1LV1A

Crystal structure analysis of the non-active site mutant of tethered hiv-1 protease to 2.1a resolution
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Effects of remote mutation on the autolysis of HIV-1 PR: X-ray and NMR investigations.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lv1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lv1A02
5AHCA 5P8MA 2XFJA 4Q1NA 4QJ2A 3VFBA 1C6YA 5P0YA 2ZJNA 4DJPA 3SKFA 5P8KA 1XDHA 1BAIA 2AZ8A 1GVWA 5P6NA 2IQGA 3EKTA 5ENMA 1RL8A 2I1AA 3BVAA 4RGHA 2WF3A 4Y3TA 1JLDA 4DV9A 5PEPA 4CPXA 5OZTA 5P6EA 4J1CA 5P1WA 3PLDA 4TRYA 3UDHA 2R3WA 2ZJMA 5P8IA 2G22A 1APWE 2R38A 1HVSA 2F3FA 4Y56A 5OYWA 3TNEA 3CIBA 4J1FA 4JP9A 4PPHA 5P64A 4LXMA 5P02A 4FLGA 3T7PA 5OZOA 2BJUA 3UDYA 5P59A 3UPJA 4LXAA 5P4PA 1BV7A 2VIEA 2RMPA 2QMGA 4EWOA 2OHQA 5P34A 5OYVA 4RVJA 1EAGA 5KR2A 5DR4A 1ZSRA 5P0QA 3ZPTA 1FQ7A 3QIHA 1QDMA 1BXQA 5IVQA 1J71A 4I0EA 5P6RA 5P5KA 5P8VA 4MC2A 3ZMGA 1ODWA 3LZYA 1SGUA 1WBMA 1QBRA 3ZKQA 3PHVA 1MRXA 3VFAA 3KDDA 3S2OA 3HDKA 3UDKA 3SA4A 4RYCA 2ZGAA 4TRWA 2XYEA 1BBSA 2F3KA 3I6OA 4FM6A 5COOA 3O9EA 2EWYA 5P49A 1FLHA 1IZDA 3APRE 1D4JA 1PPLE 2QK5A 5OYQA 3SABA 3I2LA 2PYNA 5OYXA 5P6TA 4Q1XA 5P09A 6FIVA 4OC6B 4IVSA 1HVJA 3IXOA 1EPNE 3WZ8A 5OZ7A 1K1UA 1ZP8A 5HU1A 3RSVA 2QD8A 1NPAA 3O9FA 2V12C 3GI6A 3OXWA 5P7SA 3IVIA 5HDUA 5P4ZA 5OYYA 1K6CA 3LIZA 1MESA 3LPKA 1LYBA 4MC9A 5P1LA 3ZKMA 3EM6A 1LYWB 5P68A 4LL3A 1HVHA 4J17A 3DOXA 4DJVA 4DJXA 5P7LA 4EP2A 3PWMA 5DQCA 4EPJA 4Y58A 3VG1A 5P46A 3OQ7A 5P88A 1TSQA 3NDUA 5P5YA 5P6KA 2A4FA 4Y38A 5COPA 5I3WA 2HC0A 3EL9A 1T6EX 1B6PA 1SDVA 2VS2A 5P6LA 1E82E 5P3LA 4YD5A 2OAHA 3OHFA 5AH9A 2V13A 3FNTA 2WHHA 3KYRA 3K4VC 3JVYA 5I3XA 4D8CA 3BGCA 5P8CA 5P75A 3IVHA 5P79A 2O4LA 4RZ1A 1W5WA 3TLHA 2P83A 1RNEA 4Z22A 3WB5A 4Q1YA 4R93A 2ZJIA 5P1VA 5P3IA 1LYAA 5P43A 5SXNA 5P13A 5C9DA 4PEPA 1C70A 3SM1A 5P8QA 3BC4A 1PSNA 2AIDA 5IVTA 5P85A 3UDNA 3GGVA 4D88A 4ZPFA 5P6DA 3UDQA 1D4KA 1HPXA 5P5VA 5P8SA 3SO9A 5P44A 5P8PA 5SY3A 2O4NA 3OQKA 3FX5A 4FSEA 3ZLQA 1EBWA 2G24A 5P2AA 2G1RA 2JXRA 5JFUA 4I8ZA 2WEAA 2OHNA 4EJDA 5P17A 3PEPA 4R92A 3OU1B 4FRKA 5P2HA 4ACXA 3QRSA 2PK5A 3OOZA 1SH9A 2VJ7A 3O9GA 5P6AA 1TZSA 2P3AA 2VNNA 1HBVA 4A6BA 4DJYA 1OHRA 3EKQA 4HEGA 5P36A 2I4VA 5P4VA 4GYEA 4Y3PA 4CPTA 2I0DA 2WKZA 4NJSA 1HTRB 3OADA 5P4EA 4B77A 4JPCA 4DFGA 4X7IA 2ZE1A 4H3FA 5P82A 4B78A 2HB3A 4U8WA 1FG8C 5OYRA 2AOFA 1A8GA 1DP5A 3MWSA 1IBQA 5P4BA 3L5FA 4I10A 3EL4A 2ASIA 4DJQA 4WY6A 2Q55A 5P4DA 5P3OA 2QZXA 3PM4A 5AHAA 3VYDA 4OBZB 4Y3DA 1W5VA 5P70A 3URIA 4GJ6A 4L7JA 2IENA 4Z50A 1BWBA 1OD1A 2AOJA 4EXGA 3PVKA 1NSOA 1PSAA 3FKTA 4GB2A 5P1KA 4B70A 4QJ7A 5P6UA 3O9HA 2IS0A 1Q9PA 3BGBA 1B6MA 4K4RA 5P7XA 1BXOA 3OUDB 4GJ5A 3SPKA 1LF2A 3CMSA 5P3JA 5P15A 1SMRA 3KFPA 5P56A 1A30A 2P3BA 3FNUA 2FNSA 1K1TA 4RCDA 1UPJA 5P7PA 5P7KA 4OD9B 1B5FB 3OUCA 5P3MA 5P1XA 5P3TA 1G2KA 2FGUA 1GNOA 4H3JA 2P8HA 4ZPEA 4GJ8A 4NJVA 5P4MA 2APRA 5P0CA 5P2IA 5P2JA 3SFCA 1ZSFA 5P03A 3O9LB 4JPEA 3VSXA 3FNSA 3QAAA 4Y4AA 5P38A 3LIXA 1PPME 4J1HA 3VSWA 2FDDA 5DR0A 2AZBA 3I25A 5P1YA 4Y35A 5P2UA 5DR7A 3T7XA 2G21A 5P5PA 3IAWA 3GGUA 1EC0A 1QBSA 2V10C 1IZIA 2ZDZA 3PCZA 4B05A 5P32A 5BRYA 2QI5A 3RSXA 5P7DA 4GIDA 5P0DA 4RCEA 4L7GA 5P4OA 1KZKA 2NMZA 4A6CA 5P81A 1BIMA 4YDGA 1G0VA 5P5WA 3ZKXA 4HVPA 5JG1A 5OZ2A 1HIIA 5HVPA 4Y6MA 5P4WA 4DJWA 5P35A 2QZWA 5P5IA 2WJOA 3PSYA 4J55A 4ACUA 4DH6A 5P24A 5P7TA 5HCOA 1YX9A 3KDBA 5P1JA 3LZUA 5IVRA 1SIPA 3Q6YA 3K5CA 4COEA 2OHRA 3SA5A 3HVGA 3O9AA 3OTSA 2IKOA 1YM4A 3U6AA 2B7FA 1BDLA 3S43A 2Q11A 4I11A 4B1DA 1A94A 1M43A 3EKYA 5HDXA 5P37A 3S54A 5P00A 3MSJA 1AM5A 2HB4A 1IVPA 2RKGA 3VLBA 5P0UA 3NDXA 5P3SA 4CPQA 2BPXA 5DQ5A 4FAEA 5P6PA 1BWAA 2IDWA 5CLMA 1UH8A 4CPUA 4U7QA 3R1GB 3ER3E 4YCTA 4RLDA 1APVE 3K4VA 1E81E 5P0NA 5OYTA 3S7LA 5P26A 3U71A 4CP7A 2PC0A 5P4UA 3EMYA 2VKMA 5DGUA 2A1EA 4Y5GA 1TSUA 3KN0A 5P1RA 5P0IA 5P5SA 2AZCA 4Y5AA 5IE1A 5P1AA 4JOOA 1HVCA 3RU1A 5P1QA 1FIVA 3R0YA 1XL5A 4K8SA 2BB9A 3TL9A 2HM1A 5P3NA 4ER1E 5P6ZA 3SQFA 2JYSA 4FGXA 1HTFA 2R9BA 4FL8A 1BVGA 2QMPA 4J0ZA 4I0IA 5P7OA 5P1GA 5P7UA 4ER2E 3NU3A 4K4QA 5J25A 4N00A 5P7AA 2HB2A 3HAWA 5OZHA 1MSNA 1W6HA 4JECA 3PBDA 5DR1A 5P3QA 2QAKA 3OUBA 4B1CA 3QPJA 2AOIA 3EKWA 4DQBA 5BWYA 3HAUA 3UCBA 2FMBA 2R5QA 4D83A 1T7IA 3VUCA 3AUPA 4LAPA 5P8TA 5P1UA 3MXEA 3K1WA 2IKUA 4Y51A 3LIYA 3ZKSA 5C9FA 1HIVA 2Z54A 3N4LA 3JW2A 2FDEA 4CKUA 4Y5PA 3DUYA 4J0PA 2AQUA 4BFBA 1WKRA 3IN3A 1HSGA 3EC0A 3L3AA 5P2NA 3LITA 2OHPA 3OQDA 4GJCA 2ZJLA 3FV3A 4Y4WA 5P6FA 1AIDA 2WL0A 3DJKA 3OUAA 3D1YA 2WF2A 3HVPA 4HE9A 5P0JA 5P5QA 3SA8A 1NH0A 5P2DA 4Y37A 5P20A 3CICA 5P0RA 2ZHUA 5P3EA 1W51A 2QI6A 1C6ZA 1HRNA 5AH7A 5OZZA 1OEWA 2OHMA 1HEFE 2VIYA 3OXXA 5P3CA 5P5RA 2UY0A 5P84A 4Y57A 5P3BA 1LV1A 4MC1A 1CMSA 4DVFA 2G69A 3RTNA 3TTPA 2HS1A 2QHYA 1HSHA 3MXDA 5F01A 3IXKA 4H3IA 4FM7A 4NKKA 3UQXA 5P0EA 5KR0A 4PZXA 3F9QA 3G72A 4DPFA 1XN2A 5P2BA 1RQ9A 5P57A 3ZKNA 3VLAA 4PYVA 5P5GA 3JVWA 4DQHA 2B8LA 3UQWA 1LYBB 2IL2A 5P6IA 5HDVA 1A9MA 2NTRA 1BDQA 5P65A 5P33A 1W50A 5P2FA 2WEDA 5HDZA 1UH7A 5P1CA 6APRE 2QCIA 5OZNA 2UXZA 5OZQA 2F80A 2QU2A 1HWRA 3OGPA 2BKTA 4L7HA 5P5MA 2FXEA 4Y48A 1NPVA 5P01A 1F34A 1GVVA 1FQ4A 1QRPE 1EBKC 5P7JA 3UDJA 5P7VA 4ZSQA 4ZE6A 4FS4A 4DJUA 2I4WA 2HPEA 1SMEA 5P3GA 1D4HA 5JODA 3DCRA 3INFA 3PRSA 1APUE 2AVOA 1DMPA 3OK9A 3QP0A 4F73A 5P25A 2V00A 3NU6A 4Y5BA 2OHLA 3TOGA 3VV7A 1HIHA 3S56A 3INHA 3NUOA 5P6GA 3EBZA 1LEEA 3IA9A 1FEJC 5P45A 2QP8A 5OZBA 3CKRA 4J1EA 3EM3A 5P78A 4YA8A 1GNNA 2NXLA 5P5XA 3NR6A 1LYAB 3WZ7A 2G94A 5KOSA 3DCKA 5AHBA 4YD7A 2QZLA 3OU4A 5P4CA 5P86A 5E5KA 5T4SA 5ISKA 2F81A 4BEKA 4S1GA 4YBFA 3OAGA 1ZTZA 3Q5HA 3NUJA 9HVPA 3HW1A 4I0FA 2ER6E 1EC1A 4PHVA 3CYWA 5E5JA 3K5DA 2G27A 4APEA 5P5DA 1K6VA 3N3IA 2IRZA 5AH8A 3TOFA 1UH9A 2VA5A 2VNMA 3QROA 3CKPA 2QNNA 4R8YA 4H1EA 5OZ3A 5OZXA 1AVFA 5I70A 3MSKA 5P63A 4QJ6A 5P5JA 5HCTA 5P07A 5FIVA 2IGXA 5P06A 5P8AA 5P2LA 1IIQA 2ZJKA 3PSUA 5AGZA 4FRJA 5DQ4A 3R0WA 4HA5A 4YCKA 4LC7A 3WZ6A 3BHEA 4Y5NA 3QVCA 2PK6A 3L5CA 4GJBA 3URJA 1FGCC 2IGYA 4DJRA 3NU5A 5P08A 1MT9A 1M0BA 3QBFA 4YE3A 3WSJA 2WF1A 5OZVA 3ZKGA 3UQRA 3BVBA 4IVTA 5P3ZA 2QI1A 2QD6A 5P5CA 5P54A 5P7ZA 2NPHA 2R5PA 3KFRA 2PWCA 3T3CA 2PH6A 2JE4A 2ZYEA 5P5OA 3OU3A 3UFNA 2VJ6A 5ISJA 3OADB 2WF4A 5OZWA 3D3TA 1SP5A 1HPOA 1MRWA 5P6MA 1SDTA 3H5BA 2VJ9A 5P2RA 4F74A 5P72A 2Q64A 2Q63A 2RENA 1PSOE 2B7ZA 3PWRA 2NXDA 2H6SA 5OZSA 2B42A 2AOEA 5P3YA 3DM6A 3QN8A 2F8GA 1RPIA 1ZLFA 2NNKA 3ECGA 3BRAA 2XFKA 3R4BA 3NWXA 1LF3A 3PB5A 3QVIA 5OZIA 4YDFA 5P5HA 3L5DA 4AA8A 4DPIA 1ODYA 2BQVA 3OY4A 4KE0A 4B72A 1G6LA 2AZ9A 5P0MA 2O4SA 2J9JA 5P6JA 3I7EA 4K9HA 5P55A 2P3BB 3SA6A 3PCWA 7HVPA 3PI5A 4I0HA 3OTYA 1Z1HA 2PYMA 4Y43A 2OHTA 3OHHA 5P5ZA 3TPPA 3VF5A 2VA7A 3ER5E 5P2MA 5P7IA 4OBHA 5KR1A 1GNMA 3NDWA 3UHLA 3TKGA 4CPRA 2F3EA 6UPJA 4Y9WA 5IVSA 3T6IA 4AMTA 3NLSA 1PROA 1MT8A 2QHCA 1WBKA 5P5AA 5P4YA 1EPRE 1YM2A 5P4AA 5P8RA 5KQXA 4L6BA 2R8NA 4TVGA 5P7GA 4J1IA 4R95A 1KJ7A 3KMYA 2AVQA 2G26A 3S45A 4H3GA 5P1EA 4RVIA 4I1CA 5OZKA 3LZSA 5P8BA 5KR8A 1F7AA 4Y3RA 2CENA 2QNQA 4J0TA 3S7MA 5P3UA 2ER7E 3M9FA 2Q5KA 4I12A 5P7NA 3GI0A 4OBKA 2OHKA 4HDFA 2J9KA 4Y3NA 4AUCA 4M8XA 1SDUA 4J1KA 4D89A 3A2OA 4ZSRA 1TW7A 5P2OA 1E5OE 1MEUA 5P76A 4HDBA 4J5JA 4Y39A 5P1BA 5P8GA 5KAOA 5OZ4A 2ER9E 3L38A 2JJIA 1K6PA 1T6GA 1HEGE 2QHZA 3BXSA 4Y4DA 2PSVA 3S43B 2CEMA 3C9XA 5ENKA 5P2SA 4YD3A 5P1TA 5P3DA 3IXJA 3NXEA 1E80E 5P4SA 3OWNA 5P6CA 1CPIA 3I8WA 5P7HA 1SBGA 5HTZA 3UDPA 5P73A 5P1FA 1DPJA 1FG6C 3PI0A 3DV1A 1APTE 2Q15A 5P8DA 5F00A 5P8JA 2Q54A 3B7VA 2VA6A 4LP9A 4Y5KA 5OZ0A 5P2XA 5OZJA 1W6IA 2P3CA 5P2TA 1PFZA 3RTMA 2WECA 3TKWA 5OZ9A 3KT2A 2QZKA 3BUFA 4FCOA 5DGWA 5P28A 1TQFA 1FB7A 4Y50A 3NYGA 4RVXA 5P8OA 5P6SA 1HVKA 5P1DA 3LIVA 3PBZA 4KUPA 2VIJA 3H0BA 3VEUA 2O4KA 5P2VA 1GKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AHC A;  5P8M A;  2XFJ A;  4Q1N A;  4QJ2 A;  3VFB A;  1C6Y A;  5P0Y A;  2ZJN A;  4DJP A;  3SKF A;  5P8K A;  1XDH A;  1BAI A;  2AZ8 A;  1GVW A;  5P6N A;  2IQG A;  3EKT A;  5ENM A;  1RL8 A;  2I1A A;  3BVA A;  4RGH A;  2WF3 A;  4Y3T A;  1JLD A;  4DV9 A;  5PEP A;  4CPX A;  5OZT A;  5P6E A;  4J1C A;  5P1W A;  3PLD A;  4TRY A;  3UDH A;  2R3W A;  2ZJM A;  5P8I A;  2G22 A;  1APW E;  2R38 A;  1HVS A;  2F3F A;  4Y56 A;  5OYW A;  3TNE A;  3CIB A;  4J1F A;  4JP9 A;  4PPH A;  5P64 A;  4LXM A;  5P02 A;  4FLG A;  3T7P A;  5OZO A;  2BJU A;  3UDY A;  5P59 A;  3UPJ A;  4LXA A;  5P4P A;  1BV7 A;  2VIE A;  2RMP A;  2QMG A;  4EWO A;  2OHQ A;  5P34 A;  5OYV A;  4RVJ A;  1EAG A;  5KR2 A;  5DR4 A;  1ZSR A;  5P0Q A;  3ZPT A;  1FQ7 A;  3QIH A;  1QDM A;  1BXQ A;  5IVQ A;  1J71 A;  4I0E A;  5P6R A;  5P5K A;  5P8V A;  4MC2 A;  3ZMG A;  1ODW A;  3LZY A;  1SGU A;  1WBM A;  1QBR A;  3ZKQ A;  3PHV A;  1MRX A;  3VFA A;  3KDD A;  3S2O A;  3HDK A;  3UDK A;  3SA4 A;  4RYC A;  2ZGA A;  4TRW A;  2XYE A;  1BBS A;  2F3K A;  3I6O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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