1LYBB

Crystal structures of native and inhibited forms of human cathepsin d: implications for lysosomal targeting and drug design
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
GGVKVERQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords CATHEPSIN D
publication title Crystal structures of native and inhibited forms of human cathepsin D: implications for lysosomal targeting and drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis
total genus 43
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 1993-04-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lybB00
3OU4A 5ENKA 3OXWA 1EPME 4Y3JA 2NTRA 3NU5A 3NDUA 3UDHA 1AJVA 4A4QA 2G26A 3FKTA 3O9AA 5P2QA 5P48A 5BWYA 4Q1NA 3HAWA 3EL1A 5P88A 3MSKA 1B6PA 5P5FA 5P5JA 5P4YA 5P5UA 1FMBA 4DQBA 2HS2A 4Y3SA 4YA8A 5P2BA 4FCOA 1ZAPA 3DM6A 3LZSA 2G1RA 1LYBB 4YHQA 3BC4A 1YM2A 4DPIA 1MSMA 2QD6A 3QI1A 5P3XA 5P1ZA 2V10C 5HDXA 5P1XA 1BVGA 1UH7A 5COKA 2ZDZA 3NDTA 4FRKA 5KOSA 3EBZA 4FM6A 4Y4TA 4F74A 3UQPA 4Y53A 3INDA 5P6GA 2O4SA 2ZHSA 3R0WA 2H6SA 1HPOA 4FSEA 1NSOA 1WKRA 2G20A 1T7JA 2R3WA 2NXLA 3KT5A 3NXNA 1NPAA 3QVCA 5OZGA 3WZ8A 1MIQA 2F8GA 4Y48A 3LZVA 3HW1A 5HU0A 5P4IA 5P5DA 5P41A 1K6PA 2Q54A 3BXRA 5I70A 3T3CA 3SA7A 2XYFA 3SA6A 2P83A 1RV7A 3DUYA 3TOFA 5HDUA 5OZHA 4OD9B 5P4PA 3PWMA 5AHBA 2WF0A 5OYRA 5OYUA 2NMYA 1BILA 4ZLSA 2OHQA 2AVSA 3KFRA 3PCWA 4XKXA 2FLEA 4LHHA 5P7KA 4Y36A 1XL5A 5ER1E 4Z4XA 1G0VA 2G21A 2QI0A 2QZLA 5HDZA 3OOZA 5P77A 2ZE1A 5P2YA 2XFIA 4DPFA 4Y9WA 1QDMA 5I3YA 4I8ZA 1EPPE 4QJ7A 7HVPA 3G70A 3KFPA 5OZYA 1OEXA 5OZVA 4B70A 3HBOA 1SIPA 1NH0A 5P43A 3S53A 5P0XA 3O9FA 4J0TA 5P5IA 3S45A 4GMIA 4CMSA 1CMSA 3D1ZA 2OHPA 5P2VA 5JG1A 4FRSA 4WY1A 5SY3A 4LXKA 2Q11A 4YD6A 5P8CA 1T6GA 1AZ5A 2PH8A 3RSXA 3WSJA 2G1SA 2A4FA 2FMBA 3I25A 5P0LA 5DR0A 5P6ZA 1DIFA 2Q55A 5P7NA 1BWBA 4ZSRA 3R0YA 4AA9A 5TOLA 3IVHA 1RNEA 5DQ5A 1MT7A 1WBKA 5P0BA 4J0YA 1BDRA 3PSYA 3SO9A 1D4SA 5P38A 1RL8A 5OZZA 5P17A 1APUE 3PEPA 3L5DA 4MC1A 2FNSA 2ZJIA 4R95A 3EL9A 4X7IA 1KJFA 3BVBA 4Y4GA 5P57A 5OZSA 4Y3TA 5JFUA 5SZ9A 3L59A 4Y4XA 4EXGA 4Y3LA 4GB2A 1C6XA 2ER6E 3OQDA 5P2EA 4HDFA 5P70A 5OYWA 2O4KA 5P4CA 5P1KA 5P79A 2ZGAA 4JP9A 4EJLA 1B6JA 5P12A 2WJOA 3CKRA 1YG9A 3EM4A 2QMDA 2B7FA 2P3AA 1MRXA 2AZCA 3L38A 4Y58A 1HSHA 5ISKA 5P1GA 4J1HA 2VKMA 2VIJA 2G27A 1A8KA 2Q63A 2PK6A 4Y3GA 5OZOA 2VIEA 1IIQA 5P1NA 5OZLA 3PI5A 1TSQA 5P33A 4QJ6A 2A1EA 4OBZA 2IS0A 3OHHA 4OBHA 3CKTA 3NSHA 3BHEA 5P10A 4B0QA 3NXEA 5P7XA 2R5QA 2PSVA 4MC9A 2FGUA 4EWOA 4XX3A 2P3BA 1LF4A 4OBZB 5AH6A 5KR0A 3K5CA 4PZXA 3S43A 3QRMA 1YM4A 2VIYA 3PI0A 4OBFA 1B5FA 3FIVA 2QZWA 5P7AA 5P0TA 2P3BB 1LEEA 2FNTA 1W6IA 5P89A 5CONA 3NUOA 3S43B 3VYDA 5P0OA 5P4OA 2AOHA 4KB9A 1XE6A 5P4ZA 3LZUA 2ER9E 5OZEA 4Y5PA 4DVFA 5AH9A 4I12A 5P0SA 5P5ZA 5P3DA 2AOJA 1HIIA 5P3AA 4Y37A 3TLHA 3LPKA 4GJ7A 3VSWA 4ZEAA 2R3TA 3ZMGA 5P1VA 5P31A 3EC0A 4PPHA 5OYSA 5P3FA 4Y3QA 3ZKIA 4ZIPA 2PYMA 1IVQA 2QAKA 5P5NA 2FGVA 2JXRA 4Q1YA 2FDDA 2R8NA 5P8OA 3AIDA 4DI2A 1K2BA 5COOA 1LYWA 3WB4A 5P1FA 5P74A 1FMXA 3OU1A 1ZPKA 1JLDA 3NU9A 3INFA 4BFBA 2I4WA 3UDPA 1A8GA 4YE3A 1LYAA 5P1TA 4H3GA 3TTPA 3OQKA 4OBKA 3S85A 5OZRA 1SMEA 1LYWB 2WEBA 2G94A 4H3FA 2P8HA 3IGBA 3OTSA 3URJA 1B6MA 1LYAB 2Q15A 3SKGA 3OQAA 3LIXA 4I11A 1MRWA 3ECGA 1HPSA 4Y3AA 3UF3A 4LAPA 5P34A 5P5GA 4GJDA 5IE1A 5IVSA 5HDVA 5OZMA 2HC0A 4I0HA 2PYNA 5AH7A 4RYGA 5P3TA 1Z1RA 5P85A 3OWNA 5P29A 4ZSPA 1C6ZA 3ZKGA 4I1CA 3TKWA 2QI3A 3SQFA 3IXJA 1EPLE 3AUPA 3D1YA 2VA7A 5P42A 5P25A 4PYVA 5P7FA 4TRZA 2HPEA 8HVPA 2OF0A 2PMAA 4Y3YA 3OU3A 5P7IA 1BV9A 1HOSA 4I0GA 4Z22A 2UPJA 4CP7A 4FRIA 2IEOA 3TPRA 3ZPSA 1GVXA 5DQ4A 3T7XA 4J0ZA 1KJGA 3G72A 4K4RA 3L5FA 5SXNA 4J5JA 4Y51A 1VIKA 5HE7A 3R1GB 5P8AA 1SP5A 5P4GA 1ODXA 5P51A 3L5EA 1RQ9A 5P5RA 2B8LA 3S8IA 1FKNA 3LIZA 5P3UA 4YOBA 2QI1A 4Q1WA 4BFDA 1MPPA 5HCTA 5P7CA 3KT2A 1FFFC 2G1NA 2QD7A 2P4JA 2BQVA 5P8LA 5P18A 2XFKA 4HA5A 3UQXA 1A30A 4Y4JA 5P6MA 3OXXA 4DJXA 5P5SA 3CYXA 1FLHA 3SFCA 3WZ7A 4GJ6A 5KQZA 3TL9A 2G69A 4Y5MA 4NPTA 3DOXA 5P3CA 4DFGA 5P2WA 2QP8A 3BVAA 5CLMA 5P2KA 5P40A 2ZJMA 3PGIA 4J0VA 5P6WA 5P0PA 1QBRA 1B6LA 4EJDA 5P3QA 4HDBA 4M8XA 3EL0A 4FE6A 5P7LA 4ER1E 4J1CA 2AVOA 5P6XA 2H6TA 4QJ9A 2ZJKA 5OZXA 3PLDA 2BB9A 5P3NA 5P2SA 3MXDA 2O4PA 3MWSA 3UHLA 3BUGA 1D4LA 2HAHA 1HTEA 3S7LA 1SIVA 4Y4UA 3ZKNA 5P7WA 4NJSA 1YTHA 5P8SA 9HVPA 5P01A 5P5OA 4GJCA 3C9XA 4MC2A 2AVVA 5P7UA 3VG1A 1HEGE 2QI4A 2JYSA 2OHMA 1J71A 1FG8C 5P1CA 1KJ4A 4K4QA 1KJ7A 1Z1HA 4EXHA 1GVVA 3UDYA 2QK5A 6APRE 4YBIA 3S2OA 3DCRA 5P7GA 5P53A 5P2FA 1LYBA 3K5FA 1UH8A 1MUIA 1QBUA 1GNMA 4Y3HA 2WF2A 1D4KA 5P04A 5P7ZA 1EPRE 5KR2A 3VF7A 5P1UA 2I1AA 3KDDA 1AJXA 2FDEA 1W5YA 5P1HA 1HWRA 2ZYEA 4GJ8A 2QCIA 5OZCA 3H5BA 5HVPA 5P02A 4RCFA 2NNPA 1META 5P16A 2O40A 2RENA 5P6IA 5DR4A 5OZ4A 4TRWA 5P2UA 5P46A 3N4LA 4QLHA 3TH9A 5OZQA 1GNNA 3OAGB 5P0RA 2Z4OA 3KMYA 3DCKA 4S1GA 4OC6B 5OZWA 5P3LA 4EQJA 5P2MA 2V0ZC 1XN2A 2HB4A 2Q64A 5OZFA 5HD0A 1ZLFA 3FSMA 5ENMA 3MSLA 2R43A 3UCBA 3KDBA 5P0KA 2AZBA 3LITA 4OD9A 3APRE 4OBJA 1EC2A 1YTJA 3KDCA 2ZJLA 5P1WA 4J1IA 5P5PA 1E80E 5P8RA 4IVTA 5P69A 5DGWA 1NPVA 5OYTA 4TRYA 5P52A 3SACA 4DJRA 5P14A 5P6PA 5C9FA 3HAUA 2EWYA 5KQYA 4J1KA 4ZSMA 3TPLA 1YTGA 2WKZA 5P4TA 4DJVA 4Y44A 5P7PA 5KQXA 4A6BA 5P75A 1TCXA 3TOHA 5P6KA 4YCTA 5ISJA 3FV3A 3PWWA 5OZKA 5COPA 5P6VA 4H1EA 2AOEA 4H3JA 1K2CA 1OEWA 3OTYA 4I0JA 5P6EA 3TNEA 3KYRA 1Z8CA 5P4KA 4R5NA 2WHHA 3NDXA 1LS5A 5P0UA 3URLA 5P30A 4J1EA 2QNNA 1QRPE 4U8WA 5P3EA 5P5LA 3SLZA 3SKFA 5P1QA 4EP2A 4J55A 4WY6A 5P2GA 1MVPA 2P3CA 2QMFA 3ZPUA 1HXBA 2HS1A 3VV8A 3GGVA 1D4YA 5P45A 3QN8A 1EPOE 3L5CA 5P8IA 5E5JA 4GJBA 2QI5A 5P26A 1DPJA 4EJ8A 4Y4ZA 4I0FA 5P47A 1K1UA 2HM1A 5EZXA 2HIZA 4LBTA 2PH6A 5P56A 2PQZA 5P6AA 5F00A 2PWRA 3GGUA 3GGAA 4YD5A 4APRE 4R8YA 1FG6C 3JVYA 4GYEA 5P78A 2Q5KA 3MXEA 5OYZA 4DJWA 4LP9A 4EQ0A 4D88A 5P2TA 2VNMA 2B60A 5P61A 1HTFA 5P1BA 5OYYA 2IDWA 5JODA 3TKGA 1MT8A 1T7KA 3L3AA 2RKGA 3IXOA 3SM1A 1MT9A 3VFBA 5P80A 5P76A 3PRSA 4I0IA 5P35A 5P0AA 5P7DA 2WEAA 5P4VA 5P6LA 4H3IA 1AVFA 4Y56A 3KA2A 1FQ6A 2ASIA 2AZ9A 3QROA 4Y39A 1GVUA 4NJTA 3UDNA 2IKOA 1HHPA 2OAHA 4Y50A 3WZ6A 1HSGA 1LV1A 4DQFA 3O9BA 4Q1XA 3JW2A 3UDKA 3NWQA 3O9DA 3KM4A 2VS2A 5P0NA 3OUDA 3UDJA 5P63A 5P7BA 5C9BA 4EPJA 3Q6YA 4CPXA 1RPIA 3OUBA 3KFNA 4FAEA 2B42A 3VCMA 1HVRA 4CPSA 3NLSA 1B11A 1K6TA 2QNPA 2AVMA 5P7VA 4CPWA 2NMZA 3OUDB 2BPYA 5P83A 3EKVA 1DW6C 2VNNA 3LPJA 3UQWA 2O4LA 5P4UA 3ZKSA 3CKPA 1TSUA 3LINA 4YOAA 2QD8A 5P4LA 4Y5AA 3RVIA 3ER5E 4Y5EA 4Y6MA 1Q9PA 3O9EA 5P4NA 2V12C 5DGUA 1EPQE 3JVWA 3Q4BA 5P7SA 3PBDA 5P6CA 2ZJHA 1YTIA 3OHFA 5P86A 2QHZA 2G1YA 4DH6A 5P4RA 4Q5MA 5IVTA 2G22A 5P0CA 3GI6A 4R91A 1IBQA 5P11A 3LZYA 3KN0A 3ZKMA 5P60A 1HRNA 2BPVA 5P67A 5P3OA 1W50A 4QJ2A 5P1LA 5P3KA 3I8WA 4EYRA 1ODYA 3HDKA 1EC0A 3EKPA 3PWRA 4UPJA 4R93A 5P5TA 3CMSA 1BWAA 4GZFA 3ER3E 5P07A 2G24A 3H0BA 4RCDA 3BGBA 3TPPA 4Y45A 3FX5A 2AODA 2JJJA 5P03A 2QZXA 5P13A 4Y3WA 1CPIA 5DQCA 3M9FA 4DQGA 2AIDA 3PVKA 5DR7A 4RVIA 3PMYA 1PFZA 4DJPA 3QP0A 4HEGA 5P5EA 4QJ8A 4MC6A 4L7GA 4XX4A 1HVSA 4Y4WA 1HEFE 2OHKA 3IA9A 4Y35A 5P3SA 1KJHA 2ER7E 5P0FA 1HVIA 1TQFA 1WBMA 4TVGA 3IXKA 2UY0A 1W5VA 3LIYA 4Y4AA 5OZ7A 1FQ8A 5KQFA 4RVXA 1APWE 2OHUA 4ZPFA 5P24A 5OZJA 1FQ4A 5P5KA 2QHYA 4LL3A 3I2LA 2J9JA 2V11C 4ZE6A 5P65A 5HCOA 5P0WA 3QS1A 1XE5A 1IDAA 5P6QA 5P8VA 1G35A 5SY2A 5P2JA 5ER2E 2BPWA 5OZDA 2ZHTA 3T11A 2ZHRA 3S56A 5DQ2A 5P1PA 4B00A 2Z54A 2J9JB 5OZ8A 5P8KA 3VLAA 1HPXA 2BJUA 4Y43A 4OBDA 5P0DA 2AOCA 1EBWA 2R5PA 4B05A 1BXQA 5P32A 5J25A 3U7SA 4EJKA 3HLOA 5P8FA 5OZAA 3IVIA 3NU6A 3TPJA 3UDRA 5P5XA 4WTUA 2PC0A 5P5CA 5P87A 2V00A 4JPEA 3PB5A 5HE5A 4KE0A 4YD4A 1K6CA 1EEDP 3NDWA 4FS4A 1UH9A 5P3PA 3NYGA 4ZPEA 3U71A 3DJKA 2VJ7A 3RTNA 4Y3NA 6FIVA 2I0AA 3OY4A 2OHNA 2BBBA 1HTGA 5P84A 5P08A 4YD3A 3RTMA 5P68A 1YX9A 3VF5A 4D83A 5JFPA 1A94A 1KZKA 3Q3TA 1BV7A 4KUPA 4HLAA 3VV6A 2VJ9A 3DV5A 1IZDA 3HD8A 4B77A 4DJQA 4R92A 5P7TA 1EC3A 4CPRA 4RVJA 3GI4A 4U7QA 1EBYA 5IVQA 3DK1A 5P6HA 1HSIA 1EBKC 2QU2A 5P7MA 2ZJNA 3UDQA 1HXWA 3INHA 4J0PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU4 A;  5ENK A;  3OXW A;  1EPM E;  4Y3J A;  2NTR A;  3NU5 A;  3NDU A;  3UDH A;  1AJV A;  4A4Q A;  2G26 A;  3FKT A;  3O9A A;  5P2Q A;  5P48 A;  5BWY A;  4Q1N A;  3HAW A;  3EL1 A;  5P88 A;  3MSK A;  1B6P A;  5P5F A;  5P5J A;  5P4Y A;  5P5U A;  1FMB A;  4DQB A;  2HS2 A;  4Y3S A;  4YA8 A;  5P2B A;  4FCO A;  1ZAP A;  3DM6 A;  3LZS A;  2G1R A;  1LYB B;  4YHQ A;  3BC4 A;  1YM2 A;  4DPI A;  1MSM A;  2QD6 A;  3QI1 A;  5P3X A;  5P1Z A;  2V10 C;  5HDX A;  5P1X A;  1BVG A;  1UH7 A;  5COK A;  2ZDZ A;  3NDT A;  4FRK A;  5KOS A;  3EBZ A;  4FM6 A;  4Y4T A;  4F74 A;  3UQP A;  4Y53 A;  3IND A;  5P6G A;  2O4S A;  2ZHS A;  3R0W A;  2H6S A;  1HPO A;  4FSE A;  1NSO A;  1WKR A;  2G20 A;  1T7J A;  2R3W A;  2NXL A;  3KT5 A;  3NXN A;  1NPA A;  3QVC A;  5OZG A;  3WZ8 A;  1MIQ A;  2F8G A;  4Y48 A;  3LZV A;  3HW1 A;  5HU0 A;  5P4I A;  5P5D A;  5P41 A;  1K6P A;  2Q54 A;  3BXR A;  5I70 A;  3T3C A;  3SA7 A;  2XYF A;  3SA6 A;  2P83 A;  1RV7 A;  3DUY A;  3TOF A;  5HDU A;  5OZH A;  4OD9 B;  5P4P A;  3PWM A;  5AHB A;  2WF0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MER A;  1XN3 A;  3O9G A;  4GJ5 A;  3OQF A;  3SAB A;  5HTZ A;  3QRS A;  1GNO A;  5OYQ A;  1LF3 A;  5P49 A;  4Y4D A;  5IVR A;  5OZ5 A;  4CPT A;  1LZQ A;  1DMP A;  1GVT A;  2OHT A;  2IKU A;  4YCK A;  5P1J A;  1BVE A;  1M43 A;  5OZ2 A;  1T7I A;  3OAD A;  3EM3 A;  1BAI A;  1D4I A;  1F7A A;  1PSO E;  2R9B A;  1FF0 C;  4DUS A;  4D8C A;  1C6Y A;  2PWC A;  5P27 A;  5P7Q A;  2VA6 A;  1IDB A;  5P7H A;  1D4H A;  3SAA A;  4Y5B A;  3OK9 A;  4AA8 A;  3OAD B;  1B6K A;  4AMT A;  3CID A;  4Y3F A;  2AZ8 A;  3N3I A;  5P4Q A;  3CIB A;  2JE4 A;  3ZLQ A;  1GKT A;  2WEC A;  5P5A A;  5P62 A;  2BPX A;  3OGP A;  3GW5 A;  5DPZ A;  2AOI A;  5BS4 A;  4Y38 A;  4Y4B A;  5AHC A;  3CYW A;  5P3R A;  2CEN A;  3K4V C;  5P1S A;  5OZ1 A;  3G6Z A;  3D3T A;  1W6H A;  5P22 A;  5P4W A;  2APR A;  3T7P A;  1SDT A;  1XL2 A;  1APV E;  3ZL7 A;  4D89 A;  1W5X A;  5P39 A;  3OGQ A;  4EP3 A;  2HB2 A;  4RCE A;  4Y4E A;  1E82 E;  1FEJ C;  5P8E A;  2XYE A;  1HVJ A;  1HIV A;  1ODW A;  2PSU A;  4QJA A;  5P6Y A;  5P2Z A;  3SA8 A;  2FIV A;  4JOO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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