6A 2W40A 5AQTA 3IDHA 3ULEA 3BF3A 3HI0A 4KBOA 4BG8A 2QM1A 4GNIA 1YUWA 1YXQA 3S41A 1C0GA 3BUZB 5AR0A 5BPLA 4BREA 2YJEA 5BREA 3FZMA 3VF6A 3BP8A 3UKUB 2E8AA 4BQZA 4FWLA 2VCPA 1S22A 2P9UB 5AQQA 4IJAA 4O5FA 2F9WA 2ASOA 5LJVA 4WQ4C 3GL1A 2E20A 4A62A 1HJOA 4YDUC 4BRKA 1QHAA 4XEIA 3VETA 1OKJA 2VWBA 4JD2B 1XUPO 3IMXA 2E88A 1K8KB 3DXMA 3VGLA 2FF3B 3VEWA 2HMPA 3HM8A 4BC3A 4BRIA 5AFUA 3VERA 2P9LB 3I33A 5AFUH 3DXKB 2CGJA 4BGAA 3SK3A 4EHUA 1HUXA 3QMLA 1G99A 3M6GA 3MN7A 4BC4A 4H0PA 3CHWA 3MN6A 3O4WA 1QQMA 1MWKA 4BROA 4L3QA 1T6DA 2GELA 3ENOA 3FGUA 3CJAA 2I7NA 4WYBA 2V51B 5FPMA 1NGJA 2YHXA 2WUSA 5AZIB 2OANA 4A61A 1S3XA 1T44A 5BRFA 2P9PB 3LDPA 3H45C 4K42A 1NGBA 3A5LC 2CGKA 2V7YA 4WQ4A 1GLEG 3LDQA 3QDKA 3VOVA 4BC2A 4CZFA 3ID8A 3KZBA 5KQ8A 4FWOA 4K25A 4BR9A 2E2OA 4NB4A 1V4TA 4EHTA 1Z05A 4BRCA 2GTDA 3B8AX 3CETA 2EWSA 2GUPA 3FZHA 3WQUA 4FWSA 3H46O 2D1KA 3UE5A 2ITMA 5LY3A 3VPZA 5ELZA 3O80A 4HWIA 3R9PA 1XQSC 1MA9B 1IJJA 1RGIA 3W3DA 2ZF5O 3H1QA 1LCUA 1C0FA 3O6WA 5AQXA 3VESA 2YHWA 4IXCA 4M7YA 3WXIA 1DEJA 5JLFA 2QW9A 2E2QA 3O8MA 3QICA 3VF4A 3CJ7A 4BRAA 4B1WB 4QS7A 5EY4A 3MMVA 5LJWA 3H3OB 2V7ZA 1MDUB 3WEEB 4FWNA 3RSEB 1DGKN 4FO0A 4RCHA 4XH4A 3P4IA 4BRHA 2FXUA 2FLOA 1ATRA 3C0BA 1KAYA 3DAWA 5AZIA 4K43A 4BR0A 3JXUA 2E1YA 4H5RA 3L4IA 4B1XB 3VF2A 2QWRA 5BN9A 1RDWX 4BC5A 4H5WA 1NGIA 2A41A 4C23A 1BOTO 3QBWA 3TU5A 4RTFD 1Q18A 4CZEA 3LDNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R1XA 2BTFA 4N5SA 5A2QO 1CZAN 4B9NA 4KHPK 2QWPA 4BEBA 3LL3A 4KTZA 5D3GA 3K5LA 5KGXA 2R7YA 3LP3A 2WOMA 3ZSRA 5KI6A 4AM7A 3U3GA 2A1RA 5AQLA 4ID5A 4BDPA 4CFDA 2B5JA 2ETJA 3WXLA 3ZX0A 5AQYA 3K57A 4IWVA 3RSEA 2W00A 3DRRA 4IZ9A 5AZJA 4BRLA 3D0PA 1HRHA 1Q8IA 4CGFA 1JLGA 1TUUA 4FLTA 1LWEA 3U9ZA 4QAGA 3NF8A 1NOZA 3ZSZA 3HZ6A 3LAKA 1NG9A 2UUCK 3GBTA 5F1XA 3J81O 4E89A 4CCHA 1W97L 4I7FA 4Y0WA 3CPEA 3DJCA 3KJVA 3E1YA 1T3VA 3T1YK 1ESVA 4E7IA 1B9DA 4I6MB 4FOIA 2QWMA 2V52B 2OCEA 1UA1A 2UXCK 2ZGZA 1VQ8N 4BRQA 1QQCA 4FWKA 2JLEA 4EIAA 3TTFA 2HW3A 4DMNA 4FPBA 4F3TA 3H6EA 3U8XA 1NM1A 1JLEA 4CF1A 4PHTX 5BPMA 2W6KA 1JLAA 2FSKA 2NRWA 3LP2A 5AQZA 3UB5A 1NGEA 2GUIA 3SJJA 1J9AA 3QNOA 5C0YA 4C8KA 5HROA 5KPZA 3PX6A 2OA8A 3NH0A 4WQ5C 4JN4A 5BPNA 3FR0A 4FOEA 4CHNA 1QHTA 2E2PA 2P9KA 5HP1A 4DV2K 4KFBA 4KV8A 3L6QA 4AHVA 3OS0A 4HTLA 3SAFA 2W42A 5AQGA 1QSLA 4L8RB 2E2NA 3MXJA 1BA1A 3SMSA 4CZIA 3ENHA 3L2WA 3L0QA 4XIUA 1TKZA 4ISFA 1KFDA 5AQPA 4M3XA 1WUAA 3MDQA 1KXPA 1KVAA 2HMIA 4OLAA 3MN5A 1L3VA 4CJVA 3AVIA 2VYPA 4LC9B 5AQJA 2XO7A 4ISGA 1YI2N 3K9KA 1VSMA 1GOCA 4B08A 1U2VA 4E7HA 3F9KA 4QS8A 4JI7K 1T03A 1RT2A 5TKYA 5AQNA 4AH9A 5CZ1A 1WOQA 1YTAA 1SQKA 3Q7BA 2ZWHA 3EY1A 4IFEA 4CEQA 4F8RA 1VQPN 4CESA 3AVCA 3H08A 3QEIA 5I42A 1NJWA 2Q3SA 4Z4HA 4Z4CA 5J2PA 4DTPA 1VQON 1SAZA 1VAZA 2Y1JA 2IVOA 2BANA 3DOLA 5BR8K 1ITGA 5ADXH 1K9MO 1NK6A 2Q97A 4CJQA 3L2RA 3WXKA 1VSEA 4A2BA 4B1YB 5FPEA 1KAZA 3C7NB 4FWQA 4IJNA 1HKGA 3S3NA 2PBDA 3AVAA 3F73A 3LP0A 1IH7A 2HHWA 4MLHA 4CBXA 3T19A 3ZETB 1NK8A 1MU2A 3VGMA 2YKMA 3D6RA 4M3RA 2D0PA 3IG1A 5C25A 3SYZA 1IKYA 2X6NA 3KK3A 1TAQA 3CD6N 1U45A 4CFCA 4LY7A 4BRPA 3RWUA 4HTUA 4DKWA 4CD3A 1E4GT 4ILGB 2E6LA 1ZBIA 4JKHA 4AILC 1WLJA 3D2EA 2EHGA 3NVKA 4BDYA 3UKUA 3CI5A 1C0TA 3WT0A 1JCGA 3LANA 3L3UA 3AGRA 3KTQA 4BVPA 1DT9A 1WBDA 3QFUA 1NKEA 2G8UA 1S1VA 3J7ZO 1HKCA 1LAWA 4NO7A 2P9NB 3CJ1A 1S6QA 4DS4A 1RCHA 4JD2A 4E7LA 3C6TA 2A5XA 5FROA 2I5JA 4E1NA 4DUZK 2Q31A 5BRDA 1RT1A 3DXMB 3T1HK 3K5NA 2E1ZA 4IFYA 4CBUA 4LFAK 4AF1A 3ZEUB 4GW6A 4NXNK 4ELUA 3KD5E 1HKBA 4DSIA 4CHOA 2O8CA 3IFRA 3KKRA 5AQMA 4CK1A 3FE1A 4KH4A 1GLAG 4HCCA 4FK2A 2NNWA 3FZLA 4EFHA 1NKCA 1NGDA 4CZJA 4DTMA 3AVBA 4H4OA 3QFPA 4O8KA 4JNEA 2KKZA 4CF9A 3CQXA 3DWLA 4XH1A 5KPTA 4DV0K 4YOWA 3I8DA 1LW0A 1JKHA 4CZKA 3HPOA 4K0KK 1T6CA 4OGCA 4DTXA 3CJCA 4NCGA 4OKJA 4K8XA 4CE9A 5FPNA 4J8FA 3VQEA 4B9TA 3IDHA 3LAMA 4CEFA 4GNIA 3HOTA 5HRSA 3S41A 4YOVA 5BPLA 1SKRA 5MLCQ 3FZMA 3HOSA 2XY5A 4BQZA 2VCPA 1XMOK 2P9UB 3CCUN 4O5FA 3CQ8A 4FJLA 3GL1A 2E20A 2A1SA 4YDUC 1WSFA 1QHAA 2AJQA 5JS1A 2VWBA 1S1WA 1TL3A 3VGLA 3TI0A 3T3FA 4CGGA 2YNHA 1BHLA 3TAGA 3SQ1A 3DXKB 3QESA 4CK3A 2ZJQL 3QMLA 5KRTA 1Q82O 4JS4A 4HVJA 5DK5A 4L3QA 1RTDA 3ISNC 2GELA 4KHSA 4JLHA 1NOYA 4X65K 1YIJN 1NGJA 2WUSA 1S3XA 3LDPA 2WC9A 4ELTA 2QTDA 4K42A 4DLGA 4B3RK 1VQLN 4WQ4A 1GLEG 4YOTA 2D0BA 4N41A 3LDQA 3M8QA 4WFBL 3QIPA 5CR4A 1ZBLA 3AVKA 1RILA 2VG7A 2RHKA 5KQ8A 5C10A 3HK2A 3ZT1A 4K25A 3KK2A 2UUBK 1LW2A 4EHTA 1VSKA 3AA3A 3CYMA 3ENBA 4R79A 3CETA 2EWSA 4FLYA 3H46O 3VQBA 2ZM6K 3VPZA 5ELZA 3O80A 3R9PA 1XQSC 3H1QA 4DSFA 3NAEA 1LCUA 3VQ8A 2YHWA 3HL8A 1NK4A 2OYQA 4LD0A 3DI6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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