1LPYA

Multiple methionine substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPMYDSMDAVRRAAMMNMMFQMGETRMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 44
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lpyA00
4ARLA 1KNIA 1L66A 1LYEA 2OTZX 1QTHA 3GULA 1L96A 1CV6A 1OWYA 128LA 1D3JA 1L86A 1SX7A 3GUPA 109LA 256LA 3C7ZA 1OVKA 2OU0X 3CDRA 1XEPA 137LA 1QT4A 1L13A 230LA 3CDTA 1P37A 3NY9A 199LA 2Z6BA 1L54A 3C7YA 185LA 4YX7C 4ZPUA 4ARMA 222LA 3CDVA 1SSWA 1L52A 4I7TA 2O4WA 1CV5A 4IAPA 169LA 1G07A 161LA 1DYFA 1QT5A 3GUIA 246LA 4EJ4A 2OE7X 1L80A 255LA 1L87A 111LA 1PQOA 146LA 1QTBA 1QTCA 1L48A 218LA 1DYEA 1L76A 1L53A 1L16A 115LA 1L95A 3DMVA 1C60A 1QT7A 1G0MA 1L75A 1LYDA 3HU9A 4EPFA 217LA 110LA 1L67A 1L05A 1P6YA 175LA 3GUMA 1L0KA 252LA 3DN4A 3HH3A 1L62A 3PBLA 4EKPA 1L92A 1OVHA 1L34A 1L85A 3DKEX 171LA 1C68A 3DN2A 1L65A 3SN6R 1QS9A 127LA 4S0WA 262LA 130LA 1L36A 1CTWA 201LA 4DJHA 3HTDA 1C65A 1CX6A 2A4TA 3GUOA 1B6IA 1CU5A 4I7OA 3QAKA 3DNAA 3HTBA 182LA 1L19A 1L94A 1LI3A 1P3NA 1ZURA 159LA 2NTGA 3DN8A 3F9LA 1C6DA 4GBRB 3DMZA 1L40A 235LA 1CU6A 4I7LA 1L24A 145LA 1L11A 1G06A 1L09A 220LA 6LZMA 187LA 1C6TA 237LA 1CX7A 4PK0A 3UONA 118LA 226LA 1LWKA 1QTZA 1DYCA 1C61A 1L30A 1L17A 2QB0B 1L55A 1CV3A 2LCBA 3JR6A 1L20A 1L33A 3LZMA 1L59A 1L26A 180LA 3FI5A 1L46A 4EKQA 2OU9A 3RUNA 155LA 1L44A 1SWYA 3CDQA 1L88A 1L64A 243LA 1L21A 1OV5A 1KY1A 1C69A 1L22A 4YXCA 3GUJA 1L71A 3HU8A 1OVJA 1L99A 3HT6A 4LDLA 1C64A 1C63A 2F32A 1G1WA 5I14A 1L58A 107LA 1QT6A 1QUDA 2Q9EA 158LA 1DYBA 2HULA 4LDEA 1P2RA 1D9WA 238LA 3C80A 1L31A 1L51A 2HUMA 4ARQB 1L0JA 1L35A 1T8AA 3DN3A 1L25A 1L79A 1D3FA 2F2QA 3HDFA 1KW5A 4I7NA 1P46A 152LA 3HT7A 1L45A 3G3VA 225LA 1L77A 209LA 1C6CA 151LA 1P5CA 1OYUA 258LA 1L38A 164LA 1SSYA 1G0QA 2L78A 251LA 219LA 3V2WA 189LA 1XJTA 1CU0A 2OEAX 2B6WA 1C6QA 216LA 103LA 112LA 141LA 1L15A 215LA 3GUKA 2O79A 2O7AA 1L73A 1L23A 4W59A 1L27A 1L49A 1QTDA 210LA 205LA 4K5YA 4I7KA 1C6JA 3F8VA 1LI2A 4EXMA 247LA 3HTGA 149LA 1C6MA 1L42A 4W58A 4ARMB 7LZMA 2B6TA 1L01A 231LA 143LA 3ODUA 1L74A 254LA 108LA 1QUOA 206LA 148LE 3V2YA 2LZMA 1CU3A 200LA 3L64A 259LA 2CUUA 1LYGA 1KY0A 3HH5A 1D3NA 244LA 1QT3A 4W56A 2NTHA 1L61A 1D3MA 1L57A 104LA 113LA 261LA 1L70A 163LA 1T97A 4LDOA 1PQJA 1L39A 2F47A 4LZMA 236LA 1L60A 248LA 181LA 2RH1A 3G3XA 1L28A 196LA 1K28A 211LA 2RB1X 183LA 1I6SA 1G1VA 260LA 4I7JA 1LGXA 191LA 1SX2A 3DMXA 2RAYX 4W57A 224LA 249LA 1JQUA 1G0LA 2ANVA 1PQKA 3NYAA 129LA 1L43A 227LA 3OE6A 1P56A 1L29A 1LW9A 1C6GA 3VW7A 198LA 1L04A 1P36A 1L00A 3CDOA 4W54A 142LA 1LYHA 2RBPA 4W52A 1LGWA 4ARJA 3FA0A 1ZWNA 170LA 4AQNA 1L82A 213LA 4EPIA 1QUHA 195LA 2LC9A 188LA 1PQDA 2RAZX 1C6BA 1G0GA 1L63A 4I7QA 1LWGA 1LPYA 2RBNA 173LA 177LA 1D2YA 1L12A 1C6KA 1D2WA 1L68A 1SWZA 1L97A 2RB0X 1L14A 3L2XA 1L08A 4W55A 3SB8A 233LA 2B73A 147LA 3G3WA 245LA 1L47A 123LA 4DKLA 1T6HA 3RZEA 228LA 2B6YA 2OE9X 172LA 1C6EA 3HUAA 4YXAC 2B72A 2QARC 2RBSA 1LGUA 2B70A 3PDSA 4I7SA 3HUQA 1DYGA 1QUGA 1KW7A 3HTFA 1C6FA 1LYIA 1LYFA 1L37A 1C6NA 1C67A 1LYJA 122LA 131LA 160LA 1C6PA 1L41A 2RBRA 3C8RA 2ANXA 1OWZA 1L90A 1JTNA 2OTYX 2B6XA 2B7XA 165LA 1L56A 4I7PA 1L89A 3DN1A 125LA 1L10A 4EKRA 174LA 5LZMA 102LA 139LA 1G0JA 2B75A 3SB5A 120LA 1L18A 1L81A 2RBOA 162LA 1C66A 140LA 223LA 3EMLA 1LLHA 119LA 1QT8A 232LA 157LA 1WTHA 221LA 4GRVA 1L02A 3C7WA 3SB7A 2RB2X 1OV7A 4E97A 3C81A 1T8GA 1KS3A 3C83A 1TLAA 192LA 3HH6A 1QTVA 1T8FA 4W51A 1QSQA 1L50A 2B6ZA 186LA 3DN0A 1NHBA 3OE0A 114LA 4PJZA 190LA 1C6LA 250LA 2RBQA 168LA 1CUQA 2OE4X 144LA 1C62A 1CVKA 1L72A 1C6HA 1ZYTA 1CV1A 229LA 4OO9A 2OU8A 4ARPA 1L98A 4EKSA 1L03A 1DYAA 253LA 1CV0A 1P2LA 2B74A 138LA 212LA 1L69A 3K2RA 1LI6A 214LA 3HWLA 239LA 197LA 1PQIA 178LA 1C6IA 3OE9A 156LA 167LA 1L07A 1DYDA 176LA 234LA 242LA 3GUNA 1L32A 1C6AA 1CUPA 3SB9A 3SBAA 4DAJA 1L06A 3NY8A 4I7MA 4ARQA 3C82A 1L93A 1L84A 241LA 3FADA 3SBBC 3HH4A 3D4SA 1P7SA 1QSBA 3DN6A 1QS5A 2HUKA 3SB6A 1CU2A 3HT9A 3HT8A 2IGCA 1XJUA 1CV4A 1PQMA 150LA 1JTMA 126LA 1L91A 240LA 166LA 257LA 1G0KA 3C8QA 4I7RA 1EPYA 4W53A 1L83A 1P64A 2Q9DA 3OE8A 3C8SA 1G0PA 3HUKA 3HDEA 184LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP3A 2I6ZA 5B07A 1LZ8A 2RSCA 109LA 256LA 3C7ZA 3CDRA 1XEPA 230LA 1L13A 3CDTA 1B5WA 1OUFA 5LVJA 1G7MC 1YL0X 199LA 5II3A 1L54A 4YX7C 4G49A 1LSEA 4EJ4A 1XEIA 1G07A 161LA 1DYFA 255LA 3WH1A 1PQOA 1L48A 1YILA 153LA 1GDWA 4EPFA 2WARA 1FLWA 3AZ4A 3DN4A 1D9UA 5HNCA 4EKPA 4OWAA 4OWEA 5B05A 3TXKA 1GFEA 2MEFA 1QS9A 262LA 1LPIA 1DKJA 4NGZA 1CTWA 2LZ2A 201LA 4DJHA 3LYTA 1CX6A 2A4TA 3WU9A 3QAKA 1IC4Y 1J1XY 2G4QA 1P3NA 3DN8A 4GBRB 3DMZA 1L40A 4FDYA 1CU6A 4NSGA 4P2EA 1IC5Y 1GB5A 2H9JA 187LA 4WL7A 3IJUA 1WTMA 4GCDA 1CX7A 226LA 1I1ZA 3AYQA 1QTZA 1IP2A 1LSBA 3P65A 1L17A 2Z39A 3JR6A 6LYZA 3A6CY 2BQCA 5KXMA 1YROA 1E8LA 4WL6A 1OUDA 4HJZA 5IHGA 4KT3A 1L22A 2ZQ4A 3ATOA 1L99A 3HT6A 3TXHA 4LDLA 1GFTA 2DQAA 1IP6A 4LT3A 1L58A 2Q9EA 1LMPA 1IR7A 5F9XA 1L31A 1LZNA 4ARQB 2XBRA 4FJRA 4HV1A 3A6BY 3TMXA 3AW7A 1HF4A 152LA 5DM9A 3T6UA 151LA 3QE8A 164LA 251LA 4KPMA 4ZEEA 1CU0A 2BQNA 2B6WA 4BS7A 216LA 135LA 1QDRA 1GF0A 1L15A 2FYCA 5HQ1A 3WULA 2O7AA 3AZ7A 1F6SA 1L49A 1UIBA 1VAUA 205LA 1GBZA 4K5YA 4I7KA 4UWVA 4ARMB 1J1OY 2MEIA 3EMSA 4QY9A 1CU3A 4GCEA 2CUUA 1LYGA 1IY4A 1IP7A 244LA 4O34A 4W56A 2NTHA 1L57A 261LA 1L70A 1T97A 2F47A 4KXIA 4LZMA 236LA 3LZ2A 4N9RA 1L60A 248LA 3G3XA 211LA 3LHMA 2YSSC 1GF6A 3OJPA 1YL1X 1LZ9A 4ETCA 3AJNA 4ETDA 2ANVA 1PQKA 2D4JA 1WQRA 2FBDA 4GN3A 5APFA 3HFMY 2YBLA 1IR8A 3P64A 3TXEA 198LA 1B5UA 4C3WA 208LA 3CDOA 1LGWA 4ARJA 1ZWNA 4EPIA 1GB8A 3ULRA 2RBNA 177LA 4GLAA 2HU1A 1D2WA 5KKIA 1SWZA 1GAZA 3L2XA 4W55A 2BQDA 4DQ5A 3WUAA 2B73A 4TTDA 3G3WA 245LA 3WVYA 4DKLA 1T6HA 228LA 3LN2A 4YXAC 5B1FA 5HMJA 2XQOA 5LYTA 1IEEA 1WTNA 1LGUA 4IATA 5FDJA 4I7SA 5DN5A 1LZ1A 1QUGA 2DBTA 2DQFC 3HTFA 4ZFPA 4OWCA 1KXWA 1LYFA 1GB6A 1L37A 1C67A 1LYJA 131LA 3C8RA 4NGVA 2ANXA 3CT1A 3A93A 1L90A 1JTNA 2I26L 1IOCA 4EKRA 1C43A 1LZDA 3ZVQB 1L81A 2BQGA 162LA 1FLYA 1T3PA 4B49A 140LA 1LSYA 3EMLA 1QT8A 232LA 1WTHA 4HJYA 4RW1A 2ZIJA 1EQ5A 3C7WA 1BHZA 1OV7A 1KS3A 2BQKA 4LYTA 2XBSA 5KXOA 5LYMA 1QTVA 1V7SA 1LZAA 2B6ZA 2DQCY 2YBMA 3OE0A 1UCOA 190LA 1LZCA 2W1LA 168LA 2HTXA 144LA 1QTEA 1CVKA 1C6HA 1ZYTA 3TXFA 1L03A 1DYAA 138LA 212LA 1LI6A 4HTQA 4XENA 1L07A 4W96A 1GFAA 176LA 234LA 1XSFA 1UA6Y 1JJ1A 1L32A 1ALCA 4UWUA 4WM6A 4DAJA 4ARQA 1B5ZA 3C82A 1JTOL 3FADA 3SBBC 1VDPA 5APDA 1LKSA 1W6ZA 3DN6A 4NWEA 1QS5A 2HUKA 3RT5X 1CU2A 1I56A 2F4GA 1GFKA 1XJUA 4NFVA 2EQLA 1G0PA 3CSZA 1BVXA 1GFJA 2MEGA 1AM7A 1LSFA 1L66A 2OTZX 3GULA 3GUPA 1LYOA 1C45A 4CFOA 1UACY 4ET9A 3NY9A 4R6CA 5F81A 185LA 4ARMA 5B1GA 1J1PY 2W1XA 3EBAB 5KXNA 2O4WA 1CV5A 1QT5A 246LA 1QQYA 1DZBX 3A34A 1L87A 1LSCA 1JTPL 1DYEA 5HMVA 1L53A 3CB7A 3DMVA 1LYDA 1D0LA 3WXUA 1L67A 2HUBA 3GUMA 1L0KA 4NSIA 3PBLA 2HEAA 1L92A 1L34A 3DKEX 1L65A 3B0KA 3SN6R 3HBHA 4WLXA 4S0WA 1O23A 2F2NA 130LA 3TMUA 5L9JA 3N9EA 3HTDA 1C65A 3E3DA 1B6IA 3GUOA 1CU5A 1CJ6A 4G9SA 3D9AC 182LA 1L19A 1L94A 1LI3A 1ZURA 3F9LA 1CKDA 1C6DA 1YAQA 134LA 4G4CA 235LA 4I7LA 1FDLY 5I4WA 2GV0A 3WPLA 1JJ3A 1GE4A 4H9CA 220LA 1Z55A 4XYYA 237LA 3UONA 4TSBA 1IX0A 4ZIXA 1EQEA 1LWKA 2DQGY 4II8A 1L30A 1L55A 1L59A 1GBSA 4PRUA 4XJDA 4NGOA 1HERA 1UIEA 2OU9A 1DPWA 4LFPA 4OOOA 1L88A 1L64A 1OV5A 1B7RA 2YDGA 4PPOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IP3 A;  2I6Z A;  5B07 A;  1LZ8 A;  2RSC A;  109L A;  256L A;  3C7Z A;  3CDR A;  1XEP A;  230L A;  1L13 A;  3CDT A;  1B5W A;  1OUF A;  5LVJ A;  1G7M C;  1YL0 X;  199L A;  5II3 A;  1L54 A;  4YX7 C;  4G49 A;  1LSE A;  4EJ4 A;  1XEI A;  1G07 A;  161L A;  1DYF A;  255L A;  3WH1 A;  1PQO A;  1L48 A;  1YIL A;  153L A;  1GDW A;  4EPF A;  2WAR A;  1FLW A;  3AZ4 A;  3DN4 A;  1D9U A;  5HNC A;  4EKP A;  4OWA A;  4OWE A;  5B05 A;  3TXK A;  1GFE A;  2MEF A;  1QS9 A;  262L A;  1LPI A;  1DKJ A;  4NGZ A;  1CTW A;  2LZ2 A;  201L A;  4DJH A;  3LYT A;  1CX6 A;  2A4T A;  3WU9 A;  3QAK A;  1IC4 Y;  1J1X Y;  2G4Q A;  1P3N A;  3DN8 A;  4GBR B;  3DMZ A;  1L40 A;  4FDY A;  1CU6 A;  4NSG A;  4P2E A;  1IC5 Y;  1GB5 A;  2H9J A;  187L A;  4WL7 A;  3IJU A;  1WTM A;  4GCD A;  1CX7 A;  226L A;  1I1Z A;  3AYQ A;  1QTZ A;  1IP2 A;  1LSB A;  3P65 A;  1L17 A;  2Z39 A;  3JR6 A;  6LYZ A;  3A6C Y;  2BQC A;  5KXM A;  1YRO A;  1E8L A;  4WL6 A;  1OUD A;  4HJZ A;  5IHG A;  4KT3 A;  1L22 A;  2ZQ4 A;  3ATO A;  1L99 A;  3HT6 A;  3TXH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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