The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
57
|
structure length |
57
|
Chain Sequence |
SEALKILNNIRTLRAQARESTLETLEEMLEKLEVVVNERREEESAAAAEVEERTRKL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
H-NS Oligomerization Domain Structure Reveals the Mechanism for High Order
Self-association of the Intact Protein
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
dna-binding protein h-ns
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| total genus |
15
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-05-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MW2 B; 4ICG A; 1NI8 A; 1OV9 A; 3NR7 A; 1LR1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GN3 A; 2PF4 E; 3BPZ A; 4PDR A; 1GAX A; 2XUM A; 4LNU B; 1R1B A; 4N21 A; 3EHB B; 4WFF A; 1TUB B; 1YVW A; 4A5U B; 4YIO A; 1N32 B; 4JI7 B; 5GON A; 1OV9 A; 3ABL C; 5KMG A; 3N2G B; 3FX7 A; 5IY5 C; 1M90 W; 1Y6X A; 4FMT A; 3PN1 A; 1PP9 H; 5EBL C; 4LF5 B; 2DWE C; 2PTM A; 3JD3 A; 3Q4H B; 3A8T A; 2UXB B; 4AQY O; 2XAH A; 4JYC A; 3KKY A; 1JVM A; 1Y76 B; 2P4V A; 3FYI B; 3S3W A; 2DE0 X; 3LDD A; 2ZXW C; 1YIT V; 2Z3Y A; 5FNV A; 4JYA B; 2EIL B; 1XMO O; 4UVC A; 1R6K A; 5J2U A; 2BTO A; 4I4T B; 3CP1 A; 4O4I B; 4X20 A; 1MZF A; 2EZP A; 4CC6 A; 3CB2 A; 5IYZ A; 1AI7 A; 2RQ6 A; 1EZJ A; 1CXZ B; 1W59 A; 5EBW C; 1I0H A; 4X1I A; 4I0X A; 2WA4 A; 3FKS G; 3CHX A; 1US6 A; 3ZED A; 4PA9 A; 4GKK O; 3JD2 A; 5GTI Z; 5FLX N; 5CB4 B; 3K59 A; 3K5N A; 2Q0A A; 3UQ8 A; 4PA7 A; 2ZD9 A; 2R9R B; 1EM1 A; 3E2E A; 5B1N A; 4LP8 A; 4DW0 A; 4FZ1 A; 4LF8 O; 5LGN A; 3OTF A; 1FXV A; 1QNM A; 3LNN A; 1HWY A; 4Z1M G; 1AB3 A; 1EBO A; 4LH7 A; 1SC5 B; 1Q82 W; 4UUJ C; 4X62 B; 4I50 B; 4PJ0 Z; 3ABM C; 2R70 A; 3ZHV A; 3SPI A; 2UU9 B; 2NNU A; 1TVK A; 3ZMT A; 5BY1 A; 2ODM A; 2Q0O C; 2EIK B; 3JAR A; 5CA1 B; 4J80 A; 5H2F Z; 4CH4 A; 3ETG A; 3OTO B; 1VF5 B; 3K03 A; 5FPO A; 2CE4 A; 4WBN B; 3JAM N; 2QWN B; 2DYS C; 3MDS A; 5LMU O; 3L72 H; 5IYC O; 1J5E B; 2LJ2 A; 3JAS A; 1FFX A; 3SJC C; 3RYC A; 1T5E A; 4B3M B; 2JEX A; 4NXM B; 1V54 B; 5E79 Z; 4LF6 B; 4JI7 O; 3CJH B; 3E22 A; 5EC2 C; 5KHK A; 1FFT B; 3JSL A; 3ETQ A; 1K34 A; 1KBH A; 2FKX A; 1EN6 A; 4LWS B; 4IL6 Z; 2UXB O; 4YJ2 A; 3APO A; 4F6R B; 3JD1 A; 3JCU Z; 4J7J A; 2L6L A; 3K08 A; 4HBN A; 2Y0I A; 3W7X A; 4ZKI A; 2PZS A; 1M57 C; 1XDC A; 3ETD A; 1J95 A; 4QE9 A; 4LBE C; 3B2E E; 2ZDI A; 1OCZ C; 1KKD A; 3E35 A; 4QPK A; 4TV9 B; 1GN4 A; 3VQV A; 2CGO A; 2QR4 A; 2IBZ H; 4P2Z A; 1LR1 A; 4J7Z A; 2Z5U A; 1JX9 A; 4Q20 A; 2WSS G; 2P22 C; 3ZX6 A; 1GH6 A; 3HKE B; 4FLX A; 5LGT A; 2WLK A; 3QF7 A; 4ZI7 A; 2A9H A; 2VS0 A; 4NTY A; 3DSQ A; 1RM1 B; 1SQQ H; 5C93 A; 2HJD A; 1PNM A; 3H9V A; 3CCU V; 3STZ C; 4LH6 A; 1KUQ A; 1F51 A; 2R72 A; 1YXB A; 2HVJ C; 1QVF U; 3SGI A; 3HKC B; 2E5L O; 3AG2 C; 1VIB A; 3H1K H; 3U0Z A; 4KHP B; 3IJ4 A; 1DLB A; 3J7A U; 4JZG A; 2YC0 A; 2IJK A; 1HNW O; 2VWK A; 3LNM B; 2NR5 A; 2YIA A; 2QWR B; 3CCJ V; 4LF9 O; 1BL8 A; 4JAU A; 2W0F C; 4EFE A; 4WFH A; 4X62 O; 2QE7 G; 4TUY A; 4IHJ A; 2ZM6 B; 4MW3 A; 2LGQ A; 4PI0 A; 3EFF K; 1YJW V; 3GWO A; 4ZIB A; 5H6Q A; 4R7C A; 1Q90 D; 2ZE7 A; 1VQP V; 3FAV B; 5CA0 A; 5LHH A; 4MVR A; 2WAM A; 4JI8 B; 5BMV A; 1SES A; 3E8G A; 5TIS Z; 4PDL A; 2ZDI C; 3OAA G; 1YJ9 V; 1ZL8 B; 3OMN B; 3DXR B; 3JYC A; 3SPG A; 4BIU A; 2QDO A; 4B3M O; 3B40 A; 4NXM O; 1JPX A; 3ML0 A; 2ZR3 A; 4UCV A; 3ZRS A; 5C8Y A; 5CA3 A; 3ZBH A; 2JGD A; 3B8N A; 5LMN B; 4DV4 B; 4EB6 B; 1PV0 A; 2X6B A; 1NI8 A; 3JD0 A; 2Q5Z A; 1AVM A; 4XDK A; 1L1F A; 2CTR A; 5EIB D; 4LFA B; 3LUT B; 5B3S B; 3K9A A; 2EIL C; 1M9N A; 3B4S A; 4WF9 V; 3JAK B; 4FM0 A; 4DR7 B; 2XND G; 1F23 A; 1LNQ A; 3CC2 V; 4ZOL B; 2VWJ A; 4WFG A; 2UXC B; 3B09 A; 3UCS C; 3ZHS A; 3IC7 A; 3RYH B; 2AHY A; 3T4Z A; 2H3O A; 1L0L H; 1H2S B; 1MSW D; 1MOF A; 3K3W A; 1HR0 B; 4X8A A; 1XNQ O; 1D5A A; 1GM9 A; 4DR4 B; 1N33 B; 2ZE5 A; 3CCR V; 3ZHT A; 5K1P A; 3N2K A; 4TV8 A; 5LP6 A; 1RPR A; 2DN9 A; 4KHP O; 1TUE B; 3H1L H; 4JI4 B; 1R6N A; 4PA4 A; 1IZ3 A; 3UKM A; 3F5T A; 3VQW A; 5JH7 A; 1P7G A; 2K1E A; 4OX9 O; 4MSW C; 4YJ3 A; 1AJQ A; 4GX1 A; 3L9D A; 3RBZ A; 2ADP A; 4FVM A; 3UO3 A; 4GKJ B; 1QLN A; 2UUA O; 2Y69 C; 1K8A W; 5KAI Z; 3WU2 Z; 1VF6 A; 2NLJ C; 1I08 A; 4TSF G; 3J80 N; 3E8F A; 1PNK A; 3LDE A; 2EIK C; 1TA8 A; 2F23 A; 1DK1 A; 1Q6I A; 4O4J A; 3ABT A; 1YIJ V; 5KUK A; 4KP4 A; 4EFB A; 3C3S A; 1ZUQ A; 3K0D A; 1G6U A; 1B3Q A; 3DGE A; 4EKW A; 4AQY B; 2Y48 A; 3BVO A; 4JI5 O; 3W7W A; 1Q8I A; 2OCC C; 5B1A B; 2KSD A; 3T1H O; 3VQY A; 2PYL A; 1Q6H A; 1K5S A; 1RPO A; 1AIL A; 3HKB B; 2VQF B; 4MVO A; 5JQG B; 3VQX A; 1S5H C; 1FXK B; 4RAI A; 4IGG A; 1URF A; 3CRQ A; 1SS3 A; 3CRC A; 1XMO B; 4DUZ O; 3ZCC A; 4B08 A; 2ZIO A; 4J41 A; 5LYJ B; 3T1C A; 3B8M A; 4KXR A; 5LMN O; 3ASO C; 3ICX A; 4NB5 A; 2X0L A; 1OZ0 A; 4U7O A; 5LP6 C; 4WFB V; 3ASN B; 4LCU C; 2H8P C; 4FLW A; 3ABK C; 2LW1 A; 1QBZ A; 5KA5 A; 4H0L B; 4WFE A; 3VBB A; 2M6Y A; 5AG2 A; 3OUF A; 4HYO A; 4Z2W A; 1NQT A; 5GW7 A; 1BMF G; 2WLH A; 1PM9 A; 1XHX A; 2QWQ B; 5J2T B; 2UXC O; 3JAL A; 4JF3 A; 2UXN A; 1FAF A; 3JAW B; 1VF6 C; 2UUB O; 3K5O A; 1E79 G; 3CPW U; 4HNA B; 4PV1 B; 3CMA V; 4LF8 B; 1VQN V; 4UXN A; 5KA6 A; 5GTH Z; 4FLY A; 3H1J H; 2BCC H; 4RWU A; 4ICG A; 3CCL V; 2DJV A; 2RJZ A; 1RSO B; 3X2Q B; 2IH3 C; 1A32 A; 1F4N A; 5IYD O; 5EZY A; 5HFL A; 3G67 A; 2JEU A; 3RWR D; 1N33 O; 1VMG A; 2HG5 C; 4LC1 A; 2B5U A; 3F5W C; 4HZ3 A; 3IFX A; 4DR5 B; 4UCT A; 3QTC A; 2OYQ A; 5LXT B; 5LA6 A; 4LR3 A; 1QHT A; 3JSN A; 4JI4 O; 1HDJ A; 1I7F A; 1EFR G; 2EIJ B; 2EIN B; 3AK2 A; 2LQT A; 1VQ6 V; 3SYQ A; 1BT8 A; 1O9G A; 2FL4 A; 2Q68 A; 5B1B C; 2LGW A; 3QVN A; 1BQ0 A; 1KKC A; 3AG3 B; 3JCZ A; 5LMU B; 4DR2 O; 4GKJ O; 2FYU H; 3M8A A; 2C2A A; 2MW2 B; 4PEL A; 4CS3 A; 1IBM O; 1IX9 A; 4RUF A; 1IUR A; 2IU3 A; 3JAT A; 5CBH A; 4FIP C; 1KP3 A; 5H5N A; 4CH3 A; 2CH7 B; 2RCV A; 4FLZ A; 3K57 A; 3FFQ A; 2RDC A; 2O57 A; 4I55 B; 1JOY A; 1B04 A; 1JJ2 U; 5CN0 A; 1D5N A; 5LHG A; 3WG7 B; 2DYR B; 3B77 A; 4FJC C; 5BXZ A; 4GX0 A; 3L70 H; 2B1I A; 4U3J A; 5DM6 V; 4LFC B; 5JVD B; 3P3N A; 1QLE C; 2VQF O; 4H37 A; 4YHH O; 2YXY A; 2WA3 A; 4GT1 A; 3RN4 A; 5LBQ A; 2IH1 C; 2WPD G; 1N0N A; 5BR8 B; 2ADQ B; 4L87 A; 1Y74 B; 1S72 V; 1ROP A; 1X59 A; 4D6T H; 1XNR O; 3QNE A; 4X1Y A; 3SJB C; 2OTL V; 2FML A; 4FFB A; 1XEQ A; 4MTF A; 1VQ9 V; 3CCS V; 4KL1 A; 2CUG A; 4MTX A; 3K5M A; 1G8M A; 1XOU A; 4DRX A; 2EIM B; 3SJQ C; 4QPJ A; 1GN6 A; 4UVB A; 1XBL A; 2GUZ A; 2E3C A; 2HFE C; 2E5L B; 3APQ A; 1CP9 A; 2HEP A; 1ZWI C; 3W7U A; 2JDI G; 1KQS U; 3P32 A; 4B3T B; 3BEH A; 1HNW B; 4H13 B; 3OT7 A; 4BR6 A; 4UVA A; 2KG7 B; 4LF9 B; 3CME V; 4W4K A; 2UXX A; 3OMI B; 3TK1 A; 4UCU A; 4IIJ B; 3ZRW A; 1U96 A; 3LDC A; 4UB8 Z; 4GUN A; 4AIL C; 1M93 A; 2UXD O; 4DR5 O; 5EYP B; 2XAG A; 1V55 C; 3RYF A; 4BW5 A; 2CDY A; 1UJW B; 4GZR B; 4AI8 A; 4DR1 O; 1BE3 H; 5J9P C; 2WLL A; 2Q73 A; 4LFB B; 1KYO F; 4C7U A; 3U10 A; 2QJ1 A; 2BSK A; 1MZE A; 3EVK A; 1WPB A; 1Q81 W; 1NBM G; 3QO8 A; 2JK5 C; 2D2C B; 3A0B Z; 2AXT Z; 2JS5 A; 4OPA A; 1M4U A; 1KU9 A; 3I55 V; 2AZ0 A; 5IJ9 A; 1JFF B; 3PJS K; 4N23 A; 4PI2 A; 3CSX A; 1GKF A; 4X66 B; 1YDX A; 3I56 V; 5D5Q A; 3NR7 A; 3KG2 A; 5B1A C; 2AZ2 A; 3RGB A; 1PD3 A; 4MVS A; 5LL6 Y; 5B5E Z; 4X1K B; 1SQG A; 4J9Y B; 3HB3 B; 3CE2 A; 4X9Q A; 1SQP H; 4NVP A; 5IJ0 B; 4LFC O; 1FXK C; 1Y66 A; 1WB7 A; 4ZHQ A; 5FPR A; 5KX5 B; 1YTF B; 4FFK A; 2WLM A; 2P7T C; 4LNU A; 1H2N A; 2L35 A; 1IVS A; 1FJG O; 2YIB D; 2RMK B; 1KEC A; 3SJA C; 1XL4 A; 1TUB A; 4FZ0 A; 4F6E A; 1WNS A; 5BR8 O; 3BHP A; 5B1O A; 1WP8 A; 2F93 B; 1OCR B; 3SR2 C; 4K35 A; 3K06 A; 1JMK C; 1Q7Y W; 3N2G A; 1H38 A; 1XIL A; 4DV3 B; 3RFR A; 4MW8 A; 3ASN C; 3Q4H A; 2ZCE A; 3T2M A; 2N04 A; 4IYI A; 1K97 A; 1WB8 A; 3L71 H; 4O4L B; 4DUY O; 1XNQ B; 1Y76 A; 4UV8 A; 1YZB A; 1FYJ A; 4I5S A; 5H9C A; 3CEI A; 1KD1 W; 2HR3 A; 1ZAU A; 1PKX A; 1VQ4 V; 4B3S O; 1BGY H; 1PL0 A; 2LW7 A; 1KB9 F; 1W0J G; 2RN9 A; 5EBM C; 2ZIM A; 4TT3 G; 1RP3 B; 3GWK C; 1M1K W; 4OX9 B; 4B3T O; 3FB5 C; 4CS4 A; 3TXQ A; 4FPP A; 4QNH B; 4PD4 F; 4I4T A; 4O4I A; 3X2Q C; 1QR9 A; 2UUA B; 1IBK B; 1Q43 A; 4JV5 B; 3TJT A; 2IM9 A; 3UT5 B; 2A3Q A; 3KCX A; 3CRA A; 3ABU A; 2YIC A; 4O2B B; 3UM7 A; 3K0G A; 3M7M X; 2Q7H A; 2EJ7 A; 2CAZ C; 2EIJ C; 4FM2 A; 3SYA A; 3E8B A; 3BAB A; 4UFZ A; 3FB8 C; 4JPR A; 3HKD B; 1WA8 B; 3A0R A; 4MT8 A; 4LFB O; 4CH6 A; 1XMQ B; 5CB4 A; 1NTZ H; 1WP7 A; 1G4Y B; 3S3X A; 4JI5 B; 1Y4M A; 4KFM A; 2WLI B; 4DK1 A; 3T1H B; 2YEV B; 3SPH A; 3E8H A; 1YHQ V; 1GO3 F; 2ZE8 A; 4MS2 A; 5L3E A; 4JTD B; 1NU1 H; 2PY5 A; 1SA0 B; 1YTF D; 3BA9 A; 4Q6G A; 2BTQ B; 3ABL B; 3WB2 A; 4I50 A; 3ZMV A; 4DUZ B; 4L8J A; 4DV7 O; 5LOV B; 4X66 O; 1Q86 W; 3WG7 C; 4J7K A; 2DYR C; 1S0V A; 2JVD A; 1AI4 A; 2DOS A; 3ZHU A; 1YEW A; 1JA8 A; 2W0X A; 2R9A A; 4YY3 B; 5CA1 A; 1NT2 B; 1W0K G; 4O4H B; 3MAQ A; 4O2A B; 1P4R A; 1JCH A; 1PNL A; 2OIE A; 2ZXW B; 4E4E A; 5L3B A; 4FLU A; 1NH2 B; 4WBN A; 1DGS A; 2Q8V A; 3L74 H; 4UV9 A; 3T4D A; 5A9G A; 5A2Q N; 4OPH A; 3TXS A; 4P9P A; 3ZMZ A; 4ASU G; 1S3J A; 5EK0 A; 4X64 O; 3CJH A; 3CXH F; 5E1A C; 5KLV H; 2UUB B; 2QA4 V; 4AHC A; 2Q7E A; 1ZLZ A; 3K58 A; 4DV3 O; 4JI3 O; 2QM7 A; 3KZI Z; 5IT9 N; 5F2V O; 3OM3 B; 4LWS A; 1ARO P; 1SQF A; 2JRI A; 2X7R B; 2GDS A; 3VOU A; 2EIM C; 4CH5 A; 2G38 A; 4MVM A; 1K7D A; 4F6R A; 2QTO A; 5BZB A; 5IJ0 A; 3RYI B; 3SPJ A; 2H94 A; 3K04 A; 5LHI A; 3W7S A; 1OJH A; 1UFI A; 1EZV H; 1XI1 A; 4PA6 A; 3TGU H; 4BWA A; 4TV9 A; 2XAJ A; 5GON B; 5L3D A; 2GV9 A; 4LF4 B; 5KMG B; 2OWO A; 4DR2 B; 2N05 A; 4DXW A; 1IBK O; 1K5Q A; 4NXN O; 4JV5 O; 1IBM B; 2Q4P A; 4DR3 B; 3P30 A; 4JYY A; 3HKE A; 1SF9 A; 3O9O A; 2QSA A; 1JR9 A; 4JYB A; 4B7E A; 4DV1 O; 2YI8 A; 3ZN1 A; 2K9P A; 1VQK V; 2P6J A; 3D3Q A; 3OUS A; 3ZRX A; 2M7W A; 3HKC A; 5FNV B; 1W2B U; 3FB6 C; 1XMQ O; 3OGI B; 1ZX3 A; 1U97 A; 5J2U B; 2AHZ A; 3RT3 C; 1QCE A; 2E75 B; 3BCC H; 2OCH A; 4K0K O; 1TAE A; 4X20 B; 4DO2 A; 1V54 C; 4TQD A; 1GM7 A; 4XBF A; 1NH2 D; 4YHH B; 5IYZ B; 3RVZ A; 4MVQ A; 2ZR2 A; 4X1I B; 3C90 A; 4I0X B; 1IXB A; 4E2L A; 3G71 V; 2HP8 A; 3RVY A; 4DV0 O; 2BOC C; 2PI4 A; 3CD6 V; 4DV6 O; 1I5Y A; 1XNR B; 4YY3 O; 2FB5 A; 1ZSP A; 3FAV A; 1M57 B; 5B66 Z; 4J42 A; 1N36 O; 3IGA C; 1AJN A; 2CTP A; 2RNB A; 2XOK G; 1ZL8 A; 4R8C A; 1FD9 A; 2ZNI A; 3DXR A; 2ITD C; 3ZHR A; 3DC5 A; 1GRJ A; 3AG7 A; 2KQX A; 4IYH A; 1M5I A; 2PYJ A; 2XT9 A; 2WLJ A; 3MD0 A; 1H8E G; 5D5P A; 3G4S V; 3U11 A; 1M56 B; 3CX5 F; 5LGU A; 1TVK B; 2QKC A; 5EIB C; 1P84 F; 3P3P A; 1RM1 C; 1HP8 A; 4YIP A; 3JAR B; 5DEC A; 4EB6 A; 2QKA A; 5KHH A; 3A0H Z; 4CS2 A; 1X4T A; 3AEI A; 1N34 O; 4JAS A; 3AG4 B; 4WFA V; 4B3R O; 1K9M W; 5KUM A; 2CGN A; 2UXD B; 3WB0 A; 2QWP B; 3OE7 G; 1BHA A; 3JAK A; 3JAS B; 2QM8 A; 1FFX B; 1GN2 A; 3RYC B; 4ZOL A; 4DR1 B; 2GHY A; 3D8C A; 3K79 A; 1LUV A; 4GX5 A; 4RUE A; 3E22 B; 4H33 A; 4LF4 O; 1SKV A; 1SRY A; 4BIZ A; 3CWB H; 3C3T A; 3RYH A; 1PPJ H; 1SQX H; 3H1H H; 3OD4 A; 2ITC C; 1XUQ A; 1JJO A; 2QEX V; 2YDE A; 4DR3 O; 3AK1 A; 3SYP A; 4X89 A; 1KC8 W; 4YJ2 B; 1NZ6 A; 4JTA B; 3OMA B; 3OR6 C; 4TOI A; 1WN7 A; 4JI2 O; 2F4V B; 3THO A; 2B1G A; 1DTO A; 3AK3 A; 1BCC H; 4I9Q A; 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