1LS5A

Crystal structure of plasmepsin iv from p. falciparum in complex with pepstatin a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
328
structure length
328
Chain Sequence
SENDSIELDDVANLMFYGEGQIGTNKQPFMFIFDTGSANLWVPSVNCDSIGCSTKHLYDASASKSYEKDGTKVEISYGSGTVRGYFSKDVISLGDLSLPYKFIEVTDADDLEPIYSGSEFDGILGLGWKDLSIGSIDPVVVELKKQNKIDNALFTFYLPVHDKHVGYLTIGGIESDFYEGPLTYEKLNHDLYWQIDLDIHFGKYVMQKANAVVDSGTSTITAPTSFLNKFFRDMNVIKVPFLPLYVTTCDNDDLPTLEFHSRNNKYTLEPEFYMDPLSDIDPALCMLYILPVDIDDNTFILGDPFMRKYFTVFDYEKESVGFAVAKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords plasmepsin IV
publication title Novel uncomplexed and complexed structures of plasmepsin II, an aspartic protease from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 60
structure length 328
sequence length 328
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ls5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ls5A01
1GNOA 3SO9A 3BXRA 3NWXA 1HIVA 5IE1A 1HWRA 4J0YA 2V13A 4NPTA 1E80E 3NU6A 1ZJ7A 4GB2A 5P6TA 4ZE6A 5SXNA 3IN3A 5P5TA 3VLBA 4GJDA 5P6DA 5P4NA 5P7HA 1LYAB 2HIZA 4PPHA 4L7HA 5P36A 1SP5A 2QNPA 4J1FA 4Y4GA 2FIVA 5AH9A 1NPVA 1ZTZA 5P4XA 5P7TA 5P5CA 1APUE 1APTE 3VSXA 3IAWA 2G69A 1B6LA 3VFAA 5C9FA 3EL4A 5P5HA 1HRNA 2BJUA 3M9FA 5P3AA 2P3BB 2O4KA 5P4SA 4GJ9A 1GVXA 4Y5MA 5OZ1A 5HDVA 3DCRA 4PHVA 5P46A 2H6SA 1ZBGA 5IS4A 5P4RA 3BXSA 5DQCA 1FMBA 3GI6A 5HDZA 2AOHA 5IVSA 3JW2A 5OZ4A 3FV3A 1XN3A 5P7PA 2NMZA 4B72A 1ZLFA 1FFFC 2I4DA 4ZLSA 5P4LA 5P1NA 4NPUA 4QJ7A 4RROA 2QAKA 3L5DA 2Q3KA 2PSUA 3OUBA 5P2ZA 1C6YA 2I0DA 3PCWA 3VV7A 4A4QA 4EJDA 1BIMA 4LXMA 5OZ0A 1PROA 1CZIE 3TH9A 4Y4BA 1BV9A 3NSHA 5IVRA 3EC0A 3KT2A 3NDTA 5P5PA 5P0MA 2IRZA 2QNQA 2BQVA 2NXMA 5OZFA 4HEGA 3KM4A 5P6LA 4I8WA 3NUOA 5ENKA 4QGIA 5P52A 4Y4JA 5P4AA 1HPOA 5P4YA 4FRKA 2WHHA 4QJ9A 3RVIA 2O4LA 3OAGA 5P08A 5OYRA 2NXDA 5P0CA 4YOBA 1B6MA 2WEDA 1K2CA 5P82A 1PPLE 3IN4A 3PB5A 4YHQA 2QI3A 4D85A 5P2LA 3LPJA 1W6HA 5P3CA 5P8OA 2WECA 2JXRA 5OZGA 3PGIA 4CPUA 2AQUA 1DMPA 1RL8A 1EAGA 1IDAA 1EBZA 2B8LA 3FIVA 5F00A 5P47A 1GVUA 5P1QA 1ZSFA 4Y4XA 5HCOA 1CPIA 4Y56A 5P17A 3I6OA 4I0IA 5OZIA 4Y4TA 2QHZA 3KFNA 4L7JA 2IDWA 5P6ZA 3PMUA 4HDPA 1LS5A 1GNMA 5P8FA 4DJVA 2NMYA 2ZDZA 1DAZC 1FIVA 5P27A 5P5AA 1AVFA 1QDMA 4I0FA 4DJXA 5P53A 4OD9A 5P57A 3OWNA 3I2LA 2XFKA 4EXHA 4B1CA 4AZYA 5P1ZA 2P3AA 1ENTE 3OADA 1GVVA 1AM5A 3Q3TA 1EC3A 2AOJA 5F01A 5P4PA 2VA6A 4QJ2A 3APPA 5P2XA 3PWMA 4Y4UA 2HB4A 3HVPA 4OBDA 4KE0A 3SM2A 4YCKA 1KZKA 5P7ZA 4PZWA 1F34A 1F7AA 4J1EA 3OQFA 5P3JA 1UH8A 3TOHA 1VIJA 5P5DA 3L3AA 4OBZA 1YT9A 5OZDA 2WF4A 2OF0A 4GJ6A 4DPFA 1AXAA 1DPJA 2XFIA 2BPWA 2G24A 5P7EA 3UDKA 4CPWA 4OC6B 3U7SA 5P0GA 5P43A 5P5IA 5P15A 5P5YA 3CICA 5KQFA 4Q1NA 2B7ZA 1HVKA 3TKGA 4LAPA 1YTGA 3I25A 5P2VA 3QRSA 4CPTA 5P2RA 4Y37A 1B6KA 2VIJA 2QCIA 3PSGA 1C70A 5P5SA 1HPVA 2PYNA 1ZPKA 5P12A 4Y4AA 1WBKA 3VF7A 5P37A 5CONA 5P72A 3KT5A 3MWSA 5P0HA 1MRXA 5P22A 3PWRA 5COKA 1K6PA 3NXNA 5P73A 1TW7A 2FNTA 3T7XA 3UQWA 5P7UA 5P33A 5P48A 5T4SA 1OEWA 5P81A 1FB7A 3PM4A 4K8SA 1HVSA 2JYSA 1K6TA 4CPQA 5P3NA 1MSMA 2AZBA 5P54A 4ACXA 2FXDA 5P7AA 3FNUA 4LL3A 3PSYA 4Q1YA 5OZEA 3LIZA 5OYWA 3RU1A 4DQCA 5P1LA 4Z22A 1SMRA 4DJUA 5P4IA 1IZEA 1OD1A 2Q64A 3T7PA 2OHTA 3D1XA 5P3MA 3O9EA 4Y6MA 3CIBA 5P8RA 5P8GA 3BRAA 3ZKIA 4FAEA 5BRYA 1TSQA 4Y39A 2AOGA 3NR6A 4E43A 3GW5A 4RRSA 3UQXA 4B1EA 1EEDP 3S45A 3UCBA 1HTEA 3K4VC 4Y57A 3UHLA 3PSUA 3OOTA 1TZSA 2IL2A 5P5VA 5TOLA 3O9CA 3S85A 3KDCA 2R5QA 2ER0E 4N00A 1FQXA 4H3JA 2O4NA 5P5JA 2ER9E 3IVHA 1ER8E 2OHSA 2OHLA 5P0DA 1W5VA 2QU3A 5P7RA 3D3TA 5P8QA 5P66A 5P1TA 8HVPA 4HLAA 3S8IA 5AH7A 5P2QA 2QZLA 2O4SA 5COPA 3L5CA 5CLMA 3OXWA 5P1IA 2WEBA 3HAWA 4ZSRA 5OYZA 2B60A 3D1YA 1YTIA 1PSOE 2WJOA 5P11A 3TL9A 1M0BA 4ZSQA 3OU4B 3INHA 3SKGA 5DPZA 5P55A 1HVLA 2EWYA 2AVMA 4Z4XA 2JJIA 3S2OA 2WEZA 4DVFA 2V16C 2BPZA 4Y5AA 4R8YA 5P0JA 3S43A 4DJYA 1GKTA 1SDTA 2G94A 5OZBA 2R3TA 1ZAPA 4ER2E 5P7QA 5HE5A 3U6AA 3OUAA 3OAGB 2UXZA 2PH8A 5P3RA 4YD3A 5P4JA 4Y53A 2AIDA 2G1YA 5P2EA 3LITA 1ODWA 3OK9A 1D4HA 4Q1WA 3VSWA 3QS1A 3SAAA 1TCWA 3L5BA 4ZIPA 5P3UA 5DR7A 3OOZA 3DV1A 5P7GA 4DJRA 3BGBA 4Y3XA 3DUYA 2ZJKA 3DCKA 1BDRA 3VLAA 4Y50A 4Y4EA 4YOAA 4HA5A 1EBYA 1QS8A 4FRJA 2AZ9A 5P0SA 2CENA 4RRNA 3Q6YA 3TNEA 2XYFA 1TCXA 5P3HA 2QI4A 2G22A 7HVPA 4Y3QA 3HAUA 4YD5A 5P1WA 3TKWA 4EJ8A 2ZJHA 2J9JA 3GGVA 1T7IA 4TRWA 5OZ5A 2ZHSA 5P4KA 5P32A 1MT9A 2VKMA 3EM4A 1BAIA 2FXEA 1J71A 5KR0A 5P20A 5P0EA 5P0AA 5P5OA 4MC2A 5P7CA 3OADB 3UDPA 5P7WA 6APRE 1T6GA 4J1HA 2BPVA 5P3OA 3CIDA 5P8IA 4JOOA 5P6YA 1IVPA 5P6KA 3GI0A 3PBZA 3VYEA 5HVPA 3ZKGA 5P8DA 1VIKA 5FIVA 3PWWA 3VEUA 4EP3A 5P8EA 1RQ9A 5HE7A 4JECA 2OHMA 1SH9A 5KQXA 1XDHA 1EPRE 2I4WA 2A1EA 3O99A 5P65A 5DQ5A 5HU0A 2AVVA 3EM3A 3FKTA 5P1JA 4TVGA 4F73A 4YCTA 1HSGA 2G21A 1WBMA 5P4EA 5P2WA 5KR1A 4DUSA 5DR8A 5P60A 4DQFA 5P70A 1PSAA 3SACA 5P0XA 5JFPA 5I3WA 4Y5LA 3UDYA 4OBHA 4RCDA 3T7QA 1YTHA 3FNTA 5P1UA 2XYEA 5OZLA 1D4YA 4J0ZA 2OHKA 5P25A 1XE6A 5P1AA 4Y38A 4XKXA 2IQGA 5OZYA 5P6HA 2RKFA 1ZSRA 2FDEA 2FGUA 4BEKA 4BFBA 4FE6A 3JVWA 1NPAA 5P5LA 5P3EA 3PHVA 3VV6A 4LXAA 5P8TA 1FGCC 5P8CA 3A2OA 4L1AA 3L59A 3BVBA 2WF3A 5OZQA 4K4QA 1EPPE 5OZNA 5P3TA 3UDJA 4R5NA 3OUCA 4GJCA 2F3KA 5OZWA 3B80A 3NDUA 1K2BA 2PK5A 5P0VA 4Y3HA 2HPEA 3HD8A 2VNMA 5P2HA 5P24A 3KYRA 5P5UA 2WL0A 3R0WA 2G1OA 3OXXA 2OHPA 3OUDB 4A6CA 4A6BA 3SA3A 5P1PA 3MSKA 5P5WA 5P2BA 3IVIA 3QBHA 5OZUA 3LZVA 3WZ7A 4Y4WA 3S53A 3H0BA 4M8XA 3EL5A 4OBGA 1W5WA 4DJOA 5ENMA 1Z8CA 5E5KA 4GJ5A 1FQ7A 3TPJA 4I0JA 5P29A 2B7FA 5P38A 1LF3A 4FIVA 3MSJA 5P1BA 2QI6A 4Y43A 4XX3A 5P8UA 2QZXA 3EXOA 2QI5A 1C6XA 3UDMA 5P5EA 2G27A 3HBOA 3EL9A 4YD7A 3BGCA 5P0KA 5P6EA 4LHHA 3INFA 1D4LA 2BKTA 5P01A 1UPJA 5P56A 1Q9PA 1AAQA 1B5FA 3RSXA 5P7IA 1UH9A 1MEUA 3OGQA 2R9BA 3O9HA 2V10C 1SDUA 5P45A 2ER7E 1NSOA 4FM7A 3OY4A 5P6XA 1PSNA 4OBKA 5SY2A 3Q70A 2F3FA 3O9FA 5P7BA 2JJJA 3OTSA 1LV1A 3UTLA 2IKOA 4QJ6A 3S43B 3QAAA 1HSHA 3PI5A 4UPJA 4ER1E 3HDKA 2F80A 4U8WA 5P80A 1IZDA 2QI1A 4AA9A 2WF2A 5P1MA 4J54A 4Y3PA 4X7IA 5OZ3A 4J1CA 5P84A 3OHFA 1D4KA 2ZHTA 1D4SA 4Y5NA 2QD6A 1GVWA 5P87A 3LPIA 5P28A 5P0NA 5B18A 5P1HA 3WZ8A 3DK1A 3QROA 1IDBA 3DM6A 3LHGA 5P31A 5KAOA 2HPFA 2QHCA 3CKPA 3SA8A 4IVSA 3ER3E 2HB2A 3KFRA 4FM6A 1D4IA 1SIVA 1FLHA 5P63A 5P2GA 4Y3SA 3BC4A 2AVQA 5AHBA 3PLDA 3IXOA 5SY3A 5P7JA 1BDLA 1ODXA 1IVQA 2XFJA 3S54A 5BS4A 2VJ7A 3T3CA 5P6MA 2I4XA 4QJ8A 3OU1B 5P3FA 1APWE 3QRVA 2WF0A 1E81E 4EXGA 4Y3GA 5P16A 2HB3A 2J9JB 4Y3AA 3UFNA 4CPXA 1ZP8A 4PYVA 1AJXA 2WKZA 1E82E 3VUCA 4APEA 3SFCA 3EKQA 1EPLE 4AUCA 4HDFA 5P0LA 3ZKNA 2J9KA 5P3IA 5P1GA 4Y44A 3FSMA 5P77A 5P6VA 2VIYA 5OYSA 5AGZA 4LXKA 4FM8A 5APRE 5P30A 4EQJA 2AOCA 5I3YA 4HZTA 5HDUA 3QBFA 1TSUA 2VNNA 1LYWB 2AZ8A 5OZPA 4LC7A 5P35A 5P0UA 3QVIA 6FIVA 5P1FA 3TOFA 1LYAA 4J5JA 1Z1RA 2ANLA 4LP9A 1KJGA 5OZ6A 2IS0A 5HD0A 5HDXA 4BELA 5DQ4A 5OZ8A 4I8ZA 3GI5A 4B05A 1EPNE 3UQUA 3WSJA 3BUGA 5OZMA 2QD8A 5HE4A 3S7MA 4I1CA 3WB5A 2AOIA 5OZTA 4WY6A 2HS2A 1MESA 3IA9A 1OHRA 3QPJA 5OZOA 1IZHA 5I3XA 3KDDA 3INEA 2HM1A 5P3QA 4APRE 4EWOA 2PWCA 3PI0A 4DQHA 9HVPA 3VV8A 4GMIA 3U71A 5P09A 4R95A 5P1EA 1MTRA 5P6FA 5P4MA 5JG1A 4Y5KA 5KOSA 2PMAA 4RYGA 2VJ6A 5P69A 1EBWA 2FDDA 1SMEA 3ER5E 5C9DA 2QU2A 4KE1A 5P6UA 2PWRA 5AH6A 2QMGA 5P4BA 5P4VA 4RVJA 3EKYA 3K5GA 4R93A 4B77A 2BPYA 1BXQA 1YG9A 4YD6A 4Y3DA 2PK6A 3ZKMA 1K6VA 3LIXA 1FMXA 1G35A 1W51A 1BVEA 1D4JA 1SBGA 1APVE 1HTFA 1G2KA 5P4UA 4YD4A 1W6IA 2A4FA 3S56A 1E5OE 4Y3NA 5P2MA 1BWBA 5COOA 5OZHA 5P4GA 2ZE1A 1YTJA 3BUHA 4Y5EA 5P2TA 4Y41A 3UQRA 4EP2A 2P8HA 5P3SA 3UF3A 2AODA 3SQFA 4HDBA 5P0IA 3INDA 1EC1A 1QBUA 4L7GA 5P71A 2Z54A 3PRSA 5KR2A 2SAMA 2RSPA 3ZL7A 1GNNA 5P0OA 4Y3TA 3QI1A 1IIQA 1FG6C 2V0ZC 4Y58A 4ACUA 5KQZA 2NXLA 5KR8A 3ZKSA 2CEMA 2ASIA 1HVHA 3LIVA 1NH0A 2G20A 4Y47A 1HVRA 2NTRA 4ZPEA 5C9BA 3VCMA 3WB4A 1FG8C 1IBQA 1G0VA 5EZZA 3N4LA 2V12C 2IKUA 4Y3EA 1B5FB 3ST5A 3PCZA 5P7SA 3L5FA 5P3WA 3L38A 2BB9A 1YX9A 2VIEA 4GJAA 2HC0A 5OZ7A 2QMPA 5P7VA 3I8WA 3I7EA 3PMYA 4YA8A 4B78A 3SA4A 3AIDA 5P3YA 2JE4A 3SM1A 4PZXA 5P8HA 3CKRA 5OYUA 2HS1A 2B42A 5P5KA 5P8JA 1XL5A 3UDRA 2PC0A 5P67A 3TPRA 4FRIA 5J25A 2OHUA 5P49A 4EJKA 3SA5A 1K1UA 5OYXA 2ZGAA 5OYVA 1YM2A 3B7VA 2Q63A 4TVHA 5P1RA 5OZRA 3HLOA 5AH8A 5P5FA 5P6IA 4Y5BA 3EKPA 4YDFA 3VYFA 1EC2A 3KMXA 3OQ7A 5P5QA 5P2OA 5P4FA 5ER2E 3KF0A 5P5BA 2QMDA 5P8MA 4NJSA 5P8PA 3G6ZA 3ZPSA 4WY1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GNO A;  3SO9 A;  3BXR A;  3NWX A;  1HIV A;  5IE1 A;  1HWR A;  4J0Y A;  2V13 A;  4NPT A;  1E80 E;  3NU6 A;  1ZJ7 A;  4GB2 A;  5P6T A;  4ZE6 A;  5SXN A;  3IN3 A;  5P5T A;  3VLB A;  4GJD A;  5P6D A;  5P4N A;  5P7H A;  1LYA B;  2HIZ A;  4PPH A;  4L7H A;  5P36 A;  1SP5 A;  2QNP A;  4J1F A;  4Y4G A;  2FIV A;  5AH9 A;  1NPV A;  1ZTZ A;  5P4X A;  5P7T A;  5P5C A;  1APU E;  1APT E;  3VSX A;  3IAW A;  2G69 A;  1B6L A;  3VFA A;  5C9F A;  3EL4 A;  5P5H A;  1HRN A;  2BJU A;  3M9F A;  5P3A A;  2P3B B;  2O4K A;  5P4S A;  4GJ9 A;  1GVX A;  4Y5M A;  5OZ1 A;  5HDV A;  3DCR A;  4PHV A;  5P46 A;  2H6S A;  1ZBG A;  5IS4 A;  5P4R A;  3BXS A;  5DQC A;  1FMB A;  3GI6 A;  5HDZ A;  2AOH A;  5IVS A;  3JW2 A;  5OZ4 A;  3FV3 A;  1XN3 A;  5P7P A;  2NMZ A;  4B72 A;  1ZLF A;  1FFF C;  2I4D A;  4ZLS A;  5P4L A;  5P1N A;  4NPU A;  4QJ7 A;  4RRO A;  2QAK A;  3L5D A;  2Q3K A;  2PSU A;  3OUB A;  5P2Z A;  1C6Y A;  2I0D A;  3PCW A;  3VV7 A;  4A4Q A;  4EJD A;  1BIM A;  4LXM A;  5OZ0 A;  1PRO A;  1CZI E;  3TH9 A;  4Y4B A;  1BV9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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