1LYAA

Crystal structures of native and inhibited forms of human cathepsin d: implications for lysosomal targeting and drug design
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
97
structure length
97
Chain Sequence
GPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lysosomal aspartic protease
molecule keywords CATHEPSIN D
publication title Crystal structures of native and inhibited forms of human cathepsin D: implications for lysosomal targeting and drug design.
pubmed doi rcsb
total genus 14
structure length 97
sequence length 97
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 1993-04-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lyaA00
1FMXA 4XXSA 1EPQE 4OC6A 5P87A 1K6PA 5P65A 2FGUA 4JPEA 5P6CA 3O99A 4FSEA 4RROA 2PYNA 3LIYA 2B42A 4AMTA 5P0FA 3D1YA 1Z1RA 4ZSQA 1FB7A 5P20A 2PH8A 2QI7A 2B8LA 4DQEA 5P77A 4M8XA 4X7IA 4Y4WA 2FDEA 4DQFA 3K5FA 5OYVA 4LC7A 3EKTA 2R3WA 1D4JA 1IZDA 2G24A 1BAIA 5P40A 1MSNA 2IRZA 5P7QA 2NNKA 4NJTA 1HTFA 5P6VA 5AHAA 1IIQA 1META 3CKRA 3EKQA 3PLLA 5P4LA 5P3DA 3SFCA 5P1MA 4DFGA 5IVTA 1YTJA 2P4JA 4CKUA 1WBMA 5P6PA 4I0FA 1HVRA 3D20A 4EYRA 4R92A 1XL2A 2B60A 5P1PA 3IXKA 2QHYA 2WF1A 4Y5CA 5AGZA 2RKGA 5SZ9A 1SDVA 4BEKA 4U8WA 5P3NA 5P1XA 3EMYA 2PQZA 2ZGAA 1PPKE 3MWSA 3SA6A 3VG1A 4Y6MA 5P1QA 2VJ6A 4K9HA 5P43A 3S7MA 5HD0A 2Q15A 3L5FA 2UPJA 4J1EA 5P7XA 3VYDA 5HCOA 4GB2A 1MPPA 4FAEA 4FE6A 3ZLQA 5I3WA 5ENKA 4K4QA 5OZXA 1EC0A 2IKUA 3BHEA 1RQ9A 4Y9WA 1EBKC 3LIXA 1ZLFA 4Y39A 3LZUA 5DPZA 1MVPA 4DJXA 2OHUA 5P8CA 2QU3A 3S85A 1BILA 2ER6E 1BV9A 5P85A 5P18A 2PYMA 1HPXA 2WEAA 5P4ZA 3SM1A 2XFIA 5I3XA 3GW5A 5P45A 5P5KA 1LYWA 4Q1WA 1XN2A 1BWAA 1XE5A 3IVIA 5P0YA 3S54A 4IVSA 3AUPA 3ER3E 5P4HA 2I4VA 3O9LA 4DQHA 1ODWA 5P0WA 4YBFA 4QLHA 1ZP8A 3KFRA 5P8DA 3D91A 3BRAA 5P3ZA 5P1NA 3SKFA 2BKTA 2WEZA 3PSUA 2Q3KA 2G1OA 4H3FA 4CPUA 5P74A 5IVSA 4X2LA 3DV1A 4CPQA 4LXAA 5P3EA 2PWRA 3KN0A 3LZSA 2VA6A 4DH6A 1M43A 3EXOA 4Z22A 5P38A 4J0YA 2P3CA 2QZKA 4N00A 1HTGA 3EM6A 3KA2A 3UDRA 5P5CA 4Y3XA 3S7LA 4EWOA 1AJVA 4Y4EA 5OZ5A 5P0XA 1ZPAA 4Y4BA 3CIBA 4DJUA 1HSIA 5HDXA 3UCBA 2B8VA 3GGXA 5P1IA 3TPJA 5P67A 5P4GA 3PJ6A 3NU6A 5OZ4A 4YE3A 5P60A 2OHMA 4DQCA 1VIJA 3PM4A 3SPKA 1PSNA 2VA5A 3KT5A 5P4IA 2QMPA 2JE4A 3JVYA 1ZAPA 5P4UA 3S45A 7UPJA 2OHQA 4Y5LA 1EPLE 3OUBA 2ER7E 5P1ZA 5JODA 2ZJNA 3R2FA 2HPFA 1RNEA 5OZ6A 1MUIA 1T7JA 3OUDB 5BWYA 2QI6A 4FGXA 4NPTA 2O4KA 5OYXA 5P4WA 3LZVA 3MXEA 3BUGA 1AZ5A 2PK5A 1TZSA 5OZNA 5P5LA 1K1TA 5P6IA 4F73A 5P64A 2NXMA 4XKXA 2RENA 5P3RA 4NPUA 3T3CA 3LINA 1IVPA 4TVGA 3EC0A 5I3VA 5P2QA 1RL8A 2QK5A 4L6BA 3OK9A 5P7FA 5P4PA 2AVMA 1APTE 1MSMA 1AJXA 3PVKA 4Y54A 4ZE6A 2MIPA 1EBYA 3UDJA 3D3TA 5P2FA 2Q54A 2OHRA 2R3TA 3VCMA 5OZRA 3OU4A 2ZHUA 5P0VA 3VUCA 1HIVA 5P56A 1EPPE 3VFBA 2HS2A 4DJQA 2HB3A 3PCWA 3T7XA 3DUYA 3EL9A 5P2JA 2O40A 5B18A 1AM5A 4I1CA 1GVVA 2Z4OA 3LIQA 4CPRA 3NXNA 4GJ8A 4R91A 5P8EA 3OXXA 4R8YA 2IENA 2QI5A 1GVWA 1AAQA 5P3QA 5P1JA 5P12A 4D89A 3IN4A 5P2AA 1HXBA 5P4OA 5HDVA 5P3TA 8HVPA 5P5VA 1K2BA 4B00A 3OTSA 3CYWA 4GJCA 5P8IA 4B77A 1EBZA 3CIDA 5P3FA 2NTRA 5DQ1A 3RSVA 1B6JA 4OBZB 1MTBA 1B6MA 3GI4A 4ZEAA 5P7IA 5OZ9A 2I0DA 3OY4A 5P0RA 4DQBA 3WZ6A 4I0EA 5P8KA 2AOEA 2FIVA 1HVIA 5P6XA 5ISKA 3PHVA 3RTNA 5P5BA 2ZDZA 5AH9A 5P1LA 1E81E 1C6ZA 5HU1A 4H1EA 5P0QA 6FIVA 4JECA 1B6PA 2JXRA 4Y3MA 3RU1A 2AOGA 2QI4A 5P26A 1FF0C 5P7RA 3L5DA 2JJIA 1LYBB 3SKGA 2ZHSA 2ASIA 1Q9PA 3PBZA 5P2TA 4J1CA 5P6FA 4CPTA 2QD6A 5P8HA 1UH9A 4Y4UA 3UDQA 1D4HA 4U7QA 1BDRA 3PI0A 5OZLA 5KOQA 5COOA 5P47A 4NJSA 5P2KA 5P30A 5DQCA 3EKXA 3GI6A 4I0GA 1FIVA 5P0MA 3PLDA 2R5PA 2CEMA 5BRYA 4ER4E 5KQYA 1IBQA 4FAFA 3CKPA 3ZKSA 4EXHA 3NUOA 5P46A 5P78A 5P6SA 3OTYA 4YCKA 1E82E 5ENMA 2AOIA 5HE7A 5P7NA 1BV7A 5P5TA 1SMEA 1LV1A 3O9IA 3VSWA 3K4VA 4AA9A 5P7JA 3G70A 4F76A 5P3VA 4QGIA 3HAWA 3VF5A 5ISJA 4J0VA 3DCRA 5P34A 4DPFA 3PI5A 4FM8A 3OOZA 5P49A 3ZPSA 4Y5KA 1YTHA 1DIFA 4B1DA 4DJOA 4OBKA 4Y38A 3VYEA 2QMDA 4I11A 3OWNA 1MT9A 5P59A 4EP3A 1ZJ7A 5P0CA 3UDHA 1B6KA 5P72A 5DR4A 1QDMA 3PMYA 3QS1A 5P27A 4WY6A 4Y3DA 4EQJA 4DJRA 5JFPA 4LAPA 4J17A 4Y3FA 5P8OA 5P4KA 2XFJA 1FQ7A 5P50A 4J5JA 3OHHA 1PSOE 5P52A 3UFLA 3HD8A 3BC4A 5P1CA 3Q6YA 5P63A 4FSLA 3LPKA 1YM2A 4JP9A 5OZ2A 3OXWA 3K5CA 4Y45A 4CPWA 3S43A 3ER5E 3BXSA 2V0ZC 1BIMA 2G26A 5P5YA 3MSJA 4ZSMA 5OYUA 5P7HA 4J0ZA 4K4PA 5P62A 4DI2A 1ER8E 4WY1A 5P69A 5SY2A 3S8IA 5OZIA 2QI0A 5P71A 2XYEA 1KJHA 2BPZA 5P00A 2WJOA 5P80A 5APRE 2VIEA 5P8VA 3EM4A 5P2VA 3IN3A 1KZKA 4DJVA 5P55A 5F01A 5HTZA 3R0YA 2HAHA 4Y3YA 5P5EA 5UPJA 4L1AB 1IVQA 1ODYA 3NDWA 2ZJMA 2IDWA 2QD7A 5OZ1A 1FMUA 4GJAA 3D1XA 5P1KA 4NKKA 3O9DA 1NPWA 3B80A 3BXRA 3AIDA 3OXCA 2PSUA 3O9AA 2O4NA 2AZCA 3PCZA 4PZXA 3VYFA 1K2CA 2VIZA 4D88A 5OYWA 4J0PA 5DGUA 4Y51A 2HIZA 5BS4A 3B7VA 5P7DA 5E5KA 2O4SA 3O9HA 5HDUA 4YHQA 3VFAA 5P6UA 5CLMA 3LPJA 4HA5A 2QMFA 4RVJA 2I4XA 5P7GA 4ZPGA 5OZVA 2VNMA 4FS4A 3NWQA 4ZSRA 3RVIA 1SDTA 5P68A 1BWBA 3IXJA 5P1DA 1KJ4A 5P3GA 4U7VA 3LITA 4Y41A 2P3AA 4YD7A 4ZLSA 3GGUA 4J54A 5P7CA 4FRSA 3Q4BA 4OBJA 3OADA 4RVIA 4Y3ZA 3LNKA 2VIYA 4FRJA 5P0TA 5P0OA 5P0ZA 5P8BA 3IA9A 5P4JA 3CKTA 5SY3A 3U7SA 3ECGA 2PSGA 4YOBA 3PEPA 1HWRA 4RRNA 4QJ8A 5P5DA 2IEOA 5DR1A 3FNUA 3OGPA 2G1RA 5P6NA 1EBWA 3RTMA 2ER9E 5P0BA 5OYYA 5P7BA 3VV8A 5DR8A 1T6GA 1BBSA 4FM6A 4MC2A 5P7KA 1EC2A 1J71A 4AUCA 3QI1A 1MRWA 4TRZA 5P2OA 4Y5BA 1W5WA 4ZPFA 2O4LA 4Q1YA 5P6HA 3Q70A 5P1FA 1MERA 4Y3QA 3UDMA 5OYTA 3FIVA 1E80E 5P32A 3PRSA 2AVOA 5P4NA 2BPXA 5P4FA 4PZWA 3ZKGA 1DAZC 5P2UA 4XX3A 2I4UA 3O9GA 5DGWA 5P7AA 3OQKA 5PEPA 4OBGA 3WZ8A 3K5DA 2FLEA 3EKWA 5P4SA 2NXLA 4B1CA 1HIHA 5P7MA 1YG9A 3WSJA 4QJ2A 1K6TA 1NPVA 5OYZA 3KFPA 4JOOA 3L3AA 3NUJA 4F75A 2AOCA 1FG8C 4Z2ZA 3NU5A 2I4DA 5P2XA 1ZSRA 2F8GA 4KUPA 4KE0A 2ZHTA 3SAAA 2QZLA 1SH9A 1SIPA 3IGBA 1C70A 3SA3A 5P07A 5P61A 5KR8A 5P13A 3WZ7A 1F34A 3T11A 1SIVA 3KFNA 3SM2A 2P83A 3APRE 2WL0A 2ZJIA 3F9QA 4YD3A 3NLSA 3EM3A 4QJ6A 4H3IA 3QRSA 2I4QA 4APRE 5P33A 2QAKA 2IS0A 5I70A 2OAHA 1LYAB 2V16C 5P4VA 3RTHA 5P86A 2H6TA 2P3BA 2FMBA 2G1YA 5P7LA 1LF3A 1MT7A 5P81A 5P2MA 4Y53A 5P04A 5P88A 2H6SA 3TNEA 4Y5NA 3NDXA 3OU4B 1APUE 2F80A 1BXOA 5P5FA 5P3XA 5P57A 4J55A 2RMPA 3KDBA 4YCYA 4RCEA 3BVBA 5P3WA 1XE6A 3UPJA 4YDGA 4Y5MA 2RKFA 5P8RA 5P8GA 1HPSA 1HVHA 4Y57A 3INEA 5OZSA 2NMZA 1W51A 3OUAA 4GJBA 4I0DA 2ZJLA 5P5QA 3HVGA 2AZ8A 5P0EA 1FEJC 3K1WA 5OZZA 3NDTA 4GYEA 1BDLA 1T7KA 5OZDA 1NPAA 1HVJA 1EEDP 1GVTA 2J9JB 1QBRA 2QHZA 1W5YA 5P1GA 4J1FA 4FM7A 1RV7A 5OZMA 1B6LA 3OAGB 1QS8A 2FXEA 5P5XA 4Y50A 5P70A 2JYSA 5OZ3A 5OZ8A 4MC9A 3SA7A 4LP9A 4Y3TA 3VEUA 1FQ5A 3FKTA 5P0LA 5P8UA 4CP7A 2OHTA 5P08A 4Q1XA 3INHA 3G72A 4YDFA 3FNTA 5P3MA 3PSYA 4TRWA 4LHHA 3M9FA 1D4LA 5P83A 5P35A 3KMXA 5P4RA 1BDQA 5P44A 1TQFA 5ER1E 4L7GA 5P6BA 5P23A 1EAGA 5P4AA 1KJFA 2AVQA 4IVTA 1UPJA 4OD9B 2J9KA 2XYFA 4JPCA 3KF0A 4ACUA 3PMUA 3DJKA 5P5ZA 5P5PA 5P41A 4B72A 2WKZA 5P3BA 5P0JA 5C9DA 3NSHA 2AODA 3LZYA 5JG1A 4RYCA 4R5NA 3R0WA 3NU4A 3TOGA 1XS7D 4K4RA 5P2SA 2QZXA 4Y36A 3URIA 5P1BA 2AVVA 2APRA 4CMSA 5P5SA 1BXQA 3OUCA 3UHLA 3ZKXA 4DPIA 5P6KA 4DVFA 4J1HA 4Y4XA 3Q3TA 4ACXA 4A4QA 2PK6A 5P2EA 2G21A 4HEGA 1VIKA 5P1OA 1G6LA 4AA8A 4KE1A 1CZIE 4I10A 4EJKA 5P15A 2F3FA 3UQRA 4OBZA 5P73A 1MT8A 4FLGA 1HVKA 5ER2E 4Y5GA 3EKYA 2OHKA 3IAWA 5COKA 2NXDA 5P3UA 3ZPTA 2VJ9A 4YBIA 5P8MA 3K5GA 5P29A 2G22A 4RRSA 2R8NA 4L7HA 3VV6A 3NXEA 1A30A 2G94A 4XX4A 5AHCA 2JJJA 1QBUA 2AOHA 5P1WA 4RZ1A 5P8AA 3FNSA 3TPPA 2Q11A 5P6DA 2VNNA 1D4IA 5P2DA 3O9CA 5IVRA 5OZYA 1TSUA 2BB9A 5JFUA 3EL5A 3JW2A 3URLA 4Z4XA 1C6YA 5OZPA 3BGCA 2FNSA 2V12C 4ZPEA 4GJ7A 2ZYEA 1LF4A 1C6XA 5P2LA 5OZOA 5AH7A 5P31A 1B5FB 3KFSA 2IGXA 4B05A 5AH6A 5P6LA 2BBBA 5P5GA 3NU3A 1UH8A 3I7EA 2P3DA 2FGVA 1JLDA 3OOTA 3OU3A 1KJGA 4FRKA 3SQFA 5P4CA 5OYRA 3PWMA 5P4MA 5P7ZA 3S56A 4DJWA 5P79A 5KOSA 5P8NA 1FFIC 5F00A 4PPHA 3ZKQA 6APRE 4Y5EA 1HVLA 1XL5A 4OBDA 3TPRA 1B11A 3T7QA 2R9BA 3L58A 3MXDA 5AHBA 2IL2A 5DR3A 4M8YA 2BPYA 3HVPA 2VIJA 2ZJKA 2VA7A 5P8PA 2QI3A 1MEUA 5OZUA 3INDA 1D4YA 3DM6A 3I6OA 1CMSA 1HTEA 3IVHA 3L59A 4APEA 1YTIA 1A8GA 1APVE 1D4KA 2P8HA 2IQGA 4OC6B 2BPVA 5P39A 5P3YA 1K1UA 4NJVA 1HBVA 3DCKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FMX A;  4XXS A;  1EPQ E;  4OC6 A;  5P87 A;  1K6P A;  5P65 A;  2FGU A;  4JPE A;  5P6C A;  3O99 A;  4FSE A;  4RRO A;  2PYN A;  3LIY A;  2B42 A;  4AMT A;  5P0F A;  3D1Y A;  1Z1R A;  4ZSQ A;  1FB7 A;  5P20 A;  2PH8 A;  2QI7 A;  2B8L A;  4DQE A;  5P77 A;  4M8X A;  4X7I A;  4Y4W A;  2FDE A;  4DQF A;  3K5F A;  5OYV A;  4LC7 A;  3EKT A;  2R3W A;  1D4J A;  1IZD A;  2G24 A;  1BAI A;  5P40 A;  1MSN A;  2IRZ A;  5P7Q A;  2NNK A;  4NJT A;  1HTF A;  5P6V A;  5AHA A;  1IIQ A;  1MET A;  3CKR A;  3EKQ A;  3PLL A;  5P4L A;  5P3D A;  3SFC A;  5P1M A;  4DFG A;  5IVT A;  1YTJ A;  2P4J A;  4CKU A;  1WBM A;  5P6P A;  4I0F A;  1HVR A;  3D20 A;  4EYR A;  4R92 A;  1XL2 A;  2B60 A;  5P1P A;  3IXK A;  2QHY A;  2WF1 A;  4Y5C A;  5AGZ A;  2RKG A;  5SZ9 A;  1SDV A;  4BEK A;  4U8W A;  5P3N A;  5P1X A;  3EMY A;  2PQZ A;  2ZGA A;  1PPK E;  3MWS A;  3SA6 A;  3VG1 A;  4Y6M A;  5P1Q A;  2VJ6 A;  4K9H A;  5P43 A;  3S7M A;  5HD0 A;  2Q15 A;  3L5F A;  2UPJ A;  4J1E A;  5P7X A;  3VYD A;  5HCO A;  4GB2 A;  1MPP A;  4FAE A;  4FE6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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