1LSAA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsaA00
1LZNA 1QQYA 5C6LA 5HLLA 4WLDA 3A34A 3A67Y 1LZ8A 1XGPC 4GCEA 1C08C 1LHHA 2BQGA 4OOTA 1REMA 1LSZA 4J1AA 1BB4A 4RLMA 5KKIA 5KY1A 4NY5A 1B7SA 5APFA 3A96A 4AXTA 1LJIA 1DI4A 1JEFA 5A3EA 4H94A 1JJ0A 5FEKA 4CHXA 1UIGA 4WO9A 4BADA 1JKAA 1HEQA 2YBIA 1OUBA 1REYA 2D4IA 2EQLA 4EMNA 1W08A 3ZEKA 3W6EA 2H9JA 4NG1A 4NGYA 1EQ5A 3M3UA 3TXBA 1CKGA 4U3XB 5B59A 3A6BY 1JPOA 5JENB 3TXFA 3RT5X 1LJKA 2W1XA 2Z18A 2F2NA 3D9AC 2D4JA 3TMUA 1B2KA 5I5QA 1GF0A 2XJWA 4YOPA 2H5ZA 3A8ZA 5B06A 2W1MA 3A6CY 5E4PA 4LYMA 5IDDA 4H91A 4L41A 5LA8A 1D0LA 5KXOA 3T6UA 1LZ5A 1V7SA 1IP6A 4EOFA 4DYGA 1CJ6A 4ZIXA 4DD1A 4WM3A 2YBMA 2BQEA 3WXTA 2HU1A 3CT1A 1REXA 1KIPC 5KXLA 1BB6A 3CQLA 1ZMYL 1BHZA 1JTTL 1WQNA 4XJBA 3AZ6A 4WG1A 3TXHA 1GXV2 1XGUC 3LYZA 3M18B 5KXWA 3W6FA 1LSBA 2Z39A 4WL6A 1CKFA 1LYZA 4A7DA 4ET9A 1A2YC 3CB7A 1NMMA 3ZVQB 2Z2FA 4H9BA 4NSJA 4WOAA 1W6ZA 4LT1A 3WULA 1OP9B 1QTEA 1GBYA 3EO5A 5F16A 1LZRA 4NEBA 1IY3A 1C10A 1BGIA 1JITA 2CGIA 1IIZA 4WL7A 5LYMA 1SQ2L 3N9CA 1LTMA 2ZQ3A 3IJUA 1JISA 1VDSA 4LYBA 1B5VA 1WQOA 2BQMA 3N9EA 4WM5A 1NQIA 1IOQA 4KT3A 4TWSA 1AT6A 1FDLY 5M1YA 4GLAA 1LSGA 1LMQA 2BQDA 1GF3A 1T3PA 2F4AA 4CFOA 1LZ9A 1GFUA 2BLYA 1GBZA 4IATA 1J1OY 4NGWA 3WVXA 1LYOA 1GB6A 1RFPA 1BVKC 3B0IA 4XN6A 4M4OA 1FKVA 3GXKA 3AW7A 3LHMA 3AGGG 1ZV5L 3QY4A 5I53A 1GWDA 4WM1A 2HEDA 4XJHA 1B5ZA 2LZTA 1VDPA 153LA 1ALCA 1LHJA 4GLVA 1IVMA 5T3FA 1CJ8A 1IWXA 2A7FA 1G7MC 3WL2A 1LJHA 3AGIA 3MGWA 4NWEA 5D5CA 1MLCE 1BB3A 3WVYA 1JKDA 1HFYA 3QNGA 1VDTA 1XGRC 1WQQA 2Z38A 1G7IC 1I1ZA 2W1YA 2FYDA 1LJEA 4N9RA 5APCA 1LZCA 5KXMA 5L9JA 4UWNA 1LHIA 1LSFA 4NHIA 4H9AA 1E8LA 4OOOA 4PPOA 1LSCA 4R6CA 4WLXA 1OUJA 5FHWA 1KIRC 1GFHA 1JHLA 1VEDA 3A90A 1GE1A 1IC4Y 4LT0A 1QDTA 1HMLA 4DT3A 4O34A 1GB9A 1GXXA 2IHLA 1OQMA 4YM8A 4FJRA 1HMKA 1VATA 2G4QA 1YKYX 1LZ6A 3WU9A 4B4IA 4D9ZA 1WTNA 1YKZX 5LVGA 2ZQ4A 4NWHA 5C6JA 4I8SA 207LA 1I20A 2HU3A 1LHMA 1YKXX 4YEMA 3WPJA 3BKVA 1QSAA 3CSZA 2MECA 3WW5A 4NSHA 4C3WA 1JSFA 1B5UA 1LSDA 3B0OA 5LVKA 3AW6A 1GBWA 2B5ZA 1LZTA 1LMPA 4ANRA 4CFPA 1LJJA 3TXDA 1WVUA 2MEGA 1D0MA 1GF5A 2DQHY 3EMSA 4TX7A 3TXJA 5KXSA 4GCCA 2Z37A 3TXGA 4XJDA 3FE0A 1D9UA 1DZBX 1GB7A 2BAAA 2DBTA 3WXUA 1OUIA 1QUTA 6LYTA 4TSCA 1FLWA 2C8PA 4LT3A 4UWVA 3A95A 2F30A 2YSSC 1QTKA 4HJVA 1GE0A 1KXYA 1LMNA 4RDSA 5FSTA 5LA5A 5B1FA 5KKJA 3VWOA 2DQIY 3WU7A 1BQLY 1XGQC 1GB8A 4MR1A 3J4GA 4DWXA 4NHPA 4ETDA 1BB5A 1WTMA 1SLYA 2HUBA 4LYOA 4XENA 4DDBA 1IP5A 1OUDA 1C46A 1HERA 1IP1A 3A94A 4LFXA 5FDJA 2ZWBA 4ET8A 134LA 1C43A 5LYZA 1JIYA 1UIEA 4MCKA 1IP4A 4MSTA 5I4YA 5LINA 5KXKA 1HC0A 1VAUA 1RI8B 4H9EA 5KXPA 4DD7A 1LSPA 1GFTA 1Z55A 2CWIA 9LYZA 2HECA 1VDQA 2HEAA 4NGIA 4NIJA 4B1AA 1B7MA 1LKSA 2DQGY 4PJ2C 2MEBA 4H9FA 4J1BA 4ETEA 1F6RA 1OUGA 1CJ9A 3W6CA 3WUAA 2BQNA 3RW8A 4XJFA 4WMGA 3LZTA 5KXZA 2BQHA 1FBIX 1YANA 3CSQA 1XEIA 1CKHA 2EKSC 3A3RX 1GF6A 4QEQA 2BQBA 4DD3A 3LYMA 2YBHA 3W6BA 1G7LC 1JKCA 2LYMA 2BPUA 1RCMA 3SP3A 5E9RA 4AGAA 4KPMA 2BQIA 1LJNA 3D3DA 1UIHA 1NDMC 4BAFA 1YAPA 2YBJA 4NGJA 1IWYA 1JKBA 4H8YA 1QIOA 5KXTA 1HEMA 5APDA 5J7CA 5HNLA 1LMCA 3A3QA 4NHTA 1XEKA 4BS7A 4HTKA 4LGKA 2HEBA 1LMOA 1GB5A 1B7RA 1EQ4A 2MEEA 1UIAA 2N5ZA 4M6DA 4IJ4A 1PZYA 1RE2A 4WM4A 2LYOA 1LZ4A 3TMXA 1KXXA 1IX0A 2CDSA 1LCNA 1IOTA 4ML7A 2W1LA 1NHEA 2H9KA 1LZ1A 1IWZA 1I56A 1GFKA 4H1PA 4H9CA 1GB2A 4YEOA 2MEIA 1DPWA 3W3EA 3ZVQA 1LJ3A 4XADA 3WUNA 1IR9A 4HJYA 1JJ3A 1NF5A 1LAAA 2ZYCA 4NSIA 4B0DA 3EBAB 4OWAA 2HEEA 5LAGA 2YBNA 4G4BA 1LYYA 1WQPA 1GF7A 4XJGA 3P4ZA 3LYTA 1UICA 1OUFA 135LA 1AT5A 1YL0X 3CT0A 5F81A 3WPKA 1YAMA 8LYZA 3B0KA 4PRQA 1GFAA 3G3BB 3QE8A 132LA 1LKRA 3P66A 4H8XA 5B07A 5DN5A 5B1GA 5D5FA 4ZFPA 4IASA 1B5XA 3OJPA 4W94A 5APEA 2MEDA 1UA6Y 2PC2A 1IP7A 1DKKA 1HHLA 1BWJA 4HSFA 4LYTA 4R0FA 5LVIA 4HPEA 4II8A 1XFPL 2DQAA 1AZFA 2GV0A 1B9OA 2C8OA 1G7JC 2VB1A 2ZYPA 3B72A 4PGJB 5DLAA 2DQJY 3T36A 1A4VA 1UBZA 2BQFA 5B05A 5LIOA 1LSEA 2BLXA 5I4XA 5K7OA 1WQRA 1GDWA 4ETBA 2LZ2A 4LYCA 4LZTA 1UIDA 1FN5A 3CSRA 1C7PA 1OUAA 4PHIA 4CGEA 1GEVA 5F9XA 5I4WA 1HEWA 5L3IA 2DQEY 4GCBA 4TUNA 1F0WA 1LPIA 4WLYA 133LA 1GHLA 4B49A 3WPLA 4H90A 1JWRA 2G4PA 2ZNXY 1ZVYB 2XBRA 1H6MA 2XTHA 2ZIKA 4J0LA 3TXKA 3GXRA 3AZ4A 4H9IA 4RLNA 4Z41A 1XSFA 3TMVA 1BB7A 1LSAA 1LZGA 1PS5A 3HBHA 5IELA 2HTXA 2FBBA 3LN2A 1QUSA 1J1XY 2DKVA 1H87A 1D6QA 1IWWA 3P64A 4N0JA 1UIFA 7LYZA 1YAOA 2XBSA 4LT2A 1WQMA 1DXJA 1LSYA 1GDXA 3KAMA 1GD6A 3P68A 1GB3A 6LYZA 5ILCA 2AUBA 1LZDA 1CKCA 2D6BA 2I6ZA 4G9SA 1IWTA 1LZYA 3B6LA 1UUZC 1D0KA 1O23A 5DL9A 2ZILA 4TSBA 3WU8A 4HP0A 1GE3A 1GFJA 1LJFA 4GN3A 1KXWA 4N5RA 1TCYA 5EBHA 5FCPA 1LZSA 1J1PY 1YROA 3IWRA 4H93A 4NG8A 1LZAA 1GEZA 3WMKA 5AMYA 1C45A 4N1EI 1UC0A 1XEJA 2CJLA 3LZ2A 5LAFA 1LZEA 4RW2A 1YL1X 1ZVHL 4HJZA 4WLTA 3HBEX 1B5YA 4ETAA 1MELL 1GF4A 1IR7A 1NKHA 2MEAA 3AJNA 1BVXA 1HFZA 1IY4A 3A92A 1UCOA 2IFFY 5KXXA 3G3AB 2YDGA 4PRUA 3CT5A 3EXDA 4HV2A 2HEFA 1DI3A 3AZ5A 4NHQA 1IO5A 1B0DA 2A7DA 5HMJA 1INUA 1LMTA 2DQDY 4G4CA 2I26L 1IORA 1BWHA 2LYZA 3LYOA 3ATNA 1UIBA 208LA 2D91A 5KJ9A 1V7TA 4GCDA 2D4KA 1GFVA 1GPQC 4KL7A 193LA 1LMAA 3RNXA 5II3A 2NWDX 5KXRA 5DM9A 1P2CC 4J7VA 5HQ1A 1JJ1A 3AB6A 2FBDA 4UWUA 1GAZA 4KXIA 2Q0MX 1JUGA 4OWEA 4H92A 1FLYA 1GBXA 1D6PA 4HTQA 5LYTA 1B7PA 1FLQA 4ETCA 4N1CC 3W6AA 4P2EA 1LJ4A 3AYQA 1N4FA 1GE2A 4W96A 4OWCA 1AM7A 1B7NA 5LVJA 1YQVY 1OUHA 4LFPA 1LHLA 1FKQA 1OUEA 2BQAA 2Z19A 1GFEA 3K3TA 4NGZA 4DC4A 4XYYA 4OW1A 5IHGA 1IR8A 5HMVA 3E3DA 1IWVA 1HELA 4NGVA 1EQEA 5ILFA 1UACY 3WW6A 1NBYC 1IC5Y 1GBOA 1WVVA 3WUMA 1HF4A 1YAQA 1JTPL 1HSXA 4N8ZA 4C5FA 1B7LA 2LHMA 3HBDA 1YILA 1HFXA 4GCFA 2F4GA 4QGZA 1F10A 1IEEA 4B4JA 3BKHA 4BAPA 1JTOL 4ZEEA 1GFGA 2FYCA 4HV1A 1TDYA 3TXEA 1XGTC 1DQJC 1GE4A 1IP2A 2YBLA 4H8ZA 1NDGC 4WG7A 1G7HC 3WH1A 5KXYA 3A93A 4NFVA 1B7OA 5F9UA 3ULRA 4YF2A 1REZA 1GFRA 1QDRA 2EIZC 2YVBA 4I0CA 5FELA 5LVHA 4DDCA 2BQLA 4B4EA 4G4HA 1LJGA 1RJCB 1EL1A 2G4NA 1CNSA 2DQFC 1LZBA 3IJVA 3HFMY 3F6ZA 5KXNA 4X3BA 1GBSA 1YIKA 3J6KA 4HTNA 2DQCY 1HEPA 194LA 4E3UA 1TEWA 4Z98A 4DD9A 4DD2A 1VFBC 4G49A 1HEOA 1NWGA 2Z2EA 4NGOA 1LHKA 1IOCA 2Y8PA 4RW1A 1T6VL 1KIQC 1HNLA 3N9AA 1AKIA 1GB0A 1CJ7A 2BQOA 2ZIJA 5L3HA 4Z46A 4QY9A 1BWIA 5A3ZA 2EPEA 4NGLA 5HNCA 1FLUA 1HENA 4YENA 1IOSA 4LYZA 1TBYA 2ZNWY 2I25L 2Z12A 1DKJA 2RSCA 1JSEA 4WO6A 5F14A 4NGKA 2MEHA 1LOZA 4HPIA 3ATOA 1OUCA 2X0AA 1DI5A 1LYSA 4WM2A 3AGHA 3TMWA 4DD0A 3WYHA 4Z3MA 3AZ7A 4QDNA 1CKDA 1TAYA 2MEFA 3RU5A 4GN4A 5DN4A 3W6DA 1HSWA 5LXWA 154LA 4OWBA 1GAYA 2BQKA 4OWHA 1IC7Y 3TXIA 2WARA 1B5WA 4DDAA 1B7QA 4CJ2A 1LSNA 1GF8A 4GN5C 1QSWA 1F6SA 1NBZC 3OK0A 4WM6A 2BQCA 3FI7A 1DPXA 3P65A 3A91A 5C6IA 3RZ4A 4XJIA 1IP3A 1IWUA 5I54A 4NHSA 4NSGA 4TTDA 1LSMA 2BQJA 1GF9A 4FDYA 4H9HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
239LA 1L17A 5C6LA 3A67Y 4GCEA 1LHHA 3C83A 3HDEA 4RLMA 2XQOA 5A3EA 5FEKA 4CHXA 4BADA 1DYAA 1JKAA 1W08A 3ZEKA 3W6EA 2H9JA 1EQ5A 3TXBA 228LA 3LZMA 1JPOA 5JENB 3RT5X 1L10A 1T97A 3GUOA 3TMUA 1L52A 2XJWA 3CDVA 186LA 5IDDA 1LZ5A 171LA 1IP6A 2B6ZA 3D4SA 210LA 2YBMA 1XEPA 1C66A 163LA 3CQLA 222LA 1WQNA 1LGWA 1GXV2 5KXWA 1LSBA 1LYZA 4A7DA 3ZVQB 2OTYX 1L97A 4LT1A 3EO5A 1C10A 2CGIA 1CX7A 248LA 1WQOA 4WM5A 4KT3A 5M1YA 1LSGA 249LA 1T8GA 1LMQA 1JTNA 1T3PA 2F4AA 4CFOA 1ZYTA 1GBZA 1J1OY 4NGWA 3WVXA 3B0IA 1LYFA 3HUAA 1D3FA 2LZTA 1L80A 1ALCA 1LHJA 2A7FA 164LA 3MGWA 3DN2A 1BB3A 1JKDA 1HFYA 258LA 4PK0A 1WQQA 2Z38A 1G7IC 2O4WA 114LA 3DMZA 1GE1A 1C61A 1GB9A 1GXXA 2IHLA 1OQMA 4YM8A 4FJRA 139LA 2G4QA 181LA 1YKYX 4D9ZA 232LA 4E97A 1L13A 5LVGA 3CDOA 4EJ4A 3WPJA 3BKVA 1CV3A 1B5UA 3B0OA 5LVKA 1L35A 3NY8A 1D0MA 1GF5A 3TXJA 4GCCA 195LA 6LYTA 4TSCA 1FLWA 2C8PA 4LT3A 4K5YA 1QTKA 3HUQA 1KXYA 1L26A 220LA 5LA5A 5KKJA 3WU7A 4ETDA 2HUBA 1IP5A 1OUDA 1QTBA 1IP1A 1PQKA 236LA 5FDJA 4ET8A 5LYZA 5I4YA 1VAUA 1L49A 1T6HA 1LSPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZN A;  1QQY A;  5C6L A;  5HLL A;  4WLD A;  3A34 A;  3A67 Y;  1LZ8 A;  1XGP C;  4GCE A;  1C08 C;  1LHH A;  2BQG A;  4OOT A;  1REM A;  1LSZ A;  4J1A A;  1BB4 A;  4RLM A;  5KKI A;  5KY1 A;  4NY5 A;  1B7S A;  5APF A;  3A96 A;  4AXT A;  1LJI A;  1DI4 A;  1JEF A;  5A3E A;  4H94 A;  1JJ0 A;  5FEK A;  4CHX A;  1UIG A;  4WO9 A;  4BAD A;  1JKA A;  1HEQ A;  2YBI A;  1OUB A;  1REY A;  2D4I A;  2EQL A;  4EMN A;  1W08 A;  3ZEK A;  3W6E A;  2H9J A;  4NG1 A;  4NGY A;  1EQ5 A;  3M3U A;  3TXB A;  1CKG A;  4U3X B;  5B59 A;  3A6B Y;  1JPO A;  5JEN B;  3TXF A;  3RT5 X;  1LJK A;  2W1X A;  2Z18 A;  2F2N A;  3D9A C;  2D4J A;  3TMU A;  1B2K A;  5I5Q A;  1GF0 A;  2XJW A;  4YOP A;  2H5Z A;  3A8Z A;  5B06 A;  2W1M A;  3A6C Y;  5E4P A;  4LYM A;  5IDD A;  4H91 A;  4L41 A;  5LA8 A;  1D0L A;  5KXO A;  3T6U A;  1LZ5 A;  1V7S A;  1IP6 A;  4EOF A;  4DYG A;  1CJ6 A;  4ZIX A;  4DD1 A;  4WM3 A;  2YBM A;  2BQE A;  3WXT A;  2HU1 A;  3CT1 A;  1REX A;  1KIP C;  5KXL A;  1BB6 A;  3CQL A;  1ZMY L;  1BHZ A;  1JTT L;  1WQN A;  4XJB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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