1LW9A

Multiple methionine substitutions are tolerated in t4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lw9A00
1P46A 248LA 218LA 1CV3A 1L29A 3DMZA 4LDLA 236LA 1PQMA 1L97A 1QTHA 3LZMA 1L73A 142LA 1JTNA 2OEAX 234LA 1L36A 1L90A 1P3NA 1G0LA 3DMVA 1OVHA 1L22A 1WTHA 211LA 3SB7A 3UONA 4S0WA 1D3JA 3HT7A 3GUIA 3OE6A 1SSWA 4W56A 1SWZA 1P6YA 4W55A 1L79A 1C6TA 1C6AA 4ARPA 192LA 138LA 257LA 167LA 1L53A 188LA 214LA 3C8SA 187LA 1CX7A 2RBQA 2OE7X 1C68A 1LYDA 1EPYA 3NYAA 1L81A 3QAKA 4EKPA 1LWGA 1C6HA 2B6XA 1L75A 3HT8A 1D3MA 2Z6BA 196LA 3D4SA 1OV5A 223LA 199LA 1D3NA 3RUNA 260LA 217LA 169LA 231LA 1G0GA 3CDQA 1L54A 1C6QA 1D3FA 2RH1A 2RB0X 4PJZA 127LA 1C6FA 2QB0B 3OE0A 3G3WA 147LA 224LA 2RBNA 128LA 1C66A 4OO9A 160LA 1L63A 1L37A 209LA 107LA 2OTZX 2RB2X 3K2RA 1DYCA 3SB6A 261LA 4I7RA 227LA 1C6NA 1LI2A 2LC9A 3HUKA 1L66A 233LA 1QT4A 1OV7A 1L46A 4GRVA 1G0MA 1PQIA 1DYDA 1L01A 172LA 1CX6A 228LA 1L10A 1OVJA 113LA 1C6LA 1L38A 2OTYX 1L20A 212LA 1KY0A 1G07A 108LA 235LA 2RBPA 3GUKA 3HU9A 111LA 220LA 4EKRA 3DN3A 102LA 1L35A 1CVKA 1SX2A 5I14A 259LA 2B6YA 4I7MA 1C6JA 1L74A 3F8VA 1L28A 1L82A 123LA 162LA 1QUOA 205LA 2OE9X 1T97A 1L44A 3HU8A 3VW7A 4W53A 3C7WA 1C6DA 256LA 1C61A 4I7OA 114LA 1LGUA 1L67A 166LA 3FA0A 1L65A 1C65A 2O4WA 2A4TA 3HTFA 197LA 1L08A 1L52A 4I7KA 2Q9EA 3CDRA 1DYGA 129LA 216LA 2B6WA 240LA 1L16A 2RBSA 2B7XA 1L91A 1L70A 4W59A 225LA 1L25A 1LYJA 1L14A 120LA 1JQUA 1L07A 1L26A 1L47A 2F32A 1QTDA 152LA 1L11A 3HH5A 3HWLA 159LA 161LA 1P37A 151LA 237LA 1L31A 4I7QA 1L45A 1G0PA 1L40A 115LA 1ZWNA 3DKEX 1L12A 1L57A 3V2WA 1L68A 3HTBA 1D2YA 1L88A 200LA 1L33A 2B6TA 1L76A 183LA 1C6CA 1G0QA 157LA 2OU8A 1C6IA 195LA 1QSBA 4W52A 1D9WA 3CDTA 3ODUA 4I7LA 3SN6R 1OVKA 1NHBA 4K5YA 1XJTA 213LA 1SSYA 3L2XA 177LA 1L17A 1QUGA 242LA 1L03A 3HUQA 221LA 3L64A 1L99A 1P7SA 1DYBA 1PQDA 1L93A 250LA 1DYEA 190LA 4DJHA 1LYFA 1KY1A 6LZMA 254LA 150LA 1T8AA 118LA 1L72A 1QT6A 2RBOA 3FI5A 1P36A 3DN1A 131LA 4ARMA 3G3XA 4I7TA 4ARQB 1P5CA 2CUUA 4PK0A 253LA 119LA 3GUJA 4EPIA 1XJUA 146LA 255LA 1L43A 2OU9A 3HH4A 4GBRB 229LA 4LZMA 1L51A 3SB5A 1K28A 1I6SA 210LA 4YXCA 181LA 184LA 1QSQA 2F47A 3OE9A 251LA 1L30A 141LA 3SBAA 1ZURA 1L24A 175LA 1C69A 104LA 176LA 3NY9A 3PDSA 2O79A 2HUKA 7LZMA 1L18A 4EXMA 206LA 4LDEA 4EKQA 3C7YA 1P2RA 1L80A 3V2YA 149LA 1C60A 3JR6A 4ZPUA 1LI3A 1LGXA 1LYGA 3F9LA 2ANXA 2RBRA 4I7NA 3OE8A 144LA 1C6KA 1PQOA 3HT6A 1L92A 1L48A 3DN4A 2B6ZA 191LA 3HTGA 1CU5A 2RAZX 1C64A 178LA 1L94A 1L06A 1QTCA 148LE 1LYEA 1P2LA 3HH3A 1CU3A 1L83A 1C62A 1L61A 3CDVA 2B70A 2RB1X 3SBBC 137LA 1G1WA 3C81A 4I7SA 4LDOA 249LA 1C6MA 3C8RA 1QTBA 238LA 1DYFA 1CV5A 3G3VA 1L19A 198LA 3C83A 1B6IA 1LYIA 1OYUA 4ARLA 1L95A 4W51A 2Q9DA 189LA 5LZMA 4ARJA 168LA 4W54A 158LA 139LA 1CU2A 262LA 182LA 1L05A 1L60A 1QS9A 1L42A 112LA 2B74A 4EKSA 1JTMA 2RAYX 243LA 1QTVA 1L50A 2O7AA 1QT8A 1QUHA 156LA 1G0KA 1L23A 1L86A 3C8QA 1KNIA 1L58A 3EMLA 2B75A 163LA 3HTDA 1L0JA 1P64A 1L62A 1L56A 1G1VA 109LA 230LA 3CDOA 1SWYA 252LA 1D2WA 2LCBA 2NTGA 2ANVA 1OWZA 140LA 3GUNA 1CV6A 1LLHA 3DMXA 1L71A 3DN0A 2B73A 1DYAA 122LA 4I7JA 1L27A 3FADA 245LA 185LA 3C80A 1T6HA 1LW9A 4ARMB 165LA 1PQJA 1QT7A 170LA 1QT3A 1KW5A 1L21A 1L09A 3RZEA 258LA 3SB8A 4EJ4A 1C6GA 1CTWA 1L87A 3HDFA 1XEPA 3GUOA 4AQNA 1CUPA 1L15A 3NY8A 3PBLA 4EPFA 232LA 241LA 1L85A 1SX7A 1C6BA 239LA 110LA 226LA 1C63A 201LA 155LA 4DAJA 4IAPA 2NTHA 125LA 1CU0A 3DN8A 4YX7C 1L96A 1KW7A 1T8FA 3HH6A 173LA 1CUQA 2L78A 1L84A 4W58A 1LI6A 1CV0A 2IGCA 4E97A 247LA 171LA 1LWKA 2LZMA 1G06A 180LA 222LA 3GUMA 1QS5A 1LYHA 1L41A 130LA 1L69A 3GUPA 2QARC 3C7ZA 4ARQA 1QT5A 1CV4A 1T8GA 164LA 1TLAA 2HULA 1L0KA 2OU0X 1P56A 1LGWA 1L59A 2HUMA 4I7PA 3DN2A 143LA 1CV1A 1L02A 3DN6A 1PQKA 246LA 145LA 4YXAC 3GULA 2OE4X 1L64A 3HUAA 1L34A 1L98A 3C82A 174LA 3HDEA 1L89A 1L32A 1L55A 1L00A 244LA 103LA 1QTZA 1C6EA 1C6PA 1LPYA 4DKLA 1QUDA 219LA 126LA 1L04A 186LA 1L39A 1C67A 1G0JA 3SB9A 3DNAA 1L49A 1KS3A 215LA 1OWYA 3HT9A 1CU6A 2F2QA 2B72A 1L13A 1ZYTA 4W57A 1L77A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
218LA 4LT3A 1L29A 1GFJA 3DMZA 4LDLA 4CJ2A 2Z2EA 1GD6A 1QTHA 1BB4A 4Z46A 142LA 4WM4A 4NGIA 1OUGA 1OVHA 4QDNA 211LA 1VDSA 193LA 1JITA 1UICA 1ZV5L 5I4YA 3HT7A 1C10A 4N8ZA 4ARPA 1JJ0A 1LSDA 4LYOA 167LA 1JWRA 1QSAA 3WPKA 1QQYA 3BKVA 1GFRA 4IATA 1EPYA 3NYAA 3RW8A 3RT5X 4DD9A 1LZ5A 2B6XA 8LYZA 1L75A 2Z6BA 196LA 1BQLY 1LYOA 223LA 199LA 1REYA 3RUNA 1GF7A 1IVMA 2HEEA 217LA 3CB7A 1G0GA 2HUBA 1NBZC 1CJ6A 1C6QA 1KIRC 1LSGA 4PJZA 1C6FA 4NHTA 9LYZA 1GF8A 3AB6A 4NG1A 1JEFA 1CKCA 1WTMA 128LA 4OO9A 1XEKA 2RB2X 4WM1A 3HUKA 2BQLA 1LHLA 4MCKA 1OV7A 5DL9A 1G0MA 172LA 2YBIA 5LXWA 3TXBA 1WTNA 3N9EA 4NGLA 1L38A 4HTQA 4LFXA 1G07A 1HC0A 3HU9A 5L9JA 1GF0A 111LA 3DN3A 102LA 1L35A 1KXXA 1HELA 5HNCA 4I7MA 1C6JA 4B4IA 1L28A 1QUOA 3KAMA 3CSRA 4XJBA 3AW7A 2OE9X 4YENA 1GE1A 4J1AA 2BQGA 4W94A 1JSFA 3VW7A 3C7WA 1GHLA 4NHPA 1C61A 1NBYC 1LGUA 1L67A 1C65A 2O4WA 4RW2A 1LZ6A 1GFAA 1L08A 1RCMA 4B0DA 5I4WA 4ML7A 216LA 1GB6A 4DDAA 2HECA 1L91A 2A7DA 4B1AA 3FI7A 3TXGA 1L07A 1D6PA 1LPIA 1QTDA 4QGZA 161LA 1P37A 237LA 1DI5A 1LHJA 5DN5A 2F30A 3P66A 2PC2A 1HMKA 3DKEX 3V2WA 3HTBA 3ATNA 200LA 5EBHA 2B6TA 1G0QA 1WVVA 1QSBA 1D9WA 3CDTA 4WM6A 1GBWA 5FDJA 3SN6R 3GXKA 2BQNA 1XJTA 1BHZA 3QNGA 1L17A 242LA 3HUQA 1NMMA 221LA 3L64A 1P7SA 3MGWA 1YILA 190LA 1WQPA 1LYFA 6LZMA 254LA 207LA 4HV1A 2EPEA 1T8AA 1LSYA 5DM9A 1IIZA 1B7QA 1GBZA 1BB6A 2BQIA 4ARMA 4L41A 5F14A 1BWIA 5LA5A 1P5CA 253LA 146LA 1WQRA 1DPWA 3A8ZA 1L51A 1I6SA 181LA 1QSQA 1J1OY 251LA 141LA 1IP2A 4IASA 3PDSA 2HUKA 1IP4A 1OUJA 1YIKA 4EXMA 4EKQA 1KXWA 5LAFA 1C60A 1GWDA 1XGUC 3AZ4A 1LGXA 4NWEA 2BAAA 3FE0A 3GXRA 4OW1A 1L92A 1GFKA 3ZEKA 3HTGA 5KXSA 2RAZX 1LKRA 178LA 3EO5A 1JISA 1BVKC 1HMLA 1L94A 1QTCA 1BGIA 4BAFA 1REZA 2H5ZA 4HJVA 3HH3A 1CKFA 1L83A 1B0DA 3SBBC 1V7SA 2ZNWY 3C81A 1IR8A 4LDOA 1JKBA 249LA 1C6MA 1NQIA 4LZTA 5KXMA 1GB8A 1LYIA 2ZIJA 1LSEA 5ILFA 5LZMA 1IWXA 4W54A 158LA 4H91A 4M4OA 4DQ5A 1EQEA 1L60A 1B5VA 1L42A 1C08C 1L50A 5JENB 1LTMA 1L86A 2D4JA 3C8QA 1L62A 1G1VA 109LA 1IORA 1OUHA 1SWYA 1GEZA 2EIZC 2NTGA 1LJ4A 2ANVA 1YAOA 3GUNA 3B0KA 1LLHA 1FLQA 3TMUA 1YAMA 4ETBA 4NGKA 1T6HA 5APFA 1YKZX 3BKHA 1QT7A 1ZVYB 5B1GA 1BB3A 4ETDA 5HMJA 5A3ZA 4RLMA 4GN5C 4H9EA 4HV2A 1NDMC 3SB8A 1L87A 1CTWA 1XEPA 1GFVA 5B59A 1BVXA 3PBLA 4HJZA 1DXJA 1L85A 4H8XA 1C6BA 1LSAA 201LA 4DAJA 125LA 3DN8A 1L96A 1RFPA 1T8FA 1AKIA 3A96A 4W58A 5LIOA 2IGCA 2HTXA 4E97A 1LYSA 3J6KA 3LYOA 1G06A 5LVIA 6LYTA 1B5WA 1IY4A 1L69A 3C7ZA 1LMQA 1WQNA 1H6MA 3DN2A 143LA 1LYZA 1FLUA 1GB2A 3GULA 2VB1A 2OE4X 1L64A 3HUAA 3LN2A 1GF3A 4Z41A 1L34A 1L98A 1L89A 1L32A 1L00A 2Z2FA 1REXA 3VWOA 5F81A 4C3WA 1C6EA 2D4IA 154LA 5T3FA 2BLYA 4NSIA 1L39A 1G0JA 1GBSA 1IOSA 1L49A 1G7IC 3TXIA 1OWYA 2YBLA 1NF5A 1IOQA 1CJ7A 1JHLA 4H9HA 4DQ7A 4LT0A 1P46A 248LA 2I6ZA 1XGTC 236LA 1PQMA 4XN6A 2ZQ3A 2OEAX 1L36A 1L90A 1P3NA 5C6JA 1G0LA 3DMVA 1WTHA 3TMVA 4H9CA 3UONA 1B7NA 4N0JA 1HEWA 1IR9A 1LZEA 257LA 1LZ1A 187LA 1FN5A 1D0MA 2W1YA 2OE7X 3A3RX 5DN4A 1LMPA 1TAYA 4OWEA 2LYZA 1B7RA 1DZBX 4EKPA 4WLYA 1B7SA 1OUEA 2HEAA 1YQVY 1LHKA 169LA 1I1ZA 3W6AA 3AZ5A 2XBSA 3ULRA 2FBDA 127LA 3OE0A 4H9IA 3G3WA 4B49A 1YAPA 160LA 2OTZX 4J0LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 218L A;  4LT3 A;  1L29 A;  1GFJ A;  3DMZ A;  4LDL A;  4CJ2 A;  2Z2E A;  1GD6 A;  1QTH A;  1BB4 A;  4Z46 A;  142L A;  4WM4 A;  4NGI A;  1OUG A;  1OVH A;  4QDN A;  211L A;  1VDS A;  193L A;  1JIT A;  1UIC A;  1ZV5 L;  5I4Y A;  3HT7 A;  1C10 A;  4N8Z A;  4ARP A;  1JJ0 A;  1LSD A;  4LYO A;  167L A;  1JWR A;  1QSA A;  3WPK A;  1QQY A;  3BKV A;  1GFR A;  4IAT A;  1EPY A;  3NYA A;  3RW8 A;  3RT5 X;  4DD9 A;  1LZ5 A;  2B6X A;  8LYZ A;  1L75 A;  2Z6B A;  196L A;  1BQL Y;  1LYO A;  223L A;  199L A;  1REY A;  3RUN A;  1GF7 A;  1IVM A;  2HEE A;  217L A;  3CB7 A;  1G0G A;  2HUB A;  1NBZ C;  1CJ6 A;  1C6Q A;  1KIR C;  1LSG A;  4PJZ A;  1C6F A;  4NHT A;  9LYZ A;  1GF8 A;  3AB6 A;  4NG1 A;  1JEF A;  1CKC A;  1WTM A;  128L A;  4OO9 A;  1XEK A;  2RB2 X;  4WM1 A;  3HUK A;  2BQL A;  1LHL A;  4MCK A;  1OV7 A;  5DL9 A;  1G0M A;  172L A;  2YBI A;  5LXW A;  3TXB A;  1WTN A;  3N9E A;  4NGL A;  1L38 A;  4HTQ A;  4LFX A;  1G07 A;  1HC0 A;  3HU9 A;  5L9J A;  1GF0 A;  111L A;  3DN3 A;  102L A;  1L35 A;  1KXX A;  1HEL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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