1LSGA

Three-dimensional structure of the platelet integrin recognition segment of the fibrinogen gamma chain obtained by carrier protein-driven crystallization
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
144
structure length
144
Chain Sequence
MKVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRLQQHHLGGAKQAGDV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hybrid protein
source organism Gallus gallus
publication title Three-dimensional structure of the platelet integrin recognition segment of the fibrinogen gamma chain obtained by carrier protein-driven crystallization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 44
structure length 144
sequence length 144
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsgA00
2IFFY 4N5RA 1NKHA 1WVUA 1LZRA 2CDSA 3WVXA 1GFUA 1HEMA 2BQEA 1IVMA 2DQDY 4NFVA 4OOOA 4GN3A 5AMYA 3D3DA 4YENA 4CFOA 5L3HA 5LAFA 4GLVA 1HENA 1UIFA 2BLXA 5F81A 3A95A 4XJDA 1LMQA 4YEMA 1PS5A 2YBNA 1DQJC 2CJLA 1JKAA 1GEVA 4RLNA 1FN5A 5E9RA 1LKRA 2ZIJA 1GF6A 2HUBA 3B6LA 5APEA 1C08C 1QTEA 1YROA 2HU3A 4MR1A 4UWVA 3FI7A 3P66A 1JKDA 1YAPA 5APFA 1LJHA 4NGKA 2BLYA 1HEWA 4H8YA 4NHPA 4G9SA 2BQMA 4NGZA 2DQJY 1B5VA 1LHLA 2HEFA 1HNLA 2BQCA 1QSAA 1JKCA 1A4VA 1GFRA 5M1YA 5HMJA 1LMNA 4LYOA 2Z39A 1Z55A 1F6RA 1AM7A 1LMOA 2ZNXY 2D91A 4WM1A 5IDDA 4NHSA 1DKJA 4ET9A 3W6FA 2DQAA 4PGJB 1GB5A 3AGHA 4NHIA 3ULRA 4NG1A 1VDSA 5FEKA 1IR7A 3TXBA 3A3RX 5KXKA 4NWEA 4OWCA 1BQLY 1LSAA 4G4BA 1LSFA 1F0WA 1JUGA 4GLAA 3A8ZA 5I4YA 1C7PA 5L9JA 2FBDA 2X0AA 4FJRA 3WW5A 1IY4A 1AT6A 1FDLY 4U3XB 4NGYA 5LA8A 5LVKA 1LHHA 4YOPA 1NQIA 3AB6A 1LZ1A 4DDBA 1HELA 2YSSC 4J1AA 4NSIA 5B59A 4KPMA 5F9XA 3B0IA 1IOQA 2C8OA 1GF5A 4QY9A 1LZ6A 1B7SA 4GCFA 1WQQA 2BAAA 1GFVA 2BQIA 3A92A 1LZ4A 2MEGA 154LA 1YKZX 1TBYA 2YBMA 3GXKA 1B5ZA 1IOTA 4NHTA 4DT3A 4LFXA 1HHLA 3AJNA 4RW2A 3A94A 1GAZA 1GB0A 1NMMA 5J7CA 4H91A 1IP4A 3ZVQA 1LSYA 1GFTA 1BHZA 1ALCA 5B05A 1YQVY 4KT3A 1IR8A 1LJKA 4WG7A 1JSFA 1UACY 3AZ6A 1CKGA 4R6CA 1QUSA 1V7TA 1GE0A 4MSTA 5KXYA 1WQRA 4Z98A 1FLYA 1CKFA 1GFGA 5D5FA 1B7NA 1FLWA 4LYTA 3A6CY 1GAYA 2MEHA 1D9UA 2W1YA 3W3EA 1YILA 1OUIA 2F4GA 3A91A 4B49A 1WQPA 1XGUC 2BQHA 2DKVA 3SP3A 2H5ZA 3AZ7A 4XN6A 1BB7A 2LYMA 2DQEY 4H92A 4E3UA 1OUGA 1D6PA 1LJJA 3TXIA 3ATOA 208LA 3WH1A 1GFHA 1GB7A 1KXYA 1NF5A 3TXDA 1EL1A 4CHXA 2ZYPA 1JKBA 1UICA 1YAQA 1HFXA 1LMCA 1LYSA 1RFPA 4OWBA 5E4PA 4B0DA 3CT5A 4NG8A 193LA 3T6UA 1J1OY 2MEIA 4P2EA 1LSBA 4I0CA 5F9UA 9LYZA 1ZMYL 3LZTA 4HJVA 1GXV2 5LINA 1UIBA 4DD7A 4ZFPA 4J7VA 5KKIA 1LMTA 1CKCA 2EKSC 1KXXA 133LA 4DD2A 1LZBA 4N1CC 1OUHA 4LZTA 4DYGA 4CGEA 5II3A 1SLYA 1QSWA 3QE8A 1HERA 207LA 1DPWA 1YKYX 2FYDA 2ZIKA 3HFMY 2CWIA 1NBZC 4Z41A 3A96A 1EQ5A 5LYZA 4RDSA 3ZVQB 1IR9A 5T3FA 1FBIX 3AW6A 3TMXA 1VAUA 2LZ2A 1B5XA 5APDA 1BB6A 1G7JC 1UA6Y 1UCOA 1YAMA 2BQNA 2ZQ3A 1LZ9A 3B72A 4XJGA 3ATNA 1B9OA 1V7SA 4W94A 1MLCE 5B06A 1JJ1A 2N5ZA 2YVBA 4W96A 1CKHA 1LJFA 1IP3A 2ZQ4A 1VDTA 3WL2A 2A7FA 3TXHA 3VWOA 2DQGY 4X3BA 1IP1A 5LA5A 1LZEA 1UIAA 1IC5Y 5F16A 3A67Y 4CJ2A 1VEDA 1LJEA 1LJIA 2HEEA 1JTTL 3N9CA 4TTDA 2VB1A 4HV1A 1GFAA 1REYA 4TUNA 2G4PA 4H8XA 1WQNA 4LT0A 3TMUA 4HV2A 2MEEA 5LVIA 5C6IA 1LHKA 1IP6A 1GF3A 1LAAA 3OJPA 4GCCA 4MCKA 3LYZA 4NGOA 4NIJA 1VDQA 1GHLA 2I6ZA 1LJ4A 4GCEA 1IWZA 3F6ZA 4BAPA 1H87A 2ZYCA 4IASA 4II8A 5DN4A 2D6BA 3N9EA 4UWUA 3EXDA 1JJ0A 1HEOA 1KIQC 3K3TA 2BQGA 4XJIA 2CGIA 2W1XA 5KXOA 2BQOA 5FDJA 4OW1A 1XGRC 3TXJA 3WXUA 3B0KA 1F6SA 1REZA 1JTOL 4FDYA 1BVKC 1GBYA 4XJBA 5EBHA 3RW8A 1FLUA 4IATA 3WYHA 2D4JA 2I26L 1LJGA 1HMKA 1UC0A 4H8ZA 4YF2A 2Y8PA 1O23A 2HECA 5B1FA 1LJNA 1HMLA 4H94A 5C6JA 4M6DA 4LT1A 4NSGA 3G3AB 1XGQC 4PHIA 2NWDX 4XENA 1B7LA 1C10A 2XJWA 3WU7A 1JISA 1DPXA 3FE0A 5F14A 1QDRA 1IP2A 5I4XA 4OWHA 1DI5A 1ZVHL 1LHIA 2YBHA 1EQEA 3P68A 2DQCY 4TSCA 5LIOA 5FHWA 1B7QA 5KXLA 2HEDA 4KL7A 5D5CA 4WO6A 5HNCA 1LSDA 4A7DA 4XJFA 2MECA 3P4ZA 4XADA 3RU5A 3CT1A 5HQ1A 2C8PA 4NWHA 4OWEA 4Z3MA 1LHMA 3P64A 4H90A 3TXEA 1IIZA 2BQDA 1OUJA 2GV0A 1LZ8A 1VFBC 1RE2A 5LYTA 1HSXA 3WU9A 2EPEA 1GF7A 2G4QA 2ZWBA 1C45A 1BWIA 1P2CC 4WM5A 1OP9B 4DD1A 4GN5C 3A34A 4N0JA 4EMNA 2MEAA 1GBSA 4HTNA 3TXGA 4TX7A 3WUMA 2LYOA 4N9RA 1LYOA 1LZCA 1E8LA 1G7LC 4NGJA 5LVGA 1VATA 1WQOA 2RSCA 1TAYA 3HBDA 1IOSA 1D6QA 3QNGA 1GF4A 3W6BA 1GF0A 1W6ZA 4WLTA 3D9AC 1YANA 1PZYA 1F10A 194LA 4WM3A 2MEFA 4NGVA 132LA 4ETEA 3LYMA 1FKQA 4BS7A 3LYTA 1IC7Y 153LA 1UIHA 1GBWA 1HF4A 1LMAA 1B7MA 5A3EA 4B4EA 1CJ6A 2LYZA 1GB3A 2W1LA 4LT3A 1BWJA 3WULA 3LZ2A 1NDMC 1OUEA 1WQMA 3J6KA 3HBHA 1XSFA 4LFPA 4L41A 4NHQA 1XFPL 3A6BY 1J1XY 7LYZA 3M3UA 1D0LA 1RCMA 1BGIA 1CJ9A 1SQ2L 4WMGA 4NEBA 1IWUA 5L3IA 1DXJA 5HMVA 1LPIA 1XEJA 1IORA 4WL6A 3WVYA 5JENB 2BPUA 1YIKA 4R0FA 1OUDA 1BB3A 2DBTA 4TSBA 4XJHA 4DWXA 2Z12A 4G4HA 5KXTA 1H6MA 3W6CA 5KY1A 1DI4A 134LA 2DQHY 3TMWA 1OUAA 1DI3A 2BQLA 1IOCA 1UIGA 4H9HA 1IWTA 2AUBA 1BWHA 1GE2A 3WUAA 1GBXA 1YL0X 4B4JA 5IHGA 1LZAA 3BKVA 2Q0MX 1B5WA 2D4KA 3EMSA 4GCDA 4EOFA 4GCBA 2LHMA 4CFPA 2B5ZA 2YDGA 3CSQA 4ZEEA 2H9KA 1JWRA 1IC4Y 1JJ3A 1LJ3A 2Z2FA 5FSTA 4QDNA 1AZFA 1ZV5L 1NBYC 3IWRA 1GE3A 5KJ9A 1QQYA 1WTMA 2XBSA 3MGWA 1LSEA 4H9IA 2XTHA 2DQFC 1HSWA 2Z18A 4H93A 4I8SA 1I20A 1BB4A 1C46A 3AW7A 3A3QA 3BKHA 1XGPC 4LYCA 4DDAA 3RZ4A 1D0KA 1NWGA 3LYOA 1C43A 2PC2A 3QY4A 4HTQA 5I5QA 1DKKA 4ETDA 1LSPA 2F4AA 2H9JA 1QIOA 1XGTC 3AZ4A 2ZILA 1GB8A 4AGAA 5C6LA 1BB5A 3RT5X 1GBZA 1OUBA 3WUNA 2BQKA 3OK0A 4B4IA 1LSZA 2Z38A 2ZNWY 2MEDA 1GBOA 4PPOA 1A2YC 4DD0A 2Z19A 4HJZA 5KXRA 1AT5A 1B7OA 1LYZA 4IJ4A 4NY5A 5I53A 3AGGG 1RJCB 3J4GA 3A93A 4YM8A 3A90A 1JPOA 1XEKA 4BAFA 5FCPA 1QTKA 1ZVYB 1GFJA 4G4CA 2HU1A 1IWXA 4J1BA 1B7PA 1KIPC 2EQLA 3HBEX 3ZEKA 1YKXX 4WL7A 4AXTA 1GFKA 1GPQC 1IWVA 1LTMA 1GE1A 1HFZA 4QEQA 1I1ZA 3E3DA 1YAOA 4DC4A 4DD3A 3WMKA 4ML7A 1GDXA 5HLLA 1REXA 1YL1X 3CSZA 3TXFA 1LKSA 4C3WA 1IWYA 1XEIA 3CQLA 1KXWA 4N8ZA 1OQMA 1WTNA 1B5YA 4WG1A 1HC0A 1T3PA 5KXMA 5IELA 4ANRA 1AKIA 4GN4A 1GB6A 1LZYA 1MELL 2Z37A 6LYZA 1TDYA 3B0OA 4OOTA 2HTXA 1LSNA 3AZ5A 1LYYA 3LHMA 3AYQA 5KXXA 4WLXA 3TXKA 2A7DA 3AGIA 5DM9A 1EQ4A 3RNXA 1NHEA 1HEPA 2BQBA 1FLQA 5KXPA 4B1AA 1W08A 5A3ZA 5KKJA 1IP5A 2F2NA 1LZSA 4ETCA 1UUZC 3CSRA 1LZDA 2MEBA 4HPIA 4HP0A 5HNLA 3W6EA 1JITA 3N9AA 1UIDA 1REMA 4WLYA 4N1EI 4NGIA 4NGWA 5LXWA 1QUTA 1D0MA 1RI8B 1TCYA 2XBRA 4D9ZA 1UBZA 4YEOA 3LN2A 1CKDA 1GDWA 3EBAB 4LYMA 1BVXA 1WVVA 4ETAA 2BQAA 1G7IC 4DDCA 5KXZA 4ETBA 4LYBA 4RLMA 4WO9A 1GF8A 4DD9A 2WARA 2BQJA 5LAGA 1IO5A 1JIYA 4J0LA 2F30A 3W6AA 1G7MC 1FKVA 4QGZA 4WLDA 4G49A 1G7HC 4H9BA 1I56A 4H9CA 1JSEA 4WM6A 2I25L 4OWAA 1GXXA 3WPLA 2DQIY 2Z2EA 1HFYA 1GB2A 5KXWA 1GE4A 1IY3A 1GWDA 3EO5A 4PRQA 1LZGA 5I54A 1TEWA 5DN5A 1VDPA 4M4OA 1LZ5A 1LHJA 1T6VL 4XYYA 1LMPA 4H9EA 4LGKA 2YBIA 2FBBA 3IJVA 4NSHA 1LZNA 4WOAA 4PJ2C 5B1GA 5KXSA 4H9FA 1LZTA 1CJ8A 4HSFA 4NSJA 2G4NA 3WU8A 1GEZA 1DZBX 4LYZA 3TMVA 1J1PY 4RW1A 3P65A 1QDTA 4WM2A 2D4IA 3IJUA 1JTPL 4H1PA 3WPKA 5LVJA 2LZTA 3CT0A 1B2KA 4WM4A 5ILCA 3KAMA 4HTKA 4UWNA 4Z46A 3M18B 1OUCA 3G3BB 2HEBA 2EIZC 2YBLA 5DL9A 2FYCA 4HPEA 2YBJA 1IX0A 4LT2A 1HEQA 2BQFA 1GD6A 5ILFA 4O34A 1LOZA 3WXTA 1B0DA 5K7OA 1GF9A 8LYZA 3GXRA 2IHLA 5APCA 4C5FA 1LSMA 4HJYA 3W6DA 4ZIXA 1B7RA 1CNSA 5B07A 3WW6A 1LCNA 3WPJA 4TWSA 1LSCA 1LSGA 1N4FA 3CB7A 1NDGC 1IEEA 1IWWA 1CJ7A 1GB9A 1GFEA 4NGLA 4ET8A 6LYTA 4H9AA 4PRUA 5LVHA 1B5UA 1INUA 5DLAA 3T36A 1KIRC 1IP7A 135LA 1UIEA 4KXIA 5FELA 5KXNA 2HEAA 4BADA 1JHLA 1JEFA 5I4WA 2W1MA 5LYMA 1OUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N5RA 1NKHA 3WVXA 1HEMA 2DQDY 4NFVA 222LA 3D3DA 3PDSA 2B6ZA 1C68A 164LA 4YEMA 1DQJC 1FN5A 1C08C 1QTEA 1YROA 3P66A 5APFA 1C6AA 4H8YA 4G9SA 5M1YA 1JKCA 220LA 3JR6A 1AM7A 2ZNXY 4NHSA 3W6FA 3AGHA 1L43A 3ULRA 1LPYA 1IR7A 131LA 1BQLY 4G4BA 4GLAA 1C6QA 3A8ZA 1C7PA 1L89A 1AT6A 1C6HA 1QUDA 1HELA 4KPMA 1IOQA 1LZ6A 1G0MA 1YKZX 2YBMA 3GXKA 4NHTA 4DT3A 3SB9A 262LA 1HHLA 4DQJA 1L76A 4H91A 3ZVQA 4ARQA 5B05A 1YQVY 258LA 4WG7A 1L90A 1L19A 3HH4A 5KXYA 107LA 1L07A 4Z98A 1FLYA 5D5FA 3W3EA 2F4GA 209LA 1C6IA 1XGUC 3SB7A 3DN2A 1BB7A 2DQEY 4E3UA 2RB0X 208LA 3WH1A 1GB7A 1L24A 1JKBA 5E4PA 4OWBA 1L36A 1L93A 3CT5A 1J1OY 221LA 1LSBA 190LA 4HJVA 2CUUA 3HT8A 4J7VA 1LMTA 1LYDA 1KXXA 4LZTA 5II3A 4CGEA 1SLYA 1HERA 1L71A 2RBNA 3A96A 104LA 1EQ5A 5LYZA 1IR9A 108LA 1FBIX 3F8VA 1B5XA 2ZQ3A 3B72A 2B72A 5B06A 2YVBA 1XEPA 1CKHA 1C61A 2A7FA 2DQGY 5F16A 3N9CA 4TTDA 3DN3A 2G4PA 5C6IA 1GF3A 1LLHA 1GHLA 2OEAX 115LA 2OTYX 1DYCA 2D6BA 122LA 2BQGA 2CGIA 165LA 1D3MA 2L78A 4OW1A 1XGRC 3TXJA 3WXUA 1FLUA 2I26L 2B6WA 1LJNA 4NSGA 4PHIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IFF Y;  4N5R A;  1NKH A;  1WVU A;  1LZR A;  2CDS A;  3WVX A;  1GFU A;  1HEM A;  2BQE A;  1IVM A;  2DQD Y;  4NFV A;  4OOO A;  4GN3 A;  5AMY A;  3D3D A;  4YEN A;  4CFO A;  5L3H A;  5LAF A;  4GLV A;  1HEN A;  1UIF A;  2BLX A;  5F81 A;  3A95 A;  4XJD A;  1LMQ A;  4YEM A;  1PS5 A;  2YBN A;  1DQJ C;  2CJL A;  1JKA A;  1GEV A;  4RLN A;  1FN5 A;  5E9R A;  1LKR A;  2ZIJ A;  1GF6 A;  2HUB A;  3B6L A;  5APE A;  1C08 C;  1QTE A;  1YRO A;  2HU3 A;  4MR1 A;  4UWV A;  3FI7 A;  3P66 A;  1JKD A;  1YAP A;  5APF A;  1LJH A;  4NGK A;  2BLY A;  1HEW A;  4H8Y A;  4NHP A;  4G9S A;  2BQM A;  4NGZ A;  2DQJ Y;  1B5V A;  1LHL A;  2HEF A;  1HNL A;  2BQC A;  1QSA A;  1JKC A;  1A4V A;  1GFR A;  5M1Y A;  5HMJ A;  1LMN A;  4LYO A;  2Z39 A;  1Z55 A;  1F6R A;  1AM7 A;  1LMO A;  2ZNX Y;  2D91 A;  4WM1 A;  5IDD A;  4NHS A;  1DKJ A;  4ET9 A;  3W6F A;  2DQA A;  4PGJ B;  1GB5 A;  3AGH A;  4NHI A;  3ULR A;  4NG1 A;  1VDS A;  5FEK A;  1IR7 A;  3TXB A;  3A3R X;  5KXK A;  4NWE A;  4OWC A;  1BQL Y;  1LSA A;  4G4B A;  1LSF A;  1F0W A; 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 4WLD A;  4G49 A;  1G7H C;  4H9B A;  1I56 A;  4H9C A;  1JSE A;  4WM6 A;  2I25 L;  4OWA A;  1GXX A;  3WPL A;  2DQI Y;  2Z2E A;  1HFY A;  1GB2 A;  5KXW A;  1GE4 A;  1IY3 A;  1GWD A;  3EO5 A;  4PRQ A;  1LZG A;  5I54 A;  1TEW A;  5DN5 A;  1VDP A;  4M4O A;  1LZ5 A;  1LHJ A;  1T6V L;  4XYY A;  1LMP A;  4H9E A;  4LGK A;  2YBI A;  2FBB A;  3IJV A;  4NSH A;  1LZN A;  4WOA A;  4PJ2 C;  5B1G A;  5KXS A;  4H9F A;  1LZT A;  1CJ8 A;  4HSF A;  4NSJ A;  2G4N A;  3WU8 A;  1GEZ A;  1DZB X;  4LYZ A;  3TMV A;  1J1P Y;  4RW1 A;  3P65 A;  1QDT A;  4WM2 A;  2D4I A;  3IJU A;  1JTP L;  4H1P A;  3WPK A;  5LVJ A;  2LZT A;  3CT0 A;  1B2K A;  4WM4 A;  5ILC A;  3KAM A;  4HTK A;  4UWN A;  4Z46 A;  3M18 B;  1OUC A;  3G3B B;  2HEB A;  2EIZ C;  2YBL A;  5DL9 A;  2FYC A;  4HPE A;  2YBJ A;  1IX0 A;  4LT2 A;  1HEQ A;  2BQF A;  1GD6 A;  5ILF A;  4O34 A;  1LOZ A;  3WXT A;  1B0D A;  5K7O A;  1GF9 A;  8LYZ A;  3GXR A;  2IHL A;  5APC A;  4C5F A;  1LSM A;  4HJY A;  3W6D A;  4ZIX A;  1B7R A;  1CNS A;  5B07 A;  3WW6 A;  1LCN A;  3WPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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