1LQ1 | Genus

Total Genus 37

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	37
sequence length	115
structure length	107
Chain Sequence	KKNLDASITSIIHEIGVPAHIKGYLYLREAISMVYNDIELLGSITKVLYPDIAKKFNTTASRVERAIRHAIEVAWSRGNIDSISSLFAKPTNSEFIAMVADKLRLEH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	DNA complexed structure of the key transcription factor initiating development in sporulating bacteria. pubmed doi rcsb
molecule keywords	5'-D(TPTPCPGPTPGPTPCPGPAPAPTPTPTPTPG)-3'
molecule tags	Transcription/dna
source organism	Bacillus subtilis
total genus	37
structure length	107
sequence length	115
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2002-05-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08769	Spo0A_C	Sporulation initiation factor Spo0A C terminal

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	1lq1A00

3JSPA 3S2WA 3LQQA 1NHAA 3I71A 3RKWA 4WK8F 2NS0A 1X3UA 1Z05A 2VBWA 1U8RA 3WTWC 4UV9A 4BXUA 3FXUA 3CTAA 2DFIA 1LNWA 2GZWA 2CFXA 3HIFA 3RKYA 3OOPA 3P9IA 3DFGA 5F6FA 1P4AA 1SMTA 5ICEA 2VN2A 1HSTA 2O0YA 3HHGA 2HDCA 2JRTA 3FM3A 3BOQA 3GO5A 4RS8A 4BHCA 3ZPLA 3B73A 3QPHA 4BQAA 5CVRA 5CYVA 5F64A 3TKYA 1EH8A 3HRMA 3M1EA 3MAJA 2OZUA 4G9YA 2KRFA 3FMSA 1C0WA 2JTVA 1LDJA 1ZGAA 3M7GA 4LD5A 5LHHA 1XDSA 4IHTA 5AIPA 4CGZA 2VBXA 4PGGA 5FLXK 3CLOA 4HQEA 1BIBA 3KEQA 1BIAA 2WTEA 2EFPA 3QPTA 4BHBA 1BN5A 2ACJA 5LEKA 2G9WA 2R7FA 2FF4A 4YIFA 2YR2A 2EV6A 3L2CA 2XASA 3RPUA 2YPRA 1IN5A 4NB5A 4HV5A 2ZKZA 1SD7A 4ON0A 3F22A 4G6DA 5HDKA 1SFUA 2OZ6A 3U2RA 1ZREA 1B59A 3EDPA 3F6VA 1ZH5A 5BPDA 2BGCA 2HFHA 4NQWA 2G7HA 4FX0A 3ZMDA 2IA1A 4M6YA 2V1XA 1D3YA 4R8HA 6PAXA 2EFWA 1UHWA 1YFHA 2DO7A 4JQFA 2EA4A 1YS7A 1YIOA 4OOIA 4G7ZF 4PGHA 2V6CA 4HF2A 4ESFA 1R58A 4IRIA 4UUVA 3K69A 4O6JA 2ETHA 4EMSA 4FHTA 1G4DA 2ISYA 4CICA 3FZVA 3L9FA 3RPQA 1XCBA 2EWNA 2PG4A 1LEAA 5FD5A 5BPIA 2XUBA 4CYDA 2M87A 4KIBA 5LBQA 3JTGA 5EEHA 1XDUA 5BS6A 2Y75A 4UNOA 2D1VA 3HRSA 4HX7A 4WXHA 1FY7A 2FBKA 3RIRA 2DQLA 3W6JB 2V1DA 5K5QA 3IHUA 2EFNA 4ESBA 1OR7A 5FFZA 2EV5A 3EETA 3E6BA 2XAFA 5CJ9A 2FXAA 1ODDA 2RC4A 5JR3A 3JSOA 2FSWA 4MHGA 1CGPA 2H94A 5E1ZB 3FF5A 2TDXA 5ICGA 4Y17A 1IW7F 4GGGA 2XRNA 1J0RA 1OYIA 3KP7A 3QU6A 3VOEA 3GF2A 2VC0A 1XSDA 3GYHX 3WGIA 3WTZA 4UVAA 5HS9A 2MLKA 3BJ6A 3I5UA 3GFMA 1YW8A 1MDMB 3GZ6A 5HLGA 1DP7P 1FBQA 2J5OA 3SQNA 1YO5C 2QBYB 4JK1X 1BOAA 2LF7A 2K7LA 1ZGJA 2DPUA 1FBUA 3Q5FA 1AOYA 3I54A 4A0XA 5D5UB 1ZARA 2UXXA 1B1BA 2YX4A 2BV6A 1H9TA 2ZFWA 3DXJF 3QP5A 4L9NA 4RB2C 1O3RA 1I1SA 3SFZA 1G3TA 5CVUA 1MD0A 4MTDA 2RNJA 4KMUX 2EV0A 1IRFA 3R0AA 2FMYA 4OIOF 2PMHA 3LQRA 4KN7X 4CXFA 4LLLA 3ABTA 3D5LA 4GO1A 2G7UA 3LSTA 2ADUA 2OD5A 4CHUA 3JAMZ 4HZFA 2LSOA 4UV8A 3HHHA 4EGYA 3BZ6A 4KIFA 4RB0A 3MZYA 3WTSC 2L4MA 2VBYA 4B09A 2ELHA 1LEBA 1P4XA 1AWCA 5D4SA 1ONVA 5ICFA 1O7LA 2DAOA 5AONA 5L3FA 1VTNC 3FMRA 1OKRA 2EB7A 4ZYHA 2LKPA 1TW2A 4CDGA 3VEPA 5ILUA 1FYLA 4RGUA 5K1YA 1L0OC 5J6XA 2FOKA 4PCQA 4RAYA 5K5OA 4U7BA 2PBIA 4M9XA 3T5XA 3DEUA 3K1PA 4P55A 1J9IA 4M73A 2H6CA 1E17A 2JSCA 3E3VA 1SFEA 4U88A 3BPVA 3BWGA 1QPMA 2ZJ2A 2QENA 1UHMA 3LAPA 1K79A 5D5VB 1IF1A 3N97A 1G6NA 4Q48A 2E7XA 1U5TB 4G8XA 4UVBA 2QZ8A 2EFOA 4UVCA 4A12A 3AAFA 2V1UA 2STTA 3DPTA 2H27A 1HSJA 2ZXJA 1FSHA 4AIHA 1H0MA 5DUKA 3IRRA 5L3BA 1RIOH 1Z1DA 4LMYA 5J8CA 2M30A 1ZHFA 4I2OA 2DU9A 3SZPA 2ZO4A 3COAC 2L4AA 3J81K 5LRSA 1GHCA 3EUHA 3SXYA 2PMUA 1XSVA 3V4GA 4ENKA 3NQOA 2XVCA 1S7OA 1U5TA 4IXAA 2B0LA 2MBFA 2KJBA 4LG0B 3MFKA 2HKOA 5BOXA 2NNYA 3DPLC 3DQVC 1J2XA 1MJAA 4HOBA 1DDNA 3CUOA 4IRHA 3ZN0A 2FRHA 1O3TA 4I98B 4A2UA 2J5PA 5A2QK 1F9NA 3ZMUA 2VT3A 2XAHA 4OIQF 1QNTA 2HQRA 1T98A 3C18A 3HOSA 1R23A 1WI9A 3KP6A 4P96A 5FB2A 4L9VA 3G3ZA 4EJTA 1BC7C 2ZMEB 4HBLA 4IVNA 3GLXA 4KUMA 4FX4A 3HYIA 1OYYA 3F3XA 4F7ZA 2CW0F 4PZJA 1IRGA 1S3JA 1B6AA 1YW7A 1KQ8A 2ZBKA 3F72A 4P9UA 2L02A 1YW9A 2PI0A 4HX8A 5D5WB 3GXOA 1F5TA 2FMLA 5LLQA 5HLHA 2CQKA 3TDUC 4IHSA 1U78A 2H6BA 1I1GA 1LVAA 3BPXA 4RAZA 4IF4A 2DW4A 2FNAA 2ZMEA 4XBFA 1IN4A 4G7HF 2EK5A 4KA4A 2W24A 2XAGA 3L7WA 4HV6A 4EJWA 3V8KA 1ZG1A 3C7JA 3BP8A 2DTRA 1HKSA 1UFMA 2UXNA 5J8FA 1P6RA 2D45A 1SD5A 3EYIA 5D5XB 1SMYF 5JFRA 2FE3A 4MEYF 4Q4ZF 1XGOA 3GFLA 5DEQA 5DYMA 1B9MA 5TJJA 2VXZA 1PP8F 1JGSA 1BI3A 4YFNF 3M9AA 5HOOA 5HDGA 4XLNF 2IJLA 3D0SA 3TO7A 4M72A 1G3SA 2HYGD 2KIFA 3F6OA 1Z91A 1EH6A 2CO5A 4YFKF 4Q47A 1LQ1A 5LEJA 4ZYGA 5D6EA 4P5OA 3R0JA 4YIIA 2OU2A 3WGHA 3J7AO 2A5YB 1BC8C 3RI4A 1U6GA 1GXPA 1R5GA 2W85A 2D2WA 3GW2A 3H3UA 2A6HF 4N9IA 3RKXA 1P92A 1XMAA 3O3KA 3V7RA 3KZZA 1TW3A 4L18B 2BE5F 3E6MA 2HEOA 4FT8A 3CUQA 3FXRA 4H0EA 2KKOA 1U5TC 1DUXC 3TDZC 3JW4A 2DBBA 1HKQA 5HS7A 5CVVA 4U0YA 2OQGA 4XSXF 2NAZA 3LWFA 2DLLA 1KYWA 3ECOA 3P7NA 1A04A 3F21A 3E5UA 3BJOA 4HW0A 1HQCA 2JT1A 4IPAA 4LK1F 2P6SA 4HF1A 4KN4X 4Y13A 5CLSA 1ZLKA 3EYYA 1R1UA 5E20A 3KCCA 2RQPA 4BNCA 3IRQA 2BEOA 1FZPB 3KZYA 3KFWX 3VFZA 3QOPA 3WU0A 1IN6A 1T6SA 3LFKA 4AD9A 2P7VB 1S8NA 4LFUA 4O3MA 2YX7A 2MH9A 1IN7A 2CGPA 1FC3A 2V9VA 3KP4A 4KYWA 4A5MA 3B02A 5JI6A 1G3YA 3H3ZA 4QLCU 2K02A 3QU3A 3WGGA 2Z3YA 1TQIA 3TQNA 4RB3C 3J80Z 2FU4A 1YTYA 2A3SA 1ULYA 3G73A 3E5QA 1T39A 3FMQA 3WTXC 4DQ2A 1RZ4A 4S05A 2JPBA 2IPQX 1ZYRF 3ABUA 1W5TA 5LGNA 4L0ZB 3KP5A 5DD8A 3I58A 4P9FA 3HOTA 3F23A 2O3FA 5H6QA 2FEZA 4OIRF 3MCZA 1PDNC 4XSZF 3FHZA 2QM3A 3OV8A 4RGXA 4EJVA 2GA2A 2LDUA 2HOEA 3GFIA 2DI3A 1BI2A 4WF2A 1SD6A 2HWVA 5DUIA 2VE9A 4I09A 3HRTA 1FYMA 2BYVE 3V7SA 2OBPA 2GQQA 5L3CA 5L3EA 1JHFA 5EEGA 1XGNA 1OPCA 3O2PE 3GX4X 2FQ3A 3JTHA 4ESJA 2GAUA 1LDKB 4LB6B 2XROA 1ZRCA 2KIMA 1E2XA 2HS5A 3WTTC 1OYWA 2R3SA 5ICCA 4IJAA 1SD4A 3RYPA 2E1NA 4LJZF 1FSEA 3QRFF 4OINF 3LA7A 2EJRA 2M5WA 1L3LA 2M45A 5DD4A 1KGSA 4ETSA 3K2ZA 3BJAA 3R6SA 4B8XA 5LRRA 3F8BA 3ISPA 3LAJA 2P8TA 1TTYA 2GXBA 1W4MA 2W25A 5D6FA 1Z6RA 3TO9A 3ZN1A 4A0ZA 2COMA 4ENJA 1UB9A 1FPQA 1R22A 2FBHA 4EM2A 5FFXA 4L9JA 2RKHA 2AS5F 3LA2A 2CSOA 1QQIA 2W84A 1ZRDA 3ERED 4I0BA 4EM1A 3KETA 3PQKA 4MEXF 4KMFA 2QWWA 3IWZA 2ESHA 3IL2A 5E8IA 2F5DA 5DV5A 3WTUC 5FLXZ 1XGSA 1QZZA 2K4BA 5HVQC 2STWA 1R1TA 1ZG3A 3ROUA 2HKXA 1P2FA 1ZN2A 2R7DA 4M9ZA 1ZG5A 4L5JA 3IC7A 4GXOA 5DDGA 1FP1D 4HA8A 2MLGA 4WCGA 3IWFA 3IKTA 3FXQA 2VT2A 5H20A 2PFBA 3ELKA 3P9CA 4GCVA 2HZTA 3F8FA 4EQQA 3K0LA 2Z99A 2P5LC 3SZTA 3CDHA 2VE8A 2K4JA 3V8JA 3HSEA 3U9GA 1FBSA 4GYGA 2PN6A 4BYYA 1BI0A 3KEOA 4XRFA 5D8LB 2PJPA 2ZCWA 3I53A 1FP2A 1I5ZA 5E1WA 3KP2A 4Z2YA 4GYIA 4HLXA 2O03A 5E8GA 1TBXA 2NRAC 3J80K 4KDPA 4DNCA 2JPCA 4MQ9F 3LA3A 4LLNA 2QYOA 1K7AA 5TRDA 1HW2A 2DPDA 4NHJA 1BJAA 3K1MA 5BQTA 5BMZA 5L3DA 4MQVA 1B9NA 3FX3A 4A6EA 3ZP5A 1BBYA 2L3DA 1O57A 3N4MA 1JXSA 1YQAA 4EVIA 1J7KA 1FT9A 1T0FA 2MD5A 1MJBA 3SHFA 1HXDA 1H9GA 2X0LA 4L0YB 2Q2EA 2P4WA 3T8RA 2O61A 4AWXB 3I4PA 3MQ0A 2E7WA 4EV0A 1YLFA 2VONA 2FNPA 3TGNA 4K2EA 1KU3A 4D0PA 2HYFA 2XKPA 1JHHA 1MJ9A 4BH9A 1ON2A 3E5XA 2IT0A 1CF7B 1HBXG 2GIVA 1KYZA 4WXCA 2DK5A 3C1DA 2W57A 1O3QA 2FA5A 1B4AA 3T0YA 1BI1A 1UCRA 2NNNA 4M71A 3HRUA 4EGZA 2K27A 2LNBA 4RB1A 5HDNA 3E6DA 3PFIA 3W6KB 2KJCA 3JAMK 4M6XA 4MGRA 1STZA 3M8FA 3CUQB 3NRVA 3ZQ7A 2DT5A 2EA2A 3O6BB 4U0WA 4ENMA 1CF7A 2BBYA 2HTSA 4ASNA 2ZNZA 1J5YA 1HW1A 1U2WA 5H6RA 2O8XA 3ML6A 1LJ9A 4KIGA 3L00A 1D8JA 2H09A 3FM5A 1BM9A 1U3EM 2Z33A 1XN7A 3GWZA 2CYYA 4KICA 3ZMVA 3TO6A 2QQ9A 1IN8A 4L9TA 2ESNA 5JVTA 2KIUA 3H92A 2E1CA 1XSXA 2A61A 1USTA 1FWZA 1RUOA 2XGXA 4EM0B 2YU3A 1I6XA 1USSA 2EFQA 1R5HA 4MNUA 1JE8A 1REPC 4AVPA 3KP3A 2IA0A 2Q0OA 4QWQA 4G94A 1MZBA 3WE3A 1IXCA 5D8KB 1J75A 1EV7A 5HS8A 3RJPA 3E6CC 1T2KA 5HLIA 3I59B 3MEXA 3KE2A 1I27A 2RN7A 3PQJA 4M9SA 3GUDA 3WG9A 2HQNA 5LGUA 2VODA 2VBZA 1K6OA 5CVJA 1YS6A 2P5VA 3NEUA 2M1BA 3Q9SA 1S6LA 3REOA 4TV7A 4E70A 3T8TA 1TNTA 2RGVA 1KU2A 1O3SA 4HLYA 2FBIA 2F2EA 1WQ2A 2AXLA 2OAZA 4ZYEA 3I59A 2DQRA 3WTYC 4KFCA 4UHTA 4OU0A 4ZZDA 4WX9A 2IP2A 1F1ZA 4YFXF 1DPUA 5IT3A 1GVJA 3J81Z 3R4KA 2A69F 1IAWA 2RV8A 1DPRA 2YSRA 3BY6A 3Q9VA 2F5CA 3GVAA 3F8CA 5IT9Z 1Z6TA 2QQBA 1P4WA 3L09A 4LK0F 5ED4A 1QZYA 3M8EA 4M74A 2VOOA 2CWEA 3F8NA 3ECHA 4HYEA 3IKVA 1S29A 4Q5SF 3DKWA 2QLZA 2Z9OA 5DCMB 2XHKA 1GXQA 4L5IA 3CO7C 1FX7A 4RGSA 1R1VA 4JBAA 2DK8A 5A2QZ 2MA3A 3HSRA 5JHUA 4MTEA 2IW5A 1RUNA 3DP7A 2M8EA 2IVMA 2HGCA 2D1HA 5LHGA 1XD7A 4A5NA 3T1BA 3CJNA 4OIPF 2HR3A 4PDKA 1KQ9A 3C3WA 3ZMTA 2A07F 3WE2A 2XIGA 4CO8A 1WSUA 4HDUA 3VB2A 1PUEE 2VOPA 1YYVA 5DCMA 2OQRA 3V7CA 3WODF 4O5VA 3GFJA 2GXGA 1KU7A 3ZMSA 3MZHA 3I64A 2P7CB 4N0BA 2XAQA 3CO6C 4OMZA 4OMYA 3CUQC 5KVRA 1WKMA 3HSFA 5E17F 1ZLJA 2RDPA 1K78B 1T38A 1Q1HA 3QAHA 3U1DA 3DV8A 2LF8A 4AIKA 4RGRA 5ILSA 1MDMA 2PQ8A 4A0YA 2MC3A 1TLHB 1KQ0A 4G7OF 1IXRC 4EJUA 2QBYA 4N9HA 3GEZA 2X4HA 3KLNA 1QBJA 1W5SA 1O7FA 2GWRA 5AIQA 2RVCA 2V79A 5F1RA 4A6DA 4S04A 3F8MA 2QVOA 3FWEA 2WWYA 3ULQB 1SAXA 1K78A 4LLGF 2A68F 1KA8A 2A6EF 3TOBA 4BHPA 1Z9CA 2WV0A 1MGTA 4ZH4F 2IRFG 2ISZA 3WTVC 3K9TA 1W7PB 2P5KA 2PLYA 1G3WA 5L3GA 4KNYA 1RI7A 1ON1A 3GZ5A 1OMIA 2QUFA 4HQMA 1ZRFA 1R00A 4LB5A 2OA4A 4Y15A 5K5RA 1EH7A 2PEXA 2O6GE 1ZAOA 2NYXA 3BDDA 3HTUA 1HKTA 2MH2A 2F5EA 1J59A 1IUYA 1MKMA 4ENNA 5FGMA 2XKOA 5E18F 4WXDA 4R79A 1FNNA 1D5VA 1PP7U 1W7PA 2L01A 2F5FA 3DF8A 2XV4S 1SFXA 3RTRA 4IRGA 1V4RA 1D8KA 1TQPA 3V8LA 3RDIA 5ERIA 5FD6A 2Y48A 1XGMA 4HX4A 5LHIA 1LB2A 4BAYA 4ZZLA 1XB4A 3VODA 1V3FA 2JZYA 4R1HA 1FLIA 3R61A 2C6YA 5CVIA 2Y0MA 4U7DA 5IT9K 3E97A 1LDDA 3RYRA 3HUGA 3MWMA 2Q8KA 4XLPF 2UWMA 3EQLF 2L54A 2Z5UA 4HDVA 1S7AA 3QP6A 4HF0A 1QO0D 3I0TA 5ILVA 1IZ1A 4CZZA 3BROA 1QGPA 4EJOA 4WWCA 5FO5A 4I7HA 1IXSB 5D4RA 1KU9A 2UZKA 4I02A 1FOKA 1WWXA 2IA2A 4KT5C 2K86A 1Y0UA 5DCFA 2ZNYA 1R7JA 4UXNA 3ZMZA 2GA1A 5E1XA 1TQMA 4LG0A 3KLOA 1F4KA 1HW5A 2P6TA 2XAJA 2QQAA 1Z7UA 4YG2F 1FYKA 1W7PD 1R36A 3P9KA 4I0AA 1XCVA 1WRJA 3WU1B 2WC2A 1TNSA 3R60A 1YG2A 4LGWA 3HTSB 4AIJA 5LGTA 4HAMA 4I01A 1XMKA 4G6QA 2HTJA 3K1NA 2CG4A 4U0VA 1RNLA 4ZYDA 3TOAA 5KK1A 2VC1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3CQZJ 3JSPA 3VPRA 3S2WA 2IGNA 3VSKA 3K4KA 3LQQA 1MMAA 1NHAA 4E7JA 4QIWN 1TT5B 3I71A 2XPUA 2HYJA 3RKWA 4WK8F 3HGYA 1IV8A 3NWSA 5KAFC 2NS0A 3DEWA 1X3UA 2HVQA 3HBLA 2NVXJ 3QOEA 1Z05A 1VQKI 2VBWA 1IDZA 1U8RA 3WTWC 2CUZA 4UV9A 4PJ0C 4BXUA 3FXUA 2V1NA 5EGOA 1MMSA 3CTAA 2HQ5A 2DFIA 1LNWA 2V7FA 2GZWA 2F4OB 2GBYA 1SFOJ 2WBMA 2CFXA 3HIFA 5GAHJ 1WH7A 3RKYA 3OOPA 3S8PA 3P9IA 3MMYB 2XDVA 2AHQA 4XORA 3DFGA 5F6FA 2VJ4A 1ZELA 1P4AA 1RPWA 3S1MJ 1SMTA 5ICEA 3A4CA 3OY9A 3B6CA 2VN2A 4E7LA 4HEA2 4BJTA 1HSTA 2O0YA 3CP8A 3HHGA 4XRMA 1K83J 2HDCA 1SAUA 2JRTA 2NOGA 3BOQA 3BR0A 3FM3A 3GO5A 4RS8A 4BHCA 3B73A 3ZPLA 3QPHA 4BQAA 1P9QC 5CVRA 3C2BA 3KYCB 5CYVA 4AYBA 2KZVA 5F64A 3TKYA 1EH8A 1MBGA 4V2GA 3HRMA 2CW8A 3RSNA 3M1EA 3MAJA 1ZR4A 2OZUA 4G9YA 2KRFA 2O9LA 2WAEA 2WB1N 3FMSA 1C0WA 2JTVA 1LDJA 2X6YA 4M6VA 5B1AH 2QKLB 1N25A 2IEKA 4XM3A 1GVDA 1ZGAA 4UUTA 2DOFA 4NQWB 1NTCA 3M7GA 2W4SA 3IP4B 3K4JA 4LD5A 5LHHA 3BG3A 2K40A 4DZJA 1XDSA 1D5YA 5AIPA 4IHTA 4CGZA 2VBXA 4PGGA 3OSFA 5FLXK 3TP3A 4JOMA 2NVYJ 3CLOA 5E3LA 4HQEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1LQ1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

pfam database annotations