1LPYA

Multiple methionine substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPMYDSMDAVRRAAMMNMMFQMGETRMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 44
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lpyA00
4IAPA 3DN1A 102LA 4I7OA 255LA 262LA 3DMXA 1L03A 2HUKA 4I7SA 1L14A 4ARQA 1DYFA 4W53A 2B6XA 3HT7A 140LA 4K5YA 1L80A 1P2RA 3G3WA 2OU0X 3HT6A 1L25A 2F32A 130LA 1L00A 1L29A 1L95A 2A4TA 2ANXA 4OO9A 3NYAA 4ARQB 2OU8A 1OVHA 2OTZX 2RB1X 2RB0X 118LA 216LA 192LA 2B75A 1QTZA 148LE 163LA 4LDEA 4S0WA 4AQNA 3SB9A 1CU3A 1L62A 3CDTA 1L43A 214LA 3SN6R 1KW7A 2RBRA 3HDFA 3C7ZA 1L33A 4W59A 1JQUA 1ZURA 4EPFA 1L75A 1PQIA 1QUHA 252LA 1L79A 1G07A 1L57A 259LA 3PBLA 217LA 1C63A 1KW5A 160LA 1T8AA 3VW7A 7LZMA 1CV0A 1L56A 206LA 225LA 3HU9A 4I7JA 250LA 2B6YA 155LA 3OE0A 1CV1A 3HUKA 1CX7A 1C61A 119LA 212LA 2QB0B 1P46A 1KS3A 210LA 2F2QA 3HT9A 3HH5A 3C8RA 1CV4A 1L51A 1XJUA 2B70A 1T6HA 3PDSA 1DYAA 1LYHA 1L01A 1L18A 3NY9A 1L84A 170LA 4PJZA 1L04A 236LA 1C6JA 241LA 3C82A 2LC9A 1LYEA 2RBOA 3DN8A 2HULA 2OE7X 113LA 1L0JA 2Q9DA 4EKPA 2B6ZA 2NTHA 4W56A 234LA 244LA 111LA 1CV3A 2RAZX 3HUAA 1K28A 1L39A 1L70A 1P56A 1CU5A 4W51A 151LA 190LA 1L28A 1NHBA 1T97A 1PQDA 1L92A 235LA 4W54A 1SX7A 1CU6A 1L26A 3V2YA 2OU9A 3K2RA 251LA 4I7PA 1L0KA 4I7MA 1QTVA 191LA 1L71A 258LA 1L22A 1P5CA 3DKEX 1P36A 1L06A 3HTFA 1C6DA 1G1WA 1CU0A 1L91A 249LA 1L36A 110LA 1QT5A 1G0LA 1C6MA 2RBQA 3HH4A 1LYIA 4ZPUA 1P37A 1L02A 2HUMA 213LA 122LA 1L82A 1C6CA 3C8QA 3DN0A 1L77A 4I7LA 3SB8A 1L81A 1L24A 143LA 1T8FA 239LA 197LA 167LA 2IGCA 1L73A 1C67A 166LA 1L72A 1OYUA 1L34A 1QS5A 1L38A 3HTGA 3C7WA 4ARJA 3HT8A 1PQJA 152LA 2O4WA 240LA 223LA 1SSWA 221LA 1EPYA 1QUGA 4YX7C 200LA 2QARC 1L32A 1CX6A 1L40A 1XJTA 1L13A 196LA 1CU2A 1L93A 254LA 1OWZA 3OE8A 184LA 3C83A 1C66A 3G3XA 1C65A 3CDQA 1KY0A 1KY1A 1G0JA 103LA 1PQMA 177LA 237LA 156LA 1SSYA 2L78A 175LA 1P2LA 1ZWNA 1SWZA 3SBBC 165LA 145LA 3DN4A 1C6KA 3UONA 3SB5A 245LA 138LA 1L65A 1C6TA 205LA 218LA 125LA 1L11A 1L86A 1G0PA 1DYBA 3SB6A 1D3FA 164LA 128LA 201LA 108LA 257LA 1L67A 1P6YA 3C81A 4GBRB 3C7YA 3HTBA 4LZMA 1L27A 3HTDA 228LA 1DYGA 3OE9A 1PQKA 137LA 4W52A 1C6EA 1LLHA 1QT3A 1JTNA 1L55A 1L21A 1D3MA 1L23A 1L98A 1C6IA 123LA 157LA 1G0KA 2RBNA 1L74A 147LA 2O7AA 4YXAC 131LA 253LA 1LI2A 226LA 1L66A 230LA 1CVKA 198LA 168LA 3DMVA 149LA 1L19A 3CDRA 224LA 3ODUA 142LA 1G0QA 247LA 4EXMA 1L88A 1OV5A 1C6AA 1L96A 1OVKA 1L15A 3DMZA 1L50A 1QSBA 2OE4X 3RUNA 150LA 1L97A 3DN2A 104LA 1OWYA 3GUOA 1L10A 114LA 1L05A 4ARPA 178LA 1G1VA 1C60A 2OE9X 1WTHA 1B6IA 1C68A 1L35A 1G0MA 3HH3A 1LWKA 1L87A 1LW9A 1L58A 3CDVA 1LGUA 2NTGA 1LGXA 3OE6A 1D2WA 1C62A 3F8VA 1L63A 1LYJA 3EMLA 3GUMA 1QUDA 4I7KA 187LA 6LZMA 3GUIA 3QAKA 1DYCA 1P3NA 3G3VA 3V2WA 3HWLA 182LA 1LGWA 1L52A 1G0GA 127LA 3HUQA 1LPYA 1L90A 1L61A 1L46A 2Q9EA 1LI6A 1L85A 1L76A 3DN6A 4DJHA 3L64A 139LA 1OV7A 1L47A 1OVJA 231LA 4PK0A 222LA 261LA 3FA0A 1L30A 2LCBA 1SX2A 1L69A 1L17A 173LA 185LA 1L99A 209LA 1LYDA 3SBAA 1C64A 4I7RA 4I7NA 3GUNA 1C6PA 4EKQA 3GULA 1C6QA 199LA 1DYEA 1L08A 1L31A 1L89A 1D3JA 246LA 2RAYX 3LZMA 5LZMA 4ARMA 1L49A 2CUUA 4EPIA 2OTYX 1DYDA 2B73A 4W57A 1QTDA 3GUJA 1LI3A 232LA 1CTWA 211LA 4ARMB 1QS9A 219LA 4W58A 3HU8A 195LA 4ARLA 243LA 220LA 1L64A 1QT7A 1CUPA 4E97A 1SWYA 1L68A 1I6SA 1QSQA 2B6TA 1C6HA 1G06A 3C80A 159LA 1L48A 256LA 1P64A 4I7TA 4GRVA 174LA 1QT4A 1XEPA 3RZEA 1QT6A 162LA 1L60A 2RB2X 3GUPA 3GUKA 1L20A 1C6LA 1QTHA 4EKRA 227LA 1L09A 2B7XA 1T8GA 4EJ4A 1LYFA 4LDOA 144LA 1D3NA 1L16A 242LA 1QT8A 1L45A 107LA 1CV5A 3F9LA 188LA 158LA 1L59A 1L94A 3L2XA 4DKLA 141LA 1PQOA 1ZYTA 146LA 129LA 1QTBA 248LA 3C8SA 1CUQA 1QTCA 3DNAA 5I14A 3SB7A 3D4SA 1C6FA 1P7SA 1C6NA 1C6BA 1L07A 2LZMA 229LA 2F47A 1TLAA 3HH6A 3DN3A 1LWGA 2Z6BA 3JR6A 1L53A 1CV6A 233LA 120LA 3FADA 2B74A 4YXCA 4LDLA 171LA 4EKSA 1L41A 2B72A 1C69A 1L83A 1L44A 1JTMA 1LYGA 109LA 180LA 186LA 2ANVA 2RH1A 115LA 126LA 215LA 189LA 4I7QA 1QUOA 172LA 2OEAX 4W55A 4DAJA 260LA 1L42A 1L12A 181LA 183LA 238LA 176LA 169LA 1KNIA 2O79A 161LA 2RBPA 1L37A 3HDEA 3CDOA 3FI5A 112LA 1D9WA 1D2YA 2RBSA 2B6WA 1C6GA 1L54A 3NY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN1A 2W1MA 102LA 1LHIA 4DD2A 4ETDA 1OUDA 1DI4A 3AJNA 3WYHA 3HT7A 1GBZA 1IP6A 1L80A 1P2RA 3LYTA 2F32A 1L00A 4OO9A 4DT3A 1CKGA 1NBZC 1GFEA 4H8ZA 3T6UA 3AGGG 4LDEA 2PC2A 4TSCA 5HMJA 2BQBA 2RBRA 4W59A 1JQUA 4IJ4A 1LSPA 4XYYA 1GB7A 2HEAA 252LA 1GF6A 1GB9A 4WG7A 1HEWA 259LA 4NWHA 1IOTA 1YILA 7LZMA 5I54A 3HU9A 3M18B 2B6YA 3OE0A 4KT3A 1CV1A 4YENA 3HUKA 1WQNA 1C61A 1JJ0A 3P64A 2QB0B 1P46A 2BAAA 1XEIA 2F2QA 1XFPL 135LA 1LJJA 2B70A 8LYZA 1L84A 170LA 2DQEY 1C6JA 3C82A 2LC9A 2RBOA 113LA 1JSFA 2F4AA 2B6ZA 2DQAA 1CKDA 3HUAA 1J1XY 1K28A 5LVKA 1NHBA 1NMMA 1T97A 1JTOL 3RW8A 235LA 1SX7A 1GFGA 1I56A 154LA 1L26A 4ML7A 1LHJA 3F6ZA 4WOAA 3K2RA 4I7PA 1UIHA 4DD3A 4I7MA 1L71A 3G3BB 3DKEX 3LYZA 1P36A 4EMNA 4PRQA 2LYOA 2BQJA 1KIQC 4WO6A 3P66A 1G0LA 5B06A 2BQIA 1LYIA 1L02A 1LZ4A 1LYSA 213LA 122LA 4RLNA 2I25L 1GHLA 1L24A 1L81A 239LA 4LFXA 1BGIA 3OJPA 2DQFC 1LMPA 5KXXA 1IWUA 4DYGA 4NHTA 1SLYA 2G4QA 1LJHA 208LA 1L34A 1QSAA 1LZRA 3ZVQB 4DQ7A 2BQLA 4ANRA 2Z2FA 2O4WA 1B7PA 5APFA 223LA 2YBIA 4J7VA 1SSWA 221LA 1CX6A 1VDQA 5L3HA 1L40A 4D9ZA 4E3UA 4NGOA 1GPQC 1YROA 1WVVA 184LA 2MEHA 3C83A 1BB4A 3CDQA 1KY0A 1PQMA 2VB1A 4H9IA 3EMSA 1GFTA 1BB3A 1P2LA 1ZWNA 3SBBC 5LIOA 145LA 3WULA 3DN4A 3UONA 3SB5A 218LA 205LA 1L11A 1G0PA 1IWYA 3WPLA 5I4YA 3SB6A 128LA 5LVGA 108LA 1P6YA 4H93A 1LSDA 3AZ4A 4B49A 5ILFA 1LJ4A 228LA 1DYGA 1PQKA 4H1PA 1WTNA 1LLHA 1L55A 1C6IA 1LPIA 1L74A 5B1FA 1OQMA 226LA 1YKYX 168LA 3AW6A 3CDRA 3GXKA 1BWIA 1KXXA 2HEEA 4UWUA 1OVKA 1OUCA 2OE4X 3DN2A 3AZ7A 104LA 3GUOA 1GE2A 1L05A 1C60A 1GWDA 1WQRA 1C68A 1WTHA 5KXKA 3HH3A 1G0MA 1KIPC 1LWKA 4X3BA 1GB2A 4LZTA 4NGIA 3OE6A 4QEQA 5KXZA 1D6PA 1L63A 1B7SA 3EMLA 1T6VL 5B1GA 2Z12A 3T36A 3AGHA 1HMKA 2A7DA 3V2WA 1IY3A 1L52A 1LPYA 1L90A 1L61A 1JIYA 4H8YA 5LINA 1V7SA 1GFAA 1KIRC 5LVJA 1C10A 1L76A 1L47A 1OVJA 1BQLY 3FA0A 4WM2A 1L30A 1SX2A 1QSWA 173LA 1L99A 1LYDA 3FI7A 2AUBA 3SBAA 1I1ZA 3W6EA 5HNLA 5DN5A 1L31A 1D3JA 2Z38A 5LZMA 2CUUA 2OTYX 1DYDA 1HEMA 2C8PA 3AW7A 1GDWA 5E4PA 1MELL 219LA 3ATOA 4ARLA 1L64A 2D4IA 1J1PY 4E97A 2YSSC 1QSQA 1HEOA 4HJZA 1BVKC 3C80A 1IWWA 1L48A 3OK0A 1P64A 1LJGA 4DDAA 1WQMA 4I7TA 4GRVA 1GF9A 3RZEA 5DN4A 162LA 3TXHA 1UIGA 3GUPA 3TXEA 1HMLA 4LT0A 1L09A 1T8GA 3B72A 1CKHA 4PJ2C 1RE2A 5C6JA 188LA 1L59A 1PQOA 1HSXA 3HBEX 1NDMC 5APCA 1GB0A 248LA 3CB7A 3DNAA 1QTCA 1UIBA 2N5ZA 229LA 1LJIA 3A91A 3A92A 3W6CA 5LVHA 1CV6A 1LSEA 1L41A 1LHLA 1C69A 1LMCA 1YIKA 1JTMA 1CJ8A 1JKCA 1LZYA 4C3WA 2RH1A 2H9JA 4DDCA 126LA 1INUA 4NHIA 2BQOA 2OEAX 4DAJA 1GF8A 1L42A 3TXBA 4M4OA 1L12A 1RI8B 1LYOA 1LMAA 1LSYA 6LYTA 2RBPA 4GN5C 1L37A 153LA 3CDOA 4BADA 4NSGA 1D9WA 2RBSA 4HSFA 1YL0X 1L54A 4NHQA 2Z18A 5AMYA 3N9CA 4WLTA 1OUJA 2A7FA 1FLUA 262LA 3DMXA 4KXIA 1N4FA 2HUKA 4I0CA 1JSEA 1IWXA 2ZWBA 5LA5A 5KXNA 4QGZA 4K5YA 5KXRA 1LZ5A 5KJ9A 1L25A 3AYQA 5ILCA 2ANXA 4TX7A 1HNLA 2OU8A 1QUSA 2OTZX 1T3PA 2RB1X 4PGJB 4J1AA 2BQKA 216LA 2B75A 4DD1A 148LE 4WLXA 7LYZA 1GFVA 3SB9A 1L62A 3CDTA 3WUNA 214LA 3SN6R 3HDFA 3C7ZA 1B5UA 1XGPC 1B7OA 4EPFA 1CJ7A 1PQIA 1D0LA 1JITA 1UA6Y 1L57A 1GB3A 3A95A 1KXYA 4YEMA 1C63A 3VW7A 4AGAA 225LA 5KXOA 4ET8A 1B7QA 5A3EA 119LA 3IJUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN1 A;  2W1M A;  102L A;  1LHI A;  4DD2 A;  4ETD A;  1OUD A;  1DI4 A;  3AJN A;  3WYH A;  3HT7 A;  1GBZ A;  1IP6 A;  1L80 A;  1P2R A;  3LYT A;  2F32 A;  1L00 A;  4OO9 A;  4DT3 A;  1CKG A;  1NBZ C;  1GFE A;  4H8Z A;  3T6U A;  3AGG G;  4LDE A;  2PC2 A;  4TSC A;  5HMJ A;  2BQB A;  2RBR A;  4W59 A;  1JQU A;  4IJ4 A;  1LSP A;  4XYY A;  1GB7 A;  2HEA A;  252L A;  1GF6 A;  1GB9 A;  4WG7 A;  1HEW A;  259L A;  4NWH A;  1IOT A;  1YIL A;  7LZM A;  5I54 A;  3HU9 A;  3M18 B;  2B6Y A;  3OE0 A;  4KT3 A;  1CV1 A;  4YEN A;  3HUK A;  1WQN A;  1C61 A;  1JJ0 A;  3P64 A;  2QB0 B;  1P46 A;  2BAA A;  1XEI A;  2F2Q A;  1XFP L;  135L A;  1LJJ A;  2B70 A;  8LYZ A;  1L84 A;  170L A;  2DQE Y;  1C6J A;  3C82 A;  2LC9 A;  2RBO A;  113L A;  1JSF A;  2F4A A;  2B6Z A;  2DQA A;  1CKD A;  3HUA A;  1J1X Y;  1K28 A;  5LVK A;  1NHB A;  1NMM A;  1T97 A;  1JTO L;  3RW8 A;  235L A;  1SX7 A;  1GFG A;  1I56 A;  154L A;  1L26 A;  4ML7 A;  1LHJ A;  3F6Z A;  4WOA A;  3K2R A;  4I7P A;  1UIH A;  4DD3 A;  4I7M A;  1L71 A;  3G3B B;  3DKE X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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