1LSFA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsfA00
3W6EA 1IWZA 4XN6A 3WUAA 4ETAA 2H5ZA 2W1LA 1HEWA 1GB5A 1JJ0A 1SQ2L 3CT0A 1B5YA 1NDGC 1HFYA 1FBIX 2YBMA 3AZ4A 3LYZA 4D9ZA 1GE2A 2D91A 154LA 4B1AA 4RW1A 3G3BB 5B1FA 5APEA 1ZVYB 5LAFA 5ILFA 4H8ZA 5B05A 2BQMA 2BPUA 1FKVA 5LVIA 1G7MC 4LGKA 3TMVA 4G4CA 1LJ3A 1WQMA 4ETCA 1GF5A 4UWVA 2EQLA 2A7DA 4H9BA 4NSHA 1GFGA 3BKHA 5FELA 1JSFA 4WMGA 5KKJA 1QSWA 1GE4A 2MEFA 3W6CA 2DBTA 5K7OA 1BWHA 1GF7A 2DKVA 5T3FA 1YAQA 4E3UA 3RZ4A 1IR7A 4WO9A 1FKQA 1IWUA 1JSEA 1OUCA 2MECA 3W6DA 4XENA 4J1BA 1GD6A 1MLCE 3GXKA 3WU9A 1B5XA 1EQ4A 1C10A 1KXWA 2BAAA 3RNXA 6LYZA 1LZ8A 1GFUA 1LJKA 1LZAA 4KXIA 3TMXA 2PC2A 4DD2A 4NHSA 5KXSA 4H9FA 1XEIA 1DI3A 1LJHA 2FBBA 2Z37A 4NGJA 3VWOA 4CHXA 2ZIKA 193LA 1A2YC 1IWWA 1JTPL 5LA8A 2AUBA 5ILCA 1B2KA 1J1PY 4QDNA 5B06A 2CJLA 4XJHA 1XGTC 4W96A 4NWHA 4ETBA 4OWAA 4QGZA 3N9AA 1JKAA 5II3A 1DKJA 207LA 2N5ZA 3G3AB 4HTNA 5KXWA 2ZWBA 1LMNA 4NSJA 4XJIA 5KKIA 1B7NA 2LYOA 1JJ1A 1NWGA 1XFPL 4XADA 4XJBA 1GFJA 4R0FA 1UA6Y 5LYTA 1LZSA 1MELL 1CNSA 4LFPA 2HU1A 2W1MA 4YM8A 1SLYA 2G4QA 1BWJA 5AMYA 1BB7A 4DYGA 4B4IA 4PJ2C 3ATOA 1IR9A 5HNCA 1YKZX 1BVXA 1HNLA 4M4OA 2W1YA 1LZ1A 1BQLY 1IWVA 1F6SA 1OUDA 1GE0A 3M18B 1H6MA 4NHTA 1NBYC 3IWRA 2LHMA 4WL6A 4KL7A 4XJDA 1JWRA 1LYSA 1JKCA 2BQDA 4NGWA 2A7FA 3A67Y 4U3XB 4WLTA 4GLAA 5DN5A 2YBJA 3EO5A 3HBEX 4O34A 1LSAA 1JEFA 1HC0A 4WM2A 4WM4A 1IY3A 3EXDA 1LSCA 2HEFA 5E9RA 5FSTA 3K3TA 4B4EA 1RI8B 4DDBA 4GCCA 2DQGY 4YOPA 5LA5A 1B9OA 4LYMA 2ZYCA 1JPOA 4CFOA 4DC4A 3A92A 2HEAA 2HTXA 1GFHA 1HSXA 1B5VA 1P2CC 4BAPA 5APFA 3LHMA 5B1GA 1T6VL 4LYCA 2MEAA 3SP3A 1B5WA 1WVUA 1KXXA 4LYBA 4W94A 2DQHY 3P4ZA 1HEMA 8LYZA 1Z55A 3RU5A 1HERA 4PRQA 4OWEA 1UIDA 1B7SA 4I8SA 4NY5A 1XEKA 133LA 5I5QA 3WUMA 1GBZA 4H1PA 1LZ5A 1LZ9A 1LMTA 3AZ5A 2YBIA 1LSFA 3A94A 3AGHA 4N5RA 1LZRA 3ZVQB 1E8LA 1FN5A 3WL2A 4NHIA 1JJ3A 2IHLA 2HEBA 4YEMA 1GB0A 2DQEY 1UC0A 1WVVA 1FDLY 1LJ4A 2MEEA 1IWTA 3E3DA 4NIJA 5KXNA 3TXHA 4UWUA 3A8ZA 3B0KA 4NG1A 1GF8A 1TEWA 1KIQC 4MSTA 2EIZC 3TXJA 5LVGA 5M1YA 1JUGA 1GF6A 5KXPA 4Z41A 2Z19A 1IP5A 4FJRA 4H94A 4ZFPA 1WTMA 4HP0A 4PGJB 1LYYA 5F81A 4NGOA 1UIHA 2FYCA 1GDWA 2Q0MX 1B7OA 4NG8A 5D5CA 4ZEEA 1LSNA 5A3EA 4CJ2A 1UIBA 4H92A 4H90A 1YILA 5L3HA 4LYZA 3EMSA 4CGEA 1LSMA 2LYZA 3AZ6A 4RLMA 1LSGA 3TXKA 4YF2A 2G4NA 1V7SA 3WXTA 4J7VA 1KIRC 1OQMA 4HV1A 4NFVA 1IWXA 1CKGA 2YBHA 3A95A 4NSGA 5FEKA 1GB3A 1D6QA 1IP4A 1TBYA 4XYYA 3WUNA 1NHEA 4ET8A 1OUHA 1UIEA 5LVHA 5KXZA 1XSFA 5KJ9A 4WL7A 1TCYA 4NHPA 1JHLA 3B6LA 1GEZA 1O23A 5HLLA 5DLAA 4HV2A 3KAMA 1XGUC 5LYMA 1LHIA 1G7LC 208LA 1DQJC 2XBRA 3D9AC 3TXFA 4P2EA 3WU7A 3P64A 1IIZA 4WG1A 1YROA 1W08A 5HQ1A 1HSWA 2I6ZA 1I20A 4LT2A 1JISA 1GEVA 2BQIA 135LA 2EKSC 4WO6A 1DZBX 2C8OA 2YBNA 4MCKA 1UICA 4N1CC 1GF9A 4WLXA 5KXXA 1D9UA 2ZNXY 3TXEA 5A3ZA 1CJ8A 1VDTA 2I25L 2H9JA 3P68A 1GE3A 1IP1A 2MEBA 2ZIJA 2YSSC 4FDYA 3QNGA 4B0DA 1YL0X 1AKIA 3AW7A 1LZ4A 4H93A 1CKCA 4H8XA 1OUIA 1GB9A 4GN5C 1YQVY 3AB6A 3TXIA 3WU8A 1YAPA 1BB6A 1HFZA 1WQNA 4TUNA 2HU3A 1HEQA 1GFTA 4C3WA 4PPOA 1D0MA 1B7PA 1LZCA 4OOTA 4GCBA 2BQLA 4B4JA 4WM1A 1IR8A 1RJCB 3BKVA 4GCEA 4HTQA 4II8A 4ZIXA 2Z18A 2HEEA 7LYZA 3B0IA 3P65A 3TXBA 4CFPA 5LYZA 3TXGA 1TAYA 1N4FA 5LINA 2RSCA 2MEGA 4J0LA 3TXDA 1XGQC 5F9XA 1HMLA 4ML7A 1LSDA 1DXJA 5E4PA 1GFAA 1HFXA 4XJFA 194LA 1UIFA 4QY9A 1GDXA 3A3RX 1LJIA 4WM5A 2IFFY 5I54A 5KXMA 1ZMYL 1JKDA 4YENA 3LYMA 1J1XY 3M3UA 3WPJA 1RE2A 2DQCY 2LZ2A 4Z98A 1XEJA 4H91A 1LZBA 5EBHA 1WQOA 3WYHA 1GXXA 1OP9B 4NGZA 3A34A 5LVJA 3F6ZA 1GBWA 5B07A 5I4XA 4NGKA 1QUTA 4ET9A 4HJYA 3T36A 1HEPA 1CKFA 1CJ9A 1NKHA 1LZNA 4LT3A 4OOOA 9LYZA 1B7QA 1QUSA 1XGPC 4AGAA 4G4HA 1GB7A 1YANA 2D4IA 1C08C 2BQFA 1GF4A 1GFEA 1IOCA 2BQAA 3WMKA 4HPIA 4DD3A 2BQHA 2Y8PA 1IP2A 1BWIA 1GF3A 4BS7A 4ETEA 5HMVA 3J6KA 5J7CA 1LZTA 1INUA 1DPXA 1DI5A 1OUGA 4EOFA 3QE8A 3OK0A 1NQIA 5DN4A 4G4BA 4TSCA 1LPIA 5JENB 1LJNA 1AT5A 3LN2A 5L9JA 1D0LA 1VATA 4HJZA 3TMWA 4IJ4A 2ZQ3A 1OUAA 1QSAA 1RFPA 1LSPA 3A3QA 4BAFA 3ZEKA 2BQKA 1VAUA 2MEDA 3WPKA 1QTEA 4NGYA 2YBLA 4H9HA 4GCDA 5HNLA 2MEIA 3RW8A 1JITA 1IVMA 2GV0A 5I53A 1IP7A 4HPEA 1GFVA 1HHLA 1LMOA 1UCOA 2X0AA 4NWEA 1KIPC 1G7HC 1IORA 1LZGA 1YKYX 1REXA 3W6FA 3FI7A 3EBAB 1QIOA 2HUBA 4H9CA 4X3BA 4H9AA 4AXTA 1KXYA 5F9UA 2F30A 1JTTL 5KXLA 1LZYA 1VDQA 1W6ZA 2DQJY 3A96A 2F4AA 1LZ6A 132LA 1TDYA 1LSYA 4UWNA 1GAZA 4I0CA 1UIGA 4IATA 3WXUA 2H9KA 3B72A 6LYTA 3AZ7A 1C45A 4OWHA 3ULRA 1IX0A 1NBZC 1WQRA 3LYOA 2XBSA 4RLNA 3WVXA 3WVYA 2ZILA 5DM9A 1GPQC 3LZ2A 3HFMY 4XJGA 1H87A 1LCNA 1EQEA 5C6LA 1PS5A 1YKXX 2F2NA 1RCMA 3CQLA 3WW6A 1HEOA 1LZEA 4TWSA 1JKBA 1GAYA 3A90A 2LZTA 4WLYA 1LYZA 2BQNA 4LT0A 5LAGA 1AM7A 2ZYPA 4NHQA 4LFXA 1WQQA 1IO5A 4PRUA 5LVKA 4H9EA 1CKHA 4NSIA 2ZQ4A 5F14A 1XGRC 3FE0A 3CT1A 1ZV5L 1GFRA 4OWCA 1GFKA 1VEDA 2BLXA 3HBHA 3N9CA 5IDDA 2LYMA 1JIYA 4TX7A 3T6UA 4GLVA 134LA 1LZDA 1ZVHL 1I56A 1VDSA 1F0WA 1HELA 1OUJA 1LYOA 1REYA 1BHZA 1LSBA 1OUFA 2EPEA 2Z2EA 4BADA 5I4WA 1LSZA 1D0KA 1REMA 4RW2A 2DQIY 1YL1X 4M6DA 3A91A 1GBXA 1LHJA 4KT3A 4NGLA 5FCPA 1HENA 5L3IA 1UUZC 1YAOA 4IASA 3W6BA 1I1ZA 1QQYA 1B5UA 5I4YA 3WH1A 2B5ZA 2D4JA 5KXOA 4N0JA 1QDRA 1GB8A 3ATNA 4WM6A 3WW5A 1IOQA 4WG7A 1UIAA 4WM3A 2FBDA 3ZVQA 5C6IA 4R6CA 1OUEA 4HTKA 4C5FA 4DD7A 1AT6A 1FLYA 1DKKA 1B5ZA 1GBSA 5KXYA 3A93A 4TSBA 5KY1A 1B7LA 3WPLA 1NDMC 3AYQA 4NEBA 1HF4A 2CWIA 5DL9A 1G7IC 1BB5A 4Z46A 2DQDY 1LTMA 4RDSA 1LKRA 1LMPA 5KXKA 5KXTA 3CSRA 4DT3A 4H8YA 4YEOA 4A7DA 2G4PA 3W3EA 4WOAA 3HBDA 1C46A 1BVKC 3AGIA 4GN4A 2Z12A 5APDA 1NMMA 4EMNA 3A6BY 1LOZA 5F16A 5LXWA 4Z3MA 4L41A 3AGGG 3P66A 4DD0A 1F10A 1GB6A 2VB1A 1C43A 1PZYA 3WULA 2BQGA 2D4KA 4G9SA 4MR1A 1LHMA 4LT1A 1IOSA 2W1XA 2D6BA 2Z2FA 4B49A 2HECA 5FHWA 1AZFA 4J1AA 1GHLA 1IP3A 2F4GA 4OW1A 1GWDA 3B0OA 1YIKA 2HEDA 1GXV2 4ANRA 1CJ6A 1LMAA 1IOTA 1VDPA 5C6JA 3CSZA 4LYOA 2BQCA 3OJPA 3AW6A 5LIOA 1J1OY 1LKSA 1FLQA 3IJVA 4HSFA 4N1EI 1IC7Y 1NF5A 1DI4A 1GE1A 1V7TA 2BLYA 1WQPA 3TMUA 3GXRA 1D6PA 3N9EA 1GB2A 1B7RA 1YAMA 1UACY 2Z39A 4H9IA 1QDTA 2MEHA 2NWDX 1EQ5A 1GBYA 2I26L 2WARA 4N9RA 4QEQA 5APCA 2C8PA 1CKDA 1LMCA 2FYDA 1BGIA 4GCFA 3CT5A 4KPMA 3A6CY 4DWXA 5FDJA 4DD1A 4DD9A 153LA 1FLWA 4GN3A 3RT5X 3J4GA 2YVBA 3QY4A 4NGIA 2BQEA 1IWYA 3LYTA 4NGVA 5D5FA 3W6AA 5IHGA 1F6RA 1LSEA 4HJVA 4DDAA 4ETDA 1CJ7A 1BB3A 4LZTA 1LMQA 3CSQA 1IP6A 1B0DA 4WLDA 1LJFA 1DPWA 4PHIA 1WTNA 3IJUA 4LYTA 2BQOA 2XJWA 1ALCA 1FLUA 1GF0A 5KXRA 3CB7A 1VFBC 1LHHA 4DDCA 1JTOL 4G49A 3D3DA 1UBZA 4N8ZA 1C7PA 5IELA 5B59A 1LHLA 2BQBA 1IC5Y 2XTHA 1BB4A 2YDGA 2CGIA 1G7JC 1A4VA 1GBOA 2Z38A 4TTDA 4OWBA 2ZNWY 2CDSA 2DQFC 1B7MA 1IC4Y 2BQJA 1OUBA 1EL1A 1REZA 5HMJA 1IY4A 1HMKA 3MGWA 1QTKA 2DQAA 3LZTA 1IEEA 1LHKA 1LJGA 1LAAA 3AJNA 1LJEA 1T3PA 1LJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
158LA 4XN6A 4ETAA 177LA 1NDGC 1FBIX 4D9ZA 1CUPA 1ZVYB 5ILFA 5LVIA 1G7MC 4LGKA 1LJ3A 4ETCA 1QT6A 1QSBA 1GF5A 4UWVA 2EQLA 2A7DA 1OWZA 5KKJA 118LA 1L28A 2MEFA 4W53A 1L19A 3W6CA 1BWHA 1L79A 1L77A 1YAQA 1WTHA 1JTNA 4ARPA 1L12A 3C8QA 1KXWA 4I7LA 1LZ8A 4KXIA 2B7XA 2PC2A 2RH1A 1CV1A 1XEIA 4NGJA 147LA 4CHXA 3OE8A 1G0MA 193LA 1A2YC 1J1PY 4QDNA 4NWHA 4ETBA 3C83A 3G3AB 4HTNA 1C6IA 1JQUA 1QTVA 4I7MA 1L54A 1JJ1A 4XJBA 5LYTA 1LZSA 1BWJA 244LA 225LA 4M4OA 1OUDA 3HT7A 3F9LA 3M18B 4NHTA 1NBYC 2BQDA 4NGWA 1L44A 4WM2A 1G0LA 1IY3A 229LA 3HWLA 4B4EA 1QT3A 1CV6A 3K3TA 4DC4A 4CFOA 4I7JA 4EJ4A 2RBPA 144LA 2LC9A 3SB6A 5B1GA 2MEAA 1L45A 3SP3A 3QAKA 2DQHY 3RU5A 1HERA 4PRQA 4OWEA 1B7SA 5I5QA 133LA 3WUMA 3AZ5A 2YBIA 4N5RA 3WL2A 4NHIA 1JJ3A 4PK0A 4NG1A 3TXJA 2Z19A 1IP5A 4FJRA 1WTMA 4PGJB 2FYCA 1L71A 2Q0MX 1G1VA 1OVJA 5L3HA 3EMSA 1DYGA 4CGEA 1PQIA 4RLMA 131LA 2G4NA 2RBRA 4IAPA 1OQMA 4ARJA 4NFVA 3A95A 5FEKA 1GB3A 1TBYA 4XYYA 3HT6A 4ET8A 1C65A 1L25A 1UIEA 5KXZA 137LA 5HLLA 1SX7A 1DQJC 1LYHA 3HUQA 1I20A 1GEVA 135LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3W6E A;  1IWZ A;  4XN6 A;  3WUA A;  4ETA A;  2H5Z A;  2W1L A;  1HEW A;  1GB5 A;  1JJ0 A;  1SQ2 L;  3CT0 A;  1B5Y A;  1NDG C;  1HFY A;  1FBI X;  2YBM A;  3AZ4 A;  3LYZ A;  4D9Z A;  1GE2 A;  2D91 A;  154L A;  4B1A A;  4RW1 A;  3G3B B;  5B1F A;  5APE A;  1ZVY B;  5LAF A;  5ILF A;  4H8Z A;  5B05 A;  2BQM A;  2BPU A;  1FKV A;  5LVI A;  1G7M C;  4LGK A;  3TMV A;  4G4C A;  1LJ3 A;  1WQM A;  4ETC A;  1GF5 A;  4UWV A;  2EQL A;  2A7D A;  4H9B A;  4NSH A;  1GFG A;  3BKH A;  5FEL A;  1JSF A;  4WMG A;  5KKJ A;  1QSW A;  1GE4 A;  2MEF A;  3W6C A;  2DBT A;  5K7O A;  1BWH A;  1GF7 A;  2DKV A;  5T3F A;  1YAQ A;  4E3U A;  3RZ4 A;  1IR7 A;  4WO9 A;  1FKQ A;  1IWU A;  1JSE A;  1OUC A;  2MEC A;  3W6D A;  4XEN A;  4J1B A;  1GD6 A;  1MLC E;  3GXK A;  3WU9 A;  1B5X A;  1EQ4 A;  1C10 A;  1KXW A;  2BAA A;  3RNX A;  6LYZ A;  1LZ8 A;  1GFU A;  1LJK A;  1LZA A;  4KXI A;  3TMX A;  2PC2 A;  4DD2 A;  4NHS A;  5KXS A;  4H9F A;  1XEI A;  1DI3 A;  1LJH A;  2FBB A;  2Z37 A;  4NGJ A;  3VWO A;  4CHX A;  2ZIK A;  193L A;  1A2Y C; 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 1GXV 2;  4ANR A;  1CJ6 A;  1LMA A;  1IOT A;  1VDP A;  5C6J A;  3CSZ A;  4LYO A;  2BQC A;  3OJP A;  3AW6 A;  5LIO A;  1J1O Y;  1LKS A;  1FLQ A;  3IJV A;  4HSF A;  4N1E I;  1IC7 Y;  1NF5 A;  1DI4 A;  1GE1 A;  1V7T A;  2BLY A;  1WQP A;  3TMU A;  3GXR A;  1D6P A;  3N9E A;  1GB2 A;  1B7R A;  1YAM A;  1UAC Y;  2Z39 A;  4H9I A;  1QDT A;  2MEH A;  2NWD X;  1EQ5 A;  1GBY A;  2I26 L;  2WAR A;  4N9R A;  4QEQ A;  5APC A;  2C8P A;  1CKD A;  1LMC A;  2FYD A;  1BGI A;  4GCF A;  3CT5 A;  4KPM A;  3A6C Y;  4DWX A;  5FDJ A;  4DD1 A;  4DD9 A;  153L A;  1FLW A;  4GN3 A;  3RT5 X;  3J4G A;  2YVB A;  3QY4 A;  4NGI A;  2BQE A;  1IWY A;  3LYT A;  4NGV A;  5D5F A;  3W6A A;  5IHG A;  1F6R A;  1LSE A;  4HJV A;  4DDA A;  4ETD A;  1CJ7 A;  1BB3 A;  4LZT A;  1LMQ A;  3CSQ A;  1IP6 A;  1B0D A;  4WLD A;  1LJF A;  1DPW A;  4PHI A;  1WTN A;  3IJU A;  4LYT A;  2BQO A;  2XJW A;  1ALC A;  1FLU A;  1GF0 A;  5KXR A;  3CB7 A;  1VFB C;  1LHH A;  4DDC A;  1JTO L;  4G49 A;  3D3D A;  1UBZ A;  4N8Z A;  1C7P A;  5IEL A;  5B59 A;  1LHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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