1LYFA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVISKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyfA00
1QT8A 5LZMA 3HUQA 1G0GA 4W57A 4W55A 1C67A 164LA 1QUOA 1D9WA 196LA 119LA 181LA 3VW7A 3HT9A 103LA 1L89A 2F32A 2RB2X 2A4TA 1L95A 3DN8A 1L66A 243LA 4DJHA 1P36A 176LA 4I7QA 3RUNA 151LA 102LA 6LZMA 184LA 1L70A 1L00A 4EJ4A 3SBAA 1CU5A 2RBOA 1LI3A 1CV1A 262LA 1L08A 1L33A 185LA 1G0LA 1P37A 3GUOA 4DKLA 1OV7A 161LA 3HH4A 3SB9A 4E97A 168LA 3DMXA 250LA 4YXCA 156LA 142LA 1L06A 150LA 249LA 247LA 2F2QA 1L40A 1KY1A 175LA 1L44A 1CU2A 1CV6A 1DYEA 1L16A 1L50A 221LA 3HU9A 1L26A 163LA 1OVHA 212LA 1L68A 1I6SA 3GUMA 157LA 1CVKA 1C6IA 129LA 1L0JA 160LA 1L37A 1L53A 3G3WA 1G0PA 4EPFA 222LA 1G0MA 1LI6A 4OO9A 238LA 2RAZX 3DN0A 258LA 3HWLA 1G0KA 167LA 3HH3A 1C6BA 1OWYA 2OU0X 4LZMA 1G07A 2B7XA 3SB7A 1ZURA 2ANXA 1L27A 3C81A 177LA 3G3XA 1L02A 1SX7A 118LA 1L25A 1B6IA 1QS5A 3HTDA 165LA 1L55A 1L84A 1L96A 3C7YA 3NY9A 1P56A 1C6HA 3F9LA 1L59A 241LA 1QTBA 1QUDA 2OTYX 1CU3A 3FADA 1DYGA 1SWYA 1QTVA 2RBSA 1L83A 2B73A 1C6FA 1L39A 1LYDA 2L78A 4YX7C 2OE7X 1L11A 3HUAA 3C7ZA 2O4WA 1OVKA 251LA 2B70A 1QTZA 1C6NA 1C6DA 229LA 171LA 1KW7A 3RZEA 1D2YA 2ANVA 190LA 4LDEA 1G0QA 1L13A 1C69A 2RBRA 1CUQA 4W53A 162LA 1T8AA 125LA 1CUPA 3K2RA 1L90A 1L0KA 1L46A 2B6YA 1C6PA 1L69A 1C64A 197LA 1L75A 1PQOA 114LA 158LA 3HT7A 1XJTA 3HTFA 1C6JA 213LA 240LA 1LWKA 1P7SA 235LA 215LA 1QS9A 3ODUA 1CU6A 4ARMB 1L92A 3C82A 4W58A 1LGUA 112LA 1CX6A 246LA 1OVJA 2RB0X 5I14A 4ARPA 1DYFA 2Z6BA 3HH6A 1L71A 143LA 3HDEA 3G3VA 1C66A 1L18A 1SWZA 257LA 1T8FA 256LA 1C6LA 1KS3A 1LW9A 1L77A 1QT3A 3DKEX 4W51A 3DMZA 3CDQA 4I7LA 2F47A 1LLHA 3HTBA 1L30A 3NY8A 1C60A 2RH1A 4EKQA 1NHBA 4I7RA 216LA 224LA 1DYAA 1T6HA 4ARQB 1L54A 2OU8A 261LA 1D2WA 1L07A 4GRVA 4DAJA 1L31A 1QSQA 1C6TA 131LA 1L12A 232LA 223LA 252LA 3PDSA 1L94A 1CX7A 1P2RA 1QT5A 137LA 255LA 245LA 1XEPA 3SN6R 217LA 182LA 3QAKA 3V2YA 1D3NA 239LA 2RAYX 1T8GA 1QT4A 1L87A 155LA 187LA 1L93A 1L15A 1QT7A 4IAPA 1LYEA 2OEAX 4I7NA 2B6ZA 1L57A 172LA 1L43A 2B6TA 1C63A 254LA 1L76A 120LA 1L05A 1CV3A 1L03A 3V2WA 1L60A 148LE 1LI2A 3FI5A 2OU9A 1LYGA 3C83A 3CDOA 3F8VA 4I7PA 113LA 1DYDA 1L64A 1PQJA 1PQIA 2NTHA 3GUIA 1G1WA 3CDRA 1L01A 3FA0A 2LCBA 1SX2A 139LA 1L73A 1C6CA 188LA 1L58A 4PJZA 1KY0A 1QSBA 1KNIA 1QTDA 1LYFA 2LZMA 214LA 3PBLA 192LA 237LA 218LA 1L72A 2B75A 3HH5A 3HT6A 3HU8A 3GUKA 1P6YA 3DN6A 3C8QA 3DN4A 1TLAA 4W59A 1CV5A 1L34A 4K5YA 4I7JA 152LA 4I7MA 4PK0A 3DMVA 3OE8A 1OV5A 1OWZA 109LA 199LA 1L98A 1L32A 4EKRA 1L79A 1L19A 2RBQA 3D4SA 1JTNA 201LA 1L52A 4ARMA 1LWGA 2HULA 189LA 4S0WA 2CUUA 3GUPA 4W56A 1P2LA 1L09A 3NYAA 3GUJA 2RBNA 174LA 1C6AA 2QARC 4ARJA 138LA 4ARLA 1L49A 1L17A 3OE6A 198LA 205LA 180LA 1L81A 210LA 3C80A 248LA 1QTHA 1C6GA 1L86A 1D3MA 1C6QA 178LA 4I7SA 1G1VA 2LC9A 1L48A 1L28A 3GUNA 2HUKA 3EMLA 2OE9X 1QUGA 1ZYTA 1CTWA 2O7AA 4GBRB 1L42A 146LA 1LPYA 4I7OA 4W52A 1T97A 1L91A 1LYHA 4ARQA 3SB6A 1LGWA 1PQDA 3SB8A 1C6MA 3JR6A 1L85A 110LA 1C6KA 1XJUA 253LA 3DN1A 1LYIA 2RBPA 1EPYA 126LA 1L20A 1P3NA 2B6WA 111LA 1L38A 1L04A 1D3JA 122LA 147LA 3CDTA 1L47A 1CU0A 107LA 128LA 170LA 1PQKA 123LA 1JQUA 191LA 2NTGA 1L35A 1C61A 2RB1X 3HT8A 1L36A 1JTMA 127LA 1L63A 259LA 1L74A 1C65A 1L14A 233LA 4LDOA 2Q9DA 1L62A 141LA 211LA 166LA 4EPIA 3DN3A 145LA 1C62A 3HTGA 1P5CA 1PQMA 1SSWA 2QB0B 4ZPUA 1L41A 1L10A 3SBBC 1G06A 4I7TA 1QT6A 1OYUA 206LA 1DYBA 220LA 1L61A 1L67A 7LZMA 3OE9A 1L51A 1L82A 159LA 1LYJA 1G0JA 4EKSA 2B6XA 4LDLA 1L65A 3DN2A 1CV0A 1QTCA 1L21A 219LA 3UONA 244LA 3C8SA 228LA 144LA 104LA 195LA 1SSYA 3L2XA 3L64A 108LA 3C8RA 4EKPA 140LA 1L45A 2B74A 2O79A 4I7KA 3SB5A 225LA 230LA 1L24A 1KW5A 236LA 1C68A 1L99A 1P64A 234LA 1L80A 3DNAA 260LA 4AQNA 2OTZX 2IGCA 1P46A 1L29A 1LGXA 1C6EA 3OE0A 200LA 1L97A 1CV4A 1QUHA 4EXMA 169LA 1L56A 173LA 1D3FA 3LZMA 1K28A 242LA 3GULA 4YXAC 209LA 1L23A 3HDFA 2OE4X 231LA 183LA 3CDVA 3HUKA 1L22A 115LA 3C7WA 2Q9EA 227LA 1DYCA 1ZWNA 149LA 1WTHA 2HUMA 226LA 130LA 4W54A 186LA 2B72A 1L88A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QT8A 1D0MA 4OW1A 1DPWA 1C67A 1C7PA 164LA 3K3TA 3VW7A 5II3A 103LA 3AW7A 5APDA 1L66A 2YDGA 4DJHA 1LCNA 1LJFA 102LA 3WUMA 3SBAA 2HEFA 1CV1A 1L33A 185LA 1QSAA 5HQ1A 1OV7A 194LA 161LA 1ZVHL 1KXYA 1OUIA 250LA 4J1AA 1L06A 4B4IA 249LA 1LHLA 4XJBA 1L40A 175LA 4B4JA 5IHGA 1IR7A 1YAPA 1CV6A 2D4IA 2ZYCA 163LA 3HBDA 1RJCB 1L68A 1PZYA 4NGLA 1LMQA 4XJIA 1A4VA 1DPXA 1CVKA 5KXZA 1CKFA 129LA 1IWZA 3ZVQA 1QDRA 3AYQA 1IWVA 4LT1A 2CGIA 3G3WA 3B0KA 1G0PA 222LA 4BADA 4DD1A 2YBNA 1C6BA 2B7XA 1BB4A 4HPIA 3SB7A 4Z3MA 3G3XA 1L02A 1SX7A 4KT3A 118LA 5KJ9A 1B6IA 1AT6A 3HTDA 4N8ZA 165LA 2LYZA 3SP3A 3W3EA 4HJYA 1L84A 1L96A 3C7YA 5FHWA 1IWYA 4GN4A 1L59A 2OTYX 1UIBA 1DYGA 2BLYA 5M1YA 1GEVA 4M4OA 1L83A 1AKIA 1C6FA 4H90A 1LYDA 2OE7X 4G49A 4NSGA 2LZ2A 2D6BA 1OVKA 1B5UA 5E9RA 5ILCA 1NMMA 1A2YC 5DN4A 1OUHA 3RZEA 1C45A 4LDEA 3LZTA 5LVGA 4WL6A 1AT5A 1WQOA 125LA 4O34A 2HEAA 3TMXA 2B6YA 1L0KA 4QGZA 2HEEA 4LYZA 4H8ZA 5L3HA 4DQJA 114LA 4AXTA 1C6JA 213LA 2WARA 215LA 1WVUA 1CU6A 4ARMB 1FLUA 3WXUA 5LVJA 5E4PA 4XJDA 1GE0A 1OUJA 5APCA 1ALCA 246LA 1OVJA 5HMVA 2RB0X 1DYFA 1WQNA 1SQ2L 2Z6BA 1FKQA 3G3VA 2Z18A 1C66A 1L18A 4IJ4A 4R0FA 1T8FA 1L77A 1B7PA 4DWXA 4ZFPA 4UWVA 4X3BA 1NF5A 1VATA 1LLHA 1HNLA 2MEBA 5LVHA 5C6IA 3WL2A 1FBIX 5F9XA 224LA 2HEDA 1T6HA 1L54A 4N5RA 1W6ZA 1W08A 3M3UA 3GXRA 1NKHA 2ZNWY 1HSXA 3T6UA 2W1LA 1XEPA 1D3NA 1LZCA 239LA 4ANRA 155LA 5HNLA 1HFZA 1L15A 3WVYA 4YF2A 1L57A 172LA 1LSAA 3LYOA 2D91A 1GBZA 1GF9A 254LA 1GHLA 1GE3A 120LA 4I0CA 4TTDA 1L03A 5B1GA 3V2WA 1OP9B 1BGIA 1LI2A 3FI5A 1J1XY 3F8VA 1IY4A 1LSEA 1GFJA 1LJJA 3WU9A 1FLYA 1PQIA 4CFPA 1LJEA 2YBJA 1ZMYL 1L58A 1DKKA 4WMGA 1KNIA 3CQLA 4WM4A 192LA 3W6BA 1H87A 237LA 1YANA 5B59A 3WUNA 3DN4A 1CV5A 1RI8B 3OJPA 3P4ZA 4I7MA 3MGWA 1LHHA 1IC7Y 3DMVA 1VDQA 1L98A 4QY9A 2H9JA 201LA 5FDJA 4DDCA 2EQLA 2F4GA 1B5ZA 1LSGA 3GUPA 2BQFA 1L09A 3NYAA 2RBNA 174LA 4H92A 2Y8PA 180LA 3A95A 3TXEA 5KKIA 4I7SA 2HECA 2LC9A 2H5ZA 3GUNA 1P2CC 1YKYX 1IWXA 4II8A 1IP1A 1CTWA 1C46A 5KXXA 4GBRB 2DKVA 1T97A 5B06A 3SB8A 1C6KA 1XJUA 1LYIA 126LA 1LOZA 1HEQA 2B6WA 1JKCA 3CT0A 1V7SA 3CDTA 5LYTA 1GE2A 3A94A 1HELA 3QE8A 2Z2FA 2NTGA 2RB1X 3B6LA 4LYTA 1L74A 233LA 5I4WA 166LA 2Z39A 1TEWA 1PQMA 4R6CA 1L41A 5LINA 4H1PA 1G06A 1QT6A 5DL9A 1UBZA 1L61A 1B9OA 3F6ZA 7LZMA 4ML7A 4WM5A 4EKSA 1GB6A 4ZIXA 3DN2A 1LZ9A 4NWEA 2FYDA 2AUBA 2B5ZA 3A3QA 1YAMA 3L2XA 3L64A 2BQHA 3A34A 1XFPL 225LA 3A92A 1XGUC 3LYTA 1UUZC 1L80A 4LT0A 3CSRA 3DNAA 260LA 2BQBA 5KXMA 5KXYA 1L29A 1C6EA 3OE0A 4CGEA 2XQOA 4WLTA 1HSWA 135LA 1UIHA 169LA 1L56A 5FEKA 3LZMA 4ETAA 132LA 3GULA 4ETDA 2YVBA 1REXA 3HDFA 4H93A 4YEOA 4GN5C 3C7WA 1QUTA 3FE0A 6LYZA 4HJVA 149LA 226LA 2DQCY 1LMCA 4DYGA 5I4XA 3RNXA 1G0GA 4W57A 1HF4A 3IJUA 1QUOA 1D9WA 196LA 181LA 1LZ5A 1F0WA 1HMKA 4ETEA 1WVVA 2A4TA 4DD9A 3EO5A 1GE1A 243LA 3AZ5A 1P36A 3RUNA 151LA 4FDYA 184LA 1VEDA 1MLCE 1CU5A 2RBOA 5HLLA 262LA 134LA 1P37A 2MECA 3GUOA 3SB9A 3HH4A 4H9CA 4WM2A 3AJNA 1HEMA 4DD2A 168LA 3G3BB 1NQIA 156LA 142LA 1B5WA 247LA 2F2QA 4HV1A 4OOTA 1L44A 1YROA 2C8PA 1FLWA 1L50A 4NHPA 1L26A 1OVHA 4WO9A 1LJKA 157LA 1C6IA 4DQ7A 1T3PA 1GXXA 1L0JA 3ATNA 1UIEA 1L53A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1QT8 A;  1D0M A;  4OW1 A;  1DPW A;  1C67 A;  1C7P A;  164L A;  3K3T A;  3VW7 A;  5II3 A;  103L A;  3AW7 A;  5APD A;  1L66 A;  2YDG A;  4DJH A;  1LCN A;  1LJF A;  102L A;  3WUM A;  3SBA A;  2HEF A;  1CV1 A;  1L33 A;  185L A;  1QSA A;  5HQ1 A;  1OV7 A;  194L A;  161L A;  1ZVH L;  1KXY A;  1OUI A;  250L A;  4J1A A;  1L06 A;  4B4I A;  249L A;  1LHL A;  4XJB A;  1L40 A;  175L A;  4B4J A;  5IHG A;  1IR7 A;  1YAP A;  1CV6 A;  2D4I A;  2ZYC A;  163L A;  3HBD A;  1RJC B;  1L68 A;  1PZY A;  4NGL A;  1LMQ A;  4XJI A;  1A4V A;  1DPX A;  1CVK A;  5KXZ A;  1CKF A;  129L A;  1IWZ A;  3ZVQ A;  1QDR A;  3AYQ A;  1IWV A;  4LT1 A;  2CGI A;  3G3W A;  3B0K A;  1G0P A;  222L A;  4BAD A;  4DD1 A;  2YBN A;  1C6B A;  2B7X A;  1BB4 A;  4HPI A;  3SB7 A;  4Z3M A;  3G3X A;  1L02 A;  1SX7 A;  4KT3 A;  118L A;  5KJ9 A;  1B6I A;  1AT6 A;  3HTD A;  4N8Z A;  165L A;  2LYZ A;  3SP3 A;  3W3E A;  4HJY A;  1L84 A;  1L96 A;  3C7Y A;  5FHW A;  1IWY A;  4GN4 A;  1L59 A;  2OTY X;  1UIB A;  1DYG A;  2BLY A;  5M1Y A;  1GEV A;  4M4O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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